5BS4A

Hiv-1 wild type protease with grl-047-11a (a methylamine bis-tetrahydrofuran p2-ligand, 4-amino sulfonamide derivative)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Design of HIV-1 Protease Inhibitors with Amino-bis-tetrahydrofuran Derivatives as P2-Ligands to Enhance Backbone-Binding Interactions: Synthesis, Biological Evaluation, and Protein-Ligand X-ray Studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bs4A00
4DVFA 2PYNA 5P1GA 4HDPA 4LXKA 5P1AA 3NYGA 3HLOA 3OADB 5OZTA 2VIJA 2FDPA 2QZLA 1OEWA 5OZXA 4YD5A 5P08A 5C9DA 5DR8A 4QJ2A 4DI2A 4XXSA 3A2OA 5P3ZA 3I25A 5P0LA 4HDBA 3QRVA 3OQDA 4KUPA 1IZEA 3D3TA 4QJ9A 5P7XA 3TPLA 2FDDA 3IN3A 1HPVA 5P5XA 1FQ7A 2O4PA 3UCBA 5P63A 2P3BB 2AVMA 2R5PA 5P72A 2VJ6A 1NSOA 4DH6A 3PCWA 4I0DA 5P4EA 5P4TA 2AZ8A 5COKA 5P36A 5P3PA 3O9BA 6UPJA 3ZKXA 4HDFA 2WF1A 3UQWA 1IZIA 2AZ9A 2BBBA 2NR6A 1B5FA 4ZPGA 1XE6A 4EJ8A 3FNUA 5P3XA 5P84A 4Y45A 5P1EA 5P04A 1HIIA 3I8WA 5P2IA 1T3RA 4JOOA 3L5BA 4I12A 5P5GA 2VA6A 3UDQA 5P3IA 1F34A 5P7WA 1MPPA 1BV7A 3SA5A 5DR4A 4WTUA 3L3AA 1AJVA 5P6SA 5OZZA 5OZSA 5P3CA 3CIBA 4D88A 2G1NA 5P1QA 5P6BA 5P45A 5P6UA 2NXDA 2B42A 4D85A 3QN8A 3OUBA 5P2WA 3KT2A 3OY4A 4EQ0A 4PZWA 1RNEA 2HPFA 4Y3GA 1HSHA 3IVHA 1NPWA 1META 3L5EA 5P59A 3CICA 1B11A 3K4VA 5P85A 1E80E 3NLSA 3S53A 3K5FA 2XFJA 5P1UA 5P4XA 5P0AA 2F3KA 2QMPA 4I8ZA 1AAQA 5P05A 1LYWA 5P6MA 3EKVA 1IVQA 1HXBA 3D1ZA 3RVIA 4FM8A 1HVHA 2BKSA 5IS4A 4DQCA 3D91A 3JVYA 5P7HA 4Y3PA 3Q4BA 1LEEA 4OBZA 4WY6A 5DQ5A 4RYCA 5CONA 4OBKA 3GW5A 3IVIA 2HC0A 2PK6A 4I0HA 5P6ZA 2BQVA 3MSKA 3D1XA 2OAHA 3IGBA 3LZSA 3URIA 3UTLA 5P65A 4Y36A 3DK1A 3EM6A 4KB9A 1K1TA 1K6VA 4U7VA 5P5YA 2ZJJA 5P6WA 1TSUA 2HS1A 4TVHA 1MSNA 5OZHA 5ISKA 1SIVA 1Z1RA 2QK5A 3LHGA 1ZP8A 1MRXA 4K4RA 5P80A 1K2CA 5P23A 4DFGA 5E5KA 4Y6MA 1QRPE 5CLMA 4Y5PA 3PBDA 5HCOA 5P57A 4Z50A 5OZLA 5P2UA 1D4SA 1FG6C 3S43B 5P3FA 1PPME 3LZYA 4JPCA 3NU9A 2F3EA 1LYBB 1SGUA 4OD9B 1WBMA 1SIPA 1E5OE 1EC1A 3KDCA 5OYYA 4ZSMA 3RSXA 3KFNA 4PZXA 2J9JB 1DW6C 3RTHA 4L7GA 4FIVA 5P8FA 2AOEA 3VCMA 2QU2A 2CENA 4K8SA 1IDAA 5OZAA 4TRYA 1BXOA 2PWRA 3EL4A 4I0FA 2V0ZC 3OXVA 5P5VA 5P37A 1GNNA 3VLBA 4GYEA 3H0BA 4LC7A 1APWE 1LF3A 1B6LA 1MEUA 5AHCA 5P6QA 5OZWA 5OZCA 3O9AA 3PJ6A 1HBVA 4UPJA 5P54A 4Y5MA 3LZVA 5I3WA 3PI5A 5P1RA 3EKYA 5P3LA 4RGHA 2PYMA 4U8WA 3OHHA 3PRSA 5F00A 1BVGA 1D4IA 5P13A 4Y3QA 5P40A 3SFCA 5P5DA 3VF5A 5I70A 5HDXA 3K5GA 4CMSA 5P7VA 5P53A 1HIHA 2FGUA 5OZNA 4B0QA 5P17A 4OBDA 3NU3A 2A1EA 5P2MA 1AJXA 5P5UA 1FQ4A 5IE1A 3KM4A 4RVJA 3ZPUA 5P2LA 1TSQA 5KOQA 4OBHA 3UDHA 3NU5A 2A4FA 5DQCA 4TRZA 2VJ7A 2OHLA 5OZPA 5P31A 1AM5A 4FRKA 4F74A 2CEMA 2IGYA 2IQGA 4Y41A 1PROA 4Y5CA 5P2OA 5P0BA 4RLDA 3OOTA 4NJSA 5P7LA 5P7CA 5P7RA 1B6KA 2G21A 1A30A 4Y3SA 2AOFA 5P2GA 1OHRA 5P11A 3H5BA 3OXWA 2NNKA 5OZ7A 3OQKA 5P01A 4PEPA 5P71A 3GGAA 5P4HA 5P5MA 2NPHA 4Y3AA 2RKFA 5P0JA 1HIVA 5P79A 1XL2A 2G24A 4B77A 4Y3EA 4X2LA 5P2HA 4RZ1A 2B8VA 1K6PA 5OZDA 2F80A 2ZJKA 3QBFA 2G22A 4GJBA 2PSUA 2QNNA 5P1MA 5P87A 5P0CA 5BRYA 4CPXA 5P49A 2VJ9A 3APPA 3BC4A 2AOCA 1HOSA 1XN3A 3NDXA 4GMIA 3CKTA 4HZTA 3S7LA 2RENA 2R3TA 4I0JA 3TNEA 3TLHA 3I2LA 5DQ2A 4Y3MA 5IVQA 5P3DA 5APRE 5T4SA 5OYWA 5P38A 3SM1A 5KR1A 3LITA 3WZ8A 4Q5MA 3KMYA 3C9XA 3OADA 4WY1A 3U7SA 1GVUA 3LIXA 5P7KA 5FIVA 1VIJA 2QHCA 4EXHA 4JECA 2HB2A 3TPJA 3BUFA 3G70A 2IS0A 4RRSA 1G35A 5B18A 3LPIA 2VS2A 1IBQA 5OZRA 4OBGA 5P6YA 3D20A 2QMFA 1UPJA 1CZIE 4J1IA 3SQFA 5P10A 5OYUA 1KJHA 3NSHA 5SY2A 4Y39A 1YTIA 4LXAA 5P7UA 2NTRA 3INEA 1E82E 2R9BA 5P8IA 1G2KA 2QD7A 4YD4A 4QJ6A 5P41A 2XFIA 2P3BA 5P8OA 2JE4A 1UH9A 1ODXA 3IAWA 5P1NA 1LYAB 2ZJIA 1XE5A 5P43A 5P42A 4J1HA 5P7EA 3ZMGA 1D4KA 2WF3A 1K6CA 2I0DA 3FX5A 2MIPA 5P1IA 4Y4EA 1YG9A 4H3JA 2JJJA 4DJWA 3ER5E 5P3JA 4FSLA 5PEPA 5P2JA 4LHHA 5EZZA 2UXZA 3QI1A 5HDUA 5P60A 3RTMA 2OHPA 1MESA 5JG1A 5AH9A 5IVRA 5P8LA 2HS2A 4J1KA 1E81E 4J0ZA 4FSEA 5P14A 5P3AA 4Y4UA 1KJGA 3CKRA 5UPJA 2CEJA 5JFUA 5P73A 5SXNA 2QHYA 3R4BA 3OUDB 1CMSA 1MT9A 5AHBA 4BELA 1EBYA 1HWRA 4Y5BA 3TPPA 3N4LA 4YCTA 3VFAA 3KT5A 1YX9A 5P55A 1BAIA 4M8YA 3FKTA 4J55A 4Y4JA 3NUOA 1SDVA 2VNMA 4B00A 5P4IA 3O9HA 4DJVA 4ZSRA 5P6JA 3ZKSA 5P8NA 3L5DA 3INDA 2WF2A 1T7JA 4GJAA 5P4ZA 4NKKA 1QDMA 5DGWA 1FGCC 5P6DA 3LIQA 5OZ0A 5TOLA 2FNSA 5P86A 5P6IA 1FLHA 4I0GA 1GNMA 1HVKA 4YCYA 3VYDA 3SLZA 5P8SA 3Q3TA 4MC9A 3I7EA 1FFIC 4J1FA 2I1AA 2QU3A 2WEDA 3DUYA 6FIVA 5P00A 4YOBA 1APVE 2G1OA 3OXCA 1HTGA 4EP2A 2QI7A 3PWMA 1W50A 2O4LA 5P8JA 1FFFC 1HVSA 5P8UA 3NU6A 3OK9A 2F3FA 1FMXA 2BPYA 3EL1A 3ZKMA 4LBTA 2P83A 2RKGA 3UDPA 5HVPA 4NPUA 4FLGA 4Y3RA 4HA5A 5P0QA 4RYGA 4Y53A 3Q5HA 5P8DA 4Y44A 4IVTA 4A4QA 5P7SA 5P6XA 1HTRB 1T6GA 1YM4A 4ZSQA 5P5CA 4Y5EA 5C9FA 2IKUA 2QZXA 2XYEA 1W6IA 5P0IA 1JLDA 5BS4A 1W5YA 2ZJHA 5OZEA 5KAOA 3VUCA 4Z2ZA 5P0YA 4ZSPA 4DJQA 2NXLA 4MC1A 5P02A 3O9FA 2I4QA 3B80A 3DOXA 4J1CA 4L6BA 4AMTA 1HEFE 5P8QA 3UQRA 4YD6A 5P70A 5P8CA 5BWYA 3BXSA 1TCWA 5P2AA 4Y4WA 3TKGA 3T11A 1EPOE 2Q64A 5P8GA 4J0TA 5P5IA 2HAHA 3NWXA 3S43A 5P7AA 4GZFA 3R2FA 4Y37A 5P5OA 3QRSA 2XFKA 2O4SA 2AODA 2H6SA 4OD9A 4EWOA 1DAZC 1HVJA 2JJIA 3ECGA 1FEJC 3SA7A 3D1YA 3K4VC 4B1DA 3G6ZA 3OUAA 4J0YA 1BWAA 4F75A 4QJ8A 3O99A 2P3DA 2BPXA 2IDWA 4L7HA 2J9JA 1HSIA 4FM7A 5P1LA 2HPEA 4B72A 5HE5A 1ENTE 1PPLE 5P51A 1EPME 1MUIA 4Y3TA 5P77A 2ANLA 4E43A 4B05A 2IRZA 2NMZA 3DV5A 5P03A 5P5EA 2G20A 1NPVA 1A94A 5P34A 2OHRA 5DPZA 3OU1B 5P8HA 5P09A 5P3RA 3QP0A 1FQ6A 1RPIA 4EJDA 2QI4A 2WECA 5P0UA 1HRNA 2OHUA 5P0MA 3WB4A 1PPKE 3NDUA 2AOHA 4YHQA 2ER9E 1YTHA 3O9DA 5P68A 5P2NA 3PWRA 4Z22A 5P8VA 1BXQA 4ZE6A 3IXOA 3JW2A 4B1EA 3DCKA 3WSJA 5P0KA 4B78A 4Y54A 1WBKA 5AH6A 5KQFA 1RQ9A 2FXEA 1NPAA 5P6OA 1ZJ7A 7HVPA 1IZDA 3PSGA 2P8HA 2BPWA 3WZ6A 4CPWA 5OZOA 5P61A 2PH8A 5P56A 1C70A 4Y3LA 1HEGE 4H3IA 2AVOA 2PQZA 3BUHA 4RROA 3NDWA 2AVVA 2R3WA 4F73A 5P2XA 2Q11A 3KFSA 4HLAA 3BRAA 2WF0A 5P58A 3UDKA 1LZQA 2I4UA 3UDRA 4K4PA 3DJKA 4S1GA 3VF3A 4LL3A 5P1XA 4Y4TA 4ZPEA 3EMYA 4LAPA 1GVVA 4YA8A 5P0NA 4Y56A 1RL8A 3PHVA 1EBWA 4Y38A 5P6NA 2ZHTA 5HD0A 3HVPA 2OHSA 4DJPA 3PGIA 1F7AA 1LV1A 4Y4AA 5P0EA 1PSOE 1LS5A 5P4QA 1ER8E 2PSVA 4J5JA 5P06A 1FMBA 5P5RA 4U7QA 4GB2A 5P7TA 4FE6A 3FV3A 5P2KA 2BJUA 3ZPSA 4I10A 4Q1WA 4CKUA 3I6OA 1VIKA 3EKQA 5P7BA 5P2DA 4J0VA 1C6ZA 5P26A 5P6GA 3UQUA 3OXXA 5COOA 3FNTA 4Y57A 4QJ7A 5P18A 4DPIA 1FF0C 3O9EA 3QROA 4J1EA 5P2VA 5P2TA 1RV7A 5P3TA 3L5FA 3WB5A 4R93A 4R92A 1HSGA 1GNOA 1D4JA 2G1RA 4ACUA 2R5QA 2B60A 4Y4BA 3NXEA 1MT7A 5C9BA 5P8RA 4EYRA 5OZFA 4GJDA 3VEUA 3OU4A 3OGPA 4GJ5A 2G1SA 4DJUA 1AVFA 5EZXA 4DV9A 4H3FA 3URJA 4RVIA 1GVTA 3N3IA 2R43A 3S2OA 5KR8A 4DQGA 5ENMA 1OD1A 2QMGA 5OYZA 5P4KA 2FS4A 4I0EA 5P25A 3GGUA 3VYFA 3B7VA 4YD3A 5P0RA 5P7DA 4EPJA 1ZLFA 5F01A 2H6TA 5P39A 3HDKA 3O9LB 5OZVA 3SABA 1LYAA 5P3YA 3K1WA 5P81A 4TVGA 1TW7A 5E5JA 3T7PA 5P8PA 2Q54A 3EL0A 2VKMA 5P2CA 2HIZA 3LIZA 3NDTA 3BGBA 2V12C 3ST5A 3QRMA 5P0DA 3SA3A 3KYRA 1W5XA 5P27A 3TOGA 2IEOA 5P1KA 9HVPA 2Q3KA 4YDGA 2SAMA 1M4HA 2ASIA 5OZ1A 5P5SA 3VF7A 5P07A 5P33A 2QMDA 4CPSA 5KQXA 4EP3A 3NR6A 3S8IA 2R8NA 2AQUA 4FM6A 5ISJA 1HVIA 3T6IA 1HXWA 2IGXA 2ZJNA 1W5VA 3OUDA 4DJRA 4R95A 5P1CA 3T7XA 4QGIA 5P5QA 2AIDA 1GKTA 5KQYA 5P1JA 1K1UA 4I0IA 2I4XA 3R1GB 3URLA 1EEDP 4CPRA 4HEGA 5P3QA 4I0ZA 5P5PA 3KN0A 2WEBA 1BDRA 4ACXA 3Q70A 3INHA 3SPKA 2J9KA 1QBTA 5AH7A 5P8AA 3QS1A 2Q55A 5P1WA 5P1VA 2PMAA 5P15A 4ER1E 4FRIA 5P7QA 2BPZA 2QI1A 1Z1HA 4J17A 3EKPA 5P3OA 2PK5A 3VV7A 5KOSA 1TZSA 3UQPA 6APRE 4XX3A 3PI0A 4DJXA 2OHMA 4DQBA 1T7KA 2VIEA 1MERA 1FQXA 4EQJA 4NPTA 5P74A 3G72A 1BVEA 4DUSA 3QPJA 4GJ7A 3Q6YA 1ODWA 3IXJA 4QJAA 3S85A 5P3SA 2AOGA 1GVWA 3SKGA 1QS8A 2B7ZA 5P82A 4FS4A 5OZ8A 5P6EA 3NUJA 3MSJA 5P1FA 2AVSA 2OHQA 4OBFA 1G6LA 1HVLA 3EL9A 5P47A 1A9MA 5OZ5A 4K9HA 2WEAA 3OTYA 3UFLA 3R0YA 5HE4A 5OZJA 3MSLA 1BILA 3NWQA 3F9QA 5COPA 3T7QA 4YBFA 5JODA 1SMEA 3S56A 3HAWA 1MVPA 5HTZA 5DQ4A 5HU0A 2QNQA 3RTNA 2WF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DVF A;  2PYN A;  5P1G A;  4HDP A;  4LXK A;  5P1A A;  3NYG A;  3HLO A;  3OAD B;  5OZT A;  2VIJ A;  2FDP A;  2QZL A;  1OEW A;  5OZX A;  4YD5 A;  5P08 A;  5C9D A;  5DR8 A;  4QJ2 A;  4DI2 A;  4XXS A;  3A2O A;  5P3Z A;  3I25 A;  5P0L A;  4HDB A;  3QRV A;  3OQD A;  4KUP A;  1IZE A;  3D3T A;  4QJ9 A;  5P7X A;  3TPL A;  2FDD A;  3IN3 A;  1HPV A;  5P5X A;  1FQ7 A;  2O4P A;  3UCB A;  5P63 A;  2P3B B;  2AVM A;  2R5P A;  5P72 A;  2VJ6 A;  1NSO A;  4DH6 A;  3PCW A;  4I0D A;  5P4E A;  5P4T A;  2AZ8 A;  5COK A;  5P36 A;  5P3P A;  3O9B A;  6UPJ A;  3ZKX A;  4HDF A;  2WF1 A;  3UQW A;  1IZI A;  2AZ9 A;  2BBB A;  2NR6 A;  1B5F A;  4ZPG A;  1XE6 A;  4EJ8 A;  3FNU A;  5P3X A;  5P84 A;  4Y45 A;  5P1E A;  5P04 A;  1HII A;  3I8W A;  5P2I A;  1T3R A;  4JOO A;  3L5B A;  4I12 A;  5P5G A;  2VA6 A;  3UDQ A;  5P3I A;  1F34 A;  5P7W A;  1MPP A;  1BV7 A;  3SA5 A;  5DR4 A;  4WTU A;  3L3A A;  1AJV A;  5P6S A;  5OZZ A;  5OZS A;  5P3C A;  3CIB A;  4D88 A;  2G1N A;  5P1Q A;  5P6B A;  5P45 A;  5P6U A;  2NXD A;  2B42 A;  4D85 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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