5BWYA

Structure of proplasmepsin ii from plasmodium falciparum, space group p43212
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
EHLTIGFKVENAHDRILKTIKTHKLKNYIKESVNFLNSGLTKTNYLGSSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Plasmepsin-2
publication title Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 81
structure length 376
sequence length 376
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bwyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bwyA01
1HVHA 6UPJA 1FQ8A 5P80A 5P15A 5P74A 3NWQA 3S45A 1LF2A 2RENA 3B80A 5P2JA 3SFCA 1ZPAA 3VV6A 1IVPA 5OYRA 3L5EA 1MRWA 3LIXA 3UDPA 1LYBB 2AZBA 3PSGA 4QGIA 4DJXA 2FNTA 1BBSA 1MT7A 3DJKA 2WJOA 1UH9A 3OQ7A 4EPJA 5P5LA 4DFGA 5AH9A 5P7FA 3BUGA 5P3MA 2OHSA 5P3CA 2BPXA 5P7NA 5P8GA 4J1IA 2ER7E 5OZPA 4K9HA 2QU3A 3SM1A 3UQUA 5P6EA 4Y3YA 1W6HA 2PMAA 5JODA 5P7JA 2EWYA 3TKWA 4Y5BA 2J9KA 4X2LA 1AM5A 5KQYA 5P5XA 5P2HA 5ER2E 1WBKA 4NJTA 1FQXA 1AVFA 2Z4OA 4LXMA 3R0WA 3QVIA 3I7EA 4YDFA 1J71A 3FSMA 5P06A 3OQFA 5I3VA 4ACXA 4I0IA 3OU4A 3QRMA 1UH7A 5HDZA 3OK9A 3VYEA 3LIVA 5P54A 4PZXA 5OZMA 5OZLA 5KQXA 2JJIA 4ZPGA 5P6IA 5P71A 3SLZA 3DCKA 4I0GA 5P1LA 3PMUA 2VA7A 3EKXA 3S54A 4HEGA 1EC3A 5P87A 5P0YA 4ACUA 4B05A 1IZIA 5P20A 1LF4A 1HXWA 2R43A 3GGAA 2O4KA 3DM6A 3KMYA 4Y3MA 2FGUA 1HPOA 1EPLE 4WTUA 5P8BA 5P5NA 1Z1HA 5P17A 5P8HA 4YCYA 5P55A 1SMRA 1AIDA 1LF3A 4Y3FA 2QI0A 1T7JA 4CMSA 3UQWA 4DJOA 5DR3A 3PSYA 1HIVA 5P2XA 3OXWA 2BKTA 4L7GA 5P11A 5DR0A 2Z54A 2FXDA 4BELA 3UDYA 3G72A 4Y3ZA 3WZ8A 3KDDA 3JVYA 3QAAA 2VNMA 3OTSA 4J0YA 1GVXA 4Y3EA 3OQDA 4Y4ZA 3LIZA 5E5JA 4GJ9A 2ZGAA 4D88A 3TPLA 1F34A 5P0RA 1FFFC 1EPQE 3QBFA 4H3FA 5P5OA 5OYTA 3RSXA 2QNQA 5I70A 3O9EA 4TRWA 1EBKC 1FB7A 5DQ2A 5P3DA 3S53A 5HCOA 5DGWA 2O4LA 3S56A 1HSGA 5P3ZA 5P0XA 2WKZA 5P8CA 5I3WA 2NTRA 4I0DA 3VCMA 1SH9A 3DOXA 5P4MA 3KFSA 5P3FA 1YTHA 4OBKA 5P2CA 2NMZA 2VIZA 1E80E 2AQUA 3U71A 5OYQA 3LPKA 3SM2A 2CEJA 5KOSA 5P0SA 5P5HA 3VUCA 4DQGA 5KQFA 1D4KA 5B18A 3IXJA 3ZKGA 3BXRA 3Q6YA 5P7HA 4Y3GA 4ZLSA 1HPXA 2AOGA 4Y5GA 1SIPA 2AVMA 4DH6A 5P6LA 1B6PA 4ZIPA 4NJUA 3VF7A 3PWRA 5P53A 2AOFA 4AZYA 4TRYA 1QBSA 4KB9A 5P6AA 4HLAA 4RYGA 5OZ1A 5P0OA 3NU6A 5P79A 2P8HA 5P6ZA 3L38A 2VA5A 2V10C 4L1AA 3MSKA 3U6AA 4Y3NA 3BGBA 1VIKA 1A8KA 5P7KA 5P6SA 4YD5A 4CPTA 2P3DA 3S7LA 4HDPA 3OQKA 3Q4BA 3HAUA 3VV7A 1T6EX 4CKUA 5P57A 2WF2A 5P6FA 5P1NA 2MIPA 5P0UA 2SAMA 2ZHVA 1D4YA 5ISKA 2Q55A 4Y57A 5P88A 3OUDB 2B42A 4I11A 5HU1A 3ZKIA 4J0PA 5IE1A 1XN3A 1FQ5A 3NSHA 4Y3DA 5P0WA 5P4DA 3BC4A 5P4SA 3EMYA 3EL9A 4QJAA 4FGXA 1YG9A 3FNUA 2QZXA 3T7PA 3LHGA 1EC0A 4Y6MA 2CENA 3JW2A 5P37A 1FG8C 3QROA 4DQBA 3OOZA 2VIJA 2FLEA 4DQCA 2QD6A 5HDXA 5P7XA 3ZOVA 3QN8A 1K6VA 2QNNA 3INHA 3INFA 4HE9A 5P1UA 5P40A 3EC0A 5OZHA 3SA3A 3N4LA 3OXCA 5OZRA 4TRZA 1SDVA 4FRSA 1D4IA 3SAAA 2IQGA 4YBFA 5P12A 1SGZA 5E5KA 4DJQA 4JOOA 2Q63A 4Y47A 4Y50A 5OZBA 1DP5A 1EBZA 4GMIA 3L59A 1PSAA 4KUPA 4WY1A 2QAKA 3URIA 1MVPA 3S7MA 5P2UA 3EKVA 5P56A 2ER6E 3NR6A 2I4UA 5P24A 5C9DA 4FIVA 4OBJA 3OUCA 3LIYA 2ZHRA 2G1SA 2NNPA 1QS8A 4IVSA 5HE5A 1RV7A 2NXDA 5P5UA 3ECGA 5P8IA 5P8VA 2ZHSA 3GGVA 1E82E 5IS4A 2F80A 2QMGA 5OYXA 4A6BA 1K1TA 5P1ZA 1AJXA 2G69A 5P58A 5P8QA 3PGIA 4ER2E 5P7LA 4EJLA 5JG1A 4FAEA 1EC2A 1FG6C 3PWMA 5P0AA 9HVPA 1HTEA 3BUHA 3QIHA 3ZPUA 3S43B 3BRAA 5P6YA 4OC6B 3EKYA 4RVIA 3N3IA 5P85A 2A1EA 3IXKA 2AVVA 4EXGA 2VIEA 4Y51A 5P65A 5ER1E 5P47A 4FM7A 4B1CA 3T7XA 5P3PA 5HTZA 5P1PA 2IGYA 2WF0A 4OBDA 5DR1A 2HS1A 3AIDA 5OYWA 4Y5PA 3G70A 2I4WA 4APRE 3URJA 2QHYA 5P3GA 1ZBGA 4NKKA 5DQ4A 5OZ6A 3HAWA 4LXAA 1ODWA 4F74A 2OHKA 3SA7A 4TVHA 2I4DA 4GJDA 1ZJ7A 3SABA 4YHQA 1WBMA 3NU4A 3R0YA 3Q3TA 4Y37A 4J0TA 5P0FA 3QVCA 4Z4XA 2R9BA 3K4VA 5P5BA 2OHLA 5P09A 3L5FA 1NPWA 2B8VA 2WF4A 4RYCA 2NXLA 5P2FA 4FM8A 5P1WA 5P6HA 3NU3A 3UDKA 3S43A 5KQZA 4OC6A 4Y4WA 2HC0A 3NXNA 2BPZA 1JLDA 5P23A 5P7MA 1HBVA 1BWAA 3PJ6A 4JPEA 3HVGA 5P73A 2XYFA 4I12A 3TNEA 3EL1A 5OZUA 5KR0A 3Q5HA 5P2VA 5P5FA 5OZGA 1B6MA 5P84A 2ANLA 4J1CA 1OHRA 1IZDA 4FSLA 3ZKSA 5C9FA 3PCWA 3UF3A 1LEEA 3DK1A 5OZNA 4I8ZA 3UTLA 5BS4A 5ENMA 3UDRA 1LYWB 5P2YA 3PBZA 5P69A 4QJ2A 1BDRA 1EPOE 5P50A 1YTIA 5P04A 4J1EA 1NPAA 3SA5A 1MEUA 1UH8A 1PPME 2FMBA 4QJ9A 1HVIA 5P8KA 4Y4AA 4PPHA 5P03A 5P7VA 3PHVA 5P8MA 3VF3A 3UQRA 1Z1RA 5P5AA 5P39A 1PPLE 1OEXA 2UPJA 5P5PA 4K4RA 3VYDA 4JECA 3IN4A 5P28A 2P4JA 4QJ6A 1TW7A 3PI5A 4YE3A 1HSHA 3PLLA 5ENKA 4Z2ZA 3KMXA 3QS1A 2QI5A 4DQFA 2RKFA 3MWSA 1AJVA 1NPVA 4Y5AA 4Y5MA 4GYEA 5P3KA 2ZJMA 3RVIA 1DAZC 3ZKXA 3S2OA 4YCKA 4EJKA 3FKTA 3OUAA 4OD9A 3OU4B 5HDVA 5UPJA 3IGBA 4UPJA 5P27A 5P6TA 4Q5MA 4U8WA 5P3VA 3HD8A 5OYSA 3CMSA 1LYWA 5P3EA 1XN2A 1F7AA 4DQHA 4K4PA 4ZSPA 5P1TA 3L3AA 3BVAA 2QI1A 3O9LA 5P2QA 3KDBA 4YDGA 4OBGA 4YD7A 1PSNA 1B5FB 1LYAA 2V13A 3BGCA 4B00A 3NDWA 5P1SA 3VF5A 5P30A 4MC9A 1BWBA 4RLDA 4S1GA 2QI3A 1LV1A 3KFNA 3PI0A 1CZIE 2QMPA 2VIYA 4Y3LA 5OZ7A 4GIDA 3NUOA 3GI5A 3TLHA 4FSEA 2Q64A 5P8EA 1LS5A 1ZSFA 1GNOA 2G20A 4EP2A 3L5DA 1SGUA 5P10A 3F9QA 2OHTA 3LITA 5P4KA 5OYYA 3TPRA 4J5JA 3NDUA 5P29A 1HVRA 2WEBA 5OZ4A 2BQVA 5KR2A 5KAOA 5SY2A 2OHMA 2RSPA 2PWCA 2VJ6A 1G2KA 3K5GA 5EZXA 5OZ0A 2WL0A 4D85A 3O99A 1FQ4A 3BXSA 5P8JA 4AUCA 5OZEA 2HS2A 2O4SA 5P45A 1UPJA 1BV7A 3KYRA 5P6CA 5P0DA 5P7OA 2I0AA 5P1AA 1D4HA 5P4FA 3O9CA 5OZAA 5P5ZA 1XE5A 3CKPA 5P7ZA 3I8WA 2HM1A 1B5FA 5P83A 4BEKA 4Y5EA 2BBBA 3PCZA 4Y4DA 2Q11A 2V16C 4CP7A 5P5WA 4M8YA 1EPME 5P8AA 5P8PA 4I1CA 4A4QA 3RTMA 4L7HA 4XXSA 3APPA 5OZDA 1HIHA 5IVRA 1KJGA 2HPFA 5T4SA 4Y4BA 5P2NA 3KFPA 1ER8E 3MSLA 3SO9A 1FIVA 4AMTA 1BAIA 1FEJC 2ZDZA 4DJRA 1OEWA 5P1FA 1B11A 1SDTA 4FRIA 1KJ4A 3KT2A 2PYMA 4Y35A 5P4XA 1YM4A 2FGVA 5P67A 3WZ7A 4EJ8A 5P7EA 4LAPA 3B7VA 2I4QA 5P4CA 2ZJLA 2ZJJA 4B0QA 1HXBA 4B1EA 4R8YA 5P1QA 2QI7A 4ZPEA 3LZSA 4L1AB 2R3TA 4Y4TA 5P4EA 3FX5A 3KF0A 4QJ8A 4QLHA 5P2SA 1HVCA 4X7IA 5P16A 1EPPE 3EL0A 1PROA 4R92A 1W6IA 2WEAA 1FLHA 1M43A 3CIDA 4MC1A 2G1YA 4Y39A 5P7YA 2ZJNA 4RGHA 5P25A 3OOTA 5P7CA 3TOHA 4GJ5A 3KDCA 5P3SA 4Y3JA 5P7SA 3GW5A 5P44A 2FNSA 2PWRA 1ODYA 4XX4A 1PPKE 5P4GA 2NNKA 3HVPA 3I25A 4B1DA 4R5NA 3I6OA 5P64A 2P83A 2PSGA 2HPEA 1HVSA 4YD6A 2QP8A 5P8NA 5P82A 3MXDA 3O9BA 4Y4EA 3D1XA 5P59A 1HTRB 1TQFA 5P5JA 2G24A 3NWXA 5DQ1A 5P0VA 4AA9A 4FAFA 4BFBA 1MESA 1MT8A 4TVGA 2HIZA 1BXOA 2OHUA 1DIFA 3VEUA 4B77A 2ZJHA 1IDBA 3GI4A 4PHVA 5P13A 3FIVA 3HLOA 2QU2A 5P6GA 1K6TA 5OZ5A 5AHAA 3GGXA 1A94A 2P3CA 5DQCA 4RVJA 3TPPA 2Q15A 3LNKA 5P6MA 4J1HA 4I10A 4Y4XA 5P1BA 1EC1A 5P2AA 4I0ZA 1ZPKA 3CKRA 4FLGA 2R5QA 5HVPA 1EBWA 5P72A 4H1EA 1FFIC 2HB3A 3EKPA 3SA9A 3KA2A 4YOAA 3IVIA 4DJVA 3U7SA 1YTJA 1FQ7A 4GZFA 3QRSA 4Y58A 2R5PA 1ODXA 2IENA 1B6KA 3TKGA 5P6DA 1GKTA 3NU5A 3IAWA 5COPA 3D1ZA 3EXOA 1MTBA 3EL5A 4FE6A 5OYUA 4D8CA 5P6NA 2G1NA 4EXHA 1VIJA 1NH0A 5P5MA 4NJSA 2RKGA 2NR6A 5P8DA 5KR8A 4KE0A 4Q1WA 5P2IA 1RQ9A 4OBHA 3CIBA 4PYVA 2WECA 3K5FA 5P0LA 2OHPA 3UDJA 3HW1A 3S85A 1D4JA 2I4XA 3SACA 4J1KA 3NXEA 2OAHA 5P6JA 2NPHA 5OZCA 4OBZA 4MC2A 4PZWA 4APEA 1GNNA 1M4HA 3EKTA 4CPWA 4I0EA 3UPJA 1KJFA 2WF3A 1G6LA 3SQFA 5HE4A 5P07A 5P75A 1GVTA 2QI4A 3DV1A 1T6GA 3I2LA 2G21A 3KM4A 2IRZA 5P3IA 5P5QA 3RTNA 2AODA 1YX9A 3R2FA 3C9XA 4QJ7A 2ZJKA 4D89A 4WY6A 4DPIA 4YCTA 4J0ZA 5P7DA 5ISJA 2AOCA 5P7PA 3G6ZA 3NDXA 3ST5A 2XFIA 3ZLQA 4U7QA 5P6UA 5P66A 1QBTA 5P3OA 1KZKA 5OZ3A 1HOSA 5HCTA 4ZE6A 3UQXA 4Y3AA 4CPXA 3SA8A 4YOBA 1PFZA 4XX3A 1U8GA 4Z22A 5OZKA 5P1JA 5P0GA 1PSOE 5P3AA 5P4PA 2QHZA 2B7ZA 1MUIA 5P3HA 3WB4A 1IDAA 4I0HA 2G27A 3RSVA 3L5BA 4Q1XA 5OZTA 1AXAA 4J55A 5P0ZA 3VLAA 4F76A 1E81E 4Y5KA 4YD3A 5P3BA 1MT9A 1XE6A 1BIMA 3QBHA 3ER5E 5AHCA 4RRSA 3TTPA 1DW6C 5F00A 1NSOA 4FRJA 2PSVA 2PH6A 1TZSA 3CKTA 5I3XA 3NDTA 2F8GA 5P7TA 5P6OA 1EEDP 5IVTA 5P4RA 1T7KA 5P8LA 3ZPSA 2IEOA 1G0VA 4DI2A 1HPSA 2F3FA 3OTYA 5P4LA 3VSWA 3RTHA 1XS7D 5P0JA 4J0VA 4GJCA 3O9GA 1C70A 1A30A 2VJ9A 2QI6A 4J1FA 3TPJA 5P68A 4J17A 3UDHA 5P7RA 5P33A 2H6SA 3UFNA 4FCOA 2PK5A 4OD9B 2WEDA 1N49A 5P6KA 5P1KA 4ZSRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HVH A;  6UPJ A;  1FQ8 A;  5P80 A;  5P15 A;  5P74 A;  3NWQ A;  3S45 A;  1LF2 A;  2REN A;  3B80 A;  5P2J A;  3SFC A;  1ZPA A;  3VV6 A;  1IVP A;  5OYR A;  3L5E A;  1MRW A;  3LIX A;  3UDP A;  1LYB B;  2AZB A;  3PSG A;  4QGI A;  4DJX A;  2FNT A;  1BBS A;  1MT7 A;  3DJK A;  2WJO A;  1UH9 A;  3OQ7 A;  4EPJ A;  5P5L A;  4DFG A;  5AH9 A;  5P7F A;  3BUG A;  5P3M A;  2OHS A;  5P3C A;  2BPX A;  5P7N A;  5P8G A;  4J1I A;  2ER7 E;  5OZP A;  4K9H A;  2QU3 A;  3SM1 A;  3UQU A;  5P6E A;  4Y3Y A;  1W6H A;  2PMA A;  5JOD A;  5P7J A;  2EWY A;  3TKW A;  4Y5B A;  2J9K A;  4X2L A;  1AM5 A;  5KQY A;  5P5X A;  5P2H A;  5ER2 E;  1WBK A;  4NJT A;  1FQX A;  1AVF A;  2Z4O A;  4LXM A;  3R0W A;  3QVI A;  3I7E A;  4YDF A;  1J71 A;  3FSM A;  5P06 A;  3OQF A;  5I3V A;  4ACX A;  4I0I A;  3OU4 A;  3QRM A;  1UH7 A;  5HDZ A;  3OK9 A;  3VYE A;  3LIV A;  5P54 A;  4PZX A;  5OZM A;  5OZL A;  5KQX A;  2JJI A;  4ZPG A;  5P6I A;  5P71 A;  3SLZ A;  3DCK A;  4I0G A;  5P1L A;  3PMU A;  2VA7 A;  3EKX A;  3S54 A;  4HEG A;  1EC3 A;  5P87 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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