5C9BA

Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from rickettsia conorii
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
131
structure length
126
Chain Sequence
MYKWSTEVGEIIIARNRDGHFYINAFVNNVKIKFMVDTGASDIALTKEDAQKLGFDLTKLKYTRTYENKAAPITLNSVVIGKEFKNIKGHVGLGDLDISLLGMSLLERFKGFRIDKDLLILNYAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ApRick protease
publication title Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease.
pubmed doi rcsb
source organism Rickettsia conorii
total genus 21
structure length 126
sequence length 131
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.-.-.-:
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13975 gag-asp_proteas gag-polyprotein putative aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5c9bA00
4Y5BA 4L6BA 1BWAA 2V11C 3NWXA 2B60A 5P5IA 1FB7A 1B6PA 5P0SA 4IVTA 2QNNA 5P4MA 3BXSA 5P57A 3LZYA 1TCWA 2BPVA 1GKTA 1MUIA 5P6JA 1EPOE 3OGQA 2PYMA 4Y3ZA 4DQFA 2XFIA 5DR3A 4BFBA 4GMIA 5EZZA 1DMPA 2VS2A 4RZ1A 1YG9A 5FIVA 2WEAA 4DFGA 2Q64A 1C6ZA 4NJSA 5P0LA 3PLDA 5C9BA 1AJVA 5P60A 4CPXA 4RYGA 1HVJA 4A6BA 2B8VA 1HIHA 5P3PA 3T7XA 5P7JA 2AOJA 3O99A 4B05A 3LPJA 5B18A 4TRWA 3LZSA 4A6CA 3PEPA 4MC9A 2FS4A 4J0ZA 4Y44A 3PCWA 4GJ6A 2PH8A 4H3FA 3OUBA 3SM1A 1EPQE 5P75A 3BUHA 3Q5HA 4FRIA 2IEOA 4EQJA 1FF0C 2VIZA 1AM5A 1EC3A 3NU6A 5AH7A 2Z4OA 5P5RA 2QHZA 5P47A 1MTRA 5OZ5A 3VUCA 1G0VA 5P7LA 3OQFA 4QGIA 3UTLA 4QJ9A 4Y45A 5P5GA 5P3EA 5I3YA 5P2KA 5P04A 2ZHRA 3ST5A 4J0YA 4OD9B 4Z50A 3KA2A 4Z4XA 5P5EA 5P4KA 5P36A 2AZ9A 3KMYA 5HE4A 2ZJKA 9HVPA 3TPLA 1HBVA 3SO9A 4DJYA 5P0YA 5OZIA 4Q1NA 5ENMA 4YCTA 2QMPA 3TLHA 5OYZA 4M8YA 5P2FA 1QS8A 5P5WA 5P8EA 4CP7A 5OYUA 4PZWA 4B1EA 2ER6E 5P2HA 4EYRA 5P2XA 4J1HA 5P4UA 3LIXA 5OZCA 3LITA 4DQCA 3URJA 5P1HA 2NNKA 5P24A 3O9BA 3QI1A 1FQ6A 5P34A 5P26A 5P1SA 1W5XA 3HVGA 3TTPA 1K2BA 1SGUA 4XXSA 5P7VA 3INFA 5P8KA 5P4SA 4KB9A 5P5VA 6UPJA 3I25A 3QBFA 4CPQA 2VA5A 2J9JA 3NR6A 5OZ7A 5P2SA 5ENKA 5OZZA 2ER9E 5OYXA 5P41A 2R5QA 4BFDA 1IBQA 5HCTA 4I10A 5P6NA 3LIQA 5BRYA 2NR6A 2Z54A 2QNQA 4NKKA 2QZKA 5P8SA 4HDPA 3UQWA 5AH8A 3O9GA 3OUDB 1VIKA 2BKSA 4Y53A 3O9FA 3L5EA 5DR7A 5P6AA 1M4HA 1SBGA 3NSHA 1C6YA 5P66A 3TH9A 4Y3MA 3QIHA 5P40A 4KE0A 3SACA 5P2OA 5P3DA 3R2FA 5KOSA 5P5NA 3OK9A 5P5FA 1N49A 5P5DA 4Y3LA 4YD4A 3WSJA 5P3YA 5P2EA 1YM2A 5OZDA 4I0FA 3T7QA 4DJWA 1PFZA 1ME6A 4AA9A 2AVMA 4EQ0A 3ZKNA 5P4RA 5KQFA 4Y38A 5ER2E 2QHCA 3URLA 2OHMA 1NPWA 3T3CA 1HSGA 2QD6A 5P0KA 5OZTA 5P5ZA 3KDDA 3IXJA 4MC1A 2ZHSA 5P3ZA 4J1EA 3EM3A 2BPWA 4OBZB 5TOLA 1FQ5A 4Y3PA 1HPSA 4NJTA 4PYVA 4EJ8A 4R8YA 5P7KA 3S43B 1B6KA 4EWOA 5P7YA 3LIVA 4LAPA 2IL2A 4ZLSA 2BPZA 4Y4DA 1UH7A 1PPME 1B6LA 1ZAPA 5P2CA 5T4SA 5P51A 1T7KA 3KDCA 3KFSA 4RRSA 5P6XA 3BUFA 5KR8A 3KT5A 2NXMA 5P7GA 2G69A 4COEA 2B7FA 5P3BA 4K4PA 4YD3A 5P7AA 5OZPA 1AZ5A 5P6MA 5C9FA 3ZPSA 2OHNA 3D91A 2V13A 5P0RA 2F3FA 5P76A 5P70A 1A94A 1MT7A 5C9DA 4DUSA 1D4SA 5P0TA 3MSLA 1MEUA 5OYWA 5P79A 4R91A 1K6VA 1EPNE 1APWE 1SDUA 5OZGA 1XE6A 5P77A 5P1MA 2R9BA 3UDPA 1LYWA 2A1EA 3RVIA 1ZP8A 5P74A 3HBOA 4U7VA 3PLLA 3SA6A 3OQKA 1G35A 5P3MA 1SIVA 4HVPA 4OBJA 5OZ8A 1D4IA 2Q55A 1Z8CA 4Y3TA 3VEUA 5P44A 4YBIA 4NJVA 2OHRA 3IN4A 1K6PA 4RVXA 5HD0A 2PMAA 4CPRA 4RVJA 1YTHA 2XYEA 3KFPA 5P1IA 3EKQA 5P11A 5P8OA 4CPTA 5P2UA 5P1AA 2NNPA 3PBDA 3LIYA 5P01A 1TSUA 5P3RA 1A30A 3VF5A 5OYVA 3NU5A 2G94A 5P1VA 2ZJLA 2OF0A 3PWMA 3QN8A 3TKWA 3ZKXA 3INHA 4I0GA 5P23A 3SA4A 3I8WA 1SH9A 5P68A 2HB4A 2QHYA 5P7ZA 2BB9A 3OU1B 3UDHA 3HAWA 1FG6C 4ZPEA 3KM4A 4B72A 4H1EA 3TOFA 4EXGA 2QZLA 1XL2A 5P6VA 2WKZA 5JODA 3R0WA 1FG8C 4EHCA 1APTE 2QU2A 2ZJJA 3ZL7A 3ZPTA 2PQZA 5P2DA 5P14A 3LPIA 3QROA 4Y39A 5P4DA 2ZJIA 5P5XA 5P1GA 3T11A 5P6LA 5P6OA 3QS1A 4Y54A 5HDZA 4YCYA 5P1RA 5KQYA 1FMUA 3JVWA 2NMZA 4DV9A 1MT8A 3NXEA 4OC6B 4RLDA 2A4FA 3APRE 3DJKA 2ZYEA 5P4BA 2O4SA 3HLOA 3S7MA 5JFPA 2JE4A 1MTBA 4I0IA 1W5YA 2FGVA 5P4OA 4GJDA 5OZQA 4Y3RA 5CLMA 4QJ2A 5P6HA 1W6IA 3F9QA 3CICA 3GI0A 3U7SA 2HB2A 5P7QA 3S56A 5P22A 1IZIA 3PM4A 1KJGA 3OWNA 5P05A 3VV7A 5P7SA 3TPRA 3AIDA 2G21A 1ENTE 3HW1A 3FNUA 4YA8A 1XL5A 4HDBA 3SA8A 4Y5GA 3ZKIA 1W6HA 3VYDA 5KQXA 3NUJA 5P0UA 4J1FA 5P6BA 3EKVA 3OXWA 3SA5A 1HVSA 5P10A 1KJFA 4OBHA 1SDVA 7UPJA 5P48A 1XS7D 2AOGA 5P6CA 2P3BA 1RQ9A 1APVE 5SY3A 4AZYA 3MSJA 5P4EA 4ZE6A 5P06A 1SP5A 2AOEA 2QMGA 5OZ4A 1A8KA 5DR0A 4PHVA 3UQRA 2FXEA 5OZVA 5P5KA 2AZBA 5P09A 2PWRA 5HCOA 2VJ6A 5DQ1A 1HVHA 3EKPA 5P39A 3K1WA 3VF3A 3EBZA 2QZWA 2CENA 4RCFA 3VFBA 1IDAA 2ER0E 3VSXA 4BELA 2WEDA 2AIDA 2MIPA 4R5NA 2O4PA 5APRE 2QZXA 4YD7A 2UY0A 5COKA 1E5OE 1PSOE 4Y3FA 2HM1A 3NUOA 3PI5A 5P0BA 5P2GA 5P6FA 3FX5A 3PHVA 2AOHA 4KE1A 8HVPA 5HE7A 1HSIA 2IQGA 5P3LA 1W51A 1ODXA 4DJVA 2ZJNA 5P0WA 3ECGA 4HLAA 2O4NA 4RYCA 5P6ZA 4FM7A 1YTGA 2VNMA 4CPSA 3TKGA 3SAAA 4Y3HA 2FXDA 3RSVA 2AZ8A 5P6TA 1UH8A 3BRAA 4ZIPA 3NU3A 3OOTA 1HVKA 5I3WA 4DI2A 1QBSA 5SZ9A 1W5WA 3HAUA 4BEKA 4MC6A 5COPA 4B77A 2PSGA 5OYYA 4K8SA 4TRZA 4Y57A 5P62A 5ISKA 4FLGA 3OGPA 1PPLE 2Q11A 4D89A 2ZHVA 2PC0A 4J0VA 1JLDA 3ZLQA 2O4LA 5OZSA 2UPJA 5P30A 4ZPGA 5P3IA 2H6TA 5P3NA 5P1TA 5OYQA 3WZ8A 3CIBA 3M9FA 4S1GA 5P8TA 5P38A 5P08A 1EPRE 5P0PA 2G1YA 5P49A 1KJHA 2QI4A 3TPPA 2P83A 2AODA 1ZTZA 3QAAA 2VJ7A 5P4VA 4DQHA 1PPKE 3NDTA 4K4RA 4GJ5A 4F73A 2I0AA 5P1QA 3OXCA 3OXXA 3EL1A 5P3HA 4X2LA 2O4KA 5P0AA 5P5LA 4DH6A 5P1NA 1ZPAA 1PROA 4Y56A 3OU3A 2BBBA 1OEWA 1MERA 3IGBA 1BAIA 5P4JA 3ZPUA 1FMXA 4B78A 2G1OA 4U7QA 3KF0A 1LF3A 4APEA 5P5TA 1EC1A 1GNMA 2ZGAA 3OQAA 1BWBA 1LS5A 4ZSQA 4DJRA 2CEJA 3OOZA 5OZUA 1FQ4A 2F80A 3B7VA 4FRJA 5P55A 5HE5A 3OUCA 1B6MA 1WBKA 1ZJ7A 5BWYA 1EPME 2AOCA 3DK1A 3U71A 4CPWA 3QPJA 4DPIA 2QI0A 3MSKA 3SABA 3TOGA 4Y4GA 4Y4AA 5OZBA 2EWYA 2HB3A 3UDRA 5DQ4A 3VV6A 5P0MA 1HSHA 1C70A 3QP0A 2I0DA 5SXNA 4GYEA 1FQ8A 3NDWA 2WL0A 4I0JA 2WEZA 1Z1RA 1GVVA 3DOXA 5P65A 2WF2A 4D85A 2F3EA 2I1AA 3ZKSA 5IVSA 5P29A 4R92A 4OD9A 5HU1A 5DQ2A 1IVQA 1AJXA 1B5FA 3UDKA 5P8RA 1APUE 5P6RA 4FAFA 2VIJA 2QI7A 5AHAA 5P1KA 4GIDA 4Z22A 3EKTA 2JYSA 3OADB 1LYAB 2VJ9A 4EP3A 4GJBA 4LL3A 1SMEA 5P3WA 4YE3A 5P3GA 2I4WA 5P6QA 4YBFA 4JP9A 1EBKC 3PSYA 3GI4A 5P6PA 4UPJA 5P5PA 1EPPE 2R5PA 5P1DA 4Y35A 3HD8A 1F7AA 1GNNA 1HWRA 3SM2A 3OHHA 5P0IA 2F81A 1IZEA 5SY2A 3QVCA 4FL8A 5P7MA 2IGYA 4GJ7A 4Y51A 5OYRA 4YDGA 4LHHA 5P8HA 3FKTA 2PK5A 4Q1XA 5P7FA 1META 2WEBA 5DQ5A 5P8IA 5P4FA 2BKTA 1J71A 4J1CA 1GVWA 1NSOA 3IAWA 4FSEA 5P7DA 5P73A 3LZUA 3R4BA 2AVSA 1CZIE 2Q5KA 1BV7A 2R3WA 4QJ8A 2JJJA 5P4HA 4A4QA 2Q3KA 2B7ZA 2QD7A 2R3TA 4RCEA 5P0OA 4DJPA 1BIMA 2FMBA 2QP8A 1EBYA 5P50A 4Y3EA 5F01A 3INEA 2IKUA 3Q70A 3IVIA 3WB4A 2RKGA 3OQDA 5P2JA 1HVLA 3EL5A 1HHPA 2FIVA 4EPJA 5IVTA 5P2RA 3SA3A 3QRSA 2G27A 5P4QA 5P5JA 3L5CA 5P4TA 5P8QA 5P7EA 4Y9WA 3IA9A 4Y3XA 1SDTA 4OBDA 4Y5AA 5P3FA 4GJAA 3UQPA 3LZVA 2P3DA 4FM6A 2NPHA 5P5HA 4DJOA 4Z2ZA 1RNEA 3SKFA 5P83A 3OQ7A 1HTEA 5P78A 1FIVA 3RTMA 3H0BA 4LXKA 2RKFA 4DPFA 4JECA 5P5AA 2AQUA 4LXMA 4B1DA 2ANLA 5OZLA 1HEGE 1FKNA 5I3VA 5E5KA 5OYSA 3UPJA 3O9LB 5UPJA 1HPVA 4RRNA 2PK6A 4K4QA 5P8DA 4L1AA 1XDHA 4DQEA 1M0BA 1YM4A 3EMYA 5BS4A 4H3IA 5P69A 4ZSRA 4PZXA 1ZPKA 3D1ZA 1DW6C 5P7TA 3T7PA 3UDJA 3T6IA 1RPIA 2Q15A 3EC0A 5P00A 3KT2A 3FNTA 4X7IA 3S43A 5P7NA 4GZFA 4CKUA 1M43A 3SQFA 2QNPA 3PMYA 2QK5A 3I2LA 1E82E 3BC4A 3BVAA 5P4CA 1BXOA 4RGHA 2G24A 4M8XA 4QJ6A 3MXDA 4FE6A 5OZAA 1K1UA 5P6KA 4Q1YA 5IVRA 4J0TA 2Q54A 5P82A 3VLAA 1TQFA 3PCZA 3PB5A 5P7HA 4F75A 5P81A 4FAEA 3OTYA 4YHQA 4B00A 3EXOA 5P37A 3D20A 1BVEA 3PGIA 3NU4A 4I0ZA 5P8AA 3SA7A 4GJ8A 2P3AA 4DQBA 2HPFA 2QMDA 1KJ4A 1HVIA 1ER8E 5P71A 3PVKA 5P87A 3K5FA 4FRKA 1T6EX 5P8FA 4ER2E 5P8GA 5P0VA 1G6LA 1BV9A 3G70A 5P0NA 2IS0A 2WF0A 4Y3SA 3ER5E 2BPYA 3SLZA 1HXWA 5OZHA 4Y5PA 3NXNA 4H3GA 5OZWA 3IVHA 5P86A 5P1UA 4Y5EA 1HOSA 1E80E 5P0JA 5OZ6A 4Y4ZA 1QDMA 5P3AA 1EAGA 5P53A 3RSXA 3FV3A 5P7BA 5P0FA 1IIQA 1TSQA 3K4VC 5P84A 5P8JA 2G20A 5P2MA 5OZFA 3FNSA 1NH0A 5P8CA 2FNSA 1Z1HA 5P4IA 5IS4A 5P0GA 3OAGA 1F34A 2P3BB 4Q1WA 3IXKA 3HZCA 1AIDA 2F8GA 3LINA 5P5MA 5ER1E 2QAKA 3CKTA 3O9HA 5KR2A 4QLHA 3UCBA 4QJAA 3VG1A 3VLBA 2G1NA 5P16A 1RL8A 1GVXA 2NXLA 3OHFA 3VFAA 2B8LA 2UXZA 5P67A 3OU4B 2QU3A 5DR1A 3EL9A 3OU1A 4DJUA 1TCXA 2V00A 5I3XA 3GI5A 1BDQA 6APRE 2CEMA 5P8UA 2OHQA 4Y3QA 5KQZA 1SIPA 5AH9A 3OXVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5B A;  4L6B A;  1BWA A;  2V11 C;  3NWX A;  2B60 A;  5P5I A;  1FB7 A;  1B6P A;  5P0S A;  4IVT A;  2QNN A;  5P4M A;  3BXS A;  5P57 A;  3LZY A;  1TCW A;  2BPV A;  1GKT A;  1MUI A;  5P6J A;  1EPO E;  3OGQ A;  2PYM A;  4Y3Z A;  4DQF A;  2XFI A;  5DR3 A;  4BFB A;  4GMI A;  5EZZ A;  1DMP A;  2VS2 A;  4RZ1 A;  1YG9 A;  5FIV A;  2WEA A;  4DFG A;  2Q64 A;  1C6Z A;  4NJS A;  5P0L A;  3PLD A;  5C9B A;  1AJV A;  5P60 A;  4CPX A;  4RYG A;  1HVJ A;  4A6B A;  2B8V A;  1HIH A;  5P3P A;  3T7X A;  5P7J A;  2AOJ A;  3O99 A;  4B05 A;  3LPJ A;  5B18 A;  4TRW A;  3LZS A;  4A6C A;  3PEP A;  4MC9 A;  2FS4 A;  4J0Z A;  4Y44 A;  3PCW A;  4GJ6 A;  2PH8 A;  4H3F A;  3OUB A;  3SM1 A;  1EPQ E;  5P75 A;  3BUH A;  3Q5H A;  4FRI A;  2IEO A;  4EQJ A;  1FF0 C;  2VIZ A;  1AM5 A;  1EC3 A;  3NU6 A;  5AH7 A;  2Z4O A;  5P5R A;  2QHZ A;  5P47 A;  1MTR A;  5OZ5 A;  3VUC A;  1G0V A;  5P7L A;  3OQF A;  4QGI A;  3UTL A;  4QJ9 A;  4Y45 A;  5P5G A;  5P3E A;  5I3Y A;  5P2K A;  5P04 A;  2ZHR A;  3ST5 A;  4J0Y A;  4OD9 B;  4Z50 A;  3KA2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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