5C9FA

Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from rickettsia conorii
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
MYKWSTEVGEIIIARNRDGHFYINAFVNNVKIKFMVDTGASDIALTKEDAQKLGFDLTKLKYTRTYLTANGENKAAPITLNSVVIGKEFKNIKGHVGLGDLDISLLGMSLLERFKGFRIDKDLLILNYAAAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ApRick protease
publication title Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease.
pubmed doi rcsb
source organism Rickettsia conorii
total genus 24
structure length 132
sequence length 132
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.-.-.-:
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13975 gag-asp_proteas gag-polyprotein putative aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5c9fA00
3ZL7A 5P8BA 4I0EA 3PHVA 4AA9A 5P83A 3SA8A 3T7QA 5P6AA 5P0EA 5TOLA 5P0QA 3VF3A 4Y56A 5P0SA 3VSWA 1MRXA 1XDHA 2ZHTA 1QBTA 1SGZA 1W6IA 4QLHA 3DUYA 3ZKNA 5P8QA 3PBDA 5C9DA 4Y3EA 5P2UA 5OZHA 4CPQA 4R92A 3G6ZA 5P30A 3CYWA 3GGAA 1XE5A 3SA3A 4ACUA 4Y3TA 5P48A 4Y4TA 4L1AB 3EBZA 3OQ7A 3VV8A 4PEPA 4FIVA 2QI4A 5OZ6A 3CYXA 4DJYA 5P59A 3BUHA 1GVXA 5P0TA 4CP7A 4MC1A 3Q5HA 2ER6E 4L1AA 3MXEA 3URLA 5P7OA 5P7DA 1A30A 5P7SA 5P6EA 3R1GB 4GJAA 5P84A 3T7PA 5IVRA 3PB5A 5OYUA 1FIVA 5P01A 3EKVA 1BDLA 3VYFA 2RMPA 3NUOA 2I4QA 1T7IA 5P2ZA 3VFBA 4X7IA 5I3YA 5P25A 2HS2A 5P4PA 2HS1A 5P2LA 1Q9PA 2AZCA 3OQAA 1UH8A 2AOCA 5P5VA 1HVKA 3JVWA 5COPA 3QROA 3KDDA 2FMBA 5P79A 5P08A 5P8GA 3KT2A 2IDWA 1HSGA 3UDKA 3NR6A 4DQCA 4B0QA 1NPVA 1YX9A 3EL5A 5C9BA 5ER1E 4X2LA 2QZLA 5P2GA 4RLDA 1K6PA 5OYQA 3SA5A 5P11A 2Q11A 1IZDA 4QJ9A 4LXAA 5P77A 5P3WA 5P73A 2FXEA 5KOQA 4Y5KA 2NTRA 3APPA 5P54A 5JG1A 1ZAPA 2WF4A 3LINA 1APUE 1BDRA 1FGCC 4ZPFA 3H5BA 5OZFA 3WZ8A 3EKQA 4Y35A 3GI4A 4PPHA 4NJSA 1FFIC 5P05A 2VJ7A 3S7MA 1DMPA 2ZHRA 4DJOA 3D20A 4Y41A 3VUCA 4Y5LA 1SDUA 2FNSA 5OZUA 1IVPA 2QNPA 4Y4GA 2XYEA 4Y43A 3QN8A 3ZMGA 5P4BA 1APTE 4U7VA 2G24A 1W6HA 2R3TA 1FQXA 3LIVA 4Y44A 4MC6A 2RSPA 1T6EX 2B8LA 4I0FA 3EL0A 5P4JA 3T3CA 5HVPA 2CEMA 1EPPE 1LEEA 5P8VA 2RENA 5P19A 1EBZA 1NSOA 2R3WA 3NDTA 3APRE 3LIZA 1D4LA 5AH8A 1YM4A 5P6GA 2G27A 3RSVA 3LPKA 3O9DA 5DR0A 1LF2A 4Y5BA 3EKYA 1HVSA 2WEBA 2ZJLA 5P3FA 1D4JA 1GKTA 3NU5A 2B8VA 4LP9A 5P1YA 5P8MA 2Z4OA 3G72A 3BXRA 3UF3A 1DIFA 4QJ8A 1B6JA 5P7GA 3DCKA 5P2RA 2NXDA 1MESA 5P62A 3G70A 5P20A 2IKUA 2ZHSA 2PQZA 1WKRA 4M8XA 3S85A 2AOEA 5P89A 4L7HA 3L58A 5OZQA 2QAKA 5OZ2A 1YTHA 5KOSA 5P1AA 5T4SA 3UDQA 3TPPA 4DV9A 3EM3A 5OYWA 2QU3A 3BRAA 5P4DA 4YD3A 2XFKA 3C9XA 4QGIA 5P6NA 4H3FA 5P6IA 2ASIA 2WHHA 4GYEA 1DPJA 3S56A 2ANLA 3CKTA 4ZIPA 5P00A 5P0GA 2QZKA 2QHZA 3S2OA 5AGZA 5P14A 4I0HA 3HW1A 5P5RA 4Y3XA 4DQBA 5P0XA 3O9BA 3SA7A 5OZ0A 5P75A 5P1JA 5P0KA 5DQ1A 2HPFA 4D8CA 2G69A 4D85A 2G22A 2G1OA 3K5GA 1PFZA 5P5SA 5P67A 3VG1A 3D3TA 5P4IA 1LS5A 3O9GA 5P1UA 4AMTA 5COOA 5OZOA 5P15A 1BWBA 4YHQA 2XFJA 4FGXA 5F00A 5B18A 3EKXA 4Y3LA 4B00A 5DR7A 3MWSA 3O9LB 1MSMA 4JOOA 5P60A 1YT9A 5P7AA 2V00A 4NJUA 4Y4XA 3BGBA 4APRE 2XFIA 4D89A 3GGXA 5P0PA 2RKFA 3TKWA 3O9LA 5P0BA 4Q1NA 5P2OA 4J0PA 1HTFA 3NWQA 3CKPA 3T7XA 5P2NA 5P6PA 3HAWA 5P68A 3SACA 3KDCA 3FIVA 1MPPA 4RVXA 3R2FA 5P4KA 1ODYA 5P0DA 1HTRB 5HDUA 1MERA 5P2YA 1K6CA 5P3CA 5HU1A 5P0NA 2F80A 4HDBA 4HLAA 3NSHA 5P2MA 1IDAA 1MVPA 2G1YA 5P04A 2QI6A 5P7WA 4ZLSA 5P2HA 5P17A 1ME6A 4J5JA 4APEA 4CPWA 3VYDA 1KJ4A 4ZSMA 3KA2A 3QI1A 2F8GA 4CPUA 3LIXA 4Y5GA 5P8RA 4Q5MA 4R5NA 3VV7A 2G1RA 4H3JA 5OZXA 1XS7D 3UQPA 2P83A 3EXOA 5P5PA 3UQXA 5DGUA 1PSAA 2HIZA 4A6BA 2BQVA 3EKTA 5P24A 5P2WA 2FDEA 3OHHA 1HPXA 5P5AA 1M43A 5P03A 2H6TA 4Y38A 4FM8A 5P80A 1QBSA 2PH6A 3EMYA 1YTJA 4DJPA 3EKPA 2PK5A 3RVIA 4DVFA 2O4KA 4GZFA 3I8WA 4FRKA 3VSXA 4GJBA 4Y9WA 5P43A 1HXWA 5P5MA 5P37A 1BBSA 1MTRA 4D83A 1BILA 3WSJA 5HE4A 5P4MA 4DJQA 3O9CA 1ZPAA 3LPIA 2HB2A 5P6BA 4IVTA 5P6LA 4AUCA 1FG8C 5P1PA 4GJCA 4DH6A 3OUCA 5P18A 5P32A 4OBFA 3OU1B 4PZXA 4L7GA 4L7JA 1HTEA 1MEUA 1AXAA 3SABA 3D1YA 4JPCA 4Y54A 5P0HA 3KYRA 1HEGE 5OZRA 3R0YA 5P0UA 4BEKA 1F7AA 5HCTA 1QRPE 3OU1A 1BVGA 4Y4JA 1E81E 1BDQA 1KJ7A 3U7SA 5OZ1A 2HB4A 5P3MA 1HVCA 3I2LA 1B6KA 1LV1A 2O4LA 4NPTA 2NNKA 2WL0A 4MC2A 5OZ7A 3SAAA 2I4DA 5P69A 3LNKA 3F9QA 1PSNA 5P6YA 4FM7A 1FQ7A 3GI5A 4OBHA 2IGXA 3TOGA 4Y3QA 4J17A 3PWRA 1HVRA 2AODA 3WZ6A 4Y5NA 4R93A 2OHTA 1OEXA 3IXJA 4LBTA 2QHCA 2VIYA 3EL9A 5HE5A 5KR2A 5P3EA 5P3VA 2CEJA 5FIVA 4B1CA 4DUSA 1BIMA 4K9HA 3SFCA 5P6CA 1YM2A 5OZ5A 1BVEA 1DP5A 3DM6A 2ZDZA 5P5XA 3BGCA 3NDXA 5AHBA 3T11A 4F75A 1G2KA 4YOBA 5P50A 2IRZA 5P70A 3RTHA 4EP2A 3OTYA 2OHUA 5P44A 2OHSA 2QCIA 3KF0A 3PRSA 4YDFA 5IVSA 1FMUA 2R9BA 4Y5CA 2BPWA 5P0VA 5P1SA 2ER9E 5J25A 3EM4A 5P8SA 2VJ9A 5P4LA 4I0IA 3QIHA 4AA8A 5KR1A 2QMGA 1FKNA 5P3OA 5P4TA 4J55A 2P3AA 4JPEA 4OBDA 4NJTA 5P8KA 4LXMA 3MXDA 5DQCA 4XKXA 4Y4BA 2OHMA 4Y53A 3OU3A 5P74A 1T7JA 5PEPA 5P0FA 5P16A 5P1DA 1ZSRA 5I3WA 5P5UA 5P2SA 5SZ9A 5P2FA 2PSVA 3QVCA 4R91A 5P4YA 3HDKA 2PSUA 1MRWA 3VLAA 5P7QA 4EYRA 5DQ5A 1BWAA 1AJVA 4JECA 1LYAB 5P7YA 3O99A 3BHEA 3O9IA 4YOAA 1EPRE 4A4QA 4Y47A 1HBVA 4J0ZA 5P0OA 5P2XA 2NMZA 4TRYA 2Q15A 3OUBA 1LYAA 5P1ZA 5UPJA 5P1LA 5COKA 4YD4A 4I8WA 3Q3TA 2V16C 1META 2AZ8A 5I3VA 5P65A 3URIA 2WJOA 3GGVA 4EQ0A 2OHRA 2PC0A 5P45A 2ER7E 1VIJA 5HE7A 4K4PA 5P1QA 3UPJA 3OQKA 1MIQA 2VIJA 3ZKQA 2BKTA 4Y3AA 3S43B 2ZJJA 1QS8A 3SO9A 5DR1A 5P88A 2QU2A 3I25A 5SXNA 1FFFC 1K1UA 5P5FA 3Q70A 4Z50A 1K6VA 2I1AA 3S43A 3BXSA 1TCXA 3L5CA 4ZE6A 5P6QA 4CPTA 3ZKIA 5JFPA 4Y37A 4EQJA 2ZHVA 4DQEA 4RCDA 3ZPSA 3FNTA 2OHLA 2VA7A 4BELA 4EHCA 4LXKA 1EAGA 5P7BA 1SGUA 5P09A 5P1RA 5OZEA 3OU4B 1PPME 4Y51A 3VF7A 2V10C 9HVPA 4LAPA 3R4BA 1XL2A 3KMYA 4Y3DA 2PWCA 2V0ZC 4DQHA 5P8UA 4A6CA 3UFNA 5OZPA 4HA5A 3EL4A 5P8PA 3TOFA 3ZKXA 5P07A 5P4GA 2CENA 4EXGA 3ZOVA 2JE4A 1HIVA 5P3ZA 3OU4A 5P7PA 2HC0A 2QZWA 1A9MA 1IZIA 5OYYA 1W5WA 5P3BA 5P6UA 4ZSPA 3O9EA 2PWRA 3DV5A 2J9JB 1ZLFA 4Z2ZA 1IBQA 3PCWA 5ISJA 5P7RA 5DR3A 2QI3A 3GI0A 4J1HA 3QS1A 1Z1HA 2J9JA 3CICA 5P0JA 2V13A 5AH7A 1W50A 3OGQA 5HTZA 3NDUA 1MT8A 2V12C 5P7TA 2QZXA 4QJAA 3WZ7A 4XX4A 2QMDA 1FQ5A 4DJXA 2AOHA 2WF2A 4I0DA 2IEOA 2QI7A 3QP0A 5P6VA 1G0VA 1NH0A 3VF5A 2VKMA 3VLBA 5P1TA 4Y5PA 4NJVA 2NR6A 4KUPA 2FGVA 4GJDA 1HVHA 2Z54A 1FQ6A 3N4LA 4HDPA 1CMSA 3TH9A 3HAUA 1Z1RA 1QBRA 4YBIA 1RL8A 4FE6A 5P7KA 4Y3PA 5P5LA 2APRA 5P35A 1APWE 1MUIA 2ZGAA 2ZJKA 3HD8A 4Y3HA 4E43A 5P4RA 2VIEA 5P82A 3SLZA 2QD7A 2AOJA 5P5HA 5P3SA 4RZ1A 3IGBA 4RYCA 5OZ8A 2FDPA 2JJJA 4GJ5A 1C6YA 2WEDA 1RV7A 1TCWA 1ZP8A 3DCRA 4AZYA 1E5OE 1RPIA 2XYFA 2O40A 3LZYA 4FRJA 4NPUA 1F34A 1EEDP 4Y3SA 5OZLA 5P46A 1T3RA 3S53A 4ER1E 3L5EA 3HBOA 5EZXA 4J0TA 3EKWA 5P3UA 2G94A 3GI6A 5DGWA 3VV6A 3OXXA 1FG6C 5DPZA 3JVYA 4Y3MA 3L59A 4GJ6A 4H3IA 5P12A 4OC6A 5P5OA 2BPVA 1EBKC 2AVMA 4Y3RA 1NPWA 5P2TA 1FMBA 2SAMA 4N00A 4D88A 5OZSA 7UPJA 5ER2E 1IIQA 4LL3A 3LPJA 1KJGA 2BKSA 3TL9A 5DQ4A 3EL1A 1RQ9A 5OZNA 5P5EA 5APRE 4RVIA 3PGIA 1QBUA 1MT7A 5P7IA 3UDRA 2O4SA 3SKGA 4RRNA 3PWMA 3S45A 5P53A 4I0JA 5OZJA 2VA6A 3M9FA 4J54A 3A2OA 1UH9A 2JXRA 5P7CA 1M0BA 4CMSA 3NDWA 3KFNA 5C9FA 1EBWA 5OZWA 3MSLA 1ODWA 2ER0E 3PSGA 4FRIA 4Z22A 1Z8CA 5DR8A 1AM5A 1HRNA 5OZ9A 2NNPA 1DAZC 5DQ2A 5P7UA 5OYRA 4DI2A 3NWXA 4LHHA 5P28A 3TKGA 1B6PA 1PROA 2A4FA 5P6TA 5P3GA 5ENKA 2HPEA 5P2QA 5P52A 6FIVA 4I8ZA 1EPOE 4Q1YA 3QAAA 2PH8A 5P5ZA 3ZKGA 1B6MA 5P13A 1HWRA 2G20A 1W5YA 5P1CA 1HEFE 5P86A 4HZTA 5P4EA 5OZMA 2R5QA 3AUPA 3QBHA 5CONA 3OOTA 3ZPTA 2IQGA 4FL8A 5OZAA 4RYGA 5ISKA 4RCEA 5P2EA 3NLSA 5P39A 1ER8E 1HSIA 1ZJ7A 2BPXA 4F76A 3OAGB 2B42A 4OBZA 1MT9A 4KB9A 5P4FA 1G6LA 3HVGA 5P5IA 5E5JA 3UDJA 5P5GA 2O4PA 1HSHA 4Y3WA 3UCBA 1M4HA 5P5NA 4I1CA 2OAHA 3KT5A 1TSUA 4OBKA 1SP5A 2F3FA 4K8SA 2QNQA 3OAGA 1N49A 3EC0A 1B5FB 3O9HA 5P0AA 3H0BA 4B1EA 2JJIA 4FSLA 1TW7A 5OZTA 1SIPA 4J1FA 1GVTA 5HD0A 4Z4XA 5P1XA 4DJVA 5P6WA 3BC4A 5P1EA 2FDDA 1B5FA 1KZKA 5P6DA 1HVIA 3ZKSA 2R38A 4TVHA 4CPXA 1XE6A 2HAHA 2P8HA 4F74A 2IL2A 2QNNA 5SY3A 2IS0A 5P7XA 3PI5A 4FAFA 3ECGA 1C6ZA 5P5CA 4ER2E 1LF4A 4Y5MA 1AZ5A 4Y5AA 5P3TA 3UHLA 1EPLE 4ACXA 3NUJA 5P27A 3L5FA 3K5CA 2OHPA 3T6IA 2FGUA 2PSGA 5P7JA 5OZ4A 5OYZA 1EC1A 2Q5KA 5P7NA 3UTLA 2UXZA 1OD1A 3OUDB 2VNMA 5P2JA 3PSYA 1KJFA 2ZJNA 2F81A 5KAOA 3HZCA 5HDVA 5P7FA 4Y4DA 1YTGA 3TPRA 4Y3FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZL7 A;  5P8B A;  4I0E A;  3PHV A;  4AA9 A;  5P83 A;  3SA8 A;  3T7Q A;  5P6A A;  5P0E A;  5TOL A;  5P0Q A;  3VF3 A;  4Y56 A;  5P0S A;  3VSW A;  1MRX A;  1XDH A;  2ZHT A;  1QBT A;  1SGZ A;  1W6I A;  4QLH A;  3DUY A;  3ZKN A;  5P8Q A;  3PBD A;  5C9D A;  4Y3E A;  5P2U A;  5OZH A;  4CPQ A;  4R92 A;  3G6Z A;  5P30 A;  3CYW A;  3GGA A;  1XE5 A;  3SA3 A;  4ACU A;  4Y3T A;  5P48 A;  4Y4T A;  4L1A B;  3EBZ A;  3OQ7 A;  3VV8 A;  4PEP A;  4FIV A;  2QI4 A;  5OZ6 A;  3CYX A;  4DJY A;  5P59 A;  3BUH A;  1GVX A;  5P0T A;  4CP7 A;  4MC1 A;  3Q5H A;  2ER6 E;  4L1A A;  3MXE A;  3URL A;  5P7O A;  5P7D A;  1A30 A;  5P7S A;  5P6E A;  3R1G B;  4GJA A;  5P84 A;  3T7P A;  5IVR A;  3PB5 A;  5OYU A;  1FIV A;  5P01 A;  3EKV A;  1BDL A;  3VYF A;  2RMP A;  3NUO A;  2I4Q A;  1T7I A;  5P2Z A;  3VFB A;  4X7I A;  5I3Y A;  5P25 A;  2HS2 A;  5P4P A;  2HS1 A;  5P2L A;  1Q9P A;  2AZC A;  3OQA A;  1UH8 A;  2AOC A;  5P5V A;  1HVK A;  3JVW A;  5COP A;  3QRO A;  3KDD A;  2FMB A;  5P79 A;  5P08 A;  5P8G A;  3KT2 A;  2IDW A;  1HSG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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