5COKA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-0476
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cokA00
4Y44A 4A4QA 2QI3A 3HBOA 5P09A 3NU5A 5P0KA 4Y43A 1N49A 1ODYA 2QI1A 4EQ0A 5OYUA 4H3FA 5P3AA 1HRNA 1CPIA 4YOBA 5P1CA 5P8AA 2H6TA 1HXBA 3NSHA 4J5JA 2P8HA 1FFIC 2F3EA 3ZKIA 4CPQA 5P3BA 3O9HA 2G94A 5P38A 5P82A 4EJDA 5KR2A 4Y3SA 1PPKE 4OBZB 1KZKA 4YCKA 4WTUA 1SGZA 4Y3WA 4M8YA 1QRPE 3NU6A 1DW6C 5P2HA 3QVCA 3TOHA 5P84A 2HAHA 3LZVA 2WJOA 1AM5A 5P4JA 1W5WA 4CPWA 4I0GA 5SXNA 3LZSA 3ST5A 1SDVA 2J9JB 5P6AA 1D4LA 1EBWA 3RSVA 4RCDA 3UDRA 5OZYA 3VUCA 4Y3GA 5P41A 4U7QA 3IVHA 5P0HA 3EBZA 2PYMA 1TZSA 5JG1A 5PEPA 5P0FA 5P2YA 5P5PA 2VA5A 1SH9A 3EKTA 1C6XA 2AOJA 4CMSA 3FSMA 1ZP8A 2OF0A 4FRJA 5P02A 5P58A 4EJKA 5OZIA 3GI4A 5P0GA 1W5VA 1FLHA 3D1XA 2HC0A 3LPJA 1RL8A 3AIDA 4OBGA 1QBRA 2ZDZA 4B1EA 1ZAPA 5P0IA 4J55A 4YD4A 1PPME 4DPIA 3ZPTA 5P1KA 1BDLA 1LYBA 2G22A 4COEA 2ZYEA 2WEAA 2QAKA 3PEPA 5HTZA 3PCWA 5P76A 2VKMA 2NTRA 5P26A 2AQUA 2O4PA 4Q5MA 4Y3DA 2VIYA 1KJ4A 4ZPEA 3FKTA 5P1QA 3L5DA 5P5SA 3CYWA 5P0LA 4I0EA 1RNEA 3KYRA 3D1ZA 3U7SA 2R8NA 5CLMA 3K5CA 2NXMA 5HDXA 5P8JA 4Y3AA 5P88A 5AH7A 5DQ2A 3OY4A 1NPAA 4K4QA 3UCBA 2Q63A 5P7UA 1PSNA 3IN4A 1IDAA 3K1WA 5P6CA 3H5BA 3PWWA 5P2SA 2WHHA 4F74A 5P08A 2IL2A 2PK6A 2QZLA 3PBZA 4J1HA 2QP8A 4Z4XA 5P6IA 1EPLE 4XKXA 5P3SA 5DR1A 5P4IA 3KFSA 3SA7A 1T7JA 3UPJA 1EPPE 4I10A 3KMYA 4YOAA 5P5LA 4Y5PA 3ZKSA 4AUCA 4Y5AA 5P4FA 1GVTA 2G27A 2G1OA 4L7JA 5P3QA 1FF0C 1D4KA 4Y51A 4LXKA 3T11A 3URLA 1LYWA 5EZZA 4RCFA 5B18A 2JJJA 2HS1A 3OXWA 5KQYA 1FG8C 4GJBA 5KR1A 5P11A 4KUPA 5P7PA 1W5YA 4YDFA 5DQ4A 4HLAA 3NR6A 2APRA 3EKQA 4BFDA 1FMUA 5P2IA 3T6IA 4Y5BA 3UDNA 1FQ7A 5P49A 5P0MA 5HE5A 1HVLA 5OZEA 4R5NA 3ER5E 5IVRA 3L59A 4CPUA 4FSEA 5P05A 1AJXA 1G35A 2FGVA 5P66A 2FDEA 1HIIA 4Y56A 5P8TA 2NXLA 3KF0A 5OYXA 3VSXA 5P6DA 3PWMA 5P6UA 1TSQA 2PMAA 3TLHA 2ZJIA 5OZTA 4WY1A 1BBSA 2FDPA 3VLBA 3VYEA 3SA6A 3MSKA 4CPXA 1FQ4A 1CZIE 4QJAA 5P7YA 3TOGA 1VIKA 4K8SA 5P50A 1TCWA 4OD9A 2FS4A 3ZL7A 1D4IA 3VEUA 4DUSA 2XYEA 3IVIA 5P8GA 5P8MA 3BXRA 5P5IA 3TPJA 4Q1NA 4FGXA 3DOXA 5P2XA 1ZTZA 1YM2A 2V0ZC 5OYVA 5P75A 5P17A 1XN3A 2V12C 2XFIA 4OBFA 3BXSA 5P1RA 2O4SA 3EKPA 4Y37A 3VV6A 2QNQA 1GNMA 4RVIA 4DV9A 5OZ4A 1TW7A 5AHCA 5P2DA 3APRE 5SY3A 3EKYA 4Y6MA 3OQKA 1QBUA 1SP5A 5P45A 1ER8E 3HW1A 4HE9A 5P6SA 1SMEA 2NR6A 1EPME 3APPA 2G1YA 5P5KA 1MIQA 1GVWA 1QBTA 4HDBA 5P1IA 4MC9A 4E43A 1EC1A 3URJA 1J71A 4Y3ZA 1MRWA 2VJ7A 4F75A 2NXDA 3KM4A 1MEUA 2AZ8A 3U6AA 5P1GA 4OBHA 2Q3KA 2QNPA 5P2OA 5OZGA 1LYAA 4DJXA 2G20A 2PSVA 4Y3EA 3EC0A 4ZIPA 1XDHA 3ZMGA 3CICA 5OZCA 3DV5A 5C9BA 4FSLA 5P1XA 5OZJA 5P63A 5DR7A 4L6BA 3CMSA 4FIVA 3CIDA 2IS0A 1NSOA 3D3TA 5P1HA 1IIQA 2NNKA 1PSAA 4QJ8A 1BVEA 1HTFA 2ER9E 5I3YA 1LYBB 3WB4A 4PHVA 3VCMA 2AVVA 4GZFA 1IVPA 4RGHA 5P1TA 5P7JA 1Q9PA 1AAQA 1HVJA 5OZNA 1MT9A 4KE0A 5DR0A 2FNTA 1FGCC 1HXWA 5P73A 2ZJLA 3LPIA 2BQVA 1UH7A 4Y4TA 2QU2A 3PI0A 5P4AA 4LP9A 3O99A 3UDYA 1YT9A 3FNUA 5P4WA 4PZWA 1ODWA 5P8PA 3OWNA 1UH9A 1ZSRA 3HVPA 4ZPFA 2FDDA 2VIEA 3T7XA 1HVCA 5OZAA 5P86A 4Y3RA 1W5XA 2ER0E 4ACXA 4YCTA 3PLDA 2I4WA 3GI6A 3UDHA 5P7SA 4DQEA 1YTHA 3PJ6A 1YM4A 4RRNA 1YTIA 4QJ6A 5P65A 3EXOA 1AXAA 1GKTA 3EM4A 5P2CA 1OHRA 4RYCA 5P0CA 3NLSA 3NDWA 3QROA 3QN8A 5P61A 1EC3A 1EC2A 5P6RA 4CPRA 4A6BA 2V11C 3U71A 4Y4WA 5P27A 5P3HA 2R43A 3NDUA 5P0PA 3DCKA 2IGXA 5KOQA 1MVPA 5P6KA 3WZ8A 4ACUA 3OXCA 2UXZA 3N4LA 5JFUA 5HCOA 1KJ7A 2JXRA 4YA8A 2ZHUA 1LYWB 5IVTA 4OC6A 3QRVA 5OYTA 5ENMA 2AVOA 3EKVA 2BPXA 3QAAA 5P1OA 3QS1A 5P7AA 5JFPA 3ZOVA 4D89A 3UDMA 2PSUA 5P34A 4Y5LA 1AZ5A 3JVYA 2OAHA 5P03A 2XFKA 3K4VA 4RVJA 5P7GA 4Y45A 3UTLA 1MERA 3QBHA 1MPPA 2QI5A 1NPVA 3MSJA 3WZ7A 1B6KA 1K1TA 5P3WA 3I2LA 5P00A 4DVFA 2BKTA 3KN0A 1XE6A 4NJUA 4Y3LA 5P13A 1HSGA 3ZKMA 5P1VA 4Y39A 3PSUA 3PCZA 1OEWA 3O9IA 1AIDA 1XS7D 4I1CA 1HPVA 5OYRA 5IE1A 5AH9A 3FIVA 4Q1WA 5P7DA 4Y3TA 2I4VA 2I4XA 4LC7A 3EL9A 2AOFA 4RVXA 2BB9A 4BFBA 5P3LA 5F00A 5KOSA 5P87A 2AVSA 2HB3A 5P01A 4OD9B 5P4EA 5P72A 2ZHSA 4BEKA 3SABA 3NYGA 1UPJA 4N00A 2JYSA 3CIBA 5HCTA 1YX9A 4Y3MA 4YD5A 1AJVA 2P3BA 3VLAA 4Y48A 4DJUA 2OHMA 2QMFA 5P3FA 5P5EA 1SMRA 3QPJA 1SGUA 5P6WA 5OZ0A 2OHQA 5E5JA 2A4FA 4LBTA 1GNOA 4GMIA 4DJVA 5KQFA 4Y54A 2Z4OA 1ZPKA 1B6JA 5P2LA 4APEA 1TSUA 2AZ9A 4L1AA 1DPJA 2F3FA 4I11A 2VA7A 1APWE 5AGZA 3T3CA 3OUAA 1G2KA 3L5BA 2ZJJA 3UQPA 3R2FA 1HVHA 1C6YA 3K5FA 4H3JA 4PEPA 6FIVA 2HB4A 5P3VA 1MUIA 1OD1A 5DR8A 1HVIA 3LINA 3M9FA 5P62A 5P3CA 4Y4ZA 4FRKA 5P37A 5P89A 5P0NA 4GIDA 5OZ6A 2IENA 5P20A 4QJ7A 1LV1A 2IKOA 5P2QA 5AHBA 3A2OA 1DMPA 3VF5A 5P0RA 2NNPA 4GJ6A 2QI7A 5P6MA 3BHEA 1HIVA 3F9QA 1LYAB 4TRYA 5P32A 5ISJA 4Y4JA 4GYEA 3TOFA 5P3KA 5P28A 1SIVA 2QMGA 4B00A 4ER2E 2OHPA 1WBMA 2HB2A 4FL8A 3ZKQA 3PM4A 2FXDA 5P1JA 5P6VA 5P5QA 2AZBA 4AZYA 4Y35A 1HPSA 3ZKNA 4ZPGA 1K6PA 5P42A 5P85A 3MWSA 5DQ1A 5P0QA 5OYZA 3PMUA 5P7NA 3BGBA 1NH0A 1K6CA 2ZGAA 4R93A 2BBBA 5P7EA 4B72A 4H3GA 1FKNA 5P5AA 4R95A 3KT2A 5P5TA 4JECA 5OZBA 5P6PA 4NJTA 5OZ3A 4FCOA 2PH6A 5P2AA 3OU4A 2AVQA 7UPJA 2P3AA 2IGYA 4PYVA 4AA9A 4DQBA 5P8IA 9HVPA 3OGQA 1B5FA 3S7MA 1K2BA 5P8HA 4PZXA 1BDRA 1FQ5A 2CEMA 5P4RA 5P7QA 4ER4E 3PSYA 1PPLE 2G69A 4FE6A 4XX4A 3S7LA 2ZJHA 4TVGA 5P1UA 3TTPA 5P4CA 2Q55A 1ZPAA 3B80A 5P0DA 5P12A 1TCXA 3HD8A 4D88A 1A9MA 3L38A 3TL9A 4MC6A 5P1SA 1ODXA 4HEGA 3SKGA 2ZHVA 5P1MA 4I0FA 5DR3A 3L5FA 3R0YA 3VFAA 1EBZA 4YD7A 5OZKA 5P39A 5P44A 5P4YA 1MESA 1T7IA 3OAGA 5P7RA 4GJCA 2Z54A 2HPFA 1YTJA 4JPCA 3PBDA 5P70A 2WEZA 3GGXA 4Y3FA 1Z1RA 2IDWA 5OZOA 4LXAA 3LIXA 4OC6B 3PMYA 1HBVA 1APTE 5KR8A 4YD6A 2V10C 2BPZA 3L3AA 3UDKA 3BVAA 1IZDA 4YDGA 5P5MA 1Z1HA 5P55A 2PH8A 2OHLA 5P15A 5P8SA 2R3TA 3NXNA 3NXEA 2R38A 3Q3TA 3TPPA 1HIHA 2ER7E 1D4HA 4XX3A 1IZIA 1U8GA 2G1NA 3WB5A 1IZEA 3HVGA 5P4QA 3NWXA 5HDVA 1IZHA 3PHVA 2F8GA 1FFFC 5P59A 3OTSA 4FS4A 3HAUA 5P7TA 3NU4A 3Q4BA 2ANLA 4Y4XA 3TKWA 4HA5A 5P0TA 4EYRA 2QI6A 3NU3A 3VYDA 2F3KA 4MC1A 3BRAA 5KR0A 1EC0A 2I4UA 5HE7A 5P5RA 2I0AA 2IQGA 3FNSA 5HU0A 1MTRA 3UF3A 3AUPA 5OZ2A 2MIPA 5P04A 5P33A 5P3RA 1W6HA 4FM8A 1AVFA 3MSLA 4RZ1A 3QRSA 5P7IA 3T7PA 5DGUA 3GI0A 2V00A 5KQXA 3VF7A 3PB5A 2ZJKA 5P4SA 5P74A 4B77A 3BGCA 5J25A 5TOLA 1EPOE 1HEFE 4FM6A 3PRSA 4ZSPA 4DJOA 1MTBA 3CKRA 1M43A 5APRE 2CENA 5P5HA 5KQZA 2ZHRA 4Y5CA 5P0VA 3KDBA 5P1LA 3NUJA 3D1YA 3DM6A 5P1PA 5P8FA 1EBKC 4L1AB 2R5PA 3LZYA 2R5QA 4ZEAA 3SA9A 4B1DA 3OUDA 1LF4A 5P14A 5P2ZA 5HDUA 3PI5A 5P68A 4F73A 2FLEA 4M8XA 4Y5EA 3IAWA 5I70A 5P0WA 1MT7A 2QHYA 2AVMA 3I8WA 3SA4A 2VJ9A 5P16A 2ER6E 1GNNA 2B8VA 3VV8A 5HE4A 1G0VA 2WECA 5P1DA 5P4OA 1OEXA 5P7OA 5P79A 2V13A 3RTNA 1LS5A 4H1EA 2PWCA 5P2FA 3IGBA 3T7QA 2OHSA 4Z2ZA 5P3JA 4J0TA 2EWYA 4FAFA 4FRIA 4Y41A 2ZE1A 3IXJA 4R8YA 4J1IA 5CONA 3C9XA 3OXXA 4FAEA 1XE5A 3GI5A 3BUFA 3SLZA 2A1EA 1G6LA 4I0IA 3GGAA 4APRE 3CYXA 4GJ9A 2HS2A 4J1EA 4U7VA 5P0OA 5DQCA 2BPWA 3OHHA 4LHHA 1QBSA 4J0PA 5P5DA 5P7HA 5P3MA 4Y3XA 4LAPA 4DQFA 1VIJA 2QD6A 4RLDA 2QHZA 5DGWA 5P7KA 4FM7A 5P3DA 1KJGA 3DJKA 5P3GA 5P40A 1SBGA 1XL5A 3O9GA 3IN3A 3JW2A 3UQWA 4BELA 3S2OA 4Z50A 5P6NA 4EPJA 2R3WA 3OU4B 1D4JA 5P43A 5P0UA 2O40A 3SA8A 3NU9A 2G21A 2VNMA 3KA2A 4F76A 2PQZA 1B11A 5P23A 1B5FB 3LHGA 5P51A 5P0BA 5P1EA 3LIVA 5P8LA 2UPJA 5OZSA 4KE1A 5ISKA 3OGPA 3RU1A 1EPRE 1M4HA 4DJPA 4K9HA 2VS2A 4B78A 3I7EA 4Z22A 5P7LA 4QLHA 5ENKA 1XN2A 4EJ8A 5FIVA 4JOOA 3OU1A 5COPA 1EEDP 5P3YA 4J0ZA 2B8LA 1MSMA 5P4HA 2QHCA 5P60A 1EPQE 1FQ8A 6APRE 1K6TA 3G6ZA 4HZTA 4R92A 5JODA 3SKFA 3OAGB 1SIPA 2WF1A 5P6HA 4RRSA 4UPJA 2RENA 5OZWA 3OQ7A 5P18A 5P1YA 4NPUA 1GVVA 5P52A 1F34A 4GJDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y44 A;  4A4Q A;  2QI3 A;  3HBO A;  5P09 A;  3NU5 A;  5P0K A;  4Y43 A;  1N49 A;  1ODY A;  2QI1 A;  4EQ0 A;  5OYU A;  4H3F A;  5P3A A;  1HRN A;  1CPI A;  4YOB A;  5P1C A;  5P8A A;  2H6T A;  1HXB A;  3NSH A;  4J5J A;  2P8H A;  1FFI C;  2F3E A;  3ZKI A;  4CPQ A;  5P3B A;  3O9H A;  2G94 A;  5P38 A;  5P82 A;  4EJD A;  5KR2 A;  4Y3S A;  1PPK E;  4OBZ B;  1KZK A;  4YCK A;  4WTU A;  1SGZ A;  4Y3W A;  4M8Y A;  1QRP E;  3NU6 A;  1DW6 C;  5P2H A;  3QVC A;  3TOH A;  5P84 A;  2HAH A;  3LZV A;  2WJO A;  1AM5 A;  5P4J A;  1W5W A;  4CPW A;  4I0G A;  5SXN A;  3LZS A;  3ST5 A;  1SDV A;  2J9J B;  5P6A A;  1D4L A;  1EBW A;  3RSV A;  4RCD A;  3UDR A;  5OZY A;  3VUC A;  4Y3G A;  5P41 A;  4U7Q A;  3IVH A;  5P0H A;  3EBZ A;  2PYM A;  1TZS A;  5JG1 A;  5PEP A;  5P0F A;  5P2Y A;  5P5P A;  2VA5 A;  1SH9 A;  3EKT A;  1C6X A;  2AOJ A;  4CMS A;  3FSM A;  1ZP8 A;  2OF0 A;  4FRJ A;  5P02 A;  5P58 A;  4EJK A;  5OZI A;  3GI4 A;  5P0G A;  1W5V A;  1FLH A;  3D1X A;  2HC0 A;  3LPJ A;  1RL8 A;  3AID A;  4OBG A;  1QBR A;  2ZDZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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