5COKA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-0476
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cokA00
4GJAA 5P5RA 3OU1A 3NWQA 3CYWA 4AZYA 3I6OA 2ZGAA 5P5AA 4EP3A 1MT9A 5OZMA 4HDBA 1NPAA 3D91A 2NPHA 2RENA 4Y3AA 4ER2E 5P61A 2O4PA 2H6SA 3O9DA 2ZHSA 4DI2A 1XL5A 1FQ8A 5OYXA 4OC6B 1C6ZA 5P4NA 3MSKA 3A2OA 1BXQA 3BVBA 5J25A 3QRMA 4B77A 3SKGA 5IE1A 5P6KA 2PQZA 3GW5A 5P58A 4Y37A 1UH7A 3LIYA 4I0ZA 1PPLE 2FXDA 3TOGA 2NMYA 3OTSA 3OUAA 4OBFA 4OBDA 1LF3A 3Q6YA 2QU3A 3S43B 4CPUA 1ZSRA 4TRYA 5P0NA 1RPIA 1FQ4A 5P6SA 1B5FA 5P1XA 5P4KA 5OZHA 3CIDA 3LNKA 3BGCA 4DJQA 5P8OA 3OU3A 1NPVA 4YDFA 3IVIA 1ZJ7A 3EC0A 5PEPA 3GI0A 2Q11A 2WF1A 3KFSA 5P6JA 2AVSA 2AVOA 2NXLA 5HDZA 4WY6A 3IVHA 1QBTA 2G94A 3H5BA 4CPQA 3SA7A 3PGIA 2RSPA 2HM1A 1KZKA 2BJUA 3T6IA 3HD8A 5P19A 3HAWA 5P1CA 1EC3A 5P87A 4D85A 3OU1B 4MC6A 5KAOA 3OUBA 5P16A 1LYWA 2OHMA 3WZ8A 5P59A 3TOHA 5JFPA 1LEEA 5P86A 3OAGA 2Q5KA 5P83A 2AOJA 2IEOA 2ZE1A 5HU1A 1LS5A 3ER3E 1ZLFA 1APUE 3CIBA 3LPJA 3EKVA 3CMSA 5P3ZA 2OHTA 3PWWA 3Q5HA 5E5KA 5P7QA 2ZHUA 4NPUA 3GGXA 3S53A 4H3JA 1XN2A 4JPEA 1KJGA 2G21A 5P1EA 2Q15A 5P4XA 4F74A 5P7UA 1IZHA 2R9BA 4A4QA 5ENMA 4M8XA 1FMUA 3KFRA 3NLSA 3OXXA 2HB3A 1UH9A 2R5PA 5P4PA 5DR1A 1GVUA 5P78A 4D8CA 4Z50A 1B5FB 5P8DA 5P56A 4RYCA 2IKUA 2G1NA 5OZDA 3LPKA 3D3TA 5P4IA 3IGBA 4B70A 2QHZA 3NR6A 5OZNA 5P2ZA 3TL9A 5P69A 2JE4A 3TPPA 5ER1E 5P3DA 4H3FA 5P13A 3CYXA 2B7ZA 2G69A 4EWOA 2P3CA 3UDQA 4DV9A 4HA5A 1PSNA 3EL0A 5P4UA 3NXNA 5P48A 5P4VA 3QRVA 2PSVA 1LYWB 1MEUA 5APRE 5P14A 5P3OA 5OZQA 5KQFA 4K4QA 2ZHRA 1FF0C 4DJYA 4FAFA 4Y5BA 3T7XA 3O9FA 5P01A 2VS2A 3EL9A 4HLAA 5P8UA 4I0FA 3GGUA 3UDHA 5P77A 1GNMA 4FSEA 5OYYA 1GVVA 3PB5A 4COEA 5P5SA 1JLDA 4CKUA 4EQ0A 5DGWA 2FDEA 1PSAA 4KE1A 2VIZA 3VYDA 3IXOA 3OUDA 5P06A 3GGAA 4Y5PA 3PWRA 2ZDZA 2VIEA 3BVAA 1GVWA 1D4IA 3EMYA 4YOBA 5P6NA 5P5NA 5JODA 5P6AA 5P6BA 1LF4A 5HE4A 3D1XA 4NJUA 3OGPA 4J1HA 1ENTE 4LXMA 1SIVA 1RL8A 5OZOA 1HIHA 5OYWA 1LV1A 1QDMA 3LIVA 4FCOA 5P03A 5P18A 1AJVA 5P4WA 3LIQA 2FDPA 2P3BA 2IQGA 2PWRA 4QJ7A 4ZPEA 3KYRA 5P8PA 5P1BA 4DQBA 5P65A 5P0BA 2G27A 1MTRA 2QI4A 1T7KA 3QBFA 5P0YA 5P5JA 1U8GA 5OZ1A 1LF2A 4EJKA 5P1RA 5P3UA 4ACXA 3GGVA 2QU2A 4Y58A 3CICA 1BDRA 4UPJA 4F76A 5P52A 5OZAA 1T6GA 3S8IA 4R93A 5P60A 1W5YA 5DR3A 5AH9A 3EL4A 5P62A 5COOA 2V12C 5P2JA 1W5VA 4U7QA 2PSUA 6APRE 2I4QA 5P4FA 1D4SA 2B7FA 4ZSMA 1KJFA 1PROA 3DCRA 4B00A 2PK6A 1B6PA 5P4JA 4OBJA 4Y5LA 3OUDB 5BRYA 5P6ZA 4YOAA 3SA4A 4DPFA 4Y3XA 4Y4GA 3O9LA 5OZXA 3ST5A 3U71A 5FIVA 2V11C 5DGUA 2QI6A 4PYVA 5P0SA 5P46A 1LYBA 5T4SA 2PYNA 5BWYA 2B8LA 5P2QA 4CP7A 1PFZA 1HIVA 3HVGA 1TSUA 5P7CA 5AHBA 5HE7A 5OZBA 5SZ9A 5HDVA 2O4SA 4Y3QA 2P3BB 1XE6A 3L5EA 4ZE6A 5HDUA 4B0QA 5OZWA 2OHKA 1M43A 4K9HA 5P3NA 3TH9A 3EKQA 2F81A 4Z2ZA 1BV7A 4BFDA 3OQAA 3SA8A 1GNOA 2AOHA 2FIVA 1QBSA 2I4VA 3BGBA 5P5HA 1E81E 4R92A 5OZUA 5P1TA 5P8IA 2FXEA 4QJ9A 1BVGA 3HBOA 5P2GA 2F80A 5P5CA 5JG1A 4PEPA 5P5UA 1B6MA 1HPXA 4ZSPA 1EPLE 4GMIA 5P2BA 4Y44A 4OD9A 3IA9A 4JOOA 2IL2A 2JJJA 1DIFA 1EBWA 4K4PA 1HBVA 1AVFA 2AOEA 1K1TA 5UPJA 2OHPA 1XL2A 3OQ7A 3DCKA 2G1YA 1LYBB 3QS1A 2VIYA 3SFCA 5DQ2A 5P6IA 3RSVA 4OBZA 1VIJA 5HCOA 5P1LA 1HVLA 3UQPA 5AH6A 3T7QA 1UH8A 1HEGE 2QMPA 5OZCA 3OU4A 3ZLQA 2R38A 4L7HA 1T3RA 1ZBGA 4BELA 1HVHA 3BUGA 2NXMA 4DQGA 5P8TA 5P8SA 3NSHA 1HSGA 5P09A 2QNQA 4Y3RA 3IXJA 2PK5A 3KT5A 3LIXA 5P7JA 3CKRA 3UFNA 3URIA 4FRIA 4CPRA 1AAQA 1PPKE 1FMBA 5P3FA 5P8HA 5P6RA 2RKGA 3VF5A 4GJ6A 5P02A 4ACUA 5P26A 4EJLA 5P74A 5P84A 4WY1A 3G70A 1MPPA 4OD9B 3B7VA 2BBBA 4E43A 1SH9A 1QBUA 1M0BA 1ZPKA 5P8EA 4DJWA 3K4VC 3VYFA 4YCYA 1CMSA 3U6AA 3OHFA 3SKFA 2XFKA 3NDTA 1D4KA 4YA8A 1YM4A 6UPJA 5HDXA 5P57A 3UDKA 3APRE 3VUCA 1YT9A 4X2LA 3CKPA 2ZJIA 2AOIA 1IIQA 2A1EA 4OBZB 3S2OA 4DPIA 3LZVA 4R5NA 3C9XA 4ZLSA 1BWBA 4TVGA 3JW2A 3OY4A 3PEPA 5IS4A 3AIDA 1W6IA 1CZIE 2QMGA 5P4QA 4B05A 5P63A 5P0QA 1QBRA 3Q3TA 3OXCA 3KN0A 2AIDA 3LITA 5P3YA 2PSGA 4N00A 5P5WA 4Y4UA 3UHLA 3ZPUA 3ZKGA 3EL5A 3UF3A 3L5CA 5P1AA 5DQ5A 3SLZA 4RGHA 5TOLA 4YDGA 1KJ4A 2QNNA 5P73A 2V13A 3EM3A 3T7PA 3OGQA 4RRNA 3AUPA 5P3EA 1GNNA 4I0EA 5P72A 2BPZA 2V10C 1HXBA 2HIZA 5P23A 2CEJA 2VJ6A 1E5OE 3PBDA 5P6DA 1MERA 4Y5AA 1XDHA 4J1FA 1DAZC 1HVSA 5P05A 2IGYA 2Z54A 3QPJA 4K4RA 3K4VA 5P5KA 5P34A 1EBZA 5AH7A 5P2EA 4B1DA 1K6PA 3EKXA 5DR0A 2NTRA 5P1DA 5P5EA 2JJIA 5P2AA 5P8NA 1FG8C 4QJAA 1AXAA 4RZ1A 5P1QA 3ZKSA 7HVPA 3OQDA 1G2KA 2FGUA 5P4HA 3S56A 3VF7A 4F73A 5P1GA 3GI4A 1ODYA 1HTRB 3VSWA 5P42A 5AH8A 1BBSA 3SO9A 3SA5A 3SAAA 3BHEA 4RCDA 5P2FA 4OBHA 2G20A 1NSOA 2WL0A 2ZJLA 4EPJA 3FIVA 3VV7A 1MUIA 3KDCA 1EC2A 3F9QA 3HVPA 3UQWA 1ODXA 4Y3GA 5P0MA 5KQXA 3BXSA 2VNNA 2R5QA 5P1PA 4FSLA 5P0EA 2QMDA 5E5JA 5P53A 4Y4DA 5DR4A 4EYRA 5P2HA 3QBHA 4HDFA 5P1UA 4APEA 3PI5A 1YM2A 3S85A 2VA5A 5OZRA 2V16C 5ENKA 5P6MA 1EBYA 1LYAB 2HC0A 3HDKA 2FLEA 4XXSA 4ER1E 3OADA 2XFIA 4FRKA 4I10A 2ZYEA 1E80E 4J0YA 2HB2A 4CPWA 1EC1A 1RNEA 3PMUA 5P7ZA 1NH0A 5CLMA 5HD0A 5P47A 5P3LA 1FQ6A 4NJTA 3UTLA 4AMTA 4I11A 3T3CA 4FRSA 5OZKA 5P7TA 4JECA 5P8KA 2QHYA 3RTMA 4Y5EA 5P67A 4I0IA 1N49A 5P0HA 3FNUA 3O9AA 4GJ8A 2ZJKA 5P79A 5P4DA 3TPLA 2PMAA 3KF0A 5OZJA 2PYMA 2F8GA 5P33A 3BRAA 4OBKA 4Y3LA 4IVSA 3NU5A 5DQCA 3NU3A 4Y4TA 4L7GA 2VA7A 7UPJA 4B1CA 1M4HA 5OZLA 5P5OA 1K6VA 4QLHA 1D4LA 4AA9A 5P49A 3G72A 1A94A 1EPPE 1FFIC 1HXWA 2QD6A 4DQFA 4HVPA 5P0CA 2AVVA 2ZJHA 5I3WA 1K2CA 5P82A 3JVWA 4Y50A 3SM1A 3OADB 1MSMA 2ZJJA 5P2NA 3L59A 5HVPA 4DQCA 3OAGB 1VIKA 1META 4AUCA 4RVIA 1APTE 5I70A 1EC0A 1D4YA 4YE3A 5P0TA 2Q54A 5P5MA 5OZ2A 1PSOE 5P0KA 2XYEA 1HSHA 2V0ZC 5ISKA 1FGCC 1YTJA 3FNSA 3SA6A 4OBGA 5KOQA 5C9BA 2OHLA 2Q63A 1T6EX 5P7HA 1ZP8A 5P8BA 3WZ7A 4Y45A 2I0DA 5DQ1A 4PHVA 2QZLA 5P4BA 1MVPA 1HTFA 1PPME 3O9IA 1SBGA 1GVXA 3NXEA 4DJRA 4U7VA 1RQ9A 5OYVA 2UXZA 5DQ4A 4I1CA 1APWE 2FMBA 3I2LA 1A8KA 2CEMA 5EZXA 5P2RA 2IENA 4FM8A 3S45A 5P8AA 5P29A 2IKOA 4I8WA 1EPQE 4GJ7A 4J17A 3DUYA 5P35A 3GI5A 5P6LA 5I3XA 2EWYA 3EBZA 2ZHTA 3UDMA 5P7EA 3O99A 3QI1A 2J9JA 3JVYA 5P41A 5P8MA 4KUPA 5P0FA 3RTHA 4Y48A 1HTEA 2UPJA 1IZEA 4Y3NA 2HAHA 1WBKA 5P50A 4Q1NA 4ZPGA 5P5IA 1APVE 5EZZA 5P6VA 4Y36A 1A8GA 4LP9A 1WBMA 5P2TA 5P4RA 4NJSA 5P80A 3R1GB 5P7AA 4YBFA 1NPWA 2AQUA 2I4UA 5P64A 4DJUA 4Y6MA 2G1OA 2ANLA 1J71A 2OF0A 5P32A 1HSIA 2ASIA 5P1FA 5P1NA 2NXDA 4Y43A 5P37A 2F3EA 4GB2A 5P7YA 2WEZA 5P7OA 5P3GA 5SXNA 2QZWA 4EXHA 3MSJA 1FB7A 3HW1A 5OYTA 4EHCA 5P44A 5OYQA 4LHHA 2AVMA 5P2KA 4YBIA 1TCXA 1MESA 3PHVA 2PC0A 3OWNA 4Y47A 5P5BA 1HVJA 5OZ7A 1BIMA 4DJXA 2J9JB 3EKWA 4L1AA 3HAUA 3KM4A 4FGXA 5P1IA 5F01A 3URJA 2AZCA 3SQFA 4I0GA 5P8GA 2F3FA 4GZFA 3VLAA 2QD7A 5P7SA 5P2IA 1HRNA 3GI6A 5COPA 5DR8A 5P0AA 4DFGA 3DV5A 1IDBA 4B72A 3NU6A 5P8CA 3O9BA 3I7EA 3O9LB 5P5PA 5P0IA 1W6HA 1FQXA 3IN3A 4DQHA 2AOFA 3RVIA 5IVQA 5KOSA 1IZDA 5P0RA 1EEDP 1SMRA 2HS2A 2FNSA 4Q1YA 4J1CA 3WZ6A 5P7RA 4EQJA 5P85A 4AA8A 1QRPE 1IVPA 4Y3PA 1OD1A 5P4OA 4Q5MA 5P7XA 3EM6A 1ZTZA 1IVQA 1C70A 4CPSA 4FM7A 3PCWA 5P31A 4D83A 3PLLA 4J5JA 3INHA 3ZKNA 1DW6C 4Y9WA 2Z4OA 5P2CA 1SGZA 2QNPA 3NU9A 3FX5A 1A30A 4J55A 2P83A 3L5BA 2QI0A 4Y5GA 3EM4A 2QMFA 2R3TA 1UPJA 4J1KA 5OZVA 5P1KA 5P6EA 1XN3A 2O4LA 4DH6A 1K2BA 3QP0A 3R0YA 1BILA 5P5LA 1T7JA 5OZTA 4RROA 5P38A 4Y3WA 1OEWA 5KR1A 3H0BA 4GJDA 3LPIA 4FRJA 5P1HA 1LZQA 5P6WA 5P8VA 2F3KA 3KFPA 5OZ5A 3R4BA 2Q3KA 2VJ9A 2I0AA 3BC4A 5P0GA 4Y5CA 4Y3FA 5P39A 5P7BA 3SPKA 3VEUA 3OOTA 3TKWA 5P5QA 5P43A 5P7IA 5OZ3A 4ZIPA 5P3XA 1EPNE 5OZIA 2I4DA 5KQYA 3TNEA 5P7PA 3VG1A 5OZGA 3DK1A 2R43A 4D88A 5HCTA 5P2SA 5P1MA 1YTHA 5P2DA 3OU4B 4FLGA 2NNPA 4Y5NA 4Y41A 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJA A;  5P5R A;  3OU1 A;  3NWQ A;  3CYW A;  4AZY A;  3I6O A;  2ZGA A;  5P5A A;  4EP3 A;  1MT9 A;  5OZM A;  4HDB A;  1NPA A;  3D91 A;  2NPH A;  2REN A;  4Y3A A;  4ER2 E;  5P61 A;  2O4P A;  2H6S A;  3O9D A;  2ZHS A;  4DI2 A;  1XL5 A;  1FQ8 A;  5OYX A;  4OC6 B;  1C6Z A;  5P4N A;  3MSK A;  3A2O A;  1BXQ A;  3BVB A;  5J25 A;  3QRM A;  4B77 A;  3SKG A;  5IE1 A;  5P6K A;  2PQZ A;  3GW5 A;  5P58 A;  4Y37 A;  1UH7 A;  3LIY A;  4I0Z A;  1PPL E;  2FXD A;  3TOG A;  2NMY A;  3OTS A;  3OUA A;  4OBF A;  4OBD A;  1LF3 A;  3Q6Y A;  2QU3 A;  3S43 B;  4CPU A;  1ZSR A;  4TRY A;  5P0N A;  1RPI A;  1FQ4 A;  5P6S A;  1B5F A;  5P1X A;  5P4K A;  5OZH A;  3CID A;  3LNK A;  3BGC A;  4DJQ A;  5P8O A;  3OU3 A;  1NPV A;  4YDF A;  3IVI A;  1ZJ7 A;  3EC0 A;  5PEP A;  3GI0 A;  2Q11 A;  2WF1 A;  3KFS A;  5P6J A;  2AVS A;  2AVO A;  2NXL A;  5HDZ A;  4WY6 A;  3IVH A;  1QBT A;  2G94 A;  3H5B A;  4CPQ A;  3SA7 A;  3PGI A;  2RSP A;  2HM1 A;  1KZK A;  2BJU A;  3T6I A;  3HD8 A;  5P19 A;  3HAW A;  5P1C A;  1EC3 A;  5P87 A;  4D85 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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