5CONA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-015
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5conA00
1AJVA 5P7GA 1YG9A 1T7IA 5OZFA 1B11A 3CKRA 4NJUA 4CPTA 2QZWA 1HTFA 4I0HA 3ZKQA 2RKFA 1HVLA 1HIIA 2ZJMA 1ZSFA 5P1OA 2AVSA 1YT9A 3PBDA 4Q1NA 3PSYA 1AAQA 1W5WA 5P5NA 3OADA 5IS4A 1B6LA 4Y5LA 1WKRA 5P2RA 5P2HA 1IVQA 5OZ1A 4HZTA 4FE6A 3DV5A 2R3WA 3PJ6A 3PMUA 5I3VA 3KFSA 1G2KA 3N4LA 1A8KA 5P0VA 1IZEA 2HC0A 5P70A 1MPPA 4RGHA 2O4SA 1W51A 3GGAA 3S2OA 5P8VA 3OUDB 3SAAA 5P5QA 3PVKA 5P4RA 3OHHA 2IEOA 5P2OA 5P43A 5P4LA 5P86A 1SMEA 3D91A 1C6XA 3OQKA 3KDBA 3U7SA 5P84A 3OUCA 4B05A 1XL5A 1APUE 2MIPA 5P6GA 3VV8A 1DW6C 4RCFA 2ZJHA 3QRVA 5P23A 2BQVA 2AQUA 3S7LA 1B6KA 3DCKA 4YA8A 3UQXA 2V10C 1MT7A 1N49A 5OZOA 3TKWA 1FB7A 2G20A 5P8HA 5P04A 5DGUA 4Z50A 1ODWA 2ASIA 5OYZA 3UQPA 5P5VA 4FIVA 5OZHA 2FXEA 4H3GA 1GVUA 5P3TA 2I0AA 2QCIA 4AUCA 4RCEA 4J1KA 4EQ0A 5P28A 1BDRA 3LIQA 5P73A 5P5SA 2RMPA 1NPAA 3GGVA 5P3EA 3BHEA 2O4PA 2OHMA 4LC7A 3D20A 4Y3GA 3TH9A 2QHYA 2HS1A 3KMYA 3GI0A 5P6RA 2I4VA 3IN4A 5P7ZA 2XFKA 2NPHA 5P1LA 3QS1A 4LXKA 5P2NA 1SIPA 1D4IA 2R3TA 5IE1A 1TCXA 2ZJIA 3UPJA 5C9DA 1MRWA 5COOA 3CKPA 3Q70A 1APTE 5JG1A 2F3FA 5P0RA 4R5NA 3HDKA 4EQJA 3PI0A 5P2TA 3OQAA 4RYCA 4COEA 5P8SA 5P7FA 3JW2A 5OZ3A 1RPIA 1ZPKA 2FGVA 1PPME 4GJ5A 2OHPA 5P5OA 3NDTA 4OBJA 1PSOE 2V00A 3O9AA 1K6TA 2WECA 3UDKA 3O9CA 1QBSA 5KR0A 1GNOA 5APRE 3VLBA 4AZYA 3GW5A 1LYAA 4RCDA 2WF1A 1FQXA 1EC1A 5P4UA 5ENKA 4DUSA 1TCWA 2QD7A 5HD0A 2JYSA 4JPCA 4ZIPA 4FM6A 4DJPA 4JP9A 5P25A 4OBDA 5P06A 1ODYA 4Y4UA 1HHPA 1Z1RA 2R9BA 4Q1WA 2PMAA 2AOIA 4FM8A 5P77A 3D3TA 4U7VA 3NDUA 2VJ9A 1GNMA 5I3XA 1B6PA 1PPKE 4YOAA 5P65A 1ZSRA 4FSEA 5P3PA 5KOSA 2G1SA 5P0GA 4MC9A 4Y5CA 3D1XA 5ER2E 4FSLA 5I3YA 1EPME 3EC0A 5P8TA 4AA8A 2PH6A 3L5CA 3LZYA 4ZEAA 1HOSA 2NMZA 4HEGA 5EZZA 4Y3SA 5P3RA 5P8JA 3EMYA 5P2GA 5OYUA 1E82E 1BDQA 2QI1A 5P1CA 4GIDA 5P55A 5OZUA 1A30A 4ER1E 5EZXA 5DR3A 3T7XA 4J55A 1BXQA 5KAOA 5P8NA 2HAHA 2QU3A 2NXLA 1RQ9A 2PK6A 1LF3A 4NJVA 2H6TA 5P8IA 1FEJC 4Y3TA 5P0JA 5P6BA 2QU2A 5P5KA 3KDDA 3PSUA 2O4LA 5P4FA 2H6SA 2V0ZC 3R2FA 3INHA 2ZHRA 3LIXA 5P45A 1FQ8A 3O9HA 4DQEA 5AHAA 4DQBA 3TOHA 5P0IA 4DQGA 2VA7A 4J54A 4Y3DA 2HB3A 3KF0A 4HA5A 4YDGA 5P2EA 3S43A 2ER9E 4CPQA 3M9FA 2XFIA 5P1RA 2IL2A 5IVTA 3OOTA 5HDVA 2V13A 5BS4A 2ZHUA 5P6LA 5P4GA 5JODA 5P05A 2AVVA 1YTJA 5P8EA 1MSMA 2I0DA 4DJXA 1IZIA 1TZSA 5P1IA 1K2CA 5OZXA 3G72A 6FIVA 1M0BA 1W5VA 1SIVA 4WTUA 3NXNA 4Y4WA 4LXMA 2BPVA 4DQHA 3BGCA 5P8CA 2VNMA 2BB9A 5OZDA 4QLHA 3T7PA 5P4WA 3CICA 5DGWA 3ZMGA 3EKYA 3URIA 4J1FA 3VUCA 3EKWA 3LPKA 5DR8A 2Q54A 4Y4GA 5F01A 4L7JA 4YD3A 2WF2A 2QNQA 5HCOA 5SY2A 5IVRA 3K4VA 5IVSA 2RSPA 3PLLA 2JJJA 2QI0A 3BRAA 4CPRA 5P7KA 5P8GA 5C9BA 3DOXA 1META 3NU6A 3PSGA 4AA9A 3I25A 4HDFA 3S54A 4D88A 1W5YA 3S45A 4RVXA 5P6XA 5OZKA 5P0DA 5P3IA 1HVIA 5P3JA 5P07A 5OYYA 5P71A 5AH8A 4YBIA 5OZSA 5P5WA 4F74A 2QI6A 3H0BA 1EPQE 3LZUA 4RVJA 1D4JA 3UQWA 4L7GA 3VSWA 4ACUA 3ZKGA 4TRZA 3PB5A 2G1RA 1M43A 5P3OA 2BPWA 5P26A 3T11A 4MC2A 5P4DA 5P5XA 3ER5E 5P8MA 3NDXA 5P49A 2VNNA 5P2FA 1AJXA 1C6YA 2IS0A 5P8KA 2I1AA 5P0HA 5P31A 5P3BA 9HVPA 3URLA 5P3FA 5HU0A 5P0KA 3ZKXA 3UQUA 5P7JA 4Y4TA 2ZJLA 3OXVA 3OU1A 5P58A 2BKTA 1LZQA 3H5BA 3MSJA 2B7FA 5OZ9A 4I10A 5P0PA 5P08A 3L58A 3JVWA 5DR1A 2APRA 1XE6A 1LS5A 5P5DA 4BEKA 4Y9WA 3VLAA 3HLOA 1KZKA 2WJOA 1MVPA 1LYWB 2AZ8A 4M8YA 4Y3JA 1YM4A 3OU4A 1JLDA 5P8PA 4R91A 1FMUA 4ZPGA 5P42A 5P44A 4CKUA 4J0PA 1CPIA 3PHVA 5P2AA 4DH6A 4BFDA 3SA3A 5DR0A 1FMBA 3FSMA 5P7NA 4Y3YA 3UHLA 2J9JB 3NSHA 5P2YA 5P6MA 2IGYA 5OZEA 2NNKA 3ZPSA 4GJ6A 5P7AA 5P1HA 3EKPA 3VFBA 2QD8A 3FNUA 4LHHA 4H3FA 1VIKA 1A8GA 3HD8A 4EJ8A 1K2BA 4FS4A 3K5DA 4K8SA 2ZHSA 5P4CA 2I4UA 3MXDA 5P6IA 1AM5A 3AUPA 3FV3A 1QDMA 5KQXA 4OC6A 4Y36A 4HE9A 4A6CA 5P3MA 3VF3A 2P8HA 2WF3A 5P6PA 5HE7A 4Y5EA 1HEFE 3R0WA 4U8WA 1FGCC 2AODA 1EBYA 1LF2A 3ZKMA 1E5OE 4NKKA 5P16A 4ZSRA 5P2VA 1HVHA 5P0EA 4Y5NA 2ZHTA 1EC0A 3U71A 5P5FA 2AOJA 4Y3XA 3PRSA 4GJ9A 4TVGA 5DR7A 2ZJJA 3RVIA 5P7UA 5KR8A 1F7AA 1UPJA 1SGZA 3INDA 5P1FA 5SZ9A 5P3NA 1NPWA 1WBMA 2R38A 3L5FA 4I1CA 3SA5A 2P4JA 3VCMA 1SGUA 4R93A 1D4KA 4J1EA 4DVFA 1FG8C 4R95A 3I6OA 5P17A 4EWOA 3QI1A 3OADB 4PYVA 2O4KA 5OZ8A 2FNTA 3BVBA 1FFIC 5P7TA 2XYFA 3KFRA 1TQFA 4J5JA 7UPJA 1K1TA 3O9LB 4ER2E 5P1GA 4Y3NA 4Y3MA 1F34A 2AOGA 4PPHA 5P46A 2PSUA 3NU3A 1HSIA 5JFPA 4DPFA 3MXEA 5P0CA 1ODXA 3EKQA 3L3AA 1VIJA 2QZXA 4K4QA 4F75A 2QMPA 2I4DA 1FG6C 1QBTA 4CP7A 1BIMA 2ZGAA 1OD1A 4NPTA 4UPJA 4CMSA 1ZPAA 3S56A 4EHCA 2R5QA 3SQFA 4Y41A 2IKUA 5COKA 2PK5A 5OZ6A 1ZAPA 5P2CA 3DJKA 4I0JA 2BPZA 5OYTA 2UXZA 2WEAA 3LITA 1YTGA 3BC4A 3SA6A 5P68A 5P0MA 2OHSA 3D1YA 1W6IA 4NJTA 5P3YA 4A4QA 2WEZA 2WEDA 2IRZA 5P5BA 3KN0A 5P4AA 1UH9A 3BUHA 4X2LA 2Z54A 3IAWA 3QBHA 4DJQA 2B60A 3TKGA 1RL8A 3LIYA 1D4SA 2QP8A 2OAHA 4OBGA 4Z2ZA 2FGUA 4B70A 1T7JA 4R92A 4YD5A 3VYEA 1WBKA 2WF4A 1G35A 2PH8A 2Q55A 1HBVA 5P0WA 3S7MA 3SACA 4F76A 3S53A 3GI6A 2F3EA 3O9DA 3B7VA 1HXWA 3GI5A 3NXEA 5P6NA 5P6ZA 3SM1A 1LEEA 3QIHA 1MTRA 5ISJA 2QNNA 3UFNA 3PGIA 3DM6A 3BGBA 3TL9A 2VJ6A 3ST5A 3EL9A 3PCZA 5TOLA 3OOZA 3PCWA 1M4HA 4Y5AA 5CONA 4ZSPA 2QMFA 5P7SA 5HDZA 4GB2A 3RTHA 5AGZA 5P4NA 4Y51A 2QI5A 3GGUA 3K1WA 3O9GA 1KJFA 2A4FA 2P3BB 3LNKA 5P69A 2WEBA 2Q15A 1DP5A 1LYAB 5OZ5A 3BVAA 5P3GA 1Q9PA 1GVVA 2AZCA 3LZVA 3LZSA 5P4QA 2FIVA 3EL5A 4H3JA 2SAMA 5P5HA 1LYBA 2R5PA 5P2XA 2F3KA 4Y4JA 2Q3KA 4XKXA 3NWQA 5P7OA 4OBZB 3WB5A 5BRYA 4YCKA 3S85A 2FXDA 5P20A 5P5ZA 1EPPE 4A6BA 2B7ZA 1W6HA 5P7RA 3NYGA 3TOFA 4EJDA 1ZLFA 4N00A 5P7PA 5P29A 5P12A 1HVCA 3O9BA 2HPEA 2HIZA 1HVKA 5P2ZA 3T3CA 4EJLA 3L5EA 4Z22A 1ZTZA 5OYVA 5P0FA 1QBUA 3IA9A 4WY1A 1KJGA 1GVXA 4DFGA 5P51A 5P66A 1MTBA 1FMXA 3FNSA 5OZRA 5P59A 5P5YA 4H1EA 5OZCA 1DMPA 2VJ7A 5P00A 5P1EA 4JPEA 5P1VA 2ER7E 5OZ7A 5P7HA 5P6JA 3CKTA 1OEXA 3S8IA 2FNSA 3OXXA 3SKFA 5PEPA 5P1BA 3RTNA 5FIVA 3LPIA 1SDTA 3FKTA 4Y37A 5P3VA 3TPJA 1MIQA 3EL0A 5P83A 5SXNA 2NXDA 4ZPEA 4Y4DA 3QRSA 4I0IA 5P50A 2Z4OA 4DV9A 1HTEA 3QVIA 4FL8A 5P41A 1QBRA 5P6QA 1BVEA 3S43B 4DI2A 5P2BA 4GJ7A 5AHCA 2UPJA 1T3RA 2QZKA 2HS2A 3WZ6A 1T6EX 4RZ1A 2BPXA 3AIDA 4DQCA 5P1MA 5P22A 2NNPA 4XX3A 3CMSA 3L38A 3OU3A 3OXWA 4FCOA 3EL1A 3GI4A 5P3CA 1AXAA 3QVCA 5P88A 3OXCA 5P10A 2AVMA 3IVHA 5OZMA 1DPJA 5P75A 5OYXA 3OK9A 1DIFA 1MT9A 4GZFA 4R8YA 1HPSA 5E5JA 4B1CA 5P03A 3SM2A 2AZ9A 3K5FA 4I8WA 1ER8E 2B42A 1FQ4A 5C9FA 1FLHA 2QAKA 4Y44A 5P1DA 2G24A 3QROA 5OZNA 5P61A 3ZKIA 1DAZC 3ZPUA 2VIYA 5P85A 2PQZA 5P7QA 5P6DA 1TW7A 3WZ7A 2QZLA 1HWRA 1HPXA 4Y3ZA 3WB4A 3LINA 2QNPA 3F9QA 4QJ7A 2P3AA 2BKSA 2R8NA 4Y4BA 5P5RA 5P11A 5P35A 2RENA 4EXGA 4JOOA 4RYGA 2R43A 2F8GA 4J0TA 3OWNA 5I70A 3EKVA 3KDCA 4TVHA 5P2DA 1NH0A 2QHCA 3R0YA 4ZLSA 1FQ6A 1B5FA 2JJIA 3PLDA 2VIEA 3OHFA 5P1KA 4PZWA 4HDPA 5KQFA 3JVYA 5P0QA 4YOBA 1T7KA 5P0TA 5P0XA 5P2KA 5OZVA 5OZYA 3T7QA 3URJA 1E80E 3FX5A 4CPWA 5P30A 2PYNA 1E81E 2RKGA 4RRNA 5P5AA 4Y5BA 1G6LA 1BDLA 5OYSA 5P2QA 4Y5MA 4FAEA 5HDUA 4KE0A 1D4YA 3UDPA 5P3XA 5P5MA 4ZSQA 1EPOE 5P24A 2QI3A 2VA6A 5P1SA 4EP3A 2JE4A 2G94A 5P02A 2G1YA 3K5GA 5P8RA 3T6IA 5P5UA 5P8QA 3RSVA 3OU4B 5P8AA 4ZPFA 1K6VA 4Y53A 3GGXA 2ER0E 3EM3A 4ZE6A 3ECGA 1BVGA 3BUFA 4I0FA 3NU4A 1C70A 1YTIA 1AZ5A 5P4TA 3RTMA 5P53A 5HU1A 5P7IA 4Y4AA 4M8XA 4S1GA 4OD9A 1BWAA 1IDBA 1MESA 5ISKA 4Y48A 2XYEA 1HVRA 4Y5GA 2HB2A 3OUBA 4K4PA 2G26A 5P39A 1IBQA 3EL4A 5KR2A 5P0SA 2ZYEA 2JXRA 4GJCA 3DUYA 1FQ5A 1BAIA 4J17A 2AZBA 5P3DA 3KA2A 2G1NA 4OBHA 1MEUA 5P3UA 1AVFA 5P5GA 2P3CA 3CYWA 5P6OA 2ZE1A 3NDWA 1QRPE 4I0EA 2VIZA 3IXKA 4RRSA 2IQGA 5P1JA 4B77A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AJV A;  5P7G A;  1YG9 A;  1T7I A;  5OZF A;  1B11 A;  3CKR A;  4NJU A;  4CPT A;  2QZW A;  1HTF A;  4I0H A;  3ZKQ A;  2RKF A;  1HVL A;  1HII A;  2ZJM A;  1ZSF A;  5P1O A;  2AVS A;  1YT9 A;  3PBD A;  4Q1N A;  3PSY A;  1AAQ A;  1W5W A;  5P5N A;  3OAD A;  5IS4 A;  1B6L A;  4Y5L A;  1WKR A;  5P2R A;  5P2H A;  1IVQ A;  5OZ1 A;  4HZT A;  4FE6 A;  3DV5 A;  2R3W A;  3PJ6 A;  3PMU A;  5I3V A;  3KFS A;  1G2K A;  3N4L A;  1A8K A;  5P0V A;  1IZE A;  2HC0 A;  5P70 A;  1MPP A;  4RGH A;  2O4S A;  1W51 A;  3GGA A;  3S2O A;  5P8V A;  3OUD B;  3SAA A;  5P5Q A;  3PVK A;  5P4R A;  3OHH A;  2IEO A;  5P2O A;  5P43 A;  5P4L A;  5P86 A;  1SME A;  3D91 A;  1C6X A;  3OQK A;  3KDB A;  3U7S A;  5P84 A;  3OUC A;  4B05 A;  1XL5 A;  1APU E;  2MIP A;  5P6G A;  3VV8 A;  1DW6 C;  4RCF A;  2ZJH A;  3QRV A;  5P23 A;  2BQV A;  2AQU A;  3S7L A;  1B6K A;  3DCK A;  4YA8 A;  3UQX A;  2V10 C;  1MT7 A;  1N49 A;  5OZO A;  3TKW A;  1FB7 A;  2G20 A;  5P8H A;  5P04 A;  5DGU A;  4Z50 A;  1ODW A;  2ASI A;  5OYZ A;  3UQP A;  5P5V A;  4FIV A;  5OZH A;  2FXE A;  4H3G A;  1GVU A;  5P3T A;  2I0A A;  2QCI A;  4AUC A;  4RCE A;  4J1K A;  4EQ0 A;  5P28 A;  1BDR A;  3LIQ A;  5P73 A;  5P5S A;  2RMP A;  1NPA A;  3GGV A;  5P3E A;  3BHE A;  2O4P A;  2OHM A;  4LC7 A;  3D20 A;  4Y3G A;  3TH9 A;  2QHY A;  2HS1 A;  3KMY A;  3GI0 A;  5P6R A;  2I4V A;  3IN4 A;  5P7Z A;  2XFK A;  2NPH A;  5P1L A;  3QS1 A;  4LXK A;  5P2N A;  1SIP A;  1D4I A;  2R3T A;  5IE1 A;  1TCX A;  2ZJI A;  3UPJ A;  5C9D A;  1MRW A;  5COO A;  3CKP A;  3Q70 A;  1APT E;  5JG1 A;  2F3F A;  5P0R A;  4R5N A;  3HDK A;  4EQJ A;  3PI0 A;  5P2T A;  3OQA A;  4RYC A;  4COE A;  5P8S A;  5P7F A;  3JW2 A;  5OZ3 A;  1RPI A;  1ZPK A;  2FGV A;  1PPM E;  4GJ5 A;  2OHP A;  5P5O A;  3NDT A;  4OBJ A;  1PSO E;  2V00 A;  3O9A A;  1K6T A;  2WEC A;  3UDK A;  3O9C A;  1QBS A;  5KR0 A;  1GNO A;  5APR E;  3VLB A;  4AZY A;  3GW5 A;  1LYA A;  4RCD A;  2WF1 A;  1FQX A;  1EC1 A;  5P4U A;  5ENK A;  4DUS A;  1TCW A;  2QD7 A;  5HD0 A;  2JYS A;  4JPC A;  4ZIP A;  4FM6 A;  4DJP A;  4JP9 A;  5P25 A;  4OBD A;  5P06 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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