5COOA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-085
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cooA00
2I4WA 5DR8A 5SZ9A 2PC0A 3B7VA 1FB7A 4WY1A 5P4MA 2VA7A 2HPFA 2FIVA 1SIVA 3HAWA 2WF3A 5DR0A 3LZYA 2QNNA 5OYVA 1WKRA 5P0CA 5P5EA 3URJA 5P2YA 3JVWA 5DR7A 5P3IA 1K2CA 4J0YA 3INFA 4DI2A 3CIBA 4LXKA 1MVPA 4KUPA 3TPLA 3HVPA 3GI5A 4I0IA 5HE4A 4B70A 5P7WA 4Y4BA 2JXRA 5P12A 5P78A 3NXEA 5OYSA 5OZ1A 5DQ4A 5T4SA 4EQJA 5P23A 2B7ZA 1SMRA 4DJVA 3S85A 3OHFA 5COKA 5DR4A 4EJ8A 5P7NA 1FG6C 3LZVA 1GVXA 4YHQA 4RLDA 4J0PA 5P6QA 1DW6C 2ZJIA 4Y5KA 4L7GA 2BJUA 4J1HA 4Y3YA 3L59A 5P7GA 2VJ7A 4OBGA 4CP7A 4D89A 5DQCA 2RKGA 5P7FA 5I3XA 1LEEA 2IQGA 3O9IA 2HS1A 5P0UA 5P6OA 3I2LA 5P04A 5P07A 3UDNA 3OTSA 2WJOA 4FSLA 3H0BA 1HVJA 4PZWA 5JFUA 3APRE 3GGXA 3O9EA 4CMSA 3FNTA 4RCEA 1SDTA 5P1RA 3PMUA 3WB4A 1RPIA 4Y4EA 2I4UA 2AVSA 5DQ1A 3TOGA 2AZBA 5P7MA 2G1OA 3F9QA 3GI0A 4DFGA 5OZDA 3G6ZA 5OZ5A 5P7CA 3EKPA 4Y5LA 3K5CA 5DGWA 3VCMA 3CYXA 3S53A 3UDMA 3OGPA 1LYWA 3KA2A 1T6GA 4WY6A 3L5CA 1HTRB 3UQUA 5OZWA 4Y50A 3SA8A 2BBBA 4YOAA 4PHVA 4DQCA 5P37A 3K4VC 1B6JA 4Y51A 4U7VA 1HTEA 5P6CA 5OZ3A 3M9FA 5P0MA 5P62A 4DVFA 4AMTA 5P5HA 5P6SA 5ISKA 4Y53A 4XX4A 4Y57A 3DM6A 5P81A 4H3GA 2XFJA 5P27A 3TOHA 4AUCA 3WB5A 3I25A 3ZKQA 4Z50A 3PBZA 1DP5A 3S43B 3VYFA 3KDDA 3OAGB 3KYRA 1XE5A 3Q3TA 3ZKXA 5P1PA 4ZE6A 3GGAA 5P85A 3KF0A 3VV7A 5P3NA 5P2CA 1M43A 1IBQA 4MC6A 3TH9A 3DOXA 5I3WA 2WF1A 3PWWA 5P4SA 5P7BA 4LP9A 4OBHA 5OZ7A 1ZPKA 4GJ7A 5ER1E 3D1XA 4FSEA 2HPEA 4OBKA 2NXMA 3LINA 3DJKA 8HVPA 5P69A 4FM8A 5P58A 1AXAA 2O4NA 3NYGA 2RSPA 3QVIA 3D1YA 3EKWA 5HCOA 1EC3A 5P60A 5P5NA 3FV3A 1AIDA 4EQ0A 3RVIA 5P8EA 5P80A 1FMBA 5P7OA 5OZIA 3G72A 2OHSA 5OZRA 4OBJA 3UQPA 2QNPA 3T7QA 5P5OA 5AH7A 5P46A 2QD8A 2VS2A 4NJVA 5P8PA 4Y35A 1XE6A 5P35A 4YCYA 2IKOA 2I1AA 5P4JA 2B8LA 5P0OA 4BEKA 1APVE 1FF0C 5OZNA 1BVGA 4CPSA 4AA9A 5P7LA 1EC0A 3UDJA 3PLDA 3VLAA 4CPXA 1EPME 5P2HA 1B5FA 5P3AA 3TTPA 2FDDA 4I1CA 2B42A 3EL1A 2NMYA 5ER2E 5PEPA 1D4IA 1EPOE 3TL9A 1BIMA 3VYEA 4ER4E 1HRNA 1KJGA 4B05A 4OD9A 2IEOA 3PI5A 5C9FA 4YD6A 3KDBA 5OZSA 1ZTZA 5P8RA 2SAMA 3JVYA 3K5DA 5P8LA 4B72A 5P5LA 2QI3A 3QRSA 2WKZA 5KR2A 3ZL7A 2FXEA 3OADA 4Y3DA 1T7JA 5P3BA 5P4AA 5P36A 5P8MA 1PPME 1HXBA 3VFBA 5P0RA 3BC4A 5P5QA 5P59A 3O9FA 4RVJA 5P2WA 2G24A 5OYUA 1TCWA 4FAEA 2AOCA 5P4EA 1PFZA 5P87A 5P8QA 2OHQA 2QNQA 1E80E 4ZPGA 3IVIA 1CZIE 3PWMA 5P5WA 1TSQA 3UF3A 3PB5A 5P4BA 1BVEA 4ZIPA 2OHPA 3I7EA 2PMAA 4MC1A 3TPRA 4Z4XA 1QRPE 1T6EX 3QVCA 3MWSA 5P29A 5OZ4A 5OZ6A 5P2FA 5P5UA 1QS8A 4Y6MA 5P3MA 5P5YA 4Y5NA 1ODXA 4DJPA 5KQXA 5OZEA 2QD7A 4YCTA 2V13A 3RTNA 5P26A 5P6YA 5HDUA 3PCWA 5IVSA 2WF0A 3NDTA 3UFLA 1FLHA 3I6OA 5P34A 2HB3A 5AHCA 5P74A 3K5GA 1GVUA 5P2JA 5P08A 2AOJA 2J9KA 3GI4A 3EM4A 4Y58A 5P57A 2HAHA 3ZPTA 2OHTA 4YDGA 5E5KA 1D4SA 2ASIA 3EL5A 5P0KA 1ENTE 2Q54A 2WL0A 3UFNA 5P8GA 3UDQA 3HLOA 1BWAA 4N00A 1K2BA 3HAUA 3L3AA 5P5IA 5P7YA 4D85A 2V0ZC 2OHNA 2AVOA 1MSNA 5OYXA 3NWQA 2VIEA 4Y36A 2AQUA 1G6LA 1QBTA 2OHUA 3PSUA 3QN8A 4Y3AA 4WTUA 3VF7A 2VJ6A 3OOTA 4QJ6A 5P2TA 1GKTA 5P64A 4Y37A 4HA5A 4F75A 4YD5A 4CKUA 3OK9A 5P6ZA 1SIPA 1FQ4A 4XXSA 5P6PA 2AZCA 5JFPA 4HEGA 1K6TA 2IGXA 3MSJA 5P1HA 5P8IA 5P6MA 1MT9A 1ZAPA 1BDLA 5KQYA 3EXOA 3T7PA 4I0JA 3ECGA 1FQ5A 5P54A 4D83A 2QD6A 2G1NA 4DJXA 3O9LB 5P49A 3R4BA 5P2KA 2VIZA 3EL4A 4Y4UA 3QPJA 3UDRA 5IS4A 4Q5MA 1DMPA 4Z22A 3T3CA 4GMIA 1BWBA 1G35A 1FFFC 4Y4ZA 1SDUA 3VSWA 5DPZA 3KM4A 4KB9A 5P1CA 5P3EA 3SA9A 2Q63A 1GNNA 3ZKMA 1RNEA 5OYRA 1XL2A 4CPTA 1K1UA 5P4QA 4J1KA 5P4GA 2FGVA 3SQFA 1HIIA 4X2LA 3LITA 1HVRA 3HBOA 5P5DA 2P3AA 3PSYA 4K4RA 1EPRE 2ZJLA 2AOIA 1YTGA 5ENMA 5P7SA 2P4JA 2IL2A 3S43A 2ZJKA 1FGCC 2O4KA 3DV1A 2R5QA 4D8CA 5OZCA 4YCKA 3T6IA 1LYAA 4HVPA 4YDFA 4CPUA 2J9JA 3SFCA 5P0WA 2ZGAA 3O9GA 3OUCA 5P0GA 4J0ZA 2QZKA 5P6TA 5DQ2A 4EYRA 3KMXA 4Q1XA 1XS7D 3L58A 3CKTA 5P5MA 1EAGA 5EZXA 5HD0A 5P8JA 4L7JA 2RMPA 1EC1A 5P3QA 3NLSA 3SA5A 4KE0A 2VIYA 3D20A 5OZ8A 5HCTA 1W6IA 5HE7A 4R91A 1HVSA 1HIVA 2HS2A 3AUPA 3QAAA 4J54A 5P68A 5IVRA 3LZSA 4Y39A 1J71A 2IDWA 1RQ9A 2QAKA 5JODA 2F80A 3TLHA 4Y3WA 5P18A 1ZJ7A 3FNSA 3OU4B 5OZGA 2UXZA 1KJ7A 4F74A 2QI0A 3SPKA 4OD9B 2QMDA 4NKKA 5COOA 3BUGA 1EBWA 2PWRA 4Y4AA 1AM5A 3INDA 3OQFA 4YOBA 1HEFE 3NU5A 1XL5A 5P4HA 3VFAA 5APRE 3FX5A 4IVSA 3T11A 6UPJA 5P4UA 3WSJA 3WZ7A 1A9MA 2F8GA 2QZWA 4ER2E 1QDMA 5CONA 1TW7A 4J1CA 2ZHRA 1IVPA 5P32A 3ZKSA 5OZKA 3ZLQA 1EPPE 1IZHA 3LIYA 3LZUA 1K6CA 4TVGA 1XN3A 3LPJA 3BRAA 4EHCA 5AH8A 1NSOA 2O4PA 1OD1A 5P6JA 5P6HA 1T3RA 4I0ZA 5P17A 4RRNA 4A6BA 5P4IA 5P2VA 5P1QA 4APRE 5P0XA 1EPLE 1D4YA 3PRSA 2F81A 2AZ8A 3JW2A 1C6YA 1KZKA 4CPQA 2H6TA 1M4HA 5P0IA 3NDXA 2WEAA 3Q6YA 7HVPA 1PROA 4GJBA 3EL0A 4UPJA 2XFKA 5P5VA 1CPIA 3VV8A 2EWYA 1HVHA 1AJVA 4RYCA 3I8WA 1K6VA 5P1TA 5P51A 1FG8C 3QP0A 1HIHA 2FLEA 5HVPA 5P4KA 3EKQA 3CKPA 5P86A 5P73A 3SM1A 1HPSA 2H6SA 5P15A 1BXQA 3DCKA 5P5KA 1YTIA 4GJ5A 3URLA 5P89A 5KR8A 4DJQA 3HDKA 2ZHUA 5JG1A 2G1YA 2ZJMA 1MERA 5P2LA 1QBSA 2O4SA 5P3WA 1DPJA 3OQDA 1F34A 3BUHA 3S7MA 1QBUA 4QGIA 3MXDA 4MC2A 3EKYA 3PCZA 5P55A 3O9LA 5P6AA 5P10A 4EJDA 4PEPA 4DPIA 1ER8E 5P3KA 3RSVA 2G1SA 3OXVA 2Q15A 4QJ7A 1OEWA 3NXNA 3UCBA 3IN3A 2QZLA 2PK5A 3N4LA 1Z1RA 5P4CA 4JOOA 2QHYA 4X7IA 4B0QA 4U7QA 2HC0A 5P6UA 4FRIA 1TQFA 3R2FA 5P1WA 1G2KA 3CICA 3WZ8A 5C9BA 1HSGA 4I11A 3BHEA 5FIVA 1LYAB 4ZPFA 2J9JB 2FDPA 1B11A 1LF3A 2IGYA 3OQKA 1YM2A 4FS4A 3QS1A 1IIQA 1LS5A 2JJJA 2ZJJA 1HVLA 5P25A 5P8AA 4I8ZA 2BPZA 1A94A 2HB2A 4JPCA 5TOLA 4HDPA 5OZXA 5P5GA 1HVKA 3EM6A 3KDCA 5AHBA 3SO9A 2Q11A 4TVHA 1IZDA 5OZ2A 3KT5A 1GVWA 3OXWA 2B7FA 4I0GA 1IZEA 3RU1A 2I4DA 4Z2ZA 3ZKIA 2CEMA 4QJ8A 5P82A 1HWRA 3D3TA 1BV7A 5P06A 1IDAA 2OF0A 3IGBA 1SGZA 5P52A 5P63A 3RTHA 5P7IA 3OOZA 3NU6A 3UTLA 2WF2A 3ZKNA 5P3GA 5P3YA 1ME6A 2ZE1A 5P1ZA 4DJUA 4R8YA 4Y3JA 4DPFA 4Y4DA 2QMFA 5P84A 5KQZA 1IZIA 3KT2A 4ZSMA 4I0DA 1GVVA 5CLMA 4J5JA 1MSMA 2PQZA 2QK5A 3O9CA 4Y3GA 3NSHA 3LIZA 3OU4A 3U7SA 4Y4XA 4CPWA 2BKTA 4B78A 5P13A 1E82E 2PSVA 3OGQA 2V00A 2NXDA 5P1MA 3G70A 4Y4TA 5KR0A 1W50A 4R93A 4YA8A 3BUFA 1G0VA 3ZOVA 2JYSA 3CKRA 2Q55A 5OYZA 5P8DA 2WECA 2IRZA 2PSUA 4ZSQA 5P4XA 3UDYA 5P41A 4EWOA 4KE1A 1XN2A 3EKXA 5OZHA 2IENA 3OUAA 5P33A 3ZMGA 3NU4A 4K8SA 4L7HA 5P7XA 2ER7E 5I3YA 4Y38A 2AVVA 3H5BA 5BWYA 4ZEAA 3IVHA 4H1EA 3GW5A 1YTHA 5OZPA 5P3RA 4J55A 4Y5BA 1EEDP 1A8GA 1YG9A 5F00A 1BV9A 2ZHVA 2R38A 4Y3LA 5SY3A 4Y41A 5P7PA 4PZXA 4Y5MA 1UH7A 1ZSFA 3HD8A 3RSXA 2BPVA 3Q70A 3UQRA 4GIDA 3IN4A 3OTYA 5AH9A 4LC7A 3HZCA 5P7RA 1AZ5A 4HDBA 3L38A 5IVTA 5P3LA 3BVAA 2G94A 2ANLA 1A30A 3NDWA 2OHMA 4Y5PA 5OZVA 4GJCA 4Q1WA 4GJ9A 1KJHA 2OHKA 2OAHA 5P05A 5P8KA 4QJAA 4I12A 4ACUA 4HE9A 5P45A 1MUIA 4LBTA 5P2RA 1B6MA 2I0AA 5P8HA 5OZTA 1NPWA 2P3BB 4QJ2A 2O40A 4YBIA 5J25A 5AGZA 2G21A 5P5TA 5P0EA 2F3FA 5P1JA 5P70A 5P31A 5P6IA 5P1SA 4EPJA 5P0QA 3BXRA 3QI1A 5P7KA 4FCOA 2R8NA 3CYWA 5P22A 2PH8A 3PM4A 4ER1E 3OUDB 3BVBA 2IKUA 3OXCA 2I4VA 5OZBA 1EBZA 3SA3A 4R5NA 3VF3A 4AZYA 1TSUA 4OBZB 3DCRA 3SA7A 5P16A 5P67A 2AOFA 2APRA 3IXOA 2V10C 2OHRA 3ER5E 3L5DA 5IE1A 2QI5A 4OC6B 5P6FA 3QROA 5P3OA 4Y45A 3C9XA 5P7AA 4GJDA 3DUYA 4LAPA 4ZSRA 5OZYA 2AVQA 1HXWA 2A1EA 3DK1A 3S8IA 2VA6A 4K9HA 4M8YA 2JE4A 1BAIA 4D88A 3PSGA 5OZUA 3UPJA 5P5CA 5P76A 5P0PA 2FGUA 3EM3A 1W5YA 3CMSA 3O99A 1B6KA 2F3KA 1KJ4A 3EC0A 1K6PA 4F76A 3QRMA 4Q1YA 5IVQA 2ER6E 3SA4A 5P8NA 3TKWA 1LZQA 3PVKA 4JPEA 3AIDA 1MEUA 3GI6A 1FQ8A 4FE6A 3LPKA 4NJTA 1ODWA 2RKFA 4Y56A 3FSMA 4FLGA 4RCFA 5P88A 1RL8A 2QU2A 1HSHA 3HVGA 5P0BA 4J0VA 4MC9A 4YD7A 1HPXA 3BGCA 3VUCA 2FNSA 1OEXA 2PYNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4W A;  5DR8 A;  5SZ9 A;  2PC0 A;  3B7V A;  1FB7 A;  4WY1 A;  5P4M A;  2VA7 A;  2HPF A;  2FIV A;  1SIV A;  3HAW A;  2WF3 A;  5DR0 A;  3LZY A;  2QNN A;  5OYV A;  1WKR A;  5P0C A;  5P5E A;  3URJ A;  5P2Y A;  3JVW A;  5DR7 A;  5P3I A;  1K2C A;  4J0Y A;  3INF A;  4DI2 A;  3CIB A;  4LXK A;  1MVP A;  4KUP A;  3TPL A;  3HVP A;  3GI5 A;  4I0I A;  5HE4 A;  4B70 A;  5P7W A;  4Y4B A;  2JXR A;  5P12 A;  5P78 A;  3NXE A;  5OYS A;  5OZ1 A;  5DQ4 A;  5T4S A;  4EQJ A;  5P23 A;  2B7Z A;  1SMR A;  4DJV A;  3S85 A;  3OHF A;  5COK A;  5DR4 A;  4EJ8 A;  5P7N A;  1FG6 C;  3LZV A;  1GVX A;  4YHQ A;  4RLD A;  4J0P A;  5P6Q A;  1DW6 C;  2ZJI A;  4Y5K A;  4L7G A;  2BJU A;  4J1H A;  4Y3Y A;  3L59 A;  5P7G A;  2VJ7 A;  4OBG A;  4CP7 A;  4D89 A;  5DQC A;  2RKG A;  5P7F A;  5I3X A;  1LEE A;  2IQG A;  3O9I A;  2HS1 A;  5P0U A;  5P6O A;  3I2L A;  5P04 A;  5P07 A;  3UDN A;  3OTS A;  2WJO A;  4FSL A;  3H0B A;  1HVJ A;  4PZW A;  5JFU A;  3APR E;  3GGX A;  3O9E A;  4CMS A;  3FNT A;  4RCE A;  1SDT A;  5P1R A;  3PMU A;  3WB4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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