5COOA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-085
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cooA00
3UQWA 4DVFA 5P2HA 2QAKA 4BFDA 5UPJA 2WL0A 2VA6A 4MC2A 3SACA 2I0AA 1K2BA 4DV9A 5P3PA 5OYQA 5P3SA 4OC6A 4PZWA 2AVVA 3UDMA 1YTGA 5P6AA 5P6YA 3EL4A 5P7UA 3ZL7A 4CPWA 5P66A 1PROA 2H6TA 2NNPA 3B80A 1YT9A 3AUPA 3IXJA 5P8RA 4R95A 3KMXA 5P5MA 5T4SA 1MSNA 5P22A 3HZCA 2BB9A 3VLBA 4LHHA 1UH9A 3OXCA 5P37A 3GW5A 3LZYA 3CYWA 4FAEA 4TRZA 1E82E 5P8MA 5OZ8A 3VEUA 3PGIA 3TPRA 3PBZA 5KQXA 5P6ZA 3ER5E 4DQCA 4L1AB 1DPJA 1SH9A 2O4NA 4J0YA 4ZLSA 1Q9PA 3KT5A 3L5BA 5OZ1A 4YD7A 3FKTA 3OGQA 4GB2A 1AAQA 1IDAA 3HAUA 1HEGE 4J1HA 3UDHA 3SA6A 5P33A 4GJ8A 1FMUA 1FMBA 1HSIA 1EPRE 3R4BA 3EM3A 1FQ8A 3APPA 4GMIA 5I3VA 2ZHUA 3O9AA 3HLOA 3OQ7A 3EL9A 3QVIA 1XL5A 4I0HA 5KR8A 4D89A 1GNNA 4D8CA 7UPJA 1C6YA 3HBOA 2R3WA 4D88A 2VIJA 4YD3A 2I0DA 3L5FA 5P63A 3KT2A 5P24A 4LXAA 2NPHA 5P1EA 3LIQA 4Y5AA 2QU3A 1TSUA 1EC2A 5P2LA 3BRAA 4Y5EA 5P34A 2ZDZA 1AZ5A 4COEA 1ZP8A 3VUCA 2Z54A 1G35A 5P3YA 5P3NA 5I3YA 1FFIC 4RRNA 2B60A 5DPZA 2QHCA 4CMSA 3WB5A 1DAZC 2WEDA 1HPVA 4EQ0A 1MESA 1HTFA 1F34A 5HE7A 3NU9A 4YCTA 2G1OA 3FNUA 3O9GA 5P0BA 1RQ9A 3TKWA 2IKUA 5P1JA 4OBGA 5P8CA 4GIDA 4NJVA 5P67A 1APTE 4A4QA 4K4RA 4F74A 4Z22A 3I7EA 1SMEA 3VCMA 5P17A 2JJJA 1VIKA 1BILA 5ENMA 2ZJKA 3TL9A 5P16A 5OYYA 1HTRB 5P0GA 5P1WA 2IDWA 4I0ZA 5KOSA 1FQ7A 1SMRA 4FLGA 1W5YA 3R0WA 3KN0A 2A4FA 5AHAA 4Y3JA 5P58A 4XKXA 4FM7A 3TPLA 2VIZA 4Y4TA 3T7XA 3T7PA 2O40A 5P5NA 5DQCA 5P3XA 4OBDA 5OZKA 1QBUA 1TCXA 3EC0A 2Z4OA 3SM2A 5P6RA 5P6JA 3GGAA 5P2MA 1WKRA 3WZ7A 2ER0E 5IVRA 5P0AA 2IGXA 4PZXA 2AVSA 1XE6A 1RV7A 4F76A 4XX3A 1T6GA 3ZLQA 5P2OA 4R8YA 3OOTA 5HDXA 3KYRA 2Q5KA 3CICA 2FDPA 2QZXA 2OF0A 2FXDA 4AZYA 4APEA 2WEAA 1BWBA 1YTJA 2ZJLA 3UTLA 1FQXA 1SGUA 2JXRA 1EPQE 3EL5A 5IVQA 2QNNA 5KQFA 5P4PA 5P5QA 5P1IA 4Y9WA 2HB3A 2ZJMA 3Q3TA 3PWRA 3QRSA 3IXKA 2BPVA 4QLHA 5OZ5A 1E81E 2XFIA 3BVAA 2XFKA 3HDKA 4DJRA 2J9KA 1GVUA 4ZEAA 3WZ6A 5HU0A 1HSGA 5P0ZA 2OAHA 3PB5A 5IVTA 3O9FA 1AIDA 1GKTA 1MTBA 4Y58A 5P71A 3INEA 5P7OA 4QJ7A 4CPRA 3Q4BA 4A6BA 2ZYEA 5P7TA 3L38A 2F8GA 1EBYA 5P2SA 5P0WA 4WY6A 4FCOA 1HVIA 1G2KA 3VSWA 1FLHA 1WBKA 5P85A 4ZIPA 4RYGA 1SDUA 2QMGA 2QMPA 1VIJA 5P12A 3URLA 5P0TA 3EKVA 5P2NA 1HIHA 5P3CA 3NU6A 3KF0A 5P2WA 3DJKA 5OZ6A 1LYBB 3TTPA 3OAGB 1D4LA 5DR1A 2R43A 4Y3DA 4U8WA 4CKUA 1IDBA 2IEOA 4TRWA 3SABA 2HPFA 3BGBA 2QI1A 4B05A 5P3RA 5P0YA 1LF3A 5OYVA 5C9FA 4PHVA 3ZPSA 2AOGA 4J0VA 1EEDP 3JVWA 3VV8A 1PFZA 3L58A 5OZXA 1ZSRA 2QZLA 5KAOA 5P4DA 3PMYA 5OYTA 5P1KA 4Y3FA 2G1YA 5P8PA 5P6UA 1EBKC 2PWRA 5P19A 3QI1A 2AODA 2AIDA 1YM4A 2P3AA 4I1CA 4Y4AA 3VFAA 5OZUA 5P25A 5P4IA 5P1BA 1LF2A 5P6MA 5AGZA 4FM8A 5P8NA 3UQRA 3PI5A 3VLAA 1U8GA 3U6AA 5P89A 3AIDA 2WF3A 1PSOE 4PYVA 1FQ5A 4HDFA 2QHZA 5P3HA 5P3AA 4LXMA 2WECA 3VF3A 5KOQA 5OZHA 4J1IA 1YM2A 4Y4JA 3D20A 1XN3A 1QRPE 3NYGA 1EPME 3OXVA 5P3EA 3EKTA 3UF3A 5P0XA 3LITA 3SA3A 5TOLA 5P0KA 1EPLE 5ENKA 4B0QA 3G70A 5P1FA 2IS0A 4D83A 1Z1RA 3LZSA 1W5XA 5OZ2A 4CPXA 5P8KA 3EKQA 2OHMA 3SKGA 3INHA 2B8VA 4H3JA 1A9MA 5P2EA 5AHCA 2R5QA 4MC6A 2ZGAA 5P05A 2P8HA 3HW1A 2Q15A 5AH7A 3OU1B 3JW2A 2I4UA 3ZKMA 4DQGA 1BV9A 2H6SA 2PYMA 4Y6MA 5P7PA 5P5YA 4Y3EA 3MWSA 3NSHA 4I0FA 1APVE 4I0IA 3ZPTA 2B7ZA 4DJOA 5P18A 2P3DA 5P2GA 4OD9A 5P56A 4ACXA 4ER2E 5P7XA 2BKSA 1MT8A 3CKPA 3QIHA 3PJ6A 2B8LA 5P1UA 3SA7A 1FG8C 5OYZA 4Y57A 6APRE 1B11A 3K4VC 4QJ6A 1OEWA 5P5WA 5DQ2A 4OBZA 5P87A 2IKOA 5P7VA 2BPWA 3EMYA 5P4FA 3NLSA 5HD0A 5P54A 2QHYA 3ST5A 2G21A 5KQZA 3VG1A 3EL1A 5P8EA 5P1CA 5P03A 5HU1A 3UDQA 1BWAA 5P4XA 5P68A 1KJFA 5P81A 1BXQA 5P1ZA 1HVJA 1YTHA 3GI4A 3TH9A 5P2JA 1D4HA 3QBHA 4RVIA 1XDHA 4Y5CA 5P4GA 5P0LA 5P4CA 2QZKA 2OHTA 2VNMA 5DR0A 4YE3A 2P83A 2UXZA 5COKA 1FB7A 4EPJA 3UHLA 5P4YA 5P57A 5OZYA 3T3CA 3UDNA 1FG6C 1K1UA 4YA8A 5P1AA 4KE0A 2VIEA 4AUCA 4Y41A 4Y5MA 2OHSA 1A8KA 5P7GA 3OTYA 4IVSA 1B5FB 3PWMA 3SFCA 4FL8A 1Z8CA 1BAIA 4LP9A 5P8TA 4Y3SA 1LYBA 4QJ9A 3FIVA 3OAGA 5DR3A 5P7YA 2ZHTA 4FRJA 5IVSA 4J0TA 4J1CA 1B6JA 1HVSA 1NPWA 4Y3LA 2OHNA 3MSKA 4Y39A 4CPQA 1IVQA 4RVJA 4I10A 4B1DA 5P4HA 5P5PA 5BRYA 3Q6YA 1OHRA 2BPZA 2I4VA 1CZIE 4R5NA 2ZJJA 1HSHA 5P39A 2QU2A 2G26A 1IZHA 5P27A 3GGVA 3PM4A 1ODYA 1HPSA 1K2CA 2R5PA 4FRSA 3DUYA 3G6ZA 2I4WA 1FEJC 3I8WA 4X7IA 1BVGA 2QNPA 1JLDA 5P50A 1E5OE 3PSUA 3INDA 4AMTA 5P29A 2F3EA 4Y3GA 3DM6A 5P5EA 3O9IA 3NU4A 5DR8A 3PCZA 3KA2A 4LAPA 3DCKA 3O9LB 3Q5HA 3O9CA 5KR0A 3RVIA 4B78A 1XL2A 4AA9A 1LYWB 3LIZA 3QRVA 5P0OA 2OHPA 2AOHA 1D4YA 2FGVA 2WEZA 3ZKQA 5P5VA 4XX4A 5P1YA 4Y5GA 3A2OA 3IAWA 2PC0A 4EJ8A 5SZ9A 2AZ8A 3OQFA 4HDBA 5OZGA 3PMUA 1PSNA 2O4SA 3OTSA 2P3CA 3IVHA 3EBZA 5AHBA 2FLEA 5ER1E 1A30A 4KE1A 5OZ7A 5HE4A 5P7ZA 4Y4WA 2IGYA 5P4EA 3OU1A 1K6VA 4U7VA 1G6LA 3IN3A 3PCWA 2BKTA 4APRE 4M8YA 4Y53A 5B18A 1RL8A 4JPEA 5P62A 4FE6A 4B70A 3L5DA 5P2YA 4K4QA 5P23A 5P8HA 4Y3PA 5I3XA 2HB2A 2V13A 3O9BA 3RTNA 3K1WA 4UPJA 2AOEA 3OXXA 5OZDA 4FM6A 4Y3MA 4RRSA 4OBFA 5P8BA 3INFA 4I0DA 1APWE 3D1ZA 5P6XA 4DI2A 1APUE 2OHUA 3L5CA 3TOFA 3HAWA 5SY3A 1IVPA 2JJIA 3MXEA 4IVTA 2FNSA 4ZSMA 4YDFA 4Q1XA 1G0VA 2XYEA 4Y5LA 4FIVA 2F3KA 2XFJA 3PLDA 4EJLA 1DW6C 4GJ6A 3PRSA 4QJ2A 4DFGA 5I3WA 4Y5KA 1META 4N00A 1KZKA 3N4LA 5P51A 5JFPA 5P53A 1YX9A 4I12A 5P4JA 3WB4A 3S56A 2NTRA 3TPPA 5P4RA 3K5GA 4HVPA 4Y5BA 3SO9A 4I0EA 5P69A 5P7AA 5P0RA 5P08A 5P2IA 9HVPA 3OU3A 2J9JB 3EXOA 5JG1A 3S45A 3H0BA 2AOIA 2G20A 4ZSRA 3R1GB 1AVFA 5P88A 2ZHVA 5P0FA 4DPIA 1TSQA 1CPIA 4HLAA 2O4KA 5P10A 4J0ZA 3SQFA 2HM1A 4Y4DA 4B77A 3CYXA 3DV1A 1HVLA 5DGWA 2AVMA 2CEMA 5P75A 5P7JA 4B00A 4EP2A 2P3BB 3BGCA 1B5FA 1BXOA 3CKRA 8HVPA 1IBQA 4EYRA 3UDRA 5HCTA 4Y4GA 4EWOA 5P7LA 3LIYA 5EZZA 5P3KA 5ER2E 5P2AA 1NH0A 2O4PA 1ZSFA 3DV5A 5P1TA 1HEFE 3LPJA 3LPKA 3QAAA 4RGHA 5EZXA 4I0GA 3SKFA 4LXKA 1HHPA 3EL0A 4OBJA 5P5RA 5P06A 1W5WA 2ZE1A 2VJ6A 5OZFA 4Y37A 4OBHA 2UPJA 5P3FA 4ZE6A 4CPTA 2B42A 1AJVA 3B7VA 5P6KA 5P84A 2G94A 5P1SA 5OYUA 5HE5A 3T6IA 3VYFA 5P0IA 3H5BA 5KQYA 5P6PA 4Y3QA 3IN4A 5P7BA 2AVQA 1GVVA 5P2TA 1MRWA 3UFNA 3APRE 4Y4ZA 1FKNA 4GJBA 1GNOA 2Q54A 4H3IA 3VFBA 2ER9E 1HPXA 3OK9A 4L1AA 2HAHA 1F7AA 3NDUA 2OHKA 4B72A 3ZOVA 3FV3A 4FSLA 3O9LA 2V00A 3K5DA 3O9EA 5P35A 4TVHA 4J17A 4L7HA 5OZSA 5P0VA 5JODA 3NXNA 2QMDA 2RENA 5CONA 1T3RA 1HRNA 1W6HA 2F81A 5F01A 1QBRA 3I2LA 5P0CA 5P4QA 5P6FA 1RPIA 5P8GA 3QROA 5C9BA 1TW7A 3NU5A 5P6DA 5P1RA 3PLLA 6UPJA 1MPPA 4J5JA 4YCKA 3EM6A 5OYXA 1XN2A 4EHCA 5P8AA 2G24A 1MT7A 5P32A 1HVCA 5P3OA 2RKFA 4HA5A 4GZFA 5DQ4A 3JVYA 5P6WA 3OHHA 5P26A 3ZKIA 2RKGA 3FSMA 2PH6A 1B6LA 5P8IA 4WY1A 2ER7E 3SA4A 3BUHA 5P2FA 2ZHRA 4DJUA 1KJ4A 1HIIA 5P1HA 2NNKA 1OEXA 3EM4A 5OZWA 2AOCA 3RTMA 1GVTA 3ZKXA 2QCIA 5P0QA 3L5EA 4OBKA 3SA8A 3UCBA 1OD1A 4U7QA 3NU3A 4EJKA 4Y35A 4DQHA 4Y56A 5P5OA 5P8DA 1ZTZA 3ER3E 1HBVA 1BDLA 1IZDA 2PSVA 5OYSA 2EWYA 5P4BA 1ZPAA 1HVHA 5P4VA 1EC3A 1T7KA 5P44A 5P73A 1ZPKA 5P6CA 4RCEA 3OU4B 2ASIA 2CEJA 2HC0A 2NMYA 2Q64A 4YBIA 2BQVA 2VKMA 4Y45A 1IIQA 3L3AA 5P3DA 1LYAB 3QN8A 1BVEA 4RLDA 3MSJA 5P80A 1MERA 3QS1A 3KFRA 1B6KA 4ER4E 4Y4XA 5P7HA 3VF7A 2NR6A 5KR1A 5OZMA 4J55A 4ACUA 3SA5A 5P86A 3NDTA 3TPJA 5P8FA 2JE4A 2J9JA 1IZIA 4RYCA 3UDKA 1EC1A 5ISJA 5P5JA 3EKPA 4HEGA 4L6BA 4YOBA 5P0PA 5OYWA 5P3TA 3HD8A 3S2OA 4AA8A 3S7MA 2F80A 3BHEA 5P1XA 5P7EA 4M8XA 5AH6A 1BV7A 3GI6A 4NJTA 4Q1WA 5P55A 3NXEA 5DGUA 3SLZA 4Y5NA 3OQDA 3IA9A 1QBSA 5P2CA 5P1QA 5P6TA 1D4SA 2QD7A 2PWCA 1A8GA 3URIA 5OZVA 2I4QA 5P78A 3S43B 4Y3RA 2WF4A 3LHGA 2QD6A 3RTHA 4YHQA 3OWNA 2P4JA 1HPOA 3ECGA 4EXGA 1ODWA 5P6IA 5P65A 1GVWA 3IXOA 1UH7A 1A94A 5P4OA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQW A;  4DVF A;  5P2H A;  2QAK A;  4BFD A;  5UPJ A;  2WL0 A;  2VA6 A;  4MC2 A;  3SAC A;  2I0A A;  1K2B A;  4DV9 A;  5P3P A;  5OYQ A;  5P3S A;  4OC6 A;  4PZW A;  2AVV A;  3UDM A;  1YTG A;  5P6A A;  5P6Y A;  3EL4 A;  5P7U A;  3ZL7 A;  4CPW A;  5P66 A;  1PRO A;  2H6T A;  2NNP A;  3B80 A;  1YT9 A;  3AUP A;  3IXJ A;  5P8R A;  4R95 A;  3KMX A;  5P5M A;  5T4S A;  1MSN A;  5P22 A;  3HZC A;  2BB9 A;  3VLB A;  4LHH A;  1UH9 A;  3OXC A;  5P37 A;  3GW5 A;  3LZY A;  3CYW A;  4FAE A;  4TRZ A;  1E82 E;  5P8M A;  5OZ8 A;  3VEU A;  3PGI A;  3TPR A;  3PBZ A;  5KQX A;  5P6Z A;  3ER5 E;  4DQC A;  4L1A B;  1DPJ A;  1SH9 A;  2O4N A;  4J0Y A;  4ZLS A;  1Q9P A;  3KT5 A;  3L5B A;  5OZ1 A;  4YD7 A;  3FKT A;  3OGQ A;  4GB2 A;  1AAQ A;  1IDA A;  3HAU A;  1HEG E;  4J1H A;  3UDH A;  3SA6 A;  5P33 A;  4GJ8 A;  1FMU A;  1FMB A;  1HSI A;  1EPR E;  3R4B A;  3EM3 A;  1FQ8 A;  3APP A;  4GMI A;  5I3V A;  2ZHU A;  3O9A A;  3HLO A;  3OQ7 A;  3EL9 A;  3QVI A;  1XL5 A;  4I0H A;  5KR8 A;  4D89 A;  1GNN A;  4D8C A;  7UPJ A;  1C6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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