5DGWA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor grl-105-11a containing substituted fused-tetrahydropyranyl tetrahydrofuran as p2-ligand
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, biological evaluation and X-ray structural studies of HIV-1 protease inhibitors containing substituted fused-tetrahydropyranyl tetrahydrofuran as P2-ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol protein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dgwA00
3UDKA 4Y4AA 2B7ZA 1ENTE 5OZZA 5P6OA 5P7QA 1ZJ7A 5P31A 1HXWA 3OADB 4ZSMA 3OXVA 5P70A 1T7JA 4X7IA 5DQ2A 5P15A 4FIVA 3D1ZA 5JFPA 2OHNA 5P11A 2HS1A 2AOJA 4L1AA 5DGWA 3T7XA 4R93A 1FEJC 2ZHTA 1E80E 1Z8CA 5P4MA 1AAQA 3NYGA 5P4JA 1FQ7A 2G69A 3NDTA 4Y57A 5P2CA 4JECA 4QJ9A 3UDQA 5OZBA 2AIDA 1EC2A 2R9BA 4NKKA 3UQRA 2AODA 3DK1A 5P6MA 5P85A 5C9DA 1M43A 1MT9A 4KB9A 3ZPSA 4DFGA 1K6CA 3O9CA 4Z4XA 1BV7A 5P8GA 2FXEA 2ZJJA 2PK5A 3PSGA 1NH0A 2QCIA 4BFDA 2ZGAA 5CLMA 3EKVA 5P61A 3UQPA 3T3CA 1D4YA 3VV8A 5P43A 2Q64A 4Y3SA 3QRVA 2AOIA 1BILA 4N00A 5P60A 5P84A 3S53A 4LXMA 4I0ZA 2IS0A 3GI0A 3GI6A 1DMPA 1YTGA 1MT8A 5P10A 5AHAA 4FSLA 5KR2A 2ER9E 3O9BA 5OZWA 2FMBA 2A4FA 3IN4A 5HDVA 5P01A 4PZWA 2HB2A 4IVTA 3DCKA 4ZE6A 3R1GB 2H6TA 3O9LA 3FNSA 2JJJA 5P6ZA 6APRE 4B78A 2Q63A 2B8LA 4Y3NA 4YBIA 3MSLA 3O99A 5P5NA 2G20A 1A8KA 2QMDA 4Y3FA 2J9JA 2APRA 1YT9A 2MIPA 3UDMA 3S7LA 4PEPA 4CPSA 2NNKA 3EL9A 5P7KA 1HWRA 5P32A 1TQFA 5P6FA 1G0VA 4Y5NA 5P3MA 1SIVA 2V13A 1HRNA 4D83A 2I4QA 1ZTZA 3NDXA 4Y3JA 3NWXA 2IDWA 1MVPA 4JP9A 1D4IA 5P4BA 2G1SA 4DQCA 1OEWA 3HVPA 5P37A 5P2WA 3RU1A 4FRIA 4GJ7A 1HHPA 2OHUA 1HVKA 5OZXA 5P33A 3HLOA 4Y5KA 5P86A 3L5EA 3T11A 1SDVA 3M9FA 4R91A 4TRWA 1UH8A 5OZQA 5OZIA 5P5IA 5P5WA 1ER8E 5P2GA 2AQUA 2XFIA 2I0DA 3BVAA 1BDLA 3F9QA 1LZQA 5P8PA 4EJ8A 5IVSA 2G26A 5HE5A 4YA8A 4FRKA 5P1IA 3LHGA 4YDFA 5P68A 4B05A 5P3EA 4FCOA 1GVVA 3FNTA 1SDUA 1LV1A 5P3IA 1F34A 5OZHA 4ZSRA 5P0DA 4BEKA 1W50A 4Y3DA 4ER4E 3IVIA 5BRYA 3UFNA 2OAHA 4QJ6A 2WECA 2R43A 3VLBA 2G27A 4LP9A 3KFRA 4NPTA 2O4NA 2IGYA 3ER3E 3LZUA 5P0JA 2FS4A 5P7IA 4FAEA 1EPLE 5P82A 4QLHA 5AH7A 2IRZA 1MTRA 2NPHA 4J1CA 4DV9A 4TVGA 3LPJA 5P3YA 5HDZA 1BAIA 1IZEA 3OAGB 5F01A 5P3FA 1T3RA 3QBFA 2G24A 1IZIA 3L3AA 3HDKA 1KJHA 1HVRA 5P1EA 5KOSA 5P27A 4EPJA 1GVXA 3KFPA 3EL5A 5P8LA 5P7XA 1LYBB 3ZKSA 2AVVA 5AH8A 3PSUA 5P34A 5P5RA 2P3BA 4I8ZA 5P04A 3OHHA 5P1VA 5P4QA 1FF0C 4Y58A 2V12C 3NLSA 4I10A 5P1GA 3DM6A 3TKWA 3OADA 2G21A 2R8NA 3TPJA 5P6KA 2XFKA 1D4SA 5P7LA 4D89A 5P8HA 3IXOA 3R0WA 2JJIA 1DAZC 5P5MA 5P2IA 1IDBA 4UPJA 3LPIA 1W6IA 5P0XA 1KJGA 5P22A 3QIHA 3PLLA 3KMYA 1QBTA 4GZFA 5P6PA 3QRMA 3HVGA 2B7FA 2Q5KA 3IGBA 4YOAA 1HVLA 5P19A 5DR3A 1W5VA 5P8AA 1BDQA 2PWCA 5OZLA 5OZPA 5P3TA 1MT7A 1FMBA 2AOEA 4DJUA 4A4QA 5OZNA 1ME6A 1GKTA 5E5JA 5P8TA 2PK6A 4DPFA 3VEUA 3O9GA 4PHVA 5P6IA 3O9EA 3ZKMA 5ENKA 4L1AB 2VIJA 3CKRA 3S8IA 4FRJA 5P69A 1MRWA 4Z50A 5TOLA 5HCTA 3INHA 1LS5A 5EZZA 3N3IA 2R5QA 1FQ8A 2QNNA 3VSXA 5P4PA 4Y6MA 5P7JA 5P6BA 3G6ZA 3MXDA 4Y5CA 5P1KA 3JVYA 5KR8A 1ODYA 2FLEA 4AA8A 2Z4OA 1G6LA 3LPKA 1IVQA 5P3LA 3O9HA 3PI0A 5HVPA 3LZYA 5OZ2A 1HIVA 1E5OE 4K4QA 5P0YA 3K5GA 1FG6C 4Y48A 1FMXA 4RRNA 2BQVA 5P4XA 5HE4A 4CPQA 1XN2A 5OZRA 3WSJA 5OZTA 2F8GA 4I1CA 2Q15A 4Y37A 1B6PA 1T7IA 2ZJNA 4I0JA 4Y3YA 5P44A 3U71A 1MRXA 5P6UA 3SM1A 5AHCA 2VA5A 4ZPEA 4EWOA 4EQJA 5AHBA 2WF2A 5P0TA 3KDDA 3OY4A 4ER1E 1XL2A 1Q9PA 4ZSQA 2Z54A 4JOOA 5KQXA 4JPCA 1OD1A 5COKA 3SO9A 2P3AA 4A6CA 3B7VA 5OZ4A 5UPJA 3GGXA 4DJWA 2V16C 2AVMA 1D4JA 5DR4A 2J9JB 1NPAA 1ZLFA 5P06A 3VLAA 1PSNA 2ANLA 5P7RA 2G1YA 2V00A 3RSVA 4I0HA 5P1UA 5P79A 1B6LA 5OYUA 5SXNA 1K6VA 4YE3A 5P55A 1IIQA 4ZEAA 3RSXA 5P80A 3OU4B 5P1DA 5P0WA 4PZXA 2BB9A 2QU3A 5P8QA 1TZSA 4COEA 1KZKA 2O4LA 4Q1WA 5P6GA 4DJXA 5P45A 3TPRA 1EPRE 2ZJHA 1D4LA 5OZ3A 1FMUA 5P51A 5P4WA 1PSOE 5AGZA 3OK9A 1EBZA 4ZPFA 5JODA 1RNEA 2O4KA 4EYRA 5P3UA 3CYWA 3NR6A 2F3FA 3GGVA 1HXBA 4U7VA 3HD8A 5ER1E 1NSOA 4J0ZA 5P5KA 4Z2ZA 4MC1A 1QRPE 4YD4A 3LIQA 1TCXA 1EPPE 3DOXA 3GGAA 4E43A 4EJDA 5HTZA 3K5CA 3OAGA 3EKPA 2IL2A 1PPKE 4L7HA 4EXHA 4FRSA 1MTBA 2SAMA 3ZPTA 3UDHA 3MSJA 3U6AA 4GJCA 3NWQA 4OBGA 5P00A 3TOHA 3WB4A 3NU6A 5BS4A 3I8WA 4J0YA 2NXMA 5P8MA 1B6KA 1TSQA 4CKUA 4CP7A 3GI4A 4RVIA 4J54A 4HEGA 5P13A 2J9KA 5P1SA 2R5PA 1PROA 1APTE 2FGVA 4RROA 2PC0A 3UTLA 3BGCA 3EBZA 5P64A 3EL1A 1MSNA 5P5ZA 2B8VA 3DJKA 4Y47A 4HVPA 1DP5A 3CIBA 1TW7A 2PSGA 3LITA 2EWYA 2P3BB 5HD0A 2I4VA 4ZLSA 5P0PA 1GVWA 3SA3A 2V10C 5P6DA 3ZLQA 1AJXA 4J1IA 3T7PA 3S54A 2IKOA 1SDTA 3INFA 1LEEA 5P0EA 3UFLA 3PI5A 4MC9A 5P0QA 2VJ6A 2V11C 1PPLE 5APRE 3LNKA 5P67A 5P5VA 3OQKA 5P8KA 3ZKXA 3EMYA 4GJ8A 5P8RA 3URLA 3BVBA 3GI5A 3OQAA 5HU1A 5P7UA 4GJ9A 1GVUA 3T6IA 1W5YA 4DJRA 5T4SA 4DQHA 1BXQA 2BPXA 3BXSA 5P1LA 3SA5A 3VV7A 1QBUA 3NSHA 2QMGA 3PGIA 2P8HA 5P6AA 3D1XA 3NDWA 1A30A 4D88A 3TPLA 3SKFA 2Q55A 2ZJIA 3EL4A 5AH6A 3KM4A 4OBDA 1OHRA 5P2BA 5I3VA 2WEBA 5P4GA 5P57A 1MPPA 5OYSA 5P7PA 3S7MA 4Y4WA 4Y3QA 5DQ5A 5P41A 3IXJA 4FAFA 2ASIA 1NPVA 5P7YA 5JG1A 2QI6A 4M8YA 5P46A 5P8IA 5P0IA 3KDCA 2AOCA 4TRZA 4ZSPA 2UY0A 4J0PA 4Y53A 3WZ8A 1GVTA 4LAPA 5P24A 2BPWA 3JW2A 2NXLA 3H0BA 3S45A 6UPJA 1K6PA 2G1OA 2HB4A 5P0OA 5P1WA 1AJVA 1EPME 5P7FA 4I0IA 5P4LA 5P4IA 1AZ5A 2ZHVA 1FFFC 5P53A 5P08A 5P14A 5DR7A 2ZYEA 3PMUA 1D4KA 5P63A 4YCYA 4Y39A 4CPRA 5P65A 2FGUA 3SM2A 4BELA 4Y4BA 1XL5A 1G35A 5OZDA 3EM3A 3VF3A 5KR0A 1N49A 5P0RA 4F73A 8HVPA 4Y38A 2Q3KA 2BKSA 4RGHA 1YX9A 1ZPAA 3C9XA 5OZ8A 5P09A 1DW6C 4AA9A 4ER2E 3OU4A 5P3HA 2WHHA 3NU4A 3DV1A 3OXXA 5P56A 2AZBA 1SIPA 4XXSA 5SZ9A 1HEGE 4OBFA 5IE1A 1HVSA 2ZDZA 5ER2E 1FG8C 4OD9A 3UDPA 5P52A 5P1BA 5P2YA 4FL8A 5P16A 3PWMA 3FNUA 2NMYA 3CIDA 3EM4A 5P4HA 4I0FA 1FIVA 2WEZA 5OYRA 4Y51A 3LIXA 5P89A 5KQFA 2FNSA 4KE1A 4Y3WA 3AUPA 2JXRA 2WF0A 5ENMA 3EKYA 4Q1XA 2FNTA 4RYGA 3EKXA 2P3DA 3I2LA 5OZEA 4GJ5A 4I11A 2OHTA 5P7MA 5P2UA 5P1QA 5OZKA 2VA7A 4Y3PA 1A8GA 1HIHA 2CEMA 4GMIA 5E5KA 4ZIPA 3SPKA 1WKRA 2PH8A 2F3EA 3U7SA 1YTHA 3FKTA 5P7OA 5P7ZA 1XDHA 3KF0A 2R38A 5P88A 4GYEA 1APWE 5P3OA 5P4SA 2AVSA 5OYWA 3VFAA 4DQEA 4R95A 2B42A 5P48A 1YG9A 5P0VA 3OQ7A 2IEOA 4CPWA 3IXKA 4IVSA 2QHCA 5P18A 4HDFA 3SQFA 5HDUA 5P0FA 2QI0A 5P38A 4LBTA 5P47A 3VSWA 5P6JA 3L59A 3L5BA 3GW5A 1VIKA 5P2XA 2RKGA 1OEXA 4J1EA 5HDXA 3K4VA 3OWNA 5P2SA 4H3IA 5P87A 5OZ1A 5P3DA 1ZAPA 3SA6A 4FM7A 4NJUA 4I12A 1M0BA 1HBVA 5P8NA 5P1OA 2R3TA 1LF4A 2ZHSA 3QRSA 2F3KA 3MXEA 5OZYA 1T6EX 2NXDA 5P3WA 5P23A 2BBBA 4QJ2A 4OC6B 1Z1HA 5C9FA 1PPME 3PLDA 2P3CA 1KJ4A 2FDEA 4YOBA 5P6NA 4H1EA 5P2VA 5P7DA 2XFJA 3UQXA 4DJPA 4K4RA 5P3GA 5P3BA 3PEPA 4F75A 5P0UA 4MC6A 3OU1B 5C9BA 3KYRA 2WKZA 3SA9A 3PM4A 4LXKA 3DUYA 3K1WA 5P5UA 3K4VC 5P3QA 4DH6A 5P4EA 3PWWA 3RTMA 4YCTA 3DCRA 5HU0A 4Y3MA 5P0MA 5P5LA 4L7JA 1RQ9A 4RCEA 1TCWA 4Q1NA 3OU3A 4Y3GA 3UDRA 5KAOA 4RVXA 3NDUA 5P6HA 4YDGA 3L5DA 3KFSA 3FV3A 2NNPA 3EXOA 5OYYA 1LF3A 5P5BA 1BXOA 2VA6A 4KE0A 4OBJA 4R8YA 1HIIA 2QI1A 4HE9A 5P2EA 4FLGA 3WB5A 5P7GA 2IKUA 3BXRA 4B1CA 4RRSA 4Y3AA 2WEAA 1BVGA 5DGUA 5P4TA 3G70A 3K5DA 3BC4A 4J0TA 3PCWA 1HVHA 3LINA 3KFNA 1MUIA 4J1HA 2G22A 2HB3A 2HS2A 3TL9A 3I6OA 2QD8A 3VF7A 2OHPA 4J5JA 2CENA 2ZJMA 2WJOA 3QPJA 4D8CA 3A2OA 2QZWA 3LZSA 3G72A 1XE5A 2WF4A 1AIDA 1E81E 4HLAA 4Y5PA 5P7SA 4TVHA 5P3PA 4DPIA 4RLDA 3NXEA 4I0GA 5P3VA 4QGIA 2ZHRA 3NU3A 5P2LA 9HVPA 3NU5A 2HIZA 2JE4A 1HVCA 4WTUA 2BPYA 4Y41A 4YD5A 1XE6A 2CEJA 2G94A 4Z22A 5P7VA 3UQUA 2PMAA 1SMEA 5P4KA 5P5GA 2AVOA 5OYXA 2PYMA 2PSVA 3QI1A 1EAGA 4Y5GA 2HAHA 5P29A 1T7KA 4Y56A 3OOTA 5BWYA 3AIDA 3IAWA 5P76A 1LYAA 4F76A 2RKFA 4Y50A 4DQGA 1SP5A 1FQ5A 4RZ1A 4Y9WA 4YCKA 5OZ0A 3ZKQA 2I1AA 2ZJLA 5DQCA 5P8DA 5OYTA 5B18A 2AOFA 5P58A 1PSAA 2O4SA 1YM4A 1IDAA 1FQ4A 4OD9B 5P6QA 4HZTA 1QBSA 1QBRA 3PWRA 5P72A 4I8WA 1B6MA 3SA4A 1K1TA 2IGXA 5SY3A 1W51A 4YD7A 5I3YA 4Y5MA 3CKTA 5KQYA 2P83A 2V0ZC 4Y4TA 2BPVA 4GIDA 5P2KA 3TPPA 3MWSA 5OZ6A 5P62A 1T6GA 4OBHA 1WBKA 2Q54A 2VJ9A 3ECGA 5P5XA 2NTRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDK A;  4Y4A A;  2B7Z A;  1ENT E;  5OZZ A;  5P6O A;  5P7Q A;  1ZJ7 A;  5P31 A;  1HXW A;  3OAD B;  4ZSM A;  3OXV A;  5P70 A;  1T7J A;  4X7I A;  5DQ2 A;  5P15 A;  4FIV A;  3D1Z A;  5JFP A;  2OHN A;  5P11 A;  2HS1 A;  2AOJ A;  4L1A A;  5DGW A;  3T7X A;  4R93 A;  1FEJ C;  2ZHT A;  1E80 E;  1Z8C A;  5P4M A;  1AAQ A;  3NYG A;  5P4J A;  1FQ7 A;  2G69 A;  3NDT A;  4Y57 A;  5P2C A;  4JEC A;  4QJ9 A;  3UDQ A;  5OZB A;  2AID A;  1EC2 A;  2R9B A;  4NKK A;  3UQR A;  2AOD A;  3DK1 A;  5P6M A;  5P85 A;  5C9D A;  1M43 A;  1MT9 A;  4KB9 A;  3ZPS A;  4DFG A;  1K6C A;  3O9C A;  4Z4X A;  1BV7 A;  5P8G A;  2FXE A;  2ZJJ A;  2PK5 A;  3PSG A;  1NH0 A;  2QCI A;  4BFD A;  2ZGA A;  5CLM A;  3EKV A;  5P61 A;  3UQP A;  3T3C A;  1D4Y A;  3VV8 A;  5P43 A;  2Q64 A;  4Y3S A;  3QRV A;  2AOI A;  1BIL A;  4N00 A;  5P60 A;  5P84 A;  3S53 A;  4LXM A;  4I0Z A;  2IS0 A;  3GI0 A;  3GI6 A;  1DMP A;  1YTG A;  1MT8 A;  5P10 A;  5AHA A;  4FSL A;  5KR2 A;  2ER9 E;  3O9B A;  5OZW A;  2FMB A;  2A4F A;  3IN4 A;  5HDV A;  5P01 A;  4PZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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