5DGWA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor grl-105-11a containing substituted fused-tetrahydropyranyl tetrahydrofuran as p2-ligand
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, biological evaluation and X-ray structural studies of HIV-1 protease inhibitors containing substituted fused-tetrahydropyranyl tetrahydrofuran as P2-ligands.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol protein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dgwA00
2G1NA 2HIZA 3O9LB 4EJDA 3R4BA 5DQ1A 1WBMA 5ISKA 3N3IA 5P0RA 5P8UA 5P72A 4YOAA 5P0KA 1XE5A 4PHVA 3IXJA 1A9MA 4GJDA 5CLMA 1HTEA 3OHFA 1XL5A 2ER9E 3ST5A 4OBJA 2Q5KA 4DQEA 5P8MA 5P3NA 2V12C 3KM4A 3OQ7A 1EEDP 5P47A 4F74A 2VNMA 4Y3XA 1SBGA 5OYYA 2QD6A 3EL4A 1B11A 5P4OA 3D3TA 5OYSA 3NU6A 2OHLA 5P2HA 4LXMA 5P3YA 4Y44A 3T7PA 1ZPAA 5P65A 1LS5A 2WEZA 1B5FA 1K6CA 5I3XA 5P2XA 2G20A 4QGIA 4WY6A 3T3CA 5P3AA 1MTBA 1ZLFA 4I10A 5P1WA 3H5BA 3BC4A 3K5FA 3VFAA 5P3GA 3SFCA 5P14A 2AOFA 4K4QA 4LAPA 5IS4A 2QD8A 4CPRA 5HD0A 1TCXA 3PVKA 3HVGA 5P4HA 5P63A 1YTHA 5P0HA 3VV7A 2RENA 2VA6A 1DPJA 2VKMA 3OXCA 3QRSA 5OZYA 3L59A 4AMTA 1NH0A 3PMUA 5P6WA 1BAIA 2P4JA 5P2CA 2FNSA 3L5EA 3EL1A 3OXXA 5P0OA 1BVGA 5KQYA 2ZJNA 5P34A 5P35A 5KQXA 5OZOA 1XS7D 3OU1B 5P3UA 2VIJA 4Z2ZA 1QRPE 4KUPA 5OZLA 2NTRA 4GJ8A 2R5PA 5IE1A 2G1OA 3GI5A 1D4HA 5P73A 2B7FA 5P02A 3OADB 3UTLA 3GI4A 5OZSA 2QMDA 4RCDA 5P3OA 5P13A 4HA5A 1LV1A 6FIVA 2IRZA 2RSPA 4Y57A 1K1TA 5P86A 5OZAA 5P7JA 4F75A 2AZCA 3ZPSA 3O9LA 5KR0A 5P2IA 1EPME 3U7SA 3ZKNA 3LIYA 1AJXA 2ER6E 3I6OA 1YTJA 4L1AB 5P85A 1Q9PA 3NR6A 3I8WA 1G6LA 4LC7A 3R0WA 5P5FA 4EYRA 3MXEA 5P5BA 3QRMA 5P8IA 5P7FA 5P64A 2IDWA 4LXKA 4E43A 2BKSA 5P2JA 3VSXA 5P1OA 3SA3A 2AOIA 5P4AA 3OY4A 3KFRA 5OZWA 5P6GA 4Y4DA 3HW1A 3DV1A 5P6YA 2PH8A 4Y4XA 4QLHA 3L5DA 4Y50A 5COKA 5P07A 2IENA 5P57A 1YG9A 3OWNA 5DPZA 1FMXA 1MRWA 4DJPA 5P1RA 2BQVA 5J25A 3I25A 4J1KA 4GB2A 2A1EA 4Y39A 3L3AA 3I2LA 2G21A 4AUCA 4YHQA 3KDBA 2ASIA 5P87A 4OD9B 1SGUA 2QI1A 5P24A 2VA7A 3TLHA 4MC2A 5P8CA 1FF0C 5P12A 2FGUA 4I0JA 3URLA 3UQXA 5P70A 1K2CA 3LIVA 5P25A 5BRYA 5P0FA 5P8GA 4HLAA 3S43B 4BEKA 5P69A 1MESA 5OZDA 2VA5A 2PYNA 5P0QA 5P04A 5HCOA 4DPIA 5P82A 2BBBA 4PEPA 5P0AA 3TPJA 3OUAA 1AIDA 4RVXA 1TSUA 1ZSFA 1U8GA 3HVPA 5P4RA 1FMBA 3O9BA 3OU1A 7HVPA 2FXEA 2NMYA 3GGAA 3OQFA 4FRSA 4Y5AA 3NU5A 3Q5HA 2PK5A 1SDUA 5P8VA 2ANLA 3OADA 3QVIA 5P8NA 5P7EA 5HU0A 2B8LA 3ZPTA 5P2YA 1YTGA 1GNNA 1C70A 2HS1A 5P6BA 3D91A 3EKWA 5P6CA 2OHPA 5DR3A 5P4TA 4RCEA 1M0BA 3D1XA 2O40A 4EHCA 5P67A 5SY3A 1HVJA 1BBSA 1EPOE 5I3YA 4L1AA 3DOXA 5DQCA 5T4SA 3O9IA 3OUDB 1IZDA 5P1PA 2PC0A 4HZTA 5COOA 4HDPA 2HS2A 3SAAA 3QBFA 4DJXA 3CIDA 4DJOA 3MSLA 5P1AA 1A30A 5P1GA 2WF2A 4HEGA 3K5GA 4YDGA 5CONA 3SA5A 1HVLA 4ACXA 5P0GA 3BUGA 2R38A 1LYWB 4R5NA 3BUHA 3FNTA 5P6DA 5P2UA 5P54A 1GVUA 5P48A 5I3WA 3FSMA 4TRZA 2CENA 5P68A 5I3VA 3FNSA 3KFPA 4ZIPA 2V16C 5P8KA 5OZGA 3ZLQA 1W5WA 4FSEA 3R0YA 3IN4A 4TRYA 3CKRA 4ZPFA 3WZ7A 2FMBA 4Y4GA 5P37A 3FKTA 3VFBA 1B6KA 4JP9A 4OD9A 4J0PA 4COEA 5OYZA 5P8FA 4Y5LA 3NXEA 4K9HA 2FIVA 5KR2A 1TW7A 5AH9A 5P4CA 1MERA 5P1EA 3EKTA 3S43A 1EAGA 3NSHA 4DPFA 1C6YA 2ER7E 2XFKA 2OHUA 1XN3A 5P3KA 5P4EA 3O99A 4F73A 5P45A 3UFNA 5KQZA 3S7MA 4UPJA 1RL8A 1W50A 2ZJKA 4Y3AA 3INHA 3GGVA 3LNKA 5OZKA 5P0WA 3UDMA 5OZHA 1HXBA 4I0ZA 3QIHA 4M8YA 4U7VA 4GJ6A 2BPZA 4ZSPA 2APRA 5DGUA 5P5TA 5P2GA 4Y4WA 4A6BA 1LEEA 4J1HA 4J1FA 3T6IA 2XFJA 4Y5EA 1IZEA 5P4DA 2VJ7A 4B78A 4AZYA 3BHEA 3SPKA 5P61A 2FLEA 3CICA 4DV9A 5DQ2A 2OHMA 5P75A 5P7LA 5OZBA 5P1KA 2V13A 4QJ2A 2ZHTA 2P3DA 2QMFA 5IVQA 5P3FA 2PSGA 2AVVA 3OUDA 5P7OA 2F3FA 5AH7A 2G27A 3PB5A 3OUBA 3LITA 4Y4UA 2HB3A 4Y45A 3OAGB 3PBZA 4XX4A 4YE3A 3PWRA 3SA9A 3JVWA 5P5AA 3TTPA 1LYWA 5AH8A 4NJUA 4Y41A 2AOHA 2HPFA 1FQ6A 2F80A 1GKTA 4D85A 3FX5A 1SIPA 5P7AA 4FM8A 1FQXA 4Y3RA 3NDTA 4ZSQA 4A4QA 1ZAPA 2XYFA 3VCMA 4EJKA 4Q5MA 5OZ6A 5OZJA 2QNNA 5P8DA 2AODA 5B18A 4HE9A 3OHHA 2G24A 4B1DA 4GZFA 5F01A 1E5OE 3PSUA 4K8SA 4Y3PA 1ZTZA 1AM5A 3ZPUA 1FQ8A 2BKTA 5FIVA 2QZXA 3DUYA 5P2OA 5P6FA 5P2MA 2F81A 2G1YA 5I70A 3K5CA 5AHBA 4CMSA 4OBGA 1FB7A 2WF1A 2AVSA 1OEWA 3QI1A 2VIYA 2OHRA 2CEMA 4PPHA 1F34A 4Y4ZA 5OYRA 4RYGA 3VLAA 5P4QA 5OZ5A 1IIQA 3EBZA 2BPXA 3BRAA 1MT9A 4DJVA 5P2QA 2XYEA 5P5UA 1W51A 3RSVA 3O9DA 1FMUA 4CPXA 4ER2E 1MSMA 3MSJA 2NR6A 4NJVA 5P1TA 4B77A 5OZTA 1FG8C 5P1VA 5P8RA 1PSAA 1YT9A 5P2FA 5JG1A 1XE6A 3TOHA 1NPWA 5P7DA 5P8AA 5P6TA 5P52A 5OZEA 3O9CA 5P7IA 5P3BA 5P3IA 3QBHA 1T7IA 4I0DA 5E5KA 3S53A 1HIHA 3EL0A 1EBYA 2ZJJA 3UF3A 2FDEA 1UPJA 5P2DA 1K6PA 1BDRA 1EBWA 4I0EA 4J54A 1TQFA 4Y38A 2P3AA 3TOFA 3EKQA 5P2TA 3FV3A 1UH9A 4Q1YA 3S85A 2R5QA 1DW6C 1HHPA 3OAGA 3U6AA 5ER2E 1FEJC 2PYMA 3UQPA 5P33A 1LF4A 5P2ZA 5P3VA 1HWRA 5P3ZA 5P66A 3QRVA 4H3GA 4ZSMA 1N49A 2P3CA 5P51A 4Y4TA 4Y3NA 3N4LA 1RV7A 2BJUA 1IVPA 2V11C 3DV5A 4BELA 1D4YA 5DR1A 5P77A 1SP5A 1MIQA 2IQGA 2Z54A 5P8OA 1BXQA 3PLLA 5E5JA 5OZVA 5P2AA 2HB2A 4GJBA 2A4FA 3BGBA 1HTRB 3K5DA 3SABA 1ER8E 2AVOA 1HSHA 4X7IA 4TRWA 1QBUA 3QVCA 1HVCA 3DJKA 1IVQA 1E80E 3KDCA 3NYGA 4ZPEA 5P3PA 5P3MA 4D89A 2QI5A 3TKGA 4XX3A 2OHSA 5BWYA 3RTHA 4EXHA 3I7EA 5P6IA 5P3EA 2QNPA 5ENMA 4MC6A 1EPRE 4DH6A 1EC0A 1KJ7A 4Y3DA 3PWMA 2J9KA 1WKRA 1G35A 4Y4EA 3OGQA 2FGVA 1W6HA 4B05A 3RU1A 4H3JA 3KN0A 4A6CA 1APVE 4Y3JA 5P42A 3RVIA 1PPLE 1JLDA 1FFFC 5SXNA 5AGZA 5P7MA 5P1DA 4FRIA 4Y56A 4DFGA 1FQ5A 1T7JA 5P0YA 2BPWA 5P2BA 4Y3GA 3S56A 5P1CA 3T11A 2CEJA 5OZQA 1ZBGA 1HVKA 4DVFA 4YD5A 3IVIA 3EL5A 2I4DA 3LIXA 5COPA 5P1LA 4YA8A 2PMAA 3VUCA 1EPPE 5P15A 5P09A 1BVEA 4MC9A 2O4SA 5P16A 3UDRA 5P0ZA 3S54A 3KMYA 1J71A 2ZJIA 4DJYA 5P19A 2FNTA 5P3CA 5P30A 5P5MA 3UDKA 1W6IA 4I12A 1EBZA 4DJWA 2ZJLA 4M8XA 5P20A 3Q3TA 3DCRA 3WB4A 1T6GA 1SMRA 3K1WA 5HCTA 1MRXA 3HZCA 2QI7A 2WHHA 3BVAA 1ODXA 1NPVA 3KMXA 1KZKA 3KFNA 5KOQA 4Y3SA 4DJUA 3EM6A 3QN8A 5P6AA 3TOGA 5JFPA 4Y5MA 2JJJA 1AZ5A 3SO9A 5P0DA 5P5NA 2BB9A 3R1GB 2BPYA 5P8TA 1FIVA 4RRNA 4KE0A 4J17A 4CPQA 3URIA 3CMSA 1Z8CA 5HU1A 1IZHA 2QHCA 5ISJA 3CYWA 3MWSA 5P7NA 4PZWA 1HSIA 4Y3QA 3FNUA 2SAMA 5P3JA 5P78A 5P6XA 4QJ7A 3LZSA 2G1SA 5OYQA 1MTRA 2PSVA 5OZ7A 3IAWA 3BGCA 4I8ZA 5P03A 3SACA 1SIVA 4S1GA 2H6TA 3SLZA 4FM7A 2QI3A 3NU9A 5P28A 4Y47A 5DGWA 1FGCC 3EM3A 1LF3A 3S8IA 5P39A 1IBQA 5P5VA 5IVRA 3BXSA 1HOSA 3URJA 2F3EA 3PWWA 3NUOA 4J1EA 5P43A 3GI0A 3KT5A 5OZNA 5P88A 5P6VA 4L7JA 3UDYA 5OZ1A 2PWRA 2OHTA 3PGIA 4Y58A 4Y3ZA 1TSQA 4FRJA 4RLDA 1KJFA 4CPWA 5P5XA 5DQ4A 2QNQA 4R91A 2VJ6A 1PSOE 1PFZA 1EPQE 2AOCA 5P83A 1AVFA 4DQCA 4EP2A 5P7GA 5JODA 1XDHA 3PHVA 3CYXA 5OYXA 4YCYA 5P6LA 1LYBB 4Y36A 3ZKGA 1APTE 6APRE 1D4LA 1XN2A 2BPVA 3APRE 4X2LA 4Y5CA 2ZJMA 3KFSA 4L6BA 5P79A 1KJGA 1KJHA 5P4IA 4H3IA 3NDUA 3VF3A 2AVQA 1E81E 5DR4A 1VIJA 2AOJA 4B1EA 1Z1RA 2P83A 1SGZA 4GJ5A 2P3BB 5HE4A 1BDLA 3EKXA 4R8YA 2O4NA 4B00A 4Y4BA 2I1AA 2WL0A 3OQKA 5P5OA 1CZIE 5ENKA 3OXWA 1GVWA 3G72A 1BILA 1B6MA 4FL8A 5P50A 2R8NA 3L5FA 4TVHA 4WTUA 5P6NA 2F3KA 4NPTA 3PCWA 5P7TA 5P40A 4Q1XA 1EBKC 2B42A 2WECA 3HBOA 4YBFA 3LHGA 4Y3WA 1HPOA 3PSYA 4GYEA 1RPIA 4J55A 3UCBA 1UH8A 3RTNA 2QD7A 4LXAA 5P6OA 1ZSRA 3M9FA 5P2EA 4JPCA 4FM6A 5P59A 4FLGA 5OZRA 3TPRA 1B6LA 5P2RA 3NDXA 3ZKSA 2QZLA 3O9FA 3ZKQA 5OZZA 4NJTA 2I4VA 5P89A 4APRE 2IL2A 3PJ6A 5APRE 3SM1A 1MUIA 1BV9A 2ZHRA 1MVPA 4FCOA 5HDXA 5P7QA 1WBKA 3VF7A 3SA8A 5HE7A 2WJOA 3U71A 2NNPA 2Q3KA 4JPEA 4GIDA 5P6UA 1ENTE 5C9BA 5P5GA 4CPSA 4YCTA 5P53A 5P58A 1HVSA 2QMPA 5AHCA 4KB9A 1LYBA 1FFIC 3O9EA 5P1JA 3RSXA 3GGXA 4Y5BA 3OTYA 3PM4A 3NUJA 3AUPA 1T7KA 5P11A 2OAHA 5P46A 5HTZA 4Z4XA 4B0QA 9HVPA 5P1YA 3ER5E 3KA2A 2P3BA 3OU3A 5TOLA 1K6VA 2NNKA 4YBIA 1QDMA 2UPJA 3TPPA 3JW2A 4Y43A 1DMPA 5HE5A 3SQFA 5P81A 1ZP8A 3LPJA 4J1IA 1QBRA 3A2OA 1CPIA 5P5JA 1A8GA 2I4UA 1FQ4A 2OHKA 5UPJA 1IDAA 4LL3A 3O9HA 5P76A 2WEDA 4J0ZA 4Y5PA 5P0TA 1FLHA 4Y4JA 4LP9A 3NLSA 1B6JA 3HDKA 1EC1A 3TKWA 2PWCA 5P1IA 5P8HA 3DCKA 3OUCA 4Y5KA 5P6KA 4ZSRA 1BIMA 4DJRA 5P3TA 3IVHA 2R9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1N A;  2HIZ A;  3O9L B;  4EJD A;  3R4B A;  5DQ1 A;  1WBM A;  5ISK A;  3N3I A;  5P0R A;  5P8U A;  5P72 A;  4YOA A;  5P0K A;  1XE5 A;  4PHV A;  3IXJ A;  1A9M A;  4GJD A;  5CLM A;  1HTE A;  3OHF A;  1XL5 A;  2ER9 E;  3ST5 A;  4OBJ A;  2Q5K A;  4DQE A;  5P8M A;  5P3N A;  2V12 C;  3KM4 A;  3OQ7 A;  1EED P;  5P47 A;  4F74 A;  2VNM A;  4Y3X A;  1SBG A;  5OYY A;  2QD6 A;  3EL4 A;  1B11 A;  5P4O A;  3D3T A;  5OYS A;  3NU6 A;  2OHL A;  5P2H A;  4LXM A;  5P3Y A;  4Y44 A;  3T7P A;  1ZPA A;  5P65 A;  1LS5 A;  2WEZ A;  1B5F A;  1K6C A;  5I3X A;  5P2X A;  2G20 A;  4QGI A;  4WY6 A;  3T3C A;  5P3A A;  1MTB A;  1ZLF A;  4I10 A;  5P1W A;  3H5B A;  3BC4 A;  3K5F A;  3VFA A;  5P3G A;  3SFC A;  5P14 A;  2AOF A;  4K4Q A;  4LAP A;  5IS4 A;  2QD8 A;  4CPR A;  5HD0 A;  1TCX A;  3PVK A;  3HVG A;  5P4H A;  5P63 A;  1YTH A;  5P0H A;  3VV7 A;  2REN A;  2VA6 A;  1DPJ A;  2VKM A;  3OXC A;  3QRS A;  5OZY A;  3L59 A;  4AMT A;  1NH0 A;  3PMU A;  5P6W A;  1BAI A;  2P4J A;  5P2C A;  2FNS A;  3L5E A;  3EL1 A;  3OXX A;  5P0O A;  1BVG A;  5KQY A;  2ZJN A;  5P34 A;  5P35 A;  5KQX A;  5OZO A;  1XS7 D;  3OU1 B;  5P3U A;  2VIJ A;  4Z2Z A;  1QRP E;  4KUP A;  5OZL A;  2NTR A;  4GJ8 A;  2R5P A;  5IE1 A;  2G1O A;  3GI5 A;  1D4H A;  5P73 A;  2B7F A;  5P02 A;  3OAD B;  3UTL A;  3GI4 A;  5OZS A;  2QMD A;  4RCD A;  5P3O A;  5P13 A;  4HA5 A;  1LV1 A;  6FIV A;  2IRZ A;  2RSP A;  4Y57 A;  1K1T A;  5P86 A;  5OZA A;  5P7J A;  4F75 A;  2AZC A;  3ZPS A;  3O9L A;  5KR0 A;  5P2I A;  1EPM E;  3U7S A;  3ZKN A;  3LIY A;  1AJX A;  2ER6 E;  3I6O A;  1YTJ A;  4L1A B;  5P85 A;  1Q9P A;  3NR6 A;  3I8W A;  1G6L A;  4LC7 A;  3R0W A;  5P5F A;  4EYR A;  3MXE A;  5P5B A;  3QRM A;  5P8I A;  5P7F A;  5P64 A;  2IDW A;  4LXK A;  4E43 A;  2BKS A;  5P2J A;  3VSX A;  5P1O A;  3SA3 A;  2AOI A;  5P4A A;  3OY4 A;  3KFR A;  5OZW A;  5P6G A;  4Y4D A;  3HW1 A;  3DV1 A;  5P6Y A;  2PH8 A;  4Y4X A;  4QLH A;  3L5D A;  4Y50 A;  5COK A;  5P07 A;  2IEN A;  5P57 A;  1YG9 A;  3OWN A;  5DPZ A;  1FMX A;  1MRW A;  4DJP A;  5P1R A;  2BQV A;  5J25 A;  3I25 A;  4J1K A;  4GB2 A; 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 4ZSP A;  2APR A;  5DGU A;  5P5T A;  5P2G A;  4Y4W A;  4A6B A;  1LEE A;  4J1H A;  4J1F A;  3T6I A;  2XFJ A;  4Y5E A;  1IZE A;  5P4D A;  2VJ7 A;  4B78 A;  4AZY A;  3BHE A;  3SPK A;  5P61 A;  2FLE A;  3CIC A;  4DV9 A;  5DQ2 A;  2OHM A;  5P75 A;  5P7L A;  5OZB A;  5P1K A;  2V13 A;  4QJ2 A;  2ZHT A;  2P3D A;  2QMF A;  5IVQ A;  5P3F A;  2PSG A;  2AVV A;  3OUD A;  5P7O A;  2F3F A;  5AH7 A;  2G27 A;  3PB5 A;  3OUB A;  3LIT A;  4Y4U A;  2HB3 A;  4Y45 A;  3OAG B;  3PBZ A;  4XX4 A;  4YE3 A;  3PWR A;  3SA9 A;  3JVW A;  5P5A A;  3TTP A;  1LYW A;  5AH8 A;  4NJU A;  4Y41 A;  2AOH A;  2HPF A;  1FQ6 A;  2F80 A;  1GKT A;  4D85 A;  3FX5 A;  1SIP A;  5P7A A;  4FM8 A;  1FQX A;  4Y3R A;  3NDT A;  4ZSQ A;  4A4Q A;  1ZAP A;  2XYF A;  3VCM A;  4EJK A;  4Q5M A;  5OZ6 A;  5OZJ A;  2QNN A;  5P8D A;  2AOD A;  5B18 A;  4HE9 A;  3OHH A;  2G24 A;  4B1D A;  4GZF A;  5F01 A;  1E5O E;  3PSU A;  4K8S A;  4Y3P A;  1ZTZ A;  1AM5 A;  3ZPU A;  1FQ8 A;  2BKT A;  5FIV A;  2QZX A;  3DUY A;  5P2O A;  5P6F A;  5P2M A;  2F81 A;  2G1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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