5DQ4A

Endothiapepsin in complex with fragment 66
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq4A01
1J71A 4J0VA 2HB3A 4QJ9A 5IVTA 2XYFA 3PBDA 5OZZA 3S8IA 2B60A 1W51A 1LYWB 4S1GA 3GGXA 4Y3LA 5P0BA 1W5XA 3VCMA 3SABA 1TCWA 5I3XA 3APRE 4FGXA 1IVPA 2I4WA 1MRWA 2BPZA 3PI0A 3LZUA 1KJFA 5P6TA 4ZSPA 2Q11A 4PEPA 1HPXA 4I12A 2AVVA 1FQ6A 5P6RA 1UPJA 5P5SA 4OD9B 4YE3A 2V12C 5KR1A 1BDRA 4K8SA 4RCDA 1HHPA 1EBWA 5P06A 1DP5A 2IDWA 1BWAA 4F76A 1MT7A 2O40A 3KMYA 2IENA 5P8NA 5P0YA 3PI5A 4KE1A 4Z22A 2VA6A 3ER5E 3D3TA 2JYSA 1MRXA 2VIJA 4NJUA 4DPFA 1LYAA 2QI7A 4X2LA 2FDEA 1HSGA 5P62A 4QJ7A 5P2UA 2PQZA 5COOA 3T11A 5P75A 4CPTA 5OZAA 5P24A 3UQWA 5P2JA 1CPIA 4TRZA 5P4XA 3GGVA 1PPLE 2ER9E 3SFCA 3UDQA 4DQEA 5HU0A 5HDUA 5OZRA 1HTEA 3FNSA 5P7QA 2R3TA 5P5MA 5P3VA 4BFDA 2B8LA 1HPVA 5ER2E 5P2OA 3S45A 1META 5P53A 1SDVA 5P3NA 4BELA 5COKA 3IA9A 4H3JA 4ER2E 4I0FA 5P4UA 2BQVA 2ASIA 4J55A 5P5WA 3KT5A 4LP9A 3N3IA 2I0DA 2NR6A 4YDFA 5P1XA 4FE6A 4Y5MA 3BGBA 3VF5A 3BRAA 5P3HA 5P6DA 5KR2A 4R95A 4R5NA 1BV7A 5P6NA 4RYCA 1PPKE 1W6IA 3Q3TA 3GI6A 5P3CA 4RVJA 1GVXA 5DR1A 6UPJA 3TNEA 1EEDP 1VIKA 1FLHA 4NKKA 5P0HA 3LINA 5P0AA 5HD0A 5P7TA 5OZ5A 2VA7A 5P3MA 4Y3NA 2G94A 1ZPAA 2ZHTA 3IXJA 3OXCA 1BILA 4Y3EA 4YD5A 3TKGA 4ZPFA 4CPUA 1ENTE 3LIZA 5P4JA 5KQYA 1ZBGA 5P08A 2AQUA 5P1TA 2P3BA 5P7OA 5P8FA 5DQ4A 3SO9A 2PYNA 5P4MA 5OZ4A 3EKWA 2VNNA 3WZ6A 5P74A 3VFBA 1TSQA 3UDNA 1T7JA 3PVKA 5OZ6A 4U7VA 5P52A 2G1YA 1C6XA 1PSOE 4Z2ZA 4RVXA 4GJDA 5P5EA 1SMEA 5HDVA 5P8EA 2AOGA 5P4SA 3QRMA 2AVQA 1AM5A 4Y3HA 5P3PA 1BWBA 2IGXA 2PSUA 5P3ZA 2FDDA 3L5FA 3OQKA 5HCTA 5HCOA 4LC7A 5P10A 1Z1HA 1XL5A 4NPTA 5HU1A 3SA3A 1FG8C 5SY2A 4GJ8A 4U8WA 3WSJA 5P28A 2Q64A 5SXNA 3FNTA 4FM8A 5P4ZA 3OU4A 3F9QA 3JVYA 2OHQA 5JFPA 3NUJA 5P84A 1YM2A 4J54A 2ZHRA 1C70A 5P4FA 4MC9A 5JFUA 5OZYA 3U7SA 4GB2A 2VJ7A 3MWSA 5P2AA 1MT9A 2HAHA 5P8HA 4YCKA 4I0DA 2IEOA 5P2TA 3NWXA 4WY1A 4CKUA 3OGQA 3QS1A 4HLAA 3VYEA 4OBGA 5P1VA 3OHFA 4Y5CA 5P4LA 4EJLA 1APTE 3VEUA 1APVE 1RL8A 2P3BB 3BGCA 4ACUA 4A6CA 2I1AA 5P0JA 1HEFE 2I4DA 5P4AA 1G35A 3QBFA 1BVEA 4RRNA 2B7ZA 5P4VA 2H6SA 4J1HA 4Y3DA 1HBVA 2QNPA 4GYEA 1HOSA 3SA6A 3KT2A 4Z50A 1ZJ7A 5P42A 4DPIA 2FGUA 2B8VA 5P6OA 4I0GA 4TVGA 4OBKA 5P3KA 1MIQA 1EBYA 3PLDA 2VIZA 4HDPA 5HVPA 3EL0A 2P3AA 3SACA 2HB2A 3VF7A 2I4XA 5P1GA 5P77A 1D4HA 2AIDA 4KUPA 2Q3KA 5P8PA 5P14A 2A1EA 5P2QA 2JE4A 1FIVA 3S43A 2ER6E 4EJ8A 2G22A 5P3YA 2R8NA 2NXDA 5P65A 4N00A 5P2LA 3DV1A 2IKOA 3OU4B 3LZVA 5P6JA 1NPWA 4Y56A 5P0LA 1AZ5A 4FS4A 5P7UA 1HEGE 5DGUA 5P1DA 4EWOA 3INDA 7HVPA 1B6PA 4H3FA 4ER1E 5P0QA 5C9FA 2Z54A 5BWYA 5P5OA 3OOTA 2PH6A 3L5EA 4ZSMA 1XS7D 5AHCA 5P4HA 5P5QA 3URJA 1HVHA 1HPSA 5P3OA 4GJCA 3IN3A 5UPJA 2VA5A 4EYRA 4Y48A 5P1NA 2P4JA 3KDDA 5P1HA 3CKTA 5P8UA 3TOGA 1MESA 3PB5A 1K6VA 4Y3AA 3FNUA 2QMDA 5P7DA 5OZWA 1M0BA 5FIVA 1FG6C 5P5GA 3SM1A 4XX4A 2JJIA 5P36A 4RGHA 4ZSRA 3ZKIA 5P8QA 5P5JA 3SA8A 5P6BA 5HE7A 1HIIA 2BKTA 1D4KA 2IQGA 4M8XA 2NTRA 5P71A 1FGCC 4DQFA 4FM7A 5J25A 1FB7A 3GI5A 1QRPE 5P2GA 3FIVA 5P6GA 2EWYA 5I3VA 2XYEA 2RENA 2BPVA 4A6BA 5OZ9A 5P6MA 5P18A 5P20A 1OEXA 1FKNA 5DR7A 4DUSA 1T3RA 1A8GA 3LNKA 1FQ8A 5P6SA 1OHRA 4CPQA 5P1IA 5P0GA 5P47A 3S7LA 4Y9WA 1ZSRA 3K5DA 4F75A 3S43B 3EKVA 1EC0A 3S2OA 3T7PA 2ZGAA 4YOBA 1LF2A 4E43A 2FS4A 5P1WA 4FSEA 2WF4A 2SAMA 3KFRA 2FNTA 4DJUA 5F00A 5P7KA 4YA8A 5P0TA 5P49A 2F81A 5P6FA 1PFZA 4QJ8A 1B6JA 3PM4A 3UFLA 3PSYA 5P56A 2NMZA 4I0IA 3RSXA 4CPXA 1HVJA 2HB4A 4CPWA 4H3IA 4RRSA 5P72A 5DR4A 3UHLA 2V11C 1LF4A 2OHSA 5KQFA 4R8YA 5P3LA 2BPXA 4J1KA 4HA5A 3EKPA 3LPKA 2UXZA 5OZEA 1SGZA 3WB4A 2NPHA 4B0QA 3Q4BA 4F73A 2OF0A 1FQ5A 5P5BA 3NSHA 3BUGA 4GJ6A 4CPSA 1HTFA 5OZ1A 2QI0A 4B1CA 8HVPA 3O9EA 4XKXA 4RYGA 4CP7A 2H6TA 2FNSA 3GGAA 2PYMA 4FAFA 4Y4XA 3TTPA 4EJDA 2FLEA 2XFJA 5P5IA 2WF0A 5P8OA 2AOCA 1KJ4A 2HPEA 5OZHA 5P5DA 3PBZA 1VIJA 2BJUA 3ZKGA 5P5VA 5P2NA 4DV9A 5OYTA 5P1PA 5P1AA 4Y38A 5P0XA 1BVGA 3ZMGA 5P01A 5P45A 3K5CA 3NU4A 5P00A 3HLOA 5P0CA 3QBHA 4FSLA 5P2IA 2WF1A 3R0YA 5P64A 3L5BA 1ZLFA 4LHHA 4X7IA 5P88A 3RTMA 5IVQA 5P4QA 2WHHA 4QGIA 4RVIA 2BKSA 5OYXA 4I8ZA 5P3TA 4DH6A 1XN3A 5P0OA 3CMSA 1AIDA 3EM3A 2V16C 5P2YA 1AJVA 1AXAA 2J9JA 2QK5A 1MUIA 3NDTA 4Q1XA 1TSUA 2HPFA 3QN8A 3TKWA 5P2MA 1PSAA 4LXKA 3MSJA 5P4NA 3HZCA 5SY3A 4Y4UA 2VNMA 3ZOVA 3PWWA 4BFBA 5P1CA 3VSXA 3QPJA 1SIVA 4Y3XA 2NXMA 4KE0A 4Y50A 5ISJA 5P8IA 2QCIA 5F01A 5P3BA 3TOFA 5P2XA 1U8GA 5C9DA 5P6VA 3FV3A 2AZCA 4QJ6A 5P6KA 4LBTA 3O99A 1EAGA 3TPPA 1B6KA 2Q55A 1LZQA 3NYGA 1NH0A 1K6PA 1SP5A 4I10A 3OQAA 4XXSA 5AGZA 1HTGA 4TRWA 5OZSA 5P4TA 1MTRA 5AH6A 5P76A 3Q70A 5P3FA 3K5FA 5OZBA 1HWRA 3M9FA 1XL2A 4LXAA 2R5PA 5KR0A 4Q1NA 3QI1A 5P4KA 1GNOA 2J9KA 4D89A 5P6EA 4DQHA 1IDBA 4D88A 3QRVA 5P6AA 2OHTA 1A9MA 3PCZA 3B80A 5P34A 1HTRB 2FDPA 3T7XA 4GJ9A 3DUYA 4J1CA 5P0EA 1FFIC 4HZTA 3AUPA 5PEPA 3LHGA 1K2CA 5OZ0A 2I0AA 2A4FA 3VLBA 3IGBA 5IS4A 5P3RA 1GNNA 2AZBA 4PHVA 3IVHA 3UTLA 2OAHA 1EPOE 1NSOA 1A94A 1UH8A 2V0ZC 1APUE 5KAOA 2WF2A 4YD3A 4H3GA 2J9JB 4I0EA 3T7QA 2ZJNA 3JW2A 2RSPA 4L1AA 3OXVA 3ER3E 2VKMA 1XE5A 3BC4A 4K4QA 5BRYA 5P51A 4YBFA 3O9AA 4Y5AA 5P3GA 4J0TA 4RCFA 3OWNA 4Y4JA 4NJTA 4B1DA 3OGPA 3R2FA 5P5HA 1HVCA 1APWE 1KJGA 3PCWA 3SM2A 1LYBA 1E82E 1RV7A 1K6TA 3L58A 4YCTA 1AJXA 3VUCA 3S54A 2O4NA 3O9BA 4J0YA 2QMFA 5OZTA 2R3WA 2WL0A 3I7EA 4Z4XA 3RU1A 1XE6A 4JPCA 5OZKA 5P63A 2ER7E 3NXNA 3KYRA 4APEA 4PZXA 1M43A 5KOQA 2QP8A 3HVPA 2FMBA 1D4JA 2QHZA 5P85A 4Y4WA 2Z4OA 3D20A 5P2VA 3QVCA 3HVGA 3C9XA 3SAAA 1ZAPA 2UPJA 2VIEA 3OU1A 3G70A 4WY6A 5P7VA 5P2ZA 2NMYA 5P7RA 1UH7A 3VFAA 4Y6MA 5P40A 2P8HA 2QAKA 3VV8A 3OOZA 1EC3A 5P2BA 3UQUA 3UFNA 3EXOA 4OBDA 5P80A 3RTNA 2JJJA 5P0SA 4FIVA 3UCBA 5OZLA 4QJAA 2I4QA 3NXEA 3S53A 2G1RA 2QI6A 4EQJA 1XDHA 2WKZA 5P46A 5P6WA 3FX5A 5OZGA 5P2KA 4Y39A 5OZFA 5BS4A 4L1AB 2WF3A 2V10C 5P4IA 2VJ9A 2P3CA 3URLA 2OHPA 5OZQA 3KM4A 5P30A 5P59A 1SH9A 5P5TA 3NU3A 4L7GA 3O9IA 3NWQA 3MXDA 5IVRA 3TOHA 1BBSA 4H1EA 4Y58A 4Q5MA 5DR3A 1LYBB 1ME6A 3WZ8A 4EPJA 3U6AA 3BVAA 9HVPA 5P60A 2O4SA 1GVTA 2F80A 5P0NA 4PPHA 2QD6A 5P43A 5P5FA 3K4VC 3NDUA 1W50A 2PWCA 3U71A 4Y3WA 4L7JA 5OYWA 5P6ZA 3UF3A 3CYXA 4MC6A 2QHYA 3SA7A 4YD7A 1NPVA 5P5YA 1DPJA 1Q9PA 5P6LA 5I70A 4DJXA 4EXGA 3IAWA 4HDFA 5P8TA 5OYYA 5P0PA 1FQXA 2ZJIA 1QDMA 1W5VA 3MSLA 3OU1B 2PK5A 1MTBA 2O4LA 1PSNA 1IVQA 4EQ0A 1RPIA 2B7FA 2CENA 5DQ5A 3ZL7A 3ZPSA 5P7NA 2AOHA 5P4BA 4EXHA 5TOLA 2QU3A 2PSVA 4HE9A 1ODYA 4YD6A 3IXKA 3S7MA 5P1QA 4LAPA 4ZIPA 1BAIA 4DJOA 4Y5NA 3OXXA 3DJKA 2APRA 4FL8A 1D4YA 5E5KA 2WEDA 5P6XA 5P0RA 5P89A 3H5BA 5OZVA 5ISKA 4K4RA 4Y3TA 4DJPA 3OHHA 3EL5A 3ZPUA 3LIVA 5CONA 3KMXA 1DIFA 1ZTZA 1WKRA 3PMYA 2PH8A 3D1ZA 2FXEA 1YT9A 1QBSA 4L7HA 5P3QA 4DQBA 3OAGA 5P2FA 3VF3A 4K4PA 3O9LA 5P1FA 2QNQA 5AH9A 1SIPA 3INHA 4GJAA 3O9GA 4J1EA 5P5LA 4NJVA 3KDBA 1B11A 4Q1WA 5P7CA 4J1FA 3VV7A 3I6OA 1T6GA 4BEKA 3DCKA 1B6MA 3O9FA 1QS8A 1SBGA 3SKGA 3LIXA 4I0ZA 2AZ8A 5P3IA 3PEPA 3INEA 2OHMA 1TCXA 5P04A 1EPQE 5P5CA 5P7FA 4PZWA 1PPME 1C6ZA 3EM6A 4OBJA 3L38A 1IZDA 1FQ4A 5ENMA 5OZXA 4UPJA 5P0FA 4JECA 3TPLA 4U7QA 3T6IA 2Q5KA 1CMSA 3NR6A 1JLDA 3O9DA 4OBZA 4Y3GA 4B78A 1IZHA 4RROA 5P2WA 1T7IA 4J0PA 5P7PA 5P81A 5P8MA 2AODA 2HS2A 3S85A 1BDLA 1FEJC 4ZPGA 4B1EA 4FAEA 4OC6A 3KFSA 5OYUA 3LZSA 5I3WA 1LF3A 5SZ9A 1K6CA 5P3UA 3BUHA 1B6LA 1GNMA 2NXLA 4ZPEA 3BUFA 3VSWA 2F3FA 4GIDA 2JXRA 4HDBA 1YX9A 2I4VA 2VIYA 3DV5A 4DJRA 1W5YA 2AVMA 5P7MA 3IVIA 5KR8A 2FXDA 2V13A 4DQCA 5P8VA 4ACXA 3K4VA 4R92A 1HSHA 1HVIA 3INFA 3VG1A 3OAGB 1KJ7A 3RVIA 4B00A 3RSVA 3O9LB 5P1OA 4Y3FA 4AA8A 3OQ7A 2G1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J71 A;  4J0V A;  2HB3 A;  4QJ9 A;  5IVT A;  2XYF A;  3PBD A;  5OZZ A;  3S8I A;  2B60 A;  1W51 A;  1LYW B;  4S1G A;  3GGX A;  4Y3L A;  5P0B A;  1W5X A;  3VCM A;  3SAB A;  1TCW A;  5I3X A;  3APR E;  4FGX A;  1IVP A;  2I4W A;  1MRW A;  2BPZ A;  3PI0 A;  3LZU A;  1KJF A;  5P6T A;  4ZSP A;  2Q11 A;  4PEP A;  1HPX A;  4I12 A;  2AVV A;  1FQ6 A;  5P6R A;  1UPJ A;  5P5S A;  4OD9 B;  4YE3 A;  2V12 C;  5KR1 A;  1BDR A;  4K8S A;  4RCD A;  1HHP A;  1EBW A;  5P06 A;  1DP5 A;  2IDW A;  1BWA A;  4F76 A;  1MT7 A;  2O40 A;  3KMY A;  2IEN A;  5P8N A;  5P0Y A;  3PI5 A;  4KE1 A;  4Z22 A;  2VA6 A;  3ER5 E;  3D3T A;  2JYS A;  1MRX A;  2VIJ A;  4NJU A;  4DPF A;  1LYA A;  2QI7 A;  4X2L A;  2FDE A;  1HSG A;  5P62 A;  4QJ7 A;  5P2U A;  2PQZ A;  5COO A;  3T11 A;  5P75 A;  4CPT A;  5OZA A;  5P24 A;  3UQW A;  5P2J A;  1CPI A;  4TRZ A;  5P4X A;  3GGV A;  1PPL E;  2ER9 E;  3SFC A;  3UDQ A;  4DQE A;  5HU0 A;  5HDU A;  5OZR A;  1HTE A;  3FNS A;  5P7Q A;  2R3T A;  5P5M A;  5P3V A;  4BFD A;  2B8L A;  1HPV A;  5ER2 E;  5P2O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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