5DQ4A

Endothiapepsin in complex with fragment 66
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq4A01
2IKUA 5OZ6A 5P2AA 3CKRA 5OZJA 5P5XA 4DQBA 1META 3TH9A 2A1EA 1MPPA 3PWWA 3GI0A 3GGXA 2R5QA 1D4LA 4YCYA 5DQ1A 5P6KA 5P28A 3S8IA 1YM4A 4Y3QA 3MSKA 3PSYA 1E82E 3S2OA 2VNMA 2BJUA 3S56A 5P47A 3TTPA 2QHYA 2H6SA 3OU3A 4I11A 4Z22A 2Q5KA 1LF2A 1ZLFA 3PWMA 5P5ZA 2JE4A 4JOOA 4EWOA 5P0JA 2VA6A 5P4SA 1NH0A 2JJJA 4I12A 5P7AA 4QJ7A 5P8SA 2NXDA 5OZ9A 2O4KA 2FDDA 1HVRA 2PK5A 5P58A 4J1EA 5AHBA 2BQVA 3OK9A 1E81E 3RTNA 4KB9A 5P6AA 5AHAA 2QHCA 3TL9A 4YBFA 2NNKA 4H3IA 5P26A 4Y5MA 1SBGA 5P8AA 1MTBA 3CICA 5P5OA 5HU0A 2B7ZA 2WEBA 3DCRA 5P6UA 2P8HA 1GVVA 1HHPA 4ZE6A 1HVHA 1W51A 3ECGA 4OD9B 4Y3YA 4I0GA 2UPJA 3HZCA 2JYSA 2ZE1A 1M43A 4BFBA 1EPOE 5P3SA 5P8UA 4HVPA 5P76A 4DFGA 3ZKQA 2O4LA 5P2CA 4D83A 2P3DA 4KE1A 4J0YA 3URJA 4H1EA 5HE5A 5COPA 3SA9A 3TPLA 2ZJIA 1RQ9A 2FDEA 4Z4XA 1HVIA 2VIYA 3N4LA 3KM4A 5P1SA 2Q54A 4FRIA 1CPIA 5P6HA 5P85A 1APVE 5P77A 4WY6A 2PWCA 2B8VA 2JXRA 5P59A 5P6FA 4EQ0A 2BKTA 1IDAA 5P57A 1A94A 4JPCA 4NPTA 1AJXA 3PI5A 4Y5KA 2IDWA 2R3WA 4LBTA 2G20A 5OZMA 5P17A 5P20A 3TKWA 2P4JA 5AGZA 5P41A 3ZKXA 1BV7A 3EL1A 2F80A 4Y4BA 3I6OA 1W6IA 4B1DA 2VA7A 5EZZA 2OAHA 2PC0A 5P19A 3VUCA 1BILA 4QJ8A 2ZHSA 2WF3A 1GNOA 4R5NA 4TVGA 4DH6A 3S54A 5AH8A 3LIXA 3RTMA 4RGHA 5P81A 4JP9A 5OZGA 4YDGA 1EBZA 3NU6A 1LF4A 3QVCA 5E5KA 1W5XA 2HPFA 4DQEA 1EBWA 2QI3A 5P6DA 1DIFA 1EC3A 2OHSA 3MXEA 2AOJA 3LPIA 5P4VA 5P2MA 5P7RA 1K1TA 5P3NA 3UF3A 4PHVA 5P7QA 1C6YA 2OHKA 4Y3AA 5P6EA 3HW1A 3VYEA 2FIVA 2I1AA 3NDWA 4OC6B 5P60A 5P7KA 1W6HA 2AIDA 3HAUA 1FG8C 4XXSA 1K2CA 4BEKA 2QZWA 2Q15A 1EC1A 5P8RA 2QNPA 3EM4A 3QBFA 5P3LA 3OUAA 5P3UA 2QMGA 4R95A 4B72A 5P2TA 3QVIA 5P4NA 3IN3A 5P1BA 4J0ZA 2OHMA 5P1AA 4Y6MA 4DJQA 2XFJA 4Y3NA 3L58A 1B6MA 1IZEA 3O9GA 5KOSA 5OYRA 3KDCA 1FQXA 4I10A 5OZ3A 5P5SA 1LEEA 1SH9A 5I3WA 5HD0A 4Y41A 1EPQE 2AZ9A 5P35A 4B1CA 1MVPA 3BUGA 4DPFA 1HSIA 1NSOA 1HRNA 2QZKA 5BRYA 1B5FB 1DW6C 1GNNA 1HSHA 1PROA 2IL2A 5P42A 4HA5A 5ENKA 1IVPA 1Q9PA 3FNSA 5P7FA 3SQFA 1B6JA 5EZXA 3HD8A 3PB5A 4RVXA 5P3HA 5P56A 1LYBA 3SA4A 3RSXA 4AMTA 3EL9A 5P25A 3SA8A 3L5BA 4CMSA 4QJ6A 4GYEA 4Y4GA 1SMRA 4J5JA 2VA5A 5P67A 4Y58A 5P7YA 5P18A 5FIVA 5DQ5A 5P44A 1EC2A 2F8GA 2QD6A 5P1HA 3T7QA 5P2GA 4YOAA 5P2QA 2NMZA 4U8WA 1FEJC 3K5CA 2OHTA 2V11C 2UXZA 2WEDA 1ZAPA 5P3CA 1OHRA 4FL8A 1HIIA 4Y3MA 4GB2A 4J0PA 3GW5A 1XL2A 2QZXA 5P0QA 4L1AB 2O4SA 3RU1A 3HLOA 1ODYA 1LV1A 3MXDA 2PWRA 3LPKA 4FRKA 5P8TA 4MC2A 1FF0C 1EAGA 2PK6A 4Y3LA 5P0FA 2AOHA 5P89A 5P71A 3TPJA 5P2BA 1NPVA 5OZ4A 1FKNA 2O4PA 1ZPAA 5P2JA 2AVSA 2G24A 5JG1A 2PMAA 1B6LA 2OHLA 1PSOE 1BAIA 3WZ6A 5P5LA 3SA5A 5P7NA 5P4CA 3PWRA 2G22A 1MT9A 2F3EA 5OYSA 3GI5A 3QRMA 3SAAA 3FX5A 4APEA 1EEDP 5P06A 1WKRA 5P7GA 4OBGA 1IZIA 2VKMA 1FQ7A 5P4LA 5P5VA 3QIHA 3ZKGA 4Q1NA 4Y5GA 5C9DA 5OZQA 4FLGA 4Y5BA 3ZKIA 3LZSA 5P1PA 5P61A 4ZLSA 4ER4E 5P2LA 1PSNA 3OXVA 3PSGA 3KN0A 5P7MA 4GJAA 5P5YA 4EQJA 3G70A 4HLAA 3ZKMA 5P08A 2FGUA 4ZIPA 1T7IA 4CP7A 5P0YA 5DR8A 5OZIA 4YCTA 5P3DA 2R43A 3PM4A 5JODA 3JW2A 3QBHA 5P0BA 1XDHA 5UPJA 3PRSA 3Q70A 4OBDA 3UCBA 2APRA 5P46A 5P72A 5P63A 4Y44A 1BV9A 1RV7A 2UY0A 4I0IA 3OGPA 4Y54A 4YD4A 5P8GA 3VV8A 4LXMA 4Y3ZA 4FAEA 3KDDA 2WJOA 4L6BA 5P2WA 2AOFA 5P5BA 4FRJA 4CPTA 3NU5A 3EKPA 5P54A 1HXBA 5DR4A 1HEFE 1BVGA 2HB3A 3EL4A 2O4NA 3O99A 3LIZA 1ZBGA 5DGWA 5P11A 2NTRA 5P5GA 3LZYA 4EXGA 4YHQA 5P01A 2NNPA 3NU3A 3KF0A 4OBKA 5P74A 4OBJA 3LPJA 2QU2A 5P2KA 3MSJA 5AH7A 3OADA 4R8YA 4FM7A 4YD6A 3U71A 3UDYA 4EJLA 5P3VA 1HSGA 5IVRA 4OBZA 5KR0A 2BPVA 2HPEA 1BBSA 3B80A 4B77A 4Y5AA 3KT5A 1PPKE 2QI1A 3T11A 5P0EA 2QI0A 3HBOA 1IIQA 3OTYA 3APPA 3M9FA 5P32A 5P1MA 5P6JA 4Y5LA 1MRWA 3EBZA 2WL0A 4HZTA 2RMPA 4L7JA 5P48A 5HTZA 1GVTA 4AA8A 5P0HA 1XL5A 3NU4A 4PZXA 5OZNA 5KQYA 5P5MA 3PCZA 2BKSA 3OUDA 2P3BA 3BUHA 4HEGA 3K5GA 3NR6A 3IAWA 3S43B 1RPIA 5P0ZA 4YE3A 3U6AA 5P51A 4YDFA 1D4HA 2WF4A 1TSUA 4A4QA 4Y57A 1YTIA 3NSHA 1CZIE 4FE6A 4NJUA 2ER9E 3UTLA 4K4QA 1YX9A 4FSLA 2I4WA 3INFA 2R5PA 2V13A 3UDPA 1F7AA 4Y43A 1A30A 3TPPA 5P5HA 3R0WA 5P5UA 2V16C 4Y4ZA 3VLAA 3PMUA 2OHUA 4B78A 1OEWA 4Y4TA 1DPJA 2QD7A 1DAZC 5P1RA 3T3CA 3PLDA 1XE5A 5P1NA 4Q1XA 5ISKA 3EL5A 5P04A 2VIZA 4FM6A 4DJUA 2V12C 1TQFA 3CIDA 2HIZA 1AJVA 5B18A 3BGCA 4YD7A 5P22A 5P1IA 3VYDA 1HTRB 4J54A 5P0SA 5OYYA 1AVFA 3PHVA 3O9LB 4K8SA 4D88A 1C6ZA 1GVWA 1MT7A 1DMPA 2B42A 4X7IA 1FQ8A 5P6NA 4I0HA 1BWAA 2ZJLA 5P70A 5OYQA 3OAGB 5E5JA 2XFIA 4EHCA 3T7PA 1A8GA 2IEOA 5HDXA 1AXAA 3D3TA 2NPHA 3T6IA 1HIVA 5CLMA 5P1ZA 4GJ9A 5P6YA 1D4SA 1AZ5A 4D8CA 4RRSA 4PYVA 5AHCA 3VYFA 1HVJA 1A9MA 3SA3A 2VJ9A 5P3WA 1LYWA 3BRAA 3ZPTA 4NJSA 4Y4EA 5SY2A 3UQXA 2ZHVA 5P4OA 5P6CA 5DPZA 2SAMA 3VV7A 4FAFA 4QJ2A 4FSEA 1G0VA 3PMYA 1YTJA 1MUIA 3LINA 4WTUA 1IBQA 4Y5CA 4JECA 1HOSA 1LYAB 5OZCA 1MRXA 1FQ6A 4J0VA 1G6LA 3OHFA 5P6XA 4E43A 5KR2A 3UFNA 3UQUA 3UHLA 1J71A 4ZSPA 5KOQA 4NKKA 4Y5PA 3UDRA 4RVIA 1EBKC 5P8CA 3SA6A 5OZ2A 3OU4B 2ZYEA 2WKZA 2ZJNA 5KQXA 5P2OA 2Q64A 3H0BA 4Y3RA 4QJ9A 2MIPA 5P4MA 1ME6A 2AVVA 5P5AA 4DJXA 3RSVA 3D1ZA 5P1VA 2ANLA 3OOTA 4B1EA 1K6VA 5P37A 5HDZA 1WBKA 2Z4OA 3NWXA 1D4YA 3EXOA 3QN8A 4Y36A 5SZ9A 2G1OA 4DJVA 2J9KA 5P55A 1QRPE 3NDUA 4GJ8A 5IVTA 1A8KA 3OUBA 4DI2A 3KFSA 5P2HA 3TLHA 5P05A 4TRZA 3APRE 4Y5EA 5P1UA 5P5RA 3OXCA 4CPWA 3K5DA 4FIVA 5P2EA 1XE6A 2R3TA 3ZMGA 3PJ6A 3SLZA 3KMYA 3FNTA 2FNSA 5P84A 5P02A 4NPUA 3BXRA 1QBSA 3OXXA 4EP3A 4I8WA 5P5FA 4B00A 4FGXA 1T7KA 5P6QA 2G94A 3NU9A 4I0DA 2WF2A 3JVYA 4XX3A 4Y4AA 1BWBA 1HPOA 2ZGAA 2AVOA 1GVXA 3PGIA 5P73A 5P0OA 4Y53A 1AAQA 4Y38A 1E5OE 3WB4A 3PSUA 5P3RA 4U7VA 2QZLA 3ST5A 4Y4XA 3IGBA 2R9BA 4MC1A 5J25A 1MSMA 3UQRA 5HCTA 2QNNA 3OU1B 2AVQA 4N00A 4DJWA 3CKTA 5P7UA 5P1TA 4IVSA 4Y4JA 5T4SA 2ZHRA 1G35A 3IVIA 2AOGA 1K6PA 2QI4A 4J1IA 3O9BA 1SIVA 2ZHUA 5P1FA 5P8MA 1QBUA 5P68A 1NPWA 2O40A 4EP2A 3S53A 1HXWA 5P31A 5OYTA 4ZEAA 5OZZA 5P24A 3TNEA 4Y3FA 2CEMA 4LC7A 1TCXA 5P88A 1W50A 5P6ZA 3K5FA 1KJFA 1FQ5A 2WF1A 3SKFA 2CENA 5P3FA 1MEUA 4J0TA 4PEPA 3IXOA 3IVHA 1SP5A 4CPRA 5P7TA 4OD9A 1FLHA 5P0XA 1OEXA 2B7FA 1FGCC 1C6XA 2BPZA 5P3IA 3L38A 3TOHA 4MC9A 2BPYA 3ZL7A 2QAKA 2OHNA 1SDVA 3HVPA 1XN2A 4I8ZA 3R0YA 3VEUA 4Y45A 1IDBA 5I3XA 5P13A 5OZEA 5P5JA 5P4GA 5P66A 1K6TA 3CYXA 4FRSA 3FSMA 4I0FA 1PSAA 2H6TA 2OHPA 1LZQA 5P1LA 2FLEA 1MSNA 1T3RA 3EKXA 2HS1A 1ZP8A 5P7EA 4L7GA 1EPNE 2FMBA 5DR3A 5P4UA 3UDQA 4PZWA 5P3OA 3R4BA 3SFCA 1PPLE 1MIQA 2I0AA 2V10C 1HPSA 3UQPA 4GIDA 2J9JB 1JLDA 2FS4A 4EJKA 5DQ4A 3TPRA 1PFZA 4U7QA 2NXMA 5P33A 1YTGA 7HVPA 3KFNA 4K4PA 5P6IA 4DJYA 1GKTA 1FQ4A 3I8WA 5P7DA 4LAPA 2P3BB 5P4PA 4RRNA 3GGAA 3KDBA 5ER1E 5KQFA 3BVAA 4Y3PA 1AIDA 2IENA 4AA9A 5P6VA 3QPJA 5P65A 4ZPEA 1PPME 1ZPKA 4JPEA 5OYWA 3EM6A 2AOIA 5P3QA 2F3FA 2PH6A 5P7ZA 2A4FA 3UDMA 5P1WA 3IN4A 4YBIA 3UQWA 2WECA 2P3CA 3NUJA 5P0AA 5P29A 5F01A 1APWE 1T6EX 4RYGA 4OC6A 5P4AA 5P7IA 3SM1A 2PSUA 1YM2A 4TRWA 5P7LA 5P0GA 4DUSA 4L7HA 3ZPUA 5P3EA 5P3JA 2WEAA 3Q4BA 4Y3WA 1IZHA 2OF0A 4ACXA 5KQZA 1QBTA 2NXLA 3WB5A 1QS8A 4GJCA 2PSVA 1EC0A 5P4RA 5P45A 5P6RA 4RCFA 1TSQA 4X2LA 5P0RA 3CYWA 4YA8A 1CMSA 5P0VA 5P6MA 2VS2A 2G26A 3PBZA 3WSJA 3F9QA 3O9HA 3ZOVA 4QLHA 5P03A 5HCOA 2OHRA 4YCKA 3LIQA 2Q55A 1YT9A 5P4EA 3BHEA 5COKA 5P0CA 1APUE 4GJ7A 1HVCA 4GJBA 4I1CA 5P2UA 1B5FA 3O9EA 3D20A 1HVKA 4F76A 2RENA 2VNNA 1LYWB 3H5BA 3L5CA 4Y3JA 5TOLA 3O9IA 5P7XA 1BIMA 3CKPA 3UDKA 1TCWA 4FCOA 5DQCA 4A6CA 5P23A 5DGUA 5P8DA 5P5EA 4J17A 5KR8A 4Y3TA 4BELA 5CONA 5P38A 2WF0A 5P4HA 5I70A 5P4IA 5P5TA 2B8LA 1FIVA 5P50A 2R38A 5P5WA 4D85A 1FFFC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IKU A;  5OZ6 A;  5P2A A;  3CKR A;  5OZJ A;  5P5X A;  4DQB A;  1MET A;  3TH9 A;  2A1E A;  1MPP A;  3PWW A;  3GI0 A;  3GGX A;  2R5Q A;  1D4L A;  4YCY A;  5DQ1 A;  5P6K A;  5P28 A;  3S8I A;  1YM4 A;  4Y3Q A;  3MSK A;  3PSY A;  1E82 E;  3S2O A;  2VNM A;  2BJU A;  3S56 A;  5P47 A;  3TTP A;  2QHY A;  2H6S A;  3OU3 A;  4I11 A;  4Z22 A;  2Q5K A;  1LF2 A;  1ZLF A;  3PWM A;  5P5Z A;  2JE4 A;  4JOO A;  4EWO A;  5P0J A;  2VA6 A;  5P4S A;  1NH0 A;  2JJJ A;  4I12 A;  5P7A A;  4QJ7 A;  5P8S A;  2NXD A;  5OZ9 A;  2O4K A;  2FDD A;  1HVR A;  2PK5 A;  5P58 A;  4J1E A;  5AHB A;  2BQV A;  3OK9 A;  1E81 E;  3RTN A;  4KB9 A;  5P6A A;  5AHA A;  2QHC A;  3TL9 A;  4YBF A;  2NNK A;  4H3I A;  5P26 A;  4Y5M A;  1SBG A;  5P8A A;  1MTB A;  3CIC A;  5P5O A;  5HU0 A;  2B7Z A;  2WEB A;  3DCR A;  5P6U A;  2P8H A;  1GVV A;  1HHP A;  4ZE6 A;  1HVH A;  1W51 A;  3ECG A;  4OD9 B;  4Y3Y A;  4I0G A;  2UPJ A;  3HZC A;  2JYS A;  2ZE1 A;  1M43 A;  4BFB A;  1EPO E;  5P3S A;  5P8U A;  4HVP A;  5P76 A;  4DFG A;  3ZKQ A;  2O4L A;  5P2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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