5DQ5A

Endothiapepsin in complex with fragment 209
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq5A01
3CIDA 5DQ1A 1MT9A 2I4DA 1MUIA 4APEA 3GW5A 5OYXA 2B60A 5C9FA 5HE7A 1PPLE 5HVPA 5OZLA 4PYVA 5P7TA 3GGAA 5P0SA 4Y3WA 4I0ZA 1YX9A 3S43B 1EPME 4CP7A 5P4UA 1GVTA 1VIKA 3ST5A 3VYFA 3CIBA 5P54A 2QNPA 2O4SA 3I7EA 1EC3A 1XE5A 1TCWA 5P5OA 5P7RA 5OYZA 4B1CA 5P17A 5P51A 1LF2A 4LXKA 2G27A 2NMYA 4FAEA 3T7QA 2HB3A 1AVFA 5P4YA 3QVIA 1SDVA 3D1YA 3PEPA 2WJOA 4COEA 3HAUA 3TLHA 4B05A 2IQGA 5P1IA 2HAHA 3KDCA 3B80A 2NTRA 4GJDA 2BBBA 5P62A 3SA6A 1SP5A 2VIJA 2WEAA 5OZ7A 3K5CA 1D4JA 5I3WA 1Z8CA 1HIHA 5P2XA 5P3AA 3MSLA 5P3XA 4Y3FA 1E80E 3MWSA 2WEBA 4YD6A 3KA2A 2QHCA 3KF0A 4DJWA 5P2NA 5OZXA 2RKFA 5P2WA 3O9AA 3LIXA 3CICA 1IZHA 5P1TA 5P69A 1PSOE 5P6ZA 3BVAA 3CKRA 3SA4A 5P18A 3SA3A 3OU4B 1FQXA 3UDHA 4ZSMA 5P4ZA 5P6GA 4Q1YA 2FNSA 3L5EA 5FIVA 2QI5A 3GGVA 1ZBGA 1ODXA 5BS4A 1FQ4A 1LS5A 4AZYA 5OZGA 4KUPA 2QD7A 4J0PA 3QIHA 4YOAA 4Y4UA 4RGHA 3OY4A 2HPEA 5P25A 4RCEA 3PBDA 1NPAA 5P0GA 5P2OA 1IIQA 3T3CA 3L5DA 5IVQA 4Y3LA 3OU1B 4J1KA 1FB7A 3U71A 2FMBA 3NLSA 1FGCC 4OBZB 5P87A 4ER4E 5COOA 5P6BA 4OC6A 5P00A 5P6HA 1FIVA 5P4NA 5JFUA 4GZFA 1QBUA 5P3RA 5OZ1A 5KR2A 5P5IA 2P3BB 5P46A 1NH0A 3ZPTA 3GGXA 4DQCA 1BDLA 2AOJA 3VF7A 1MSNA 1TSQA 3K1WA 4FGXA 5P05A 5P8QA 4DUSA 2QCIA 2B42A 3Q4BA 4I1CA 3Q5HA 3WZ8A 3INHA 3OUDB 4Y6MA 4FCOA 2O40A 5P84A 3OU3A 2RSPA 4EJDA 4YA8A 1EPNE 3G72A 3VYEA 5OZBA 3UQUA 3PSUA 5P2EA 3KFSA 3GGUA 5OZWA 1D4LA 3UPJA 2AIDA 2IL2A 2A1EA 4Y3DA 5P7BA 5I70A 3O9GA 3UTLA 4OD9B 3PMYA 5OYWA 3KFRA 1D4HA 4Y3TA 4ZPGA 5P52A 4ACUA 4A4QA 5P2MA 2F3EA 3EKWA 4J0TA 1TCXA 4BEKA 1SDUA 5P19A 2Z4OA 5F01A 1UH7A 5P8LA 3VG1A 1BVGA 1BXQA 2F8GA 3OHFA 4YD7A 3F9QA 5P47A 3MSKA 5P26A 3TOGA 5P1ZA 3T7PA 3UQRA 4YCYA 3VFAA 1AZ5A 5P4VA 5P2KA 2RMPA 1DPJA 1IDBA 5P6DA 1VIJA 2PMAA 1BV7A 2Q15A 5P75A 1MTBA 4AA9A 1U8GA 4TVGA 3PWMA 1FQ5A 2VNNA 5P8JA 2AODA 4K4QA 3VSXA 4FIVA 3SA9A 4FM8A 5P4TA 3VF3A 3PBZA 4B72A 2NXLA 3FNTA 1GNNA 2I4XA 5P1HA 3G70A 3OQKA 5P5LA 5KQYA 4CPSA 5P1SA 2HS1A 2HS2A 4J5JA 3RTMA 2A4FA 4I12A 4Y3PA 5DGUA 4J1IA 1LYWB 4EP3A 3B7VA 5P0YA 2QD6A 2OHPA 4DJPA 3L38A 2IKUA 1HPOA 5P5WA 5KOQA 5P7SA 4GJ8A 5P6OA 4EQJA 5P5CA 3D91A 4CKUA 2J9KA 2QMPA 1ZP8A 4F76A 2EWYA 2WF3A 4QJ8A 5CONA 5P4HA 2ER9E 3FNSA 3JW2A 5P81A 5P72A 3QBFA 3L58A 4YD5A 1APUE 5ER1E 1KJ4A 3LINA 3DV1A 4B1DA 3R1GB 4FL8A 2QD8A 4I0DA 1HPVA 3TPRA 4Y4GA 5BWYA 1HTEA 4HVPA 5P7CA 5DQ4A 1RL8A 4KB9A 4Y38A 2V10C 3NWQA 5E5JA 3TNEA 4GJ9A 4B1EA 5P61A 5SZ9A 1IZDA 5ENMA 4L1AA 1IBQA 3T6IA 1YTIA 2Q3KA 1W5YA 3OGPA 2WF0A 5P6XA 1UPJA 2OHQA 4R91A 4FRSA 3PLDA 4CPWA 1HSHA 5P5XA 1ODYA 3IXJA 2R5PA 5DR3A 5P5PA 5C9BA 5OZ5A 3SACA 2ZJIA 5P13A 5OZOA 3L5FA 2QMDA 3PVKA 5OZ4A 4Q1XA 5AH8A 3SM1A 3CYXA 4EXGA 5P1YA 1TW7A 2BPVA 3ZPSA 4EPJA 2FDPA 4ZIPA 5P6YA 5P6FA 3KMYA 3NU9A 5OYTA 4Y3QA 2R3WA 5P59A 5P8EA 2O4PA 3PLLA 2OHSA 3HVPA 4DFGA 2QZLA 3LPIA 5DGWA 2IENA 5P5YA 5P6LA 3TL9A 3EM3A 5P1JA 5P8KA 2WEZA 3O9EA 3BUFA 5P48A 4NJUA 3PCZA 1RQ9A 3D1XA 5JG1A 1Z1RA 4HA5A 3VLAA 1CMSA 3URIA 3NR6A 4DPIA 5DR8A 1MT7A 4R95A 1HTGA 5P4RA 5P0AA 1APTE 1E82E 2I4UA 3QPJA 3ECGA 1G2KA 5P0VA 5P6KA 3WB4A 5P16A 3K4VA 4Y3MA 3H0BA 4LP9A 4Y4TA 5P3IA 7UPJA 3EL1A 5P07A 4DPFA 3ER3E 2IS0A 1MT8A 3LIZA 5P6WA 3SLZA 3DUYA 2G1SA 5P5ZA 3LZUA 4Y54A 2ZHSA 3DM6A 4PEPA 3BGCA 1XL2A 5P71A 5P3FA 2ZJNA 3PRSA 4PPHA 5OZSA 3O9IA 3IN3A 2ZDZA 3CKTA 3OTSA 2BKTA 3S45A 6FIVA 1W50A 1ZAPA 4Y45A 4X7IA 1ZLFA 2OHKA 3PSYA 1ZPKA 3EKVA 1YM2A 4KE0A 1BBSA 3RTNA 4Y5EA 5HE5A 2QI1A 5P8SA 2R9BA 5P3OA 1BAIA 1HHPA 4GJ7A 4Y3AA 3OQ7A 5P08A 5P60A 1SH9A 1BDRA 1AAQA 5P2JA 4ZLSA 4HLAA 1D4IA 4U8WA 3GI5A 3O9DA 1HVLA 2QU2A 5P3GA 5P4AA 5P5UA 3K5FA 5KAOA 5P09A 2IGYA 5P7JA 2R5QA 1CZIE 3PHVA 3R0YA 5OZKA 4ZSRA 5E5KA 2CEJA 5P6RA 3M9FA 1MSMA 1EBZA 2O4NA 5P56A 1FMUA 4RCFA 4RYGA 3BUHA 2VA6A 3ZKIA 5OZHA 5OYYA 5P7GA 4BFBA 4Y9WA 2PC0A 3NU3A 1META 4FSEA 1HIIA 4Z2ZA 1JLDA 1GVWA 5P32A 1EBWA 3EBZA 5P1VA 3S54A 3LZSA 5KOSA 5OZQA 2P3BA 2R3TA 4TRYA 3QI1A 1WBKA 3JVWA 5P6UA 1AJVA 3OUDA 3BHEA 4I0IA 3EMYA 2QZKA 2Z54A 3NUJA 5P1AA 4Y4XA 5P0XA 1EBKC 1AJXA 4I0EA 1K1TA 2UPJA 3OOTA 5P8GA 2BQVA 3NDWA 3O9LB 5P4WA 2FS4A 3TH9A 5P83A 2APRA 2NPHA 5BRYA 4MC6A 5P7ZA 4Y5MA 2B8VA 3UHLA 5P7KA 1FQ8A 4OD9A 2G69A 3EKQA 4LC7A 2G1NA 5AH6A 1DIFA 3QROA 5P41A 4EYRA 4E43A 2Q54A 3Q3TA 4LXMA 2QI4A 5P0OA 3KDBA 1SGZA 2P3DA 3WZ6A 3EXOA 1HEFE 2QZXA 2VS2A 4DJVA 3VYDA 1BIMA 3OXXA 2ASIA 5AH9A 1K6CA 3HVGA 2OHTA 3EL9A 4DI2A 5P0TA 4JP9A 4Y4AA 4Y3GA 2QI6A 2PK6A 1B6MA 4Y3HA 4YBIA 2IDWA 2NXMA 3BVBA 4OBKA 5OZJA 3EKTA 4GJ5A 4KE1A 3LIVA 1OHRA 2WF4A 3LZYA 2ER0E 2SAMA 3FKTA 3TTPA 1EBYA 5P03A 3VFBA 3KN0A 1HBVA 1KJGA 2I0AA 4B77A 5P0NA 2AZ8A 5P2CA 3K5DA 5OZFA 1W5WA 5P3CA 3S7MA 4FRIA 2WF2A 4I8WA 5P5EA 5P3BA 3KM4A 3TOHA 2PH6A 1QDMA 5P36A 2H6TA 4RVIA 2F3FA 3HZCA 4I0HA 3KFNA 3CYWA 3SA7A 1ER8E 1HXWA 4XXSA 1BVEA 1MPPA 5P5TA 1SDTA 3SKFA 3BXRA 4FRKA 3QVCA 4RRNA 5P6EA 5OZ2A 2WHHA 1FQ6A 5P3SA 1GNMA 1Q9PA 2I0DA 1FQ7A 3INDA 3T11A 5P76A 3SPKA 3VSWA 4Y47A 4APRE 1A8GA 2ANLA 5P8BA 1G35A 3SFCA 1W6HA 1PSAA 4I0JA 5P02A 2FNTA 4DJXA 2FLEA 3ZOVA 1LYAB 5CLMA 5P67A 5OZUA 1FMBA 5P5RA 3LPKA 5P35A 4GJCA 5P33A 1HVCA 2AZ9A 3NUOA 4LHHA 2NNPA 4FSLA 5P3UA 4Q1NA 4EXHA 4XX3A 2Q64A 5P4MA 1HTFA 4Y4DA 5P5JA 5KR1A 2HC0A 3ZKQA 2VIYA 2G1YA 3NXEA 3UDJA 4ZE6A 1HVKA 1KJ7A 3EKPA 2RKGA 3OAGA 1ZSFA 4CPRA 4D8CA 1W51A 5P1QA 3SA8A 5P7VA 3L5BA 5P34A 1ZJ7A 3EL0A 3UDRA 5P0JA 3UFLA 4GYEA 5DPZA 4Y53A 1TQFA 5P27A 5P5KA 5DR4A 5P0DA 1C6XA 3PGIA 1M4HA 3RVIA 4QLHA 5P6NA 1EEDP 5ISJA 1XN3A 2AOEA 4DJRA 4Y41A 5OYSA 1A94A 1FFIC 5HDVA 3PCWA 4XX4A 5DQ2A 3TKWA 2WEDA 5P1GA 1W5VA 5P0FA 5HCOA 5OZMA 1EPOE 2XYFA 2FDDA 1A30A 3MXDA 5P3VA 4ER2E 1HIVA 1DAZC 1MERA 5B18A 1BILA 1ODWA 5P7EA 5P63A 2HIZA 7HVPA 2AQUA 3SQFA 1B11A 2ZHRA 3OXCA 4J17A 3OOZA 5P5BA 4XKXA 3HDKA 1PSNA 5HDXA 5P30A 5HD0A 3OXVA 5SXNA 3S7LA 4FM6A 4Y5NA 4Y4WA 3NDXA 1B6KA 4Y4JA 2FDEA 5OZIA 2VNMA 2IKOA 3RTHA 3I2LA 5P2QA 4NPUA 4J1CA 2WL0A 2ZGAA 5P2AA 1K6PA 2ER7E 1TZSA 5P7HA 5OZEA 5P1PA 5OZVA 4QJ7A 5AHBA 2F81A 1CPIA 1T7KA 2ZHTA 4R93A 3OADA 4CPUA 2PYNA 2VIEA 4DQFA 1EPLE 4GMIA 2PSUA 5APRE 3LPJA 5P2RA 5P4XA 4GJ6A 5P82A 5P1WA 3KFPA 1GNOA 4Y51A 4D89A 3UDYA 3UF3A 3VV6A 4Y3RA 5KQZA 3NWXA 1IVQA 1LEEA 5ER2E 4NPTA 2CEMA 2P8HA 4F75A 1QS8A 1F7AA 2AOFA 5P28A 2AOCA 5P1DA 3FV3A 3ZMGA 3TPJA 4Y3NA 5I3YA 2VIZA 5P8DA 3PI0A 4QJ2A 1G6LA 1T3RA 5HE4A 4QGIA 5I3XA 4PHVA 5P0CA 3UDKA 4Q1WA 5P0LA 1B5FB 2V12C 4NKKA 3Q70A 1BDQA 4LXAA 3L59A 5P2HA 4BFDA 4J1EA 4Y5PA 5OZNA 1T6EX 5P3YA 2OF0A 5EZXA 3H5BA 4RVXA 5HU1A 3UDNA 5P2DA 2QZWA 4RVJA 2WKZA 1MTRA 3PWWA 4FLGA 3QRMA 2RENA 5HDUA 4Y57A 2J9JB 4R5NA 5P8TA 5P86A 5OZ0A 2G22A 5P2GA 5P7DA 1EPRE 2ZJJA 5P88A 4Y5LA 5P7NA 1T7IA 2G1OA 3QBHA 1D4KA 4CPXA 3UDMA 4H1EA 4FAFA 2NNKA 3S43A 1NPVA 5P2BA 3OUCA 5P0KA 3HW1A 2QU3A 5KQXA 5OYQA 2PH8A 4HZTA 2BPZA 5P3HA 4Y4EA 1NSOA 1QRPE 1MIQA 4I10A 3O9LA 3UQXA 1LYBB 2AOGA 5P1CA 4R92A 3VF5A 5P8UA 3TPLA 4K4PA 2V13A 2JXRA 2NMZA 4MC9A 4GJBA 3MSJA 5F00A 3NYGA 4Q5MA 2ZJLA 4NJTA 4Y36A 2BKSA 2CENA 2QHYA 1DP5A 4Y35A 5HCTA 5P0MA 2XFKA 5P4SA 3SA5A 3OUAA 3ZKMA 2BPXA 5P0WA 2FXEA 3LIQA 3OK9A 4YBFA 5OYVA 1FG6C 4JOOA 4H3JA 1IZIA 2IRZA 5OZTA 5P7XA 2JYSA 3MXEA 2FGVA 3LIYA 1E81E 2VJ6A 3FX5A 3EM4A 3O9HA 2QI3A 3LITA 3WB5A 5P3LA 5P8RA 1HVSA 5P6SA 5SY3A 5P89A 1APWE 5P6CA 5DQ5A 5P2UA 4UPJA 3R2FA 5P31A 5AHAA 5P2FA 2FGUA 5P7LA 3UCBA 3DOXA 5OZYA 1C70A 2I1AA 4D85A 3A2OA 1K2BA 5IS4A 4LBTA 3OU4A 5DR0A 3KT5A 1K6VA 1YTJA 3IXKA 3VCMA 4EJ8A 2I4QA 5P79A 2AVMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CID A;  5DQ1 A;  1MT9 A;  2I4D A;  1MUI A;  4APE A;  3GW5 A;  5OYX A;  2B60 A;  5C9F A;  5HE7 A;  1PPL E;  5HVP A;  5OZL A;  4PYV A;  5P7T A;  3GGA A;  5P0S A;  4Y3W A;  4I0Z A;  1YX9 A;  3S43 B;  1EPM E;  4CP7 A;  5P4U A;  1GVT A;  1VIK A;  3ST5 A;  3VYF A;  3CIB A;  5P54 A;  2QNP A;  2O4S A;  3I7E A;  1EC3 A;  1XE5 A;  1TCW A;  5P5O A;  5P7R A;  5OYZ A;  4B1C A;  5P17 A;  5P51 A;  1LF2 A;  4LXK A;  2G27 A;  2NMY A;  4FAE A;  3T7Q A;  2HB3 A;  1AVF A;  5P4Y A;  3QVI A;  1SDV A;  3D1Y A;  3PEP A;  2WJO A;  4COE A;  3HAU A;  3TLH A;  4B05 A;  2IQG A;  5P1I A;  2HAH A;  3KDC A;  3B80 A;  2NTR A;  4GJD A;  2BBB A;  5P62 A;  3SA6 A;  1SP5 A;  2VIJ A;  2WEA A;  5OZ7 A;  3K5C A;  1D4J A;  5I3W A;  1Z8C A;  1HIH A;  5P2X A;  5P3A A;  3MSL A;  5P3X A;  4Y3F A;  1E80 E;  3MWS A;  2WEB A;  4YD6 A;  3KA2 A;  2QHC A;  3KF0 A;  4DJW A;  5P2N A;  5OZX A;  2RKF A;  5P2W A;  3O9A A;  3LIX A;  3CIC A;  1IZH A;  5P1T A;  5P69 A;  1PSO E;  5P6Z A;  3BVA A;  3CKR A;  3SA4 A;  5P18 A;  3SA3 A;  3OU4 B;  1FQX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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