5DR3A

Endothiapepsin in complex with fragment 333
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr3A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr3A01
2QMFA 2XYEA 3UFNA 1BDLA 2FS4A 1HVSA 5P8RA 1FQ4A 5P4AA 1EBYA 1K1UA 3VEUA 5OYXA 5P73A 3RSVA 5P4VA 3GI6A 4Y5GA 4K4QA 1BIMA 4RVXA 3LNKA 2QNPA 4D85A 4CPSA 1MVPA 5KQXA 2FDDA 1D4YA 3LIYA 1KJ7A 3T6IA 2QD8A 1FMXA 3NXEA 5OZ1A 5P5MA 2IS0A 2FXEA 5P3PA 1HSIA 4EQJA 5P1DA 3SFCA 5DQ2A 2FXDA 1EBZA 1XDHA 2V10C 4Y4UA 1FLHA 2BPZA 1YTGA 5KR1A 1MTBA 5E5JA 5P7QA 5P7LA 3OWNA 5P19A 1QBUA 5P30A 4ZSMA 5P2HA 3OHHA 1T7IA 3OXXA 3KT5A 2QHZA 4GIDA 2Q54A 1EPME 5P0EA 4ZLSA 2PK6A 3SA6A 1G35A 5P0ZA 7HVPA 1W5WA 2H6TA 5F00A 3L3AA 2I4UA 4GJ9A 4Y4BA 5P26A 5P3BA 2IL2A 1EC3A 4R95A 3UDNA 5P6WA 4DQCA 5P5EA 4Y4JA 3AIDA 5P7RA 3ER3E 4B72A 5P2AA 2QMPA 2Q55A 5P24A 3OTYA 4QJ2A 1SMRA 5P0SA 1HWRA 5P5GA 4E43A 2AODA 4Y3EA 3UCBA 2PYMA 4EJKA 2ZJJA 1BVGA 1DIFA 4GJ6A 3DCKA 1AIDA 5P1OA 4YOAA 5P7IA 5P69A 4EPJA 4Y4EA 2NNKA 1YM2A 5OZTA 5BS4A 4YDFA 5P7GA 1MESA 2PK5A 3ZKSA 1IDBA 2NXDA 4DFGA 3HVGA 2ZJLA 1KJ4A 5KQFA 4XKXA 4Z2ZA 3QBFA 4EXHA 3IXJA 1T6EX 5P4YA 5P4DA 5P0IA 5P22A 4Y3NA 4RRSA 2OHQA 4Y3AA 1W50A 1LF4A 4Y3GA 5P16A 2JJJA 4Y3FA 5P0PA 3RTMA 2O4LA 2UY0A 5OZUA 3PEPA 2APRA 2J9JB 4ZIPA 2FLEA 1ZLFA 4EP3A 2I1AA 4Y3JA 5P12A 2OHLA 4ZPEA 3O9LA 5DR8A 5P5OA 5P87A 2OF0A 2AZ8A 4D88A 4X2LA 3VLBA 5P5BA 2Q15A 3OAGB 3EXOA 3UDHA 2QZKA 3ZKQA 6UPJA 1UH9A 1APTE 5ER1E 5P8PA 1FMUA 2QI6A 3OU4B 3S54A 4A6CA 2G21A 2J9JA 3TH9A 5AH7A 3S85A 1HVRA 2PWCA 4DI2A 5JFUA 1HEGE 2FDEA 5IVRA 4EQ0A 4Y4AA 3UDQA 1HTEA 3S45A 4L1AB 5P57A 3TL9A 5P82A 1NH0A 3UPJA 5P47A 4APRE 2B7FA 5P74A 5P44A 1ZAPA 3OAGA 4Q1XA 2HB2A 3TKWA 5P54A 2F3EA 5P1PA 5HD0A 1TQFA 3S56A 5P27A 5P89A 2AOFA 3HDKA 2JYSA 3OU4A 3SA8A 1T3RA 1UH7A 3OU1A 1XL5A 1Z1RA 3CICA 1KJFA 2HM1A 5P15A 1Z1HA 1NSOA 1DMPA 2VIZA 3INDA 4Y4WA 5IE1A 4FRSA 1BDQA 3WZ6A 5P0JA 1DW6C 3BRAA 4R91A 4L1AA 2P3CA 4J1FA 2RKFA 1OEXA 5P6YA 3L5FA 2BKSA 4Y3DA 5P6VA 3OQDA 5OZFA 4U8WA 3NR6A 1IVPA 5P8GA 3QIHA 2V13A 5P0TA 2WEAA 2XFJA 2XFKA 3NLSA 5COPA 4FIVA 3LIVA 5P3UA 2XFIA 2G1NA 2HS2A 2FIVA 4CPXA 5P6LA 3TOHA 4Y45A 4S1GA 5KR0A 4H3JA 3KMYA 5P14A 3T7XA 5IVQA 3O9AA 3BUHA 3KFPA 2G20A 4LXAA 5P6CA 1HPOA 5P4QA 4K9HA 1LYAA 4Y43A 5P4GA 4ZSRA 2QI0A 4AA9A 3EKYA 4Y57A 2IKUA 3VV8A 4D8CA 1LF2A 4DV9A 3S8IA 5P2TA 3O9HA 2I4WA 5P8UA 5P2WA 1HTRB 3GGUA 1GVXA 5AH9A 4A4QA 5OZ0A 3ZKNA 1LYBA 5P77A 1EC2A 4GJBA 3UHLA 3UQPA 1BV7A 2R8NA 5P64A 4ACXA 4DJVA 4RROA 5P1VA 5P6AA 5P1GA 1TSQA 3URLA 5SY3A 3CKPA 5P1EA 5P3KA 3UDJA 1TCWA 1HBVA 3ZMGA 2ZJMA 4FAEA 2PYNA 5P5PA 3O9CA 1B5FB 4Y39A 5F01A 5P7CA 5P4KA 1YTHA 2QZLA 5P2EA 1IDAA 4PEPA 5OYYA 5P0KA 4QJ9A 3HW1A 3VYFA 3T7QA 4ZSPA 3L5CA 2VIYA 3TOGA 4DJOA 5P80A 5P2MA 5P2VA 3BXSA 5P6UA 4Y6MA 1CZIE 5P3NA 2VNNA 4OBHA 5P36A 2B7ZA 4I8ZA 5BRYA 5P3QA 1SMEA 3SPKA 5IS4A 1K2BA 1BBSA 2V00A 1A94A 4GJ5A 1K2CA 4RYGA 4Z22A 4Y5AA 4Y53A 4RCDA 4EWOA 2BPVA 5P07A 2PH8A 4BFDA 1W5YA 4J0YA 2AOGA 5P40A 2OHTA 4F75A 3PJ6A 5P7SA 5P4IA 4NJVA 3SM2A 3DV5A 1RQ9A 1UPJA 1LS5A 5I70A 4ZSQA 5OZ5A 5P43A 3UTLA 3VF3A 1AJVA 3APRE 5OZ6A 5OYTA 2HB4A 4MC6A 2PSGA 4Y54A 4ZE6A 5OZMA 3FNSA 3QBHA 3CKTA 4PZWA 4EHCA 5P6OA 5HVPA 4J1KA 1XL2A 3WZ7A 4NJUA 5EZXA 1IZDA 3CIBA 4Y5EA 1C6ZA 1HSGA 2VJ7A 3EL5A 4GJ8A 5AH8A 2BQVA 5I3XA 1HIHA 1GNOA 1HXWA 3QRSA 5P7HA 3SACA 3LZYA 3B7VA 3INHA 5P52A 5P3AA 5DQ4A 5P6BA 3INFA 3G72A 2QI5A 5ENMA 5JODA 4I8WA 2P4JA 1YTIA 5HTZA 1IIQA 5P66A 4Y5KA 1HVLA 4FRIA 5DGUA 2WF4A 4D83A 2IENA 3VLAA 1MIQA 8HVPA 1K1TA 2WF0A 5P7KA 5P8QA 3OQAA 4KUPA 2HS1A 5DGWA 5EZZA 5P3GA 5AH6A 5P1IA 3U71A 5P03A 1HOSA 1FG8C 1AZ5A 1D4IA 1SGUA 5P34A 5P4WA 3NWXA 3Q4BA 4LBTA 3QPJA 3EM4A 1FMBA 3IXOA 3KFSA 2NPHA 5P13A 4RVJA 1U8GA 4ZPGA 2VIJA 1IVQA 1PROA 4Y38A 4F74A 2PQZA 4CKUA 3T11A 4YOBA 2IEOA 5P5WA 3OTSA 4YD7A 1HIVA 2VIEA 3K5FA 5OZ3A 5P88A 4B1CA 1K6TA 3SKFA 3S53A 5ISKA 3TLHA 5P51A 2QI3A 2G24A 1TSUA 1SP5A 5P5JA 3SLZA 5P3MA 2RSPA 4DH6A 5C9DA 4FLGA 5P1UA 5P7DA 4HEGA 5OZZA 2IGYA 5P7WA 9HVPA 2VNMA 5HE7A 1HPSA 1ODYA 2WL0A 5P2LA 5P6QA 4J1IA 5P4TA 4ACUA 2ZJHA 5B18A 2BKTA 3NU3A 3URJA 1DPJA 3ST5A 4LL3A 5P0UA 2HAHA 3APPA 1BVEA 4EJ8A 4LXKA 5P28A 5P3IA 4FAFA 4BEKA 2G22A 2J9KA 1CMSA 4HLAA 3OU3A 5P3VA 5HDVA 4YD5A 5P2CA 3O99A 4YA8A 3PMUA 2ZJKA 5P10A 3SA9A 5P8IA 1XE6A 3UDYA 5P7YA 5COOA 4FE6A 3LIXA 3OK9A 5P20A 1E5OE 1M4HA 1HXBA 4Y48A 1QBSA 4QJ7A 1MRWA 4X7IA 3BGCA 3MXDA 1B6MA 2QHCA 4Y3MA 1A30A 4PYVA 2NNPA 4Y4TA 5P1BA 1RPIA 3BGBA 3SO9A 5OYZA 4GB2A 3DOXA 2G1OA 1XN2A 1M0BA 3KM4A 2O4PA 4QJ8A 3VV6A 5AHAA 1GNNA 5P4UA 3NU9A 5P8KA 5P0NA 5OZRA 4H1EA 5P1AA 4Y5PA 5P38A 3HBOA 4JPEA 5KOSA 3JVYA 5ER2E 1EC0A 3LZSA 5OZPA 3Q70A 3VSXA 1YG9A 4ER1E 3PI5A 1DP5A 2QU2A 5P55A 3PRSA 3DK1A 4QLHA 4IVSA 2AZCA 1HTGA 1META 5CLMA 1FQXA 4I1CA 5P0MA 5P3DA 3SABA 3L58A 5P2KA 3FIVA 5ENKA 4XX4A 1D4SA 5DQCA 5KR2A 2UPJA 1FFIC 2RKGA 1W51A 5P3TA 1M43A 1F7AA 5SY2A 5KQZA 5P1SA 3N3IA 3ZKGA 2FGUA 3EC0A 4NPUA 3TTPA 3OUAA 2G1SA 4H3FA 3I2LA 5P3FA 4GYEA 1ZBGA 2RENA 1ENTE 4FM7A 1TZSA 5T4SA 1YM4A 4DQEA 2VA6A 5P46A 4Y58A 1GNMA 3PI0A 4DJXA 1B6PA 4FCOA 5DR3A 3EKPA 3VCMA 5P1TA 4R92A 4OBDA 3JW2A 1QDMA 5OZEA 5P0OA 5P0QA 5P06A 2P8HA 3BXRA 3QVIA 5P33A 4Y44A 3TKGA 2CENA 4BFBA 3RVIA 3L59A 1C70A 4K4RA 2R3TA 3K1WA 3FNTA 4Y3ZA 3KF0A 4TVHA 3OADB 3HVPA 4COEA 4OC6B 2JXRA 3CKRA 3IN3A 2G69A 2NXMA 4J55A 3SM1A 4OBFA 4QJAA 1ME6A 4OD9B 4RRNA 3SQFA 1MT9A 5OZ8A 4DVFA 1YX9A 3UDRA 4FRKA 3Q6YA 5APRE 5P2BA 5P4OA 1RNEA 4PZXA 2WF3A 3AUPA 1EEDP 4TRWA 1EPLE 3LZVA 1MSNA 5P8FA 4RYCA 1NPWA 5P7UA 2HPEA 1E80E 2H6SA 3NDTA 5P29A 1EAGA 3BUGA 5P1QA 5P3JA 3VF5A 5OYQA 2HPFA 1FQ7A 2P3AA 3L38A 5AHCA 6FIVA 5P6SA 1MERA 4ER4E 1YT9A 5P37A 4LC7A 5P09A 5P1CA 1T6GA 4MC2A 3PMYA 5P4PA 2QZXA 3EL0A 1WBKA 1B6LA 2WECA 3R1GB 5P1WA 4I0HA 2OHKA 5P3EA 5OYVA 3L5DA 4K8SA 4HDPA 2QAKA 5P3OA 4Q1NA 2VKMA 5P5ZA 5P7NA 3OUDB 4Y3WA 2AVMA 1GVVA 3DJKA 5P2FA 4AA8A 2WEZA 3VFBA 2R38A 1BV9A 5P04A 2V11C 4L7HA 3NUJA 5P4SA 3KYRA 3NDWA 3NDXA 3ZPUA 4CMSA 4LHHA 2BPWA 2IGXA 4JECA 4Y3YA 3TNEA 1MSMA 2I0DA 2QI4A 5P2QA 5DQ5A 4D89A 3LINA 3H5BA 4CPQA 4TRZA 4Y3RA 5P0BA 2F8GA 2JE4A 1K6PA 3OUDA 5P7EA 3NXNA 3QRMA 2V12C 4JPCA 5P78A 1XS7D 1LF3A 5P1MA 5P02A 3EL1A 2QD7A 4H3GA 3NWQA 4FSEA 5OZXA 2PSVA 3KDDA 4B0QA 3EL9A 1B6JA 3BVBA 4YD6A 5P0AA 4Q1WA 5KQYA 1IZEA 2SAMA 5P5XA 1SH9A 5P8NA 4LAPA 3UDMA 1IZHA 1PSNA 5P6JA 2P3BB 4J0ZA 1KJHA 4A6BA 3DM6A 1LZQA 4M8XA 3I8WA 5TOLA 3IA9A 3LPKA 3GI4A 4FRJA 4FSLA 4R8YA 5P6DA 3VSWA 5P0CA 4GJAA 2Q3KA 1T7KA 3IAWA 5P61A 5C9BA 1LEEA 3IN4A 5PEPA 1AXAA 2AOIA 5P1RA 2F3KA 1OHRA 4HZTA 5P8JA 4U7QA 5P1KA 5P41A 1PPME 4J0VA 2ZJIA 1W6HA 5P0FA 5P8MA 5P7MA 4APEA 4DPFA 5DQ1A 2CEMA 2O40A 3PCZA 2O4SA 3LHGA 5P86A 3U7SA 5P31A 3O9GA 1HEFE 4EJLA 4EYRA 2Z4OA 5P5VA 1PSAA 1B5FA 5P67A 3SA5A 2PC0A 4KB9A 5P0VA 1MT7A 3M9FA 3CIDA 1GVWA 4DJYA 5P25A 1C6YA 4MC9A 2IKOA 4HA5A 5P83A 1F34A 3F9QA 2G26A 3D20A 1IBQA 4CPWA 3EBZA 3K5GA 5P5TA 3QI1A 3BVAA 2QK5A 5P50A 1ER8E 2QI7A 1MTRA 4OBZB 2QCIA 4CPUA 5P0DA 5P76A 3K5CA 4EXGA 1ODWA 5P45A 5P5QA 4Y4ZA 5P1JA 1EC1A 5DR0A 3K5DA 1FKNA 2P3DA 5OZVA 2FNTA 4Z4XA 3KFNA 3G6ZA 2AOCA 2G1RA 5P5DA 4I0ZA 3OGPA 2AIDA 2QHYA 3JVWA 4PHVA 5P39A 4B05A 3OQKA 4RCEA 3D1YA 3G70A 1E81E 5P5FA 2VJ6A 1A8GA 5P63A 4DJQA 5AGZA 4RCFA 5I3WA 3Q3TA 5P0XA 3KT2A 4DJRA 2FDPA 2AVOA 4M8YA 3PLLA 1QS8A 3L5BA 1MT8A 3CMSA 3A2OA 1MUIA 1SIVA 5P2YA 3D1ZA 4UPJA 3MSJA 2WF2A 4J0PA 2VS2A 5UPJA 5P5SA 1GKTA 4Y5LA 4GMIA 5P1NA 3WB5A 4I0IA 5P35A 5P49A 5P7OA 2OHMA 5OYSA 1FEJC 2CEJA 2RMPA 1UH8A 2JJIA 3KA2A 2IRZA 3Q5HA 2V16C 5P2SA 5P81A 4Y3XA 2QZWA 5P4RA 3UQUA 2G27A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMF A;  2XYE A;  3UFN A;  1BDL A;  2FS4 A;  1HVS A;  5P8R A;  1FQ4 A;  5P4A A;  1EBY A;  1K1U A;  3VEU A;  5OYX A;  5P73 A;  3RSV A;  5P4V A;  3GI6 A;  4Y5G A;  4K4Q A;  1BIM A;  4RVX A;  3LNK A;  2QNP A;  4D85 A;  4CPS A;  1MVP A;  5KQX A;  2FDD A;  1D4Y A;  3LIY A;  1KJ7 A;  3T6I A;  2QD8 A;  1FMX A;  3NXE A;  5OZ1 A;  5P5M A;  2IS0 A;  2FXE A;  5P3P A;  1HSI A;  4EQJ A;  5P1D A;  3SFC A;  5DQ2 A;  2FXD A;  1EBZ A;  1XDH A;  2V10 C;  4Y4U A;  1FLH A;  2BPZ A;  1YTG A;  5KR1 A;  1MTB A;  5E5J A;  5P7Q A;  5P7L A;  3OWN A;  5P19 A;  1QBU A;  5P30 A;  4ZSM A;  5P2H A;  3OHH A;  1T7I A;  3OXX A;  3KT5 A;  2QHZ A;  4GID A;  2Q54 A;  1EPM E;  5P0E A;  4ZLS A;  2PK6 A;  3SA6 A;  1G35 A;  5P0Z A;  7HVP A;  1W5W A;  2H6T A;  5F00 A;  3L3A A;  2I4U A;  4GJ9 A;  4Y4B A;  5P26 A;  5P3B A;  2IL2 A;  1EC3 A;  4R95 A;  3UDN A;  5P6W A;  4DQC A;  5P5E A;  4Y4J A;  3AID A;  5P7R A;  3ER3 E;  4B72 A;  5P2A A;  2QMP A;  2Q55 A;  5P24 A;  3OTY A;  4QJ2 A;  1SMR A;  5P0S A;  1HWR A;  5P5G A;  4E43 A;  2AOD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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