5E5JA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 6.0
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5jA00
4QJ2A 5KQXA 4DJPA 3S7LA 3OHFA 5OYWA 1KJGA 3NU6A 2PWCA 5P43A 5P57A 4HEGA 3IA9A 5P3AA 3L58A 5OZ0A 1AZ5A 2G1SA 1K6CA 5P3KA 5P3OA 4J1FA 5P8MA 2WF3A 3EL9A 5P3RA 3CYXA 1PPLE 4RGHA 2ER6E 3EL0A 3VCMA 4J1EA 4AA9A 3LNKA 3HW1A 5P3VA 5P1DA 2G1NA 1UH9A 2P3DA 5P8HA 4NJSA 3VYDA 1AXAA 5BRYA 4AUCA 2F3KA 5P5JA 5P4UA 3MXDA 5P0IA 5DGUA 4Y3XA 5P4LA 3S53A 2VIZA 2QD6A 3OTYA 5P7YA 5P5AA 2WECA 1HIHA 2OHPA 5DQ2A 1PROA 5P09A 1XN2A 3LINA 3OQAA 3L5DA 4Y39A 5OYTA 3NSHA 4A6CA 3SA8A 2ASIA 5P3BA 5P4SA 3K1WA 5P7TA 1BDLA 2Z4OA 4Y5GA 1ENTE 4CPRA 5P38A 4OC6A 5OZRA 3NU5A 4H3FA 5P40A 2QI5A 3APPA 3G72A 2I4DA 3ZKSA 3INEA 3L5FA 3ZMGA 5P4TA 1XL5A 5P3EA 4FLGA 4R8YA 4ZSQA 5EZZA 3VF5A 4B1CA 3DJKA 2PH8A 2I4VA 2QP8A 4I8WA 5P4FA 4QJ7A 3OUDA 5P64A 1YTHA 3NU9A 5P07A 1QS8A 5P0PA 4LBTA 4XX4A 4Y43A 2ZYEA 5P0BA 2QMDA 5P49A 3EL5A 3BUFA 5P8RA 1G2KA 3QROA 5OZPA 4D88A 7UPJA 1HPOA 3EKWA 3PLLA 5P2MA 3QVCA 4J17A 4FM6A 1LYAA 5P8BA 4GJ5A 4CPWA 2G94A 4Q1YA 3TPRA 3GGUA 4CKUA 2OHKA 3UDHA 5P1EA 2HS2A 1W51A 5P12A 1K6TA 3KFRA 1Z8CA 1YM4A 4TVHA 5OZOA 1EPQE 5OZYA 3LITA 5P7RA 3ZKQA 1E82E 3NUOA 2PWRA 4OBFA 3EM6A 3SABA 2B42A 2Q55A 5PEPA 1SIPA 5P1KA 4ZSPA 5I3YA 3TH9A 3A2OA 1BXOA 1M43A 5KOSA 3PBZA 3MWSA 3M9FA 5P8DA 1NPAA 5P3JA 1IZDA 4Y4AA 2BKTA 4FIVA 6FIVA 3VV7A 3H0BA 1LYWB 2R5QA 4JPEA 2QI1A 2OAHA 2QAKA 1WKRA 4GB2A 5P5EA 3JVYA 5P4EA 3VFBA 5IVQA 5P6RA 1UPJA 3PSUA 3OU1B 4YBIA 1SP5A 5APRE 5P03A 1FIVA 1MT8A 3R0WA 5P72A 3UTLA 1EC3A 3PVKA 2OHSA 3K5DA 4J1IA 4BFDA 1Q9PA 4EP3A 4JECA 5OZ5A 4LXMA 2FMBA 5P2BA 1YTGA 4MC2A 9HVPA 4NPTA 3UDYA 2O4SA 5P5CA 5P2HA 4I0JA 3VF3A 5P0RA 4YE3A 1LF2A 5C9DA 5P7OA 2HPEA 5P01A 2VJ6A 4RLDA 1F7AA 5P7ZA 5P39A 4EJDA 1MPPA 5P0XA 2R5PA 3APRE 4NPUA 5P5SA 4DJXA 5P1PA 2H6SA 3PEPA 5P3UA 2IENA 5IS4A 3NR6A 4B1EA 3CKTA 1C70A 2UPJA 3WZ6A 1HEGE 4Y53A 2PC0A 1GNMA 5P3IA 2XFIA 5DR3A 1D4YA 1RV7A 5F01A 3S43A 5UPJA 3OU4A 2B7ZA 1FG6C 4Y5LA 1FGCC 2G20A 2OHMA 1EC1A 5OZKA 4CPQA 5P73A 5P3LA 1K2BA 3F9QA 3QVIA 4OBZB 5P6XA 1DW6C 4EP2A 1KJ7A 3UQUA 4L7HA 1HVSA 3OWNA 1NPWA 2V10C 5P2SA 5SZ9A 5OZ6A 3CKPA 4OBJA 3VUCA 3OGQA 1SGUA 2O40A 4GJAA 3RU1A 3HD8A 3FIVA 1OHRA 2JJJA 2R8NA 3G6ZA 3ZKGA 3L3AA 2NXMA 1Z1HA 4Y4TA 4YBFA 2QI0A 1FEJC 3MSJA 5P0FA 3DOXA 5P88A 5P47A 4R92A 5P5HA 1IZHA 5SY2A 7HVPA 2ZHVA 1AJVA 2ZJHA 4RCEA 1W50A 1FQ7A 3TOGA 3VV8A 4BELA 4EXHA 5C9BA 5P6GA 4J0TA 2WF4A 3S85A 3IXKA 5P0LA 4E43A 3KFSA 2QI7A 4XX3A 3ZPSA 3Q70A 1B6MA 5DQ4A 2G26A 1FQXA 3GI6A 1GVXA 1HVKA 5I3WA 5P5DA 2ZHUA 5OYQA 3OQDA 5P5VA 4ACXA 1G0VA 1B5FA 3UDNA 5BS4A 2I0DA 3AUPA 2AOFA 3U71A 5P2JA 1EPNE 1C6YA 4J0YA 5P6VA 4DQFA 3Q6YA 4F75A 2BKSA 5P3ZA 1RPIA 5P08A 5P74A 4DJQA 1IBQA 5P7HA 2FDDA 5KAOA 5P52A 5P35A 1MEUA 5P6DA 3VYFA 1HSHA 3GI4A 3OU3A 3VV6A 1T7KA 1WBMA 5P84A 3UQRA 1W6HA 3IVHA 3ZKIA 1HVRA 5P1MA 5P00A 3KN0A 1HXWA 5P04A 5P7BA 4Y56A 5P0AA 1TCWA 3R4BA 4ZPFA 2FGUA 3QRVA 4ZIPA 2ER7E 3QAAA 5P8KA 5P5BA 4Y3AA 3NU3A 1LYBB 5OZXA 4D8CA 3NDXA 5DGWA 5OZNA 1BDQA 4YD5A 4RZ1A 2O4PA 3BHEA 4Y3GA 1W6IA 3NDUA 3DCRA 5EZXA 3DK1A 3EM3A 5OZQA 5P33A 3SO9A 3PCWA 2QU3A 3TLHA 3D1XA 2F3FA 1UH8A 4J54A 3I25A 1XL2A 3D20A 4FM7A 3EL1A 5P19A 2HS1A 2AZBA 3GI0A 4LXAA 2AZ8A 4Q1WA 2F81A 4PEPA 1FFFC 3ZPUA 4FGXA 5P3FA 5KR2A 3OXVA 4EQJA 5P2NA 5HDZA 3LPJA 5P6AA 5P63A 4K8SA 4XXSA 5OZBA 1T3RA 3WZ8A 1ZSRA 5DR4A 3WB5A 4AMTA 4Y3PA 5P6JA 3ZKMA 4Y5BA 3IVIA 4Y5EA 3ZL7A 3LHGA 4ZPGA 4B05A 3LZVA 3D3TA 4Y9WA 4Y4DA 5P7XA 1QBTA 5OZCA 2RKGA 4Y4ZA 3KDCA 4H3JA 3D1YA 5P4NA 2AOIA 2OF0A 5P34A 1D4IA 3GGVA 3VYEA 3BXRA 1ZBGA 3KM4A 2AVOA 5ISJA 1BDRA 2ZJJA 2P8HA 3L5CA 2FDPA 5J25A 3O9AA 4Y3LA 5P7GA 5P23A 3T6IA 1M4HA 2Q64A 2QZWA 1SDUA 2AIDA 5SY3A 1GVTA 2WF2A 3SQFA 1XN3A 4DJOA 1BWBA 2QZKA 1OD1A 5FIVA 1YX9A 4J1CA 4ER1E 3S2OA 5P7IA 5P0TA 1E5OE 5HDXA 5OZ3A 5P8OA 2V12C 2NNKA 1MESA 4EHCA 3OAGB 3SA5A 5OZEA 5P3SA 1BWAA 5P05A 4Z4XA 2OHNA 5E5JA 3ZLQA 3LIZA 4ER2E 5P8NA 4OBGA 5P5QA 3SA9A 5P7JA 3QRSA 5P1AA 4J1HA 1HIVA 2IDWA 2Q63A 2G1YA 5P7WA 1A30A 3FX5A 2Q15A 3KMXA 5P6MA 2WEAA 4PZXA 4APRE 4Y3SA 5P6YA 4Y41A 5HE7A 1XE5A 3I2LA 1LYWA 4LAPA 1OEWA 5P3MA 1HTGA 3KYRA 5P20A 3O9EA 2NMYA 1DPJA 4Y38A 4DQGA 2G27A 1MT9A 3DM6A 4NKKA 3OU1A 3OUCA 5P1GA 5P51A 2XFJA 4Y3JA 1HBVA 5P8JA 3NXNA 3KDBA 5P5IA 5P4VA 5P14A 5P75A 4LP9A 4FRIA 3S56A 3ER5E 5P0NA 2BBBA 3SA6A 1A8GA 1DAZC 2R38A 2WF0A 1FF0C 5KQZA 5T4SA 3SM1A 5P1YA 2IS0A 2P3AA 1N49A 3OXWA 4EJKA 2O4KA 4KUPA 5P36A 4I0HA 5P42A 5DR8A 4GJ8A 1SDVA 5P6FA 4PHVA 5P4IA 4JPCA 5DQ1A 4EYRA 4YOBA 4Y51A 1PSOE 1AJXA 4H1EA 3ZOVA 2JXRA 1FMUA 1ODWA 4RVXA 1HPXA 2QI6A 3UDQA 4DQBA 4L7GA 2AVQA 3BXSA 4L1AA 2VA7A 4OBZA 3INDA 4K4PA 3G70A 1QDMA 4RCFA 2ER0E 4HDFA 5P6CA 3PJ6A 5P65A 4Y5PA 5P4HA 4I0ZA 2BPWA 3GI5A 4FL8A 2IGXA 1HOSA 4UPJA 2H6TA 2VNMA 1BXQA 1EAGA 4ZPEA 3K4VC 5IVSA 5I3XA 2G22A 1A8KA 3Q3TA 1IVQA 5P3DA 1PPKE 1BVGA 3WZ7A 4TRZA 3CYWA 2AODA 3SPKA 4NJUA 1XDHA 2ZHRA 4M8XA 2AZ9A 5OZSA 5P56A 5P5NA 1YG9A 3S8IA 4DVFA 1HSIA 1IDBA 2HB3A 1FLHA 4DJYA 3KFNA 1HHPA 4HLAA 1W5XA 4Z22A 5P4GA 5P86A 3CICA 1LS5A 4DH6A 2P3CA 2EWYA 2PSVA 5TOLA 3FSMA 4R93A 1ODXA 1JLDA 1FFIC 1KJ4A 3T3CA 4BFBA 3ER3E 3N3IA 1IZEA 2P3BA 2Q11A 5P8SA 3HBOA 4ZLSA 3BUGA 1NH0A 2HC0A 4L6BA 3FNTA 2QD8A 4F76A 1SBGA 5P25A 4GJBA 5P0YA 5P55A 5COOA 3MXEA 4KB9A 3OQFA 5P0WA 3R1GB 4Y5MA 1MT7A 4U8WA 3OHHA 1AIDA 2WL0A 4I12A 2B60A 2IQGA 3U7SA 3K5FA 5OZLA 2HB2A 5P8IA 2ZJIA 5P2GA 2JYSA 5P7SA 4FSLA 5P62A 2Q5KA 1LYBA 5P1ZA 2I4UA 4RROA 5P6HA 4IVSA 1HPVA 2FXDA 5P0ZA 3AIDA 3IAWA 3FNSA 3NYGA 1MTRA 5P45A 5P4ZA 3NU4A 1MRWA 4Y5NA 2QZXA 5P2RA 4J0VA 4OD9A 4QJ9A 4DV9A 2IGYA 3I7EA 4QGIA 3HDKA 5AHBA 3PLDA 3T7QA 3KDDA 3BVBA 2AQUA 2ZDZA 3HLOA 4IVTA 2QU2A 1FG8C 4I8ZA 3TOHA 5KOQA 2IL2A 3LZSA 1KJFA 1VIKA 1U8GA 2F8GA 3UF3A 5OYZA 4I0GA 2QHZA 5JFUA 1ZP8A 1K2CA 1LF3A 2Q3KA 5OZIA 4EWOA 2QI3A 5P5XA 3T11A 3S7MA 3LZYA 1ZPAA 4Y50A 5BWYA 2QZLA 5P67A 1SGZA 5P0JA 3QPJA 4B00A 2HIZA 1ZSFA 1MRXA 5OZ1A 5P1OA 5P1BA 3EKXA 5OYXA 1LF4A 2QNNA 3DCKA 1K1UA 2UXZA 1EBYA 5P3QA 4Y4EA 4A4QA 1YT9A 3BC4A 3EKTA 3PSYA 2OHQA 2ZE1A 3CMSA 3IN3A 1EPLE 3WSJA 1BAIA 4CPXA 5P06A 2NXLA 3KFPA 5P1IA 3UDKA 1OEXA 2RENA 1AVFA 3LIQA 4J5JA 4B1DA 2IRZA 2WF1A 3VLAA 5P77A 5P81A 2PK5A 2NMZA 1MERA 2VIJA 1QRPE 3OY4A 1AAQA 2BPXA 4YCTA 5P4QA 2XFKA 5P1VA 5P6WA 3INFA 3EM4A 1BIMA 3O9BA 5P5OA 2FNTA 3HAWA 3L38A 5P87A 4Y36A 5P53A 3FNUA 3PMUA 1E80E 4Y3TA 1APVE 4RVJA 3O9DA 5P6NA 4Y3MA 3ST5A 1EPOE 1TZSA 1T6GA 4GYEA 3OOZA 4GMIA 3L59A 3D91A 5OZFA 5P0CA 2RKFA 3U6AA 5OZ7A 2QD7A 3S54A 3MSLA 3TPJA 5P6IA 4FRJA 4Y58A 4YD4A 3UQXA 4U7QA 5P7NA 3PWMA 4YD6A 4F73A 8HVPA 3OQ7A 2BPYA 1DP5A 5P4CA 4EPJA 4X2LA 2FS4A 5P18A 3EKVA 5P1WA 1E81E 5P1CA 5P0QA 5P0EA 1RQ9A 5P5ZA 3SFCA 2QMFA 1A94A 3B7VA 1G35A 3EBZA 5P15A 2G1OA 4FAEA 3LIXA 2HPFA 1ZTZA 1B11A 5AGZA 3O9HA 2AOCA 5P8FA 1HSGA 5KR1A 5P8UA 1KJHA 1SDTA 2UY0A 4YDFA 5P4JA 3UDJA 5P24A 5OZ9A 4YD7A 3OXXA 4HA5A 4Y3HA 1W5YA 1HEFE 1HVIA 3LZUA 2O4NA 4RVIA 4DI2A 4NJVA 3UHLA 4Y3NA 2QMPA 4PPHA 1YTJA 5ISKA 5HCOA 3VSXA 5P3HA 3QS1A 2XYEA 1SH9A 2I0AA 2BB9A 5P6UA 2NNPA 1D4KA 5P2XA 3K5CA 4Y5AA 5P27A 5P16A 5P26A 4DJRA 1EBKC 5P6PA 5P85A 2I4XA 4AA8A 5P4MA 1MSMA 2ZJKA 5P4DA 5P7LA 2HAHA 4DQHA 4YCKA 1GVWA 3PGIA 2V00A 1TW7A 2FNSA 5P0SA 5DR0A 5P8LA 4Y54A 4TVGA 4D89A 4Y35A 5AHAA 2I4QA 2FDEA 5ENKA 5I70A 4YD3A 3EXOA 4EQ0A 5P2YA 4Y3FA 5KR8A 4HDPA 3T7XA 4GJ9A 1HVLA 3VG1A 5COKA 4A6BA 4FCOA 3BUHA 4CMSA 5P6ZA 5P58A 4DJWA 3FKTA 5DQ5A 1YTIA 4J0ZA 2V13A 2BJUA 2ZHTA 3EC0A 4GZFA 3LPIA 1CZIE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ2 A;  5KQX A;  4DJP A;  3S7L A;  3OHF A;  5OYW A;  1KJG A;  3NU6 A;  2PWC A;  5P43 A;  5P57 A;  4HEG A;  3IA9 A;  5P3A A;  3L58 A;  5OZ0 A;  1AZ5 A;  2G1S A;  1K6C A;  5P3K A;  5P3O A;  4J1F A;  5P8M A;  2WF3 A;  3EL9 A;  5P3R A;  3CYX A;  1PPL E;  4RGH A;  2ER6 E;  3EL0 A;  3VCM A;  4J1E A;  4AA9 A;  3LNK A;  3HW1 A;  5P3V A;  5P1D A;  2G1N A;  1UH9 A;  2P3D A;  5P8H A;  4NJS A;  3VYD A;  1AXA A;  5BRY A;  4AUC A;  2F3K A;  5P5J A;  5P4U A;  3MXD A;  5P0I A;  5DGU A;  4Y3X A;  5P4L A;  3S53 A;  2VIZ A;  2QD6 A;  3OTY A;  5P7Y A;  5P5A A;  2WEC A;  1HIH A;  2OHP A;  5DQ2 A;  1PRO A;  5P09 A;  1XN2 A;  3LIN A;  3OQA A;  3L5D A;  4Y39 A;  5OYT A;  3NSH A;  4A6C A;  3SA8 A;  2ASI A;  5P3B A;  5P4S A;  3K1W A;  5P7T A;  1BDL A;  2Z4O A;  4Y5G A;  1ENT E;  4CPR A;  5P38 A;  4OC6 A;  5OZR A;  3NU5 A;  4H3F A;  5P40 A;  2QI5 A;  3APP A;  3G72 A;  2I4D A;  3ZKS A;  3INE A;  3L5F A;  3ZMG A;  5P4T A;  1XL5 A;  5P3E A;  4FLG A;  4R8Y A;  4ZSQ A;  5EZZ A;  3VF5 A;  4B1C A;  3DJK A;  2PH8 A;  2I4V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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