5E5JA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 6.0
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5jA00
5DQ4A 3IXJA 4I0IA 1EPNE 1EC1A 5P7GA 3QP0A 4OD9B 5P5JA 1G35A 1YX9A 4Y36A 5P1ZA 5P3QA 3UDYA 1YTGA 5P5GA 1AM5A 3GI5A 3QN8A 1EPPE 5P03A 4CPWA 3OGPA 5P3HA 1UPJA 3O9BA 5P06A 3PLDA 3KT2A 2HPFA 4APEA 4YHQA 3OQKA 3D1XA 2QNPA 5P35A 3UDKA 1BV9A 2JJJA 2R9BA 5P7IA 5P02A 4FL8A 5P4AA 1HOSA 2QMDA 3ER5E 4B00A 2VA6A 4H1EA 3FV3A 3O99A 5P8LA 4OBJA 3ZPSA 3MSKA 5SY3A 5P05A 5P2QA 2IGYA 1TSUA 5P5SA 4Y45A 1UH7A 1SMRA 2AVVA 5P2EA 2G22A 3APPA 5P8TA 2IL2A 4R8YA 1HSHA 4GJ8A 1ZPKA 5HDVA 1DP5A 2AVOA 5OYXA 4DJPA 3NLSA 4N00A 5P3BA 1MRWA 1W51A 5P3IA 3NXNA 2WHHA 2HAHA 1GVXA 5P7PA 1BXOA 3R1GB 5P0CA 3UDPA 3PMUA 5P59A 3B7VA 5P71A 5OYTA 3RVIA 4K4RA 4DJRA 5SY2A 1MUIA 3NWQA 4QJ9A 3IVIA 1FQ6A 1HVCA 4PHVA 4DJXA 3RTNA 4AMTA 5UPJA 4J0ZA 1KJHA 2OHTA 3O9DA 1XE6A 5P7JA 3NDXA 4UPJA 4YOBA 1HVSA 5OZ2A 5P4VA 2A4FA 3CICA 5HCOA 4H3FA 4EJKA 1W50A 4IVSA 4TRZA 9HVPA 1MSNA 4Y51A 3KDCA 5P7UA 1TSQA 5P5LA 2RMPA 5P6YA 3UFLA 2R38A 5DQ2A 3TPPA 4YD6A 4NJUA 1LF2A 1GNMA 1E81E 1HTEA 3NU9A 5OZXA 1HSGA 5P85A 4Y5NA 2RKFA 5P67A 2CEMA 2IQGA 1AAQA 3WZ8A 4OBHA 1RPIA 2UPJA 2AOGA 5P39A 2HB4A 2NMZA 1C6ZA 1IZHA 1HVKA 5P11A 4MC2A 1HXWA 4Y4DA 4NKKA 5P4KA 5P26A 1QBSA 5P8OA 1YG9A 5P5MA 3BUHA 4ACUA 2B7ZA 2XYFA 3GW5A 3I6OA 2RKGA 1W5XA 5P45A 3O9GA 3HAUA 5P0YA 4DI2A 4B1CA 3AUPA 2QI3A 2QI4A 1FFFC 3OHHA 5P0KA 2V16C 3BRAA 5P1OA 5P76A 1GVWA 4BEKA 3EL1A 1XL2A 2BJUA 3URJA 3EKXA 5P3KA 1AXAA 2O4LA 4FAFA 1MPPA 2XFIA 4ER1E 4Y35A 1EPRE 4Y9WA 3EKVA 4CPSA 5OYUA 4TVGA 4AZYA 3OAGB 4X2LA 2P3BA 4I8WA 3OQDA 2BPXA 5OZGA 2G20A 2QI0A 4U7VA 4ER4E 1FGCC 5P2OA 4DJUA 3TOGA 5AH6A 2HC0A 1ZSFA 3OHFA 3VLBA 1MIQA 3HBOA 4JP9A 2FXEA 2G1OA 5P6VA 2P3BB 1GVVA 1DW6C 1SDUA 5P58A 1B6MA 3UDRA 5P5HA 2B42A 3L38A 3VFAA 5P5TA 5P0XA 1QS8A 6UPJA 6APRE 5OYSA 5KQFA 5P0GA 4FRSA 4YCYA 1HTRB 1EPME 1Z1RA 2OAHA 2PSGA 2ZJIA 5P1CA 5P79A 3U7SA 5P10A 1GVUA 1XDHA 5P0VA 5P34A 4J1FA 4QGIA 5DPZA 4Y3XA 1KJ7A 1HVIA 2WEAA 5P57A 2ZHTA 2PSUA 3VSXA 3WZ7A 1YM2A 2J9JA 3BGBA 5P0FA 2F3FA 4EP3A 2IGXA 5COOA 5BS4A 4J1EA 5P5UA 1YTIA 1ZBGA 2BPWA 5OZ5A 5P37A 2ER9E 3S43B 5P5ZA 2PK6A 3JW2A 4OBKA 3OADB 5OZ4A 2Q3KA 5P36A 5OZJA 4DQGA 3CKTA 3DCRA 3GGAA 1N49A 3UDMA 1WBKA 1MTBA 1XE5A 5P4TA 5P7VA 3L5BA 5C9FA 2NNPA 3UDQA 3M9FA 1M4HA 2R5PA 4EYRA 1SH9A 4HDFA 1BDRA 1GKTA 3R2FA 2OHNA 5P89A 5C9BA 3SA5A 5P2DA 3ZPUA 2NNKA 1FQ8A 2IKUA 5P4GA 5OZZA 5P1PA 3OU4A 3Q3TA 2OF0A 3VYFA 3O9IA 2OHLA 2WEZA 2EWYA 2PQZA 5P6HA 2QAKA 3PJ6A 4Y50A 4CPXA 2AOJA 2F81A 1LYAA 3DV1A 2PWCA 5FIVA 3HDKA 5P5EA 3IGBA 3SKFA 3TKGA 4PZWA 5P44A 3CIDA 3HD8A 3FKTA 5P4RA 2Q54A 3H0BA 5P3ZA 5P80A 1OEXA 5P2ZA 4EXHA 1YT9A 2P4JA 3SA8A 3PWRA 2G27A 3R4BA 4Z2ZA 5P2TA 3QVCA 1CZIE 3SA9A 3U71A 4RRSA 5P0RA 1IIQA 3AIDA 2BPVA 1KJGA 2J9KA 4FLGA 4Q5MA 5P6ZA 5P1QA 3TLHA 2ANLA 5P1TA 3LINA 3ZKMA 3MSLA 5T4SA 2I4XA 3UQUA 4K8SA 2FDDA 4Y5EA 2VJ9A 3H5BA 5I3YA 3TOHA 3KN0A 3D3TA 4YA8A 1VIKA 2QNNA 3TL9A 5P4EA 5DR8A 5KR1A 1EBZA 5P42A 4R92A 3C9XA 3OUDB 1AZ5A 3GI4A 4NJVA 5P0ZA 4Y4EA 5DQ5A 4KB9A 1FQ7A 3NDTA 3KFPA 4Y3QA 2VJ7A 5KQYA 5P29A 3UF3A 1KJ4A 5KOQA 2ER0E 3Q5HA 3EBZA 4Y43A 2QCIA 1D4YA 4I0FA 3PB5A 3I7EA 4MC9A 3JVYA 1META 5KQZA 2QZXA 4DV9A 5OZNA 3D1ZA 2QD6A 3FIVA 1PPLE 4CPRA 4Y3YA 3OUAA 1FFIC 1ZJ7A 1DIFA 1F7AA 1A94A 1LS5A 4GYEA 3KT5A 4FM8A 2ZHUA 5BRYA 1W6HA 4OBZA 3MWSA 3RTMA 4B78A 3TH9A 5P6BA 4DFGA 5P32A 2QI5A 3PI0A 2FGUA 3LHGA 1T6EX 3OOZA 5P65A 5AH9A 1PFZA 4RROA 2WF0A 2VA7A 1HPOA 5P5DA 4K4PA 2RSPA 2BQVA 1MVPA 4JPEA 5P2JA 5P2NA 2QZLA 3T7XA 4FM7A 4DJOA 4EJDA 5OYYA 5P78A 2NXLA 3S2OA 2G1RA 1HSIA 5EZZA 4J17A 5P7KA 1K2CA 2I4WA 5OZ0A 3HAWA 5P1NA 1DAZC 4Y4GA 5IVQA 3PLLA 2WF1A 4BFBA 3PM4A 2MIPA 4B77A 5P1FA 5P3MA 5P4NA 1BIMA 5P51A 2QK5A 5P7AA 4MC6A 5P8NA 3UCBA 1M43A 3B80A 3EKQA 1QBTA 4J0YA 5P74A 3OXXA 3SA6A 5P1AA 1FEJC 1NPAA 3KFNA 3ZPTA 5P0TA 1FIVA 4FRKA 3DM6A 4QJAA 5P81A 4RCFA 5P8UA 2ER6E 3L58A 3A2OA 3PVKA 3L59A 2OHQA 4FRJA 5P5VA 3LZSA 3EL0A 3ZOVA 2F8GA 3ZL7A 3RSVA 5P1RA 5P8PA 4Y3DA 5P53A 5P3XA 4HEGA 1HWRA 3WZ6A 3KFRA 5P2GA 4JOOA 4EQJA 2VIEA 2G94A 4TRWA 1E5OE 1HVJA 2I0AA 5P6LA 1B5FA 2QU2A 2FLEA 5P8CA 1XL5A 5COKA 3WB4A 5P75A 2R5QA 5AHAA 5P17A 3TTPA 5P6DA 2OHKA 4OBGA 4RZ1A 4D83A 2VNMA 5PEPA 3SA3A 4I0ZA 5P55A 5JODA 2Q64A 3DOXA 1BWBA 4QJ7A 1B5FB 1BILA 5P61A 5DGWA 5P88A 3RTHA 4Y48A 1B6PA 5P0NA 5P60A 5KOSA 2B7FA 1LEEA 3Q6YA 1EEDP 2HS2A 2NR6A 3RSXA 5OYWA 5P62A 4OC6A 2NMYA 5P5YA 3T3CA 3O9CA 1XN3A 1SBGA 5OZTA 1APTE 5P3WA 5P31A 4XXSA 5P56A 3NUOA 1B6LA 4FM6A 1CMSA 4Z22A 5P07A 1MRXA 2QMGA 5P1MA 3CMSA 5KR0A 5P28A 4B05A 3UFNA 5P5XA 5P8RA 2A1EA 2AOEA 4KUPA 5P3LA 4CKUA 1IZIA 5P5KA 3OXWA 2ZHSA 4EJ8A 5OZAA 3IA9A 5P7ZA 5P40A 2WEBA 3OUBA 3QPJA 3EL4A 3Q4BA 4RCEA 4A6BA 2AZBA 3LIZA 4RVJA 4B1DA 3ZKXA 1ZSRA 3DV5A 2XFKA 5AGZA 3SAAA 1YM4A 2RENA 4OBDA 4J0PA 1Z8CA 2FMBA 1BDLA 1GNNA 5P1WA 1MT7A 4DJVA 2CEJA 4YD7A 3WSJA 5HU1A 3DUYA 5P49A 5P8QA 4DQHA 4OBFA 5P7NA 3ZKNA 3CKRA 1FQXA 4FE6A 2VA5A 5OZMA 1EPOE 2BKTA 3IXKA 3IN3A 4COEA 1RV7A 5P2VA 3VV7A 3S45A 1HEFE 4FSEA 3BXSA 1W5YA 4I0GA 4NPUA 2QNQA 5P7QA 3LNKA 3OWNA 3L3AA 3O9FA 5P2RA 3FNTA 2IENA 1MSMA 1EBYA 2V10C 1T6GA 5P46A 3F9QA 4APRE 2BPZA 2FXDA 1LYWA 2G24A 1IBQA 4D88A 1BXQA 3QROA 3NUJA 2H6TA 4Y5LA 4J54A 2AZ9A 3NU4A 2VNNA 5HE5A 2P3CA 2HPEA 5P7RA 4R93A 1ODXA 5P64A 5P5QA 3S7LA 4FS4A 2VIYA 2QZKA 3OK9A 4L1AA 5P3VA 5P43A 3UDNA 5KAOA 5P1XA 2BBBA 5P1JA 4GZFA 5P3JA 2WF2A 3L5FA 1YTJA 4BFDA 1HVRA 4D85A 1BDQA 2AOFA 4GJ5A 5P6PA 7UPJA 1D4SA 3EKTA 3MXDA 3PBZA 3T6IA 3SQFA 5ER2E 2O4NA 1ENTE 5SXNA 3GGUA 3KDDA 2I4QA 5OZ1A 5P4CA 3O9LA 2F3KA 5P4SA 5P5FA 2QD7A 4YDFA 4TRYA 2WF3A 4DJQA 2WECA 3ZMGA 3EM4A 4Q1WA 5P70A 5JFUA 2ZE1A 5P50A 4Y3WA 3TKWA 1QBRA 2F3EA 3FSMA 2AZ8A 4DQEA 3INHA 5ISJA 3GI0A 3ZLQA 5P01A 2ZJKA 3EMYA 4Y3RA 1HBVA 1VIJA 5HE7A 5P15A 2PH6A 5P1UA 3OQ7A 5P7CA 1BBSA 4PEPA 3PBDA 2PC0A 5DQCA 3IN4A 3SABA 3VUCA 5HVPA 3LZVA 4ZPEA 5SZ9A 1EC0A 4L6BA 4H3JA 5OZDA 3KYRA 3EL9A 5OZ9A 5P0QA 4D89A 4Y3AA 5HDUA 5IVTA 1FQ4A 3OXVA 3TPJA 1D4KA 4Y4JA 2J9JB 1T3RA 4FCOA 3BVAA 2SAMA 4Q1NA 2I4UA 2ZJHA 4Y53A 4K4QA 2ZJJA 5P25A 5P1YA 5B18A 4GJ6A 5P6QA 5P7FA 5P4WA 1K1TA 5P82A 5ER1E 3LIYA 4XKXA 5P5RA 1TCXA 1UH8A 2AVQA 2JJIA 4HDBA 1LF4A 1HPVA 4EQ0A 1EPQE 4WY6A 7HVPA 1K6CA 4Y3NA 3I25A 5P22A 5OZCA 5P73A 5P4OA 1BAIA 1U8GA 4ACXA 4RRNA 3IXOA 5P8JA 3LZYA 1ODWA 4Y5PA 5DR0A 4ZEAA 3LPJA 1TCWA 4I1CA 3R0YA 5OZHA 4L7GA 3HVPA 4CPQA 4Y5AA 3FNUA 4Y56A 5P5OA 3OU4B 3PCWA 2AOHA 5P4UA 1HIIA 4DPIA 2ZHVA 3OQAA 5OZ7A 4KE0A 2V0ZC 3BUGA 4RYCA 3OU1A 1DPJA 3TPRA 5DR4A 3T7PA 4YCTA 5P6OA 1LYAB 3EXOA 5P1DA 2QI1A 1FG6C 2ZYEA 4YD4A 1SDVA 4H3IA 4X7IA 3N3IA 3I2LA 3DJKA 5P6SA 5P0JA 5P3UA 5P8MA 3GGVA 4I12A 5P0EA 5COPA 3ZKQA 1OD1A 2IEOA 4FIVA 5P3OA 3U6AA 3QRMA 5P00A 3SLZA 1A8KA 5OZ8A 2B8VA 1FQ5A 3NYGA 4DUSA 1EC3A 2BKSA 2OHSA 5OZ3A 4LXAA 3NSHA 5ISKA 2ER7E 3OY4A 3QRVA 5OZBA 2H6SA 5P1IA 2Q11A 5P7LA 4RYGA 3EKPA 1FG8C 5P8HA 4I0JA 5P7SA 4J1IA 5P3TA 5P8IA 5P0UA 2Q55A 3WB5A 2XYEA 5P68A 5P7EA 4F74A 1APWE 4J0VA 4Z50A 3K5CA 2JYSA 5P6WA 4Y3PA 4I0EA 4LP9A 4Y3GA 5P2WA 3VYDA 4NPTA 3VCMA 2PMAA 5OZLA 5P0OA 1PROA 4ZSRA 3K4VA 2ZJNA 5P1LA 5P4LA 2AVSA 1D4IA 5P4JA 1SGUA 2AODA 4Y4XA 3RU1A 1W6IA 1G0VA 5P48A 1BVGA 1RL8A 1PPKE 1ZTZA 2I4DA 1B6KA 3K5FA 2VIZA 4Y3SA 3NU5A 4AUCA 2G26A 5CLMA 2ASIA 4LBTA 3T7QA 1ZPAA 1HHPA 1NPWA 4Y5KA 5P8EA 5P4FA 1OHRA 5HD0A 5P2UA 2P8HA 5P66A 2Z4OA 5P2IA 1HPSA 5P24A 5P5IA 1EAGA 3K1WA 3QVIA 4HA5A 5AH7A 3MSJA 3LITA 4GJDA 5OZOA 3UDHA 4J1HA 5P2LA 2Z54A 4OBZB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQ4 A;  3IXJ A;  4I0I A;  1EPN E;  1EC1 A;  5P7G A;  3QP0 A;  4OD9 B;  5P5J A;  1G35 A;  1YX9 A;  4Y36 A;  5P1Z A;  5P3Q A;  3UDY A;  1YTG A;  5P5G A;  1AM5 A;  3GI5 A;  3QN8 A;  1EPP E;  5P03 A;  4CPW A;  3OGP A;  5P3H A;  1UPJ A;  3O9B A;  5P06 A;  3PLD A;  3KT2 A;  2HPF A;  4APE A;  4YHQ A;  3OQK A;  3D1X A;  2QNP A;  5P35 A;  3UDK A;  1BV9 A;  2JJJ A;  2R9B A;  5P7I A;  5P02 A;  4FL8 A;  5P4A A;  1HOS A;  2QMD A;  3ER5 E;  4B00 A;  2VA6 A;  4H1E A;  3FV3 A;  3O99 A;  5P8L A;  4OBJ A;  3ZPS A;  3MSK A;  5SY3 A;  5P05 A;  5P2Q A;  2IGY A;  1TSU A;  5P5S A;  4Y45 A;  1UH7 A;  1SMR A;  2AVV A;  5P2E A;  2G22 A;  3APP A;  5P8T A;  2IL2 A;  4R8Y A;  1HSH A;  4GJ8 A;  1ZPK A;  5HDV A;  1DP5 A;  2AVO A;  5OYX A;  4DJP A;  3NLS A;  4N00 A;  5P3B A;  1MRW A;  1W51 A;  5P3I A;  3NXN A;  2WHH A;  2HAH A;  1GVX A;  5P7P A;  1BXO A;  3R1G B;  5P0C A;  3UDP A;  3PMU A;  5P59 A;  3B7V A;  5P71 A;  5OYT A;  3RVI A;  4K4R A;  4DJR A;  5SY2 A;  1MUI A;  3NWQ A;  4QJ9 A;  3IVI A;  1FQ6 A;  1HVC A;  4PHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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