5E5KA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 4.3
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5kA00
1EC3A 1NPVA 1K1TA 4YD5A 1HRNA 2XYEA 3S43A 3UDJA 2RKGA 3U7SA 3K4VC 3KN0A 2RSPA 1PPKE 5P1QA 5OYSA 4DJWA 2G26A 5P4WA 2FDDA 1HSGA 5HDUA 5P5VA 1KJ4A 5FIVA 3PGIA 2WECA 4Y3JA 3SFCA 5P0TA 5COOA 5P6YA 2VNNA 3QP0A 3EKYA 3IN4A 5CONA 5P80A 5P8RA 4E43A 5P50A 4CPTA 5P6FA 4OBDA 1B6JA 3O9DA 2ZHTA 2HS1A 3BUHA 1K2BA 3UDPA 5P1HA 5P23A 5P19A 3UPJA 1YG9A 4Z22A 5HDZA 5ER1E 4H1EA 3CKTA 5P1SA 2IENA 2Q11A 3CMSA 3NUJA 3UDHA 1DPJA 2WL0A 1EC0A 4Y4DA 5P0RA 5P3QA 1MT7A 2Q5KA 3OQFA 2J9JB 4S1GA 1YTIA 1PPME 1UH9A 2V10C 4K4RA 5HDXA 4D8CA 5P8KA 3BUFA 1QBUA 5P4BA 2A1EA 4DPFA 1RQ9A 4ZSRA 1ZPKA 2QI3A 3QPJA 4Y39A 5P1CA 1K6VA 2V16C 3O9FA 1SP5A 3TNEA 3Q70A 1HVSA 4RCFA 1AJXA 4FIVA 5P5XA 2QD7A 5P04A 2I4VA 5P4LA 5P2YA 5P3ZA 5P56A 5P8AA 4U7VA 3DK1A 1EBYA 4EJKA 3R2FA 1W5WA 3LIZA 4H3FA 4DJPA 4J0VA 1UH8A 4FCOA 2FNSA 1MVPA 2PSVA 4Y4AA 5EZXA 1F7AA 5P4IA 5P13A 3S56A 4J1HA 2AOEA 1HIIA 4JOOA 4FAEA 4Z50A 3NU6A 1BV7A 4EQ0A 2XFJA 1FQXA 3SPKA 2WHHA 3RU1A 2I1AA 3OK9A 3LZSA 3PLDA 2JYSA 5P4AA 3U71A 2IDWA 4DJVA 5P7HA 1LV1A 4DQBA 4MC6A 2FNTA 1PFZA 4YCKA 5P82A 4Y4BA 3NDXA 1A94A 3IAWA 5P8UA 5P20A 4MC9A 5DQ1A 5P87A 4EP2A 1FEJC 2ZJIA 3FNUA 5P6TA 5I3XA 4X7IA 2FGVA 3OUBA 4GJ5A 2ZDZA 5DQCA 5T4SA 3SKFA 2NXMA 4MC2A 5P7UA 3QI1A 1W5VA 5P2OA 2G1SA 1LYBA 4OD9B 4Q1WA 4FAFA 5P0FA 3HVGA 3SM2A 2XFIA 3INEA 2F81A 3RTNA 1APTE 2I0AA 1CZIE 4Y4GA 3PSGA 4JECA 2Q64A 4J1FA 3INHA 5P1OA 4HLAA 5P5ZA 1T7KA 2R3WA 3EM4A 1D4LA 1QBTA 4Y5LA 5P3XA 4RYCA 2PK6A 2IL2A 4Y3ZA 1WBMA 5P05A 5P0MA 3UCBA 5P8LA 2ZJKA 3ZMGA 5P74A 3UQWA 3BVBA 2QAKA 5ENKA 5P7AA 3KFSA 4DQHA 4FRIA 5CLMA 2IKUA 2IEOA 2FMBA 4YBFA 4LXKA 4FM6A 5P34A 2AOGA 4Y5AA 4Y51A 5P7EA 2OHKA 1QS8A 1HPXA 2G1YA 4UPJA 4Y4UA 2I4UA 5OZ0A 4Y3MA 3LINA 1HTEA 1XDHA 3NWQA 5P3SA 3OADB 4CPUA 2V00A 2HPFA 5P0DA 5P5TA 1M43A 1EC2A 3ECGA 3OU4B 1GNMA 5P2EA 3CYXA 4YDGA 4DJOA 4I1CA 4Q1NA 5DGUA 5OZDA 3L5BA 4DQEA 4HDBA 4R92A 3UFLA 5AGZA 1HIVA 1APWE 5P41A 3BVAA 5P17A 5P2VA 5P2DA 1EPRE 5P4MA 2QI6A 2FXEA 5P6UA 5P6VA 5P2UA 3LHGA 2ZHVA 2OHRA 1TZSA 5KOQA 3L3AA 4Y35A 3D1YA 4I0DA 5AHAA 4GJ9A 2R5PA 4NPUA 3SA9A 2RKFA 2HB2A 5P37A 3OUDA 5IVTA 4RVJA 1OEWA 4OBKA 1PSNA 1K2CA 3TPPA 1A8KA 1SH9A 4DFGA 5P6KA 4DJXA 1EPQE 5P5PA 3NR6A 3KDCA 3WZ6A 4YCYA 6APRE 5P4ZA 3LZVA 2QZXA 2ZHUA 1PROA 1TQFA 4FM7A 2OHLA 1B6MA 4I0IA 5DQ5A 2HM1A 3OQ7A 3CYWA 2G20A 3QBFA 1BVGA 3EKVA 4AZYA 3URIA 4Y3HA 5P33A 1AZ5A 2UXZA 2XFKA 4YDFA 4OBGA 1PSOE 5OZ4A 2FS4A 2HIZA 6UPJA 5P7VA 3MXEA 1W5XA 4EJLA 3EKXA 5P8NA 4Y5BA 5P8CA 5ENMA 1MT9A 1NSOA 2ZJHA 1C6XA 5P5FA 1WBKA 4D83A 3OU1B 2P3CA 4ZSMA 3DOXA 4LXMA 3VV7A 4K9HA 3NU4A 3PJ6A 4NPTA 2AZCA 1SMRA 1ME6A 4J0TA 2BPXA 1KJGA 3O9LB 1LF3A 2BKTA 3ZOVA 3IVIA 5JFPA 4L6BA 5P86A 1B6KA 4Y3GA 3UDKA 5OYWA 4F73A 3QAAA 5COKA 3OOZA 4J17A 2ZHRA 4TRWA 3EM3A 4Y50A 5P4CA 4Z4XA 3HDKA 1OHRA 3SA6A 5P47A 5P2XA 5P8QA 4DV9A 5P2AA 1NH0A 4FS4A 5P0QA 5JFUA 4Y4WA 5P83A 5P7CA 3EC0A 3KDDA 4U8WA 3PWRA 4I0ZA 5P4TA 1SDTA 3S85A 2P8HA 4J0YA 3NXEA 5P8TA 4MC1A 2OHTA 4RLDA 3T7QA 4FL8A 5AH6A 5OZCA 5P0UA 4Y47A 5IVQA 3T6IA 1EPLE 2WF1A 2Q15A 4R91A 5P1LA 5P67A 1XL5A 2OHNA 5P0OA 5P0NA 5SY3A 4FRKA 5P6HA 4I8ZA 4OBJA 3VFAA 3CKRA 5P7TA 5P0HA 5KR1A 3KDBA 5P6EA 3Q3TA 2G27A 3M9FA 3OXWA 4R5NA 2ZJNA 5OZSA 4Y38A 4Q1XA 5OZ6A 1HHPA 3PLLA 4FGXA 5OYRA 3HAWA 5P4FA 3EM6A 3ER5E 1M0BA 4FRSA 5KR2A 5P11A 3N4LA 3OXVA 1AIDA 4RRNA 1CMSA 3JW2A 4Y3SA 4AA8A 5P29A 4Y3FA 2R5QA 3L5EA 3OGQA 2PC0A 4OC6B 2AODA 5P1FA 2PMAA 1LYWA 4L1AA 1IDBA 3VLBA 4QJAA 5P8OA 2R3TA 5P61A 2PK5A 4IVTA 3GGAA 3L38A 3NSHA 4PZXA 3OU3A 4Y3DA 5OZ9A 3IN3A 1YTJA 4OBZB 4BFBA 1UH7A 4QJ9A 5P2FA 1FMUA 5P4HA 2I4QA 5P31A 1VIKA 1FMXA 1C6YA 4HE9A 4FSEA 3LIVA 3SKGA 1FLHA 2QMPA 5P8PA 7UPJA 4F75A 3BHEA 3L58A 3ZKQA 1ODYA 3GI4A 4LBTA 3BGBA 5P26A 5OZ1A 3MSLA 1EPNE 3DJKA 4CPWA 1FG8C 2VIEA 3L5DA 3F9QA 1GNNA 1F34A 2Q3KA 2ZYEA 5P3VA 4GJCA 5P5OA 1CPIA 3DUYA 5P54A 2P3BA 4K4QA 1OEXA 4FM8A 5F00A 5OZ2A 3RTMA 1SMEA 3S45A 3OAGB 4HDPA 3ZPUA 3EL1A 1K6CA 2QCIA 5P4XA 1B6PA 5P3HA 3S7LA 2B42A 4Y5EA 2XYFA 1IVQA 2AOHA 1HXBA 2QNPA 5P5AA 3VF3A 2ZE1A 1G35A 2V11C 4PEPA 1IIQA 3O9GA 3JVYA 3QRMA 1MIQA 5P3PA 2QK5A 2R38A 2WKZA 4NJTA 5P3OA 3ZPSA 4Y3YA 3Q6YA 3FNTA 4Y3EA 4Y3WA 1EBWA 1FQ7A 5P1KA 4QJ7A 3BXRA 5P3GA 2J9JA 1HPOA 1VIJA 5P1VA 5P7RA 5P5DA 5P8VA 3IVHA 4R95A 4BELA 5P3RA 2ASIA 4Y45A 5P1BA 5KQYA 5P4QA 3ZKSA 2QD6A 2O4KA 5P1RA 2O4SA 5P42A 4I0GA 5P3TA 2WF0A 3LZYA 2WEZA 4YD7A 3OUAA 1C70A 2NXDA 5DQ4A 1HVHA 1W51A 4PHVA 3SLZA 3AUPA 3PB5A 5OZQA 1B6LA 5P30A 3LZUA 3KFPA 5P1TA 5P4VA 3IA9A 5P2CA 4Y3LA 4EJDA 5P06A 3QBHA 3KMYA 1EAGA 4I10A 3G6ZA 3NU9A 5P7PA 4EYRA 3U6AA 2AZ9A 5P55A 4CMSA 3VSXA 5P8SA 3C9XA 5P4UA 2P4JA 5P10A 4EHCA 5COPA 5P6RA 5P39A 1HVLA 1SGZA 4GJ6A 5P6XA 2ZGAA 3DCKA 5P7XA 2VS2A 1MUIA 3SA8A 5P2JA 4QGIA 5P25A 5P15A 1A8GA 5P2TA 1LF2A 5DR4A 1MEUA 5AH7A 4Y3RA 3Q5HA 4XX4A 3UDRA 1E5OE 2QMDA 2ER6E 5P1PA 1Z8CA 1BILA 5OZGA 5P8MA 5P7BA 4YE3A 5P5QA 2VIZA 5P53A 5P6WA 1LZQA 4HDFA 4XKXA 3T11A 2G94A 4Y5MA 5P5HA 1BWAA 1AJVA 2NTRA 4Y57A 3D1ZA 5P1ZA 1G6LA 2F3KA 4OBHA 3NLSA 2VA6A 4Y4ZA 4OD9A 1YTHA 4D89A 5P2BA 5P5GA 3EMYA 4I11A 4QJ6A 4B78A 2VIYA 5OZKA 4OBFA 5P1XA 1UPJA 1RNEA 5C9DA 3GI0A 5E5JA 3BUGA 3FKTA 4Y4TA 4GZFA 1W50A 1G0VA 1QDMA 3PMYA 5P5WA 2I4XA 4EP3A 1LEEA 2WEAA 3EXOA 3KA2A 4X2LA 3TKGA 1IZIA 2PSGA 4BFDA 1TSUA 4HVPA 5P4DA 3TOHA 3N3IA 5I70A 5DR1A 4GIDA 4YOBA 2ZJJA 3EL0A 2QZWA 3QVCA 5P3AA 5OZ5A 4YA8A 2JXRA 1IBQA 5SY2A 2OF0A 4L7JA 2G1RA 3ZKMA 3NXNA 3ZL7A 4I12A 3UQPA 2IRZA 1D4JA 3I8WA 3L5CA 1ZP8A 3CKPA 3UQUA 2WF4A 2BJUA 3T7PA 1KJFA 3OADA 2O4LA 3DV5A 5P78A 5P7DA 3OU4A 5OZVA 4PZWA 4KE1A 4DQGA 4Y9WA 2I4DA 1GVXA 5P2HA 5P0VA 5P08A 3HVPA 1BXQA 5P48A 4Y5NA 1ZSRA 3L59A 5HU1A 5DR0A 3IXKA 5P49A 2WEBA 5P5RA 2OAHA 1DMPA 3WZ7A 3RSVA 4RZ1A 1FG6C 2CEMA 2UY0A 3KT5A 4Y3PA 1FF0C 3UDYA 2QZLA 5P18A 2R43A 4AMTA 5P27A 4L7GA 4JP9A 5P7WA 3NU3A 1XN3A 3HBOA 2QU3A 5P81A 5P6SA 2QHCA 4BEKA 3EL4A 5P8FA 3UF3A 4CPXA 4ZE6A 3TOGA 4EWOA 3OHHA 5P7NA 5P4PA 1APUE 3K5GA 3ZKNA 3I6OA 1EEDP 1OD1A 3KM4A 1RPIA 2G1OA 5P4JA 5P8HA 4APEA 1GVTA 5DR7A 3KYRA 3SA5A 2BPZA 5P1GA 3UDQA 5SXNA 1GNOA 2VA7A 4J1IA 3PWWA 1MSNA 5P0GA 5P7GA 1ZTZA 2WJOA 1W6HA 2VJ7A 5P36A 3SAAA 5OYZA 4M8XA 1T7JA 3H5BA 2JJJA 5P0XA 2APRA 2V13A 3OU1A 5P12A 3I7EA 1LF4A 2B7ZA 3O9LA 4A4QA 3QS1A 5P2KA 3VV6A 5P7MA 3HAUA 4GJAA 1IDAA 4H3JA 1PPLE 3LIXA 5P09A 1SIVA 5P43A 1A9MA 1B5FA 3NWXA 5OZZA 1QRPE 1ENTE 1HPSA 3PMUA 1FKNA 3EKPA 2NPHA 5P4EA 5P5JA 2VJ9A 4B05A 1HTFA 5P3KA 1BIMA 5P2ZA 3GI5A 3OOTA 3PSUA 3O9IA 3EBZA 4RROA 5P4OA 5OYXA 3PEPA 5P6PA 3H0BA 1AM5A 3D3TA 3SA4A 4QLHA 2JE4A 1BDRA 4RVIA 1B5FB 4Y43A 4Y5KA 1XS7D 2G1NA 5P07A 5P73A 4KB9A 4CPQA 4B1CA 3O9AA 3OXXA 5KQFA 5P4GA 4ZPGA 5P70A 1TCWA 3TLHA 3VG1A 2QNQA 5P5KA 3OQKA 5P2QA 5P4SA 1NPWA 1MSMA 2AOJA 4I0FA 5P1YA 5SZ9A 4Y5PA 5P6CA 3PWMA 1FFIC 3I2LA 4ZSQA 5P22A 5OYYA 3CICA 1XE5A 4NJSA 2AIDA 3PM4A 2QI4A 5P7OA 3OUCA 3PI5A 4AUCA 3OY4A 5P6NA 5P89A 3O9EA 3O9HA 5P46A 4OC6A 1T6GA 1Z1HA 5ISKA 1HVKA 2O4PA 4RCDA 2QHZA 3MXDA 2QNNA 1EPOE 2P83A 5HU0A 4Y4EA 5P68A 1IZEA 3APPA 1GVUA 4OBZA 5OZWA 5P3MA 3HD8A 2P3DA 4QJ8A 1IZDA 3EKTA 3S2OA 2VJ6A 3D91A 5P5BA 2IS0A 3R4BA 4U7QA 4XXSA 2WF2A 5P6LA 3WB5A 5P7JA 5P1AA 4JPCA 2ZJMA 4FRJA 5P6OA 1T7IA 1G2KA 1Z1RA 5HVPA 1EPPE 5P1NA 5P6BA 5P72A 3DCRA 4DJUA 2B8VA 2H6SA 3DM6A 3UDNA 2QZKA 2SAMA 1QBRA 1HBVA 1D4HA 5HD0A 4R93A 3FX5A 3GI6A 5P0WA 4J0PA 4YD6A 1AXAA 4Y6MA 3OAGA 5P57A 1BWBA 3CIDA 2NNKA 1ODWA 3ZLQA 5IE1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EC3 A;  1NPV A;  1K1T A;  4YD5 A;  1HRN A;  2XYE A;  3S43 A;  3UDJ A;  2RKG A;  3U7S A;  3K4V C;  3KN0 A;  2RSP A;  1PPK E;  5P1Q A;  5OYS A;  4DJW A;  2G26 A;  5P4W A;  2FDD A;  1HSG A;  5HDU A;  5P5V A;  1KJ4 A;  5FIV A;  3PGI A;  2WEC A;  4Y3J A;  3SFC A;  5P0T A;  5COO A;  5P6Y A;  2VNN A;  3QP0 A;  3EKY A;  3IN4 A;  5CON A;  5P80 A;  5P8R A;  4E43 A;  5P50 A;  4CPT A;  5P6F A;  4OBD A;  1B6J A;  3O9D A;  2ZHT A;  2HS1 A;  3BUH A;  1K2B A;  3UDP A;  5P1H A;  5P23 A;  5P19 A;  3UPJ A;  1YG9 A;  4Z22 A;  5HDZ A;  5ER1 E;  4H1E A;  3CKT A;  5P1S A;  2IEN A;  2Q11 A;  3CMS A;  3NUJ A;  3UDH A;  1DPJ A;  2WL0 A;  1EC0 A;  4Y4D A;  5P0R A;  5P3Q A;  1MT7 A;  2Q5K A;  3OQF A;  2J9J B;  4S1G A;  1YTI A;  1PPM E;  1UH9 A;  2V10 C;  4K4R A;  5HDX A;  4D8C A;  5P8K A;  3BUF A;  1QBU A;  5P4B A;  2A1E A;  4DPF A;  1RQ9 A;  4ZSR A;  1ZPK A;  2QI3 A;  3QPJ A;  4Y39 A;  5P1C A;  1K6V A;  2V16 C;  3O9F A;  1SP5 A;  3TNE A;  3Q70 A;  1HVS A;  4RCF A;  1AJX A;  4FIV A;  5P5X A;  2QD7 A;  5P04 A;  2I4V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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