5E5KA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 4.3
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5kA00
5ER2E 3OQKA 3QS1A 4Y5BA 3OXCA 3OGPA 4ZPFA 2IENA 3SM1A 5P7TA 5P8GA 3PI5A 5AHBA 1EBYA 3OQ7A 5AHCA 5P1QA 5P0JA 1A9MA 5P3PA 4HA5A 4J0TA 4LP9A 4YD6A 5P6FA 4Y4AA 5P7DA 3Q3TA 3C9XA 3IVIA 4Y58A 4CPUA 5P47A 4Z22A 5KQYA 4Y35A 1FQ4A 3O9HA 5DQ2A 5JFPA 3UPJA 3LNKA 3PWWA 2HAHA 3D20A 4QJ7A 5KOQA 1KJHA 1MERA 3O9DA 2RMPA 1KJFA 5OZ8A 3QBHA 3KT5A 3TOGA 4D83A 1A8GA 5FIVA 5P48A 3OAGA 4EQ0A 3JVYA 5P4HA 1D4JA 2R5PA 1YTIA 5P5UA 5DR4A 3BUGA 5P62A 3QBFA 5OZVA 3UQWA 2QI3A 1FF0C 3OUAA 1HPXA 4Y44A 4I0EA 5P31A 2QAKA 3UFNA 4Y3PA 2ZHTA 3DCKA 5P10A 3ZKXA 3SA9A 3G72A 4CPXA 3CKTA 5CLMA 3WSJA 2WECA 3NDXA 2IS0A 4PPHA 3K5GA 1W5YA 3VLBA 1HVJA 1GKTA 2FGVA 5P35A 2BQVA 2O4PA 1T7IA 3M9FA 1QRPE 1EC1A 5DR8A 4OBDA 5P3RA 3SACA 4ER2E 5OZKA 1LYBA 4DI2A 4Y51A 3L5FA 2PK5A 1TSUA 2HIZA 2IKOA 5P0GA 3HW1A 1HHPA 4QJ2A 3HBOA 3H5BA 3K5DA 4L6BA 3EBZA 5OZTA 1B6PA 3O9GA 1FMBA 3QROA 5P6LA 3OADB 4J55A 2UY0A 3PGIA 1SH9A 1HIHA 1KJ4A 4HZTA 5P8QA 2FDDA 1HIIA 3FNUA 5P8AA 5IS4A 5HVPA 3RTMA 5AH6A 5P7BA 4GJ6A 5P0BA 1W5VA 3SA5A 1EC3A 1SGZA 4J1FA 4Y3ZA 1K2CA 1J71A 5P6EA 2RKGA 1EPOE 2XFIA 3G6ZA 1AXAA 2VNMA 5P3BA 3EKWA 4ZSQA 2PYMA 3DCRA 3D91A 5HE7A 5P40A 2WF3A 5OZXA 4GMIA 3INEA 2QI6A 1SIPA 5OZUA 5P5PA 5P8TA 1IZIA 2I1AA 2PSVA 3JVWA 5DR3A 4B00A 1C6XA 5P0YA 5P0SA 3EMYA 3KMXA 1IZEA 4OC6B 2BPXA 4YE3A 4Y5LA 3VG1A 2XFJA 4L7GA 2ER6E 1GVXA 2G20A 2PMAA 3LPJA 1BVGA 4LXMA 5HE5A 2AOHA 4Y5KA 2AZBA 5P8NA 1HVIA 4I1CA 2PSGA 4F74A 3PWMA 3OHHA 4IVTA 5OZRA 5P0XA 5OYUA 4GJDA 2AODA 5P41A 2V10C 3K5CA 5P4AA 4AZYA 2J9KA 2O4NA 3T3CA 3BXSA 5HDXA 3OXVA 3SA4A 4K9HA 3LIQA 4DQGA 5P3LA 3OU4B 5P6OA 3ZKQA 5P04A 5P8BA 3VFAA 5P0DA 3S54A 5P1CA 3FNSA 1M4HA 4NPUA 1WKRA 4DV9A 5P4VA 3OAGB 1CPIA 5P6GA 1BXOA 5P56A 5P60A 5P8HA 5P59A 4Y54A 3GGAA 1IIQA 5P8CA 5P15A 2HB2A 2WHHA 3OOZA 5ER1E 1LF2A 4H1EA 4FAFA 3NU5A 2HB3A 3T7QA 3OUDA 4L7JA 3N4LA 3MSKA 4AA8A 3B80A 5C9FA 1HPOA 4TRWA 1RL8A 3OUBA 4FM7A 4Y3YA 3QI1A 3VF5A 2P3BB 5AGZA 1BAIA 3HLOA 5I70A 4Y3XA 5P5WA 4J0ZA 2BKTA 5P8JA 1IZDA 2B42A 5OZMA 5P2NA 5P7EA 3IVHA 3SLZA 4GJ8A 5P2YA 3L3AA 2Q55A 4XXSA 1LYBB 5SXNA 3LPIA 5P5JA 3PBZA 1TQFA 1W51A 2AOGA 2AVOA 4K8SA 3UHLA 2P4JA 2FXEA 4Z50A 3DV1A 5P19A 1AM5A 1DPJA 2G1OA 2OHKA 5P5NA 4Y5AA 5HD0A 5DQ4A 3EKTA 4YD3A 4ZSMA 2QNQA 4NJVA 3QRMA 2QCIA 3SPKA 4Y4BA 3CYWA 5P2XA 5OYTA 4MC1A 3N3IA 5P5QA 4Y48A 1UH9A 3SA8A 5P7OA 1XN2A 2P8HA 2AOCA 1DIFA 2V12C 5P01A 5P7FA 3NYGA 4OBGA 3R0YA 3ZKIA 2AOIA 4LXKA 2B8LA 2OHRA 3I6OA 5P0LA 4DJYA 5P78A 3OXXA 4JPCA 2ZHVA 3KT2A 4I12A 4WY1A 4QJ8A 1HXBA 3EM4A 1QBTA 1RQ9A 5P2AA 1FQ7A 5P6RA 3UTLA 4YOBA 5P7NA 1D4IA 5P4ZA 4RLDA 1QDMA 4DUSA 5P0UA 5P3TA 2QZLA 1GVVA 4J17A 4PEPA 1META 3VEUA 3D1YA 5P4TA 3SM2A 2ZHSA 3PJ6A 5JODA 1N49A 3GI6A 3IAWA 5P0FA 2R3TA 5P5LA 3S2OA 2O4KA 3U7SA 2QD6A 3LZUA 5P3SA 5P86A 3TPLA 3D1XA 5KQZA 2I4VA 4AUCA 5P71A 4I0IA 5P08A 4Y5GA 4APEA 2FLEA 3PVKA 2BKSA 3PB5A 4RCEA 3K4VA 1C70A 1LEEA 2QMPA 4RVIA 3GI4A 3EKVA 1EPNE 2ER7E 5DQ5A 3ZLQA 1HEFE 3L38A 2QHCA 4J0VA 1ODYA 4R93A 3UDQA 3UQPA 3IXKA 1B6MA 3NU4A 3HVPA 1B5FA 4Y3TA 5P7GA 3UCBA 4Y3JA 4I0FA 4TVGA 3IN4A 5P3DA 1KZKA 5OZ3A 5P1KA 1EAGA 1Z1HA 3OUDB 5P7UA 1HVHA 4BFDA 3S85A 3MWSA 5P6JA 3UDNA 2JJJA 3WZ8A 5F01A 5P4LA 1FQ8A 4APRE 5OZFA 4U7VA 3OGQA 3CYXA 5P6QA 5P0PA 2FDEA 5P14A 5C9DA 1XS7D 2G24A 1HSIA 4BELA 4D8CA 1XL5A 5OZ9A 3VF3A 5DR1A 1HTFA 1K1UA 3K4VC 4GZFA 5P8UA 5OZ4A 5P6BA 4EPJA 1TCWA 2I4DA 3SQFA 2QK5A 2BJUA 2AVSA 5P6TA 2Q3KA 5IVSA 3SABA 3UDHA 3R2FA 4M8XA 2PH8A 5P7RA 5P8OA 2NNPA 1FKNA 1MT9A 3OHFA 5OZHA 5P5YA 5P67A 4Y3RA 3UDPA 2V13A 5P8FA 5P3YA 3IXJA 1B6JA 5P6MA 5P8SA 1W6IA 5P76A 1MSMA 5P8IA 1HIVA 5P17A 3UDJA 2JXRA 4IVSA 1ZSRA 5P64A 4Y5CA 5P25A 5ENKA 5P1BA 3PEPA 1BV9A 2IEOA 5P1WA 3T7PA 1ODXA 1SMRA 5P0WA 5C9BA 5P2SA 5P6HA 4NJSA 1E81E 1K2BA 3HAUA 5P2RA 5I3XA 1IVQA 1T6EX 4S1GA 2VIEA 3UQXA 3HZCA 2WF0A 4QGIA 4Y41A 5HU0A 5PEPA 4Y3HA 2V0ZC 5P2HA 2NMZA 5P7VA 3QPJA 3QRVA 4I11A 3SKFA 4Y9WA 4FRKA 1FEJC 5P4NA 3PCWA 3PRSA 3LIYA 1ZPAA 2NXMA 4Y38A 1ZBGA 5P12A 5P6UA 4EHCA 5P55A 4OBKA 5P2FA 5P79A 2VIYA 4YDFA 4A6BA 4DPIA 1A8KA 2BB9A 1LZQA 3EKXA 8HVPA 3OU4A 3HAWA 3NU6A 4CPQA 3RU1A 3OU1A 3L5CA 5P84A 1W6HA 2PK6A 3QVIA 4YOAA 1B5FB 2I0DA 3OUCA 5P1PA 6FIVA 3ER3E 3Q5HA 2UXZA 3LPKA 4JOOA 4EXHA 4YD5A 2IL2A 4K4PA 4I0GA 4GIDA 3TKWA 4DQEA 2V11C 3FX5A 3QVCA 2IGXA 3T7XA 2G21A 3KA2A 3QIHA 5P88A 3DOXA 5TOLA 4ZSPA 3RSXA 2NTRA 4EJLA 5P72A 4Y3NA 3KDCA 1SBGA 3AIDA 2JYSA 2QZXA 5P7JA 1GNMA 5P03A 4K4RA 5P0CA 4EJ8A 1EPPE 5KOSA 3KFPA 4ACXA 5P5GA 1ZTZA 2P3BA 3LINA 3EKYA 5P3FA 4Y4JA 5P2TA 3PSGA 5P8PA 3NXEA 5P3QA 4F76A 4TVHA 1A94A 3FV3A 2Q5KA 1SDVA 3FKTA 3NR6A 3EC0A 2AZ8A 1QBRA 2WEAA 1PSNA 3EKQA 3A2OA 5P3UA 3PBDA 1HSHA 2WEZA 5P7MA 4Q1XA 1F34A 3O9LA 4HVPA 5P27A 7UPJA 5P3ZA 3VF7A 4FIVA 3U6AA 1NSOA 5P6DA 1U8GA 2F81A 1SDTA 1LF4A 1MRWA 4XX3A 1HEGE 5OZGA 1ZPKA 1GVTA 2P3AA 3IA9A 4XX4A 5P63A 1SDUA 2ZJJA 3MXEA 2NR6A 3IXOA 3QAAA 1EC0A 2R43A 4EYRA 3INFA 2PWCA 5P09A 4Y4TA 2WF2A 2G94A 5P4KA 1MUIA 4HLAA 3VYFA 5DQCA 4YDGA 5OZBA 3EL5A 4HDPA 5P3OA 5P7AA 1ER8E 5P1AA 4EJKA 3DV5A 5B18A 3O9BA 1G0VA 3OU3A 5P77A 4AA9A 3OXWA 5P5BA 5OZWA 5P32A 2BPWA 2QI7A 1TZSA 2XYFA 4B1CA 1APVE 3FIVA 5P06A 4YA8A 4Y4XA 2R3WA 1FQXA 5P0NA 1UH7A 5APRE 5I3WA 5P1MA 5P5KA 3UFLA 1BXQA 5P4CA 4LXAA 4Y4WA 2OHUA 5E5KA 3VYEA 2VIZA 5DR0A 5P0AA 2UPJA 2WF1A 3KDDA 1OD1A 2I0AA 5P81A 3S53A 1T6GA 5P7PA 3RTHA 5P3WA 5P58A 5KQXA 1UPJA 5OZAA 3KM4A 5P5HA 4L1AA 5P52A 4DJUA 1XE5A 4XKXA 4I0JA 5OYVA 4JECA 4COEA 2WF4A 5P1XA 3D3TA 1PSAA 5ISKA 5P3HA 3O9AA 3OU1B 5P7IA 4KE1A 2ER9E 3UDKA 3GI5A 5P45A 1W5XA 2JJIA 4ZIPA 5P29A 2B7ZA 4B77A 4OD9A 2ZJLA 3G70A 4Y39A 2I4QA 1Q9PA 2VA5A 5P4GA 4ZE6A 5P39A 2F80A 1YTJA 5P44A 2IQGA 5P36A 2RENA 2V16C 2R9BA 4AMTA 5P2VA 2QMDA 4ZPEA 5P6VA 3U71A 4DQFA 2G69A 5OYXA 3O9IA 2Q11A 2QU3A 5P4UA 2BPVA 5P33A 5P4XA 5OZJA 4ACUA 5AH7A 5P6PA 5OYYA 1PPME 5OZ1A 5P05A 4YCKA 2FNTA 4LBTA 5EZZA 4MC2A 4Q1WA 5P34A 4OBFA 4OBZA 3TH9A 3K1WA 3DJKA 3KYRA 1HPVA 1HVKA 3NU3A 4I8WA 2QI5A 3SA7A 1D4LA 3O9LB 4DPFA 1AZ5A 4BFBA 3TL9A 5P13A 5P3IA 3BGBA 3FNTA 2VJ6A 5P82A 5P2QA 1ME6A 3NDWA 4E43A 4NKKA 1GVWA 5P61A 5P0RA 5BWYA 1LV1A 3SKGA 1NPVA 4DJPA 4RVJA 1D4SA 4Z4XA 1YT9A 3NXNA 3DM6A 5OYWA 5P6AA 1HOSA 4QLHA 5P5SA 1FGCC 5P46A 2HS1A 4DJWA 1K6VA 4J1KA 3TOFA 5P7WA 3PLDA 2ASIA 4CPRA 2B8VA 4LL3A 5P0ZA 5P75A 5KR8A 3UQUA 5OYQA 5P1YA 3TOHA 5P18A 1C6YA 3BVAA 3EL0A 5P53A 5OZ0A 3O9FA 3VYDA 2WJOA 5OZQA 4N00A 4EJDA 2AZ9A 4GJAA 4YBIA 5P1UA 4EWOA 5P2IA 2ZJNA 1ZSFA 5P4MA 3SAAA 2G1SA 4RVXA 4Y3DA 5P0EA 1HSGA 2H6TA 3S56A 1WBMA 3CIDA 1PROA 2NNKA 2I4UA 4RROA 4Q1NA 5P16A 1SP5A 3OQDA 5P8VA 3MSLA 5IVRA 1VIKA 4A6CA 4RYCA 3Q70A 4L1AB 1KJ7A 2PH6A 2QNNA 2OHQA 4Y4GA 4Y3EA 5P70A 4Y4ZA 4PYVA 1ZP8A 5P1EA 2NXLA 5KQFA 5BS4A 1K6CA 2HS2A 3OK9A 2Z54A 1YTHA 4OD9B 5P5VA 2IGYA 4Y57A 4FRJA 3PWRA 3QP0A 5OZPA 4EP2A 3WZ7A 2QD8A 4FM8A 1NPAA 3WZ6A 5HDUA 1T7JA 2O4LA 3ST5A 4B78A 2NMYA 1WBKA 2H6SA 5SY2A 4Y45A 4GJ9A 4WTUA 5P4RA 5P3MA 5COPA 3UDYA 3NWQA 5AHAA 4TRZA 4DJQA 4NJTA 3NSHA 3KFNA 4RRSA 4BEKA 4R95A 2RKFA 3ZMGA 1BDRA 3BVBA 3K5FA 4RCDA 1YTGA 4Y3LA 1HVSA 4OBZB 3O99A 2AQUA 4Y36A 4B1EA 5P1LA 2RSPA 5P11A 5P00A 4R92A 5P7ZA 5HTZA 3INHA 4TRYA 3LIXA 5P30A 1BIMA 2NPHA 2B60A 2ZGAA 3NDTA 4FL8A 3O9CA 2QZWA 1LYAA 1FMXA 1ZLFA 3L58A 3PM4A 4LAPA 2QI0A 5P83A 4RYGA 3B7VA 6APRE 4JPEA 3BRAA 2BBBA 2ZJHA 1GNOA 2MIPA 4JP9A 3OTYA 5SY3A 5P3XA 1EBZA 5J25A 4KB9A 2FNSA 5IVTA 2F8GA 5P4IA 3KF0A 3PCZA 1YG9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ER2 E;  3OQK A;  3QS1 A;  4Y5B A;  3OXC A;  3OGP A;  4ZPF A;  2IEN A;  3SM1 A;  5P7T A;  5P8G A;  3PI5 A;  5AHB A;  1EBY A;  3OQ7 A;  5AHC A;  5P1Q A;  5P0J A;  1A9M A;  5P3P A;  4HA5 A;  4J0T A;  4LP9 A;  4YD6 A;  5P6F A;  4Y4A A;  5P7D A;  3Q3T A;  3C9X A;  3IVI A;  4Y58 A;  4CPU A;  5P47 A;  4Z22 A;  5KQY A;  4Y35 A;  1FQ4 A;  3O9H A;  5DQ2 A;  5JFP A;  3UPJ A;  3LNK A;  3PWW A;  2HAH A;  3D20 A;  4QJ7 A;  5KOQ A;  1KJH A;  1MER A;  3O9D A;  2RMP A;  1KJF A;  5OZ8 A;  3QBH A;  3KT5 A;  3TOG A;  4D83 A;  1A8G A;  5FIV A;  5P48 A;  3OAG A;  4EQ0 A;  3JVY A;  5P4H A;  1D4J A;  2R5P A;  1YTI A;  5P5U A;  5DR4 A;  3BUG A;  5P62 A;  3QBF A;  5OZV A;  3UQW A;  2QI3 A;  1FF0 C;  3OUA A;  1HPX A;  4Y44 A;  4I0E A;  5P31 A;  2QAK A;  3UFN A;  4Y3P A;  2ZHT A;  3DCK A;  5P10 A;  3ZKX A;  3SA9 A;  3G72 A;  4CPX A;  3CKT A;  5CLM A;  3WSJ A;  2WEC A;  3NDX A;  2IS0 A;  4PPH A;  3K5G A;  1W5Y A;  3VLB A;  1HVJ A;  1GKT A;  2FGV A;  5P35 A;  2BQV A;  2O4P A;  1T7I A;  3M9F A;  1QRP E;  1EC1 A;  5DR8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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