5ENKA

Compound 18
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
359
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Targeting the BACE1 Active Site Flap Leads to a Potent Inhibitor That Elicits Robust Brain A beta Reduction in Rodents.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 90
structure length 359
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5enkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5enkA02
5P0JA 5DQCA 3WZ7A 2FGVA 3VV7A 3B7VA 4FRSA 2ZJNA 1BIMA 3VCMA 5P71A 2OHPA 2QP8A 4Y54A 2O4SA 4DH6A 5P17A 5P5LA 5P5VA 8HVPA 3NWXA 5P2TA 4R95A 1HPVA 3INHA 3VFAA 5P1EA 5KAOA 4Q5MA 2BB9A 4FIVA 3SO9A 3QAAA 5P8CA 4DVFA 1SIPA 4LC7A 3O9CA 3UQRA 3HZCA 3LZYA 2QMDA 2P3BB 3T7XA 1BXOA 5P2OA 5E5KA 1XN2A 5P3XA 3L3AA 5P4FA 5DQ1A 3QROA 5IVSA 3RTHA 1PFZA 5HDUA 4PEPA 5P29A 4Y3XA 3CYXA 5OZDA 5P4GA 3SKFA 5P5UA 1FMBA 4EP2A 2V16C 4Y58A 4I0GA 5P5DA 5P70A 5P41A 2BPZA 5P22A 4PHVA 3KDBA 2Z54A 2PWCA 4Y3QA 2F3FA 1MRXA 2O40A 3LZSA 3SLZA 1MTBA 5P6LA 3OU1A 1LF4A 5SZ9A 1LF2A 4Y43A 4HZTA 1AJVA 5P7CA 5P1TA 3PMUA 5P3UA 3T7QA 2PYNA 2QCIA 4AA8A 1GVXA 5P3FA 1CPIA 2WF2A 1SBGA 5P85A 2Z4OA 1T7IA 1FGCC 1ZP8A 5TOLA 3NUOA 2QNNA 3VFBA 2PSUA 5OYRA 3OUCA 4LP9A 1EPRE 2ZHSA 5P4RA 4AZYA 4GJ7A 3UQXA 2G20A 5P8GA 3O9AA 4GJ9A 3BXRA 4GJ5A 2ZJJA 2ER0E 1ZLFA 1W6IA 2G94A 1QBTA 5P2YA 1TSUA 1IVQA 1EBZA 5P7WA 4L1AB 4Z2ZA 4H3JA 2JE4A 4R8YA 5P2DA 1NH0A 1MRWA 4LXKA 1PPME 5P8RA 2O4PA 2I4UA 2NXMA 5P77A 2P3CA 4GJ6A 4Y4EA 4X7IA 5EZZA 5P03A 1SDTA 5P8PA 4ER1E 5P7DA 2AOHA 3R2FA 3DK1A 4ZSPA 5C9FA 5P0VA 1QDMA 4J1FA 5P8HA 5P0UA 1GNOA 3KMXA 2ZYEA 5P86A 1B5FB 2WF1A 2IGYA 5P2MA 5P6JA 1A8GA 1BWAA 4B72A 5P1YA 4Y5PA 4J5JA 3HD8A 4AUCA 3Q3TA 5P45A 3UQWA 5P78A 4EWOA 4ZEAA 4APRE 1YG9A 5COKA 3FSMA 4Y44A 1SMRA 4CPRA 5P7QA 2HB3A 3WB4A 5KR0A 3PEPA 1OEXA 4EJDA 5P6XA 3S53A 5P04A 1W50A 2VNMA 1RL8A 4OD9B 1FLHA 5OYXA 3ZKXA 1YT9A 5P1LA 5P5BA 5OYYA 5P8BA 1U8GA 3PWWA 4DQHA 3KYRA 2PSGA 4Y5MA 1KJ4A 3D1ZA 2JYSA 3OHHA 1MSMA 1F7AA 3KT2A 4Y47A 4Q1YA 4EPJA 2NXLA 1LYAB 5P5CA 1BBSA 5P4BA 3OQ7A 5P2EA 1C6XA 1QBUA 3OHFA 1LS5A 3EL1A 1JLDA 2R3TA 3LPIA 3PCWA 3EL0A 4MC1A 3KF0A 3URIA 3ZKIA 2G1YA 5OYVA 2FMBA 1ME6A 4OBZB 1BVGA 1TCWA 5P4AA 2OHQA 2A1EA 3JVWA 5P2XA 2HM1A 5P38A 3TPPA 5KQXA 3KT5A 4J1IA 4I12A 3UQPA 5JFPA 2QD8A 2XYEA 5BS4A 3OQKA 2ZDZA 5P1FA 5P1VA 2ZJMA 5P84A 4F74A 6FIVA 1ZAPA 2ZE1A 3A2OA 5P8VA 4DQBA 4Y3TA 5P5EA 3BVAA 5HDZA 3URJA 4KE0A 3UDKA 5P7LA 3OTYA 3PRSA 5P3GA 4Y4JA 2FDEA 2I4QA 4DFGA 3NDUA 3R0WA 3TOFA 5ISJA 1HTFA 4GJ8A 5P2ZA 4NJVA 5P52A 1MUIA 3BXSA 4B77A 1FQ8A 3PWRA 4LAPA 4Y4BA 3SA7A 1FQ4A 5P6MA 5P5SA 2AZCA 1B6LA 1AZ5A 4X2LA 4D89A 1ZTZA 5OYTA 4NJSA 4ZSMA 1EEDP 5P7PA 1B11A 5P1IA 4K4RA 3IAWA 4EHCA 4FM6A 4Q1NA 2VA5A 2QI0A 4Y35A 3PBZA 2P3AA 3GGAA 4Y5AA 5KR2A 2OHMA 4Y4UA 1G6LA 3AIDA 3PVKA 4HE9A 4XX4A 3U7SA 1K2CA 4Y51A 4Y45A 5P1ZA 5P72A 5P6KA 3OADB 3ZMGA 2AOFA 2F81A 1SH9A 4XX3A 3TPJA 3CICA 3FNUA 3CIBA 4F73A 1A30A 3OXVA 3OUAA 2V0ZC 3NWQA 4FGXA 2BBBA 3VSWA 1YTJA 5DR1A 2G27A 3OUBA 2OHUA 4Y4AA 2AVMA 1HVRA 4EJKA 4RZ1A 3OU3A 1ODYA 5P7XA 5P4ZA 4D85A 5P6CA 2OHSA 4Y36A 2WECA 5AGZA 5P8LA 5OZTA 5ISKA 3EMYA 1KJGA 1FB7A 4OBDA 2NPHA 5P8KA 5P20A 3UHLA 1PSAA 3EM3A 2FDPA 2R3WA 4CPTA 2ZJLA 1CZIE 4QJ7A 4DV9A 1YTHA 1G0VA 1B6KA 1LV1A 1E80E 1EBWA 4FCOA 5P4KA 5P7HA 3EL4A 1VIKA 4R5NA 3PSUA 1HSGA 2RKGA 5OZLA 4TVHA 5P0SA 4ER4E 1KJHA 1AJXA 2QNPA 2B7FA 5P3BA 1GVTA 2IRZA 2FIVA 2J9JA 5P8FA 5KQYA 4JECA 5P8QA 2QI7A 4H3GA 5OZJA 1SDVA 3VF5A 4I11A 1BDRA 4CP7A 5P63A 1FF0C 3ZL7A 3PLDA 5P7GA 3FNSA 5P8MA 3GI0A 3IXKA 4JP9A 3HAUA 2HPEA 1BXQA 5OZPA 5P8AA 3S2OA 4YD3A 5P24A 3IXOA 1YTGA 4RROA 5P19A 2ASIA 4FM8A 1ZPAA 5HVPA 5OZZA 3INEA 5P73A 3SA5A 5P5XA 4DJVA 2ER7E 5P3VA 3Q5HA 5P3LA 2EWYA 1C6YA 2AQUA 1HVSA 3KFNA 3O9BA 5P16A 2QZXA 3EBZA 4J1EA 3R0YA 5AHCA 3UTLA 3LIQA 3SA3A 4MC9A 4FLGA 5P23A 3EKYA 1IDBA 5P5JA 1D4SA 2Q63A 4OD9A 3UFNA 5P2CA 4U8WA 5P8TA 1UH8A 2IGXA 3DCKA 4YD7A 5P0WA 4ZPFA 4I0ZA 4Y3NA 1RQ9A 1RNEA 5OZVA 4MC2A 4I8ZA 1SGZA 5OZ2A 1Q9PA 1T7JA 3H0BA 5P0TA 2ANLA 2IL2A 3OXWA 5P33A 2HB4A 5P6NA 5P8DA 3NU4A 5ER2E 4PZWA 5IS4A 2PC0A 2PK5A 3EL5A 4L6BA 5P2SA 6APRE 5P3IA 3ER5E 5P67A 4I0HA 1PPLE 4FRIA 4FRJA 2NTRA 4OC6B 3PHVA 5KR1A 4ZSRA 1MERA 4FS4A 3O9IA 3G70A 3OK9A 5P2LA 3TL9A 2AOJA 1XE6A 5P5RA 4HDBA 5KQZA 1BDLA 1HIIA 5OZ5A 3PSGA 5P4NA 3S54A 4NKKA 5AH7A 4YCYA 5P4CA 3OWNA 1LEEA 4YOAA 4DJWA 5OYSA 4BEKA 5P0DA 2FS4A 3K4VC 3CYWA 5BRYA 4H3IA 1HVLA 2WEZA 1W51A 3VLAA 4J0TA 3OOTA 5P2KA 4L7JA 5P69A 5DPZA 3TH9A 2WEBA 1KJFA 5FIVA 5OYUA 1HXWA 5P3AA 2OHNA 4Y5KA 2I1AA 5P1GA 5P35A 5P6FA 5P3KA 1K1UA 3OGPA 1K6CA 3EM4A 4XKXA 5P4EA 3GGXA 3NXEA 5P81A 3N4LA 4RYCA 5KR8A 2XFIA 2QMGA 3ER3E 2PH8A 4AA9A 2V00A 3OUDB 2G1RA 5P0GA 4YD4A 5P0XA 1YM2A 1MESA 5P79A 3TKGA 5P6YA 1IVPA 4YDGA 5P80A 3PLLA 3SFCA 3DOXA 1FQ7A 4DQGA 4QJ9A 5CONA 2ZHRA 4QJ8A 1RPIA 2R9BA 4EXGA 3OADA 1D4YA 3I8WA 2QNQA 2G1OA 2NMZA 4GZFA 2AOGA 2QI5A 2QZWA 3UDRA 3D1XA 5P5WA 4Y4DA 1SP5A 1APVE 5P02A 4Y3WA 3D20A 5P7RA 4Z50A 3UDJA 3QN8A 4LHHA 4TRZA 5P11A 4ZPGA 4B1EA 1LYBB 3K4VA 2VJ6A 4YDFA 3UDQA 5P4LA 5P6AA 5DQ2A 4OBFA 2QHZA 3BC4A 5P2UA 5P2NA 5P0YA 2QZKA 1EBYA 3LIVA 3I7EA 3EKXA 4L7HA 5P4OA 4QJ2A 3BUHA 5P0PA 5P57A 5P7KA 4H1EA 2IS0A 4Y3HA 1QRPE 4J0VA 5P40A 1NPAA 3SABA 5P5FA 2WHHA 3SPKA 5OZWA 4YA8A 1WBMA 5P2HA 4OBJA 2I0DA 1J71A 5P6RA 3APRE 5P4XA 3OQFA 3SACA 1BAIA 5P6EA 4HDPA 3F9QA 1BV7A 2AOCA 3CIDA 1MVPA 1OEWA 5OZOA 3BRAA 5P5PA 1LF3A 2AVQA 4Y3YA 5P5NA 1ZSFA 2B42A 4Y41A 2VIYA 2Q54A 1HEFE 4YBFA 3DM6A 1M4HA 5SXNA 5OYZA 4Y57A 2SAMA 1W6HA 1Z1HA 3PCZA 3TPLA 2HPFA 1XL2A 5P53A 3ZKGA 5P31A 5P5OA 5OZSA 5P5AA 3O9DA 3QRMA 3RU1A 5P4PA 5P66A 5P3YA 1ER8E 4APEA 5C9BA 3QRVA 2NMYA 4YCTA 2CEMA 1D4IA 4EJ8A 1YTIA 3R4BA 2BKSA 2XYFA 3U71A 5OZ6A 2WKZA 3MXDA 3APPA 1APWE 3GI4A 1HVJA 5P2VA 4Y4XA 4R92A 4EXHA 3KFPA 5P3HA 4DJOA 3CMSA 4Y39A 5P4QA 3ZLQA 1K2BA 2RSPA 2VIZA 5OZKA 5HU1A 3LZVA 5P3JA 2MIPA 4Y4TA 2I4XA 5COOA 2V10C 1MSNA 5OZ0A 1FQ5A 1NSOA 2O4NA 5P4YA 1APUE 1AIDA 3BUFA 3L5EA 4CPQA 7UPJA 2BKTA 3K5CA 5P44A 2Q3KA 4HLAA 2UY0A 3OU4A 4Y5BA 1IZIA 1WBKA 3OY4A 1GVUA 4BELA 5KOSA 5P1AA 3K5GA 2G22A 1IIQA 3MXEA 5P28A 5PEPA 2VA6A 5P1DA 5OZ3A 5P2BA 4DJXA 3AUPA 5P1KA 5IVRA 2IEOA 3KMYA 1GKTA 3HW1A 2APRA 5P3TA 4DJUA 5J25A 5P6UA 5P6BA 5P88A 2I0AA 3HAWA 2AOEA 4Y4GA 4HEGA 5P1SA 3EXOA 5OZBA 3OXCA 3NLSA 5P2RA 2RENA 4HA5A 2G1SA 3TTPA 2R8NA 5HDXA 5HE5A 3PB5A 2WL0A 3TOHA 4AMTA 3T11A 1C6ZA 5P61A 1T6GA 1M0BA 4LXMA 2WF0A 1HTRB 3QRSA 5HU0A 1SDUA 4Y3PA 4R91A 5P7YA 5OYWA 4A6BA 1HIHA 3GGVA 3ZKSA 1C70A 5P3ZA 5P7EA 3UF3A 2OAHA 5P4UA 5I3WA 2G69A 4RLDA 2FNSA 2B60A 1ZBGA 1IZDA 1BVEA 1ODXA 3OXXA 5P2AA 5P4VA 1HHPA 4L7GA 3IN3A 2IKOA 3S56A 3LHGA 5AHBA 1HSIA 1FKNA 5OZYA 1D4KA 3UPJA 1TCXA 5HDVA 5P6HA 5B18A 1HOSA 4I0JA 5ER1E 4FE6A 2P3BA 3ECGA 4CKUA 2OHLA 4BFBA 3PM4A 1EPME 1K6TA 1K6VA 5P62A 2VNNA 3S7MA 4B1CA 5P07A 2IQGA 4YBIA 4Y3RA 4QJAA 2QI4A 5P1MA 5P3DA 2QI6A 3MSJA 3OU1B 1HXBA 5P1OA 5P1BA 5P75A 4GMIA 2OHKA 4TRYA 5OZXA 3UDMA 3VYFA 4GJDA 5P0KA 3JW2A 2ZGAA 5HCTA 3NU6A 2QHCA 2P4JA 3RTNA 4FSEA 1G35A 3I2LA 1MPPA 5P3SA 2AZ9A 2AVVA 4B1DA 4GJBA 4U7QA 5OZIA 4TRWA 3GW5A 4Z4XA 1E5OE 4Y3LA 1EC1A 4M8XA 1HEGE 3O9LB 5P5GA 5P09A 5P5KA 5P06A 2QU3A 4EQJA 3L58A 1DPJA 5P12A 3L5DA 4Y3GA 2PWRA 2HB2A 4I10A 4COEA 1HBVA 1HPOA 1E81E 4YD6A 5T4SA 3LNKA 3N3IA 2UXZA 2WF3A 3I6OA 4GJAA 4J17A 4A6CA 3GGUA 1APTE 3ST5A 1SIVA 1SMEA 4WY6A 4L1AA 4Y3AA 4EJLA 2FGUA 5P2GA 3D91A 1NPVA 3C9XA 3O9EA 2QK5A 3ZKNA 1MT9A 5P4DA 5P7IA 1PROA 2B8LA 5P3CA 3IVHA 1KJ7A 5P39A 2WF4A 5P6VA 3RSVA 3PMYA 1TZSA 2RKFA 5P48A 4NPUA 3D1YA 5SY3A 4Y38A 1B5FA 5AH6A 1BILA 1MEUA 1W5XA 3M9FA 3OTSA 3RSXA 5P47A 4J1HA 5P4JA 4LXAA 4J0ZA 5P6OA 2NNKA 6UPJA 3JVYA 2CEJA 2AOIA 3NDXA 5P2WA 5OZ7A 5P7OA 2G26A 4PPHA 5P7JA 1BWBA 3O99A 1EBKC 4HDFA 5P30A 3VUCA 3OAGB 4CPSA 4RCEA 4Y50A 3VEUA 2A4FA 5P0LA 2P3DA 2ZHUA 5DR7A 3QBHA 3SAAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0J A;  5DQC A;  3WZ7 A;  2FGV A;  3VV7 A;  3B7V A;  4FRS A;  2ZJN A;  1BIM A;  3VCM A;  5P71 A;  2OHP A;  2QP8 A;  4Y54 A;  2O4S A;  4DH6 A;  5P17 A;  5P5L A;  5P5V A;  8HVP A;  3NWX A;  5P2T A;  4R95 A;  1HPV A;  3INH A;  3VFA A;  5P1E A;  5KAO A;  4Q5M A;  2BB9 A;  4FIV A;  3SO9 A;  3QAA A;  5P8C A;  4DVF A;  1SIP A;  4LC7 A;  3O9C A;  3UQR A;  3HZC A;  3LZY A;  2QMD A;  2P3B B;  3T7X A;  1BXO A;  5P2O A;  5E5K A;  1XN2 A;  5P3X A;  3L3A A;  5P4F A;  5DQ1 A;  3QRO A;  5IVS A;  3RTH A;  1PFZ A;  5HDU A;  4PEP A;  5P29 A;  4Y3X A;  3CYX A;  5OZD A;  5P4G A;  3SKF A;  5P5U A;  1FMB A;  4EP2 A;  2V16 C;  4Y58 A;  4I0G A;  5P5D A;  5P70 A;  5P41 A;  2BPZ A;  5P22 A;  4PHV A;  3KDB A;  2Z54 A;  2PWC A;  4Y3Q A;  2F3F A;  1MRX A;  2O40 A;  3LZS A;  3SLZ A;  1MTB A;  5P6L A;  3OU1 A;  1LF4 A;  5SZ9 A;  1LF2 A;  4Y43 A;  4HZT A;  1AJV A;  5P7C A;  5P1T A;  3PMU A;  5P3U A;  3T7Q A;  2PYN A;  2QCI A;  4AA8 A;  1GVX A;  5P3F A;  1CPI A;  2WF2 A;  1SBG A;  5P85 A;  2Z4O A;  1T7I A;  1FGC C;  1ZP8 A;  5TOL A;  3NUO A;  2QNN A;  3VFB A;  2PSU A;  5OYR A;  3OUC A;  4LP9 A;  1EPR E;  2ZHS A;  5P4R A;  4AZY A;  4GJ7 A;  3UQX A;  2G20 A;  5P8G A;  3O9A A;  4GJ9 A;  3BXR A;  4GJ5 A;  2ZJJ A;  2ER0 E;  1ZLF A;  1W6I A;  2G94 A;  1QBT A;  5P2Y A;  1TSU A;  1IVQ A;  1EBZ A;  5P7W A;  4L1A B;  4Z2Z A;  4H3J A;  2JE4 A;  4R8Y A;  5P2D A;  1NH0 A;  1MRW A;  4LXK A;  1PPM E;  5P8R A;  2O4P A;  2I4U A;  2NXM A;  5P77 A;  2P3C A;  4GJ6 A;  4Y4E A;  4X7I A;  5EZZ A;  5P03 A;  1SDT A;  5P8P A;  4ER1 E;  5P7D A;  2AOH A;  3R2F A;  3DK1 A;  4ZSP A;  5C9F A;  5P0V A;  1QDM A;  4J1F A;  5P8H A;  5P0U A;  1GNO A;  3KMX A;  2ZYE A;  5P86 A;  1B5F B;  2WF1 A;  2IGY A;  5P2M A;  5P6J A;  1A8G A;  1BWA A;  4B72 A;  5P1Y A;  4Y5P A;  4J5J A;  3HD8 A;  4AUC A;  3Q3T A;  5P45 A;  3UQW A;  5P78 A;  4EWO A;  4ZEA A;  4APR E;  1YG9 A;  5COK A;  3FSM A;  4Y44 A;  1SMR A;  4CPR A;  5P7Q A;  2HB3 A;  3WB4 A;  5KR0 A;  3PEP A;  1OEX A;  4EJD A;  5P6X A;  3S53 A;  5P04 A;  1W50 A;  2VNM A;  1RL8 A;  4OD9 B;  1FLH A;  5OYX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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