5ER2E

High-resolution x-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor. the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor: the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Cryphonectria parasitica
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 80
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1991-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5er2E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5er2E01
1C70A 4CPWA 4R91A 3INDA 1YG9A 5JG1A 2BKTA 5P7QA 1M4HA 1B6LA 1GNOA 2I4UA 4GB2A 1E81E 5SY3A 2ZYEA 4DJXA 3UQUA 2QNNA 4GJ5A 4OBDA 4GJCA 4MC6A 4L6BA 1HVHA 5ISJA 3S8IA 2ZJIA 1EPQE 3GGVA 3UHLA 5P3SA 5P89A 3UTLA 3F9QA 5P8MA 3NDUA 2XFIA 1TCWA 4Y48A 4FIVA 3TKGA 2G24A 1RL8A 3VF3A 2P83A 2G1OA 5P8PA 3IA9A 2BPZA 3BXSA 3LPIA 3QI1A 5P64A 5OZKA 4APEA 5P12A 2J9KA 5P5MA 5P0FA 2P3CA 3KF0A 4Y5MA 2AZCA 3S7MA 5P85A 5P2EA 4FRKA 4I0EA 1OEWA 2Z4OA 3OY4A 5P2BA 4DJPA 1ZTZA 1AJXA 3ZPTA 2FGUA 4FCOA 3FX5A 4Y56A 3LHGA 3LNKA 4RZ1A 1YX9A 5P0RA 1MRXA 5P25A 4J1HA 3OTYA 2PK6A 4J17A 1ZAPA 3K1WA 2QD7A 5P0HA 1D4HA 5P6XA 4Y5KA 3GGXA 4DJYA 4HDBA 4I12A 3WZ7A 3ZKGA 4B72A 5P5GA 4YD4A 1U8GA 1FIVA 1FF0C 5J25A 4LBTA 4HEGA 1GVXA 4Y3WA 4B77A 5P0BA 5P3WA 3WSJA 5P03A 4D83A 3KDBA 2UPJA 3KFPA 4Y3DA 3O9HA 3Q4BA 5P59A 4Y39A 2ZJHA 2Q55A 4S1GA 3OHFA 4FRIA 5P70A 4R95A 3OQDA 3EKYA 4TRZA 3CIDA 5P7DA 2WHHA 2NPHA 3N3IA 3D20A 5DQ5A 2A4FA 5P0NA 4HLAA 3EMYA 5DR3A 4MC2A 3SLZA 1A8KA 5P2GA 1HSHA 4EP3A 1CZIE 1G0VA 2AVSA 3UFLA 2G27A 2G1NA 5P3VA 3Q70A 5DR1A 3CKTA 1XE5A 3UCBA 1PPKE 5P4BA 3JVYA 3TTPA 5P7SA 3SA4A 2PSUA 2IQGA 5P47A 1OHRA 4EWOA 4ZE6A 4Q5MA 2AVVA 2IKOA 2JJIA 5OZEA 4ZSRA 5P5RA 5P5YA 3ZLQA 4NJUA 3VEUA 4LL3A 1RNEA 2BPVA 4M8YA 3OADB 4RYGA 1AM5A 4Y9WA 5P7CA 4EJKA 1MESA 5P2WA 1OEXA 2P3BB 5P81A 5P8KA 1W6HA 5P5EA 1T6GA 4YA8A 1IBQA 2H6SA 1FMUA 2HC0A 1LYAA 3D1XA 4YCTA 3OUDA 5P7YA 3DCRA 2OHSA 2G1SA 3CIBA 1WBKA 2B7ZA 1E5OE 2QMDA 5P3BA 5KQXA 4HDPA 4I0HA 1ZSRA 3PSGA 4A6BA 5P5UA 4F76A 3U71A 1TZSA 2FDDA 4RCDA 2ZJLA 2Q64A 4RLDA 4H3FA 4AA9A 3K5DA 5P71A 2QHYA 5P3MA 5IVSA 2QD6A 5P22A 3INHA 3OADA 4XX3A 4I0ZA 2ASIA 3T7PA 3NDXA 1GVTA 1LYWB 2OHPA 1PPME 2WF0A 5P40A 5P0PA 3SABA 5HDUA 1D4IA 5P3RA 5P49A 4FRSA 1BXOA 5OZUA 4N00A 4Y3LA 2AIDA 3TNEA 5P5CA 3BVAA 5P3HA 4I0GA 1EEDP 3GGAA 5P6CA 2VJ6A 4Y5AA 4ZSMA 2CEJA 5P7XA 2WECA 3RSXA 3L3AA 3TKWA 5T4SA 5P37A 1EPME 5BRYA 3PWRA 3SA8A 1T6EX 5P5PA 5DPZA 3GI6A 5HDXA 1GNNA 1ZSFA 2ZE1A 3U7SA 2G69A 4X7IA 5P1QA 1ODWA 5P4MA 5DQ1A 5P8RA 5IS4A 3VF5A 4QJ8A 1K2BA 1DPJA 1LYWA 2NMYA 3VCMA 5P0WA 5P7VA 5P2ZA 2HB3A 5P7HA 1FG8C 2F3FA 3O9GA 3MSKA 4PZWA 3M9FA 1NPAA 4YBFA 3QRSA 1GVWA 4J54A 4PYVA 4I10A 5P3QA 2HPEA 4DFGA 4D85A 1HTRB 2ZHUA 5P6MA 5P4CA 3OXVA 3PM4A 4Y54A 5P6BA 5P4JA 2IGXA 5P5LA 3H5BA 4LHHA 1LF4A 5P3XA 4RRSA 5P1TA 3KT5A 3VFBA 5KOSA 4J5JA 2Q11A 4PEPA 4K4PA 3UDJA 3PVKA 1W50A 2HM1A 2B8VA 5P04A 3EKVA 4OBHA 5P2LA 5P5AA 3TPRA 2I4WA 2IDWA 4Y3FA 3OGPA 2XFJA 4B1DA 3K4VC 2WL0A 5P39A 1ME6A 3K5FA 5P2IA 2FDEA 5AH6A 4F74A 4JECA 4Y3HA 4YDFA 4YHQA 5P67A 3QP0A 5P05A 2R9BA 5OYWA 3FNUA 5P1OA 2NMZA 3MSLA 2JJJA 1B6PA 4IVTA 5P72A 2BPXA 5P7UA 2IGYA 3S7LA 3B80A 1TCXA 3R0WA 5P8SA 5OYSA 2O4PA 2BQVA 1RPIA 4TVGA 2AOHA 3LPJA 2AQUA 4DPIA 3IXJA 2PSGA 2PYMA 4YBIA 4J0PA 4B05A 3LZSA 3NUJA 4QJ9A 1G35A 2B8LA 1KZKA 3KYRA 2AZBA 2RENA 2ZJMA 5P6OA 2AVOA 2AODA 3EM6A 2AOGA 5P7JA 4Y4BA 1IZEA 3DK1A 5P3KA 2OF0A 5APRE 5P2JA 5KR8A 4OC6B 2Q54A 1IZDA 4DQEA 4H3IA 3IVHA 4FE6A 2UXZA 2AOEA 3RSVA 1SGZA 5P10A 4YE3A 5P38A 5P6EA 4Y53A 4YD6A 1C6YA 5P41A 5P8LA 5P8DA 1QBUA 1HEFE 4Y38A 4Y4UA 1LZQA 5OZLA 1T3RA 3ZKSA 4F75A 3VV8A 4Y5PA 5OZ3A 3NU6A 2O4SA 3L58A 4TRYA 5P5JA 3MSJA 3IAWA 1EBWA 5P65A 3DOXA 2CEMA 3SQFA 4RRNA 5HU0A 5P48A 5P11A 1HTFA 1EC0A 1QDMA 1K6PA 4GJ8A 5AH9A 1HIHA 1TSQA 4Y4WA 5HE7A 4BELA 5OZGA 3QVIA 4OC6A 1W5WA 1ZBGA 1FQXA 4WY1A 5HCTA 1K6VA 1FQ6A 2IL2A 5P1YA 3TPJA 5DQ4A 1ENTE 2CENA 1K6TA 2ZJJA 5P00A 3BHEA 1GNMA 3RVIA 2AOCA 3EXOA 4XX4A 4Y45A 1ZPKA 3UDRA 4FL8A 3URLA 3L5DA 4JPCA 4NJSA 5P15A 1HVSA 3WZ8A 5P1MA 1HTEA 1JLDA 1T7JA 2FIVA 4E43A 1LYBA 4H1EA 5IE1A 1E80E 3QN8A 3LZUA 5EZZA 5AHCA 4DV9A 4BEKA 3CKPA 1ER8E 2QHCA 5P52A 3VV7A 2O4LA 3ER5E 3LIQA 2OHRA 1IDAA 4LAPA 4Y4ZA 4YCYA 4YDGA 4WTUA 5P69A 4I0IA 3RTNA 5P5VA 5OZJA 4RCEA 1NPVA 1KJ4A 1Z1RA 1FQ5A 4FAEA 5P6HA 5SY2A 1YM4A 2NXMA 1FFIC 4Y3QA 3PMUA 5P1IA 1XL2A 1J71A 1BDRA 3R1GB 5P0IA 4HE9A 5IVQA 1RQ9A 4YOBA 3BGBA 4DH6A 4Q1NA 1EC3A 2QI7A 2BJUA 4AA8A 4KB9A 2ZHSA 3BXRA 2R5QA 5P29A 2O4KA 4CPQA 2QZXA 1YTJA 5F01A 5P5WA 5OZ8A 5ENKA 4L7JA 3LZVA 1HPOA 3G6ZA 4DQHA 1FB7A 3R2FA 4B1EA 5P7MA 3OOZA 3LIXA 5OZ4A 4J0ZA 3HVPA 1YTGA 3QRMA 1AAQA 3ZKIA 1HIIA 4QJAA 1FLHA 5P5XA 1Z8CA 3I8WA 5P80A 1OD1A 5COKA 4CPUA 4RVIA 1LF3A 1B11A 3VYFA 1ODXA 5P1NA 1HIVA 5P36A 2Q5KA 3OUCA 3AUPA 2VIYA 3AIDA 3FSMA 4Y4JA 3KT2A 5P3ZA 1EC1A 5P26A 3PEPA 5P8IA 2QI3A 3T7QA 4Y3NA 5P5IA 4QLHA 3EL4A 5P0LA 5P7TA 4J0TA 5JFUA 6FIVA 3FV3A 1EPNE 3D1YA 4Y4TA 3KDDA 5P50A 3NWQA 5BWYA 4NPUA 3NLSA 3KFSA 3PRSA 4RYCA 3O9DA 5OZOA 1EAGA 2NNKA 4EQJA 4GJ9A 1QBRA 4FSEA 3L59A 1MT7A 4EQ0A 3OU4B 5P3GA 5KQFA 3LINA 5P4EA 1EBKC 5P3UA 4I8ZA 1A8GA 2PMAA 3OU3A 3OQAA 4LP9A 6APRE 2O4NA 5OZAA 5P7WA 2NXDA 1D4LA 1FQ8A 3PBDA 1AXAA 1CMSA 4D89A 2ZJKA 1HEGE 4J1IA 3QIHA 2HB4A 3R4BA 6UPJA 4HZTA 5P09A 4AMTA 4DJOA 1UH8A 5SXNA 2PWRA 3UDPA 3EM4A 2SAMA 5OZWA 5P2VA 3OU1A 1BV7A 5HU1A 5P7EA 4DUSA 3S53A 5P2NA 2JYSA 1LYAB 3OUDB 4APRE 4GJBA 5P56A 2IKUA 4Y3MA 5OZZA 4Y50A 1FG6C 1SMRA 4Z50A 3O9EA 3VUCA 2ANLA 4FRJA 3K5CA 5P24A 2R43A 2IENA 2OHNA 3VLBA 3OU4A 2NR6A 5P45A 5P35A 2IEOA 1MRWA 5P3EA 3QAAA 3CMSA 1PSNA 2V0ZC 4RVXA 2QI4A 1K1UA 5P3PA 4Y57A 1XN3A 5P0DA 2NTRA 5UPJA 1K2CA 5P8VA 5P51A 1MUIA 3U6AA 5P83A 1QBSA 4KUPA 2RKFA 2QMPA 5P0EA 3DCKA 4R93A 1ZLFA 3L5CA 2AOJA 3OQKA 1HVLA 1KJ7A 3OQ7A 4GMIA 2QZLA 3QBFA 1DIFA 5OZNA 2PWCA 5HVPA 5P7ZA 3LIZA 1HTGA 5OYYA 1BXQA 5P5HA 1IVPA 5P6PA 4ZIPA 5JFPA 3UQWA 3IXKA 3NU3A 3QVCA 3SA3A 3PCWA 2OHQA 5P1WA 4DJQA 2PH6A 1Z1HA 3L38A 4DJUA 2APRA 1BBSA 4LXMA 5P33A 4K8SA 1HPVA 3SPKA 1ZJ7A 1HSGA 2P4JA 2VJ7A 5P5BA 4D88A 2IS0A 4QJ2A 1YT9A 3O9BA 4DJVA 5P2OA 5JODA 1XN2A 3ST5A 2QAKA 5DR7A 5P14A 3HAWA 5P1PA 4EJ8A 5P6GA 3OXCA 5OZMA 4Q1YA 4Y41A 5C9DA 5P1AA 4DJRA 4EXHA 5P7GA 4OBJA 4BFDA 1BVGA 5E5KA 2NXLA 3RTMA 1BILA 2OHMA 4HA5A 1MEUA 5P61A 3L5EA 5P1XA 7UPJA 1APUE 4XKXA 5AGZA 5P7IA 3PMYA 3SAAA 3FIVA 3I25A 1IVQA 3UDQA 5P28A 3PB5A 5OZQA 4LXKA 5OZ7A 3TPPA 2V16C 5OZYA 4Y6MA 4CKUA 4CPTA 1HVCA 1W5XA 2VKMA 4U7QA 3PHVA 4Z4XA 4ACUA 2V13A 5P4DA 2BBBA 1GKTA 1EPOE 5P2QA 3JVWA 3S45A 2VA6A 3O99A 1W5YA 1B5FA 3S2OA 5ISKA 1DW6C 1HXBA 2QU2A 5P5QA 5P4OA 4QJ7A 2OAHA 4NPTA 5P82A 3I7EA 2V11C 3BGCA 4OBFA 1APVE 3EL9A 4HVPA 3L5FA 5P46A 1AZ5A 3DV5A 5P2DA 3SACA 3NDWA 4DQFA 3PGIA 1QBTA 3APRE 2QHZA 3OXXA 1A30A 2WF4A 1KJGA 4DPFA 5P1DA 4ZEAA 4B78A 3BUGA 2QI0A 3O9IA 5P2SA 3NXEA 3NUOA 5P6LA 5OYQA 3SKGA 1HBVA 1B6MA 3ZKXA 2AOIA 3NU9A 3G70A 5P8FA 3NSHA 5P88A 5P3NA 2JE4A 2VIJA 4JPEA 5I3YA 5P1KA 5AHBA 1A94A 5P0UA 5P5OA 4DQGA 4DI2A 1BAIA 1M43A 4NJVA 5P2RA 2F3KA 2VS2A 5OZVA 4RCFA 2HAHA 2AZ8A 2ER7E 5P8OA 5P79A 3TOFA 1C6XA 3BUHA 3FKTA 4LC7A 2BB9A 2WJOA 3KN0A 5P3CA 3TPLA 1SP5A 1FMBA 1K6CA 5I3WA 1EPRE 5DR4A 3WB5A 4H3GA 1SDVA 5DGWA 3UFNA 3IGBA 2OHTA 1WKRA 2ZHRA 4I0JA 3NWXA 3VYEA 4ZPGA 1DMPA 5P2HA 3GI5A 3ZKNA 1LV1A 5P3JA 1BWAA 5P2AA 2G1RA 4ER4E 2HPFA 1M0BA 3O9FA 1QRPE 3RTHA 4CMSA 2WF1A 3DV1A 4ZSPA 3GI0A 2ER9E 4GJ7A 1HXWA 3SA6A 4CPSA 4Y3PA 5P6AA 4Y4DA 5P4AA 2PC0A 4Y37A 1FKNA 2IRZA 1PPLE 5SZ9A 5F00A 1YTHA 5P7PA 5I70A 4IVSA 3UF3A 3KM4A 4J0YA 2R8NA 3TOGA 5OZHA 4NKKA 5P4QA 4I1CA 1MSNA 4DQCA 5OZDA 3L5BA 1ZPAA 5OZIA 2F80A 1UH7A 2ZGAA 1MT9A 3EBZA 5P4NA 2AZ9A 5P6FA 2I4QA 3S43B 3LPKA 4LXAA 2WEBA 5P19A 3FNSA 5P68A 5P0VA 1LF2A 5P1RA 1LYBB 4Y58A 1NH0A 5P4VA 5P8EA 5P07A 5KR1A 2ER6E 3N4LA 4OBGA 5P87A 4R92A 3VSXA 3SKFA 4ER2E 3KMXA 4M8XA 2WF2A 3I6OA 3UDYA 3HBOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C70 A;  4CPW A;  4R91 A;  3IND A;  1YG9 A;  5JG1 A;  2BKT A;  5P7Q A;  1M4H A;  1B6L A;  1GNO A;  2I4U A;  4GB2 A;  1E81 E;  5SY3 A;  2ZYE A;  4DJX A;  3UQU A;  2QNN A;  4GJ5 A;  4OBD A;  4GJC A;  4MC6 A;  4L6B A;  1HVH A;  5ISJ A;  3S8I A;  2ZJI A;  1EPQ E;  3GGV A;  3UHL A;  5P3S A;  5P89 A;  3UTL A;  3F9Q A;  5P8M A;  3NDU A;  2XFI A;  1TCW A;  4Y48 A;  4FIV A;  3TKG A;  2G24 A;  1RL8 A;  3VF3 A;  2P83 A;  2G1O A;  5P8P A;  3IA9 A;  2BPZ A;  3BXS A;  3LPI A;  3QI1 A;  5P64 A;  5OZK A;  4APE A;  5P12 A;  2J9K A;  5P5M A;  5P0F A;  2P3C A;  3KF0 A;  4Y5M A;  2AZC A;  3S7M A;  5P85 A;  5P2E A;  4FRK A;  4I0E A;  1OEW A;  2Z4O A;  3OY4 A;  5P2B A;  4DJP A;  1ZTZ A;  1AJX A;  3ZPT A;  2FGU A;  4FCO A;  3FX5 A;  4Y56 A;  3LHG A;  3LNK A;  4RZ1 A;  1YX9 A;  5P0R A;  1MRX A;  5P25 A;  4J1H A;  3OTY A;  2PK6 A;  4J17 A;  1ZAP A;  3K1W A;  2QD7 A;  5P0H A;  1D4H A;  5P6X A;  4Y5K A;  3GGX A;  4DJY A;  4HDB A;  4I12 A;  3WZ7 A;  3ZKG A;  4B72 A;  5P5G A;  4YD4 A;  1U8G A;  1FIV A;  1FF0 C;  5J25 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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