5EZXA

Crystal structure of bace-1 in complex with {(1r,2r)-2-[(r)-2-amino-4-(4-difluoromethoxy-phenyl)-4,5-dihydro-oxazol-4-yl]-cyclopropyl}-(5-chloro-pyridin-3-yl)-methanone
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA02
4GIDA 1RQ9A 4I0EA 4ACUA 5P57A 3NDUA 4PZXA 1Z1RA 5P7FA 3SFCA 2PQZA 4Y44A 3GI0A 3OQAA 3TL9A 1DAZC 5KQZA 5P36A 5COKA 4KUPA 1ENTE 2MIPA 3ZPUA 2R8NA 5P2ZA 3O9IA 3BUGA 2FGUA 2G26A 3OTSA 2P3BB 3BHEA 3GGUA 2OHTA 5P13A 1OEWA 4DJWA 2VKMA 2VJ9A 5AH7A 2QU3A 1FG6C 2I4UA 5P63A 2AOGA 3D1XA 5P3HA 3DV1A 1C6YA 4Y5CA 3FX5A 5P8LA 5P0HA 3URLA 5P6SA 3KN0A 5CONA 2BPYA 5P7XA 5DR3A 5HD0A 5P80A 2G27A 5P84A 5P4LA 2WF4A 5ENKA 5C9BA 1LYAB 5P4KA 1TCXA 1T7KA 1PPME 3INDA 2QI6A 5P8KA 3IA9A 2I0AA 4Q1XA 5P8NA 4MC2A 4B77A 2FDPA 1HTRB 5P3FA 5P1YA 4YHQA 7UPJA 4K4RA 2R3WA 2PWCA 1IBQA 1PSNA 2PYMA 4A6CA 2B7ZA 2BPZA 5P5BA 5P04A 3ER3E 5AH9A 4L7HA 5P0JA 2O4LA 2WL0A 4N00A 3SO9A 3OU4A 5P0LA 5P0WA 5P89A 4U7VA 2Q54A 5P7CA 2NTRA 3WZ7A 3FIVA 4FRJA 5P11A 5P2JA 4BEKA 3TPJA 2CENA 5P18A 5HVPA 3BXSA 5P0IA 2G24A 4Y5LA 3SA8A 3MSLA 5P8EA 1T7IA 4GJ9A 3UFLA 2AVOA 3CKPA 5P4ZA 3SABA 2Z4OA 5P8SA 2ER7E 2AIDA 1G6LA 4EQJA 3TPPA 4Y3FA 5IVRA 3L38A 5OZPA 3ZPSA 5P0VA 5P7YA 5P6HA 5BS4A 3GI4A 2J9KA 1CMSA 1IDAA 2G20A 3O99A 4RVXA 4Z50A 1EBWA 5P2MA 2PMAA 6FIVA 2QMFA 3TTPA 5KQXA 4Y3LA 4FS4A 1HTFA 4I12A 5AH8A 4Y36A 4Z4XA 3K1WA 1MIQA 3IGBA 2PH6A 4YD5A 5P4BA 1HEFE 3K5CA 1W5WA 3NU5A 3PSGA 1LYBA 3VCMA 5P23A 5P6KA 5P19A 3UQXA 5DR8A 3U6AA 3OUAA 4B72A 2O4NA 3UTLA 4DFGA 5P5IA 4ZPFA 1WBKA 1HVKA 3KT2A 1AAQA 3VF7A 5HE5A 4Y4DA 3O9GA 3IXKA 4ZPGA 4WY1A 1MT9A 1GVVA 3NYGA 5P75A 3EKVA 5P7DA 4J0ZA 3UQUA 1N49A 3QVIA 1HVJA 3IN3A 4ZSQA 4X7IA 2IGXA 5KR8A 1SH9A 2G1SA 4QJ2A 2P3AA 8HVPA 4COEA 2PYNA 4DJUA 5P3LA 2WEAA 1LZQA 3PRSA 5OYVA 1E5OE 2IGYA 4CPTA 2ZJNA 1T6GA 5OYXA 3HBOA 3T7XA 5P0NA 4J54A 1OEXA 1D4YA 3SKFA 5OZ6A 5P3JA 4CPRA 5P4SA 2Q3KA 1HIHA 3RSXA 4EJDA 3O9FA 1HXWA 5P7IA 4B70A 2WECA 1C70A 5P5RA 1HWRA 4NPTA 2NXMA 5P6RA 4Y3PA 5P2GA 2OHPA 1FQ4A 1MTBA 3B7VA 3NSHA 3O9BA 3QBFA 1AM5A 3DCKA 5P1TA 1UH7A 5P8BA 3OQKA 2VA6A 3LIZA 1VIJA 1JLDA 1T6EX 3KDCA 5P70A 1A30A 2QU2A 3RTHA 3MWSA 3IVIA 5COPA 3APRE 1GVXA 2QD7A 3T3CA 4AUCA 1HPSA 3BRAA 4YBIA 2RENA 1M4HA 5DGUA 4GJ6A 4OD9A 1DW6C 4DJRA 4D83A 4ZEAA 2HPEA 5P3DA 1TZSA 5P5WA 5P77A 4JOOA 4FAFA 3HW1A 2F3EA 4Y43A 5P2HA 4QGIA 4L1AB 1D4LA 5P5FA 3RTMA 2A4FA 2CEJA 1SMEA 5P8TA 5OZNA 3PBDA 1BXOA 3EKWA 2R38A 1NH0A 5JG1A 3GGXA 2Q5KA 5P4TA 3APPA 4Y41A 4K4PA 4Y38A 4HDFA 3HZCA 5AGZA 5I3WA 3SM2A 5P7TA 5E5JA 1IVPA 4OD9B 1MT8A 5P0KA 2PK5A 5P43A 4EJLA 4KE0A 1GVWA 1AXAA 3KDBA 1MSNA 2QHYA 5P8CA 3FNUA 3URJA 5KAOA 3BUFA 2VA7A 5B18A 3NDTA 4CPQA 2HS1A 5F01A 5P61A 2FDEA 3FV3A 4Y3RA 4EJKA 5P3WA 2FXDA 5P0MA 1MSMA 2FIVA 5P6PA 2QD6A 1YM4A 3VYDA 4ER2E 3INFA 5P38A 4J1IA 5OZCA 5P1FA 5P4OA 9HVPA 1FF0C 2OHQA 3HVGA 2PWRA 5P09A 1K6VA 2A1EA 2ZHRA 5P5EA 3S43A 5P4VA 1WBMA 5P15A 4B78A 2NNKA 5DPZA 1NSOA 4J55A 3NU4A 3PI0A 3UDYA 4JECA 2NMYA 1C6XA 3N4LA 5P3XA 2VIZA 4UPJA 5P48A 2WJOA 5P6JA 5P1RA 5P6ZA 1YX9A 3SM1A 4Y35A 1GNNA 5OYSA 2UPJA 3DUYA 1ZPKA 5P7KA 5JFUA 4DJVA 3EKTA 5P4MA 5I3XA 5OZIA 4YE3A 5HE4A 5P6FA 3M9FA 4RLDA 5P88A 2QI1A 2AODA 1D4HA 3IAWA 3WB5A 1ZP8A 3UQWA 4EYRA 4PHVA 3Q4BA 3HAUA 5HDZA 3L5CA 5ISKA 1D4IA 1W5VA 3R0YA 1IIQA 1HPOA 3KFSA 5P1CA 4J1EA 1K6TA 1Z1HA 4CKUA 5P8UA 3UDMA 5P7WA 3NU9A 4Y4JA 3SA5A 1C6ZA 2PSGA 2F3KA 2XFIA 1BV9A 3GW5A 5C9FA 5KOSA 3Q5HA 2QI4A 5P0SA 5DQ1A 5P3AA 3U7SA 5OZAA 2BPVA 2ASIA 5P7SA 4B0QA 3EL0A 3NR6A 1PROA 5P6AA 5SZ9A 3FSMA 1ZSFA 3NLSA 5P2XA 3S8IA 2AOEA 4WTUA 5P5SA 2AOCA 3K5DA 1IDBA 5OYWA 4Z2ZA 2I1AA 5KR0A 2OHKA 1TCWA 5P03A 4Y48A 4RZ1A 5P49A 1LYWB 1BWBA 4RRNA 4FSLA 4R92A 5OZ5A 3O9EA 2XYFA 1ZAPA 4DQGA 5P4YA 5P7MA 4PEPA 2R3TA 2BJUA 3TPLA 3UDJA 1G35A 5OYYA 3RSVA 2QZLA 5P07A 4L6BA 5OZYA 5P1XA 3A2OA 3GI6A 3KMYA 4Y53A 5P8QA 1FQXA 4M8YA 3QRSA 1B5FB 3URIA 3QN8A 2NNPA 5P4RA 4J1FA 4RVJA 3LIVA 3OHHA 3KYRA 2ER9E 3VFBA 4DH6A 1BBSA 5P66A 1KJFA 5P3PA 3PVKA 5P31A 2ER6E 1BV7A 2RKGA 3LZUA 4APEA 2P4JA 3LPIA 4F76A 2VA5A 1HIVA 2BB9A 5P3CA 3D1ZA 4J1HA 3VEUA 1LEEA 5P01A 3SACA 3SPKA 1KJ7A 1UH9A 4OC6B 1MPPA 1FKNA 5P6NA 1PFZA 3VG1A 1LYAA 3OAGB 5P1HA 1CZIE 1HVSA 2HB2A 2O4PA 5OZ4A 5TOLA 4A6BA 5P2EA 3VV6A 2R9BA 2ANLA 1FB7A 2ZHVA 4TRWA 3GGAA 4Y3YA 2Z54A 3S56A 5P6MA 3OY4A 4J0PA 3ZKSA 1PSOE 4XXSA 3LPJA 1ZLFA 3OK9A 5P2IA 4D85A 5COOA 3PI5A 4R5NA 3FNTA 3K4VA 4Y3HA 1PSAA 3L5FA 3S7LA 5P1LA 3EMYA 4Y3NA 3ZKGA 4Y50A 2B7FA 4YD3A 5P87A 4Y3QA 4FGXA 1M43A 3OWNA 4OBZA 2PSVA 4FRIA 3NUJA 5P5DA 5P51A 2I0DA 3OQFA 5P8HA 5P79A 5P6YA 2QP8A 3KT5A 4A4QA 5OZOA 4ZIPA 2PK6A 4F75A 2BPXA 3OQDA 4EP3A 1QBTA 5P3SA 5P0QA 5P22A 5P6UA 4Y47A 5P37A 5P54A 5OYZA 5BRYA 2PH8A 3ZKXA 5OZ1A 3T7PA 4DJYA 3LZVA 5F00A 1W5YA 4PPHA 2I4WA 4APRE 1K6PA 4Y51A 1YTHA 3KF0A 5P68A 1FQ5A 4FRKA 1W50A 4D89A 3Q3TA 5OZQA 2R5PA 1HVIA 5P0AA 1HOSA 1ER8E 5E5KA 4RYCA 4OBZB 3OOZA 1M0BA 2IQGA 3PSUA 4DJXA 4RROA 1EPPE 3HD8A 5OZBA 4I1CA 5P64A 4LHHA 5HTZA 3VSWA 3UCBA 4H3FA 5P4QA 5P1ZA 4DJOA 3HAWA 4CPUA 2AVSA 3VV7A 3MSKA 3TKGA 5KOQA 3QROA 2OF0A 3WZ6A 1B11A 4GJ8A 4YDGA 2WHHA 1EC1A 3EM4A 4OBKA 5P28A 5P02A 5P5VA 1QDMA 1HTEA 3OOTA 3K4VC 1QS8A 3K5FA 3PM4A 3LNKA 5P25A 1IVQA 3QRMA 4H3JA 4AA8A 5P47A 5P8RA 3MSJA 4I8WA 5P2KA 5P1MA 4FL8A 4CMSA 3OXVA 1B6MA 2FDDA 4YA8A 4LXKA 5P2AA 5P0TA 3WZ8A 5P2BA 3VFAA 1YTGA 3U71A 3C9XA 3UDNA 3PLLA 2G1NA 3EL9A 4ZPEA 2VIJA 5P35A 3KA2A 3NXEA 3I6OA 4QJAA 1FGCC 5P6XA 3IXOA 3R4BA 2IKOA 5P6CA 5P3GA 5P42A 4YD4A 5OYTA 3IN4A 4GZFA 4OBDA 3KM4A 2FXEA 3O9AA 5P5AA 5P7QA 4ACXA 4TRZA 4CP7A 5P8JA 5HU1A 5AHBA 4GYEA 4YCKA 1XL5A 2B42A 1GNOA 5OYQA 4DQBA 1IZDA 1MEUA 2AQUA 5P3MA 4YD6A 3SQFA 1IZIA 4FCOA 2QMDA 3SA9A 2ZJJA 5P4FA 3QRVA 4I8ZA 4K8SA 4XKXA 2NMZA 3LIXA 3DM6A 3EKXA 5IS4A 5HDVA 2F81A 5P44A 5P00A 4R95A 5P6OA 4L1AA 2G22A 1ZSRA 1SGUA 1RV7A 5P8GA 4DJQA 4Y3JA 3ZL7A 3HVPA 3LIYA 3NUOA 1UPJA 4NPUA 3VLAA 5DQ4A 3ZKMA 3DJKA 3SA6A 2BBBA 4R91A 4K9HA 5AH6A 3OU3A 3L5EA 2QHCA 1HXBA 3VYFA 5IVQA 3QAAA 2G1YA 5P4EA 2VNMA 5DR4A 2VJ7A 4GJAA 5P73A 4BFBA 2OHRA 4EHCA 5OZZA 1HHPA 3PCZA 1VIKA 5I70A 4OBGA 1DIFA 1EPRE 5IVSA 1BDLA 5P2LA 1PPLE 1FQ8A 1BILA 3KFRA 4JPCA 5P7BA 4ZLSA 2AOJA 4FIVA 4J0TA 5P1PA 1FQ6A 2HAHA 5P32A 3L3AA 3CMSA 1AZ5A 3PHVA 5P30A 3WB4A 1AIDA 5EZXA 1K2BA 4ZSMA 3I25A 3PEPA 6APRE 4Q1YA 3DOXA 4HDPA 4CPSA 4H1EA 5P5TA 4Y5NA 5ENMA 1XDHA 5P6IA 4DPFA 4J5JA 5P85A 3CYXA 3QIHA 4Y37A 5P3KA 1FMUA 4DQCA 3H0BA 5P0BA 1EC2A 2BPWA 2F8GA 5C9DA 3AIDA 3EL4A 3T7QA 5P6VA 4GJCA 5P5PA 1IZEA 2WF3A 1E82E 5KR2A 4D8CA 4Y3XA 5OZVA 3F9QA 1BXQA 1EPOE 2OHNA 5P5OA 4Y57A 4ZE6A 1W51A 1EPLE 5P74A 5P1EA 4D88A 4Y5EA 4GJDA 1ODYA 4TVHA 5P6BA 3NU3A 1EPNE 5P3QA 4EXGA 1EAGA 3UQPA 5P3ZA 2V12C 4GJ5A 1ZPAA 4Y3WA 5P45A 5P4CA 5P5YA 1LS5A 5OYUA 5P7LA 3MXEA 1MT7A 3SLZA 5P1GA 5P5QA 2H6SA 2ZJLA 3S45A 3EM6A 1TQFA 1D4SA 3ECGA 4XX3A 4CPXA 5P2OA 5P5KA 1B6PA 4OBJA 5P58A 5P6WA 1GKTA 4Q1WA 1XS7D 3EKQA 5FIVA 1W6IA 2HB3A 1TW7A 2RKFA 4AA9A 3R2FA 2G21A 1YG9A 3LIQA 4YD7A 5DR7A 4EQ0A 5P5ZA 3OTYA 4KE1A 5P60A 3S7MA 4DUSA 2R5QA 1RNEA 4DQEA 1FMXA 5P50A 3AUPA 4FM8A 1B6KA 4YDFA 3I7EA 5P3OA 3UF3A 3S53A 1LYWA 4NJUA 1TSUA 3HLOA 5KQFA 1ZJ7A 3NWQA 1DPJA 3G6ZA 4Y3ZA 3DV5A 3PB5A 3OQ7A 4ZSPA 2QI3A 5P34A 5P1OA 5P56A 2WEDA 2AZCA 1G0VA 2VNNA 5BWYA 1KJGA 4B1DA 3ZKNA 4LC7A 5HCOA 3LINA 5IVTA 4Y45A 5P4JA 5P82A 1RL8A 1MESA 5P8OA 2OHSA 1NPWA 5OZMA 1SP5A 2O40A 4EPJA 4I0IA 2QI5A 3CKRA 2Q11A 1B5FA 4HVPA 3OGQA 3UDKA 1FFIC 3OXWA 3S54A 5P1QA 4BELA 3EL5A 4Z22A 4GB2A 2P3DA 4B1CA 4QJ7A 1LV1A 2ZJKA 4R93A 3UDQA 5P4DA 5P5HA 5P81A 3T11A 1MRXA 3EKPA 4I11A 3BGBA 3SKGA 5P0EA 3LZSA 5UPJA 1RPIA 2HM1A 4ZSRA 3ER5E 1HIIA 2F80A 5P7UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GID A;  1RQ9 A;  4I0E A;  4ACU A;  5P57 A;  3NDU A;  4PZX A;  1Z1R A;  5P7F A;  3SFC A;  2PQZ A;  4Y44 A;  3GI0 A;  3OQA A;  3TL9 A;  1DAZ C;  5KQZ A;  5P36 A;  5COK A;  4KUP A;  1ENT E;  2MIP A;  3ZPU A;  2R8N A;  5P2Z A;  3O9I A;  3BUG A;  2FGU A;  2G26 A;  3OTS A;  2P3B B;  3BHE A;  3GGU A;  2OHT A;  5P13 A;  1OEW A;  4DJW A;  2VKM A;  2VJ9 A;  5AH7 A;  2QU3 A;  1FG6 C;  2I4U A;  5P63 A;  2AOG A;  3D1X A;  5P3H A;  3DV1 A;  1C6Y A;  4Y5C A;  3FX5 A;  5P8L A;  5P0H A;  3URL A;  5P6S A;  3KN0 A;  5CON A;  2BPY A;  5P7X A;  5DR3 A;  5HD0 A;  5P80 A;  2G27 A;  5P84 A;  5P4L A;  2WF4 A;  5ENK A;  5C9B A;  1LYA B;  5P4K A;  1TCX A;  1T7K A;  1PPM E;  3IND A;  2QI6 A;  5P8K A;  3IA9 A;  2I0A A;  4Q1X A;  5P8N A;  4MC2 A;  4B77 A;  2FDP A;  1HTR B;  5P3F A;  5P1Y A;  4YHQ A;  7UPJ A;  4K4R A;  2R3W A;  2PWC A;  1IBQ A;  1PSN A;  2PYM A;  4A6C A;  2B7Z A;  2BPZ A;  5P5B A;  5P04 A;  3ER3 E;  5AH9 A;  4L7H A;  5P0J A;  2O4L A;  2WL0 A;  4N00 A;  3SO9 A;  3OU4 A;  5P0L A;  5P0W A;  5P89 A;  4U7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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