5F01A

Crystal structure of bace-1 in complex with (1sr,2sr)-2-((r)-2-amino-5,5-difluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-1,3-oxazin-4-yl)-n-(3-chloroquinolin-8-yl)cyclopropanecarboxamide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
384
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 384
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f01A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f01A02
5P8KA 3UDJA 1D4LA 3CKRA 1APVE 3VYEA 3UDYA 4H3FA 3IVIA 5P3NA 4Y56A 5P4NA 1MERA 1A8GA 2Q15A 1HPSA 5P75A 2RKGA 5P0MA 5P54A 3OOTA 3VEUA 5I3WA 4Y3PA 3S7LA 5P6EA 1PSOE 4NJSA 3BHEA 4GJDA 2QAKA 3PI0A 3VYFA 5OYZA 2WF1A 1A94A 3FIVA 1EC1A 5P50A 4Y35A 4R95A 3RVIA 3TKGA 3WZ7A 4L6BA 5DQCA 2ANLA 1BWBA 4NPTA 2J9JA 5P25A 1ZPAA 5HU1A 1LV1A 1B6LA 3TH9A 3NUJA 3UCBA 5P04A 2WEDA 1CPIA 3EL4A 2Z4OA 5P4QA 1MPPA 3JVWA 2Q63A 3VSWA 3SABA 5P8RA 1ME6A 4Y57A 4J55A 4Y4WA 5P2TA 5P78A 2IGYA 3H5BA 4Y3YA 3EL1A 5P0UA 4Y3WA 4JOOA 4Y5LA 3BXSA 4D83A 3NDWA 5P8EA 1UH7A 5IVTA 4J1KA 5HCTA 1PPKE 5P8AA 4DJXA 3EM3A 5P7PA 1EBZA 3PSYA 5HE4A 2ER6E 1PSAA 5P64A 5P4UA 5BS4A 2ZHUA 5P4PA 3OU1B 1MSMA 2R9BA 5P2CA 1KZKA 4RRNA 3G72A 4RYGA 5P31A 3MXEA 3OY4A 4YDFA 5P05A 3OGQA 5P6VA 5P1NA 1EBYA 4FIVA 3KT5A 1Z8CA 3O9DA 5FIVA 1KJ7A 5P0AA 5KQYA 1M4HA 5OZSA 4Y4TA 3LPIA 1BV9A 4I0EA 4Q1WA 4DJWA 3PVKA 5P4SA 4U7QA 3FNUA 5OYSA 3R0YA 1APTE 3PLDA 5P6WA 2UY0A 2QNPA 2WJOA 3TLHA 2JE4A 1B11A 1IVPA 5P46A 1K6CA 2RKFA 4Y5PA 5EZZA 5P58A 5P17A 3OTYA 5P84A 5P2VA 5P2FA 3OXVA 5P0IA 5CONA 5OYUA 3VCMA 4Y3JA 2FDPA 5P2EA 2V00A 2AOFA 3T6IA 3IXJA 5P8OA 5OZEA 5P5LA 4I0FA 1BXOA 4GIDA 1WBMA 1XE6A 2BPVA 5P0FA 4Y5MA 5P0OA 1MUIA 4Y3LA 3K5FA 2P3BA 1LYAB 5OYQA 3S43A 3FNTA 5I3XA 5P0XA 5P14A 5P29A 4I8WA 5P6DA 1HXBA 3NWXA 3VF3A 2I4UA 1QBRA 5P32A 5P1XA 2HB4A 3A2OA 2QU2A 4OBHA 2PYMA 5P5TA 1FQ5A 4FRKA 4QJ2A 2H6TA 5P3VA 1TSUA 4I0ZA 5OZGA 1DW6C 5P1KA 3UTLA 4GJCA 4DPIA 4NJVA 2ER7E 1MESA 1HPVA 4F75A 4NKKA 5P3XA 3UDQA 1YG9A 3RTNA 2A1EA 5J25A 2PYNA 5P7BA 4I0DA 4TRYA 5P08A 1A30A 4JECA 2VNMA 5P23A 3VV8A 4KB9A 4RGHA 5P5HA 3EL0A 4Y4AA 4XXSA 4YCYA 4I8ZA 4Y36A 5P66A 5BRYA 1BV7A 4WY6A 3BVAA 5P5UA 3U7SA 2FGUA 3AIDA 4OC6B 4JPCA 5P26A 3K4VA 2PMAA 1HTEA 1GVWA 1OEXA 5P6LA 4ER4E 4Y5EA 1HOSA 4FSEA 4F74A 1FG6C 4GJAA 5P63A 1HWRA 5P7IA 4EXGA 1B6KA 2IDWA 3KFNA 5P3ZA 3K5CA 1HVCA 5P3PA 1HVIA 4AA9A 5P1FA 5P4EA 3O99A 4B0QA 2IQGA 1EPLE 3VUCA 4D88A 3QIHA 5OZOA 3OADA 4XKXA 4LBTA 1WBKA 5P5OA 5P0QA 2OHUA 3KM4A 5OZWA 4QJ9A 1D4JA 4U7VA 1GNOA 2F8GA 4Y9WA 3GI5A 5P7UA 1QBTA 1UH9A 5DGUA 3URLA 3NR6A 3CMSA 5SY3A 4YOAA 1XL5A 2PK5A 1LYWA 2VA7A 3ZKMA 2HS1A 1ODXA 1K6VA 3FV3A 5P3RA 4Y3NA 2OF0A 1HVJA 1PPME 5P8TA 1W5VA 4RVIA 3OTSA 5P1CA 5P77A 5P2AA 1EAGA 1SMEA 5P1MA 3OHFA 1FMBA 6FIVA 1XDHA 2G1OA 1GVUA 2G27A 4BFDA 3SKFA 3G70A 4RYCA 4Y3XA 3INHA 5P5AA 3S54A 3IAWA 1FQ7A 3K5GA 5E5JA 4ZIPA 5IVRA 2ZHRA 5P02A 2JJJA 3GGAA 5P20A 3I7EA 5P48A 5P0LA 2P83A 5P2XA 2AOEA 5P7YA 3VFBA 2XFJA 4ER1E 4ZLSA 5P8DA 5AH9A 2WEAA 3T11A 5P8FA 5OYYA 3WZ8A 1B5FA 1AJXA 4F73A 1SIVA 4Y54A 3SFCA 2AZBA 2QZWA 4YD7A 2P3AA 4J1EA 2VJ7A 5P1OA 1TSQA 4Y3DA 5P0GA 5P82A 4EJLA 4YOBA 3HAWA 4GJ8A 5P1UA 1AXAA 5P06A 4YD3A 1LZQA 4AA8A 5E5KA 1RQ9A 5P7AA 3I2LA 4L7JA 1IZEA 4N00A 1MSNA 5P2DA 4LAPA 4B77A 3DK1A 2FS4A 2VIEA 4BEKA 3INDA 5P7DA 2B8VA 4LXMA 1NPVA 3OU3A 5P0CA 2EWYA 1SIPA 2NNPA 5P3DA 1HIHA 2HIZA 3KFSA 5P4MA 1DP5A 5P19A 4EWOA 2PWCA 3NLSA 1J71A 4ER2E 4DQBA 2OHRA 3NDTA 2VJ9A 4DJVA 5P33A 1OD1A 3L38A 1FQ8A 3APPA 5P2SA 2VJ6A 5AHAA 5P4WA 5OZ6A 4ZEAA 2FDDA 1EPME 5P5WA 5DR3A 3LINA 3K1WA 5P0EA 1A9MA 2FGVA 4EQJA 5P4BA 3EKXA 5P85A 5KOQA 2WL0A 5P2IA 4Y4ZA 2RSPA 5P4RA 5P2MA 3VYDA 4FM7A 1FFIC 3OAGA 2HAHA 5P4DA 3DV5A 1M43A 3IGBA 2P3BB 3DJKA 3OQ7A 3S43B 5KR1A 2AZCA 2G1YA 2OHNA 5P2WA 3IA9A 5P1QA 2QMDA 1SH9A 2ZYEA 5P3UA 5P3CA 1DIFA 5P3WA 1HIIA 2Q64A 5P7TA 5OZ5A 1FG8C 3MWSA 2F80A 5P4CA 2AIDA 3PBZA 2CEMA 4DQGA 2AODA 1MRWA 2I0AA 4Y4XA 4GMIA 1HHPA 4LXKA 4OD9B 3HLOA 2VKMA 4B00A 5P6CA 4ZPGA 1K2CA 5P3QA 5P8BA 5P1JA 2V12C 5P1EA 5P7XA 4RCFA 1HVSA 3SKGA 5P1GA 4J0PA 3QVIA 3UQRA 3TPJA 5OZHA 3AUPA 1ODWA 5P5GA 5OZ4A 5P3TA 1D4SA 4HDFA 3B80A 4TRZA 2HPEA 5P7WA 5OZAA 3EXOA 3QAAA 3GI0A 4QLHA 5P1VA 4JP9A 5P4IA 5P6KA 2QI6A 1B6MA 1TCWA 3PHVA 3QRSA 1K6PA 3ZKSA 1EPNE 2HM1A 3OUAA 2V11C 5P88A 3WZ6A 4A4QA 1MTRA 3IXKA 5P73A 3SLZA 4GJ7A 5P1HA 5P22A 4CMSA 1HTFA 4FAEA 3APRE 2WEZA 4HZTA 4Z22A 4DQCA 3B7VA 5P8JA 3CIDA 4U8WA 2I1AA 5P7MA 3RTHA 3OADB 7HVPA 1FKNA 5OZ3A 3OUCA 5COPA 1BVGA 3OU4A 3PBDA 3QBHA 2F81A 5P3OA 4QJ6A 3DM6A 2SAMA 2JXRA 2ZHVA 4Y4UA 5ER1E 3VV7A 2ZJNA 2R43A 1BBSA 5HU0A 4NPUA 5P3FA 4K9HA 3PCWA 5P2OA 3S85A 1NPAA 3INFA 3ZLQA 4B1EA 4FS4A 4FRJA 1SDVA 4J0ZA 1SDUA 5P71A 4CPTA 4MC2A 2WEBA 5P6MA 3NU3A 5OZDA 3PI5A 3UDPA 1LYBA 5P0NA 4YDGA 3BGCA 3PM4A 4PPHA 4Y5NA 5P8GA 3QPJA 4Y38A 4Y3TA 1AIDA 1C6XA 5AH8A 5KR2A 2PC0A 5P56A 1FQ6A 2O4KA 2QMPA 4DJPA 4APEA 2AOJA 3H0BA 4WY1A 1G6LA 4QJ8A 4DJYA 4I11A 3PSGA 2AQUA 3KN0A 4I12A 5OZ7A 4AZYA 1E82E 4Y48A 1VIKA 5P4YA 4Y44A 3DV1A 3ZPUA 3EL5A 4TRWA 1ER8E 2WF0A 1JLDA 5P53A 4QGIA 3EKQA 1W50A 5P6RA 2R3WA 1TCXA 2AVVA 3WSJA 1IIQA 1BWAA 5AGZA 5HE5A 3VLAA 3LZUA 5P7JA 3VV6A 1APUE 5OZQA 3OXXA 4FAFA 3KMYA 3QN8A 4DJQA 5ER2E 3BGBA 3NSHA 2PSUA 5P7VA 5OYWA 4H1EA 1KJ4A 4X7IA 1CMSA 3KYRA 3NU5A 3R4BA 5P3MA 5BWYA 3T7XA 2ZHTA 5OZ8A 2P3DA 5AH7A 3Q4BA 4EP2A 5P0PA 2AOCA 2G21A 5P1AA 5IS4A 3HD8A 1HTRB 1YTHA 3TPPA 3Q70A 3KFRA 5P00A 2OHLA 4FRSA 5P7HA 3S45A 5OZYA 5P8UA 5P7LA 3O9EA 1K1TA 3GGXA 3NWQA 4IVTA 4WTUA 3I6OA 3T3CA 1EBWA 5OZZA 1W6HA 5P4FA 3BRAA 5P5JA 2UXZA 3TOGA 3F9QA 1HXWA 4PYVA 4DQHA 3SM1A 4J1CA 4L1AA 1HPXA 1LEEA 2ZJHA 4OBZB 2RMPA 5I3YA 2IRZA 3QRVA 5P8HA 2QHCA 4HEGA 1HIVA 3FX5A 5P18A 4YCTA 2BJUA 1DPJA 3OQAA 1NH0A 2VIJA 2HC0A 5P6IA 1XS7D 3SA6A 3S2OA 5OZNA 4FRIA 5P3BA 1C70A 5DQ5A 4FM8A 5P0TA 2OHTA 3UQUA 2QZXA 4HA5A 5DR8A 2JYSA 3SA8A 5DQ1A 1IZIA 4Y5BA 1E80E 1GVTA 3VLBA 4CPWA 3ER3E 5P5KA 1AAQA 3PB5A 5P72A 2FIVA 3K4VC 4DJRA 3EM4A 1MRXA 4R8YA 3OUDA 4I0HA 3NDXA 4YD5A 1U8GA 1ZSRA 4PZWA 1QRPE 2NXMA 4YHQA 4NJTA 2ZHSA 5P4OA 3O9AA 5P09A 2FLEA 3S56A 2G1RA 4ZSQA 3OWNA 4QJAA 5OZFA 2NXDA 5DR1A 1KJHA 2QI3A 1ODYA 4Y43A 2R8NA 2OAHA 4FM6A 4RRSA 5HDXA 2F3FA 3CIBA 5P4VA 4Y3HA 2R5QA 2NMZA 5P38A 2A4FA 5AHCA 5OZJA 3PWMA 1BIMA 3CICA 2FMBA 3EKTA 4Y4BA 3U71A 5P0VA 2HB3A 4A6BA 5P76A 1RNEA 5P87A 4GZFA 4MC9A 4Y37A 5P4ZA 5P89A 5P83A 2J9JB 1OHRA 2O40A 4Y4EA 3QROA 2XYFA 5COKA 5UPJA 5P8LA 1G2KA 1DMPA 4Y3AA 4Y5KA 2AVQA 2ZGAA 4YD4A 1MEUA 5P5IA 2V0ZC 1C6YA 2AVMA 5TOLA 3UHLA 5KQXA 1CZIE 5P35A 5P5ZA 1VIJA 4CPRA 4ACUA 5P6BA 2O4PA 2ZJJA 4OBJA 3NU4A 5HDVA 4J0VA 2O4SA 3L3AA 3O9HA 4ZSPA 4EHCA 3D1YA 5P6AA 5P43A 2QNNA 3SA3A 4CPSA 3OUBA 5P6PA 2F3EA 5P5EA 3DCKA 4J1IA 2HB2A 2QNQA 3ZMGA 1GNMA 5P6TA 1EC3A 1ZAPA 2FNTA 3O9BA 2V10C 2NPHA 3KT2A 3PMUA 5P8MA 4K4PA 5P6GA 1T7KA 4DV9A 3LIZA 1T3RA 3BUHA 4FCOA 5P5NA 5P5BA 2P4JA 2AZ9A 5P1TA 2OHSA 5DQ4A 2BB9A 2BPYA 3RSVA 3FNSA 3MSKA 2QZKA 5P6QA 5KQZA 5P11A 3UDKA 1HVHA 3ZKIA 1AZ5A 1HVKA 1YTJA 5OYTA 3OXWA 3OQFA 1UH8A 2PWRA 5P6HA 4FL8A 5P2KA 3SQFA 3NXNA 1D4IA 2IL2A 2O4LA 4B72A 3OQDA 5KOSA 3ZPSA 1EPOE 4Y45A 4Y3FA 1TQFA 1SBGA 5P7OA 1YX9A 4Q5MA 5P6SA 2QD7A 5P16A 2OHKA 3EKVA 2B60A 4Y3ZA 3NU9A 2Q54A 4PEPA 4J1HA 5P4JA 5P40A 3LIXA 1W6IA 4D85A 4D89A 2BKTA 2IKUA 1IVQA 4RROA 5P6UA 3TTPA 1Z1HA 3IN4A 3SPKA 5OZMA 1QBUA 3TOHA 4MC6A 5P80A 5P2ZA 2BPXA 1K1UA 3OQKA 4K4RA 4KE0A 1RV7A 2QD6A 1AJVA 2Q11A 5ENKA 3DUYA 1B6JA 1KJFA 3BUGA 3O9LA 1W5WA 3LIYA 4L7GA 5P70A 5PEPA 1F7AA 1MIQA 4Y3SA 4KUPA 5OYXA 4PHVA 4RZ1A 2G22A 5OZVA 1EC2A 4DI2A 3D20A 1B6PA 4DUSA 4H3GA 1W5YA 5HDZA 3MSLA 3I8WA 2QHYA 3S53A 5P34A 1YTIA 5P5QA 1LYAA 5P3JA 1HSIA 4L1AB 2AVOA 1C6ZA 5HCOA 5OYRA 5F01A 1HPOA 2ZDZA 4Y4DA 5P0DA 3HVPA 5OZRA 5P3LA 3O9CA 1D4KA 5P7RA 3SA9A 3TOFA 1ZBGA 5OZIA 5HVPA 2FNSA 4ZE6A 5P5VA 4DFGA 4QJ7A 2AZ8A 5P6XA 1D4HA 3SA5A 2XYEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  3UDJ A;  1D4L A;  3CKR A;  1APV E;  3VYE A;  3UDY A;  4H3F A;  3IVI A;  5P3N A;  4Y56 A;  5P4N A;  1MER A;  1A8G A;  2Q15 A;  1HPS A;  5P75 A;  2RKG A;  5P0M A;  5P54 A;  3OOT A;  3VEU A;  5I3W A;  4Y3P A;  3S7L A;  5P6E A;  1PSO E;  4NJS A;  3BHE A;  4GJD A;  2QAK A;  3PI0 A;  3VYF A;  5OYZ A;  2WF1 A;  1A94 A;  3FIV A;  1EC1 A;  5P50 A;  4Y35 A;  4R95 A;  3RVI A;  3TKG A;  3WZ7 A;  4L6B A;  5DQC A;  2ANL A;  1BWB A;  4NPT A;  2J9J A;  5P25 A;  1ZPA A;  5HU1 A;  1LV1 A;  1B6L A;  3TH9 A;  3NUJ A;  3UCB A;  5P04 A;  2WED A;  1CPI A;  3EL4 A;  2Z4O A;  5P4Q A;  1MPP A;  3JVW A;  2Q63 A;  3VSW A;  3SAB A;  5P8R A;  1ME6 A;  4Y57 A;  4J55 A;  4Y4W A;  5P2T A;  5P78 A;  2IGY A;  3H5B A;  4Y3Y A;  3EL1 A;  5P0U A;  4Y3W A;  4JOO A;  4Y5L A;  3BXS A;  4D83 A;  3NDW A;  5P8E A;  1UH7 A;  5IVT A;  4J1K A;  5HCT A;  1PPK E;  5P8A A;  4DJX A;  3EM3 A;  5P7P A;  1EBZ A;  3PSY A;  5HE4 A;  2ER6 E;  1PSA A;  5P64 A;  5P4U A;  5BS4 A;  2ZHU A;  5P4P A;  3OU1 B;  1MSM A;  2R9B A;  5P2C A;  1KZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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