5FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords RETROPEPSIN
total genus 27
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5fivA00
5E5KA 1BIMA 2G1OA 3PBZA 3EKYA 4Y45A 1ZSFA 5F01A 2G27A 5P41A 3NU6A 5P8IA 4EJDA 5P3EA 1SBGA 5P6JA 3FNUA 2OHMA 4ZSQA 4GJ9A 2WEZA 3VFAA 3KYRA 4YDFA 2WEBA 4OBZA 3EL9A 1PPME 2APRA 5P1FA 4DPIA 3HBOA 5P46A 5P51A 4EP2A 4Z2ZA 5OYRA 4FLGA 1SGZA 5P6KA 3SLZA 5P1CA 2QK5A 3H0BA 5P2UA 1PSNA 4FAFA 4Y3QA 3PMYA 2FXDA 2ZJMA 3LINA 3I2LA 5HD0A 4M8XA 2G20A 1ODXA 1PSAA 4OBFA 3HDKA 1EPNE 3K5GA 5P1JA 1LYAA 1AIDA 5DR8A 3IXOA 5P4OA 3NDTA 2OHUA 2QNNA 3KT5A 3ECGA 4UPJA 5P1GA 3LIQA 3A2OA 5AH8A 5P32A 3KF0A 4RRSA 5P7GA 4J0PA 5P75A 1GVWA 4H3JA 5P6RA 1CZIE 2WKZA 4ER4E 3TOFA 1T7JA 5P05A 4K4QA 3ZPSA 3EL1A 2B60A 5P71A 4I0ZA 4QJ2A 4CPTA 4FRSA 3O9LB 3FIVA 5P3KA 4ZPEA 1W5YA 4OD9B 2AOGA 3QROA 5P34A 5P4JA 2ZJKA 3QBHA 2ER0E 5DQ2A 3NDUA 5OYVA 5P67A 2IDWA 3HW1A 3K5FA 1A8KA 2VIZA 4KB9A 1DPJA 1SGUA 5P0PA 4DV9A 2I4UA 4U7QA 3TKWA 4Y9WA 1W50A 5OZYA 4GB2A 3L3AA 4Y35A 5P3SA 2FGVA 3OHFA 3IGBA 1AJXA 5P8TA 1C6YA 2QMFA 1TCXA 3FV3A 2WECA 3URIA 1FG6C 1GNOA 5EZXA 5P8JA 1XE5A 4EWOA 3NDXA 5IS4A 3WZ6A 3KM4A 5P2GA 3D1YA 5P2AA 4Y5NA 3OWNA 5OZBA 4EJ8A 5DQ4A 5TOLA 2B7ZA 5OZ0A 5HU0A 5P3WA 3INFA 4DPFA 5P3LA 3S54A 2ZHSA 1WBMA 5P0YA 4J1EA 1K6CA 3UQWA 5DGUA 1META 2WJOA 1FQ4A 1MSNA 2ZJIA 3UQRA 3O9FA 2XFIA 4GMIA 5P8FA 2CEJA 4Y4ZA 5OZZA 4Y3LA 5P5NA 1PSOE 4CPRA 4Y5GA 4HZTA 2BQVA 4Y3HA 5P1OA 5P50A 3SM2A 1HTFA 1FMXA 3FSMA 4TRWA 5OZIA 5P1RA 1YX9A 1FF0C 3TOGA 3Q3TA 5P3NA 2PWRA 4QLHA 5P4IA 4LHHA 5PEPA 5P30A 2G1YA 3UDKA 4RLDA 2IS0A 5P5IA 1HSHA 1QBUA 5P76A 3UPJA 3S53A 4BFDA 3VF7A 1HPXA 5P2QA 3BGCA 1FQXA 3NU4A 4QGIA 3URLA 1QBSA 1T7KA 5P5HA 5HE7A 4Y56A 4Y4DA 5P2RA 5BRYA 4FCOA 1ZPKA 5OZCA 6UPJA 1MERA 4Y5LA 2I4DA 1BAIA 4AMTA 4Y3DA 4ER2E 1FFIC 2IL2A 3UFNA 5P4YA 4OD9A 3ZMGA 1AVFA 3ZLQA 3DJKA 4RYGA 5P1IA 2RENA 5P65A 5P68A 4FIVA 1NPVA 4U8WA 3WB5A 5P5XA 1LYWB 5C9BA 1T7IA 5P6SA 1GNMA 5OZAA 3O9HA 5P7QA 3URJA 3INDA 3SA3A 4B05A 4Y4AA 4YD7A 4R91A 2P83A 4D88A 4ZSRA 3T7XA 4JPEA 1F34A 3NDWA 3CKPA 5P02A 3SO9A 4YA8A 2PSVA 1HEFE 4L7HA 5P1NA 5P59A 5P52A 2IGXA 1B6LA 4GJ7A 5P6NA 2UXZA 3QIHA 5KR2A 3OGQA 4L6BA 5P6WA 2F3KA 4JP9A 2OHNA 4FS4A 5P4PA 3MSLA 5P3ZA 5P6BA 5P8DA 5P06A 5P4UA 5P1MA 3DV1A 5I3VA 4Y3MA 5P1HA 5P3XA 3BGBA 3QAAA 3S45A 3UDNA 4EXHA 5IVSA 4NJVA 1YM2A 4QJ9A 5P3CA 3EKPA 5IE1A 1RQ9A 5P47A 4QJAA 4OBKA 2AVSA 3UHLA 1IZIA 3BRAA 5P45A 5P80A 3EBZA 1MPPA 5APRE 1W6HA 3QRVA 3DM6A 1PPLE 3QVIA 4LAPA 1E81E 4QJ6A 1A8GA 4EJLA 5P69A 2AODA 5P3GA 3BUGA 5OZHA 3OTSA 3UQXA 2P8HA 3KN0A 5SXNA 3HVGA 5P1QA 5P03A 5P6DA 4ACXA 5AH9A 5P38A 1FGCC 1BDQA 3EC0A 3TKGA 3UDYA 2BKSA 3N3IA 4Y3JA 1YG9A 5HVPA 3DOXA 5P0OA 1D4YA 4FM6A 4QJ8A 5P0HA 5P09A 1ZLFA 2Q63A 3UDHA 1TZSA 2XYFA 5P3RA 2QHZA 4CPUA 3PSYA 2FMBA 2OHKA 5HDZA 5P4KA 2Q55A 4I11A 4H3GA 5P61A 5P7EA 5DQCA 3UF3A 4TRYA 2HPFA 3L5EA 5OZOA 5P3OA 1IVQA 2QAKA 4R93A 3ZL7A 4CPSA 5I3XA 4Y51A 3LPJA 5OZRA 5KQXA 5P60A 2RSPA 2AZBA 1EPRE 4DVFA 1F7AA 5P5JA 3ZKNA 1VIJA 4YOBA 5P37A 1HVRA 5P86A 1HSGA 1MT8A 1AJVA 2QI1A 2VIJA 3TPJA 5P17A 5P3HA 2AVOA 4TRZA 2G1SA 4HVPA 2FIVA 3VV8A 2HC0A 2NPHA 5OZWA 4Y3SA 3K1WA 4GJCA 1TW7A 5B18A 1GVTA 2QMPA 4J0YA 6FIVA 4JECA 5P3PA 4HE9A 4R92A 2V16C 2JYSA 3ST5A 3SFCA 3LZYA 1BBSA 3LIZA 3OQ7A 4WY1A 3G6ZA 5OZQA 5OZPA 4CKUA 3BXSA 3OUBA 1FIVA 5P8CA 3PI5A 4JOOA 1HXBA 4EQJA 5P07A 4R5NA 4TVGA 3OUCA 3HLOA 5OZKA 3N4LA 5DPZA 3OUAA 5P7SA 3TL9A 4Y3RA 3ZKGA 1U8GA 4Q1YA 3T11A 1SDTA 3IXKA 2QNPA 2QHCA 4FM8A 4Y4UA 1TSQA 4RZ1A 3KA2A 3EM6A 4GYEA 4B00A 3D1XA 3QPJA 5P1XA 3I7EA 3PVKA 4Y3YA 2Q15A 5P89A 3KDBA 3R0YA 5P43A 5DR1A 2G94A 2PK5A 1EC0A 3RSXA 2R5PA 5P6TA 1MSMA 2JE4A 5P8HA 1UH8A 1XE6A 5ISJA 1D4KA 3NR6A 4Y37A 3PMUA 3KDDA 5DGWA 5P0DA 1MIQA 5DR7A 4LC7A 1HRNA 2Z4OA 4DJVA 1YTIA 1C70A 5P5CA 5P0IA 5AHAA 2VNNA 2NMZA 5IVTA 1QBTA 2BKTA 2HPEA 4Y4XA 5P8LA 1K1TA 5P74A 5P85A 2P3DA 3IN3A 2VA6A 5P8BA 2VNMA 5OYQA 3SAAA 5P1KA 1QDMA 5CONA 4Z4XA 3QRSA 2F3FA 1WBKA 1MVPA 5C9FA 1FLHA 3OQAA 4YCTA 4MC2A 1HVIA 4GIDA 4F73A 3CICA 1AM5A 1TQFA 3L5FA 7HVPA 1HVJA 2QZXA 7UPJA 5P3BA 4DJPA 4YDGA 1HIVA 5DR3A 5P4LA 1E82E 5SY3A 4XX3A 1SIPA 3DCKA 1RV7A 2O4PA 1BXQA 5P2IA 5P7LA 2H6SA 3BUHA 1EC2A 1IDBA 4Y4GA 5P4XA 1Z1RA 5P2DA 2NNPA 3INEA 5IVRA 4MC6A 1BV9A 2Q11A 2I4VA 2AIDA 3EKTA 3QBFA 1CPIA 5P53A 4YD4A 5P7KA 1HTEA 5KAOA 2QD8A 4I0EA 4I8ZA 3RTHA 2B8LA 2G26A 1MRXA 1GVXA 1W51A 1FFFC 4RVXA 2HS1A 3OK9A 5P2CA 4J54A 4I0HA 4Y3XA 4HDPA 4B78A 1ZJ7A 3UQUA 3VV6A 1SDUA 3ZKXA 4EPJA 3PCWA 4DJYA 3LZUA 3O9BA 3QN8A 1KJHA 2PSGA 2QNQA 3UDJA 5P36A 5AH7A 4Y58A 2PC0A 4B72A 1W5VA 2RKFA 2I1AA 2V12C 3TNEA 3BXRA 2BPYA 2IGYA 3Q6YA 4Y5AA 3EKVA 4N00A 2XFJA 5ER2E 1IVPA 2ZE1A 5P2ZA 1OEXA 1NPWA 2G1RA 3OHHA 3PLDA 5P0LA 4FL8A 5I70A 1HWRA 5OYUA 5P26A 2FNTA 1IBQA 4L7JA 3EXOA 3O9CA 5P8EA 2WF1A 4J5JA 4S1GA 2A4FA 4KUPA 3OU4A 5P28A 4PZWA 5OZGA 4I10A 5P6FA 4CPXA 5HDXA 4E43A 4K4RA 5P5BA 1IDAA 1FB7A 4FRKA 3EMYA 5P63A 4FE6A 5P6CA 5P4BA 2PMAA 3K4VA 5P0JA 2QI3A 5P24A 3M9FA 1FMUA 5ER1E 5P1PA 1G35A 5P2MA 4J55A 3GGVA 4Q5MA 4YCKA 2F80A 1EPPE 4WY6A 1GNNA 5OYSA 5P5ZA 2AVQA 1FQ8A 4ZE6A 2WL0A 5P7CA 1GVVA 4Y3FA 1D4HA 4ACUA 4OBJA 4ZIPA 3VV7A 5AGZA 5P1ZA 1LS5A 3B80A 2R3TA 4Y44A 2OHPA 5OZ3A 3S7MA 4Y57A 5JG1A 5P8VA 2ZJHA 5OZUA 4I1CA 5HDVA 1G6LA 5P8KA 2SAMA 3UQPA 4J0TA 5P0UA 1TSUA 4K9HA 4DQCA 5COOA 5P2VA 5P6YA 5P4GA 1DW6C 3CYWA 3T7PA 2H6TA 2P4JA 1SDVA 4H1EA 5P57A 4Y4BA 2AOFA 1UPJA 2AZ8A 1PFZA 3O9IA 5P2NA 5P8RA 3VFBA 2VJ6A 3R0WA 5P23A 2ZHVA 4H3IA 1EPME 1ZAPA 5P27A 4GZFA 1EAGA 2PWCA 4DH6A 2BPZA 4ZEAA 2V13A 3CIDA 3R2FA 4Y3EA 2O4NA 3TPRA 3SA4A 1LYBB 1K6PA 1BV7A 1HPOA 5JFPA 4JPCA 3K5CA 3WSJA 4NKKA 2I4QA 3VG1A 4RCFA 5P6OA 5J25A 3JVWA 2IKOA 4Y3GA 2F8GA 3LITA 5P7FA 4CPWA 4Y47A 5P81A 5P20A 5P6XA 2PQZA 5P01A 2BBBA 4APEA 5P56A 3EM4A 1G2KA 4DJOA 4HDFA 3OXCA 5P62A 4A6BA 2ZHUA 4RVIA 5P2FA 2R9BA 3PB5A 3GGUA 5P5WA 3NUOA 5ENKA 5P44A 2FDDA 4ZPFA 5P82A 1ENTE 2FDEA 2NTRA 2O4SA 5P4HA 4Y48A 5P3YA 5OZNA 3TH9A 5P0GA 1HEGE 3I6OA 3L5BA 4YCYA 4Q1WA 3TOHA 5OZEA 3SA9A 2Z54A 2PK6A 5OZXA 2HM1A 5OZ7A 3NWXA 3S2OA 4R95A 1BDLA 3EM3A 1MTRA 2ZHRA 5P8AA 2BPXA 3HAUA 5P13A 3H5BA 4I12A 3L38A 1AAQA 4I0FA 4F75A 3NYGA 5P4VA 1BXOA 3L5CA 3MWSA 2QD7A 2AOHA 2WF2A 5P14A 1APTE 5P7WA 4EJKA 2HAHA 4M8YA 4Y3TA 4CPQA 4DJWA 1BWAA 1FQ6A 1M4HA 3ZPTA 1K1UA 3VYDA 2Q54A 4DUSA 4PHVA 5P6MA 4GJ5A 1ODYA 5KOQA 3VSXA 3Q5HA 2UPJA 3OOTA 1DAZC 4EQ0A 1LF3A 5HTZA 4RCDA 5P6IA 3KMYA 4ZSMA 2OF0A 2O40A 3O9AA 5P1WA 3KDCA 3EL5A 1LF4A 4GJBA 2PH6A 4J0ZA 1Z1HA 1B6MA 3ZPUA 3QRMA 5P42A 4D8CA 1MUIA 1OHRA 1LYBA 5P1EA 1B6JA 3SA7A 4FRIA 5P5KA 1D4LA 5P6ZA 2HS2A 5P08A 5P4TA 2FLEA 3T6IA 4AZYA 5OYZA 5ISKA 3NXEA 1APVE 4H3FA 5P7DA 1BDRA 4K8SA 5OZTA 4AA9A 5P0KA 4MC9A 5SZ9A 1HVKA 1EC1A 4NJUA 5P70A 2NMYA 2VJ7A 4HDBA 1APUE 2Q3KA 2R43A 5P6PA 4RRNA 1ODWA 5P4FA 3NUJA 3QS1A 2ER7E 4YD3A 2AZCA 5P5RA 5P0MA 2IRZA 4GJ8A 4Y36A 5COPA 5P7IA 1EBYA 5DQ5A 4COEA 4XX4A 2BJUA 4I0GA 3U7SA 1B6KA 1KJGA 5P0ZA 5P19A 4LXKA 2FXEA 3CKRA 2QP8A 3R1GB 3PCZA 3NSHA 2IENA 2QI0A 4YHQA 4Y3PA 1K6TA 1HHPA 6APRE 5P5FA 3ER3E 1SIVA 5P22A 1HPSA 2I4XA 5OZ1A 5OZJA 3OUDB 3HAWA 1B5FB 3SPKA 2F81A 3LHGA 1JLDA 1OD1A 1MRWA 2XYEA 3PWMA 3PSUA 1LF2A 5P7HA 4OBDA 4I8WA 5P3JA 4LL3A 1N49A 3GGAA 4ZLSA 3APRE 1FKNA 1FMBA 3L59A 5KOSA 1RL8A 3LZVA 4KE1A 2NNKA 5UPJA 3S43A 1EBKC 4Y3NA 2P3BB 3PLLA 5P6EA 1EBZA 3PJ6A 2AVVA 3OADB 4D85A 2AQUA 4Y5KA 1AZ5A 1W5WA 5P7ZA 4J0VA 5DQ1A 1A94A 4J1CA 5P3UA 5HCOA 3VF5A 5OZDA 2G21A 1ER8E 1D4SA 1IZEA 4BFBA 4BEKA 1K2BA 4Y54A 2ZJJA 5OZ5A 5P25A 4I0JA 1UH7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E5K A;  1BIM A;  2G1O A;  3PBZ A;  3EKY A;  4Y45 A;  1ZSF A;  5F01 A;  2G27 A;  5P41 A;  3NU6 A;  5P8I A;  4EJD A;  5P3E A;  1SBG A;  5P6J A;  3FNU A;  2OHM A;  4ZSQ A;  4GJ9 A;  2WEZ A;  3VFA A;  3KYR A;  4YDF A;  2WEB A;  4OBZ A;  3EL9 A;  1PPM E;  2APR A;  5P1F A;  4DPI A;  3HBO A;  5P46 A;  5P51 A;  4EP2 A;  4Z2Z A;  5OYR A;  4FLG A;  1SGZ A;  5P6K A;  3SLZ A;  5P1C A;  2QK5 A;  3H0B A;  5P2U A;  1PSN A;  4FAF A;  4Y3Q A;  3PMY A;  2FXD A;  2ZJM A;  3LIN A;  3I2L A;  5HD0 A;  4M8X A;  2G20 A;  1ODX A;  1PSA A;  4OBF A;  3HDK A;  1EPN E;  3K5G A;  5P1J A;  1LYA A;  1AID A;  5DR8 A;  3IXO A;  5P4O A;  3NDT A;  2OHU A;  2QNN A;  3KT5 A;  3ECG A;  4UPJ A;  5P1G A;  3LIQ A;  3A2O A;  5AH8 A;  5P32 A;  3KF0 A;  4RRS A;  5P7G A;  4J0P A;  5P75 A;  1GVW A;  4H3J A;  5P6R A;  1CZI E;  2WKZ A;  4ER4 E;  3TOF A;  1T7J A;  5P05 A;  4K4Q A;  3ZPS A;  3EL1 A;  2B60 A;  5P71 A;  4I0Z A;  4QJ2 A;  4CPT A;  4FRS A;  3O9L B;  3FIV A;  5P3K A;  4ZPE A;  1W5Y A;  4OD9 B;  2AOG A;  3QRO A;  5P34 A;  5P4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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