5FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5fivA00
2WKZA 4Y3YA 2ZYEA 4Q5MA 4RCDA 3TPJA 3CICA 5DPZA 4CPSA 4RLDA 2JE4A 4Y4TA 3VF7A 1G2KA 4L7GA 4J5JA 3HVPA 5P4IA 4R95A 4Y37A 5P3KA 2QK5A 1TCXA 3DJKA 1AJVA 4JOOA 3UQXA 2PQZA 5P6BA 5P4RA 3UDJA 2NPHA 3D20A 3Q4BA 2ASIA 1LF2A 1MSNA 3SABA 3ZKSA 2QAKA 5OZBA 5P41A 1MSMA 4QJ6A 2BJUA 2OHPA 4GJ7A 3OTYA 4JP9A 4GJ9A 5P85A 1IDBA 4Y58A 4APEA 1HXBA 4RZ1A 3LHGA 5P62A 1KZKA 5P1VA 1VIJA 3OQ7A 4HZTA 4Y3WA 3IA9A 1BXQA 5P6IA 3VFBA 5DQ5A 4WY6A 4B00A 2ER6E 3RSXA 3QBFA 3LZUA 2IGXA 3PLDA 5OZXA 5KR8A 5IS4A 5P0VA 2FNSA 1IZIA 5P33A 5OZLA 5OZTA 3PSYA 5P7OA 2Q5KA 4Y3FA 4J0YA 1MT8A 2FXEA 5P74A 5P5NA 5P8CA 5P1OA 3OXCA 3SA7A 3S85A 3CKPA 3UQPA 2B7FA 2WF3A 3R0WA 5P52A 1W50A 3KA2A 5BS4A 5KQZA 1EC1A 2V10C 4EQ0A 3KFNA 2FDDA 2WF0A 1MRWA 1AXAA 3GI6A 3LIVA 4KB9A 3K5GA 5P0EA 4ZSPA 2QNNA 3L5FA 4N00A 4F74A 5P5DA 3KDCA 1FQ8A 3UCBA 1FEJC 3L5EA 3I8WA 5P1MA 5P1PA 1FB7A 1FMXA 3K5FA 4YDFA 1LYBA 4NJSA 4EJKA 1GNMA 1BIMA 2HIZA 3RTMA 2PK6A 5DR0A 2OHNA 3NSHA 4X2LA 1ZPKA 5P5FA 5P83A 5P26A 1ER8E 5P18A 5OYVA 2HC0A 3D1ZA 5P0OA 3UPJA 3R4BA 5P22A 1T6EX 3IN3A 3WB5A 1MPPA 5KR2A 5P3LA 2B42A 4DJWA 1E82E 1DAZC 4U7QA 1U8GA 2ZJIA 4Y3TA 5P5GA 3WB4A 1ENTE 3H0BA 4ZIPA 5P3ZA 4FRKA 5P19A 3OU1B 4Y5NA 2VJ6A 1HTRB 2Q3KA 3BVBA 2BQVA 2FXDA 3U71A 4YD6A 3I2LA 4K4PA 5P3BA 4B1DA 1KJFA 5AH8A 2PWCA 3NU5A 3T7QA 1LV1A 4F76A 5OYQA 5OZWA 2I0DA 5APRE 1DW6C 1AZ5A 4TRYA 4EJDA 5P2XA 3SLZA 2VJ9A 2WEAA 2IGYA 3HAWA 5P50A 5P40A 5P0LA 5OYUA 4BELA 3L59A 1XL2A 2O4NA 4QJ2A 3LIZA 2ZE1A 3S43A 5SXNA 5P7UA 4J1EA 4I0IA 2AZCA 2F8GA 3KT5A 2I4UA 2P3BA 1TCWA 2QI7A 5P3EA 2AOIA 5P5UA 2QD7A 4BFDA 5P8HA 3UHLA 2BBBA 4Y5BA 2V0ZC 1WBMA 5F00A 4YBIA 5P07A 1BV9A 2OHUA 5P4SA 3R1GB 2VIEA 3NDXA 4I0EA 2ZHVA 1HTGA 4GZFA 2V00A 2NMYA 5HTZA 1LYAA 4JPCA 4Y39A 4Z22A 2MIPA 3PWRA 3EKPA 5P0AA 1RQ9A 2OHLA 2G24A 5JODA 3LZSA 1BWBA 3VYDA 2PC0A 1SP5A 3SO9A 5KR0A 1XE5A 4MC6A 5P28A 2AODA 5P4MA 5P6ZA 4PYVA 4B1CA 2VA6A 3MSJA 2OHRA 8HVPA 1E80E 2O4KA 3KFRA 2Q11A 4RVXA 3PMYA 2ER0E 2IL2A 4FL8A 4RRNA 2NMZA 3BXSA 3O9IA 5P0CA 4BFBA 1GVWA 3OU3A 4QJ8A 5P2YA 4I11A 2IKOA 5P29A 3FSMA 3EMYA 1CMSA 4Y5MA 5P0GA 4FIVA 5HU0A 4Y3PA 4DJOA 5DR3A 2BKSA 3TNEA 4B05A 2HPEA 5P5HA 4A6BA 4Y54A 3GGXA 3R0YA 2HS1A 2WECA 3VYFA 4J0VA 2I4DA 5P3HA 2I4VA 5P6JA 2Q15A 5TOLA 2V16C 2P3CA 5P8BA 5OZ9A 5P3GA 4FM6A 3NU3A 5P5IA 1C6YA 5P23A 2J9JB 3VCMA 1D4JA 3INHA 4NJUA 3PJ6A 1EAGA 1EPRE 5P4AA 2VA7A 5P2RA 5P72A 3SA4A 2AOGA 3QROA 3UDKA 4I8WA 1PSAA 1BDLA 4OBJA 4Y5LA 3ZKMA 1CZIE 5P4FA 1YTIA 3SM1A 1EPNE 1QBUA 5P2JA 4CKUA 4CPTA 3FV3A 3QN8A 5P0ZA 5P5YA 3S54A 1EBZA 1FMUA 4NJVA 5P0SA 5P3WA 5P8RA 4H3GA 4TRZA 3LPJA 3NXEA 2JJIA 1SH9A 3O9DA 4R91A 1OEWA 3OWNA 5P15A 1BXOA 4TRWA 9HVPA 1EPME 5P5EA 3L38A 2HPFA 1XL5A 2Q64A 4Y57A 2HB4A 2B8VA 3VF3A 2RSPA 5OZ3A 3NU4A 5OZOA 2UPJA 4H1EA 3OUDB 4RGHA 3HBOA 3NDTA 5P53A 5OZNA 2QCIA 4EXHA 1E81E 3L58A 5P03A 5P2IA 5P2CA 3FNTA 3GW5A 5KR1A 3OQDA 3HZCA 1QRPE 1BVGA 3OY4A 1XS7D 4J55A 5P6AA 5HVPA 2G94A 3EM4A 3HDKA 4YD7A 5P7EA 4LP9A 4K4RA 5ENMA 4QJ9A 1NPWA 5P5QA 5KQFA 2PSUA 3SA5A 1B6MA 4Y56A 5P5SA 3INFA 3PRSA 1META 5P3AA 5P5JA 2R8NA 4EP2A 4B70A 5PEPA 4LXKA 5ER2E 5P1XA 1UH7A 3PCZA 1OD1A 1LYWB 3I6OA 4J1FA 3T7XA 1M43A 3OADB 1HVIA 4FCOA 1B5FA 5P31A 5P6KA 5HDVA 5OZZA 3EM3A 3UQWA 4HVPA 4Y3ZA 2HS2A 2QMPA 5P6QA 5P84A 3S8IA 1D4SA 1ZBGA 2WF4A 4CPUA 3OK9A 5P66A 3GGAA 5P7NA 3B7VA 4U7VA 3URJA 4PEPA 5AGZA 1F34A 5P75A 3MSLA 5P3PA 2I0AA 1M4HA 4Y4BA 2JJJA 3Q3TA 5P4DA 5P60A 5P8NA 3OXVA 5P3TA 1XN3A 1AIDA 4RCEA 2G69A 3UFNA 2PH8A 3QBHA 3SA6A 2PMAA 3O99A 3LNKA 3PM4A 5P3OA 2FDEA 3VF5A 3ZKIA 3DV5A 4J1KA 1N49A 4DJVA 5P32A 2Q54A 4OC6B 4I0GA 1B6KA 1GVTA 5P25A 4COEA 5P01A 3DK1A 1IBQA 3K5DA 5P7MA 5P09A 4I0JA 1RV7A 3G70A 5P2FA 5P1LA 4EXGA 2OHMA 1IZEA 1MTRA 2O40A 1HSIA 5P1GA 3KDBA 5DR7A 2QHZA 5CONA 4KUPA 3O9LA 4OBFA 5P5ZA 2ZDZA 1G0VA 2EWYA 4WY1A 3TPRA 5P7BA 1LF4A 1A8GA 1C6ZA 5P73A 3I25A 3KMXA 3VLBA 4ZSQA 3KDDA 4MC2A 3PWWA 5COPA 4D83A 2ZJNA 4I12A 2F81A 5P5VA 4X7IA 4HA5A 5P8EA 3GI4A 5HDZA 4D89A 4Y5AA 5OZ0A 1HVHA 3S53A 3UQRA 4L6BA 5JG1A 2G26A 4EJLA 5P5OA 4XXSA 2VNNA 2PYMA 3KFSA 3OQKA 4YD3A 5P38A 4B72A 4Y50A 5OYTA 2BKTA 4DQBA 4J17A 1YTJA 4Y4JA 5KAOA 1W6IA 3ZKNA 5P7KA 1YG9A 3VG1A 5J25A 1MEUA 3U7SA 3PBDA 4K9HA 1OEXA 1PPKE 3NU9A 4ZEAA 4Y3SA 4OBZB 5P0JA 1XE6A 1FIVA 3K5CA 3D91A 3Q5HA 2AOJA 2V11C 1B6LA 3QS1A 4GYEA 1HTFA 4DJYA 4FRJA 1QBTA 4Y3JA 2AVOA 2BPZA 4DPIA 5OZUA 2QI1A 3WSJA 2IRZA 4ZPFA 5KOQA 3AIDA 3VV7A 5P82A 3CYWA 2XYEA 5P2OA 5DQ1A 3PSGA 3KF0A 3CYXA 5P1IA 4Y4UA 2QI3A 3TL9A 5OZVA 4B78A 3U6AA 5P55A 5P4PA 4GMIA 3GI0A 5P1QA 1EC2A 5SY3A 1IVQA 5JFUA 5OZ7A 5P2NA 2QZLA 4Q1WA 1A9MA 2ZJKA 5P5RA 4EYRA 5E5KA 5P3IA 2QD6A 5P0XA 3OAGB 4Y51A 1HIIA 2BPYA 1K2CA 1DMPA 4Y4WA 2ZHSA 3EC0A 5P34A 3CIDA 5P4YA 5P44A 5P7VA 2QMFA 4GJ6A 3S56A 1LS5A 1SMEA 2ZJJA 4DJQA 1HPVA 3OXXA 4Y47A 1YM2A 4I0DA 4XX4A 5P7TA 4L1AA 3OTSA 3K4VA 4OD9A 1K6CA 4ZPEA 5P64A 3OUAA 4HDPA 3DUYA 3D3TA 4R5NA 4OBGA 4ER1E 4R93A 3O9FA 5P0QA 4J0PA 4YD4A 5P1CA 4RCFA 1APWE 2OAHA 5P69A 2P83A 2NTRA 3PB5A 1B11A 5P8FA 5HE5A 3A2OA 5P0WA 5SY2A 1EPOE 2R3TA 4YCTA 1ZSFA 5P47A 5P4GA 3IXOA 3UFLA 1EC3A 5OZPA 1SBGA 3MWSA 3EL5A 3DCRA 5P5WA 5P67A 1TSUA 2VNMA 5P5KA 2G1SA 4FRSA 5P1BA 5P04A 5P1AA 5P39A 5P7XA 2QNPA 4D88A 4ZE6A 1LYWA 5AHAA 1NPVA 2R3WA 1UPJA 3LIYA 4KE1A 3UTLA 5P77A 5I3XA 4Y3AA 5DQCA 2AIDA 3KYRA 4NJTA 4ZSMA 3PCWA 5BWYA 3OUCA 5DQ4A 2FGUA 4I0HA 1TW7A 5AHCA 5P2UA 1HIHA 1G6LA 4I0FA 5JFPA 2WHHA 5P24A 3RTHA 1GNOA 3TOGA 3LPIA 3NR6A 3PMUA 5P7WA 4QJ7A 2G22A 5P00A 4H3IA 4BEKA 5AH7A 5P20A 5OYZA 4FSLA 5P6MA 4DH6A 1NSOA 3TKGA 3S7LA 5P1HA 3GI5A 5HCTA 5P7SA 2WF2A 1D4LA 4Y5PA 4Y3GA 1QS8A 2F3FA 2QHCA 3HLOA 5P8VA 1WKRA 5P16A 3EM6A 5P6FA 3SAAA 1FG6C 2XFKA 3HD8A 2JYSA 4Y4DA 2FGVA 1LF3A 5P5CA 1BBSA 1FQ6A 5P1RA 4DPFA 2QMGA 3MXDA 2G21A 4GJ8A 7HVPA 4JECA 5P0NA 3TH9A 3URLA 4DJPA 5OZMA 4MC9A 3OU4A 5KQXA 4ER2E 5P1UA 3DOXA 3PI5A 4GB2A 3PI0A 3EL1A 3UDQA 5P3XA 4QGIA 2ZHTA 3OOZA 4OBDA 2OHSA 5P05A 3SA9A 5P4JA 3O9BA 3S45A 1PSNA 5P0BA 1AJXA 4B77A 1ZSRA 3RU1A 5P1FA 1A30A 4Z50A 3VSWA 4B1EA 1J71A 2QZKA 4AA9A 4UPJA 1A94A 2RKGA 5P56A 2PSGA 2G20A 1HHPA 3CKRA 4PZWA 3LITA 1GVUA 5COKA 4YD5A 2BPXA 5P11A 2OF0A 5I3YA 2NXDA 3NUJA 3N4LA 4AA8A 2IDWA 5P0MA 4DQFA 1SIVA 3H5BA 1HVJA 3VUCA 1HVSA 2A4FA 3BHEA 4FSEA 5P27A 1K6PA 1K2BA 3KFPA 3PBZA 3O9EA 2VIJA 5P8DA 4Y3HA 1T7KA 1SMRA 1LYBB 3MSKA 5DGWA 3TOFA 2V12C 3KT2A 1BDQA 3EKTA 5P7YA 2H6TA 4IVTA 1MRXA 3BUHA 2NR6A 3ZPTA 2QMDA 5P4LA 4Y3LA 5P4VA 4RVIA 1EBKC 3UDHA 5BRYA 1FFIC 4GJCA 2FIVA 2AZ8A 1Q9PA 3VLAA 4Y53A 4K4QA 2I1AA 5P3QA 5P0TA 3UDMA 4CMSA 3APRE 4Y43A 1ODWA 2WJOA 5P89A 5P1WA 3IXKA 5P79A 1PFZA 4ER4E 2QP8A 5OZCA 1HWRA 2APRA 2ZJHA 1FFFC 4Y3NA 4J54A 5P08A 3OHFA 4GJ5A 4EWOA 3TKWA 5DR4A 5ENKA 2RMPA 3QAAA 4YDGA 1MT7A 2P8HA 1MUIA 2V13A 3LINA 2VJ7A 2P4JA 1EBYA 1ODYA 5P2KA 1RNEA 4DV9A 4FGXA 5P8OA 5P86A 1FQXA 3GGUA 1YX9A 3S43B 5P10A 4K8SA 1SDTA 4DQCA 2BPVA 1ODXA 2IS0A 1B6JA 3SA3A 5KQYA 1BAIA 2P3BB 4U8WA 5ISJA 5AH6A 1K1TA 2XFJA 1QBRA 3QVIA 4Y44A 3ZKGA 3F9QA 4Y4XA 5P6EA 4R92A 3OU1A 5P02A 3URIA 1TSQA 1W5XA 1MVPA 5IE1A 3QRSA 4Q1YA 4YHQA 5P35A 4E43A 5COOA 1G35A 2XYFA 1IZDA 1FKNA 4QJAA 5P80A 2RKFA 2ZGAA 2OHTA 5P1JA 2IQGA 4L7HA 5P4ZA 1D4IA 1BWAA 1LYAB 5P43A 5P46A 4A6CA 4RRSA 2Z4OA 1K1UA 5P1TA 2PSVA 5P2GA 3O9CA 1ZP8A 2Z54A 5P8JA 5P6PA 5P17A 3L3AA 3NLSA 1FF0C 3FNUA 5P2LA 1XN2A 3QPJA 4HE9A 1UH8A 1APUE 3OHHA 3BVAA 5P6VA 5P5BA 4HLAA 4DI2A 4DUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WKZ A;  4Y3Y A;  2ZYE A;  4Q5M A;  4RCD A;  3TPJ A;  3CIC A;  5DPZ A;  4CPS A;  4RLD A;  2JE4 A;  4Y4T A;  3VF7 A;  1G2K A;  4L7G A;  4J5J A;  3HVP A;  5P4I A;  4R95 A;  4Y37 A;  5P3K A;  2QK5 A;  1TCX A;  3DJK A;  1AJV A;  4JOO A;  3UQX A;  2PQZ A;  5P6B A;  5P4R A;  3UDJ A;  2NPH A;  3D20 A;  3Q4B A;  2ASI A;  1LF2 A;  1MSN A;  3SAB A;  3ZKS A;  2QAK A;  5OZB A;  5P41 A;  1MSM A;  4QJ6 A;  2BJU A;  2OHP A;  4GJ7 A;  3OTY A;  4JP9 A;  4GJ9 A;  5P85 A;  1IDB A;  4Y58 A;  4APE A;  1HXB A;  4RZ1 A;  3LHG A;  5P62 A;  1KZK A;  5P1V A;  1VIJ A;  3OQ7 A;  4HZT A;  4Y3W A;  3IA9 A;  1BXQ A;  5P6I A;  3VFB A;  5DQ5 A;  4WY6 A;  4B00 A;  2ER6 E;  3RSX A;  3QBF A;  3LZU A;  2IGX A;  3PLD A;  5OZX A;  5KR8 A;  5IS4 A;  5P0V A;  2FNS A;  1IZI A;  5P33 A;  5OZL A;  5OZT A;  3PSY A;  5P7O A;  2Q5K A;  4Y3F A;  4J0Y A;  1MT8 A;  2FXE A;  5P74 A;  5P5N A;  5P8C A;  5P1O A;  3OXC A;  3SA7 A;  3S85 A;  3CKP A;  3UQP A;  2B7F A;  2WF3 A;  3R0W A;  5P52 A;  1W50 A;  3KA2 A;  5BS4 A;  5KQZ A;  1EC1 A;  2V10 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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