5HE4A

Bace-1 in complex with (4ar,7as)-7a-(2,6-difluorophenyl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 108
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he4A02
3PBDA 5ER2E 1D4YA 1ZLFA 4JECA 3ZKXA 5P4TA 4ER2E 2QHYA 3IA9A 2J9JA 4ZPEA 5P6CA 2V16C 1ODYA 4ZEAA 2VA6A 1FQ5A 3ZKGA 5EZZA 2OHQA 3TKWA 5P2NA 4GIDA 2P8HA 3RTHA 2F80A 2NXDA 1IZEA 3VUCA 3OWNA 4DUSA 3QBFA 2PQZA 4M8YA 5P8SA 4Y38A 3KFSA 3VCMA 5IVTA 2OAHA 5P84A 4B70A 3HAUA 5P0OA 5DGUA 2AODA 1A8GA 3S43B 5OZAA 4J1EA 1XL2A 5UPJA 3IVHA 1ODXA 5COOA 4RGHA 3SPKA 1G0VA 3Q70A 2WECA 1IVQA 5P6FA 2A1EA 3HVGA 2HS1A 5OZ2A 3NYGA 5EZXA 4DQFA 2V10C 5F00A 3PEPA 2QI3A 3S8IA 4I0DA 1HVKA 1EPNE 2G26A 3PCZA 5P15A 3OU1A 1XS7D 1UH8A 5P8PA 3OUDB 2AVVA 2BJUA 3UQUA 5P8JA 1HSHA 4RRSA 5OYXA 5P4OA 5P17A 2P3BA 2F8GA 5P7WA 3TPPA 3UHLA 4I0JA 3UQXA 1PPLE 3URJA 4Q1XA 1AIDA 4AZYA 4NJTA 1Q9PA 5P64A 2P3CA 5OZIA 5P72A 5P8OA 4EWOA 4U8WA 3CKRA 5P4EA 4DJVA 5P39A 4OC6B 4DJRA 5P6RA 1MTBA 4Y3FA 2G20A 3L58A 4KB9A 1WBKA 1C6ZA 3OGPA 1YTIA 2R5PA 1BXOA 1UH7A 2HIZA 2HB2A 5P1FA 4N00A 5P3DA 1PPKE 3KFNA 5P4WA 4K8SA 4EQ0A 1UPJA 4XX4A 3PBZA 5OYWA 1RQ9A 3GI0A 4L7GA 5HDZA 5P0YA 5FIVA 2J9JB 5P1RA 4Y58A 4NPTA 5P4FA 5P5JA 3QN8A 5IS4A 4MC2A 2QI6A 3PI0A 5P25A 5P3XA 2QNQA 3EL4A 5P54A 4B1DA 1HPXA 1W5XA 5C9BA 1HVIA 3DM6A 4CPTA 2IGXA 3ZKMA 1Z1RA 1BDQA 3N3IA 2VJ9A 4QJAA 4OBFA 2V12C 2B8LA 3I8WA 5P0HA 3JW2A 4GJ8A 3BUHA 2BPVA 2SAMA 5KOQA 1QDMA 5P35A 5P55A 2WHHA 3OOZA 3KT2A 5P3NA 1AAQA 5C9FA 2G27A 3SKGA 4RVJA 2OHTA 3G72A 4Y3WA 3FIVA 2RENA 5P4JA 4JOOA 8HVPA 5P3TA 5IVQA 3NUOA 3PWRA 4HZTA 1D4IA 1APWE 1HTFA 3PRSA 5HVPA 5P4DA 3EKTA 4H3FA 5P0LA 1W5YA 5P0PA 3KMXA 3NU9A 5P6AA 3TPRA 3OXCA 1MT7A 3IAWA 3OU1B 4K4RA 5P6WA 4OBHA 1LEEA 4EXHA 3FKTA 5P85A 1QBTA 5BRYA 4OBGA 5P41A 3UDNA 4R95A 2Z54A 1HTGA 3KF0A 3RTNA 4DPFA 4FGXA 2P3BB 5TOLA 4GJ6A 5P7QA 1FLHA 5P71A 1YM4A 5P2TA 5P7RA 1XL5A 5P8NA 1SGZA 2I4QA 1LYBA 4Y5AA 4AMTA 4FE6A 5OYYA 5P4UA 3T7XA 5P19A 5ENKA 4DQBA 5P73A 1M4HA 5P1VA 3EKXA 4DV9A 4J0ZA 3R4BA 4NKKA 1C6XA 4J1KA 3EBZA 3SA3A 5P44A 5P2JA 5P4LA 5HE4A 2VIEA 3BUGA 1HBVA 4Z4XA 5P03A 5P7CA 2OF0A 5P4PA 5OZDA 1TQFA 3C9XA 5P60A 3LPKA 4DJYA 4B78A 1TW7A 5IVRA 3DV1A 2HPEA 4LHHA 5P2VA 5P0FA 4AA9A 4APEA 5HDUA 4YD3A 5DQ4A 5OZNA 5P5UA 5P5DA 5P0NA 4GB2A 2AVSA 1T7KA 5P5HA 4Y5KA 3UDJA 4Y51A 3HVPA 4BELA 1EPLE 3TNEA 5P45A 4Y3XA 5P3VA 5JG1A 4PYVA 3LZYA 1B6MA 4B72A 2F3EA 4EXGA 4HE9A 1ZTZA 5P7VA 3QROA 1OD1A 3VG1A 2PWCA 1AJVA 4NPUA 3GGUA 4CPSA 5P80A 5P4SA 5P89A 5P7JA 4Y37A 4YDFA 3LINA 4H1EA 2QI5A 4LAPA 2RSPA 3PSYA 4X7IA 3LZSA 2WKZA 1GVUA 1Z8CA 5P0AA 5P4RA 5P3PA 5KAOA 5P8AA 2BPXA 5P5AA 3D1ZA 5P3CA 1ZBGA 5P7DA 2QAKA 3O9AA 3PLLA 1E5OE 4Y44A 4HDBA 2FS4A 2ER7E 4I11A 3ZLQA 1D4KA 4DJXA 1IZDA 2ZGAA 1MVPA 5COKA 3RTMA 5HU1A 4R92A 1D4HA 5P6PA 4D88A 3LIVA 5P1UA 5F01A 2FGUA 2VNMA 3HDKA 3O9HA 2BQVA 1IBQA 1BVGA 2MIPA 5P6GA 2FDEA 2ZHUA 5P8LA 5P11A 5P30A 5P1TA 2IDWA 3APRE 1BILA 5OZCA 4Y5CA 2ZHSA 1TSQA 4R8YA 3B7VA 5DR0A 1E82E 5P04A 5P6NA 5P2LA 3UDYA 3UPJA 5DR1A 1LS5A 4OBJA 1MUIA 5J25A 4RYGA 3Q5HA 4Y3AA 4R91A 1IVPA 4Z2ZA 3EKQA 2ZJLA 5HDXA 4Y3NA 4RROA 5ER1E 1DAZC 1MEUA 5HDVA 5OZSA 1BBSA 4Y54A 2PC0A 5P67A 3UQPA 3PLDA 3IGBA 3O9IA 4CPUA 3CMSA 2ZHTA 4J1FA 3H5BA 2WEAA 3UQRA 5OZEA 1CZIE 4H3JA 5P5MA 5P7BA 2Q64A 1A8KA 4EHCA 2HPFA 5P4CA 3O9BA 5P3LA 4LXMA 3CYXA 1NPVA 2QZLA 3EL1A 2AZCA 3PGIA 2G22A 4FAEA 2QNPA 1FQXA 2APRA 4L7JA 1BAIA 5P3RA 3O9EA 5P6QA 3ZKSA 3GW5A 4S1GA 5P57A 1VIKA 2NXMA 5P8HA 4Y4GA 4Y3LA 2CENA 1K6PA 2FIVA 1MT9A 1ZPAA 4Y47A 4TVGA 5P4KA 4DFGA 3S54A 1YG9A 5DR8A 5P8VA 3L59A 2AOJA 5P2BA 5P69A 4YCYA 5P1CA 4DI2A 3LPIA 2AVQA 4ER1E 4DH6A 2O4LA 3NR6A 3QS1A 2OHMA 1FMXA 4Y4JA 2Q3KA 3VYFA 5DPZA 2CEMA 1M0BA 5P3WA 2ZJJA 2JE4A 2PH6A 4Y3SA 1A9MA 2I4XA 1RL8A 3PI5A 4J54A 3IN3A 1HSGA 3ST5A 3OY4A 3B80A 1HEFE 3I6OA 1SMRA 3K5GA 4J17A 2NNPA 2JYSA 3EL0A 1HVLA 4FM7A 3TOHA 2PMAA 4CPWA 4NJVA 5AH9A 5DR3A 2PYMA 4RVXA 3WZ6A 5P2OA 5P47A 5P02A 2O4PA 5P7IA 5P6EA 5P51A 5SY3A 5P6DA 4FM6A 2J9KA 5P07A 2ER6E 3BRAA 4Y5GA 5P8DA 1APVE 1YTGA 2Q54A 4YHQA 1YTHA 2IGYA 4I8WA 1FQ8A 4ZPFA 1B6KA 5OYSA 5P2XA 3DCKA 3MXDA 3RU1A 3PCWA 3EM6A 5OZGA 5P65A 3OUAA 4I0ZA 4Q5MA 3NSHA 1QBSA 1ZSRA 5P58A 3EM3A 3GI5A 5P6KA 5OYQA 5P3JA 1E81E 5P6YA 9HVPA 5OYZA 3O99A 4Y3GA 5APRE 3MSLA 2PSUA 1A30A 1BDLA 6FIVA 3BHEA 4QGIA 4KUPA 3OXVA 5SZ9A 3EL5A 5P37A 2I1AA 4HDPA 3INFA 2AOGA 4B0QA 3JVYA 5P2FA 4DQHA 4GJ5A 3BXRA 5P32A 2VNNA 4NJSA 2XFIA 2QU2A 1T7JA 2QI1A 3L5BA 2ZJKA 3SA4A 1XE5A 5P78A 5HE7A 1MIQA 1B5FA 5P0JA 1LYAA 4Y3DA 3UFLA 4OBDA 5P05A 4Y5EA 1U8GA 3KDDA 1AZ5A 5P3YA 1HTEA 2VIJA 5OZXA 4DJUA 2QK5A 2JJIA 3SO9A 1HSIA 2FDPA 3NDUA 1NPWA 5I3WA 4I0EA 3U7SA 2JJJA 1ER8E 4Y48A 5P5XA 3TPLA 3KYRA 2QCIA 4TVHA 3NDWA 3PVKA 4Y5LA 2B42A 2AOHA 3SA5A 5P6OA 2NMZA 1SH9A 3VF5A 1HXBA 5OZYA 4Y4XA 3KDBA 1FQ4A 1M43A 7UPJA 3SA7A 5KR0A 5COPA 5HCTA 3SA6A 1DW6C 3EL9A 4IVTA 5IE1A 4Y36A 4DQCA 3PWMA 3TLHA 1PPME 5P7OA 1D4JA 5P8RA 3TL9A 4Q1NA 2FXEA 5P52A 5P5VA 3QVIA 4B1EA 1ODWA 5OZ1A 4Y53A 5P75A 3KN0A 5OZMA 1DIFA 1BWBA 1EPPE 2V00A 7HVPA 2QHZA 2VJ7A 1WKRA 2UPJA 3EM4A 1Z1HA 5P49A 4YA8A 4YOBA 5P0UA 3EKYA 5P10A 5P1QA 3SLZA 2Q5KA 1FQ7A 4OBKA 3O9GA 1SBGA 3D3TA 3ZPTA 2OHSA 5P7NA 2I4VA 3OXWA 4FRSA 2WEBA 3TTPA 1OEXA 3WZ7A 1MTRA 4AUCA 4Y3JA 1PROA 4ACXA 1XN2A 4B05A 2NTRA 1GVWA 1B5FB 5P4MA 3ECGA 3S56A 5P8TA 4BFDA 3OU3A 5P3ZA 1CPIA 4GJCA 2F3FA 2QP8A 5P4YA 4EJDA 1META 1GNNA 5P87A 5AH7A 5P0GA 5P6TA 4XXSA 2AVMA 5P2QA 2NMYA 5OZ0A 5P16A 4J0YA 5P7HA 3O9DA 1QBRA 3Q3TA 4Y5MA 1IZIA 4DJPA 5P81A 2IRZA 5P6XA 3INDA 2HB3A 1GVVA 3K5CA 3I2LA 1TSUA 2QD6A 1FMUA 1SDUA 4EQJA 3MSJA 5P40A 1DP5A 3G6ZA 2Q15A 3NU6A 3MWSA 4F73A 1PSOE 1B6JA 4IVSA 4Y35A 3ZMGA 3K5FA 3L5FA 5OYRA 3NUJA 5DQCA 5P8CA 5P6BA 3OU4A 3KT5A 4HA5A 5P5LA 3SKFA 5P7EA 4B00A 5P1OA 3L5EA 4RYCA 5E5KA 3KFRA 1T7IA 4PZXA 1HPOA 3ER3E 4Z50A 3OUCA 3T3CA 4L6BA 5P1MA 4Y3ZA 2OHRA 5OZTA 3OUBA 1CMSA 2AZ9A 5OZ8A 6APRE 5P4VA 5P82A 3OHFA 2PK6A 2QI0A 4A6BA 4FM8A 1SDTA 1EPME 2OHUA 4J5JA 1FMBA 2BPYA 3QRMA 3IXJA 4ZE6A 4LBTA 2FNSA 1TZSA 5P0XA 4Y4BA 2ANLA 5P7YA 3O9LA 5OZPA 3SA9A 5DGWA 3EKPA 1TCXA 1BDRA 3UDHA 5OZ6A 3K4VC 5P23A 1EPOE 3BVAA 5DQ5A 5P1YA 3R1GB 2Z4OA 1DPJA 3BVBA 2ZDZA 4ZSMA 1FIVA 3T11A 5P79A 3VF3A 5P53A 2P83A 4U7QA 4J0TA 5P0VA 3QRSA 1EEDP 4RCEA 4FL8A 2BPZA 4WTUA 5P8KA 5P5BA 4YE3A 5OZBA 5P4HA 4RVIA 2O4NA 2PSGA 3LHGA 1FFIC 2P3AA 2QMPA 5P28A 2Q11A 1G35A 3OADA 1LYWA 1BIMA 5P2KA 2IS0A 3ZKIA 1TCWA 2QI4A 2QU3A 3MXEA 4CPXA 5P4ZA 3GGAA 5P5GA 3OK9A 2FLEA 2R3WA 5P1BA 3T7QA 1GVTA 2G94A 1FGCC 3IXKA 3CKPA 3UDMA 3VSWA 5P2SA 1LF4A 5AH8A 5P31A 1HIVA 3RSXA 1K1UA 1BWAA 4K4QA 5DR7A 3R0WA 1LYBB 5P2WA 5OZ7A 4OD9A 3PWWA 5P43A 4PEPA 3OU4B 5P1NA 5P01A 1MESA 5P2AA 4Y4TA 5P6UA 4Y6MA 3D91A 1GVXA 4I8ZA 1HVSA 1LF2A 5SXNA 4XX3A 5P18A 5P1KA 4I0IA 3OTYA 2ZJIA 2RMPA 4DJQA 5I3XA 1EC3A 3LPJA 2OHPA 3VV8A 5P6IA 3OHHA 5P7UA 4I10A 3NLSA 5P4QA 1K1TA 4EJ8A 4TRZA 1BV7A 2BPWA 5P5NA 3URIA 4DJOA 1IDAA 2G1NA 5P0TA 5P3HA 1T6EX 1MRWA 3G70A 2VIZA 3UDRA 4FSLA 3R0YA 5P2CA 4Y3YA 4Y5BA 1PFZA 2G1YA 3O9LB 5P7XA 5OYVA 4GJ9A 5P09A 4R5NA 5HU0A 2FMBA 4GJBA 5P0QA 4GYEA 2PH8A 5OZOA 5P4XA 1JLDA 5OZ5A 5BWYA 1A94A 1SMEA 4NJUA 3D1YA 5AH6A 3I7EA 4FLGA 2HC0A 1KZKA 3OGQA 5P1WA 5KR2A 5P42A 2AVOA 1B11A 1W50A 6UPJA 4D83A 5DQ2A 1OHRA 5AHBA 4FRKA 5P2GA 5P8BA 1F34A 3KA2A 5P2MA 1K2BA 5E5JA 2BKTA 3TH9A 2WL0A 5P83A 3WB5A 3LIZA 3EKVA 5P4BA 2VA5A 3UF3A 4Y41A 2PWRA 2QMFA 5P33A 4QJ9A 2QHCA 3SFCA 1B6PA 2AOEA 4RCFA 3K1WA 4WY6A 3L5DA 1AXAA 2NR6A 3LIQA 5P0BA 2OHLA 4I12A 3UFNA 5P1ZA 4OBZA 2IKOA 2V13A 4OD9B 2ZJMA 2I4UA 4HEGA 5P62A 4J1HA 4E43A 2HB4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PBD A;  5ER2 E;  1D4Y A;  1ZLF A;  4JEC A;  3ZKX A;  5P4T A;  4ER2 E;  2QHY A;  3IA9 A;  2J9J A;  4ZPE A;  5P6C A;  2V16 C;  1ODY A;  4ZEA A;  2VA6 A;  1FQ5 A;  3ZKG A;  5EZZ A;  2OHQ A;  3TKW A;  5P2N A;  4GID A;  2P8H A;  3RTH A;  2F80 A;  2NXD A;  1IZE A;  3VUC A;  3OWN A;  4DUS A;  3QBF A;  2PQZ A;  4M8Y A;  5P8S A;  4Y38 A;  3KFS A;  3VCM A;  5IVT A;  2OAH A;  5P84 A;  4B70 A;  3HAU A;  5P0O A;  5DGU A;  2AOD A;  1A8G A;  3S43 B;  5OZA A;  4J1E A;  1XL2 A;  5UPJ A;  3IVH A;  1ODX A;  5COO A;  4RGH A;  3SPK A;  1G0V A;  3Q70 A;  2WEC A;  1IVQ A;  5P6F A;  2A1E A;  3HVG A;  2HS1 A;  5OZ2 A;  3NYG A;  5EZX A;  4DQF A;  2V10 C;  5F00 A;  3PEP A;  2QI3 A;  3S8I A;  4I0D A;  1HVK A;  1EPN E;  2G26 A;  3PCZ A;  5P15 A;  3OU1 A;  1XS7 D;  1UH8 A;  5P8P A;  3OUD B;  2AVV A;  2BJU A;  3UQU A;  5P8J A;  1HSH A;  4RRS A;  5OYX A;  5P4O A;  5P17 A;  2P3B A;  2F8G A;  5P7W A;  3TPP A;  3UHL A;  4I0J A;  3UQX A;  1PPL E;  3URJ A;  4Q1X A;  1AID A;  4AZY A;  4NJT A;  1Q9P A;  5P64 A;  2P3C A;  5OZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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