5HU0A

Bace1 in complex with 4-(3-(furan-2-carboxamido)phenyl)-1-methyl-5-oxo-4-phenylimidazolidin-2-iminium
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu0A02
1UH9A 4CKUA 4DFGA 5P0NA 3ZL7A 4A6BA 1F7AA 3U7SA 3TOFA 1IZEA 3CIDA 2P3AA 1HRNA 1NSOA 4Y4WA 5P1HA 1HVCA 4EQ0A 4GJBA 3R4BA 3EM3A 2QD7A 1EBWA 5KR8A 5OZ9A 5P5DA 3O9GA 3CIBA 2QI6A 4J55A 4M8XA 2V0ZC 4DQCA 2PWCA 1T6EX 3LNKA 1LS5A 5COPA 5P3RA 4RRNA 2VIYA 2PC0A 4L7JA 3RTNA 2NXLA 2VA6A 3QRMA 4Y4JA 3PLLA 4X2LA 5P1FA 1C6ZA 5P69A 4APRE 5P8FA 5AH8A 1SH9A 2FXDA 5DR0A 5P0JA 4GJDA 5KR2A 5OZAA 5P1AA 4ZEAA 5P2NA 5P2UA 1PPKE 4K4QA 1D4HA 1PFZA 4Y4XA 3AUPA 1AAQA 3NUJA 1MIQA 2QI5A 2ZJNA 4Q5MA 3SKFA 1BWAA 5P0AA 4GJ8A 1KJHA 3BGBA 2IRZA 5IS4A 3KM4A 3INFA 5P4HA 2G24A 1ODXA 4GIDA 5P2JA 5P30A 5P5HA 5P63A 2QI4A 5ISJA 4NJUA 1YG9A 2QU3A 3TPRA 1GNOA 1PSOE 5P3NA 5KQXA 4FGXA 3TTPA 1B6LA 4AMTA 5P6HA 4MC6A 5P7IA 1XN3A 2G22A 5P7YA 1CPIA 2NNPA 3SFCA 4AA8A 4EJDA 5P7KA 5P3DA 1TW7A 3ER5E 2APRA 1SDTA 1FGCC 1WBMA 1FMXA 4AZYA 5P36A 4CMSA 2BPVA 3QS1A 2O4PA 1LYWA 5DR8A 1EPOE 3JVWA 3H0BA 5P7CA 1LF2A 1MT9A 1NPWA 5P4VA 5P0PA 5P3IA 3OXWA 6UPJA 5P77A 5P2AA 1HPOA 5AGZA 3VCMA 5P4QA 2F81A 1MSNA 2QMFA 3UCBA 3BXSA 2F80A 5KQFA 4CPTA 1A9MA 4ACXA 3R1GB 3S85A 5P6YA 3F9QA 5P4JA 2QI3A 2WHHA 1HIHA 1G0VA 5P6JA 5P6ZA 1Z1RA 3DJKA 2BB9A 4F74A 3LIVA 2OHTA 5P57A 2R38A 3EL9A 5P1IA 3OU3A 5OYSA 3VYEA 2I1AA 3PMYA 2HIZA 2PQZA 4OC6B 1IIQA 3O9BA 5P5BA 5UPJA 4I11A 4R5NA 3UDHA 3QRSA 4OBZA 1T7JA 1HVRA 2PSVA 5P4KA 4Y3GA 3EKVA 5P01A 4QJ9A 5DQ5A 3T3CA 1EPRE 3CICA 4RGHA 1NPAA 2VA5A 4YOBA 5P3LA 3ZKMA 3I25A 5J25A 2VNMA 4ER4E 4HDFA 3UQRA 3OU1A 1FQ7A 3WB5A 5ENMA 4PYVA 2IKOA 5P2DA 4DJRA 3PI0A 1IZDA 2P3BB 3C9XA 5P7HA 3BHEA 2Q55A 3D20A 1PSAA 4EQJA 5KR0A 3MSKA 1HXWA 3BVAA 3VEUA 5SY3A 1SGZA 1M4HA 5P2BA 1ZPKA 4JP9A 5P5SA 2FXEA 2G1YA 5P1KA 3QRVA 4FM8A 1W5YA 3O9LB 5P3SA 2WJOA 1TSQA 1RPIA 5P6GA 3KA2A 2OF0A 3LITA 5AH7A 2JE4A 1APVE 2O40A 1JLDA 5P4NA 1HWRA 4TVGA 5P33A 5E5KA 2VIZA 4ZE6A 1HIIA 3L59A 5P1BA 3VLAA 2P3CA 5P1ZA 5OZWA 4LAPA 5P7DA 3INHA 4FAEA 4PZWA 2G20A 3WZ7A 4FM6A 4YDFA 1GVUA 5OZDA 3DCRA 5APRE 3VLBA 4Y3MA 3UFLA 4F76A 3IXKA 3QP0A 2P8HA 4JPCA 3EKTA 2AZ9A 5COKA 1META 2QHZA 4DJUA 4QJAA 5E5JA 3HZCA 3K5FA 1QBTA 5P0ZA 4EXGA 3PLDA 1RL8A 1B6PA 4Y58A 3OTSA 3RU1A 3M9FA 5P0FA 4XXSA 5P0DA 2BPZA 5CONA 5P5QA 4A4QA 2OAHA 3DV5A 3QAAA 1HBVA 5P72A 3S2OA 4FRKA 5OZ1A 5OZOA 4Y51A 1G2KA 3SM1A 2BQVA 1AXAA 5P8OA 1ZTZA 2G1OA 3VFBA 4Y6MA 3KFRA 4FS4A 5P0HA 4RVJA 5P2QA 1K6TA 5P29A 5P6SA 3L5FA 1LYAA 1QBRA 4EWOA 4BEKA 1LYBA 2ASIA 3O9IA 4D8CA 4Z2ZA 5P4WA 3KF0A 2AOHA 3ST5A 2B7FA 5P2LA 4ZSRA 5P7BA 1TSUA 2UY0A 5P10A 3FV3A 5HVPA 4R92A 1W5WA 2QI1A 3L5BA 3SA5A 5P4LA 2RSPA 5P54A 1ER8E 2IGXA 2ER6E 4I10A 2QU2A 4KE0A 2QMGA 3VG1A 5P88A 3EM6A 2OHMA 1APUE 4U7VA 4B05A 1DAZC 1EBKC 5HCTA 2WEBA 4NPUA 3MXEA 5P0YA 5P2FA 2R3WA 3Q70A 5P8CA 5IVQA 2P3BA 5OYVA 3SA4A 3CMSA 5P4OA 4HE9A 5P4AA 3PGIA 5P0KA 3SA9A 5TOLA 2FGUA 3PM4A 4PHVA 5DQCA 3OXXA 3GGAA 5P25A 5P8QA 3QROA 5DR3A 5P11A 2QNPA 5P4BA 1K6VA 2PSGA 3S8IA 4Y3LA 5OZZA 2ZJMA 3O9LA 5OZIA 2AOIA 2PSUA 5BS4A 2Q54A 1AVFA 1HVSA 5P1LA 1ZPAA 4TRYA 4DVFA 4FRSA 1HTGA 1ZSFA 1IZHA 1SGUA 3D3TA 5P8EA 1AIDA 5P0GA 5I3VA 2NMZA 3NLSA 1ZP8A 2HS2A 3ECGA 5P5ZA 3KDDA 1YM2A 5P1MA 2NR6A 5P4GA 4Y3PA 5P7AA 3NXEA 5P02A 3BGCA 5P7UA 4Y3WA 3PVKA 5P8DA 4K4PA 5P0BA 1E81E 3APPA 5OZYA 4XX4A 5OZ6A 5P5IA 2UXZA 1W5XA 3KYRA 1FFFC 5P0MA 4GJ6A 1HTEA 5JODA 5I70A 4Y36A 4FAFA 4A6CA 3T7PA 5P22A 3TKGA 1AJVA 5P6RA 1PPLE 1DMPA 3EKPA 5P81A 2B8LA 3HVPA 4I0JA 2Q5KA 4B77A 1ZBGA 1B6JA 4HA5A 5IVTA 3SA6A 3LPIA 5OZQA 4Y56A 5OZNA 3PWMA 3MXDA 5P6AA 5SY2A 2BJUA 5P61A 3GGUA 5HDXA 2FGVA 1LYWB 3QVCA 2O4LA 2ZHUA 5P1NA 4B72A 1E80E 5OZRA 4Y43A 5C9FA 1C6XA 4RCDA 5OZSA 3ZLQA 1YX9A 5P2WA 3TH9A 3K5CA 2Z54A 5P8RA 4Y3ZA 4ER2E 2RENA 3QIHA 5P8BA 3EMYA 4Y5EA 3EC0A 1EC0A 1HOSA 5OYYA 5P3FA 3MSLA 4J17A 5P8TA 4RYGA 3DV1A 5P5OA 4DJXA 5FIVA 3LHGA 1K6CA 3OXVA 3ZPSA 3UDNA 1A8KA 3BRAA 4L6BA 3ZKQA 1VIKA 2OHRA 1MVPA 3NSHA 5IE1A 1ZLFA 3OQDA 3RTMA 5P7LA 2I0DA 5I3XA 5P37A 1MT8A 3S43B 3QPJA 4BELA 3HLOA 5OYWA 4Y3YA 3HD8A 2ZJKA 3U71A 3OHHA 4APEA 2I4XA 5OYTA 5DPZA 2AOFA 2BBBA 3LIZA 1FQ6A 3LIYA 3S7MA 3OAGA 5KOQA 5P60A 2ER0E 3Q5HA 2OHNA 1TCWA 1IZIA 2BPYA 1FQXA 4OBZB 4ACUA 5P52A 5IVRA 2IEOA 5OZTA 2PH6A 3UF3A 1D4SA 3OADA 3T7QA 1BVGA 3PSYA 4Y3JA 5P2CA 2VS2A 3NWQA 4J0TA 5P5AA 5P2KA 4FIVA 2AZCA 2RMPA 3TPLA 4ZSPA 3OU1B 1EAGA 3PWRA 1MUIA 2AVMA 2ZYEA 1K6PA 5HE5A 5AH9A 5OZFA 2PMAA 5P53A 5P1UA 4IVTA 5P4MA 4J1FA 3VFAA 1W51A 4RROA 4DJQA 2G1SA 4Y3FA 4OD9A 1GVVA 2I4UA 5OZVA 3S7LA 4YBIA 4RRSA 4Y5NA 1BV7A 1MPPA 4FE6A 2R8NA 5HE4A 3RTHA 5P87A 4J1IA 4Y54A 3NDTA 1M43A 1SDVA 4QJ8A 1BBSA 5P6CA 1UH8A 3L5DA 5P47A 3OWNA 1GNNA 5COOA 5P24A 4Z4XA 5P6IA 4CP7A 1APWE 5P19A 1HPSA 5OZCA 2QZWA 5BWYA 3Q6YA 1HSIA 3URJA 1FKNA 3B7VA 5AHAA 3SO9A 4D88A 2WF4A 2H6TA 5C9BA 3ZKSA 5OZLA 5P0EA 5P16A 5P7SA 1OHRA 2A4FA 3UDJA 1OD1A 5I3WA 1A94A 5P0CA 5PEPA 3VSWA 1AZ5A 5P2IA 2G21A 1B11A 2FNTA 3PCWA 4YD7A 3Q4BA 5P07A 4Y3QA 3UFNA 4Y5PA 5KOSA 3H5BA 3LPJA 2A1EA 5P3JA 5P43A 1XDHA 3BUGA 3RSXA 5P00A 1W6HA 3LZUA 4TRWA 4GJAA 4DQEA 6FIVA 1DIFA 1WBKA 3SACA 5P1JA 3FNTA 4YD5A 5P09A 5SZ9A 4YE3A 5P5VA 4J1EA 2PYNA 3UDMA 2R43A 2VJ6A 2WECA 2RKGA 4HEGA 3S43A 2B42A 4I0IA 1LYAB 2QI7A 1EC3A 1EC2A 1MT7A 4NJVA 3D1YA 4Q1WA 3SPKA 3VYDA 1LYBB 5P46A 3HAUA 1HPXA 1SMEA 2XFKA 4M8YA 4NJSA 5P40A 3UHLA 5SXNA 4COEA 1OEWA 5P0XA 5P70A 2B60A 2CEJA 5P34A 1CMSA 5P7NA 4Y38A 3KT5A 1DPJA 2WL0A 3NDXA 4Y35A 4Y4AA 4Y5GA 4CPUA 5P5CA 1RV7A 2Q63A 4OBDA 2QNNA 2BKSA 5P3XA 1RNEA 1A30A 4YD4A 3ZKGA 2Q64A 4I8WA 1FF0C 3MWSA 3CKPA 5OYXA 3KFPA 1HSGA 5P28A 4MC9A 3PBDA 4B1DA 3TPPA 4RVXA 1IBQA 3KT2A 5P8MA 3NXNA 1XL2A 4LXAA 4CPXA 5P1OA 3OY4A 1D4IA 4FL8A 4GJ5A 4HLAA 5P23A 5P3QA 3UDQA 3PI5A 3BVBA 5P6MA 2JYSA 1YTIA 3VUCA 4YDGA 5P71A 4YOAA 2IGYA 1GVWA 5P39A 2Z4OA 5P2VA 5P8LA 4J1KA 1NH0A 3UDPA 2BKTA 5P67A 3I2LA 1FMUA 3S54A 5P3WA 2HB2A 2G1NA 5P2GA 3OHFA 2JJIA 3OQAA 2I4VA 4H3FA 4R8YA 4H3JA 3UQUA 1MERA 1PROA 5P5KA 4Y9WA 2ER9E 3O9DA 2J9KA 5P8KA 3HW1A 5P41A 1KJFA 4R91A 1HVHA 3PJ6A 5P8NA 4HDBA 3Q3TA 5P1PA 5P2MA 4YCYA 1MTRA 5P68A 3PMUA 2QD8A 3OQFA 5DR4A 4X7IA 1D4LA 5P78A 1KJ7A 5P44A 4DQGA 1FFIC 2QHCA 1ME6A 1OEXA 2IS0A 3S45A 3PRSA 4OBKA 4OBHA 1SBGA 4H3IA 3ZMGA 2IQGA 3CKTA 1W6IA 3EL1A 3APRE 3QI1A 2AVQA 1HIVA 4PEPA 3HVGA 5P8UA 3ZPTA 5OZEA 5T4SA 1D4JA 1QBUA 5DGWA 3DK1A 4Y5CA 2OHQA 4D85A 1EBZA 3KN0A 4LC7A 5KQZA 1BVEA 4UPJA 1UH7A 1BXOA 4Y5MA 2P3DA 3OUDA 4RZ1A 4AA9A 2ZDZA 3HDKA 1IVPA 4YD6A 3G72A 5DR7A 1RQ9A 3IN4A 1ZSRA 3IVIA 4DH6A 3N3IA 4ZPFA 4DJPA 5OZ2A 1EPME 2QZLA 5P45A 2QCIA 5P14A 1BDLA 1FMBA 4TVHA 5P5MA 4Y41A 2WEZA 2WEAA 5DQ1A 3ZKNA 1SIVA 1HVJA 3OQKA 5DGUA 4Y5BA 1ZJ7A 5P0TA 4GYEA 4K4RA 2B8VA 1MRWA 3BUHA 4J1HA 5P4FA 2O4KA 3OAGB 5P2ZA 5P5YA 3ZOVA 4DJVA 3L5CA 2IENA 5P0QA 2OHSA 5OZHA 5I3YA 1EPNE 4LP9A 5OYUA 4FRIA 5HE7A 2V12C 4PZXA 5P65A 3OADB 3OGQA 5P76A 4Y37A 4HZTA 3INEA 4TRZA 4Y45A 1MESA 3L58A 3VF3A 3DCKA 5OZ8A 5P27A 2VKMA 4QLHA 4DQFA 3SA3A 5P08A 1YTHA 3OQ7A 5HDVA 3UDYA 4EJLA 2AVSA 5P1YA 2QZKA 1HVKA 1YM4A 2FLEA 2SAMA 3G70A 4B70A 4JOOA 1Z8CA 5P7GA 5P6XA 4HVPA 2G94A 3KDCA 4OD9B 3BXRA 3AIDA 3D91A 5P6QA 5P3CA 4FM7A 1LF4A 3FSMA 3I7EA 3KMXA 4Y48A 5P8SA 3FX5A 1HEGE 3GI0A 4GJCA 3GW5A 3DM6A 5P3GA 5ENKA 2NMYA 1FIVA 4OBGA 5P18A 5JFPA 4Y3EA 2V13A 4Y3TA 5P5LA 5P3VA 4L1AA 1SIPA 4WY1A 4I0EA 5P8GA 5P4IA 5P2EA 3LINA 5ER1E 5P2SA 2P4JA 1U8GA 5P73A 4EP2A 3IXOA 5P1TA 4FCOA 5P83A 2EWYA 3RVIA 4YD3A 5P75A 5P5XA 4KB9A 5P7EA 3OXCA 5P62A 2J9JA 1LZQA 2R3TA 4WY6A 5P5RA 1HXBA 4Y47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH9 A;  4CKU A;  4DFG A;  5P0N A;  3ZL7 A;  4A6B A;  1F7A A;  3U7S A;  3TOF A;  1IZE A;  3CID A;  2P3A A;  1HRN A;  1NSO A;  4Y4W A;  5P1H A;  1HVC A;  4EQ0 A;  4GJB A;  3R4B A;  3EM3 A;  2QD7 A;  1EBW A;  5KR8 A;  5OZ9 A;  5P5D A;  3O9G A;  3CIB A;  2QI6 A;  4J55 A;  4M8X A;  2V0Z C;  4DQC A;  2PWC A;  1T6E X;  3LNK A;  1LS5 A;  5COP A;  5P3R A;  4RRN A;  2VIY A;  2PC0 A;  4L7J A;  3RTN A;  2NXL A;  2VA6 A;  3QRM A;  4Y4J A;  3PLL A;  4X2L A;  5P1F A;  1C6Z A;  5P69 A;  4APR E;  5P8F A;  5AH8 A;  1SH9 A;  2FXD A;  5DR0 A;  5P0J A;  4GJD A;  5KR2 A;  5OZA A;  5P1A A;  4ZEA A;  5P2N A;  5P2U A;  1PPK E;  4K4Q A;  1D4H A;  1PFZ A;  4Y4X A;  3AUP A;  1AAQ A;  3NUJ A;  1MIQ A;  2QI5 A;  2ZJN A;  4Q5M A;  3SKF A;  1BWA A;  5P0A A;  4GJ8 A;  1KJH A;  3BGB A;  2IRZ A;  5IS4 A;  3KM4 A;  3INF A;  5P4H A;  2G24 A;  1ODX A;  4GID A;  5P2J A;  5P30 A;  5P5H A;  5P63 A;  2QI4 A;  5ISJ A;  4NJU A;  1YG9 A;  2QU3 A;  3TPR A;  1GNO A;  1PSO E;  5P3N A;  5KQX A;  4FGX A;  3TTP A;  1B6L A;  4AMT A;  5P6H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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