5HU0A

Bace1 in complex with 4-(3-(furan-2-carboxamido)phenyl)-1-methyl-5-oxo-4-phenylimidazolidin-2-iminium
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu0A02
3ER5E 4YDFA 5P8GA 1ME6A 2ZHSA 1A9MA 3LZUA 5P3MA 3SM1A 4B78A 4Y4GA 4APRE 3IN4A 3KN0A 2FNSA 3QPJA 4NJSA 5P8DA 2PSVA 3LITA 5OZMA 5OZFA 5P2GA 5OZ8A 3LPIA 4DJOA 3CKRA 3ZKIA 4F73A 5P1LA 4ER2E 2IENA 4AZYA 3MXEA 4CPWA 3O99A 3I8WA 1IVQA 5P7DA 1K2CA 1K1UA 5P5DA 1DMPA 5P0UA 4F75A 3QS1A 2PYMA 5I3WA 3PI0A 3EL9A 3IXKA 5OZIA 4Y6MA 4Y4EA 5P06A 4Y3FA 2IRZA 5P43A 2VS2A 5P47A 5P6XA 1MT8A 4I0DA 4Z2ZA 3B7VA 1GVTA 5CLMA 2O4PA 2Q11A 5JODA 5P2RA 1BV9A 6FIVA 3BGCA 3ZOVA 5P1GA 4J1KA 3O9BA 2R5QA 3TPRA 1EPOE 4YD7A 5P7VA 1Z1RA 2V0ZC 2FMBA 2O4NA 2QI7A 3OWNA 5P4AA 5AH8A 4R5NA 2Q5KA 4KB9A 1PPME 1E80E 1QBRA 5P20A 3EMYA 3APRE 4DQBA 1PPLE 5P5IA 4L7HA 5P6HA 1FLHA 5P16A 5P3JA 2R38A 1UH7A 5AH9A 5P32A 4RGHA 5P8VA 3FV3A 2RMPA 4YCKA 1IBQA 2QU2A 2WF4A 5P7QA 1HSIA 4B1EA 1ENTE 5DGUA 3TPPA 1GVVA 1B5FB 3GW5A 4HDPA 2RENA 4Y3SA 3GI6A 2G1OA 5P31A 3ZLQA 3NSHA 4LL3A 4XX4A 3UQPA 3GI4A 1FEJC 3S43B 1ZLFA 5P8FA 3NUJA 4Z4XA 3BXSA 5P7PA 3LIYA 1MUIA 5OYZA 5OZGA 3GGUA 4DV9A 1NH0A 5P3OA 5DPZA 2OHTA 2B8LA 5DQ5A 2V13A 1HVSA 2Q63A 3R4BA 5HU0A 2NXDA 5P1YA 1T7KA 1EAGA 3L58A 5P6ZA 1JLDA 4RLDA 5P0ZA 5P55A 3BVBA 2ZJLA 4JECA 5P1QA 5ISKA 2B42A 3UPJA 3OUDB 2Q15A 1EBWA 5P3HA 5P5YA 4U7QA 4DI2A 2HB2A 1XE5A 5HU1A 1PSNA 3UDMA 3QVIA 3EL0A 2HIZA 3INFA 1HOSA 3I25A 3WZ6A 5P5VA 4CPSA 3SPKA 1KJGA 5P58A 3EM6A 1EPME 2QI4A 1ODXA 3Q4BA 2QZKA 2PWCA 3RU1A 4Y5MA 4Y3TA 1BDRA 1EC3A 5P7FA 1YG9A 5P30A 4LXAA 4B0QA 5P5KA 1FFIC 5P17A 3LIVA 2VIEA 4Y3AA 5P8EA 3N4LA 5P15A 4UPJA 2BKTA 1OEWA 5P3RA 4Y5CA 5P4GA 5P59A 1ZAPA 4YD5A 5P6NA 5P1CA 1MSNA 5P62A 4BELA 1FF0C 3SA5A 3JVYA 9HVPA 1BXQA 3UDHA 2ZE1A 4YD3A 1D4IA 4D83A 5P8CA 5P25A 5P6VA 3APPA 1SIVA 2NMYA 3UQRA 4LAPA 5OZXA 2P8HA 4OBJA 5OZTA 5P64A 3ZL7A 4Y53A 1A8GA 3D91A 3PM4A 1HBVA 5P2CA 1W6HA 4M8XA 3SACA 2I4VA 5BWYA 4RCFA 2PMAA 3UQXA 3OXVA 5P8UA 3NU4A 4QJ7A 5P10A 5ENMA 3S45A 4HDFA 3I7EA 5P7BA 4Q1XA 2G20A 5P05A 5P8OA 4Y58A 2V11C 4PEPA 5OYRA 2H6SA 4DJUA 5P4NA 5P5XA 5P04A 2QZXA 1M43A 2V16C 4Y3GA 5OZ9A 4COEA 4MC6A 4Y54A 4OD9A 5TOLA 4LXMA 4ACUA 5COKA 1D4KA 1HWRA 3Q6YA 5P1OA 1IDBA 4EJ8A 2VA7A 4EJKA 2OHNA 2JJJA 2Q64A 4FIVA 4Y3JA 3NXEA 3NDTA 2F80A 2ZHVA 5P2KA 1ZPAA 4Y3ZA 1TCXA 3WZ8A 3T7XA 2AOIA 4Y4ZA 3PWRA 2PWRA 2PSGA 2BPVA 3TKGA 3OQKA 1IZDA 2G1RA 4NPTA 5P4TA 5P7SA 1WBKA 2JXRA 4YCYA 5P42A 5I70A 3Q70A 4PPHA 4I1CA 3NU5A 3PJ6A 3JW2A 4DJXA 4QJ2A 3VV8A 2FS4A 5F01A 1QBSA 3URIA 5P7OA 5KQXA 4A6BA 5OZPA 1APWE 4ZEAA 2PSUA 4J0TA 3ER3E 1MVPA 2I4UA 4YE3A 1BDLA 4N00A 5HTZA 5P0LA 4I0ZA 4NPUA 5HVPA 1UPJA 1MIQA 2AOCA 4DUSA 5P0RA 4Y3XA 2WHHA 1D4LA 5P1IA 3R0WA 1C6ZA 1GNNA 3QN8A 5P6QA 3BXRA 5P0DA 5P8BA 2QI0A 2O4KA 5P0TA 2UY0A 4B1DA 3OUAA 5P3PA 2XYEA 1YM4A 1Z1HA 4DFGA 1HPSA 3UDJA 2WF0A 3EKYA 4KE0A 5P6CA 1D4JA 4H3JA 5P41A 3LHGA 3O9IA 2XYFA 1LF3A 5KAOA 5P6OA 3TTPA 1QBTA 1SMRA 3KA2A 1LYWA 2P83A 4FSLA 3EKPA 4D85A 1RV7A 5P3VA 3DV5A 3CICA 1SDVA 2XFJA 3IN3A 5P4UA 2BPYA 5AHCA 1HPXA 5COOA 1T7JA 1APTE 4OBGA 5P0IA 1G0VA 5P1JA 3VLBA 5P72A 4OBKA 2P3BB 4H3FA 5IVQA 5OZOA 5OZ0A 5P5JA 3IAWA 4LHHA 1IZIA 2F3EA 5P4BA 5P4ZA 4BFBA 2J9JA 1LYBB 5P7KA 5BS4A 1UH8A 5P2XA 5P52A 4FS4A 3OQAA 2QHYA 4L6BA 2AZ9A 5P7UA 1TZSA 5P4EA 1ER8E 1QS8A 3KFPA 5P3BA 1FQ6A 3FX5A 1HEGE 1META 2I4XA 2WJOA 3QBFA 2F8GA 4HZTA 4OBFA 5P6SA 2OHQA 2QP8A 3D1ZA 2PH6A 4ZSQA 1SBGA 5P6IA 1LS5A 3CKPA 5P7AA 2Z4OA 2Q55A 2HC0A 3H0BA 5P34A 3MWSA 2QI3A 3HVGA 1PSAA 2ZDZA 1LZQA 3OU4A 4K9HA 5P56A 1ZSRA 4RRSA 3OQ7A 4FRKA 4Z50A 3BVAA 5P5QA 2OAHA 3RTNA 5IVTA 5P45A 2VNMA 5AHBA 4IVTA 4ZPGA 3KDDA 5P2JA 5P5UA 5P4DA 5P6TA 3EKTA 3O9DA 1HXWA 3VF5A 5E5JA 3TOHA 1ZPKA 1YTGA 4Y38A 4FRSA 1SP5A 3OADA 5DQ2A 1AAQA 3NUOA 5KQFA 5P81A 5P85A 4B72A 5SZ9A 3WB5A 2ZJNA 4RVJA 2R5PA 1EBKC 3IA9A 3O9LA 2ZYEA 5P89A 4ER4E 2F3FA 4DPIA 2B7FA 5P0QA 1T7IA 1E82E 1GVUA 5P40A 1BAIA 1EC2A 3LIZA 2VJ9A 5P80A 5EZZA 3IVHA 2XFKA 2NTRA 2PC0A 5P7IA 4GJ8A 1FIVA 4J0PA 3EKQA 3UHLA 1W50A 5P7MA 5P7NA 5OYTA 2Q54A 3PLDA 5P79A 4WY6A 5P3FA 3AUPA 1KJ7A 4EP2A 3VV6A 7UPJA 5AGZA 1C6YA 1B11A 3EXOA 5P2OA 4Y56A 3VYDA 3SA8A 5P6YA 3L5CA 3HZCA 5P2EA 3OU1B 3QRSA 4Y41A 3ST5A 2FXEA 1MESA 4Y5NA 4L1AB 1DW6C 4HVPA 4AA9A 1APUE 2AZ8A 3NLSA 2QZLA 4Y39A 3S2OA 3HD8A 5P71A 5OZ7A 5P0NA 5F00A 5P8HA 5P76A 5KR2A 4FLGA 4NJVA 2NPHA 1BWAA 3LZSA 4BFDA 1EPNE 2QHCA 4J54A 1HEFE 5P3WA 3PBDA 5P39A 3D1YA 4YHQA 5P6WA 1MT7A 2AQUA 4XKXA 5P7GA 3VG1A 3PMUA 3VLAA 5P2WA 2UXZA 1BIMA 4L1AA 4Y3WA 2ZJHA 4I8WA 4Y3EA 4F76A 3CIDA 2QD7A 5HDZA 3VSWA 2FIVA 1YT9A 3OXWA 3G6ZA 3UF3A 1BVGA 4I11A 4ZLSA 1A30A 1EBYA 3IVIA 3R0YA 2QHZA 4Y57A 1A94A 3IXOA 2QCIA 1M0BA 1SIPA 1ODYA 2RKFA 5P6KA 5P0GA 4D8CA 1FKNA 1SMEA 3NXNA 1HTGA 3L38A 3LINA 3U7SA 5P1NA 5C9DA 1NPAA 4I0FA 5P8AA 5P1EA 3ZKSA 2QMFA 5P01A 4B70A 4KE1A 1MRXA 1VIJA 3ECGA 3I6OA 3EC0A 4Y4XA 5OZBA 5DGWA 2QNQA 4DJPA 5IE1A 1XN2A 5P1ZA 4ZSPA 4Y5EA 4Y4WA 4YA8A 5P2VA 5P6UA 4PZWA 4J1IA 4QJAA 4J1CA 2AVQA 1GVXA 5P3IA 5P2IA 3NWXA 4YOBA 3WSJA 4RZ1A 2FDPA 5OZVA 5IVSA 5AHAA 3K1WA 3ZKMA 1HTEA 3INEA 5P73A 5P6JA 2AZBA 3RSVA 4HE9A 5DR4A 3UQWA 1BBSA 1OD1A 5OZHA 5P83A 5ISJA 5OZ2A 5OZCA 5P5AA 4TRZA 3UDRA 3KDCA 5OZ6A 2IS0A 3O9FA 3QRVA 1SH9A 2NNPA 5HDVA 3SAAA 3MXDA 5OYUA 1AVFA 5P3DA 3EL4A 4GJ9A 5OZQA 5P29A 4Q1YA 5P1WA 1LF4A 5BRYA 5P6LA 3TL9A 3O9AA 3EKVA 3MSJA 1B5FA 5P0AA 5P0SA 5P4KA 4FCOA 5P3XA 4EQJA 5P8IA 5P2BA 4J5JA 3OXXA 2WEDA 4GJ7A 5P3CA 2R3WA 5T4SA 5P0XA 6UPJA 4LXKA 2BB9A 3OQDA 3S43A 1IZEA 4FAEA 5HE4A 5P0YA 3PSUA 5P3EA 5KR8A 5OZKA 4ACXA 3K5DA 3C9XA 5P6AA 5P0MA 5HE5A 1HVIA 1TCWA 3QROA 2BKSA 5P84A 1W5WA 2IKUA 1XE6A 1D4SA 2IKOA 4Y45A 5P5MA 2AVOA 2AOGA 3INHA 5P0CA 3OUDA 4Q5MA 3Q5HA 1HXBA 5HDXA 1RPIA 2ANLA 3KYRA 4CMSA 2JE4A 3KDBA 3OU3A 3LNKA 3O9CA 4Y4AA 5P4YA 4EYRA 5OZWA 5P6RA 4EHCA 3KT5A 5P48A 5P60A 2AOFA 2I4WA 5P6GA 2FLEA 1LEEA 3UCBA 2OHPA 5OYVA 3DK1A 2IDWA 1SDTA 5OZRA 5P6BA 5IVRA 5P5PA 4XX3A 2V00A 5P23A 3VUCA 3TPJA 3K5CA 2QK5A 2ER0E 2P3CA 5P78A 5OYSA 3LPKA 1SGZA 3BGBA 5P5WA 3NDWA 2QZWA 2O40A 4GJBA 5P68A 5P69A 2OHMA 4RRNA 2XFIA 5ER1E 5EZXA 5P22A 1HVHA 4PHVA 4WY1A 1LF2A 3ZMGA 3SM2A 3SA7A 2VA6A 1IVPA 1ODWA 4Y3DA 3PEPA 4ZPEA 1FQ8A 1IIQA 2HS2A 4FM7A 4MC9A 5ER2E 5PEPA 5P4OA 4IVSA 3LPJA 1K6CA 1AXAA 1BDQA 3NU6A 2ZHTA 4OBZB 3EL1A 1FB7A 3RSXA 1Z8CA 4AA8A 4J17A 4Y50A 1CPIA 5P46A 2WL0A 1SGUA 3SA9A 1B6PA 5SXNA 4EPJA 4A6CA 5OZJA 1WKRA 5P8NA 5P7CA 3CYWA 4GB2A 1DP5A 1KJHA 5P2UA 3HAWA 1TW7A 5P88A 3GGVA 3FNSA 5E5KA 5P13A 4Z22A 5HCTA 5P03A 5P7EA 4EWOA 3T3CA 4ZPFA 1IDAA 5DR1A 2ZJKA 4OBZA 4RYGA 2HB4A 3TH9A 2I1AA 5OZYA 3SO9A 5P1DA 2IGYA 4Y3MA 1XL2A 3M9FA 5P6MA 1T6GA 5P77A 4LC7A 5P6PA 5AH7A 5COPA 4FAFA 4Q1WA 2QMDA 2WF3A 5P27A 3OGQA 2WF1A 1K6PA 5P3YA 3KFRA 1ZTZA 5P53A 5JG1A 5P7HA 3TOFA 4DJQA 2BPXA 4APEA 2BPWA 2WF2A 3OHFA 3VYEA 2PQZA 2APRA 2OHLA 1G35A 1NSOA 2RKGA 2PYNA 2RSPA 4CPXA 1HIHA 4DQEA 3GGXA 3H5BA 5P4WA 2AOHA 5P8JA 1MEUA 2OF0A 2A4FA 4KUPA 5P2MA 5P7ZA 4RROA 2R8NA 5DQCA 2FDDA 3EKWA 3DUYA 3FKTA 1PFZA 3G72A 5P5SA 1FG8C 5P86A 3CYXA 3L5BA 3QBHA 4DH6A 2O4LA 4H3IA 1FMUA 5P87A 2G21A 1LYAB 3L59A 3S7MA 5P0BA 2P3BA 3NDUA 4TRWA 5KQZA 5P3NA 4FSEA 4DJRA 2P4JA 5P2AA 4OBDA 1LYBA 1W6IA 3DJKA 5P54A 4TVGA 5P1SA 2VJ7A 5DR7A 1DPJA 5P44A 5P4CA 5P7XA 1RNEA 5P5NA 2G1NA 2I0AA 5AH6A 4CPRA 1EEDP 5P7JA 5P11A 1MRWA 3OOZA 3CIBA 5KR1A 2F3KA 4MC2A 3LIQA 5P5TA 5P75A 5P8KA 3SQFA 2BJUA 3AIDA 4JOOA 4YBIA 1YTJA 4R8YA 3CKTA 3QVCA 1HHPA 4CP7A 2QNNA 5P6FA 4D88A 4K4PA 1MERA 3BHEA 2P3DA 3HAUA 4FRJA 1HVCA 5P3TA 3D3TA 4J0ZA 4D89A 5P3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ER5 E;  4YDF A;  5P8G A;  1ME6 A;  2ZHS A;  1A9M A;  3LZU A;  5P3M A;  3SM1 A;  4B78 A;  4Y4G A;  4APR E;  3IN4 A;  3KN0 A;  2FNS A;  3QPJ A;  4NJS A;  5P8D A;  2PSV A;  3LIT A;  5OZM A;  5OZF A;  5P2G A;  5OZ8 A;  3LPI A;  4DJO A;  3CKR A;  3ZKI A;  4F73 A;  5P1L A;  4ER2 E;  2IEN A;  4AZY A;  3MXE A;  4CPW A;  3O99 A;  3I8W A;  1IVQ A;  5P7D A;  1K2C A;  1K1U A;  5P5D A;  1DMP A;  5P0U A;  4F75 A;  3QS1 A;  2PYM A;  5I3W A;  3PI0 A;  3EL9 A;  3IXK A;  5OZI A;  4Y6M A;  4Y4E A;  5P06 A;  4Y3F A;  2IRZ A;  5P43 A;  2VS2 A;  5P47 A;  5P6X A;  1MT8 A;  4I0D A;  4Z2Z A;  3B7V A;  1GVT A;  5CLM A;  2O4P A;  2Q11 A;  5JOD A;  5P2R A;  1BV9 A;  6FIV A;  3BGC A;  3ZOV A;  5P1G A;  4J1K A;  3O9B A;  2R5Q A;  3TPR A;  1EPO E;  4YD7 A;  5P7V A;  1Z1R A;  2V0Z C;  2FMB A;  2O4N A;  2QI7 A;  3OWN A;  5P4A A;  5AH8 A;  4R5N A;  2Q5K A;  4KB9 A;  1PPM E;  1E80 E;  1QBR A;  5P20 A;  3EMY A;  3APR E;  4DQB A;  1PPL E;  5P5I A;  4L7H A;  5P6H A;  1FLH A;  5P16 A;  5P3J A;  2R38 A;  1UH7 A;  5AH9 A;  5P32 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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