5HVPA

Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-angstroms resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-A resolution.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hvpA00
4F74A 2CEJA 3I2LA 5OZLA 2OHQA 2F3EA 4LXAA 5P27A 3OY4A 1APWE 4FE6A 5P7LA 3LIZA 1EC0A 1XE6A 4FRKA 5ENMA 3R0YA 5SY3A 4FRJA 5P8IA 3WSJA 2G26A 1OEWA 4APEA 1F34A 3SACA 3IN4A 5P3JA 4Y5NA 3EKXA 5P1GA 2XYEA 5P3XA 5P7FA 5HDVA 3S54A 1YM4A 5OYSA 3SKFA 4OC6B 2VIZA 5P0LA 3PMYA 4DJPA 5P4YA 1HVSA 2NR6A 4ZPGA 1ZJ7A 3OQFA 4Y9WA 3ZOVA 1W51A 2O4LA 2PYNA 3KT5A 1FMBA 5OYYA 4LBTA 1EBZA 2R5PA 4PEPA 5OYWA 2O40A 3MXDA 5P4HA 5P25A 2B8VA 5P5GA 3TNEA 1IZEA 4RRNA 3LHGA 1B6JA 1AAQA 3HLOA 1DAZC 4JPCA 1C6ZA 1EPME 1RQ9A 4KB9A 1VIJA 5EZXA 1ZTZA 5OZTA 5P0KA 4AMTA 1FFFC 2G27A 1EPRE 3I7EA 4TRYA 3ZPUA 5P1RA 1EPLE 5KQFA 2Q15A 2V0ZC 3INFA 4I12A 1EC3A 1QS8A 3G70A 4BFDA 3WZ6A 3CICA 5OZCA 2AZ8A 3QRMA 3NU4A 3OXCA 5P13A 5P6PA 5I3VA 2AVQA 1OHRA 3LZSA 1SGUA 4QGIA 3HAUA 5AHBA 5P4KA 5P65A 1SDTA 1HVRA 4Y4XA 5SY2A 1ZLFA 4WY6A 2OHTA 5P8VA 3QVCA 1BAIA 1Z1RA 4B72A 5P8QA 3KDCA 4ACXA 2HB4A 4K4PA 4RCFA 4B1EA 3GI4A 1G35A 3KDBA 3B7VA 5P6RA 5DQ4A 5CONA 1DW6C 1NPWA 1APVE 4OBGA 4YDFA 3BXRA 5P1YA 1WKRA 3UQUA 3SM2A 4J1CA 5P09A 3NSHA 5IE1A 3PMUA 3VUCA 4CP7A 2FDPA 5P1XA 4M8YA 5AGZA 1MESA 4Y5CA 5P08A 4F76A 4DJXA 3Q4BA 1DMPA 4NPTA 3SA4A 5P40A 3PSGA 5P8MA 3VV6A 4ZSQA 5P50A 1E80E 5P8KA 4Y3YA 3KYRA 5P5PA 1VIKA 5P28A 5HVPA 3BVAA 4MC6A 4YD7A 4L6BA 2IGXA 4Y41A 5P5NA 2ER9E 5P1LA 5DQCA 3NWQA 5P5RA 3K5GA 4YD6A 1PFZA 2ZJMA 5P4DA 2HS1A 5P0DA 1E81E 2PMAA 3ZKQA 5P7CA 5P56A 4R93A 3S45A 1SBGA 2OHNA 5B18A 3DCRA 3INEA 1IZHA 4ZSRA 4DQEA 3GGXA 4HLAA 1SH9A 5P3BA 2ZDZA 1MVPA 3NDUA 4Q1NA 5E5KA 2BBBA 3VYFA 1MSMA 1EBKC 5OZ6A 5P3AA 5P5LA 2BJUA 5UPJA 2AOGA 4FRSA 4F75A 3GI0A 2AVOA 3D20A 2NXLA 5AH9A 5P15A 2ASIA 3OU3A 5P5OA 5P30A 4B1CA 5P7BA 3EM6A 2AOHA 3LIXA 1U8GA 3T6IA 5KR2A 5IVTA 1E82E 3WB5A 3VYEA 3K5CA 4Y3LA 2BQVA 5P4UA 2B7FA 2VA6A 3OTYA 5P6NA 4LP9A 3K4VC 4A6BA 2G1NA 2QI1A 5DR0A 5P7AA 1MT9A 4A6CA 5P69A 4Z50A 1AVFA 2XYFA 1HBVA 3OQAA 3VF5A 5KQZA 2QI3A 3UFNA 5P4OA 3NLSA 4I1CA 3IVHA 4J1HA 1DP5A 1RV7A 4DFGA 1KZKA 3FIVA 3BGCA 1MSNA 3CYXA 5P0FA 4DJOA 4J1FA 3TTPA 1HVLA 3K4VA 3TPLA 1LYBA 4LL3A 1JLDA 5P3OA 5P4EA 2QI5A 4I0FA 1RL8A 4EQJA 1YTGA 5DQ1A 3PGIA 4NJTA 4DQFA 4Y3SA 2IKUA 2G21A 5P2TA 4Y3RA 1HXBA 4Y4AA 3EM3A 4JP9A 4RVJA 2QMGA 1D4YA 1J71A 2R5QA 5P79A 3RSXA 3O9BA 5OZRA 4Y3XA 2WF3A 4X2LA 3S43B 4OD9B 5JFUA 2IGYA 1LZQA 2QU2A 1D4SA 4YCKA 3OUDB 2G94A 4GZFA 1QRPE 1GVVA 2V11C 3EKQA 2F3FA 2WEAA 2G1SA 4RVIA 3IXKA 5HE5A 2XFKA 5P1ZA 1YM2A 3SKGA 3PSYA 4AA8A 1LV1A 4XKXA 5P2HA 4Y3PA 1LF2A 2OHKA 4GJDA 5ER2E 5P8RA 7HVPA 3VF3A 1A8KA 3APPA 1C6XA 3QVIA 4Y54A 2P3CA 3BRAA 4FL8A 2G1OA 3T7XA 5P3VA 2P4JA 3LZUA 4AUCA 5P2BA 4I11A 5P82A 5KR1A 2P3AA 4YOAA 2ZYEA 3DK1A 4B0QA 5P4FA 3I8WA 5OZ4A 4J0VA 4NJVA 5P20A 4ZPEA 3SPKA 3TH9A 4J5JA 3LIVA 4MC2A 2WEZA 5BS4A 5P36A 1XN2A 3OGPA 1HVIA 1FB7A 1FMXA 5P1BA 5C9FA 1E5OE 3S53A 2A1EA 3FV3A 2VKMA 2VA7A 4DJVA 3O9DA 3UDKA 3D1ZA 3KDDA 4J54A 2IRZA 4COEA 4D85A 5OZJA 4A4QA 4GMIA 1BDLA 2BPWA 3IA9A 3K5FA 5P6EA 3UQRA 3LIYA 2PK5A 1GNOA 1KJ4A 4OC6A 5P1WA 4D8CA 5ISJA 4Y5AA 1B11A 3ZKIA 4EJKA 2QD6A 5BRYA 5P5KA 3S7MA 1KJ7A 4Y5LA 2JJJA 3UQWA 5P6TA 5F00A 2AOFA 5OZ9A 3KN0A 4CPXA 3PJ6A 4NPUA 4DV9A 3OXVA 4ZPFA 4FIVA 3MSKA 1SMEA 3OU4A 1MERA 3L5FA 2B42A 4Y3GA 4RZ1A 3L5DA 4NJSA 5P37A 3KMYA 3CMSA 5P59A 2J9JB 3H5BA 5P4SA 4EYRA 5P2DA 2HIZA 2J9KA 1LS5A 2OHSA 1LYWB 4H3FA 4HVPA 3RTMA 1MPPA 3L5BA 5T4SA 3TKGA 1LF3A 4CKUA 3ZKNA 5P61A 5P8DA 4J17A 1LF4A 5P0GA 5I3YA 5P8CA 5P53A 5OZPA 1T3RA 5P03A 1IZIA 3JVWA 5AHCA 4FLGA 1FIVA 2HM1A 5DPZA 1HEGE 3OQ7A 3KMXA 3PEPA 5P74A 3SO9A 5P7OA 1QBTA 1D4KA 5P5TA 2QNPA 3S56A 2VNMA 4FCOA 4YHQA 3VSWA 1HXWA 5P1AA 3PWRA 1K6VA 3G6ZA 1HTFA 5C9DA 3SAAA 5P26A 4Y3FA 4E43A 5OZFA 4QJ8A 5P6KA 1APUE 3S8IA 4Y3EA 3Q5HA 4Y3AA 3HW1A 4KUPA 3BXSA 3OADB 4Y5MA 5P2CA 3KFPA 3LNKA 5P2KA 1HOSA 3EL4A 2FS4A 3CYWA 4IVSA 5P4XA 2QI0A 5P73A 2PQZA 1B6MA 2HB3A 5P22A 5P86A 4ZIPA 3MSLA 1PROA 3KF0A 4QJ7A 1HPVA 5P8AA 3MXEA 5P0OA 5P3IA 4F73A 5OZDA 2AIDA 3I6OA 2B60A 3C9XA 2QHZA 6APRE 3EKVA 5DQ2A 2XFIA 3FNTA 2QCIA 3OQKA 3K1WA 3EL5A 2QP8A 2WKZA 3PM4A 3SQFA 3ZKXA 3BVBA 3URLA 3TPRA 5PEPA 5J25A 1FG6C 6FIVA 2V16C 5HTZA 5P8EA 5P6BA 1G6LA 5P01A 3TPJA 1B6KA 5P5AA 2QI6A 5P4PA 2OHPA 2VJ9A 5P89A 4ZE6A 3VYDA 5EZZA 1FQ6A 4Y37A 1AJVA 1G0VA 2G1RA 3GGAA 5ER1E 4PHVA 2QNNA 4I8ZA 4ACUA 5P55A 2F8GA 5OZ7A 5P7HA 3OUBA 3URJA 1TQFA 3PI5A 4GJ5A 5P2OA 1EAGA 3NR6A 3LZVA 5P3NA 5P46A 3GGUA 3O9LB 4RLDA 2PSGA 1IDAA 1Z1HA 2UY0A 1XL5A 5P4LA 4J55A 5P2NA 1W5WA 2I4VA 3PCWA 5P5BA 5P83A 5I70A 4DVFA 2QMFA 5HU1A 1ER8E 3ECGA 3VV8A 2PWCA 2QU3A 5P1SA 5P7GA 5P6LA 5P1EA 1WBMA 1T7IA 3JVYA 5P8LA 4B00A 1PSAA 2VIEA 4FSEA 3LPJA 1IDBA 3CIBA 3LZYA 5P8BA 3KM4A 5P39A 2G20A 3QS1A 3PCZA 3OXXA 3ZKMA 1XS7D 1HSIA 1GVXA 4EPJA 5OZ0A 3NU5A 2I0AA 3LIQA 5OZOA 3ZL7A 4DPFA 4YCYA 1B6LA 5P51A 2ZHVA 1ME6A 4XX3A 5P6UA 3GW5A 3QRVA 5AH6A 1UPJA 1FQXA 4WY1A 2QHCA 1SIVA 3HVGA 2ER7E 3GGVA 3VG1A 4PYVA 4YE3A 5OYQA 3UF3A 3UTLA 5P17A 3PRSA 4JPEA 3OOZA 2Z54A 4U7QA 3NU9A 3IVIA 4ZSPA 2Q3KA 5P6AA 4L7HA 2P3BB 4Y4BA 4R91A 7UPJA 3O99A 4PZXA 5HCOA 5OYTA 1EPNE 5P1JA 5P0QA 3CKPA 1T7KA 2I0DA 3WZ8A 3PSUA 2IDWA 5P4RA 4EJDA 4PZWA 4Y44A 5APRE 5OZAA 3VLBA 4HDFA 5P8JA 5P1CA 3KFSA 4MC1A 2PK6A 1CMSA 2P3DA 1CZIE 1GVUA 2R8NA 2IENA 3IAWA 3S7LA 1FG8C 2NPHA 1FFIC 4J1EA 4Z2ZA 4Y57A 4I10A 1W50A 5P6DA 3U6AA 2I4XA 2SAMA 5DR8A 2HB2A 5IVRA 5P4JA 5AH8A 2V12C 2HC0A 3FNUA 5P3HA 4FM7A 5KQYA 5P5HA 4CMSA 4OBJA 4Y5PA 5P75A 3OK9A 2OHRA 2H6TA 3GI6A 4DJUA 3L5EA 4FRIA 5P1MA 2BPXA 5OZYA 4Y4EA 1ZP8A 2AOEA 5OYXA 1TW7A 5SZ9A 1ZPAA 4QJAA 4EP2A 2AODA 5KR0A 1K1TA 3INDA 5P5JA 5P1HA 3FX5A 3VSXA 3IN3A 2QHYA 4Y48A 4OBZB 2QI7A 5P2QA 5P43A 2FGUA 1YG9A 1MRXA 2NXMA 2WF0A 5P1PA 3ZLQA 5P0IA 2VS2A 2WEBA 1TZSA 2VNNA 3D3TA 2ANLA 1C6YA 2G1YA 1HIHA 5OYRA 1W6IA 5HDXA 3UDRA 4B1DA 2BPYA 3EC0A 3TLHA 5DR4A 5DR1A 5P1KA 5P49A 4FAFA 5SXNA 5P06A 1HHPA 3BUGA 5KOQA 3TL9A 5P4NA 5P2GA 5AH7A 1K2CA 4FAEA 3UCBA 4D89A 3T11A 3SA5A 3BUHA 3HBOA 4Z22A 3S85A 3K5DA 2OAHA 3SA7A 2IEOA 5P2LA 5P77A 2J9JA 4Y3ZA 5P2UA 5P64A 4CPUA 3NYGA 2OHUA 2AOJA 2V10C 1FKNA 5P3WA 5P1OA 4Y3JA 2WF1A 1EPPE 3VLAA 1B5FA 1PSNA 1EEDP 2IQGA 5P23A 1XN3A 4GJAA 4LAPA 1BIMA 1HSGA 4LC7A 3FKTA 5P4CA 2APRA 5P18A 2AVMA 2ZJHA 3F9QA 1META 4XXSA 3TOFA 1BXOA 5P4MA 3OU1A 3OWNA 3UDMA 2NMYA 4HEGA 4D83A 4WTUA 4YBFA 4J0ZA 4Y4DA 1DIFA 4FM8A 5E5JA 2VA5A 1HVCA 4Y3WA 5OZ8A 1YTHA 1IIQA 5P3KA 4NJUA 3SABA 5P2YA 3CKRA 1YT9A 2P83A 5OZBA 1HVHA 5P72A 1EBWA 2O4PA 5P5FA 2IS0A 4ZSMA 2WHHA 3RU1A 5P5SA 1ZBGA 2JJIA 2FXDA 5P7SA 5P3QA 3DJKA 4DQGA 4XX4A 5P2XA 3OAGB 3HD8A 5P3TA 5P48A 1MEUA 4ZEAA 5P5VA 4K8SA 3NUJA 1D4IA 3OADA 5P1NA 5OZGA 5P63A 5P35A 4APRE 4DI2A 2FDDA 3NDTA 1RNEA 2NNKA 4I0JA 2AZ9A 1Q9PA 5P6VA 4J1IA 3LINA 5P32A 1EC1A 4H3GA 4YBIA 4Q1YA 1PPME 5P3EA 3NXEA 1AZ5A 4DQCA 4Y58A 3EKPA 1ODYA 4QLHA 1GVTA 1FMUA 5P3ZA 3EL1A 4EXGA 1IVQA 1IVPA 4I0EA 1MRWA 5P3LA 1GKTA 4CPQA 1K6TA 5P7QA 2AZBA 1K1UA 5P7VA 2QZKA 3HZCA 3EBZA 2Z4OA 2ZHTA 5P5WA 5P87A 4Z4XA 4ER1E 1APTE 2NMZA 5P6CA 4DPIA 1EC2A 1FQ4A 4Y4WA 1W5XA 2QAKA 4Y39A 5I3XA 2RKFA 2ZJLA 1A8GA 2FDEA 1MUIA 5OZWA 4FSLA 4RCDA 1LYAB 5P3MA 5P0WA 1BV7A 2R38A 5P8FA 2HPEA 3IGBA 4Y47A 3T7PA 1MTRA 2IL2A 2FNTA 2RENA 4EXHA 1ZSFA 5IS4A 3R4BA 4OBFA 4DQBA 5P6OA 5P2AA 1FQ7A 3MSJA 3ST5A 5P81A 3EKTA 1SP5A 3SA3A 3VCMA 5DGWA 5OZVA 4EWOA 5P80A 2Q5KA 2QI4A 5OZHA 4NKKA 4Y3HA 3ZKSA 1C70A 3O9CA 5P0JA 2ZJJA 5P7JA 3H0BA 2NXDA 5P8NA 1HEFE 4ZLSA 1M0BA 5P71A 2A4FA 3NXNA 4I8WA 4TVHA 3EL9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F74 A;  2CEJ A;  3I2L A;  5OZL A;  2OHQ A;  2F3E A;  4LXA A;  5P27 A;  3OY4 A;  1APW E;  4FE6 A;  5P7L A;  3LIZ A;  1EC0 A;  1XE6 A;  4FRK A;  5ENM A;  3R0Y A;  5SY3 A;  4FRJ A;  5P8I A;  3WSJ A;  2G26 A;  1OEW A;  4APE A;  1F34 A;  3SAC A;  3IN4 A;  5P3J A;  4Y5N A;  3EKX A;  5P1G A;  2XYE A;  5P3X A;  5P7F A;  5HDV A;  3S54 A;  1YM4 A;  5OYS A;  3SKF A;  4OC6 B;  2VIZ A;  5P0L A;  3PMY A;  4DJP A;  5P4Y A;  1HVS A;  2NR6 A;  4ZPG A;  1ZJ7 A;  3OQF A;  4Y9W A;  3ZOV A;  1W51 A;  2O4L A;  2PYN A;  3KT5 A;  1FMB A;  5OYY A;  4LBT A;  1EBZ A;  2R5P A;  4PEP A;  5OYW A;  2O40 A;  3MXD A;  5P4H A;  5P25 A;  2B8V A;  5P5G A;  3TNE A;  1IZE A;  4RRN A;  3LHG A;  1B6J A;  1AAQ A;  3HLO A;  1DAZ C;  4JPC A;  1C6Z A;  1EPM E;  1RQ9 A;  4KB9 A;  1VIJ A;  5EZX A;  1ZTZ A;  5OZT A;  5P0K A;  4AMT A;  1FFF C;  2G27 A;  1EPR E;  3I7E A;  4TRY A;  3ZPU A;  5P1R A;  1EPL E;  5KQF A;  2Q15 A;  2V0Z C;  3INF A;  4I12 A;  1EC3 A;  1QS8 A;  3G70 A;  4BFD A;  3WZ6 A;  3CIC A;  5OZC A;  2AZ8 A;  3QRM A;  3NU4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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