5HVPA

Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-angstroms resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-A resolution.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hvpA00
3HD8A 4YCTA 5P4AA 7UPJA 2QU3A 3PCWA 2VS2A 5P8EA 2JE4A 1KJHA 1A94A 5P6CA 5P76A 1PSOE 3QBFA 4GJ8A 5JFUA 3ST5A 3CMSA 2EWYA 2UXZA 4BELA 5HTZA 5P8RA 3WZ6A 1G2KA 5P3VA 3NYGA 5P7AA 4DQCA 3NR6A 4X7IA 3ZKIA 2ZHTA 2QI1A 3Q4BA 5P4NA 4Y3AA 4J1FA 1DPJA 2MIPA 3OADB 4NPTA 1YG9A 4R8YA 3FNSA 5P05A 5OZXA 1SDTA 5P5YA 3FKTA 3OK9A 4YD4A 1B5FB 4I8ZA 1PPME 4QLHA 5IVSA 2IEOA 3BVBA 3SACA 5P8SA 4R5NA 3ZMGA 5P4HA 5P65A 4DJXA 1HVIA 5SY2A 5BS4A 2FLEA 1D4HA 2JJIA 2OAHA 2B7ZA 5P8DA 5AHCA 2VIJA 5P6EA 1GVUA 1QS8A 1FFIC 3OTSA 4PYVA 1E81E 3O99A 5P0AA 4DJUA 3IXKA 1BIMA 1G0VA 5P40A 5P2BA 4B05A 5I3XA 2ZHRA 1HTEA 5P0QA 5P2QA 3LIZA 2V16C 4Y38A 1IZHA 4J0YA 1W6HA 4HA5A 3KT5A 2OHSA 5P0FA 5P8TA 5P1DA 5OYSA 2AOJA 1CPIA 3SA3A 1N49A 5F01A 5P2NA 4DVFA 2OHTA 3KMXA 4ZPGA 5P2KA 5P7WA 3INEA 5P14A 4M8XA 3D91A 5P1JA 4RROA 2QCIA 1T6GA 5P2DA 3VLAA 3K1WA 3BXRA 4RLDA 3KDBA 5HDZA 4Z2ZA 2IKOA 2O4NA 1GNNA 4LAPA 2G69A 3INDA 1GKTA 5P0DA 1MIQA 5P43A 5P8IA 5P48A 1PPKE 4HLAA 1TZSA 2G1RA 3HZCA 3NU4A 5KQYA 3VF5A 3T7QA 1BV7A 4GJ9A 5DQ1A 1EBWA 4CPTA 2ZJLA 2H6SA 4Q1WA 2R5QA 2VNMA 4B78A 3H5BA 1MSMA 4FAFA 2A1EA 2AVVA 2QAKA 5P6ZA 3LZYA 2BPXA 5P0PA 4I0FA 1SBGA 1APVE 5OZ4A 3QRVA 4IVTA 5P45A 2QD6A 1KJ4A 1KZKA 5DR4A 1G35A 4XX4A 1DW6C 1FQXA 5P09A 2R5PA 5P3EA 3SAAA 1PSNA 2HPEA 4BEKA 1E5OE 3I2LA 4YDGA 3NXEA 2PQZA 4Z50A 5P6SA 5P5QA 4KB9A 3U71A 3K5GA 5DQ2A 4EQ0A 4HDPA 1MRXA 3EM6A 2HB4A 1FMXA 5P2CA 3L5EA 3PRSA 5OZNA 3GI6A 3URLA 5KAOA 3ZPSA 3KFRA 2VIYA 4JECA 5P58A 5P5CA 1B6MA 3B7VA 1AAQA 3APPA 3VFBA 5P7LA 5ENMA 5P1WA 1RNEA 3IGBA 5P3MA 1WKRA 5P69A 4GJBA 2F8GA 3PMUA 4OC6A 3OAGB 3SM1A 5P30A 5P80A 1EEDP 5P7BA 4FL8A 4I10A 3ECGA 4Q1XA 5P0MA 4YE3A 3PI0A 1FB7A 5OYVA 3GW5A 4Y50A 5P8MA 4K4PA 2VNNA 2WF4A 3PLDA 3PM4A 5OZMA 5P28A 2P8HA 5P89A 4Y37A 1K6CA 4LXKA 5P67A 2I0DA 3R2FA 2NXDA 4YHQA 3SQFA 5P5AA 4D89A 3OU4A 2B42A 5OZCA 3S53A 3T7XA 4I8WA 3EKPA 5P6FA 2AODA 3NDUA 3PBDA 4Y41A 2IRZA 3EKWA 1SMRA 5OZWA 4FE6A 1LF3A 2AZCA 4U8WA 4HE9A 2BPWA 1MRWA 3F9QA 3S45A 3K5FA 4KUPA 4AUCA 4MC2A 1D4LA 4L1AB 2QZKA 4GJ6A 2UY0A 3NUJA 3RTHA 1YM4A 5P7IA 3TOGA 2AOGA 4ER4E 1EC0A 1TSUA 2OHQA 1VIKA 3S43A 1JLDA 2OHKA 5OZKA 4L6BA 1AXAA 4DJYA 5OZDA 2NXLA 2AVMA 4B77A 1A9MA 9HVPA 1HSIA 2JXRA 4I0IA 3KDCA 5P4ZA 8HVPA 1HIHA 1K1TA 2Q5KA 5P19A 5P4RA 4ZPFA 3RVIA 5P5RA 5P02A 5P4EA 4AA9A 1ZP8A 4I12A 3LITA 5FIVA 2G24A 4F75A 4Y45A 2ZJIA 3LIXA 1B11A 2QHCA 1F7AA 3APRE 3UTLA 5P5KA 5P0VA 5P3DA 4YOAA 5P0YA 3KM4A 3CKTA 5P72A 4YCKA 5P49A 4Y4JA 1D4JA 3O9IA 4RYCA 1W6IA 5P8KA 1EPNE 4EP2A 1W50A 1LYBB 1HVJA 4PPHA 5P5OA 5OZLA 5P7UA 2PK6A 4PHVA 5P6PA 4Y3JA 1LF4A 2HC0A 4B1CA 1BDQA 4EXGA 4LHHA 3KN0A 5P17A 3FX5A 4DPIA 1FG8C 4GJAA 4Y3SA 1HVKA 4FSEA 3S7LA 1IVPA 1HHPA 3GGVA 4Y4EA 3OUBA 5P4OA 4I1CA 5P0SA 3VSXA 3KA2A 5P2GA 3FV3A 4Y3QA 1QBSA 4D83A 4EJKA 5OZ8A 3SA9A 4CP7A 2PMAA 5P26A 5P7JA 1EBZA 3ER5E 4PEPA 1ZSFA 1K6TA 3AUPA 2I4UA 2QHYA 4I0ZA 4H3FA 2QMDA 1A30A 2O4SA 5J25A 5P6AA 1T3RA 2QNNA 3URJA 2Q54A 5OZZA 1OEWA 4DJRA 3RSXA 3EC0A 4D8CA 3I8WA 3G72A 5P4BA 1QBUA 2WJOA 4U7QA 1U8GA 4J1EA 5P8LA 5OZ6A 5P4PA 3O9LA 5P1AA 3VF7A 5P4GA 4RZ1A 4BFDA 3Q5HA 1MT9A 2R8NA 1YX9A 1SIVA 2FNSA 4B00A 5P4WA 4B1EA 2V10C 5P64A 5P23A 5P2LA 3HW1A 2QI4A 4H3JA 5P7XA 4Y5KA 1FG6C 3PGIA 3OUAA 4Y3XA 4R95A 5P8FA 3SFCA 4Y4UA 4DJWA 1BILA 5OZBA 3L3AA 5COKA 3UDPA 4FRSA 2QMPA 3ZKXA 5AH7A 5P1OA 5P8UA 4EJLA 4NJVA 5COOA 5IE1A 5P63A 1LYWA 2AQUA 4RVIA 1E82E 4DH6A 3EBZA 5I3WA 4GZFA 4I0EA 1J71A 5P61A 3LHGA 5OZPA 1RQ9A 3SKGA 5P77A 4J1HA 3K4VA 4YBIA 1HTRB 3TL9A 3TPLA 4ZIPA 3ZL7A 2O4PA 2FGUA 2R43A 5P36A 2HAHA 1EPPE 5OZ2A 2R38A 3UDKA 4Z22A 3S56A 3EL4A 4QJ9A 2RENA 1T7JA 1HXWA 4GB2A 3EL1A 5P2XA 5P06A 3TH9A 2CENA 3G70A 1VIJA 4Y48A 5P6OA 1GVTA 4GMIA 5P3XA 4OBFA 1UPJA 1APTE 4XX3A 1HOSA 4I0GA 5P5VA 1SH9A 1XL2A 2OHUA 2FDDA 2Q64A 4YD5A 5ER2E 5OZ5A 4RVJA 5OZAA 1ODWA 5P1GA 1HIVA 5P5MA 3OHHA 3VLBA 3GGUA 5P5TA 5ISJA 5P8PA 4H3IA 4Y36A 5P5DA 2FXEA 2V12C 3IN4A 4A6BA 1BDLA 2Q55A 5HU1A 2OHMA 2AOCA 4Y3YA 2NTRA 1HVCA 3SA6A 3RTNA 4YOBA 4QJ8A 5P54A 2CEMA 4IVSA 4QJ2A 1HEGE 2I0AA 4J0TA 2RKFA 2WKZA 3TOFA 3JVWA 1MTBA 4J1CA 2WEZA 3VG1A 3TPRA 4DJQA 2QD7A 5P7MA 5DR3A 3VEUA 5P52A 4FRIA 2BPVA 4Y57A 4J54A 3TKWA 4A6CA 3EL0A 3FSMA 3R1GB 1AZ5A 3UQXA 2V0ZC 2ER9E 2HIZA 3PEPA 2NMZA 5P0RA 1HPSA 1T7IA 2Q11A 2ER0E 2ZGAA 1XS7D 2VKMA 1Z1RA 5JFPA 4JP9A 1GNOA 4E43A 5P62A 5P74A 5BWYA 5KOSA 3URIA 3KF0A 2J9JA 5P2UA 1YT9A 2IGXA 3TKGA 3KDDA 4F74A 5OZIA 2IDWA 1M43A 1XE6A 5BRYA 2Q15A 2CEJA 5P38A 3H0BA 2QHZA 1Z1HA 4FM8A 5HU0A 3UDQA 1XN3A 5P22A 5P8OA 2ZJHA 3UQPA 3LIVA 4PZXA 5P6QA 1RV7A 1LEEA 2G26A 3PSUA 2QI3A 3PJ6A 4YD3A 3SPKA 5P2RA 4OC6B 4F73A 1GVWA 5P44A 1ZJ7A 5P07A 3SA8A 5OZ7A 2AVQA 1LYAA 3PWMA 4DQBA 2OHRA 5APRE 3UFLA 1MVPA 4QJAA 1QDMA 5I3YA 2OHNA 3KFPA 2ZJKA 4HZTA 2I4VA 4NPUA 5P5UA 2HM1A 5UPJA 4GYEA 5P0HA 4Y47A 3NWXA 3UDRA 3NU5A 4EJ8A 5DQ5A 4EJDA 3OU4B 4Y44A 1HXBA 2IQGA 4OD9A 2XYFA 5P3TA 5P3UA 3WSJA 2VA6A 1EPRE 5C9BA 3OUDA 1EBYA 1OD1A 2ZJNA 4CMSA 5OZVA 4QJ6A 1ODXA 3VYFA 3CYXA 3L38A 2F80A 5SY3A 3QROA 4Y9WA 1FGCC 5P3WA 3QAAA 3O9CA 1UH9A 5DR8A 5DR1A 4Y5BA 3S43B 5P3AA 4FRJA 3UCBA 5P0WA 5HE5A 4D85A 5AH6A 5P5PA 4Y3NA 2QU2A 1K1UA 4RCDA 2B7FA 3D1ZA 3TTPA 4DUSA 1IZDA 3OGPA 5HDXA 2ZJMA 2A4FA 3DUYA 4Y5AA 3K4VC 5P4QA 5P33A 3O9HA 4YCYA 5P7KA 3OQKA 3OWNA 3VYDA 3O9FA 1IVQA 1DIFA 2J9KA 1NPAA 4Y4DA 5P25A 4ER2E 2PSUA 1XN2A 3BGCA 2VJ6A 1SP5A 5P3HA 5P7TA 1AJXA 5P7NA 4DQFA 5P1VA 3L5CA 5OZHA 2B60A 3A2OA 3PWRA 3WB5A 4RRNA 3WB4A 5P1MA 4MC9A 5HE7A 3OU1A 2VIEA 1BWBA 2G1OA 4H1EA 5P6HA 5P3YA 3LZUA 4H3GA 5DGUA 4FS4A 5P6YA 1MESA 1CMSA 4QGIA 2PWRA 3FNUA 2WF3A 3RSVA 4Y39A 2G1SA 2WEAA 3CIBA 1ME6A 3QBHA 5OZQA 4OBZA 4EYRA 5P6BA 1MSNA 3LINA 1PROA 1T6EX 3BHEA 1NH0A 2Q3KA 1HEFE 5P4VA 2O4KA 1EAGA 5OZRA 3PHVA 4J1IA 1C70A 1W5YA 3TPPA 1BAIA 2G21A 4I0JA 5P7DA 4Y3EA 5P6DA 2QNPA 5P7QA 1A8GA 5P0CA 4CPUA 4ZSMA 5P70A 3T3CA 4YDFA 5ER1E 5P2JA 4DQHA 3NU6A 5OYXA 3OGQA 3CYWA 5P42A 5P16A 5DQCA 3GGAA 3ER3E 1HVRA 5IS4A 3HDKA 4YA8A 2HB3A 1C6ZA 3SLZA 1C6XA 2RKGA 5P8VA 3UQWA 1W51A 5P78A 3I25A 5P4DA 1UH7A 1ZLFA 5P6WA 3ZPTA 3QVCA 5P1IA 3O9LB 1B6PA 2SAMA 5P2OA 3NDXA 5P2FA 5KR0A 6FIVA 3I7EA 4I11A 1QRPE 5P41A 1DMPA 4R92A 3Q3TA 3S8IA 3OOZA 4EPJA 5ENKA 4B0QA 5P75A 3SA5A 5OZGA 2R9BA 3INHA 3VV6A 4L7HA 1ZBGA 3CKRA 2AZ9A 1TW7A 4FRKA 2O4LA 5P2SA 3MXDA 3ZKQA 2ZHSA 5P68A 4Y5EA 4LXAA 1W5XA 3GI5A 4EHCA 1LYWB 1YTGA 3BRAA 5P8JA 2VJ7A 5P56A 5C9DA 4MC1A 2BB9A 3BC4A 3JVYA 1HVSA 1XE5A 3D1XA 3NDTA 1HPOA 4TRZA 5OZ0A 5P4TA 4I0HA 5P0TA 3QN8A 4EXHA 3EL9A 3QRSA 3OXWA 4OBHA 3OXCA 5P3SA 4Y3WA 2P3DA 4CKUA 1BV9A 3VF3A 2PWCA 5SZ9A 5P2IA 5OZUA 5DR0A 5AGZA 2QNQA 5P1KA 3EXOA 5P3IA 4Y3HA 3SO9A 1SIPA 2AVSA 3NU9A 1HWRA 4DFGA 3IVHA 2G27A 1FQ7A 4Y43A 3N4LA 1HBVA 2G20A 5P6IA 5P7OA 4GJCA 2FDPA 4ZSQA 1KJGA 2BQVA 3U6AA 3RU1A 1PFZA 2QI5A 4Y4TA 1M0BA 4RRSA 1K2BA 2G1YA 3ZOVA 1AIDA 3L5DA 3DCKA 4LC7A 5P1FA 2QD8A 4ZEAA 2AOHA 5P66A 2XYEA 1HTGA 2B8VA 3FIVA 3CKPA 3KFSA 2R3WA 3OQ7A 5P1EA 4OBGA 3IN3A 3K5DA 5P4IA 4AMTA 3QI1A 3EKTA 4XKXA 5P4MA 2ER7E 2ZDZA 3Q70A 1BVEA 1TCWA 5P1HA 5P20A 5P87A 1WBKA 5P0KA 2VA7A 3PBZA 1D4IA 5P1LA 5KOQA 4GJ5A 3R0YA 2RMPA 3BVAA 3G6ZA 5P53A 3NWQA 4Y51A 5OZJA 4R91A 5P5GA 1BWAA 5P5FA 5HCTA 4DQEA 1OEXA 3DOXA 4RYGA 5DPZA 5P31A 3LPIA 5T4SA 5P7ZA 3RTMA 5DGWA 3EL5A 3VV7A 3UDHA 2R3TA 1YTHA 5P12A 5P35A 5P7YA 1ZPKA 5DQ4A 5P2WA 1KJFA 4B70A 4UPJA 3NLSA 4K9HA 3OOTA 4AA8A 5SXNA 1ZTZA 4Y3TA 4FLGA 1IZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HD8 A;  4YCT A;  5P4A A;  7UPJ A;  2QU3 A;  3PCW A;  2VS2 A;  5P8E A;  2JE4 A;  1KJH A;  1A94 A;  5P6C A;  5P76 A;  1PSO E;  3QBF A;  4GJ8 A;  5JFU A;  3ST5 A;  3CMS A;  2EWY A;  2UXZ A;  4BEL A;  5HTZ A;  5P8R A;  3WZ6 A;  1G2K A;  5P3V A;  3NYG A;  5P7A A;  4DQC A;  3NR6 A;  4X7I A;  3ZKI A;  2ZHT A;  2QI1 A;  3Q4B A;  5P4N A;  4Y3A A;  4J1F A;  1DPJ A;  2MIP A;  3OAD B;  4NPT A;  1YG9 A;  4R8Y A;  3FNS A;  5P05 A;  5OZX A;  1SDT A;  5P5Y A;  3FKT A;  3OK9 A;  4YD4 A;  1B5F B;  4I8Z A;  1PPM E;  4QLH A;  5IVS A;  2IEO A;  3BVB A;  3SAC A;  5P8S A;  4R5N A;  3ZMG A;  5P4H A;  5P65 A;  4DJX A;  1HVI A;  5SY2 A;  5BS4 A;  2FLE A;  1D4H A;  2JJI A;  2OAH A;  2B7Z A;  5P8D A;  5AHC A;  2VIJ A;  5P6E A;  1GVU A;  1QS8 A;  1FFI C;  3OTS A;  4PYV A;  1E81 E;  3O99 A;  5P0A A;  4DJU A;  3IXK A;  1BIM A;  1G0V A;  5P40 A;  5P2B A;  4B05 A;  5I3X A;  2ZHR A;  1HTE A;  5P0Q A;  5P2Q A;  3LIZ A;  2V16 C;  4Y38 A;  1IZH A;  4J0Y A;  1W6H A;  4HA5 A;  3KT5 A;  2OHS A;  5P0F A;  5P8T A;  5P1D A;  5OYS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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