5HVPA

Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-angstroms resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-A resolution.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hvpA00
5P59A 5OZHA 4DVFA 3EM4A 1HPOA 1BIMA 5P44A 1ZTZA 2ZHRA 5P0JA 1QBTA 5HCOA 5P53A 5P06A 2WJOA 5P18A 3RTMA 3FNTA 4YHQA 5DQ2A 2R38A 4Y5GA 5P0EA 2QI0A 4XX3A 3VSXA 3OTSA 4Y5NA 5HTZA 5P80A 2WEDA 2ZJLA 5P52A 4Y4WA 4R8YA 5P3VA 2QI5A 3UDKA 4NKKA 4DJWA 5P6RA 2Q11A 1XE6A 2FMBA 1UH9A 2I4VA 4YD4A 5P42A 4ZLSA 4FAFA 5KR0A 4YD3A 2BQVA 3SA5A 1OEXA 1W5XA 5P8MA 3BGCA 5OZFA 1ZJ7A 2IGYA 5P6PA 5P0CA 5P79A 3OGPA 4Y4JA 1IDBA 1LYAB 4D83A 3D3TA 3D1YA 5AH8A 2CEMA 5P4EA 5J25A 4KE0A 4FRJA 1QS8A 3SA8A 3I7EA 4Y3ZA 3URIA 3UDNA 4Y5LA 3DJKA 3DCKA 5OZRA 3EC0A 5C9DA 5P09A 3ZOVA 5P0IA 5C9BA 5DQ1A 5P5UA 4HEGA 1ZP8A 3HDKA 5P0VA 1HVRA 1FGCC 5P47A 3LIXA 2I0AA 5P3HA 5P2NA 1MT9A 5OZ1A 4A6BA 5OZAA 2AOFA 1LYBB 5P5XA 1BXQA 3TOFA 2R5PA 5P2EA 1EBYA 5P2QA 2BBBA 5P6OA 3KMYA 4Z2ZA 1GVVA 6APRE 5P8IA 1IBQA 5OZPA 3O9LB 4HVPA 5I70A 5P3BA 1K1TA 3KFPA 1E82E 1T3RA 3OOZA 5P6AA 2Q64A 5DQCA 5DPZA 4QLHA 3NUJA 4MC1A 4M8XA 1E81E 5P8QA 4Y5EA 4DJUA 5P3KA 4Y5PA 1UH7A 4L7GA 4MC9A 3JW2A 3OU1A 4OBZA 4EPJA 1DMPA 4Y9WA 5P6EA 3JVYA 4CPQA 4X7IA 1XL5A 1Z8CA 2WF1A 5P7LA 3B80A 3QRVA 4Y5KA 5P5DA 3DUYA 2AQUA 2AVSA 4Y3HA 3BXRA 2VIYA 3FIVA 2AOHA 5OZNA 4R5NA 5OZ9A 2JE4A 3MXEA 4Y3RA 5P0NA 2FNSA 3QN8A 2ZYEA 5OZ8A 5AH6A 5OZGA 1MRWA 1YTGA 4Y3MA 5BRYA 1NPAA 1W5WA 4Y3SA 5AHAA 4RRSA 4BFBA 2ER7E 1ODXA 1MERA 2G20A 4OC6A 1IZEA 1MT7A 2VA6A 3NU5A 5OZ7A 3SA7A 2PSUA 5I3WA 1HBVA 2QMFA 1XS7D 4DQBA 3PLDA 2R3TA 1BVGA 1EPRE 3OQAA 2QMPA 3EKPA 9HVPA 3TKGA 3PM4A 2JXRA 3KT2A 5P26A 4AMTA 3PWRA 3LIYA 2I4WA 1YM2A 3BVBA 1KJGA 2Q54A 1ZSRA 2QNPA 2WKZA 5JFPA 1HIIA 4Y3NA 5P4JA 5OZVA 5P1LA 3GGVA 5OZUA 1ZSFA 5P6QA 5OZOA 3IGBA 2FXEA 4LXMA 3PVKA 5P3ZA 1AJXA 4QJAA 4EWOA 4Y3EA 4Y41A 3OADA 4B1EA 3UFNA 2IENA 4RLDA 5AHCA 1BAIA 4YDFA 5P1SA 1LV1A 3DK1A 1FMXA 5P2MA 1SMEA 4PYVA 4K8SA 1D4KA 1U8GA 2NMZA 4MC6A 1FQ4A 5P6CA 4X2LA 1DP5A 5P4DA 5P0TA 5P39A 5P1QA 1GVUA 2PH6A 5P7TA 3TTPA 4YDGA 1LYWB 2G26A 1META 4K9HA 3VYDA 2HPFA 2Z4OA 3S7MA 2HS2A 3LZSA 5P81A 2O4LA 4CPSA 3G70A 2QD8A 4YA8A 4GMIA 5P89A 2V10C 5P0MA 3IN4A 5P1GA 4J1KA 1SGZA 5P20A 5P7UA 3PCZA 2WECA 4B78A 5P24A 1HEFE 3NWXA 5P11A 1KJFA 5P58A 3SM1A 5HDXA 5APRE 4A6CA 3SACA 1F7AA 1HVHA 3MWSA 3VYEA 2AVQA 3OK9A 2F3KA 5P1YA 3UTLA 3VUCA 2OF0A 3PHVA 7HVPA 3UDJA 1FMUA 1ZLFA 5OZ4A 5OZEA 3HVGA 5IVQA 4J1HA 5P2XA 3INDA 2I0DA 5P6XA 2QNNA 4ZSRA 4DQCA 4B05A 1HWRA 3S43B 4YOAA 4PPHA 5P25A 1C70A 3VF7A 5P1UA 4Y37A 4OC6B 1HTRB 5P50A 1T6GA 1K6TA 3BHEA 4B1DA 5P2DA 3T6IA 4JOOA 3WZ7A 4FGXA 2PK5A 1HVKA 2AOJA 1NH0A 2FGVA 4KB9A 1T7JA 3DV1A 3INEA 4DUSA 1AVFA 1B5FB 3U71A 4YBIA 1D4JA 5P72A 2XYEA 4Y3AA 4Y4ZA 4AA8A 5P4GA 5P6GA 2NTRA 5P4MA 1EAGA 5OYQA 1W51A 4GJ8A 3CYXA 3ZKNA 3IXJA 4I8ZA 4J5JA 3O9CA 3B7VA 4RVIA 1GVXA 3SA4A 2PYNA 3K5GA 3U7SA 1B6LA 3OADB 4ER4E 3CKPA 4BFDA 5P3EA 1FG8C 4CPXA 3TH9A 5P5RA 5P7ZA 5P5VA 5ER2E 3KM4A 1BDQA 1BV7A 5CLMA 4Q1WA 1APTE 5IVRA 4Y39A 4Q1XA 5OZZA 1LF2A 5P6HA 3I25A 4PEPA 4EJ8A 2Q3KA 1K2CA 5P0ZA 3BC4A 3ZPSA 5P1EA 1XL2A 5P33A 2ER6E 5COKA 5P29A 3RTHA 1EC3A 2ZE1A 4RYGA 4J0ZA 4Y5CA 4WY6A 5P4NA 4Y3YA 1GNMA 3KDDA 4FM6A 5P4HA 3UDQA 4CPUA 2ZHSA 5P76A 2PMAA 4LP9A 2NR6A 1RV7A 1FFFC 4Y3JA 3SO9A 3WB5A 3F9QA 2Q63A 2ZJIA 2QHZA 5OZQA 1BDLA 5P7MA 5P3TA 1QBSA 4CMSA 1K2BA 3OU4B 1HXWA 3GI5A 5P3MA 3L58A 5P2JA 5PEPA 3ZKMA 1QDMA 3S45A 2NNPA 3K5FA 1NPVA 3LZVA 5P3NA 4ER2E 1LYAA 1ODWA 3UHLA 5P4BA 3ZKGA 2VJ9A 3O9AA 5P60A 1TW7A 4Y36A 3CICA 4RYCA 3RVIA 3LPIA 1EEDP 5P6LA 2QI1A 3EBZA 3L59A 1Z1RA 2IS0A 3U6AA 1PSAA 5P7GA 2FDPA 4Y43A 4Q5MA 2QZKA 4BEKA 5P7EA 1FG6C 5P4WA 2ER0E 4L1AA 5P05A 5P4KA 3NWQA 3OU3A 4YCYA 2BKSA 3KFSA 4Y3XA 5P5JA 2VIJA 4Y6MA 2OAHA 4JPEA 4Y3FA 4S1GA 2AOGA 3UDHA 5P3GA 3OXVA 2NNKA 5CONA 1W5YA 3O9LA 2UXZA 1IZDA 4ZSQA 4YCKA 5OZ3A 4AZYA 4ACXA 1MUIA 3Q4BA 3CKRA 6FIVA 5P6JA 3CIBA 2ZDZA 2P3AA 5P38A 4FIVA 2OHMA 2G1SA 4L7JA 1FQ6A 3L5FA 5P8UA 5IVTA 5JG1A 5P1JA 4ZPEA 2AODA 2QU3A 4RZ1A 5P7RA 1HRNA 5P7XA 4J0TA 5F01A 1T7IA 4KE1A 5P3QA 2V13A 3L5EA 3CIDA 4FS4A 5OZ2A 2JJJA 2Q15A 3IVIA 3BXSA 2G1RA 5P03A 2QD7A 4Y5MA 3NUOA 5P2WA 1YX9A 4IVSA 3GW5A 3C9XA 5P61A 5P64A 3LZUA 1Z1HA 5EZZA 1HSIA 2F8GA 1APUE 4J1CA 5P4YA 2ZHTA 3ZKIA 5P5EA 3M9FA 2A1EA 4Y58A 1DPJA 2Z54A 4Y5AA 5P6IA 4OBFA 2IGXA 4QJ8A 1GVTA 5P3YA 1EPNE 4EJDA 1BWBA 4QGIA 4Q1YA 3LITA 4PHVA 5P8AA 5HU1A 5P41A 4Y3TA 1OHRA 5P51A 3D1ZA 3EKQA 5P4TA 4OBGA 5P16A 2O4NA 3SAAA 5P7PA 3IA9A 4DJXA 1RL8A 1TSQA 2WEAA 1ZBGA 4Z50A 1SDTA 1BDRA 2HB2A 3PEPA 5OYUA 5P7NA 3FNUA 3TPLA 5SY3A 5P2HA 5OZ0A 2AVMA 2V12C 4GJBA 2OHQA 5OYTA 2F81A 5E5JA 5P1XA 3ZKSA 5P3IA 4F76A 2RENA 4Y3DA 2RMPA 3HVPA 1FEJC 4A4QA 4APRE 3OY4A 2VIEA 4DJVA 4OBJA 3O9DA 4GIDA 3PSGA 3SKFA 3EXOA 5P1CA 3LHGA 4Y51A 3OAGB 3SPKA 3K5CA 2PSVA 4L1AB 2OHTA 5P0GA 3JVWA 3IAWA 5P8HA 5P5OA 1QRPE 2ZHUA 5P46A 5P4OA 1EPLE 3EM6A 4Y57A 3GGAA 2I4UA 5P15A 5P5SA 5P5KA 1LF4A 5P3PA 1RPIA 1FIVA 3DCRA 4DQGA 2WF0A 3L5BA 3UQWA 3EKTA 1LYWA 5P0YA 1G2KA 2H6SA 3NLSA 3NU3A 5P6MA 3INHA 3KF0A 3NDWA 4K4QA 3FKTA 3VYFA 1SGUA 1IIQA 5P75A 4NPTA 1LF3A 4Y4XA 5OYRA 3S54A 3UFLA 2XFIA 3L38A 3OTYA 1BVEA 1MESA 3TOGA 4Y54A 8HVPA 5P45A 4LC7A 2PC0A 5ISKA 4B1CA 5HVPA 5P0DA 5P32A 5SZ9A 1M43A 3NXEA 3ZPUA 1FFIC 3MXDA 4F74A 4Y3LA 2R43A 3NSHA 3O9GA 4EYRA 2BKTA 4U7QA 2O4SA 4NPUA 1ER8E 3OQ7A 3ER5E 4J0VA 2F3EA 2OHPA 3EKXA 2Q55A 1NPWA 2HAHA 2WHHA 4F75A 1SBGA 2O40A 1IZHA 4FRSA 4DJQA 5P3WA 1ZPKA 2B7FA 5UPJA 2QHYA 3S43A 4YBFA 4RGHA 2QNQA 5KR1A 4GJ5A 3S2OA 3VLAA 5P4VA 3LNKA 5P0BA 4EP2A 1JLDA 5DGWA 3R1GB 5OZSA 4EP3A 2CEJA 3RSVA 2G69A 5P7IA 2PSGA 3ST5A 5COOA 5P2CA 3SKGA 3LZYA 1B5FA 1HHPA 5I3YA 1D4LA 4TRYA 5P00A 5P1OA 3SA6A 5P1RA 4I12A 2IEOA 4Y53A 4B77A 2QHCA 3FX5A 5DR1A 5B18A 5KQXA 4XX4A 4DJPA 5P5BA 5P6BA 3T7XA 3S8IA 3HD8A 5KQYA 4Y3QA 5P34A 1TQFA 5P7HA 5OYWA 5P3JA 1CMSA 5P6YA 1HPSA 3URJA 5P2LA 5P8NA 4FLGA 3HLOA 3D20A 3O99A 5P19A 1PPME 3D1XA 5P0HA 1MTBA 5P2IA 1E80E 4J1IA 3Q70A 1HIVA 2QD6A 3BUGA 2BPWA 1ME6A 3VSWA 5P6ZA 3T11A 4I0ZA 5P69A 1UH8A 5P40A 5DGUA 5P5AA 2AIDA 3BUFA 2QP8A 2BPXA 3VV7A 4J0PA 2G27A 4NJVA 5P13A 3IVHA 2ZHVA 7UPJA 5P5CA 3OHHA 4H3GA 5P07A 5P4FA 1LZQA 1IZIA 3ZLQA 3APPA 5P54A 5OZMA 2OHUA 1FF0C 4K4RA 4Y47A 1IDAA 1UPJA 5OYXA 1HVLA 1IVQA 3KT5A 3OU4A 2O4PA 3UDPA 3G6ZA 4H1EA 3SM2A 1FQXA 5P08A 4CKUA 3PMUA 4GJDA 4R91A 4EJLA 3PWMA 4L7HA 1AZ5A 2HC0A 4FRKA 3QIHA 3EKVA 2VA7A 4OD9B 3SFCA 3EL0A 4RVXA 5JFUA 2P3CA 2WEZA 5P8KA 3INFA 4B00A 3DM6A 5HE7A 4EXHA 4J54A 5P23A 3VFAA 2ZGAA 3NU4A 5P7WA 3G72A 5P2FA 5P5NA 4Y4AA 4FM8A 3OGQA 2HPEA 5P8BA 4Y50A 2B7ZA 4I0JA 5HD0A 4GJAA 1GNNA 5OYSA 4UPJA 1KJ7A 2BPZA 2FGUA 2NXMA 3MSKA 1G0VA 2ZJJA 5P8JA 2FXDA 3OXWA 1E5OE 3OQFA 2MIPA 4GYEA 2A4FA 3TNEA 2WF4A 5P43A 2O4KA 1FB7A 2ANLA 5P77A 1B6KA 2J9JB 5P6DA 3T3CA 3DOXA 3OUBA 5EZXA 4M8YA 5P10A 1BV9A 3VFBA 1K1UA 3LIQA 3FSMA 2AZBA 4MC2A 5IVSA 4K4PA 1HSGA 3EL5A 5AH9A 3TPJA 4Y4DA 3HZCA 2AOEA 5P6TA 1F34A 5P2KA 3OUDB 3S56A 5P7VA 5P37A 3AUPA 3O9FA 3IXOA 5P63A 1QBUA 4FCOA 1VIKA 3S7LA 1KJHA 5P0XA 3PI0A 5TOLA 2G94A 4J17A 4DI2A 2QZWA 2AZ8A 2R5QA 1ENTE 5P3DA 5P4AA 4DJYA 4YCTA 3OQDA 4Y3PA 1G35A 3GI4A 5P1HA 1C6YA 4ZPFA 2HB3A 5P5HA 3K5DA 1MSNA 4YD5A 2VNMA 4WY1A 2HB4A 2RSPA 4Y56A 5P2ZA 3WB4A 1RQ9A 3PRSA 2ZJMA 4EQ0A 2B42A 3KDBA 1D4YA 3TPRA 5P5MA 1EPPE 4RVJA 5P1DA 2P3DA 5P2SA 1B11A 2V0ZC 2ER9E 2OHKA 5AGZA 3RTNA 2AZ9A 2IDWA 5P4ZA 4RCEA 5HE4A 3I2LA 1K6PA 5P6SA 4I0EA 3S53A 2VIZA 2QMDA 1A30A 1YT9A 3MSLA 3PCWA 3K4VC 3O9HA 2WEBA 3KFRA 1C6ZA 4U7VA 4TRWA 2XFKA 5P8PA 1RNEA 4JP9A 4YD7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P59 A;  5OZH A;  4DVF A;  3EM4 A;  1HPO A;  1BIM A;  5P44 A;  1ZTZ A;  2ZHR A;  5P0J A;  1QBT A;  5HCO A;  5P53 A;  5P06 A;  2WJO A;  5P18 A;  3RTM A;  3FNT A;  4YHQ A;  5DQ2 A;  2R38 A;  4Y5G A;  5P0E A;  2QI0 A;  4XX3 A;  3VSX A;  3OTS A;  4Y5N A;  5HTZ A;  5P80 A;  2WED A;  2ZJL A;  5P52 A;  4Y4W A;  4R8Y A;  5P3V A;  2QI5 A;  3UDK A;  4NKK A;  4DJW A;  5P6R A;  2Q11 A;  1XE6 A;  2FMB A;  1UH9 A;  2I4V A;  4YD4 A;  5P42 A;  4ZLS A;  4FAF A;  5KR0 A;  4YD3 A;  2BQV A;  3SA5 A;  1OEX A;  1W5X A;  5P8M A;  3BGC A;  5OZF A;  1ZJ7 A;  2IGY A;  5P6P A;  5P0C A;  5P79 A;  3OGP A;  4Y4J A;  1IDB A;  1LYA B;  4D83 A;  3D3T A;  3D1Y A;  5AH8 A;  2CEM A;  5P4E A;  5J25 A;  4KE0 A;  4FRJ A;  1QS8 A;  3SA8 A;  3I7E A;  4Y3Z A;  3URI A;  3UDN A;  4Y5L A;  3DJK A;  3DCK A;  5OZR A;  3EC0 A;  5C9D A;  5P09 A;  3ZOV A;  5P0I A;  5C9B A;  5DQ1 A;  5P5U A;  4HEG A;  1ZP8 A;  3HDK A;  5P0V A;  1HVR A;  1FGC C;  5P47 A;  3LIX A;  2I0A A;  5P3H A;  5P2N A;  1MT9 A;  5OZ1 A;  4A6B A;  5OZA A;  2AOF A;  1LYB B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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