5I3XA

Crystal structure of bace1 in complex with aminoquinoline inhibitor 6
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 100
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3xA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3xA02
5P0UA 4OC6B 5P2NA 4B70A 5DQ2A 4B1DA 4Y41A 3T11A 4L7HA 3G70A 4RYCA 5P4OA 1ZLFA 5P71A 3PSYA 3SA8A 3QP0A 3OADB 5PEPA 4BELA 3L5CA 4Y39A 1AIDA 1TSUA 3G6ZA 2Q54A 3EKYA 1G2KA 4YD5A 1FLHA 2ER7E 4LHHA 2HM1A 3FSMA 3ST5A 3VYDA 5P1CA 1GVXA 4RRSA 5P8CA 5P25A 1GVVA 2QU2A 5P6YA 4B0QA 5P5AA 3SA3A 5P35A 4U7QA 5P6XA 2HB3A 4HLAA 2B60A 4GJBA 3VLAA 4CPQA 5P7EA 5DQCA 3S43A 3KM4A 5OZKA 1W50A 4A6BA 3QI1A 3RSVA 4J55A 3K4VA 3UFLA 1DW6C 3HAWA 1B6LA 1HTRB 4ACXA 3UF3A 3KFNA 2ER6E 4X2LA 3A2OA 4EP2A 1APTE 3UQWA 2QMFA 5COKA 2QNQA 4RVIA 4I0ZA 2O4KA 5P3XA 4ZPFA 2A4FA 3I8WA 2FDPA 3CKRA 2QNPA 4QGIA 5P0WA 5OZ1A 4EJDA 4NJTA 5P3GA 5P6IA 1FIVA 1EPNE 5P4AA 3NUOA 1HVRA 3EL5A 1B6JA 1EPOE 4Y36A 3PWWA 1SMEA 1AJXA 3OUAA 4GJ7A 3SKFA 5P3JA 3KYRA 2O4NA 4GJDA 5OZQA 1PSNA 2PK6A 3JVYA 2FLEA 3R1GB 4RZ1A 4B05A 4Y37A 1A9MA 2OAHA 4DQBA 3NDTA 3HD8A 3QIHA 2AODA 5P5OA 5OYXA 3NXNA 2F3EA 2NMZA 1LF3A 3K5DA 4B72A 3D20A 3T3CA 3KT2A 3BC4A 4B00A 1RNEA 5P4WA 3PMUA 1APWE 1NPVA 4Q1NA 5AH9A 4PPHA 5P4JA 4TVGA 5P38A 5AHCA 4X7IA 5P3DA 5ISKA 1TCXA 1ENTE 1M4HA 3LNKA 3ZOVA 1QBTA 5P3TA 1VIJA 5JFUA 1HSGA 1YM4A 5P3PA 3VLBA 4J0ZA 5P6JA 3OHFA 1NPWA 5P60A 5P1TA 2FMBA 5P13A 4OD9A 1OEXA 4Y4UA 5P8SA 3PWMA 4I0GA 5DPZA 3O9FA 3HZCA 4Y4AA 5P82A 5P0JA 3O9HA 2WEBA 5P0VA 5P80A 3KDBA 1XL5A 5OZYA 4R91A 4Y3JA 2PYNA 2JE4A 4BFBA 4DJPA 5P5LA 4I0IA 5KR0A 4Y3ZA 5SY3A 2BBBA 3ZKIA 5E5KA 3SFCA 1K6PA 5P61A 2QD6A 5P2CA 2F3KA 4J5JA 4OBGA 3K5CA 1FG8C 4ACUA 1D4KA 1BV9A 2QMDA 3DUYA 5APRE 3BGBA 2WEDA 4Y5EA 5P1FA 4HDBA 5P0IA 5P6QA 1GNNA 5P3RA 4I0DA 2OHMA 2R5QA 4Y3PA 4Y3QA 1T6EX 1HPSA 1W5WA 1BDQA 4B1CA 4DV9A 2WF4A 4KB9A 4I12A 4CPRA 5OZCA 5SZ9A 2AZCA 5P3NA 1YM2A 3APRE 5P8BA 5C9DA 4APRE 3UHLA 4FL8A 1K6VA 3CYWA 6APRE 2QI3A 1A94A 4Y5KA 1WBMA 4Y3TA 2R3TA 4RGHA 5P6WA 5P4NA 5P7VA 2AVVA 1KJFA 5P7KA 5P64A 4Y3DA 5SXNA 3WZ7A 3I6OA 2OHPA 3PB5A 4Y3RA 4MC9A 5P32A 2XYEA 5P22A 2R9BA 5DR3A 5OZ2A 5P02A 3KT5A 3EKTA 1Z1RA 4UPJA 1PSOE 5P59A 2AQUA 5P1EA 6FIVA 4ER1E 5P08A 4FRJA 1Z8CA 3WB4A 4YCYA 3EKXA 5P1RA 1HIHA 4FAFA 4Y48A 5DR8A 5P7UA 2G20A 3IVHA 3AUPA 5OZ3A 3GI6A 4LL3A 2J9JA 5P04A 2ZHUA 2CENA 2OHKA 1MESA 2PWRA 3FNUA 3R0WA 5P3BA 2CEMA 4WY1A 3QRMA 5EZZA 3QRVA 2FS4A 1AXAA 3OU3A 5P2VA 1IVPA 1RV7A 3PCWA 5P4BA 5OZJA 3FNSA 5P3ZA 8HVPA 1BDRA 4NJSA 1PSAA 3O9AA 5P6KA 5P67A 3BRAA 3QN8A 3OQAA 5P8RA 4CPUA 5P1DA 3OXCA 1T7KA 4JECA 2QZXA 4YE3A 5P5FA 4Y5AA 2HPEA 3LPIA 4M8YA 4Y3FA 3L59A 5P7FA 3SA4A 1EPRE 1FF0C 4Z4XA 4TRWA 3EKPA 2G22A 3S8IA 3K5GA 2QD8A 2V10C 3R2FA 2I4DA 5DQ5A 1KJHA 4Y5MA 4DI2A 2IKOA 4I1CA 5P7RA 3D3TA 3GGXA 3WB5A 1A8GA 3PI0A 4YCTA 3PGIA 2G21A 5P06A 4EQJA 3ZKGA 1KJ4A 4J17A 3VYEA 5P3EA 3SA9A 5P7DA 5P7SA 4K4PA 3K4VC 5HDUA 1DP5A 3O9LA 4Y5BA 3QRSA 3TTPA 2NNKA 4B78A 5P4EA 3LPJA 3SACA 2QI1A 3UDRA 1FQ5A 5P8HA 4XX3A 1W6HA 5P39A 5P0FA 4FRIA 5IVTA 4EHCA 5P2SA 5P1YA 1CZIE 4KUPA 5P27A 1XS7D 1YTGA 3ZKMA 4FE6A 4APEA 3S85A 5OZEA 5P88A 5P19A 3VF3A 3EL9A 5P33A 1ZTZA 5P8JA 2QI5A 5P01A 4DVFA 1ZPKA 4FM6A 1META 4D83A 4QJ7A 1HHPA 5P00A 5DR1A 4Y3LA 2VIYA 3TPLA 5C9BA 1G6LA 5P8FA 1HXBA 3BXSA 1TW7A 1EC3A 1EPLE 3NXEA 4AA8A 1HSIA 5P83A 3GGUA 2P3BA 4B77A 1WBKA 5P66A 3SA7A 5P15A 3CICA 1E5OE 2ZJNA 1ZBGA 2WF2A 1MRXA 4HE9A 4FM8A 5F01A 4LAPA 1E81E 3UDQA 5I3XA 4RCEA 4YCKA 2QCIA 1SH9A 3NWQA 4FM7A 1HXWA 3ZKQA 2WF1A 1EAGA 4DPIA 4Y5LA 4YOBA 5P4VA 2ZHVA 5P6MA 5P0LA 3GI0A 4GIDA 2QP8A 3OGQA 1MT8A 4HEGA 2B42A 5EZXA 5P5TA 5OYTA 5P8KA 1OEWA 3PM4A 5P7HA 2P3BB 3MSJA 3NU3A 1MTBA 4I0FA 4JPCA 5I3WA 1HPXA 2HS2A 2H6SA 3PSGA 4HDPA 2IENA 1HIIA 2IQGA 5P3SA 5P5RA 2BKTA 5P2ZA 2VJ6A 4ZSQA 2NTRA 4YBIA 5P3WA 5P3VA 3OXXA 5HTZA 4J1FA 3PEPA 5P7LA 4K9HA 5P4TA 3UDPA 1SGUA 3NWXA 1T6GA 5OZLA 3PI5A 1YTIA 5P7TA 3L38A 4QJ6A 5P5NA 3QVIA 1FQ6A 4FAEA 4Y45A 1FQ7A 2R8NA 4A4QA 5P8AA 3OUDA 2NXLA 4DJYA 5P57A 1APUE 1GKTA 5BWYA 4Y3AA 5P7GA 3L58A 1B6PA 5P5ZA 2ZJJA 3H5BA 4QJ2A 5OZ6A 5P7CA 3EL4A 1CMSA 4GB2A 4CP7A 4D8CA 3CKPA 1AM5A 5P7NA 2G69A 1HPVA 1MSMA 2AOIA 5P52A 1FGCC 5ENKA 5P5EA 5P0PA 4Y5GA 1IDAA 2XYFA 2B7FA 2RSPA 1FMBA 2QK5A 5P3UA 2P4JA 3CMSA 5P4RA 2PH8A 4DQCA 3BUFA 5FIVA 3Q70A 4FRSA 1YTHA 3PHVA 4K4RA 2AOGA 3IAWA 1LYBA 1SGZA 2PQZA 4OBHA 4DQFA 1DMPA 5OZVA 5OYUA 1ODXA 4Y4TA 5P28A 3OUDB 1HEFE 1SIVA 3EM6A 5P55A 5OZGA 5P8QA 4LBTA 5P1NA 3O9CA 3VV6A 1XN3A 3WZ8A 2VA7A 5HCOA 3N3IA 5P5UA 2JXRA 4N00A 2BPYA 3OU1A 5P1IA 3PLDA 5P5GA 1HVCA 5P2GA 5P7WA 2AZ9A 3EMYA 4GMIA 5P37A 5P09A 5P2RA 5OYQA 5HDXA 3T7PA 1K2BA 5P17A 5P4PA 4L7JA 3TKGA 2XFJA 5P63A 4R5NA 5P8OA 2AOHA 4D89A 3U6AA 5IVRA 5P72A 1NSOA 4Y3YA 1RPIA 1OHRA 4ZSRA 5P2YA 3SO9A 3VG1A 4F76A 2ZJKA 2I0AA 3TLHA 3BUGA 1W5YA 4PZWA 2I4QA 5P2DA 5OZ9A 4KE1A 4HA5A 5P20A 5P1PA 3LIQA 1GNOA 5P2QA 2AOEA 2FXDA 4KE0A 1LYAA 3T7QA 4B1EA 4Y3EA 1QBSA 3PBDA 3OXVA 2FGVA 1APVE 5P3MA 3B7VA 2I4WA 4LXAA 3S43B 5OYVA 1J71A 3O9BA 1AVFA 4QJAA 2R43A 1HVKA 5P0TA 5P47A 4Y4EA 2B8VA 3CIDA 2OHSA 3HAUA 2O4PA 3ZKSA 3OUBA 2PMAA 2RENA 1WKRA 3JVWA 4DJVA 5P1WA 3NDUA 3LINA 2Q5KA 5P0GA 3UDNA 4S1GA 4CPTA 1ZPAA 2IGXA 3LPKA 3TKWA 5OZMA 4CMSA 5P6OA 3S7LA 5P6RA 1EPQE 1ODYA 5P42A 4RVXA 4ER4E 5P8IA 4Y4WA 4OBZA 1MTRA 5AH7A 2AVSA 4ZE6A 4H3JA 5P6AA 3VYFA 5ER2E 4YHQA 1XE6A 4Y3MA 2J9KA 3L5BA 2G94A 5F00A 3IA9A 5P41A 4I0JA 5P03A 3BXRA 2FNTA 5HU0A 2VA5A 1BXOA 3D1XA 5P2WA 4DFGA 3UQUA 4EJKA 4Y51A 3DK1A 3LIXA 4YD6A 3OAGA 1NPAA 2PWCA 1IZIA 5P5CA 3L5EA 4Q1YA 3UQRA 1QBRA 5P1OA 4Y3XA 2ZHRA 7HVPA 1B6MA 3D1YA 5P5WA 4OBZB 3KMXA 2V00A 4LP9A 4ZIPA 5P11A 2G1OA 5HU1A 5P45A 5P23A 3SA5A 2I1AA 1BAIA 5OZFA 5P34A 4Y4DA 1QBUA 3GW5A 5P2IA 5P6PA 4Y4ZA 2RMPA 4Y57A 2ANLA 5P69A 1GVTA 2AOFA 1YTJA 4J1IA 5DR7A 4OD9B 4Y3GA 3UDHA 1F34A 1XL2A 3PSUA 2B7ZA 1YG9A 5P05A 3OHHA 3TL9A 3MWSA 4XKXA 5KOSA 3HBOA 4D88A 5COOA 1HVLA 5P78A 5P3YA 4Y3SA 2AIDA 3LIZA 4YD4A 2NPHA 3KN0A 4EPJA 4GYEA 2OHUA 3OTSA 3Q3TA 1EC2A 2VS2A 4Y4GA 4GJ9A 3NU5A 3INDA 1FKNA 5P70A 5P81A 2JJJA 4Y35A 2ZGAA 3I2LA 5P4ZA 5P3IA 5P3OA 2QZWA 1SDVA 2ZJMA 3JW2A 3OQ7A 4AMTA 1HTFA 5P7ZA 3C9XA 3UCBA 2HPFA 5P6ZA 3URJA 4NPUA 1E80E 3URIA 2AVQA 5P2AA 3SM2A 2ZJIA 1F7AA 4J0YA 4TRYA 5P44A 4A6CA 3TOFA 2IEOA 1HTEA 4FSEA 4YD3A 1EPME 3RU1A 2QHCA 1XE5A 4EXHA 4K4QA 5HDZA 5P89A 2G1RA 3UPJA 5P3AA 3ZPTA 1G35A 3GI4A 5P7QA 5P0EA 2WL0A 4Y38A 5CONA 5E5JA 4RCFA 3BGCA 2OHNA 3LIYA 3Q5HA 5P6CA 1D4YA 3MSLA 5P5JA 1MUIA 3SAAA 5P4LA 3NDWA 2QMPA 4Y43A 5P5VA 1EBYA 1HIVA 5OZPA 4DQHA 5P54A 2WEAA 2WJOA 3FIVA 2V13A 3I25A 2J9JB 1C6YA 4RVJA 5P2BA 5P3QA 3VF5A 4BFDA 1HVJA 2WHHA 3KFSA 3LHGA 2ZDZA 1BWBA 5P4FA 5P8LA 5P1LA 2QZKA 2ZYEA 3D1ZA 2AVOA 4HZTA 4Y3WA 3NLSA 3DV1A 4ZPGA 5P29A 2PC0A 5OZUA 1VIKA 3WZ6A 4PEPA 3U7SA 2UPJA 4Y6MA 4PZXA 4MC1A 2WECA 5P75A 1ER8E 2A1EA 5P2EA 2I4XA 5P8TA 3G72A 4Y47A 2MIPA 1FQ8A 1MSNA 1XN2A 3FKTA 3SA6A 5I3YA 2IDWA 1AJVA 4ZSPA 1SBGA 3OU4A 5P5IA 3GGAA 4XX4A 3CYXA 1E82E 1Q9PA 2ZHSA 4L1AA 5P50A 3OTYA 1IDBA 3Q6YA 5JG1A 5P6NA 5ER1E 1DIFA 2CEJA 1YX9A 5P14A 5B18A 5DGWA 5P6FA 5P2HA 1K1TA 5P0KA 3M9FA 4H1EA 3EXOA 4CKUA 2BPZA 1BILA 5P5HA 1PROA 3QROA 1GVUA 2EWYA 1SMRA 5P48A 3IXKA 5P4QA 3OU4B 3O9LB 2P3AA 5P7XA 1EBWA 3SKGA 2V16C 2HB2A 5P7PA 5P18A 4Y4BA 2BKSA 1PFZA 4U8WA 5P1ZA 2P83A 4L1AB 3DM6A 1FQXA 3HDKA 4MC6A 5P6BA 2BPWA 5HDVA 5P2KA 5OZDA 1XDHA 5P31A 5P5KA 2PSUA 5P8PA 4NPTA 2PSVA 1EEDP 4TVHA 3OQFA 2WF3A 5OYRA 5P0NA 5P4GA 3GI5A 3UQPA 1QDMA 4R93A 3SQFA 4J0TA 3VFBA 3QBHA 3DJKA 2HIZA 4OBFA 2P3CA 1BVGA 3NU4A 2AZ8A 3NUJA 1ME6A 5P6GA 3PLLA 3VCMA 4R92A 3ZKNA 2ZJHA 3UDKA 5P0BA 2O4SA 4H3GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0U A;  4OC6 B;  5P2N A;  4B70 A;  5DQ2 A;  4B1D A;  4Y41 A;  3T11 A;  4L7H A;  3G70 A;  4RYC A;  5P4O A;  1ZLF A;  5P71 A;  3PSY A;  3SA8 A;  3QP0 A;  3OAD B;  5PEP A;  4BEL A;  3L5C A;  4Y39 A;  1AID A;  1TSU A;  3G6Z A;  2Q54 A;  3EKY A;  1G2K A;  4YD5 A;  1FLH A;  2ER7 E;  4LHH A;  2HM1 A;  3FSM A;  3ST5 A;  3VYD A;  5P1C A;  1GVX A;  4RRS A;  5P8C A;  5P25 A;  1GVV A;  2QU2 A;  5P6Y A;  4B0Q A;  5P5A A;  3SA3 A;  5P35 A;  4U7Q A;  5P6X A;  2HB3 A;  4HLA A;  2B60 A;  4GJB A;  3VLA A;  4CPQ A;  5P7E A;  5DQC A;  3S43 A;  3KM4 A;  5OZK A;  1W50 A;  4A6B A;  3QI1 A;  3RSV A;  4J55 A;  3K4V A;  3UFL A;  1DW6 C;  3HAW A;  1B6L A;  1HTR B;  4ACX A;  3UF3 A;  3KFN A;  2ER6 E;  4X2L A;  3A2O A;  4EP2 A;  1APT E;  3UQW A;  2QMF A;  5COK A;  2QNQ A;  4RVI A;  4I0Z A;  2O4K A;  5P3X A;  4ZPF A;  2A4F A;  3I8W A;  2FDP A;  3CKR A;  2QNP A;  4QGI A;  5P0W A;  5OZ1 A;  4EJD A;  4NJT A;  5P3G A;  5P6I A;  1FIV A;  1EPN E;  5P4A A;  3NUO A;  1HVR A;  3EL5 A;  1B6J A;  1EPO E;  4Y36 A;  3PWW A;  1SME A; 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 3FNU A;  3R0W A;  5P3B A;  2CEM A;  4WY1 A;  3QRM A;  5EZZ A;  3QRV A;  2FS4 A;  1AXA A;  3OU3 A;  5P2V A;  1IVP A;  1RV7 A;  3PCW A;  5P4B A;  5OZJ A;  3FNS A;  5P3Z A;  8HVP A;  1BDR A;  4NJS A;  1PSA A;  3O9A A;  5P6K A;  5P67 A;  3BRA A;  3QN8 A;  3OQA A;  5P8R A;  4CPU A;  5P1D A;  3OXC A;  1T7K A;  4JEC A;  2QZX A;  4YE3 A;  5P5F A;  4Y5A A;  2HPE A;  3LPI A;  4M8Y A;  4Y3F A;  3L59 A;  5P7F A;  3SA4 A;  1EPR E;  1FF0 C;  4Z4X A;  4TRW A;  3EKP A;  2G22 A;  3S8I A;  3K5G A;  2QD8 A;  2V10 C;  3R2F A;  2I4D A;  5DQ5 A;  1KJH A;  4Y5M A;  4DI2 A;  2IKO A;  4I1C A;  5P7R A;  3D3T A;  3GGX A;  3WB5 A;  1A8G A;  3PI0 A;  4YCT A;  3PGI A;  2G21 A;  5P06 A;  4EQJ A;  3ZKG A;  1KJ4 A;  4J17 A;  3VYE A;  5P3E A;  3SA9 A;  5P7D A;  5P7S A;  4K4P A;  3K4V C;  5HDU A;  1DP5 A;  3O9L A;  4Y5B A;  3QRS A;  3TTP A;  2NNK A;  4B78 A;  5P4E A;  3LPJ A;  3SAC A;  2QI1 A;  3UDR A;  1FQ5 A;  5P8H A;  4XX3 A;  1W6H A;  5P39 A;  5P0F A;  4FRI A;  5IVT A;  4EHC A;  5P2S A;  5P1Y A;  1CZI E;  4KUP A;  5P27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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