5I3YA

Crystal structure of bace1 in complex with aminoquinoline inhibitor 9
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
387
structure length
369
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 369
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3yA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3yA02
1ODXA 4DVFA 5P0YA 4NJUA 3KYRA 2PK6A 4Q1WA 3BVBA 2FGUA 5P8TA 4XX4A 4PEPA 2NMZA 4Y54A 1SDVA 2XYEA 5C9BA 3SA3A 4D85A 5P5QA 3DOXA 5P3WA 1K1TA 2NXLA 4J0VA 5DPZA 2V10C 4HDFA 5P2YA 1HIIA 3HW1A 3VEUA 5P3XA 3GI6A 3QBHA 1W5XA 4QJ9A 4K8SA 1BV9A 2AOIA 5P5CA 4LC7A 3R1GB 2Q55A 3G6ZA 3QRMA 3RTHA 3NSHA 4TRZA 5P8OA 1M4HA 5ER2E 3Q3TA 1FQ5A 4I10A 5P1YA 1MSNA 1MESA 3L59A 3VUCA 1OEWA 4QJ8A 1QBUA 3LPKA 4J54A 5P4EA 2ZJHA 3SM2A 1NH0A 2QNNA 2OHSA 3VSXA 1TCWA 1IZDA 2ZHRA 5P73A 1APWE 2Q64A 3HAUA 3O9GA 5P2OA 4JP9A 5P1NA 1HVLA 5OZYA 5P1PA 2FS4A 5P45A 5P1CA 4YD3A 2JE4A 3IVIA 3ZKQA 4EWOA 2IEOA 4Y3ZA 4NJVA 4H3FA 5P0SA 4HLAA 5P14A 1HIHA 2Q11A 3APPA 2QU3A 4OBJA 2VA6A 3H5BA 3LIQA 5OZKA 5P1SA 3SA7A 4ACXA 3BGBA 3PMUA 5P7HA 2QMFA 4Y4XA 4FSLA 5JFUA 3CKRA 5P30A 3UQUA 1W5YA 3TKWA 5P5WA 5P7MA 2ZGAA 1A8KA 5P5ZA 1BDRA 5P3BA 4Y45A 3WB5A 3L38A 5P4LA 1W51A 3FSMA 3L3AA 5JFPA 5P19A 5P0HA 5P6ZA 4B1DA 1KZKA 5P2CA 2ZHVA 5KQZA 1HBVA 1MT9A 1XN3A 3EMYA 5OZGA 4Y43A 1NPVA 1SMEA 3DCRA 3TPLA 5P2QA 1T3RA 4EJ8A 5P7LA 5HCOA 2BQVA 2F8GA 3KFRA 4N00A 2O4PA 8HVPA 3URJA 5AHBA 1BV7A 2HS1A 2BB9A 5P2XA 5P01A 3QRSA 4LP9A 4RROA 4FM7A 1EC0A 3PGIA 5KQYA 3PWWA 4Y56A 2R5QA 2QP8A 4Y4GA 4J1EA 3EKPA 4DFGA 4NJTA 1FFFC 5P8RA 5P1LA 5OZ9A 1K6CA 5P4OA 2XFIA 5P3SA 4ZIPA 2I1AA 5DR4A 5P6FA 3VLBA 4Y5GA 1EPRE 5IVQA 3CKPA 5P8BA 1J71A 5P1HA 4CPQA 2NTRA 4AA9A 5OZHA 4LXAA 5P6JA 4J1IA 4FRKA 5P7TA 4Y57A 4Y3LA 4R91A 5P2UA 5P2IA 4I0JA 3LPIA 3OY4A 1RPIA 1ZLFA 1FQ6A 4CMSA 1UH9A 3UHLA 5P52A 2RENA 1TQFA 1SH9A 5P5JA 3SKFA 3TTPA 5DQ4A 3T11A 4RVXA 1UH7A 5SXNA 1Z8CA 3DCKA 2WEBA 1ODWA 1HPSA 5P2SA 5P09A 1N49A 5P1IA 5P32A 4RCDA 1YTIA 3QRVA 5ENKA 2A1EA 4F73A 2OHLA 3LPJA 3K5DA 5T4SA 5P6WA 1FMUA 3S53A 5DGWA 4QLHA 1B6LA 4Y3DA 3H0BA 4U8WA 2QI4A 4PZWA 5P0DA 3LZVA 1PSAA 4FRIA 3FX5A 4RRSA 1DMPA 2J9KA 2FMBA 4Y3JA 2V13A 4RZ1A 1E82E 3FV3A 4PZXA 2AZ9A 1LS5A 3ZPTA 3VCMA 1Z1HA 3OQKA 5P1ZA 4Y3XA 1U8GA 4NKKA 1VIKA 3RSVA 4YCKA 5P2ZA 3T6IA 5OZTA 5P33A 1LF2A 2VJ6A 2OHRA 1ZP8A 3KFNA 5P89A 1BVGA 4KB9A 3EC0A 3EL5A 1TCXA 1B11A 1FQ4A 4YD7A 4DH6A 1ZAPA 2ZDZA 4YHQA 5KOSA 1PPKE 3ECGA 2BKTA 2VNNA 5OZCA 1ENTE 5UPJA 5P8SA 1IDBA 4Z4XA 4Q5MA 1HVIA 2O4SA 3UQXA 1PPME 5P60A 3O9DA 4WTUA 1GVWA 5OYVA 1CZIE 1EPPE 2ZHSA 5P5NA 3IGBA 4EJLA 4OBHA 5HE4A 5EZZA 1MPPA 4K4RA 2QNPA 4ZSQA 2WHHA 5IVTA 2AOHA 2QU2A 2ZHTA 5P6IA 5P82A 4Y3AA 3S2OA 1Q9PA 2ZYEA 2RKGA 1EBYA 1BXOA 4FLGA 4U7VA 3EL0A 5P56A 2PMAA 2VKMA 5P75A 5P64A 4Y3HA 5P76A 3BHEA 3UDHA 1XS7D 2AOGA 5OZAA 5P53A 3EXOA 5P47A 3KDBA 5OZWA 4Y4EA 4EJKA 3IXJA 2Q5KA 4Q1YA 4L6BA 3EKYA 4HZTA 5P70A 2B7FA 2VNMA 2VA7A 5P06A 1FG8C 4QGIA 5P2GA 3GGVA 2AOJA 4B0QA 1F34A 3HBOA 5P1DA 4J1KA 5P1TA 5P1XA 5P0UA 2VJ9A 2HAHA 5P0EA 5OZXA 6FIVA 2AZCA 3EKVA 5AH9A 2XFJA 4OBGA 5P3LA 1NSOA 1GVTA 2IENA 2FLEA 3LZUA 1W6HA 2BBBA 5P0BA 4HVPA 5OYYA 5AH7A 3G70A 2NXDA 1AZ5A 3ST5A 4Y5LA 4LBTA 5P11A 3INHA 3PRSA 5CONA 2BPXA 5P6EA 5P4RA 3TPJA 5P4IA 5P1GA 5P02A 3SA6A 4FAEA 2QCIA 3AUPA 4DJRA 2BPYA 2FIVA 2WEAA 9HVPA 1LYAB 3UDKA 4DPFA 1YTJA 1MIQA 3LHGA 4J0PA 1MTBA 5P4TA 3UQWA 3N3IA 3WSJA 2FGVA 3KA2A 5KAOA 5P1AA 4BFDA 2AVSA 3OQFA 2O4LA 1HSIA 1HTRB 3FNSA 5P4DA 5HTZA 1ZPKA 1EPME 1T6GA 2HS2A 4OC6A 5P3TA 4BEKA 1HSGA 4Y4BA 4I0EA 4Y47A 3S85A 3DV5A 2QZLA 1EPQE 2R3TA 1LYBB 4EXGA 2BPZA 2WJOA 1WKRA 5BWYA 5KQFA 4R8YA 5P8DA 4H1EA 5SZ9A 3PBDA 2HIZA 4DPIA 3PSGA 5P3FA 4DI2A 3HZCA 2P3AA 5P0NA 5TOLA 5P5VA 5P1MA 5P6VA 1AAQA 5PEPA 5OZ2A 5OZ4A 2AVQA 5P31A 4Y5EA 5HE5A 5P6SA 2V12C 1E5OE 5P25A 3DM6A 4J1FA 2AOEA 3OOZA 4FM6A 4YBFA 4M8YA 5J25A 5P6XA 3VV6A 2ZJIA 3VV7A 3OWNA 4WY1A 1B6MA 5P2MA 5P65A 4B70A 1FQ8A 5COKA 3HDKA 4RYCA 4A6CA 4JECA 1EBKC 1BWAA 5P79A 4Y36A 3FNUA 3INFA 5P5TA 4XXSA 4ZPFA 5P38A 2Q3KA 5P4GA 1HEFE 5P4UA 2O4KA 4YOBA 1GNMA 2AOFA 5OYXA 1D4JA 5P0IA 3ZPSA 3VF5A 4I1CA 4BFBA 1C6YA 4EXHA 1MUIA 1FIVA 3IN3A 5P6OA 5P6BA 2PWRA 3LZSA 5P3KA 3EL9A 3OHHA 2ER7E 1E80E 1EPOE 1SDTA 5P6HA 3IN4A 2V00A 5P8PA 5P12A 3NWQA 4QJ2A 3WB4A 5P5PA 5APRE 5DQ2A 2PH8A 2R3WA 5P81A 5P7XA 5P6LA 4DJQA 3OQAA 5P7ZA 4X7IA 4Y3YA 5DR1A 5DR8A 5AHAA 5P04A 3EM6A 3NU3A 4DQEA 2JYSA 1HIVA 3L5CA 4RCFA 3PI5A 1QRPE 5P35A 5P42A 5P7DA 5OZEA 3I8WA 2G24A 3TPPA 2I4XA 4FRSA 3CYXA 2I4WA 5OZSA 3L58A 3SACA 5P7RA 4R95A 5OZ3A 5OZ8A 2AVOA 3EBZA 3INDA 4Y58A 4ZSRA 4DJVA 4TVHA 3UDYA 1SDUA 5P66A 5P7GA 5I70A 4AMTA 4ZLSA 4Y3MA 3S7LA 3KFSA 5P4KA 2QMGA 2PSVA 3UFNA 3OXVA 4GJ8A 1XE6A 5P2EA 5P8KA 5P23A 3L5EA 2OAHA 4Y51A 1LF3A 3L5BA 3EKQA 3LITA 3PVKA 5KR2A 5P3YA 5P78A 4Y38A 5P6NA 2QI7A 2OHUA 4Y3TA 4QJ6A 3IVHA 5P3QA 3UDRA 1LV1A 5ENMA 5P8FA 3O9AA 1HEGE 5FIVA 3B7VA 5P3IA 2QMPA 3O9BA 4TRWA 5P1JA 5P58A 1G0VA 4ZPEA 3NLSA 5P0LA 5P7CA 3LINA 4YE3A 5P0OA 4DJXA 2ZJMA 2XYFA 4J0TA 5P50A 3TOHA 2BPWA 1XL2A 5P17A 5KR0A 3QROA 4KE0A 3U7SA 3GI0A 5P5MA 5P5BA 1BIMA 5P6GA 4WY6A 1D4YA 4CKUA 2ZJKA 3VLAA 1RQ9A 1W50A 3OQ7A 1DP5A 2HPEA 3JVYA 3TNEA 5P2LA 3WZ6A 2VIZA 2OHKA 3I7EA 3QN8A 5P3MA 5COPA 4ZSPA 1T7KA 2ZJLA 4YD4A 1W5WA 4NJSA 3GI5A 4Y5AA 5KQXA 2H6TA 4OC6B 1MT7A 2G1NA 5P6QA 2QAKA 2PH6A 3L5DA 1LYAA 1RV7A 5P41A 5P72A 5E5KA 3QS1A 3UDQA 1KJ7A 3NU4A 2IGYA 5F01A 4Y41A 1QDMA 5HCTA 1GVVA 5P05A 5P4BA 2WL0A 2QNQA 1DAZC 4RGHA 1FQ7A 2G21A 5P37A 2APRA 4K4QA 1HVKA 5DR0A 5P3EA 2IRZA 4HDBA 1LYBA 2RKFA 3K4VA 1HPVA 3PLDA 3S56A 2FDDA 3PCWA 5P5AA 3URLA 1BBSA 3SPKA 3JVWA 1LF4A 5P7YA 3TPRA 2WF1A 3ZKGA 3O9CA 4B05A 4Y39A 1K6TA 4GJ9A 5P34A 4LXKA 3EM3A 5P6CA 1K6VA 4I11A 4Y3WA 3LIYA 2I0DA 4FL8A 3VV8A 5I3XA 2VA5A 3R0YA 5P4JA 1HVSA 1DW6C 5P85A 5EZXA 4APRE 3JW2A 5OYSA 4YDGA 3AIDA 1SGUA 5P36A 1RNEA 5P6RA 3OUAA 5P1BA 2H6SA 5P1EA 5P3CA 1UH8A 1GKTA 1D4SA 5I3VA 5P29A 3OU4A 3UDNA 4QJ7A 4Y4UA 4I12A 3S54A 3K4VC 2QHYA 2HB4A 3O9EA 5P0AA 2AQUA 3MSJA 3NU9A 4I8ZA 5P7VA 3LNKA 3QBFA 3NR6A 4H3GA 5DQCA 1MT8A 2G22A 3PHVA 3DUYA 2ER9E 4GMIA 1BDLA 3LZYA 5HDUA 5P26A 2QZWA 3O9IA 3SA8A 1DIFA 2OHQA 1IZHA 1WBMA 1KJGA 4U7QA 1FMBA 1SP5A 5P3RA 5CLMA 3ZL7A 4I0HA 3IXKA 3SM1A 4FRJA 3FKTA 4Y5BA 2B42A 5P7OA 3O9HA 4FM8A 2FNSA 2WF2A 1T7JA 1BDQA 2R5PA 2B8LA 5OYZA 3M9FA 2RSPA 5IVSA 2G1SA 5P5LA 5P0MA 4YD5A 1DPJA 5HDZA 2QI5A 4AA8A 2V0ZC 1AJVA 2QI1A 5P4SA 1YG9A 4PPHA 3T7PA 1K1UA 5P7EA 4B00A 5P0RA 3CMSA 4RRNA 3BGCA 2BPVA 5P8QA 1W5VA 3G72A 2I4VA 4RLDA 5P2KA 3T7XA 3DV1A 3UPJA 5HU1A 3CIBA 1YX9A 1D4KA 1QBRA 5P2BA 4GJCA 4IVSA 2IL2A 4DQCA 5P59A 4EP3A 2IQGA 5OZ1A 4ER2E 5KR1A 3RVIA 3CICA 3OADA 2JXRA 2J9JB 1HVJA 3BXRA 1T7IA 4Y4ZA 4D83A 1XL5A 2WEZA 3KDCA 5DR3A 5P84A 3LIZA 4R92A 4JOOA 4PYVA 1XE5A 4DJUA 4FSEA 5ER1E 2FDEA 1AJXA 2QZXA 5P1RA 4GJBA 2F3FA 7UPJA 4RVIA 1OD1A 1D4LA 5P0CA 3BXSA 4KUPA 4Y53A 5I3WA 3UQPA 3EL4A 3VFAA 4B72A 2WF0A 5P3NA 4FAFA 4YCYA 1A8GA 2ZHUA 3ZPUA 3Q70A 3UF3A 4J1HA 3GI4A 5OYRA 4CP7A 4Z50A 5P46A 5OZ7A 4JPCA 2HB2A 2PSUA 1EC3A 3HAWA 1ME6A 4AZYA 5IS4A 1AXAA 7HVPA 4A4QA 2QK5A 3SLZA 5P5EA 3WZ7A 2F3EA 4F76A 3PJ6A 4Y3NA 3TLHA 3SA9A 4YOAA 3ZKXA 3QI1A 4Y5KA 3BUHA 3RTNA 3KDDA 3LIXA 3ZKMA 4Y5NA 3QIHA 5P3HA 5P8HA 4OBZA 3OK9A 2RMPA 2IKUA 2B60A 5AH8A 2Z54A 4J55A 4UPJA 1SBGA 3B80A 3EM4A 5P49A 3NDTA 1C6XA 4Y5MA 3QAAA 3NYGA 3O9LB 5OZRA 2G1OA 4B78A 5IVRA 4ER4E 5P1WA 3Q6YA 5P1QA 3N4LA 5OZVA 3KT2A 3R2FA 2QD8A 5B18A 4Y4WA 2V11C 2BKSA 1BWBA 4R5NA 2HPFA 5ISJA 2Q54A 3SAAA 2ZE1A 2PWCA 4EHCA 1MTRA 4YDFA 5P7QA 4BELA 4B77A 1GVXA 3PWRA 2JJJA 2WF3A 1MSMA 2WECA 4Q1XA 5P4ZA 1TSUA 2G20A 4I0GA 2G69A 5P4VA 3OTSA 4PHVA 1E81E 4L1AA 1B5FB 3SFCA 4EP2A 1HTFA 4S1GA 5P3PA 5P4WA 1ZSFA 5OZZA 2MIPA 2FNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ODX A;  4DVF A;  5P0Y A;  4NJU A;  3KYR A;  2PK6 A;  4Q1W A;  3BVB A;  2FGU A;  5P8T A;  4XX4 A;  4PEP A;  2NMZ A;  4Y54 A;  1SDV A;  2XYE A;  5C9B A;  3SA3 A;  4D85 A;  5P5Q A;  3DOX A;  5P3W A;  1K1T A;  2NXL A;  4J0V A;  5DPZ A;  2V10 C;  4HDF A;  5P2Y A;  1HII A;  3HW1 A;  3VEU A;  5P3X A;  3GI6 A;  3QBH A;  1W5X A;  4QJ9 A;  4K8S A;  1BV9 A;  2AOI A;  5P5C A;  4LC7 A;  3R1G B;  2Q55 A;  3G6Z A;  3QRM A;  3RTH A;  3NSH A;  4TRZ A;  5P8O A;  1M4H A;  5ER2 E;  3Q3T A;  1FQ5 A;  4I10 A;  5P1Y A;  1MSN A;  1MES A;  3L59 A;  3VUC A;  1OEW A;  4QJ8 A;  1QBU A;  3LPK A;  4J54 A;  5P4E A;  2ZJH A;  3SM2 A;  1NH0 A;  2QNN A;  2OHS A;  3VSX A;  1TCW A;  1IZD A;  2ZHR A;  5P73 A;  1APW E;  2Q64 A;  3HAU A;  3O9G A;  5P2O A;  4JP9 A;  5P1N A;  1HVL A;  5OZY A;  5P1P A;  2FS4 A;  5P45 A;  5P1C A;  4YD3 A;  2JE4 A;  3IVI A;  3ZKQ A;  4EWO A;  2IEO A;  4Y3Z A;  4NJV A;  4H3F A;  5P0S A;  4HLA A;  5P14 A;  1HIH A;  2Q11 A;  3APP A;  2QU3 A;  4OBJ A;  2VA6 A;  3H5B A;  3LIQ A;  5OZK A;  5P1S A;  3SA7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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