5I70A

Crystal structure of plasmepsin iv
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
323
structure length
315
Chain Sequence
SIELDDVANLMFYGEGQIGTNKQPFMFIFDTGSANLWVPSVNCDSIGCSTKHLYDASASKSYEKDGTKVEISYGSGTVRGYFSKDVISLGDLSLPYKFIEVTDADDLEPIYSGSEFDGILGLGWKDLSIGSIDPVVVELKKQNKIDNALFTFYLPVHDHVGYLTIGGIESDFYEGPLTYEKLNHDLYWQIDLDIHFGKYVMQKANAVVDSGTSTITAPTSFLNKFFVIKVPFYVTTCDNDDLPTLEFHSRNNKYTLEPEFYMDPLSDIDPALCMLYILPVDIDDNTFILGDPFMRKYFTVFDYEKESVGFAVAKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of plasmepsin IV
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum (isolate 7g8)
molecule keywords Plasmepsin IV
total genus 74
structure length 315
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i70A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i70A01
1YG9A 1BVEA 1TW7A 2FDDA 2PWRA 2FS4A 5P77A 5P1IA 4A6CA 5OZ4A 1RV7A 5COPA 2AOCA 4GJ9A 5OZGA 1FG6C 2R5QA 4ZSMA 3O9BA 5P4LA 3ZKNA 4J0YA 2A4FA 2I4QA 4OBFA 5P5HA 1MTBA 5OYVA 2OHRA 3LNKA 4J5JA 1META 5OZ1A 5P2SA 5P81A 2HS1A 2PSVA 2HAHA 4Y57A 4B0QA 2NXLA 4I0FA 5P64A 3UDHA 4Y4ZA 3S43A 5ISJA 5P6XA 1SMEA 1HPSA 1MSMA 5P24A 5P3EA 2UPJA 1HVHA 5CLMA 3TLHA 3GI6A 4MC1A 4I12A 2G69A 2PYMA 3NR6A 1NH0A 2IGXA 3S56A 5I3YA 5FIVA 3KFSA 5OZVA 5P2GA 1EPOE 2P83A 4Y3ZA 1OEWA 5P1MA 4M8XA 5P4IA 2G20A 2UY0A 1TCWA 1LYBB 4DQCA 4I0DA 4Y3JA 1FQ8A 3L3AA 1DP5A 2QU2A 4BEKA 4ZLSA 3CKRA 1TSUA 1YTIA 5P0AA 5OZYA 3NDUA 5P6VA 4L6BA 2ZJKA 3O99A 2Q55A 1BBSA 2V0ZC 2AOJA 4FE6A 3VF7A 5BRYA 1APVE 3OUDB 4JPCA 4KE1A 5P5IA 4QJ9A 3EL4A 3EL0A 1APTE 5KQXA 4Y3TA 2HS2A 4MC9A 5P75A 3QRSA 3VG1A 5P08A 5P0BA 5OZDA 1C70A 2O4LA 3ZKQA 4NPTA 2B7ZA 5P7FA 3NDTA 1RPIA 3PRSA 3CKPA 5P7KA 2RKFA 3UQUA 3R0YA 3TKGA 1TZSA 5DPZA 2BKTA 5OZ5A 2ANLA 1EBWA 3IAWA 3DM6A 3QVIA 4FRSA 3UTLA 2PWCA 5OZ3A 3SA6A 4NJTA 2IKUA 4HDBA 4KB9A 2PC0A 3PMUA 4ACUA 1N49A 4LXMA 5HCOA 1DW6C 5P8DA 5P5TA 5P5RA 5P7RA 5OZLA 2XFKA 3NYGA 1HVLA 2P3DA 3TPJA 1ODWA 3PB5A 4Y3FA 5P6DA 1E80E 1RQ9A 2QMFA 2EWYA 1FEJC 5P4MA 1EC2A 1PROA 4TRYA 5P06A 3I2LA 5P29A 1KJFA 5P07A 2VA6A 4J1EA 1LF3A 5I3WA 3PSYA 3T7PA 5P8RA 4GB2A 5P1WA 2JYSA 3NUJA 5P4DA 5P3NA 5P1VA 3PWMA 1XDHA 3O9IA 5P79A 4Y53A 5IS4A 2F3FA 3PCZA 3D1YA 1GKTA 4B72A 1FQ4A 5P5VA 3OADA 3OUBA 3PCWA 4LP9A 2CENA 3PI0A 4MC6A 3QRMA 5P00A 4Q5MA 3TOFA 1MT7A 1NPAA 5OZOA 5P8MA 2WJOA 4FSEA 3Q5HA 5COKA 4I8ZA 5P5MA 4BELA 5P22A 3VUCA 4EYRA 5DR7A 5EZZA 5P3CA 1DPJA 4Y4JA 2FNSA 2XFIA 4J1IA 5P8CA 1PPKE 3GGXA 5P6EA 3PI5A 4J1KA 1FG8C 3RSVA 4DJYA 2AOGA 4J1FA 3KF0A 4R93A 3KDCA 4OBKA 3RVIA 1ODYA 4D88A 3O9AA 1LYWB 3LIVA 4FRKA 4YOBA 4BFBA 4PHVA 5P1EA 5P0UA 3INEA 5P5SA 2OF0A 5AH8A 5P4SA 4ER4E 4Z22A 4DJXA 2H6TA 1MRWA 1FQ6A 3QN8A 1W6IA 5P3IA 5OZ0A 1ZJ7A 2FDPA 1KJHA 3OU4A 3BUGA 4Y58A 4Y3WA 5P3VA 5OZKA 2VS2A 5P2CA 2JXRA 1FMUA 4ZPEA 5P7HA 5P2DA 2OHKA 2ZJJA 2AVSA 1HIIA 3BUHA 3GW5A 4YDGA 1PSOE 5DQ4A 4YD3A 5OZRA 3URJA 1SDTA 4FGXA 4HZTA 4Y41A 5JFUA 2G1SA 5HDUA 4Y3SA 5P5QA 3BUFA 3SA4A 3CYWA 5P6BA 3MXDA 5KAOA 4CPRA 3ECGA 2FIVA 4Y4WA 3SA3A 5P5JA 4JP9A 3SA9A 5P38A 3NU9A 5OZUA 2NR6A 3T7QA 1XE5A 2JJIA 2WEBA 1HTGA 3IXJA 3OADB 4RCFA 3LINA 5P1LA 5P2ZA 3S7LA 3VLAA 2F3EA 5P83A 5P65A 5AGZA 3B7VA 3GI4A 3GGAA 5P7VA 4B77A 4Y3XA 5P0VA 3PHVA 3EMYA 5P7YA 4B1CA 3IN4A 3HZCA 3GI5A 2ZE1A 1J71A 2RKGA 3VYFA 4EJDA 3NXEA 4FAFA 1D4SA 4OC6A 5P4OA 5P26A 1RNEA 1K2BA 5OZSA 1SH9A 1HWRA 1GNMA 4ACXA 4DJRA 3K1WA 4Y5CA 2IKOA 1B6KA 4YD5A 5P6RA 5P86A 3WB4A 5P7JA 5P73A 3ER5E 4MC2A 2Z54A 5P4NA 5P6OA 3U6AA 5P8AA 5SY2A 3FX5A 5P4CA 3VF5A 4DI2A 5P3JA 5P84A 3APRE 5KOQA 3DV1A 4COEA 5P6WA 1K6CA 5P2IA 1A8GA 3FNUA 3SA7A 1QBTA 4R5NA 1EAGA 4Y4BA 5P6SA 1YM2A 2XYFA 2QZXA 1SGZA 2Q11A 4GJ8A 5P3TA 4FRJA 3K5CA 1K6PA 2HIZA 1SP5A 3PSUA 2QMGA 3OAGB 2Q54A 2F3KA 4LL3A 1U8GA 3ZPUA 3EL9A 4K4QA 2OAHA 4AMTA 4PEPA 3TOHA 4Y5NA 3VLBA 4CPTA 5OZHA 3NXNA 3OQKA 5AH7A 5I3XA 5OYUA 1KJ4A 5EZXA 1A8KA 5P3AA 2NXMA 2QD7A 5P4XA 5P8NA 4CKUA 2Q64A 5P87A 1UH7A 5P0DA 2ZJLA 4K9HA 5P56A 3EL1A 1CPIA 4S1GA 4OD9B 5HVPA 2BKSA 3DUYA 2G94A 4Y3LA 5P5OA 5P6YA 5P66A 4Y3DA 5OZTA 1IZIA 5HU1A 1E81E 3SAAA 3RU1A 4F74A 2IGYA 4J17A 3LZUA 1TSQA 3ZKMA 5P0OA 3L5DA 2R5PA 4CPQA 5P43A 4GIDA 5OZEA 3SACA 1HVIA 5OYWA 3RTNA 4OC6B 4HEGA 3T3CA 5P6NA 4Y3AA 1WBMA 4XKXA 2B7FA 1ZPAA 2OHTA 5P6AA 4DPFA 3HDKA 5P6HA 5P8BA 4Y37A 2F8GA 4J0VA 2B8LA 5P55A 5P8LA 5DQCA 3HVGA 3WSJA 5P89A 3PVKA 1LYBA 5P3XA 5P7GA 6UPJA 2BB9A 5P54A 1G2KA 3IA9A 2HB3A 1EC0A 4CPXA 2B60A 1JLDA 5DR4A 3EBZA 3JW2A 2VJ6A 4K8SA 5HTZA 4JPEA 1DAZC 1QRPE 4HDPA 1M0BA 3OUDA 4RVIA 6APRE 5P2FA 2VJ9A 5E5JA 4DQEA 5P57A 2JJJA 4LAPA 4RYGA 1FQXA 5P1KA 3L5EA 5P2HA 5P61A 3NLSA 1MT8A 5ENKA 5P60A 2BPWA 1TQFA 1A94A 5P50A 1K2CA 1YTGA 4OBZB 5P7NA 3EXOA 4Y5KA 2VKMA 5P23A 3UDYA 1HEGE 3NWXA 5P3BA 3PBZA 4GZFA 3QRVA 1EPLE 1GNOA 4Q1NA 2QZKA 2CEJA 1B6LA 5P4AA 5KQYA 4APRE 1B6MA 1M43A 4GJ6A 2FLEA 3U7SA 3MWSA 4H3JA 5OZIA 5SXNA 2G1RA 2APRA 2FGUA 2PSUA 4DQBA 2I4WA 4Y3HA 3MSJA 3VYDA 3UQWA 2VIZA 1B11A 5B18A 1MRXA 3WZ8A 1UH8A 1AJXA 5P0KA 4OBDA 1Z8CA 3ZMGA 5P3FA 3URLA 4J54A 1GVTA 5P6UA 3S45A 2QK5A 5P2WA 1SDVA 4I0HA 2AZ8A 5P2NA 2QHZA 1FF0C 5P1UA 5P78A 1FQ7A 3PGIA 5P2YA 3CIDA 2ZHTA 4Y44A 5P6CA 1SGUA 5P4QA 1HSIA 3VYEA 3O9HA 2PSGA 5P3WA 3ZKSA 5P2BA 3SM1A 2P4JA 4Y5EA 4EP3A 4J1CA 3UF3A 5OYSA 5IVQA 4M8YA 2CEMA 9HVPA 4OBGA 1KJGA 1D4HA 1MERA 5P5DA 4EXGA 4YA8A 1SIVA 1HPOA 2QU3A 2VA5A 4I0ZA 3LIXA 1KZKA 2V12C 3I25A 5P42A 3OU1B 3N3IA 3FSMA 3URIA 1IVPA 5P6ZA 1QBUA 4FIVA 3VF3A 2VNMA 4R8YA 3KFRA 1W5YA 3BGBA 2HM1A 5P4EA 1XN3A 2QD6A 1APUE 1EBZA 1FFIC 4YD7A 1E82E 1ODXA 4DJPA 1LYWA 3UDMA 3SABA 5P4VA 1NPVA 5T4SA 5OZZA 5P3UA 3QBHA 1YT9A 1GVUA 3NU3A 3IN3A 2AVOA 3H0BA 4AZYA 5P7DA 2FGVA 2IQGA 3OXXA 4NJSA 3BXSA 2R3TA 5F01A 4CP7A 3R1GB 4HLAA 1IVQA 2QCIA 3VV6A 5P0SA 1T6EX 3ZKIA 4EWOA 5P4KA 1F7AA 5P2EA 5IVSA 2WL0A 2QI0A 2IL2A 5P28A 4ER2E 3KA2A 1T3RA 1Q9PA 4DH6A 1HRNA 5P36A 5P0CA 5P72A 1FFFC 5P3QA 3S53A 4GJCA 1T7KA 1ZSRA 2VIEA 1AXAA 3UDNA 3DCKA 2WKZA 1BV9A 1BXQA 5P27A 3EC0A 4J1HA 2QNNA 5P0FA 2Z4OA 2AZBA 5P39A 1PFZA 1MT9A 3WB5A 3IXOA 1BDQA 3U71A 2SAMA 5P70A 1KJ7A 5P1NA 2AOFA 3ST5A 5KR0A 5KR1A 3D1XA 4FS4A 3LZSA 1XL5A 1HVCA 4HE9A 3INDA 5P25A 5P5GA 4OBHA 1EPPE 5P7BA 4EHCA 3IXKA 4KE0A 3UQPA 3OWNA 2O4NA 2ZDZA 4YD4A 5KQZA 3NU4A 1NPWA 4DJUA 4CPSA 7HVPA 5P1AA 1FIVA 3I7EA 3KFPA 3Q3TA 5P40A 1BV7A 3ZKGA 2FNTA 5P3RA 1HIHA 4ZSRA 2RENA 4Y35A 5P7UA 1BDLA 4EJLA 5P6LA 2I0AA 4A6BA 4Y5MA 5P1XA 4NKKA 1AJVA 5P12A 3BVBA 2PK6A 5P1RA 1ZP8A 1EPRE 2QD8A 2R3WA 3SFCA 3TPPA 3FNSA 5P8QA 5C9FA 3EKXA 5P16A 4DQHA 2ER6E 4F76A 5P6IA 4LXAA 3F9QA 3EKTA 4QJ8A 1TCXA 2J9JB 1HBVA 5DGWA 1HSGA 3JVYA 1HXWA 1B6JA 2HC0A 5P0MA 4D8CA 4Q1XA 3S54A 3OAGA 4HDFA 3UDRA 4D85A 4Y38A 4FCOA 3OOZA 3Q70A 5P2RA 1ZLFA 3OTYA 5P51A 1XL2A 4NJVA 3I6OA 5P67A 3K5GA 3T6IA 2AOIA 2V11C 1IIQA 5P1QA 4NJUA 2ZHSA 3ZPTA 2NXDA 3IVIA 1G0VA 5KOSA 2R38A 5P7WA 2P3BB 5P5PA 4H3IA 3I8WA 1BWBA 5P80A 5DR0A 5P7CA 5P8PA 3LZYA 4OD9A 5ER1E 4RYCA 1GNNA 2WEZA 3QI1A 5P7OA 4TVGA 3TPRA 1AM5A 5P1YA 4B00A 5P4BA 3SO9A 4EQJA 2F81A 5P31A 3SM2A 5P7PA 4QLHA 3BC4A 4GMIA 4Y43A 5I3VA 2AVQA 5OZJA 5DQ2A 4FM8A 3KM4A 5KR8A 4K4RA 2ZGAA 4XX4A 3QROA 2Q3KA 4YCTA 4I8WA 4RVXA 1EC3A 3D1ZA 4GJBA 5P3MA 3HLOA 2P3CA 5P1ZA 4Z4XA 3UCBA 4RZ1A 3BVAA 5P01A 4DFGA 1CMSA 4DPIA 3SA8A 5P0IA 2R8NA 1HVJA 5P0RA 4IVTA 5OZBA 3JVWA 1PSAA 3G72A 5P4ZA 1MSNA 1VIJA 2H6SA 5P0ZA 3UFNA 4GYEA 3L59A 5COOA 2AQUA 4L1AB 1AZ5A 5OYTA 4FM7A 4DQGA 5P0LA 3EM4A 2ZJHA 1W5VA 3EKVA 4X7IA 1EEDP 2NNKA 5P3ZA 1MTRA 3O9DA 3QVCA 8HVPA 1C6YA 1MESA 2PYNA 5P49A 2PMAA 4Y5LA 4OBZA 3DV5A 4RCEA 5OZWA 5P2XA 4ZPFA 1VIKA 4N00A 5P5KA 5JODA 2I4XA 5C9DA 5ISKA 4J55A 5UPJA 1DIFA 2O4SA 1ME6A 3PWRA 4I0GA 3KYRA 5OYRA 2RMPA 3EKYA 2Q5KA 5P8OA 3PM4A 5P1HA 3ZKXA 2WF1A 1QS8A 3G70A 5OYYA 4FRIA 5P47A 1YTJA 2WF3A 3KFNA 5P34A 5P68A 5P18A 5P32A 3B80A 4PYVA 5P8EA 1FGCC 3BGCA 1D4KA 4YD6A 3RTMA 1K1UA 3OXVA 5P7AA 5P5YA 5P2JA 5DR1A 4YHQA 5OZPA 4RVJA 2O40A 4AA8A 4Y5BA 4Y4DA 3TH9A 4PPHA 3NSHA 3AIDA 1FB7A 4WTUA 4CPWA 4XXSA 2V13A 3DJKA 4B70A 4Y5PA 3R4BA 1OEXA 1PSNA 1K1TA 3HAUA 3ZPSA 5PEPA 5AH9A 3T7XA 3QBFA 2OHQA 5P4JA 3LIYA 2QI4A 3TKWA 1T7IA 5P1FA 3OQFA 1Z1RA 3ZL7A 1BVGA 1IBQA 1D4IA 5P7MA 3DOXA 2PH8A 5P5UA 2XYEA 4Y45A 4QGIA 4RGHA 1DMPA 3CICA 5P2OA 1XN2A 3D91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YG9 A;  1BVE A;  1TW7 A;  2FDD A;  2PWR A;  2FS4 A;  5P77 A;  5P1I A;  4A6C A;  5OZ4 A;  1RV7 A;  5COP A;  2AOC A;  4GJ9 A;  5OZG A;  1FG6 C;  2R5Q A;  4ZSM A;  3O9B A;  5P4L A;  3ZKN A;  4J0Y A;  2A4F A;  2I4Q A;  4OBF A;  5P5H A;  1MTB A;  5OYV A;  2OHR A;  3LNK A;  4J5J A;  1MET A;  5OZ1 A;  5P2S A;  5P81 A;  2HS1 A;  2PSV A;  2HAH A;  4Y57 A;  4B0Q A;  2NXL A;  4I0F A;  5P64 A;  3UDH A;  4Y4Z A;  3S43 A;  5ISJ A;  5P6X A;  1SME A;  1HPS A;  1MSM A;  5P24 A;  5P3E A;  2UPJ A;  1HVH A;  5CLM A;  3TLH A;  3GI6 A;  4MC1 A;  4I12 A;  2G69 A;  2PYM A;  3NR6 A;  1NH0 A;  2IGX A;  3S56 A;  5I3Y A;  5FIV A;  3KFS A;  5OZV A;  5P2G A;  1EPO E;  2P83 A;  4Y3Z A;  1OEW A;  5P1M A;  4M8X A;  5P4I A;  2G20 A;  2UY0 A;  1TCW A;  1LYB B;  4DQC A;  4I0D A;  4Y3J A;  1FQ8 A;  3L3A A;  1DP5 A;  2QU2 A;  4BEK A;  4ZLS A;  3CKR A;  1TSU A;  1YTI A;  5P0A A;  5OZY A;  3NDU A;  5P6V A;  4L6B A;  2ZJK A;  3O99 A;  2Q55 A;  1BBS A;  2V0Z C;  2AOJ A;  4FE6 A;  3VF7 A;  5BRY A;  1APV E;  3OUD B;  4JPC A;  4KE1 A;  5P5I A;  4QJ9 A;  3EL4 A;  3EL0 A;  1APT E;  5KQX A;  4Y3T A;  2HS2 A;  4MC9 A;  5P75 A;  3QRS A;  3VG1 A;  5P08 A;  5P0B A;  5OZD A;  1C70 A;  2O4L A;  3ZKQ A;  4NPT A;  2B7Z A;  5P7F A;  3NDT A;  1RPI A;  3PRS A;  3CKP A;  5P7K A;  2RKF A;  3UQU A;  3R0Y A;  3TKG A;  1TZS A;  5DPZ A;  2BKT A;  5OZ5 A;  2ANL A;  1EBW A;  3IAW A;  3DM6 A;  3QVI A;  4FRS A;  3UTL A;  2PWC A;  5OZ3 A;  3SA6 A;  4NJT A;  2IKU A;  4HDB A;  4KB9 A;  2PC0 A;  3PMU A;  4ACU A;  1N49 A;  4LXM A;  5HCO A;  1DW6 C;  5P8D A;  5P5T A;  5P5R A;  5P7R A;  5OZL A;  2XFK A;  3NYG A;  1HVL A;  2P3D A;  3TPJ A;  1ODW A;  3PB5 A;  4Y3F A;  5P6D A;  1E80 E;  1RQ9 A;  2QMF A;  2EWY A;  1FEJ C;  5P4M A;  1EC2 A;  1PRO A;  4TRY A;  5P06 A;  3I2L A;  5P29 A;  1KJF A;  5P07 A;  2VA6 A;  4J1E A;  1LF3 A;  5I3W A;  3PSY A;  3T7P A;  5P8R A;  4GB2 A;  5P1W A;  2JYS A;  3NUJ A;  5P4D A;  5P3N A;  5P1V A;  3PWM A;  1XDH A;  3O9I A;  5P79 A;  4Y53 A;  5IS4 A;  2F3F A;  3PCZ A;  3D1Y A;  1GKT A;  4B72 A;  1FQ4 A;  5P5V A;  3OAD A;  3OUB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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