5IE1A

Crystal structure of bace1 in complex with 3-(2-amino-6-(o-tolyl)quinolin-3-yl)-n-(3,3-dimethylbutyl)propanamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
361
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 361
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A02
5P1SA 1D4JA 2Q3KA 1UH8A 1KJGA 1EBYA 3PVKA 3OQDA 5OZJA 5P6YA 4K4PA 2QCIA 4Z22A 2WKZA 5P7IA 3HW1A 5IVSA 4Y35A 2XFKA 4X7IA 3LPIA 5P4KA 5P7RA 5I3YA 5OZDA 3PCWA 4DJPA 2OHLA 3NUJA 4OD9A 2AVVA 4YD7A 3OUBA 5P0BA 5P0IA 4Y3RA 1G35A 4R95A 5ENMA 4APEA 3NR6A 5P6LA 3NUOA 1EPME 5P1AA 2AOGA 2AOFA 4FLGA 3HBOA 3L5FA 1KJ4A 5P6NA 1FQ4A 3FSMA 1ODYA 1ER8E 2OHQA 3VV7A 3H0BA 3QROA 4D88A 3OAGA 3LIYA 3AUPA 5P3SA 5P65A 1C70A 1E80E 5IE1A 5P4GA 3HVGA 2B60A 1TQFA 2I4DA 5P6FA 3LPJA 1YTHA 1MIQA 5C9DA 5P6RA 2NMZA 5P50A 5P7EA 3D20A 2BJUA 1IZHA 5P0YA 3D1YA 4EP2A 1FQ6A 5KQXA 1NPAA 5P64A 3PSUA 1PFZA 1QBUA 3KMYA 4ZIPA 1IZDA 3L3AA 3R0WA 5P1NA 5P1JA 2AVOA 4HEGA 1B11A 3ER5E 2Z4OA 3CKPA 1HWRA 5P0NA 5OZYA 5P0OA 3UHLA 2ZJNA 4PEPA 5KR0A 4J1IA 3O9GA 3UDQA 2ZJHA 3TKGA 2VA6A 1TW7A 4I12A 4B0QA 1PSOE 4R5NA 5CLMA 1SMEA 4FM7A 2ZHRA 3QP0A 2FGUA 1YTIA 5P3YA 3S43B 2NPHA 5P4RA 2PYNA 3TOFA 2ZHVA 2QMDA 3EKWA 5P44A 2VNNA 3TPJA 3TPRA 2PYMA 3TLHA 5P1ZA 1YM4A 1TSQA 5P6AA 5P0VA 5P4WA 5P74A 5ENKA 1B6PA 5P5XA 2FDEA 2OHNA 4YE3A 5DR1A 5APRE 2JE4A 5P0SA 3PJ6A 4OBFA 5P29A 2VKMA 4I0FA 2VS2A 3T3CA 2O4PA 5OYVA 2QI0A 3DOXA 5OZHA 3PM4A 5I70A 1FMBA 5P57A 3S53A 5P8IA 1FF0C 3R1GB 5P83A 1HXWA 6APRE 3SA6A 4R91A 2V00A 5HU0A 3DCKA 1XN2A 4Y58A 5P82A 4RCFA 4HDFA 5P41A 4Y56A 2JYSA 4J0ZA 4EPJA 4Y3AA 5KR2A 4Y4GA 3IN3A 3TNEA 3TPLA 5P61A 2WHHA 5P6SA 2HB2A 1QBTA 1NH0A 3IXJA 5P1VA 3OTYA 2PMAA 5P26A 2B7FA 1ENTE 8HVPA 3HLOA 4Y3LA 2IQGA 5COKA 2VJ7A 4LHHA 3D1ZA 5KQZA 2NNPA 5P3TA 9HVPA 3QN8A 1UH9A 4ZSMA 4CKUA 2AOHA 4PZXA 4EJKA 1IZEA 4FCOA 2PSVA 4JPCA 5DQCA 1OD1A 1D4SA 4J1CA 1BDLA 5E5KA 1A9MA 3VFBA 2QI3A 4OBZA 2F3FA 4Y45A 3EL9A 5P4YA 5P2VA 5P4XA 3IVHA 3RTHA 5KQFA 5OZIA 2ZJMA 4I11A 3PEPA 4GIDA 4Y5NA 5HDVA 4Y4DA 4DQFA 1HEFE 1CZIE 1MT7A 5P0XA 2WF4A 5OZ3A 2PWCA 5OYTA 4F76A 1D4HA 4EJ8A 1HTRB 3SA7A 1HIVA 5OZ6A 5AH8A 5P5VA 5P6JA 1GNOA 4DJXA 4EXGA 2JXRA 1KJHA 5P73A 4EP3A 4ZPFA 2FXEA 3ZKIA 5P05A 4TRYA 4H1EA 3D91A 5P6ZA 2RKGA 3OUDA 4XX4A 5P6WA 4NJUA 1K6VA 2R9BA 5P5AA 2O40A 5P3MA 4Z50A 2Q64A 2AOIA 1LS5A 3G70A 5P2FA 4FRSA 2QNQA 5P53A 5P7NA 1FLHA 3DK1A 4MC9A 2PQZA 2NXDA 4RVIA 4HLAA 5P4LA 2AZ9A 4J1HA 4Y3HA 4RCDA 1EC3A 2OHMA 4LAPA 4ZSQA 5P6IA 2QZLA 3K1WA 3RU1A 5P5HA 1G6LA 4LL3A 4QJ2A 5P2RA 1ZBGA 3SA5A 1APUE 2Q55A 3ER3E 2B8LA 2NR6A 4MC1A 3BHEA 5P4NA 3CKTA 3QVIA 3DJKA 4COEA 1LYBB 4Y3FA 5AH9A 4HDPA 3NU4A 5OZ4A 5CONA 4CPXA 3NSHA 4Y5LA 1HVSA 2QD7A 1XN3A 3SA9A 5P1YA 4S1GA 5P39A 5P66A 4CPTA 2F3KA 4DPFA 4GJ8A 5P2WA 1FMUA 4L6BA 3VF5A 3BC4A 5P76A 5P8HA 1D4KA 5DGUA 3JVWA 2OF0A 3OQ7A 4OBKA 5DR7A 5P69A 1ZLFA 1IDAA 3EC0A 5OZCA 4Y5EA 5P0QA 4H3JA 4GJDA 3ST5A 1NPWA 4Y50A 1BDRA 1BILA 4GJCA 4EXHA 4YDGA 1GKTA 5I3VA 5P5TA 3KFSA 5P3OA 3MXEA 3PI0A 4OBGA 3BUHA 1EBZA 3VF7A 2XFJA 5P7BA 1MSMA 4CPRA 1C6XA 3LHGA 3ZPSA 4F75A 5P1PA 2A4FA 3K4VC 3ZKQA 4QJ7A 4RRNA 5T4SA 4TRZA 5P3PA 5P20A 2ER7E 5P7PA 4E43A 4U7VA 4Y3QA 5P5UA 3L5EA 3O9EA 2CEMA 2P4JA 4Y3WA 5P2UA 4ZPEA 3ZPTA 4AUCA 3KDCA 3SO9A 3UDNA 2G24A 3O9HA 4Y5MA 3LIXA 5P3JA 4LP9A 4BFBA 3LIVA 4QGIA 4M8XA 3ZLQA 1ZPKA 3PWWA 5P18A 1OHRA 4B1DA 1MEUA 1DMPA 3UCBA 1ME6A 3NDWA 3PLLA 5P0RA 3PI5A 2ER0E 3FNUA 3LINA 5P8CA 5P78A 5P2NA 3OU4A 5OZRA 2VA7A 2HIZA 3GGUA 2ZJJA 1AXAA 5P5DA 2RENA 1SGZA 5OZOA 2P3AA 1T7IA 5DQ5A 4Q1NA 2QU3A 5ISKA 3MSJA 4Y4BA 1BBSA 5P8QA 4AMTA 4Y51A 2ZJIA 4HVPA 5P75A 5P33A 2OHRA 5P1CA 3R2FA 5P2QA 2AOCA 4DQBA 5DR4A 4YCKA 1HRNA 4J0TA 5OZKA 1PPKE 3PMYA 4I10A 2WEAA 5P8NA 3QVCA 2QI1A 1IVQA 5P8SA 1FKNA 1YTJA 2HB4A 3KFPA 5P2BA 5COPA 5HD0A 5P7SA 5P8RA 4CPQA 1YTGA 5TOLA 2AZBA 5P0JA 1A30A 1Z1HA 5C9BA 4B72A 5P4OA 1SP5A 1LYWA 4OBDA 5P1EA 5P8UA 3DV5A 4DJQA 3INEA 4YCTA 5P7MA 5P0ZA 3TKWA 5P0TA 2ER9E 4DFGA 2HS2A 3LZVA 1FIVA 3O9LB 5P71A 2SAMA 2PH8A 2ZHSA 5OZAA 3VF3A 4NJTA 3BVAA 4QLHA 4OC6A 5P5YA 3N4LA 2QHYA 4Y38A 1K1UA 1PSAA 5KAOA 2CEJA 5P2XA 5P5IA 5P2LA 2ANLA 5HVPA 5J25A 2QMPA 4GJ5A 5KQYA 3O99A 2V12C 1TZSA 1TCWA 3RSXA 3WB4A 5P3RA 4F73A 3JW2A 5EZZA 2VJ6A 5OYYA 5P32A 1VIKA 4ZPGA 4BEKA 2PC0A 5P36A 5P6MA 1GVTA 1UPJA 5P5FA 2VIEA 2R38A 2I0AA 5OYZA 1APTE 4Y3DA 2AZ8A 4HDBA 4GYEA 5P4QA 2P3CA 4Y3NA 5P6VA 5P3FA 1W5VA 1U8GA 4B1EA 3SA3A 4LXKA 5P3AA 1RL8A 1B6LA 4J5JA 4TVGA 1EEDP 3DUYA 3MXDA 1AJXA 5P1FA 5HE5A 5P58A 3KT5A 4GB2A 3OY4A 4U7QA 1ZSFA 1GVVA 3I8WA 4OBHA 5P1TA 1FGCC 3OWNA 3KDDA 1K2BA 5P7UA 3G6ZA 1QBSA 2P3DA 3BXSA 1BV9A 5P5GA 1BXOA 2AOJA 1W5WA 1RQ9A 5P8OA 2V0ZC 4H3IA 5P01A 3H5BA 2QD8A 3MWSA 2PH6A 1LYAA 3CIDA 1SIVA 1W51A 3O9DA 3NDUA 4J0YA 1HVHA 2P3BA 4DQHA 5HU1A 3T11A 5P6BA 2NXLA 1A8GA 4CPSA 5AGZA 3TOGA 4YDFA 5P7KA 5P3NA 5P12A 4L1AB 3L5CA 3WZ7A 3I25A 5P4VA 5P04A 5P24A 3EKXA 1AIDA 1KJ7A 4DJRA 4YCYA 5OZGA 4YD5A 4YOBA 5P0GA 5OZXA 4LXAA 5P45A 5P80A 3UQUA 1AAQA 1D4IA 1HOSA 3OGQA 2IGYA 2FMBA 3OU1B 1XL5A 3KDBA 1SH9A 1T6EX 1YG9A 5HDZA 3Q4BA 4I8WA 3BUGA 3OXXA 4ER4E 3D1XA 3URJA 3UQWA 4Y3JA 1K6TA 1FEJC 5DGWA 3RVIA 3BUFA 5P7TA 1MTBA 2HPFA 5P1RA 2I4QA 5P2TA 5P2KA 1ZPAA 3L5DA 1NSOA 3SACA 3UDRA 3OOZA 5P06A 4APRE 4IVSA 2QZWA 5SZ9A 4Q1YA 4Y5CA 2HC0A 5HE4A 5F00A 1TSUA 3ZL7A 5P1UA 1QS8A 5OZQA 5IS4A 1HVCA 3ZKSA 3OHHA 1PPLE 1HXBA 2H6TA 5P7VA 2BQVA 1MRWA 2QP8A 5P7DA 5P8VA 5HDUA 3CIBA 2IEOA 1EPLE 5P2MA 3PGIA 4EYRA 1KJFA 5DQ4A 3OXCA 4DPIA 3UF3A 1IZIA 2G1SA 3FX5A 5P6CA 4Y4XA 5P2SA 4I0GA 2QZXA 2V13A 5OYRA 4Q5MA 5P08A 3LZYA 1YX9A 2FNSA 5P6QA 3LIQA 4Y47A 1W6HA 5BWYA 3UPJA 2AVQA 3VCMA 3PLDA 2F8GA 1DW6C 5P87A 4YBFA 2NXMA 3FIVA 4FM8A 5OZLA 3OADB 2J9JB 2QU2A 3PBDA 4Y43A 5OYUA 3NWQA 3HAUA 4K9HA 4DJYA 5P56A 4I0IA 1HSHA 1EPQE 3SPKA 3URIA 5HTZA 2HM1A 2UPJA 3QBFA 1FQ8A 2R43A 5PEPA 2CENA 5P4HA 3SABA 5KOQA 5OYQA 2I4VA 1B5FB 2H6SA 1B6JA 4K8SA 3S43A 2OAHA 4ZSPA 2QAKA 5P0WA 3R4BA 1XE5A 3OU1A 1W5XA 4B1CA 1HVRA 2QMFA 4K4RA 2QI6A 3PMUA 5P46A 4J1FA 4YOAA 2G20A 5P5EA 5P8LA 4KE0A 5P3ZA 5OZFA 2R3TA 4FL8A 5KOSA 1HVIA 5P42A 3OTSA 3CICA 5P40A 4Y4JA 5P47A 3OQAA 1N49A 2FDPA 1D4LA 1K6PA 3SQFA 2I0DA 2B8VA 5ISJA 1HSGA 1EPNE 5P68A 5P4EA 3NDTA 5P2AA 1HTGA 4FAFA 4NPTA 3PWMA 3VG1A 1W5YA 3L59A 5P3HA 1EC2A 5EZXA 1HBVA 5P2JA 1JLDA 3EL4A 2WL0A 3UFLA 1K6CA 5P60A 3PBZA 3Q5HA 3ZKNA 5P03A 5P8EA 1ODWA 3NU9A 1LF3A 2FNTA 5P4CA 5P0MA 1QRPE 1GVUA 2AOEA 1ZSRA 3VV6A 3QBHA 3I2LA 4MC6A 4YBIA 2ZGAA 4J17A 2PWRA 2QI7A 3K5FA 4ACUA 5P6TA 4Y3MA 4AA8A 5P0DA 4DQEA 5P5PA 1G2KA 3S85A 3NXEA 1HEGE 1HTEA 3OADA 2RSPA 1B6MA 5OZ0A 3UDHA 5P2CA 3EKVA 3QPJA 1MESA 5P4DA 3QRSA 5P54A 3ZKMA 3GW5A 4ER1E 4RLDA 4XXSA 3EL5A 3UTLA 1APVE 1EBWA 3SLZA 1B5FA 2AZCA 2BPWA 4Y37A 5P4UA 2VJ9A 3NYGA 2IDWA 4B70A 2OHKA 4LXMA 2AODA 5P1BA 2P8HA 2QHZA 4Y36A 1A94A 1EBKC 3Q6YA 1WBMA 5P6UA 5P7LA 3EKTA 5P4IA 4DH6A 2O4NA 5P77A 3KFNA 4HZTA 5P0PA 4H3GA 2F3EA 1HSIA 2OHSA 5IVRA 2PSGA 1BDQA 1FG8C 4Y57A 4JOOA 5P31A 1RNEA 5JODA 5AHAA 5P3IA 5P2DA 5P28A 1OEXA 3AIDA 3PRSA 2G21A 1OEWA 1CPIA 4J1KA 4NPUA 3SM1A 5OZ5A 5P6EA 1LEEA 1XS7D 1ZP8A 5OYXA 5P0LA 3O9BA 5C9FA 3IXKA 4Y5BA 4FM6A 2FIVA 1PPME 2BKSA 4JPEA 4FSLA 1KZKA 3LIZA 1EPPE 3KMXA 5P7FA 3HZCA 4J0PA 3K5DA 3URLA 5P3DA 1LV1A 5P5WA 2NMYA 3FKTA 1C6YA 5P15A 5P6KA 5ER2E 2UXZA 3IA9A 1YT9A 5IVTA 3OXVA 5P10A 1FQ7A 4Y3SA 3U71A 1IVPA 3SKFA 3LNKA 3OQFA 2PSUA 5P8DA 4B05A 4XX3A 4Y3ZA 4D85A 5P5QA 3O9CA 3QAAA 4XKXA 5P30A 3JVYA 2O4LA 2IL2A 2RKFA 4QJ9A 1EAGA 1LYBA 2QMGA 3IAWA 3KA2A 1BVEA 5P2HA 3O9IA 3GI4A 3LZUA 1YM2A 4Q1XA 5P1IA 5P6OA 3GI5A 3QRMA 3EBZA 3OXWA 3T7PA 5P38A 2NTRA 3WSJA 5P3CA 4GJAA 3IN4A 5P4BA 4OD9B 5P88A 5P5NA 3GI0A 1MVPA 4IVTA 4Y4ZA 1HPSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1S A;  1D4J A;  2Q3K A;  1UH8 A;  1KJG A;  1EBY A;  3PVK A;  3OQD A;  5OZJ A;  5P6Y A;  4K4P A;  2QCI A;  4Z22 A;  2WKZ A;  5P7I A;  3HW1 A;  5IVS A;  4Y35 A;  2XFK A;  4X7I A;  3LPI A;  5P4K A;  5P7R A;  5I3Y A;  5OZD A;  3PCW A;  4DJP A;  2OHL A;  3NUJ A;  4OD9 A;  2AVV A;  4YD7 A;  3OUB A;  5P0B A;  5P0I A;  4Y3R A;  1G35 A;  4R95 A;  5ENM A;  4APE A;  3NR6 A;  5P6L A;  3NUO A;  1EPM E;  5P1A A;  2AOG A;  2AOF A;  4FLG A;  3HBO A;  3L5F A;  1KJ4 A;  5P6N A;  1FQ4 A;  3FSM A;  1ODY A;  1ER8 E;  2OHQ A;  3VV7 A;  3H0B A;  3QRO A;  4D88 A;  3OAG A;  3LIY A;  3AUP A;  5P3S A;  5P65 A;  1C70 A;  1E80 E;  5IE1 A;  5P4G A;  3HVG A;  2B60 A;  1TQF A;  2I4D A;  5P6F A;  3LPJ A;  1YTH A;  1MIQ A;  5C9D A;  5P6R A;  2NMZ A;  5P50 A;  5P7E A;  3D20 A;  2BJU A;  1IZH A;  5P0Y A;  3D1Y A;  4EP2 A;  1FQ6 A;  5KQX A;  1NPA A;  5P64 A;  3PSU A;  1PFZ A;  1QBU A;  3KMY A;  4ZIP A;  1IZD A;  3L3A A;  3R0W A;  5P1N A;  5P1J A;  2AVO A;  4HEG A;  1B11 A;  3ER5 E;  2Z4O A;  3CKP A;  1HWR A;  5P0N A;  5OZY A;  5P0O A;  3UHL A;  2ZJN A;  4PEP A;  5KR0 A;  4J1I A;  3O9G A;  3UDQ A;  2ZJH A;  3TKG A;  2VA6 A;  1TW7 A;  4I12 A;  4B0Q A;  1PSO E;  4R5N A;  5CLM A;  1SME A;  4FM7 A;  2ZHR A;  3QP0 A;  2FGU A;  1YTI A;  5P3Y A;  3S43 B;  2NPH A;  5P4R A;  2PYN A;  3TOF A;  2ZHV A;  2QMD A;  3EKW A;  5P44 A;  2VNN A;  3TPJ A;  3TPR A;  2PYM A;  3TLH A;  5P1Z A;  1YM4 A;  1TSQ A;  5P6A A;  5P0V A;  5P4W A;  5P74 A;  5ENK A;  1B6P A;  5P5X A;  2FDE A;  2OHN A;  4YE3 A;  5DR1 A;  5APR E;  2JE4 A;  5P0S A;  3PJ6 A;  4OBF A;  5P29 A;  2VKM A;  4I0F A;  2VS2 A;  3T3C A;  2O4P A;  5OYV A;  2QI0 A;  3DOX A;  5OZH A;  3PM4 A;  5I70 A;  1FMB A;  5P57 A;  3S53 A;  5P8I A;  1FF0 C;  3R1G B;  5P83 A;  1HXW A;  6APR E;  3SA6 A;  4R91 A;  2V00 A;  5HU0 A;  3DCK A;  1XN2 A;  4Y58 A;  5P82 A;  4RCF A;  4HDF A;  5P41 A;  4Y56 A;  2JYS A;  4J0Z A;  4EPJ A;  4Y3A A;  5KR2 A;  4Y4G A;  3IN3 A;  3TNE A;  3TPL A;  5P61 A;  2WHH A;  5P6S A;  2HB2 A;  1QBT A;  1NH0 A;  3IXJ A;  5P1V A;  3OTY A;  2PMA A;  5P26 A;  2B7F A;  1ENT E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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