5IS4A

Endothiapepsin in complex with chiral brominated primary amine fragment
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 87
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5is4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5is4A01
3L3AA 2FXEA 5P7TA 3SKGA 1GVUA 1T6EX 1W5YA 3LPIA 5DR8A 3EM4A 2ZJMA 3NLSA 3S45A 2RENA 3ZKXA 4GIDA 2R8NA 1LF4A 5P6PA 4Y44A 3NU6A 3D20A 1ODYA 1ZSFA 5OZGA 3B7VA 5P8MA 5I70A 1QS8A 2ZHSA 5OZVA 1E82E 5JODA 4OBFA 2ZJIA 3L5CA 5COKA 3T11A 3NU9A 5OZSA 4EXGA 5P1BA 5C9FA 5P2YA 5JG1A 4ACXA 5P0EA 3FKTA 2I0DA 3PGIA 4Y3YA 5P0UA 2OHLA 4Y48A 5HE4A 1AM5A 3EL1A 4I0HA 5P61A 3VUCA 1PPKE 1IVQA 3I7EA 3ZKMA 5P6SA 2ZJKA 1YTGA 3OXXA 2OHMA 1HIVA 5P4AA 5P1SA 1RL8A 5OZCA 5P0LA 1JLDA 2F3FA 2VA7A 5P34A 1HVRA 1META 4F74A 4Y39A 1EBWA 5P2VA 4Q1WA 3TPJA 5P7XA 3O9GA 2Z54A 3DV5A 4FLGA 2QI3A 1HVJA 5DQCA 5P10A 2PK5A 5OZLA 4RYGA 2BKSA 1B5FB 3QI1A 1K6VA 4AZYA 1EPOE 1K2BA 1HVIA 3G72A 1KJ7A 5P4UA 4M8XA 4B0QA 1YG9A 1F7AA 5P1IA 5P1XA 4EP3A 5P8TA 4PEPA 5P65A 2ZHVA 5P3NA 2BPWA 5P26A 3DM6A 3S54A 3VG1A 2QI7A 1LYWB 1HVLA 4Y3DA 3HZCA 3O99A 5P1ZA 4A6CA 5OZ5A 5ER2E 2VNNA 4Y36A 2AQUA 5P00A 4Y5MA 4MC9A 3OAGB 1FQXA 3LZSA 1NSOA 4ZPEA 4ZE6A 1HHPA 5P4FA 1BV7A 4FL8A 3PLLA 5TOLA 2QZKA 4TRZA 5AHBA 3C9XA 3TLHA 4I0ZA 5KQYA 1ZPKA 3PI5A 5FIVA 3UDNA 3OQ7A 3S7LA 5P2XA 2Q54A 4R91A 1HWRA 3LIXA 4CKUA 3BXSA 1MPPA 2AOGA 4FSLA 4GJAA 4RVIA 3UQXA 3EMYA 5P8UA 6FIVA 2VKMA 2JJJA 4FGXA 1C6ZA 4JOOA 5P5GA 2JXRA 2UPJA 2PYMA 3PHVA 5P3ZA 3L5EA 1IZHA 2IGYA 5P3OA 5P7BA 5P17A 2V12C 4FAEA 4JP9A 3GI6A 1QRPE 4YBIA 1IZIA 5P5YA 2J9KA 2XYFA 1BDRA 2AVSA 4K4QA 5P7YA 3G6ZA 1EC2A 4DQFA 3CMSA 3LINA 2P3CA 2F80A 1HVCA 5P0MA 4DJXA 2G69A 2HAHA 3PB5A 4L7GA 4OBZB 4NJUA 4Y5LA 1D4JA 3UFLA 2PH8A 4RRSA 4NJTA 5I3WA 2QK5A 3OADB 5BWYA 4DJYA 1FQ7A 5P0SA 5P2FA 5KR1A 4D89A 3CKPA 2CENA 1HVSA 4D83A 5ENKA 5P2OA 4AA9A 5P7HA 5P8BA 3VFAA 4XKXA 4I8ZA 5P5UA 1GNNA 2Q55A 4RYCA 5KOQA 2QI0A 5P5NA 1OEWA 2P3DA 3PJ6A 4H3IA 1BVGA 5P37A 4I11A 3BGCA 2SAMA 3IVHA 2P8HA 5P82A 2I4VA 5P7PA 5HU0A 1B11A 3D3TA 3LITA 1A30A 5P0YA 4Y5GA 2HIZA 2F3EA 1DMPA 3L58A 1HXWA 3CIDA 5P14A 5P0VA 1DAZC 5P1TA 3NWQA 5P0BA 5P23A 2G27A 4AUCA 3JVWA 5P2JA 4CPRA 4FIVA 5P3JA 5F00A 1SDTA 1ZTZA 4I0EA 5P71A 5P0GA 5P57A 5P28A 3BC4A 2I0AA 4J0VA 5P6JA 3VYFA 4COEA 1ZP8A 3KYRA 1FMBA 2PSVA 1BBSA 1RPIA 1EC1A 2OHTA 1IZDA 2P3AA 1FQ4A 3EM3A 3N4LA 4H3JA 3SA3A 4NJVA 2IKUA 4L7JA 5P6FA 3NDTA 3ZKGA 5P4WA 3EKXA 5P1MA 3OUCA 5OZIA 4M8YA 4GYEA 3U6AA 1HOSA 4HA5A 1EC0A 2QU3A 3OXVA 3OU3A 1EBKC 2RMPA 4B70A 4HDBA 2G20A 3B80A 4HVPA 2WF0A 3VEUA 3UFNA 1CZIE 4Y58A 1LYAB 5P7OA 5P6IA 3IA9A 4YD6A 2PH6A 5P2EA 5P2ZA 5P4OA 3M9FA 4FS4A 5P8CA 3FV3A 4Y5CA 5P5BA 5P2UA 5P6BA 2FXDA 3HVGA 5OYZA 3GI5A 2NPHA 5P7QA 1MTBA 4Y3NA 1F34A 2JE4A 2OHPA 1IVPA 3N3IA 3NU5A 2I4WA 5P5JA 3LZUA 3QPJA 2HPEA 3PSUA 5P1DA 5P2LA 1EPME 5P7JA 5P43A 4YCYA 3OQDA 4PHVA 4CMSA 5P22A 5P5EA 5P3EA 3LNKA 5P3BA 5P38A 5P20A 3ZLQA 4EHCA 5DQ1A 1FMXA 5J25A 3O9HA 3S53A 1ZSRA 5DR3A 2Q64A 5P2RA 1SP5A 1GKTA 4EYRA 3URJA 2FLEA 5P7DA 2WL0A 2QHZA 4LXKA 2QI6A 2AOFA 4DV9A 2AIDA 4K8SA 4ZSQA 2QHYA 3WSJA 1EPLE 4N00A 4K9HA 2PWRA 3RTNA 5P62A 4YCTA 2R5QA 3O9FA 5P11A 3GI4A 5SY3A 3NYGA 3R1GB 2HB4A 4RCDA 5P0XA 2HPFA 1FGCC 3QP0A 2FNTA 3D1ZA 4OC6A 5OZ2A 5P25A 1ER8E 3NXEA 5P0WA 2H6SA 2QCIA 5P06A 5P1OA 4Y3GA 1FQ5A 5P45A 4Y4XA 3OWNA 1IIQA 2ZYEA 1SBGA 4GMIA 3SKFA 3SPKA 2VIEA 2P3BB 5P0HA 1E80E 3GGXA 5P6WA 2FIVA 2QMGA 3WB4A 4B78A 5P1FA 3O9LA 5P0FA 3EXOA 4J0TA 3TPPA 1HPVA 2O4LA 4TVHA 3PEPA 5P8AA 3QROA 1HVKA 5P41A 5P8GA 1UH9A 1U8GA 2RSPA 4EP2A 4NKKA 4Y3RA 1A9MA 4LP9A 2WECA 4UPJA 4QLHA 4RGHA 2CEJA 5P3PA 4HZTA 5P86A 4IVSA 5P81A 4Y3FA 3S8IA 5P3TA 4DQEA 4AMTA 5P4JA 4OD9A 3VSXA 2G21A 5HE7A 4CPSA 2BB9A 3QRVA 5PEPA 1YTHA 5P7CA 5HE5A 5OZ1A 5P0OA 5AH7A 5P1YA 1APUE 1TZSA 5P6VA 1TQFA 1AAQA 1APVE 3AUPA 1HPSA 1AXAA 3Q70A 1M0BA 1BV9A 5P8QA 2IDWA 2QD6A 4TRWA 1NPAA 4Y41A 3L5FA 3H5BA 5P85A 5P30A 2V16C 3OUBA 1E5OE 4GJ8A 4EJKA 2ANLA 2V11C 3ZKNA 4YDFA 1BWAA 3RTMA 3QRMA 4DQHA 4OBJA 1M4HA 5P1EA 5SY2A 2FGVA 3PBDA 3CKRA 2AVOA 3VV6A 4DFGA 2WEBA 4RVJA 3FNSA 5P3DA 3S43A 2G1NA 2HS1A 2QHCA 5AHAA 3LIYA 2WF1A 1PPLE 1MESA 1ZBGA 5P5VA 5P6EA 4RRNA 4CP7A 2B42A 3ER3E 2QI4A 5P44A 5P6HA 1MUIA 3NUOA 3TOFA 3EKWA 5HCOA 3KFPA 1WBMA 2B8VA 4Y37A 5P02A 3PCWA 5HD0A 5P6GA 1FB7A 4DQGA 4Y3TA 3SM1A 4K4PA 3SQFA 5P1AA 5E5JA 3URLA 1SDVA 2XFJA 2VIJA 3NDXA 4BFDA 1UPJA 1FLHA 3K5GA 2ZJJA 2V0ZC 5OZTA 3TKWA 1HTGA 1EAGA 1IZEA 1WBKA 5COPA 5P69A 3EKYA 5KQZA 5I3XA 3OU4A 2VJ6A 5P50A 5P2MA 2R3WA 2QMDA 2HC0A 3ECGA 5P0ZA 2PYNA 3R0YA 4QJ2A 5DGWA 2J9JA 4R8YA 2OHKA 4CPWA 5JFPA 4HLAA 3PWMA 5P8PA 3DJKA 5IVRA 2PSUA 3VCMA 5P8FA 2G22A 4RCEA 5BS4A 5P6MA 1FF0C 5P3RA 5P3XA 5P5WA 4NPTA 1T6GA 4DJPA 3OK9A 2BPZA 4RZ1A 2VA5A 3KMYA 3ZKQA 5P0KA 3ST5A 2VIZA 3PWWA 5P1WA 3SO9A 1IDBA 5P7LA 5P09A 1K6PA 4Z50A 5P72A 1C6XA 3PVKA 5P6XA 3EL5A 1K6CA 1YX9A 4J1CA 5P4XA 4L1AA 4QJ7A 4Y3ZA 1D4LA 1KJGA 5P1VA 4OBKA 4DJVA 5OYVA 4ER4E 2FS4A 5P54A 5APRE 3LPJA 3VYDA 3BXRA 5P7SA 3PI0A 5P3QA 3OU1A 5P3KA 5P3GA 3EM6A 3NSHA 1MIQA 2B60A 1HBVA 3APPA 3INHA 3IXKA 2R3TA 5P42A 2OF0A 4H3GA 5HDVA 2BPXA 1MRXA 5P3AA 2QU2A 3ZPSA 5DQ2A 4YD3A 2ZGAA 2BKTA 1XE6A 2OHUA 1BVEA 4ZSMA 3S56A 5P2GA 3SA9A 4FRIA 1DW6C 5OZDA 5P3VA 3OOZA 1GVVA 5P3UA 1BWBA 5P5ZA 4Z2ZA 1NH0A 3PBZA 5P16A 5P15A 1C70A 5P5CA 2I4QA 4Y5NA 5P7NA 4CPXA 5P66A 1W5XA 5P73A 5P07A 5P5AA 4F73A 2WF2A 4Y4EA 5P2AA 1B6KA 4AA8A 5P1HA 2ZHUA 1YTIA 5KQXA 2O4PA 3K5DA 2ER7E 4Y3JA 1EBYA 2I4XA 2APRA 2QI5A 5P8DA 1XL5A 2WKZA 5SXNA 5P01A 2MIPA 5P2WA 5DQ5A 1BXOA 7HVPA 3VF5A 1BXQA 3SLZA 2RKGA 5P4BA 1CMSA 3MSKA 3BGBA 1G0VA 1GNOA 2IENA 5P2KA 1NPVA 4MC1A 5P0RA 4LHHA 1T7KA 2NMYA 3RSVA 4GJ9A 5EZZA 3I2LA 5F01A 3K5CA 2F81A 5P0DA 2OAHA 5OZEA 1HSHA 3OUDB 3L5DA 5P1PA 4D88A 3VFBA 4Y3SA 1FQ6A 5OYWA 3GGAA 5P4MA 5ER1E 2WF3A 3KA2A 4I1CA 3CKTA 1FEJC 5P53A 4ER2E 4OBGA 3T7PA 4Y5EA 1W6HA 2O4SA 5P1JA 3L38A 2QP8A 5C9DA 5OZWA 4Z4XA 3OTYA 1RNEA 1Z1HA 4Y4TA 2NXMA 5OZQA 5P5SA 3UDYA 5P3IA 2ZJHA 3QIHA 4MC2A 4YA8A 4Y5KA 9HVPA 3SA6A 3K4VA 2ZE1A 3L5BA 1MEUA 1K1TA 3ZPUA 4Q1XA 1LEEA 1SIPA 3NU4A 3UQRA 1Z1RA 5DR0A 5P70A 5P8LA 3JVYA 5HDXA 2PQZA 3BVBA 1QBRA 4FE6A 3TTPA 1LYBB 2CEMA 2G24A 2FNSA 5P55A 5P56A 5OZ9A 5P52A 3UTLA 2QAKA 4Y6MA 4QJ6A 3QBHA 5B18A 1LZQA 1FQ8A 1T3RA 4KUPA 4R92A 4I0FA 5AH9A 1G35A 5DPZA 1GVTA 5IVSA 3IGBA 3DCRA 1HTRB 4J0PA 4KE1A 6UPJA 5P4RA 5P2BA 4QJAA 4ZPGA 1Q9PA 2BPYA 1APTE 2IQGA 3KDDA 4YCKA 1WKRA 3APRE 5P4ZA 3EBZA 3PLDA 1YTJA 5P4HA 3FNTA 3SA8A 5P29A 1M43A 2B7FA 1W51A 5P4SA 5CLMA 3HD8A 1TSUA 5P13A 3UQUA 1NPWA 5HDUA 1N49A 5AGZA 5JFUA 5P1NA 5P0JA 5KR2A 1LS5A 4YOAA 4TVGA 3Q5HA 5P63A 4DPFA 5P4LA 4JECA 4Q5MA 3L59A 4YBFA 3MXEA 3ZPTA 1A8KA 2VNMA 3QBFA 4DVFA 1K1UA 5P0PA 1KZKA 1ME6A 2R5PA 5P47A 4B05A 5AHCA 1B5FA 1LV1A 4BELA 1MT9A 5P04A 3FIVA 4FM7A 3PMYA 4DQCA 5P7RA 3KT5A 3HLOA 1AJXA 5P5LA 4B1DA 5P7WA 3SAAA 1FMUA 1HIHA 1B6PA 1LYWA 4EJLA 4LXAA 5P2HA 4X2LA 4J0ZA 5P8IA 2HB2A 2QMFA 3OAGA 4ER1E 3TH9A 3KF0A 5P68A 2JYSA 1QBSA 3R4BA 5P1CA 1K6TA 5OZAA 5P8OA 5P0IA 2IRZA 5P4IA 5HDZA 2OHQA 3GGVA 3QS1A 3DOXA 5P83A 2UXZA 3T7QA 5P7ZA 4CPQA 4F75A 3WZ7A 1KJ4A 4EXHA 1XS7D 3INFA 2Q11A 5P1RA 1W5VA 3D91A 3G70A 5P3MA 3ER5E 1FFIC 2AODA 2NMZA 5P3SA 5ISJA 2PSGA 5P0CA 5P6LA 3LIQA 3IN3A 2B8LA 4RCFA 1B6JA 2G94A 3O9IA 1Z8CA 5P59A 3OHHA 4WY6A 1YM2A 4Y3XA 5OZMA 4E43A 2R9BA 1BDQA 4GJ6A 3TL9A 4OBZA 4ACUA 4U7QA 2QMPA 5BRYA 5P8VA 5OYQA 4DH6A 3OADA 4BEKA 2WJOA 5P1UA 4FRKA 4Y4JA 5P51A 1IBQA 2OHNA 5P5FA 2AOEA 5P33A 4Y50A 4FRSA 3F9QA 4OBHA 2AVQA 3SA5A 4F76A 3PM4A 4LXMA 3O9AA 4D85A 5DQ4A 2BBBA 3Q4BA 3HBOA 3FX5A 3KFRA 2I1AA 4QGIA 3O9DA 4XX4A 5P32A 3PMUA 1PSNA 4K4RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L3A A;  2FXE A;  5P7T A;  3SKG A;  1GVU A;  1T6E X;  1W5Y A;  3LPI A;  5DR8 A;  3EM4 A;  2ZJM A;  3NLS A;  3S45 A;  2REN A;  3ZKX A;  4GID A;  2R8N A;  1LF4 A;  5P6P A;  4Y44 A;  3NU6 A;  3D20 A;  1ODY A;  1ZSF A;  5OZG A;  3B7V A;  5P8M A;  5I70 A;  1QS8 A;  2ZHS A;  5OZV A;  1E82 E;  5JOD A;  4OBF A;  2ZJI A;  3L5C A;  5COK A;  3T11 A;  3NU9 A;  5OZS A;  4EXG A;  5P1B A;  5C9F A;  5P2Y A;  5JG1 A;  4ACX A;  5P0E A;  3FKT A;  2I0D A;  3PGI A;  4Y3Y A;  5P0U A;  2OHL A;  4Y48 A;  5HE4 A;  1AM5 A;  3EL1 A;  4I0H A;  5P61 A;  3VUC A;  1PPK E;  1IVQ A;  3I7E A;  3ZKM A;  5P6S A;  2ZJK A;  1YTG A;  3OXX A;  2OHM A;  1HIV A;  5P4A A;  5P1S A;  1RL8 A;  5OZC A;  5P0L A;  1JLD A;  2F3F A;  2VA7 A;  5P34 A;  1HVR A;  1MET A;  4F74 A;  4Y39 A;  1EBW A;  5P2V A;  4Q1W A;  3TPJ A;  5P7X A;  3O9G A;  2Z54 A;  3DV5 A;  4FLG A;  2QI3 A;  1HVJ A;  5DQC A;  5P10 A;  2PK5 A;  5OZL A;  4RYG A;  2BKS A;  1B5F B;  3QI1 A;  1K6V A;  4AZY A;  1EPO E;  1K2B A;  1HVI A;  3G72 A;  1KJ7 A;  5P4U A;  4M8X A;  4B0Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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