5ISJA

Endothiapepsin in complex with chiral chlorinated primary amine fragment
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5isjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5isjA01
4OD9B 5P08A 3UQXA 5P15A 2OHMA 2AOFA 2PSUA 3KDBA 3MXDA 1B6LA 2PMAA 2XFJA 2BKTA 5P3OA 3SKGA 5I70A 5AH9A 2ZJJA 1C70A 5KQYA 4MC2A 1XE5A 1EC0A 1LYBB 2ER9E 2FNSA 3T11A 1WKRA 3OU1B 3I2LA 3FKTA 5I3VA 5SZ9A 3OAGA 3QBHA 5P60A 5P2LA 3PBZA 5P2UA 2JYSA 4Y3AA 3DCKA 5P2VA 1MVPA 3OWNA 4QJ2A 5EZXA 4J1EA 5P8MA 4K4RA 1HVIA 1APVE 3LPJA 2FNTA 2I4VA 3H5BA 3OUDA 5P83A 4Y58A 5P22A 2IENA 3T7XA 2VA5A 4AA9A 5OZNA 4Y57A 5P4EA 4Y4WA 4Y48A 1DW6C 1YTGA 3O9FA 4EJLA 1W5XA 3EL4A 5PEPA 2G1NA 5P1QA 5DR4A 3HW1A 3O9IA 5OZ1A 3DCRA 5OZAA 2AZ9A 3OADA 1MSNA 3PLDA 1BIMA 5P6PA 5P84A 4B00A 5P0UA 4LBTA 2O4SA 3OAGB 3OXVA 3UDJA 1VIJA 2IL2A 2QP8A 5P5DA 1TSQA 4YD4A 5CLMA 5P8NA 3OHHA 5HE5A 2XFIA 2B8LA 3EL9A 3DJKA 3LZVA 1AZ5A 2IS0A 4DJQA 2H6SA 3MSJA 4JECA 4Y3YA 1IVQA 4NJVA 3K5FA 5P8IA 3KFPA 5OZFA 3UQWA 1HVKA 3EKPA 5P3MA 4D88A 3NDXA 4PPHA 2RSPA 5P6MA 5KR8A 4A6CA 2I0AA 3CYWA 5P72A 3S45A 5OYZA 3KT2A 5C9DA 1Q9PA 1BVEA 4EWOA 5P6QA 3O9HA 5P0SA 5P3NA 5P1JA 3ST5A 3K1WA 4B70A 5P1FA 2AOIA 1FQ4A 2SAMA 1W51A 4YOAA 5P35A 1SBGA 4YD5A 5P24A 1HSHA 3TH9A 2HPFA 2R38A 2I4QA 5P5HA 1MSMA 1MT7A 1HEFE 5OZVA 5P8AA 3OGQA 4EP2A 1HHPA 3PMYA 4L7HA 3ZKIA 5DR7A 3WZ8A 3IN3A 5P6FA 4LXKA 4Y47A 3LIQA 5APRE 2V13A 2VJ9A 4QJ9A 1APWE 4DI2A 3ZKXA 2F3EA 3UQRA 2PYMA 3Q5HA 3FSMA 4ZPGA 4DFGA 1TW7A 4DJYA 1B6JA 4WTUA 1ZPAA 3PVKA 5E5JA 5P4UA 5P89A 4DV9A 4Y4AA 5P5LA 5P0AA 3NWQA 5P7UA 5P76A 1HTFA 5OZUA 2IKOA 3OK9A 5P7ZA 5P8CA 3BGCA 5P5RA 3LZSA 4U8WA 3QP0A 3IAWA 1EBZA 1EBWA 5P49A 5P26A 5P0WA 4RYCA 3EXOA 3O9AA 5P75A 4R93A 1OD1A 5P4KA 5P58A 1SP5A 5P1PA 4AA8A 3NWXA 2NTRA 1PSAA 2ER6E 5P4FA 2OHQA 1QBUA 3DM6A 5P06A 3O9DA 5P2TA 1BXQA 4TVHA 1B11A 5F01A 3ER5E 4FGXA 1SDUA 3VFBA 2QI5A 5P4XA 1C6XA 4F75A 2PYNA 5P7HA 4CPTA 5OZHA 2QNQA 3OXCA 3EKTA 1XE6A 3T3CA 5P59A 3K4VA 5JFPA 4EJ8A 3SA5A 1HXWA 3OQKA 5P1DA 5P2AA 1GVXA 1ME6A 4BFDA 3ZPUA 2I4XA 2O4KA 2WEZA 5P8KA 3URIA 4WY1A 3QRVA 1OHRA 4HZTA 3KMYA 5OZ2A 3SA4A 4FRIA 4I0ZA 4A4QA 2ZYEA 5I3XA 4H3JA 2PK6A 3MSLA 2FGUA 2B7ZA 5P0LA 5FIVA 3NSHA 1K6CA 3L59A 5P38A 5P31A 4Y4BA 3KN0A 5P7BA 5P3PA 1B6PA 3INEA 4RRNA 4J1IA 2OHKA 3IXOA 4Q5MA 3SA8A 1WBKA 5P5EA 5I3WA 2QU2A 5P4PA 4MC6A 5P86A 3SQFA 5HDVA 1T6GA 3Q6YA 5P2NA 3S56A 5P02A 5P0GA 1SH9A 1FMUA 5P6SA 3QROA 1K2BA 1FB7A 5P0NA 3JVWA 4N00A 2B42A 1HIVA 3KM4A 3TNEA 2HAHA 2PH8A 3URJA 4DJWA 5P77A 4BFBA 3L5DA 2OHUA 3EKYA 1QRPE 4J55A 3QVCA 3VF3A 5P8GA 3VYDA 5P33A 1YTIA 3LIZA 5P2GA 1NH0A 4Q1YA 4OBZA 1PPME 3T7QA 1FLHA 3WB4A 1HOSA 3O9CA 5P6UA 5P42A 3I25A 4DPIA 3TL9A 2RKFA 4XX4A 5TOLA 4K4PA 1T7IA 5P7KA 3BGBA 3N3IA 5P7JA 1HPSA 5P12A 4RYGA 1AVFA 5P5ZA 4Y3QA 5J25A 3D1XA 3R4BA 2VKMA 3QPJA 2BPZA 5P2OA 2F81A 1W50A 4DJRA 5OZCA 5P8HA 1EC3A 3QRSA 4NPTA 5KR0A 5CONA 3O99A 2HS2A 3AUPA 5EZZA 3KYRA 5P39A 3U6AA 3HAUA 5P3AA 5P04A 4Y6MA 2QU3A 2ASIA 5P7EA 1BXOA 1LYWA 1FMBA 4OBZB 1BV7A 5OZ8A 5P1OA 3VV8A 2AODA 3HLOA 3LIYA 5HCOA 2R9BA 4CPSA 3GGAA 3R0WA 4I10A 2Q55A 3EL5A 1W5WA 5P5VA 3JW2A 4YA8A 5P3VA 2QK5A 5IVRA 2NXDA 1LYAA 5P4WA 4ZPFA 4Y3HA 3PSUA 5DR8A 5OZ3A 2P3AA 4E43A 2OAHA 4I1CA 4DJVA 4EXHA 4I11A 3GGUA 4EJDA 2WEBA 5P4DA 5OZWA 1ODWA 3UDNA 5HTZA 2WL0A 5P54A 5HDXA 3DV1A 1HSGA 1LYWB 4TRWA 5P1CA 3SPKA 5P6XA 2CENA 4GJDA 1ZPKA 2G27A 1HVJA 4FAFA 2HPEA 5P3JA 2WEAA 1KJGA 1ZTZA 2RENA 4I0FA 5OZKA 3BXSA 5P7WA 5P4VA 3QN8A 4RVJA 5P2JA 4NJUA 3NYGA 1LYAB 5KQZA 4Y3LA 4F73A 4FSEA 1LV1A 2V12C 4RCFA 3NXEA 3IXKA 5P5GA 3NXNA 4YDGA 3TOHA 2ZJNA 1JLDA 1EBYA 3VF7A 3NU6A 3VFAA 2O40A 5P88A 2I4DA 3SAAA 5P4HA 3EM6A 4RCDA 2ZJIA 3BXRA 3SFCA 2QD8A 1TCWA 3BVAA 3CKRA 5P7FA 3ZMGA 1QS8A 4HE9A 4R95A 3OU4A 4Q1XA 5JODA 1GVTA 1KJHA 5P3ZA 2NXMA 2ZJMA 2G69A 1PSOE 4DQBA 3IN4A 1BVGA 4HDBA 3QIHA 1FIVA 2G21A 5P69A 3LZYA 4GJ7A 4B05A 1T6EX 4RROA 3ZKSA 2G1RA 4Y41A 1QBSA 1TZSA 3LHGA 1RNEA 3LITA 3RSVA 2BJUA 3INFA 3UDYA 1NPVA 4RLDA 3TLHA 4X7IA 3IVHA 3QRMA 3A2OA 5P8UA 2R3WA 4RRSA 4Z22A 3INHA 3G72A 3CMSA 2AOGA 3QBFA 1AM5A 2Q15A 4ACXA 2QI6A 3EMYA 4RCEA 2FDEA 3UFNA 1UPJA 5P1IA 5P6TA 2PC0A 4B78A 3NLSA 5ER2E 3BVBA 4Y5AA 4Y53A 4ZSPA 1BWAA 1FKNA 5P2BA 5P8EA 1YTHA 3G70A 1D4YA 2ZGAA 3CICA 4FLGA 1XN2A 3GGVA 4GJ5A 8HVPA 1IBQA 3PWMA 5P8SA 5P2KA 4OBHA 1EPPE 2QI3A 1DPJA 2I4UA 1HPXA 3WZ6A 5OZXA 3SKFA 4F76A 3S7MA 4OBKA 5P4MA 5P81A 5AGZA 4AUCA 2AVVA 3UTLA 4EYRA 1BDRA 5P3HA 1K6PA 5OZ5A 3GI4A 4K9HA 5P3LA 5P7NA 4GJCA 2Q64A 1GNNA 1LF3A 5P6OA 5P6RA 1MUIA 3S8IA 4PYVA 1MRWA 7UPJA 4RVXA 5P7YA 3PMUA 5P52A 3TPLA 4ACUA 5P53A 4FM7A 4Y3SA 5P41A 4Y5NA 1ZLFA 4A6BA 5P4TA 4FIVA 3SLZA 4EQ0A 5AH8A 1YTJA 3D91A 4DQEA 1HTGA 1M43A 3Q3TA 3GI0A 5P0VA 5P4LA 2Q5KA 5P82A 5P0QA 5P7SA 4OBDA 4I0HA 4YDFA 5P7IA 2VJ7A 3LINA 3VLAA 5P7GA 3VUCA 4H3FA 1LZQA 3IVIA 1IZDA 1D4HA 3OUBA 4OBJA 3SA6A 5P1XA 4FSLA 3OUDB 3QAAA 5P36A 4Y39A 2UY0A 1W6IA 2WF3A 2AOJA 3ECGA 5OZ9A 5P4AA 5P0MA 5P19A 2JXRA 3SM2A 3PCWA 3QVIA 3S85A 4Y4TA 1G0VA 3UDHA 1EAGA 5P05A 4FRKA 2HM1A 3OADB 5P29A 5P68A 4U7QA 5P5XA 5P3SA 5B18A 4Y5EA 3VEUA 5P6IA 5HCTA 4APEA 5P6WA 3EKQA 3L5FA 2F3KA 5P2YA 1RQ9A 5AHBA 2WJOA 4DPFA 5P8JA 3FNTA 3RVIA 5OYQA 1GKTA 3PM4A 4DQHA 5JFUA 2QZLA 4L7JA 5P25A 2R43A 5P28A 1E82E 5P5IA 1SDVA 3LIVA 3NDTA 5P37A 2ZHTA 2ZJKA 1E5OE 3N4LA 5P3DA 3ZKQA 1CMSA 5P11A 5P0JA 4J0PA 1MEUA 3PJ6A 5P2MA 4EXGA 4APRE 5P2DA 3DK1A 1W5VA 4Y4EA 4KE1A 4YHQA 4ER1E 4YBFA 5P2EA 5P74A 3B7VA 5P1RA 4Y35A 4GJBA 3FIVA 3H0BA 5P5WA 5P4BA 1FMXA 1RV7A 2PWCA 2NMYA 3C9XA 5OYVA 2OHRA 1HRNA 3KFRA 3O9LA 2P3DA 4GMIA 3ZOVA 5P5AA 5P6YA 5P3QA 2CEMA 4Y3PA 3LPIA 5P46A 1HWRA 3PRSA 4COEA 2P8HA 3INDA 5P16A 1CPIA 5P10A 3S7LA 5BRYA 5P6LA 5C9FA 1META 1SGUA 4D8CA 5P07A 4OBGA 3PCZA 1HPOA 4PZXA 2HB4A 1AAQA 3OQAA 4H1EA 4Y3GA 3BRAA 2G1OA 5P5NA 5P4RA 4KE0A 2BPXA 1UH9A 3I7EA 5DQ2A 2ER0E 2NPHA 5SXNA 4RVIA 4I12A 4NPUA 1FFIC 3VYEA 3OOZA 5P7DA 3TTPA 3R2FA 1FQ8A 2Z54A 4XKXA 1IDBA 2PK5A 5P3IA 3LZUA 2FIVA 2RKGA 5P2ZA 4Y43A 5P65A 3G6ZA 3VF5A 5OZQA 5P3BA 4GB2A 3WZ7A 5OZMA 5P1WA 1EPRE 2NNPA 1J71A 2R5PA 5KOSA 4UPJA 5P1HA 5F00A 1IDAA 1XL2A 3TPJA 5P0FA 4Z4XA 4I8ZA 4Y3TA 5P1BA 5P0KA 3SA7A 3EKVA 4J1CA 2QMGA 4ER2E 4HVPA 2OHTA 3KDDA 5I3YA 5P2QA 4DVFA 1MT8A 2A4FA 3D1ZA 5P71A 3NDWA 4B72A 1LF2A 2VA7A 4Y4UA 4M8XA 5P73A 1SIVA 2OHNA 2JJJA 2OHSA 4LXAA 5P3WA 4LL3A 1A30A 2HIZA 4YD6A 3APPA 4Z2ZA 3TKWA 1BDLA 1YM2A 4R8YA 1DAZC 3EBZA 4GJ8A 5P79A 4S1GA 2AVMA 1QDMA 3DUYA 3Q4BA 1ZJ7A 5P0DA 3CKTA 3ZKNA 5P7MA 5BS4A 5OZZA 3PB5A 5P34A 4TVGA 5KOQA 1HPVA 4LP9A 2VIZA 1TSUA 3ZL7A 2FDDA 4YOBA 1ZSFA 5P1YA 3APRE 4NJSA 2EWYA 1LF4A 3NR6A 5P7QA 3U7SA 2O4PA 1C6YA 1N49A 5OZEA 4ER4E 3FNSA 4PHVA 3KF0A 1A8KA 5OZDA 3M9FA 2G20A 4GYEA 2FMBA 1APTE 3LIXA 4JPEA 3EKXA 5P18A 4I8WA 2G94A 3PSYA 5P57A 1NPWA 2B7FA 5P44A 2H6TA 2VS2A 2WEDA 2AOEA 3KFSA 1FQ7A 1K6TA 3GI5A 1AJVA 4MC1A 3D3TA 4QJ8A 3I6OA 5P27A 1BDQA 2AZBA 3K4VC 3TPRA 2WF1A 1XN3A 4YCKA 3ZKMA 5P1AA 5P0RA 2WF0A 5DGWA 1UH7A 2ZHUA 5P17A 3VSWA 5IVTA 4Y5CA 2G26A 3TOGA 4FAEA 2G22A 4GJ6A 5OZ7A 5P3XA 5P03A 4ZSRA 1MPPA 2PWRA 4DQGA 4BEKA 4LC7A 1ODXA 5P3CA 5HE4A 1TCXA 5P0HA 5P7VA 5P7OA 4JPCA 2VNNA 4M8YA 3SO9A 5IVQA 4PEPA 5P6VA 2F80A 2P4JA 5P3KA 1A94A 5KR1A 3OGPA 1A9MA 2IQGA 5OZPA 5P51A 4CPWA 2HS1A 5P1TA 4XXSA 3EM3A 3IGBA 4J1FA 3NU4A 1K1UA 3RTMA 3Q70A 3F9QA 4Y44A 3K5GA 2VIEA 4Y56A 5C9BA 4Y3RA 4Y51A 4J0VA 3PBDA 5P8FA 2P3BA 1LS5A 3S2OA 3SACA 5P1LA 4Y3ZA 1GVUA 1F34A 4GIDA 5P01A 5P2HA 4B1CA 5P5JA 2IGXA 1BILA 1W5YA 1GNMA 3OUAA 2XYEA 5OYWA 3BUFA 2Q54A 5P3YA 1HEGE 1Z1HA 9HVPA 3LPKA 2IKUA 2R8NA 3ZKGA 3EKWA 5ENMA 2UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OD9 B;  5P08 A;  3UQX A;  5P15 A;  2OHM A;  2AOF A;  2PSU A;  3KDB A;  3MXD A;  1B6L A;  2PMA A;  2XFJ A;  2BKT A;  5P3O A;  3SKG A;  5I70 A;  5AH9 A;  2ZJJ A;  1C70 A;  5KQY A;  4MC2 A;  1XE5 A;  1EC0 A;  1LYB B;  2ER9 E;  2FNS A;  3T11 A;  1WKR A;  3OU1 B;  3I2L A;  3FKT A;  5I3V A;  5SZ9 A;  3OAG A;  3QBH A;  5P60 A;  5P2L A;  3PBZ A;  5P2U A;  2JYS A;  4Y3A A;  3DCK A;  5P2V A;  1MVP A;  3OWN A;  4QJ2 A;  5EZX A;  4J1E A;  5P8M A;  4K4R A;  1HVI A;  1APV E;  3LPJ A;  2FNT A;  2I4V A;  3H5B A;  3OUD A;  5P83 A;  4Y58 A;  5P22 A;  2IEN A;  3T7X A;  2VA5 A;  4AA9 A;  5OZN A;  4Y57 A;  5P4E A;  4Y4W A;  4Y48 A;  1DW6 C;  1YTG A;  3O9F A;  4EJL A;  1W5X A;  3EL4 A;  5PEP A;  2G1N A;  5P1Q A;  5DR4 A;  3HW1 A;  3O9I A;  5OZ1 A;  3DCR A;  5OZA A;  2AZ9 A;  3OAD A;  1MSN A;  3PLD A;  1BIM A;  5P6P A;  5P84 A;  4B00 A;  5P0U A;  4LBT A;  2O4S A;  3OAG B;  3OXV A;  3UDJ A;  1VIJ A;  2IL2 A;  2QP8 A;  5P5D A;  1TSQ A;  4YD4 A;  5CLM A;  5P8N A;  3OHH A;  5HE5 A;  2XFI A;  2B8L A;  3EL9 A;  3DJK A; 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 2AOD A;  3HLO A;  3LIY A;  5HCO A;  2R9B A;  4CPS A;  3GGA A;  3R0W A;  4I10 A;  2Q55 A;  3EL5 A;  1W5W A;  5P5V A;  3JW2 A;  4YA8 A;  5P3V A;  2QK5 A;  5IVR A;  2NXD A;  1LYA A;  5P4W A;  4ZPF A;  4Y3H A;  3PSU A;  5DR8 A;  5OZ3 A;  2P3A A;  4E43 A;  2OAH A;  4I1C A;  4DJV A;  4EXH A;  4I11 A;  3GGU A;  4EJD A;  2WEB A;  5P4D A;  5OZW A;  1ODW A;  3UDN A;  5HTZ A;  2WL0 A;  5P54 A;  5HDX A;  3DV1 A;  1HSG A;  1LYW B;  4TRW A;  5P1C A;  3SPK A;  5P6X A;  2CEN A;  4GJD A;  1ZPK A;  2G27 A;  1HVJ A;  4FAF A;  2HPE A;  5P3J A;  2WEA A;  1KJG A;  1ZTZ A;  2REN A;  4I0F A;  5OZK A;  3BXS A;  5P7W A;  5P4V A;  3QN8 A;  4RVJ A;  5P2J A;  4NJU A;  3NYG A;  1LYA B;  5KQZ A;  4Y3L A;  4F73 A;  4FSE A;  1LV1 A;  2V12 C;  4RCF A;  3NXE A;  3IXK A;  5P5G A;  3NXN A;  4YDG A;  3TOH A;  2ZJN A;  1JLD A;  1EBY A;  3VF7 A;  3NU6 A;  3VFA A;  2O40 A;  5P88 A;  2I4D A;  3SAA A;  5P4H A;  3EM6 A;  4RCD A;  2ZJI A;  3BXR A;  3SFC A;  2QD8 A;  1TCW A;  3BVA A;  3CKR A;  5P7F A;  3ZMG A;  1QS8 A;  4HE9 A;  4R95 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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