5ISKA

Endothiapepsin in complex with fluorinated primary amine fragment
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA01
3NU3A 1EEDP 5P4TA 4H3FA 3RTMA 1B6MA 2R8NA 5DQ4A 3R2FA 5P2HA 3Q4BA 4Y50A 4NPTA 5P5WA 5BRYA 2G94A 5ENKA 5P8QA 3R1GB 4YOAA 1M43A 1HVRA 3GW5A 5P7PA 4Y39A 5OZIA 1BVEA 1LYBA 1GNNA 2PSGA 1KZKA 3UDRA 5P71A 3O9HA 3MWSA 5P70A 1FQ7A 5P2AA 2HB2A 3QVCA 4FLGA 4J0YA 3OU3A 5P8KA 1OEWA 4Y45A 5P53A 4Y53A 1XL5A 1QS8A 4DJPA 2QHYA 3F9QA 5P5OA 3O9CA 3APRE 3JVWA 2BKTA 1KJFA 3UQWA 4GJ7A 5P0DA 1AJXA 3TTPA 3EXOA 5OZQA 3VYEA 5P6FA 2Q5KA 3DV1A 5IVTA 4GJ5A 1BV7A 5P5BA 2WF4A 4JP9A 1F34A 5P22A 4DJXA 2WEDA 2ZJLA 2BPXA 5BWYA 4U7VA 1GVXA 2I0DA 4FRJA 4HZTA 3SQFA 5P3GA 5AH8A 2RENA 4FAFA 4B77A 4TRZA 1EAGA 1AVFA 5P2NA 4ZIPA 5P1RA 4J0ZA 3G72A 1HRNA 2QMFA 4RVXA 5P1LA 5P5SA 5P27A 5P0JA 3TKGA 1K6CA 5SXNA 2ZJNA 1HVHA 1HSGA 2QU2A 4BELA 1U8GA 4IVTA 3A2OA 4H3IA 5HD0A 5P6HA 2WJOA 5P7XA 3DK1A 2ZHTA 2OHKA 5P54A 4YCYA 5F01A 3AUPA 3ZPUA 5P1HA 4RGHA 5P3EA 4EQJA 5P6ZA 5P6TA 4D85A 3G6ZA 5P0NA 3K1WA 3S43B 3I8WA 4APEA 4ZPGA 1YX9A 4Z22A 5OZZA 3ZKNA 5P0VA 1AXAA 4Y36A 4Y3ZA 4B0QA 1E82E 3ZPTA 5OYTA 4DJYA 3HVPA 3KFRA 4Y5KA 1MESA 2B7FA 3BC4A 3INFA 2FNSA 3GI6A 4DI2A 3TH9A 5P2YA 2G1NA 5P3FA 5IVQA 5P50A 1F7AA 4Y57A 3S56A 5OZWA 2PYMA 1RL8A 3WB4A 3UDHA 4RRSA 4Y4WA 3DCRA 5P02A 3SABA 4S1GA 5P86A 1E80E 5HVPA 5P19A 3UDYA 2FDDA 5P36A 1AAQA 1LYWA 2F80A 1MT9A 5P4WA 5HU0A 4Y56A 4Y58A 5P8JA 4RYCA 2FNTA 3GI5A 2FIVA 4YE3A 3D91A 5KQYA 1MPPA 3KN0A 2P3BB 4EWOA 3PBDA 4CPXA 1IZEA 1B6JA 5P61A 4QJAA 1UH9A 4DV9A 1DIFA 3ZMGA 5P43A 4Y4GA 3S7MA 5KR1A 5P3KA 1K1TA 3SA8A 2VNNA 3RTNA 4FCOA 4EQ0A 1YT9A 1GKTA 3D20A 1XL2A 1HIVA 1E5OE 3NU9A 1A9MA 4BFDA 3O9LB 1TQFA 3LZVA 5P3OA 2G1RA 4B05A 3URJA 2RKGA 5CLMA 5P4EA 2Z54A 4J0TA 1HVSA 7UPJA 4E43A 2IENA 5OZKA 3IA9A 1JLDA 2WEZA 5DR7A 2AOFA 3VSXA 4OBDA 3PSGA 5P82A 3OQ7A 4A6BA 4GJAA 5P72A 1FQ4A 5P31A 4OBKA 4LHHA 1XN3A 2PK5A 3NDWA 1FLHA 3HAWA 5P63A 3FV3A 4RRNA 4QJ7A 5P2UA 1IZDA 3EM6A 2G27A 5P4NA 5AHAA 4CPSA 3NDXA 3NXEA 5P4HA 1D4JA 1NPAA 2BPZA 5P64A 1GVTA 3WB5A 2XFKA 3ZKXA 5P89A 1FIVA 5P2TA 5P29A 5COPA 4KE0A 1W5YA 4EP2A 3OHFA 4Y3WA 3LPIA 5P2SA 1BWAA 4Y5PA 2XYEA 4Y38A 2V0ZC 2G24A 2OAHA 5P8GA 3TPRA 3VLBA 3PWRA 3TLHA 2VIYA 4MC9A 5P2IA 4NJTA 2I4QA 5P8CA 5P03A 4DJVA 2P3DA 3FIVA 3MXDA 2A4FA 3OAGB 1WBKA 3QI1A 5P6UA 3OXCA 3O9EA 5P5KA 5DQCA 4FRSA 3KMXA 3D1YA 1FQXA 5P6KA 2QMGA 4GJ6A 4GZFA 5P2MA 3UF3A 5P28A 4I11A 2QMDA 4EP3A 3T11A 1T7KA 1FKNA 5SZ9A 1SMEA 3NDTA 1HXWA 5HE7A 1MIQA 6APRE 5P0HA 5P3AA 2NTRA 2BQVA 1IDBA 1MSNA 4YD4A 5P5IA 2FXEA 1C6ZA 5P5UA 2ZHVA 4Q1WA 1T7JA 3BUHA 5F00A 5P33A 3IAWA 4K4PA 3VG1A 3INDA 4I8WA 4FL8A 2F3FA 3LINA 2R3WA 3T7XA 2HPEA 5HU1A 3EKQA 4Y4AA 5P8SA 5P7BA 4DPFA 4RLDA 1RQ9A 5P7YA 2QU3A 2UPJA 1META 3UQPA 2ZYEA 3OOZA 5P7LA 1YTIA 2QMPA 2ZHRA 1KJ7A 5OZAA 1ZAPA 1IZIA 5P78A 3SA7A 2ER7E 4FRIA 3DV5A 1T3RA 2F3EA 4KE1A 3O9BA 4ER2E 1EPPE 3FNSA 5SY3A 2H6SA 4I8ZA 5P8EA 3LIYA 1HIHA 5P1SA 4CPQA 4Y4UA 3RSXA 5P6YA 5KAOA 1DMPA 2G1SA 2ANLA 2AVMA 3BXRA 2PSVA 4Y5AA 3EL5A 2Q64A 5DR8A 4Y3GA 1LYWB 1D4YA 5P4AA 1E81E 4LXKA 4Y37A 5FIVA 1HPOA 4YBFA 2NNKA 4DQGA 4B1DA 4EJ8A 4U7QA 2Q15A 4OBHA 3VF3A 5P75A 3S43A 3L59A 3T3CA 5DR3A 3BRAA 2P3CA 1BIMA 5P3TA 5P26A 3MSKA 1T7IA 3VFAA 2P8HA 3LZSA 4ZE6A 2RKFA 3G70A 1RNEA 3L5EA 5P8UA 5P10A 1MSMA 4I0ZA 2QD8A 2AOHA 4LXAA 3Q70A 5P0YA 5P4XA 4ZSMA 5P18A 2BBBA 5P7AA 1D4KA 5P51A 3H5BA 2V16C 1D4LA 3SLZA 5P4LA 3PMYA 2VIZA 3NUJA 5P1XA 5P58A 4ZEAA 5OZLA 5DQ1A 5P0LA 3L5BA 5P7HA 3ZOVA 1PSAA 5P3DA 5OZJA 3IXOA 4JOOA 1UH7A 1EC3A 4Y43A 5P5EA 1NH0A 2G26A 3CKPA 1ZPKA 5OZRA 2ZJKA 3ER5E 5P0RA 3S7LA 4I1CA 5P08A 5P8TA 3NWXA 4Y3SA 5P0IA 1PPKE 6FIVA 5I3XA 5OYSA 3PSUA 3EMYA 2O4NA 3HDKA 1MERA 3TOFA 1DP5A 2O4LA 3HW1A 1SIPA 3LPJA 1FFFC 2ZJHA 4ACUA 3HLOA 1XS7D 3O9LA 4FAEA 3S53A 1XE6A 3PB5A 2R9BA 2WEAA 4J1IA 2B8LA 5P3CA 5OYRA 1EBKC 1BILA 5P0FA 4RZ1A 1NSOA 1AM5A 5P6GA 5AGZA 5P6DA 4D88A 4COEA 2G1YA 5P55A 2AOJA 5P5GA 1LF3A 3EL0A 1UPJA 4DFGA 5P6XA 5P06A 2ZE1A 4F75A 3QROA 1MTRA 1HVCA 2AOEA 5SY2A 4Y47A 1A8GA 5P2VA 4GJDA 3OWNA 2QP8A 3CICA 1AJVA 3KF0A 1K6TA 3QS1A 3CMSA 3DUYA 5P7SA 2VIJA 2BPWA 4Z50A 4YDFA 4HLAA 3QIHA 3INHA 4I12A 1FEJC 2ER6E 5P2DA 5P57A 4RYGA 1BDLA 3EKXA 4DQEA 2PYNA 5PEPA 3D3TA 3ST5A 5P2BA 4R92A 5P4MA 1HTRB 4XKXA 1LZQA 4HDBA 3Q3TA 1A30A 2FLEA 4HE9A 3L58A 5OZYA 2I4XA 1EPME 5P1WA 2JXRA 2QI4A 2WF2A 2IKOA 1W51A 2NNPA 5JFUA 5P4RA 3VUCA 2ZJJA 3OAGA 5P2EA 3R0YA 3PI0A 5P5LA 2G1OA 1HEFE 5UPJA 3EKVA 3I2LA 2QNNA 3CIBA 2VIEA 1KJGA 4APRE 3T6IA 4F76A 4GMIA 1HPXA 4YCTA 5P4DA 3PSYA 4F73A 2PC0A 5P1TA 5P5FA 1B6LA 3OXXA 5OZ8A 3OQKA 4GB2A 1BBSA 1FG6C 4KB9A 5ENMA 2AVSA 3QRVA 1EPRE 3HBOA 2HB3A 5EZZA 5P24A 1ZSFA 3KMYA 1VIKA 3SA3A 5OZVA 2J9KA 3NUOA 5OZDA 3S54A 3NSHA 5OZBA 3OADA 4Y5NA 5OYXA 5P5RA 3LPKA 2QHZA 1NPWA 2QZLA 2BB9A 3APPA 5OZ6A 5ISJA 5DGWA 2UY0A 3NR6A 2FXDA 4Y3XA 3EC0A 1LYAB 4DUSA 5KQXA 1HBVA 5P13A 3PJ6A 4ACXA 1TSUA 5P1KA 3UFNA 4XX3A 4OBJA 1SDTA 5P6MA 5APRE 3UDPA 5P0EA 3UDJA 3HD8A 5P0SA 4CP7A 4Y9WA 1MUIA 3CIDA 3SA6A 5P7TA 5OZXA 3DOXA 4NJVA 4B1EA 3O9DA 1Z1RA 1A8KA 5P60A 1A94A 3PLLA 5P0GA 3VSWA 5OZEA 2F81A 3TPPA 2NXDA 3PMUA 3I7EA 2HAHA 5P7WA 3VLAA 1ZJ7A 3FNUA 2QI0A 1CPIA 5P5JA 1XN2A 4GJ9A 4AZYA 5P41A 5P05A 2A1EA 4GYEA 4A6CA 5KR8A 2IGYA 5P3NA 1FGCC 3NLSA 2FDEA 3PWMA 1YTHA 3NU4A 5P00A 1GVWA 3BGCA 5OZNA 4HA5A 4DH6A 2CEMA 2QCIA 1PPLE 2I4UA 3OU1B 4J54A 4L1AA 5P30A 2P4JA 5KOSA 4RCDA 5OZGA 5OZ4A 3SPKA 5P1BA 1KJ4A 5P1CA 4HEGA 2IS0A 3L3AA 4CPUA 4L7HA 3CYWA 1G35A 1YTGA 3KFPA 3JVYA 5P1GA 5AH6A 3FNTA 5P5QA 5KOQA 1ZP8A 5DGUA 4YDGA 3PRSA 5P0BA 5P3RA 5P5MA 5B18A 3L38A 3OY4A 2NMZA 3KFNA 2QNQA 4B70A 1EPQE 3RU1A 1YM2A 5OZFA 1HEGE 5P4PA 5P7ZA 1HTEA 2JJJA 5P4FA 3GI0A 1SDVA 5P0UA 5P40A 2FMBA 5P0PA 5P3LA 3S8IA 4N00A 4PEPA 3QBFA 2O4KA 5ER2E 3KYRA 2IEOA 5P48A 1HHPA 5P5TA 3EL9A 1MT7A 3M9FA 4FGXA 5P32A 4DVFA 5P84A 5P0XA 4PHVA 3D1ZA 5P1JA 3OUBA 2B8VA 2NMYA 5P45A 2OHLA 5CONA 3Q6YA 5JG1A 3IVHA 4YHQA 3PCWA 1MEUA 5P7VA 3NU5A 1XDHA 4DPIA 5P7EA 4FM6A 3ZL7A 2FGUA 2FS4A 1HTGA 5OZOA 5P8VA 3OGPA 5P1FA 5P7QA 1DPJA 3KDBA 2PH6A 4EJKA 5P3WA 3PCZA 2AOGA 1QBRA 2QI6A 3UDQA 5OZ7A 2AODA 3INEA 3QVIA 3LITA 2AVVA 3KDCA 4NJSA 2ZHSA 5I3WA 3IXKA 3UQRA 4U8WA 5P1IA 5P52A 5IS4A 5OZ2A 5AHCA 5DQ2A 5I3VA 5P6JA 5JODA 2WKZA 5P11A 3OADB 4NJUA 5OZTA 3UTLA 5P1ZA 5P6LA 5P8DA 4JPEA 1WKRA 3MSJA 1VIJA 5P35A 5P7UA 3PVKA 5OZSA 2I4DA 3BVAA 5P5ZA 2G22A 2FGVA 5P23A 5P3ZA 5IVSA 3HAUA 4WY1A 1J71A 3SFCA 3O9GA 3OXVA 4J1FA 5P80A 5P5PA 5P6IA 3L5FA 1BXOA 4F74A 4YD5A 3HZCA 5P2CA 3TOGA 1SIVA 1HVIA 1ZLFA 5COKA 5P4ZA 4DQHA 4YBIA 3TPLA 1APUE 1G0VA 2AOIA 1FMXA 5P5CA 5P2OA 3Q5HA 4Z2ZA 2ZHUA 3GGVA 4Y3NA 4Y4EA 3EKWA 3QRMA 3ZLQA 3NXNA 3HVGA 1IZHA 2BJUA 4OBGA 2Q54A 5P2XA 3ZKGA 5IVRA 2ZJIA 3QBHA 4QLHA 4Y48A 4YD6A 4QJ2A 3SM1A 1K2CA 2IQGA 4Y3QA 2OF0A 4AUCA 1MRWA 1QRPE 3QN8A 5JFPA 2VA7A 4J1KA 3KA2A 2V00A 2ER0E 2Q55A 4AA8A 5P2WA 5HCTA 4LL3A 3LIVA 1YG9A 5P3SA 5P14A 5P1YA 1LYAA 4QJ9A 5P12A 5P3QA 4Y5EA 2OHNA 3CKTA 1HIIA 4FM8A 3SKFA 4Y5GA 4I0DA 4QGIA 4RROA 5P87A 1MRXA 4CPWA 2HS2A 3OOTA 1HPVA 4J0VA 5ISKA 5HE5A 5P8FA 2PWCA 4BFBA 1EBZA 4K4QA 1FQ5A 5DPZA 3ZKSA 4L1AB 1K6PA 3NDUA 5P25A 2AZCA 4ER4E 2I4WA 3WZ6A 2ASIA 3LNKA 1BXQA 2I4VA 5P15A 5P7JA 4J5JA 1MVPA 2NXLA 5P5DA 5P8MA 2NPHA 4FE6A 1APVE 1HWRA 2JYSA 3KM4A 3O9AA 1BV9A 5P17A 5DR1A 4LXMA 2I1AA 1HPSA 1N49A 2G20A 4Y3HA 1LEEA 4R95A 4EXGA 1ZTZA 2I0AA 4R91A 5P4QA 4YOBA 4RVIA 5HDVA 5HE4A 1TCWA 1IIQA 1W5WA 4R5NA 4TRWA 5P4OA 3WSJA 5P3UA 3S45A 2NR6A 5P0QA 1Z1HA 3B7VA 5OZUA 7HVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU3 A;  1EED P;  5P4T A;  4H3F A;  3RTM A;  1B6M A;  2R8N A;  5DQ4 A;  3R2F A;  5P2H A;  3Q4B A;  4Y50 A;  4NPT A;  5P5W A;  5BRY A;  2G94 A;  5ENK A;  5P8Q A;  3R1G B;  4YOA A;  1M43 A;  1HVR A;  3GW5 A;  5P7P A;  4Y39 A;  5OZI A;  1BVE A;  1LYB A;  1GNN A;  2PSG A;  1KZK A;  3UDR A;  5P71 A;  3O9H A;  3MWS A;  5P70 A;  1FQ7 A;  5P2A A;  2HB2 A;  3QVC A;  4FLG A;  4J0Y A;  3OU3 A;  5P8K A;  1OEW A;  4Y45 A;  5P53 A;  4Y53 A;  1XL5 A;  1QS8 A;  4DJP A;  2QHY A;  3F9Q A;  5P5O A;  3O9C A;  3APR E;  3JVW A;  2BKT A;  1KJF A;  3UQW A;  4GJ7 A;  5P0D A;  1AJX A;  3TTP A;  3EXO A;  5OZQ A;  3VYE A;  5P6F A;  2Q5K A;  3DV1 A;  5IVT A;  4GJ5 A;  1BV7 A;  5P5B A;  2WF4 A;  4JP9 A;  1F34 A;  5P22 A;  4DJX A;  2WED A;  2ZJL A;  2BPX A;  5BWY A;  4U7V A;  1GVX A;  2I0D A;  4FRJ A;  4HZT A;  3SQF A;  5P3G A;  5AH8 A;  2REN A;  4FAF A;  4B77 A;  4TRZ A;  1EAG A;  1AVF A;  5P2N A;  4ZIP A;  5P1R A;  4J0Z A;  3G72 A;  1HRN A;  2QMF A;  4RVX A;  5P1L A;  5P5S A;  5P27 A;  5P0J A;  3TKG A;  1K6C A;  5SXN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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