5IVQA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-benzhydryl-2-(3-morpholin-4-ium-2-ylpropylamino)-2-oxo-ethyl]carbamate
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivqA00
4B70A 5AHBA 1TCXA 3NU9A 5P5KA 3ZKQA 4E43A 4Y3ZA 2IL2A 3UFNA 5CLMA 1QBTA 5OYUA 5P2HA 5P1CA 2QCIA 4EQ0A 4R92A 1FG6C 5P6MA 4H3JA 5P20A 3SA7A 1HXBA 4R95A 2SAMA 4Y5AA 5OZUA 5ER2E 1WKRA 5P00A 2ZJHA 2CEJA 5P33A 2AZCA 4GJBA 2IGYA 1HOSA 4APRE 3U7SA 2IS0A 4YD3A 1EBWA 3S7MA 2WHHA 4DH6A 3IA9A 3D1YA 5P4IA 3AUPA 3WB4A 2QHYA 3SA5A 5ISJA 4B1EA 2Q64A 3VFBA 2IEOA 3UF3A 2Q63A 2AZ8A 3ST5A 5P73A 1W5VA 4RLDA 4RVIA 2XFKA 2BPXA 4Y3NA 5P6AA 5KR1A 3VYEA 5P89A 1D4HA 2PK6A 4J1KA 5P8SA 4Y5BA 3RTMA 2PQZA 1FFFC 5KOQA 5P8RA 1A9MA 2RSPA 4Y4AA 4L6BA 4DQEA 5P2YA 1D4YA 2G1OA 5P5TA 4Y3LA 3LPKA 1E81E 1B5FA 3ZMGA 2QI5A 4Y5GA 5OZSA 4ZLSA 5P0NA 5P8TA 4BFDA 2OHRA 4LXKA 3L3AA 3IXJA 3INEA 4Y35A 5P0LA 3OU1B 2AZ9A 3T7QA 4JECA 4JPCA 4Y5NA 5OZVA 2V10C 5P84A 1HHPA 2HPEA 2QMPA 3UQWA 1D4SA 5P6XA 5P7EA 5P6VA 3OXVA 1B6MA 1IVQA 4J17A 3RSXA 1B6KA 1SIPA 5OYXA 1ZSRA 5P23A 2FNSA 4ER4E 5P2WA 4IVSA 1FQ8A 2QNNA 4L7JA 5P18A 1K6PA 2HB4A 1BDLA 5P3XA 4H1EA 1SIVA 2QI6A 2ZDZA 5C9DA 3L59A 4Y50A 5P6WA 2BB9A 3UCBA 4N00A 3S54A 3T11A 3D1XA 5P4BA 3OTSA 5OZKA 5P2JA 1EPME 1ODYA 3LNKA 3DOXA 4YD4A 5HVPA 3NSHA 1OD1A 3NR6A 2P4JA 4RCFA 1ER8E 4XXSA 2IQGA 4KE1A 4MC9A 3PI5A 4EJDA 2G21A 3ZKMA 2AVOA 3K5CA 3EL9A 3MSJA 1YTIA 3OQDA 5P02A 1PPME 2ER9E 5P48A 2QZWA 1KJ4A 5P7GA 2ZGAA 3NWXA 3C9XA 1PFZA 2B60A 4YD7A 3KT2A 4M8XA 5P4QA 1CPIA 3SKGA 3OK9A 5P1UA 2PC0A 3UDKA 4QJ9A 2QD6A 1EPQE 5P2OA 4GJ8A 1W50A 5IVRA 3BRAA 3OHFA 5P7QA 5AHAA 3RVIA 5OZLA 2NTRA 3VEUA 1J71A 3UQPA 3OU4B 5P62A 2AOJA 1GVXA 5P30A 5P3NA 3KDBA 4L7GA 5P1AA 2A1EA 4FRKA 5P7KA 4I10A 3URIA 5P8LA 3NLSA 5P5XA 2VIYA 3PM4A 5AHCA 4DV9A 5P04A 2VIZA 5JODA 5P1WA 3PJ6A 4DJUA 1HVIA 1FEJC 1SMEA 4ZEAA 1W5WA 1M0BA 3BUHA 5AH9A 3VSWA 4DJPA 5FIVA 1FQ6A 3PWWA 5P2VA 2WKZA 2EWYA 3CIDA 3IGBA 6UPJA 3OU3A 3L5EA 3PBZA 3UDQA 1HTFA 5P0IA 1HEFE 3KFRA 4Z2ZA 4DJVA 3I7EA 5P4FA 3EXOA 4Y5CA 3OY4A 1F34A 5P67A 5P3RA 5C9FA 5P0HA 5P8QA 3NU3A 3UPJA 5P12A 3L5CA 5HE4A 1BWBA 2PH6A 4I8ZA 3VSXA 1DP5A 5P3WA 4YOBA 4OBHA 2JE4A 3O9FA 1HIIA 1APTE 1Z8CA 3F9QA 3QBFA 2QNQA 5P3TA 5P4WA 4DJRA 5P54A 5P7CA 1GVVA 2A4FA 2AVQA 1VIJA 1IZHA 3VYDA 2WF1A 2Z4OA 5P47A 5P1NA 3NDWA 2ER0E 1BXOA 4Y37A 5C9BA 3R1GB 4FIVA 3GI4A 3I25A 5P8UA 2I4VA 4TVGA 4Y5PA 5P2AA 3ER5E 5P5MA 2VNNA 5KR8A 2OHLA 3BC4A 5P25A 4B0QA 3MXEA 5P6NA 4H3FA 5P4OA 1AZ5A 1MERA 3FNUA 4YCTA 2AOIA 5ER1E 4OC6A 1BILA 3I8WA 4HZTA 2BQVA 3ER3E 5OZDA 2VIEA 3UDJA 1FQ7A 1TSUA 4YCKA 5P40A 5P74A 3KA2A 5P51A 4L1AB 5P6RA 3SQFA 1FGCC 1N49A 1ZPKA 5P6ZA 4RCDA 5P3SA 4CPQA 1RL8A 4Y44A 3G6ZA 3R2FA 1B6PA 1EPRE 4Y43A 2R5QA 5P19A 1TZSA 2UY0A 3AIDA 3GGUA 5I3WA 3MSKA 3JVYA 5P5JA 3WZ8A 4AZYA 4EYRA 3S43A 5P0TA 5P65A 1W5XA 2APRA 1HPOA 3LIXA 5P08A 5P2XA 2G20A 5P1GA 5P09A 5P06A 4J1EA 3MXDA 2VJ6A 4MC6A 5ISKA 4Y3QA 3TPPA 1K2BA 5P3PA 5IVSA 3QAAA 5P2RA 1ZBGA 1B6LA 3EKYA 2PYNA 1NPAA 1TCWA 4GJCA 4PHVA 3NDUA 4J1FA 4A6CA 1D4KA 3SLZA 4AUCA 2G1SA 2QD8A 1WBMA 3GGXA 4MC2A 1MESA 3Q4BA 1HXWA 5F00A 5P8FA 1NH0A 5P76A 1GNNA 3UDYA 2Q15A 4YDGA 4OD9A 3FIVA 4B77A 4B78A 5P2BA 3URLA 3IN4A 3UHLA 2H6TA 5P2GA 3KFNA 4ZE6A 2NMZA 5P39A 5CONA 3Q3TA 1QRPE 5OZGA 4YDFA 3SA3A 4X2LA 4EJ8A 4ZIPA 4BFBA 5P6DA 5OZAA 3EL0A 3LZVA 1ZSFA 5P3FA 5P0WA 3JW2A 4GB2A 4DQGA 1XN2A 5P8DA 4I0EA 4LAPA 4D88A 5P41A 5OZOA 2FGUA 3VUCA 4ER2E 5I3YA 4DPFA 2V16C 3PLLA 5P3KA 3BXSA 5P0CA 3VV6A 1D4LA 1T7KA 6FIVA 4HVPA 5P8EA 2RKFA 4DVFA 3HAUA 4I0JA 1LF2A 3T7PA 5P4ZA 5P8PA 4YOAA 5OZEA 3KN0A 3BHEA 1HPVA 5COOA 1LF3A 4PEPA 2P3BA 4B05A 5OZ7A 1RNEA 4LL3A 5P7TA 1M4HA 5P6SA 4CPSA 2AZBA 1FG8C 5KQXA 4OBZA 3ZPUA 4OBFA 2FGVA 5P3HA 1LF4A 4J0TA 3BUFA 3EC0A 5P4HA 2V12C 1GNOA 5OZ6A 3UDNA 3TKGA 3LPIA 5ENKA 1K6TA 1ENTE 2V13A 3NUOA 3S56A 1LYBA 4Y36A 3VV8A 4I11A 3CKPA 2I0DA 2PWCA 1AXAA 2J9JB 4M8YA 5P6LA 3K5GA 5P5PA 1EPLE 4FSEA 2AVMA 4J1CA 1APWE 1UH9A 1EPOE 5P5AA 3CYWA 5P7RA 1FFIC 2AOCA 1IZEA 3EMYA 4D8CA 4CPWA 1HVRA 1PROA 3UTLA 4I0DA 4NPTA 5P14A 1K6CA 3O9LA 2I0AA 4J54A 3N3IA 1CMSA 2Z54A 3TPRA 4Y58A 1G0VA 4QJ6A 1YTGA 4Q1YA 1MSNA 5OZNA 3ZKIA 1YTHA 4OBKA 3OADA 5P8NA 1M43A 5IE1A 1ZLFA 4I0FA 4Y3FA 1HVKA 3KDDA 1GNMA 3GI6A 4B1DA 5P46A 3GGVA 1FIVA 5P4NA 5P81A 3BVAA 2JYSA 1ZJ7A 2BPVA 2G27A 4GJ6A 5P07A 5P6PA 3Q6YA 5P13A 4Y4ZA 3SA9A 4FM7A 3S45A 5P5UA 2ZHVA 5P58A 4QLHA 1EBZA 5P0BA 1SH9A 2NXMA 3L5FA 4COEA 1HVLA 3PEPA 3WB5A 3QS1A 1RPIA 5P85A 4YE3A 3SKFA 3DCRA 1EEDP 5P42A 2QP8A 4Y41A 5P1SA 3DV5A 2ER6E 5T4SA 4KB9A 1BV9A 4Y53A 4Y3WA 5P22A 5P82A 3ZPTA 2G26A 2R9BA 3VLAA 2QU2A 3EBZA 3HVPA 5P6OA 5DGWA 5P4YA 4Y4UA 1XL5A 1NPWA 3OUDB 1EBYA 4TRYA 4RVXA 5OZZA 1DW6C 5P3EA 4TVHA 5OZ4A 3UQUA 1FQ4A 3M9FA 3CICA 1MVPA 3EKPA 5KQFA 1FLHA 1HPXA 4NPUA 2O4NA 3QPJA 4ZSQA 5B18A 5P0GA 4LBTA 4J0ZA 1GVTA 5P7BA 2B8VA 4FRJA 4Y4XA 1LYAA 2QI0A 2PSGA 4JP9A 5OZQA 2UPJA 3WZ6A 2B7ZA 2ASIA 2ZJNA 4OBZB 5P4JA 1EAGA 3HLOA 5P0ZA 3PWMA 3K1WA 5P5QA 1IBQA 1OEWA 4FL8A 5HE7A 5BWYA 1T3RA 4RVJA 4Y51A 4Y4BA 5P1JA 2QI4A 5KAOA 5P3BA 5DR3A 1K1UA 4K4PA 4FLGA 3VCMA 4ACXA 2OAHA 2IDWA 3GW5A 3TOHA 4I12A 4HEGA 2HB3A 3QIHA 3BGBA 1AJVA 4Y3AA 4Y39A 5P5EA 5I3VA 5P55A 4PYVA 1BXQA 3ZKGA 1IVPA 5P1DA 3UQRA 5P7OA 1IDBA 1YG9A 4I0IA 5P1LA 1KJHA 5IVTA 3VF5A 2BPZA 4CP7A 1YM2A 5P5IA 1MRWA 1NPVA 4K4QA 3EKVA 4GJ7A 1RQ9A 3VFAA 3TLHA 5P4EA 4Z4XA 3NUJA 4Y5KA 5P1XA 1HSHA 3QRMA 5P34A 3SM2A 2OHUA 5P2KA 4NJVA 5P0XA 5OZ3A 4ZSMA 2XFJA 1XN3A 4NJUA 2Q55A 1SMRA 1EPNE 5P49A 3NXNA 3OQFA 3PCZA 4CPUA 5OZ2A 5P6BA 3TOGA 2V00A 5P11A 3ZL7A 3LIYA 4Y56A 2R38A 5DR4A 4EHCA 3NU5A 2NPHA 1TW7A 3OQ7A 3SAAA 1LYWA 5P8JA 4YBFA 8HVPA 5P7LA 1QDMA 3OWNA 1HSIA 4L7HA 2F8GA 5DR0A 2CENA 2I4QA 3EL1A 3L58A 2PMAA 4HE9A 5P5YA 5TOLA 2H6SA 3DCKA 2F81A 5P2NA 3OXCA 5P6EA 3ZKNA 2G1YA 1E80E 3HVGA 5P8OA 5P88A 4FRIA 2PYMA 3BGCA 3KDCA 1YT9A 5KQYA 5P52A 3BVBA 3OGQA 5P6GA 1HPSA 1G6LA 4XX4A 5P57A 2ZJIA 5IVQA 2P3AA 5P0MA 3FNTA 1FB7A 4Y54A 3KF0A 5P5VA 2PH8A 3T3CA 3EM6A 4GMIA 5P1YA 5P7JA 1B5FB 2Q3KA 3EL5A 1AM5A 2ZHTA 5HDVA 4U7QA 3HW1A 5OZJA 3UDMA 3K5DA 2FS4A 2R3WA 5P0FA 5P0EA 3NDTA 1EC3A 3VLBA 1SP5A 5OZPA 5JG1A 2FXDA 3S2OA 2FLEA 1KZKA 5P4GA 2FDPA 4Y3XA 5P3UA 5P5WA 4AA9A 5P7SA 2XFIA 5P7WA 2QAKA 1C6YA 5P38A 4X7IA 4Y3DA 4DJQA 3PMYA 5P43A 1OHRA 5P61A 5P0VA 5P6KA 5P8BA 1T7IA 1XDHA 5I3XA 5P6YA 5AH7A 3QROA 1IZDA 3NU4A 4XX3A 3TNEA 5P8HA 2ZJJA 5P4AA 4B72A 1MEUA 5P2SA 5OZFA 4D83A 2ZE1A 2I4DA 3PSGA 1JLDA 1U8GA 1ZP8A 4WTUA 1W6HA 5SZ9A 1KJFA 3JVWA 5DQ4A 2IGXA 3Q5HA 5P0AA 4QJ7A 1YX9A 5P4SA 3N4LA 4J0VA 1W51A 3OHHA 5DQ5A 4JPEA 3R0YA 1CZIE 4B1CA 3LITA 5P24A 1T6GA 5P3IA 3VV7A 4DQBA 5OZXA 1PSOE 5OZTA 4Y4JA 5OZHA 2WF2A 4KUPA 5HD0A 5OYTA 1HIVA 2QI1A 3UDHA 1WBKA 5P1MA 1HIHA 5P0KA 1MT9A 1PSNA 5P71A 2AOHA 5P66A 5DQCA 2O4PA 3HD8A 3ECGA 4FS4A 3RSVA 4Z50A 4Y3EA 1EBKC 4Z22A 5P2QA 3O9GA 5P5DA 4FCOA 3NDXA 3OAGA 2QZXA 5P1VA 5OYZA 3SACA 5P5FA 4ZPFA 4I8WA 5HE5A 3UDPA 3INDA 4Q1WA 4FE6A 2BKTA 4CPTA 5P26A 2FMBA 4FAEA 5P8KA 5OYWA 5P4VA 1BVGA 5OZ5A 4K9HA 4RRSA 1T7JA 1K2CA 3HAWA 3LPJA 5DGUA 2BKSA 5P10A 3PGIA 4YA8A 4ACUA 3QBHA 5COKA 3HDKA 1TSQA 2VIJA 5P60A 1MPPA 1ZPAA 1XE6A 2V0ZC 2VA6A 1LEEA 1OEXA 5P69A 3APRE 5OYRA 5HDXA 4Y45A 4DJXA 1SBGA 5OZ8A 4QJAA 2R5PA 5P4XA 1HRNA 5DR1A 3VF3A 4J1HA 4Y4WA 3SO9A 3PWRA 7UPJA 3EKXA 5P4DA 3U6AA 2WJOA 5P7AA 3LZUA 5P3QA 1AAQA 1W5YA 3IXKA 3O9EA 5P29A 4R8YA 2RMPA 2JXRA 1MT7A 2FDEA 3PBDA 2HAHA 1K6VA 1QBUA 3KMYA 4A4QA 4EP2A 2NXDA 5AGZA 3EM3A 3IVIA 1UH7A 5P2ZA 4K4RA 3PB5A 2QK5A 5COPA 5P2IA 5BS4A 4OC6B 4Y4GA 1E5OE 5P17A 3B7VA 3O9AA 2QMDA 5P1PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B70 A;  5AHB A;  1TCX A;  3NU9 A;  5P5K A;  3ZKQ A;  4E43 A;  4Y3Z A;  2IL2 A;  3UFN A;  5CLM A;  1QBT A;  5OYU A;  5P2H A;  5P1C A;  2QCI A;  4EQ0 A;  4R92 A;  1FG6 C;  5P6M A;  4H3J A;  5P20 A;  3SA7 A;  1HXB A;  4R95 A;  2SAM A;  4Y5A A;  5OZU A;  5ER2 E;  1WKR A;  5P00 A;  2ZJH A;  2CEJ A;  5P33 A;  2AZC A;  4GJB A;  2IGY A;  1HOS A;  4APR E;  3U7S A;  2IS0 A;  4YD3 A;  1EBW A;  3S7M A;  2WHH A;  4DH6 A;  3IA9 A;  3D1Y A;  5P4I A;  3AUP A;  3WB4 A;  2QHY A;  3SA5 A;  5ISJ A;  4B1E A;  2Q64 A;  3VFB A;  2IEO A;  3UF3 A;  2Q63 A;  2AZ8 A;  3ST5 A;  5P73 A;  1W5V A;  4RLD A;  4RVI A;  2XFK A;  2BPX A;  4Y3N A;  5P6A A;  5KR1 A;  3VYE A;  5P89 A;  1D4H A;  2PK6 A;  4J1K A;  5P8S A;  4Y5B A;  3RTM A;  2PQZ A;  1FFF C;  5KOQ A;  5P8R A;  1A9M A;  2RSP A;  4Y4A A;  4L6B A;  4DQE A;  5P2Y A;  1D4Y A;  2G1O A;  5P5T A;  4Y3L A;  3LPK A;  1E81 E;  1B5F A;  3ZMG A;  2QI5 A;  4Y5G A;  5OZS A;  4ZLS A;  5P0N A;  5P8T A;  4BFD A;  2OHR A;  4LXK A;  3L3A A;  3IXJ A;  3INE A;  4Y35 A;  5P0L A;  3OU1 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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