5IVRA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-[[2-[(3s)-3-[(4-aminophenyl)methylamino]-4-hydroxy-butyl]phenyl]carbamoyl]-2,2-diphenyl-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivrA00
1M0BA 1ZSFA 3OU1A 3VF7A 4I10A 1HRNA 3G6ZA 1FQ6A 3FX5A 5P8NA 4HZTA 5P47A 5P6PA 1Z8CA 5P74A 3O9BA 2R9BA 5P46A 4R92A 1LYWB 2Q64A 5P62A 4DJXA 1K2BA 2ER9E 1ODWA 4BFBA 2FIVA 5P4YA 1J71A 3L59A 3BC4A 4Y51A 5OZQA 5SY2A 3EKXA 5P0SA 3KMYA 1LYAB 3OUDA 1AIDA 4PYVA 3ZLQA 3ZKQA 3HZCA 1SDVA 3LITA 2FNTA 4NJTA 3URJA 2ZJHA 2HB4A 5P2TA 1AZ5A 5P78A 3BXSA 4Y41A 4OBFA 3LPKA 5P2GA 3LHGA 1W50A 5P32A 5P6JA 2VA7A 2BJUA 2QNNA 3R4BA 4B0QA 5KAOA 1META 2VIEA 5P03A 1HWRA 3DV5A 4EJKA 2NR6A 5P5BA 5KQFA 4J5JA 3EKQA 2VNMA 5P5LA 4I0JA 3G70A 4I8ZA 3MXEA 5DR0A 2WEBA 4Y57A 4B00A 5P13A 4J0ZA 4GJ6A 1FB7A 3CIDA 5OZVA 3UQXA 3VYEA 4Q5MA 5P0ZA 2QI6A 4PPHA 4Q1XA 5P3NA 5P8CA 4Z4XA 3S54A 2AOIA 5KQXA 1UH7A 8HVPA 2VA5A 2RMPA 4K4QA 4MC6A 3ZKNA 3IAWA 5P7IA 3UDKA 4A6BA 4ZSRA 5P3WA 1APUE 5P5UA 3QBFA 4FLGA 3VFBA 2AQUA 3EL4A 1BV9A 5P1NA 5HDUA 4Y3XA 1B6PA 4Y3WA 1A8KA 2AVMA 5DR3A 4Y4EA 4LAPA 2QMGA 1OD1A 3QVIA 5P72A 4YD6A 2B8LA 3KFRA 3L5BA 5DR7A 3NU5A 3OQFA 5OZOA 1BXQA 4J54A 3O9IA 3SA9A 4ACXA 5SZ9A 4ZPGA 4Y35A 5P6MA 1F34A 5P8DA 3HW1A 5P54A 1D4KA 1MRXA 5P1AA 3AUPA 3Q4BA 3LZYA 5P35A 4H3GA 1SIPA 4EPJA 2NNKA 3FNTA 4Y5PA 1B5FA 4NPUA 5P77A 5OYWA 1T3RA 5P00A 2Q5KA 2ZJLA 1FQ7A 5P08A 5C9FA 5DR1A 1G6LA 5P04A 4LBTA 4B72A 5P7ZA 1BWAA 4OBJA 1PPLE 3ZKXA 4DQGA 1FQ8A 2G21A 3NU4A 5OZPA 1HEFE 4L7HA 4CKUA 1WKRA 2EWYA 5P4LA 5OZXA 5P3KA 5OZYA 5P5MA 1K6TA 4X7IA 2AZ9A 5P5IA 3EXOA 3T3CA 5P1LA 1W5VA 2OHMA 3HAWA 1B6MA 4F73A 5IS4A 3TLHA 3NDWA 4K8SA 3DOXA 4XKXA 1HTEA 3OY4A 4OD9B 4UPJA 5DPZA 4KUPA 5P2FA 3TTPA 2PYNA 1XE5A 3OAGB 3OU3A 5OZ6A 1C6XA 4EWOA 2G69A 4B1EA 4FRSA 2ZDZA 5P1JA 5OZ9A 1D4SA 1KJ4A 4A6CA 5P75A 3NUJA 4Y39A 5OZRA 4JP9A 3O9FA 4YOBA 4DV9A 1XDHA 4RCDA 3QRVA 3VUCA 3BUGA 3UDNA 1FMBA 5P8BA 5C9BA 4TVHA 3LZVA 1EBWA 4GJBA 2BPXA 5OZMA 3EKYA 5P1XA 2IEOA 2QK5A 1Q9PA 4XX3A 5COOA 2HB3A 5DQCA 4EQ0A 5P6OA 1YTHA 3GI6A 3SA3A 2B60A 4KE1A 2AOCA 4I11A 5P1VA 1IZDA 3KDCA 3BUHA 4YBIA 3DK1A 3U71A 3CKTA 1XN3A 2QHZA 2AVVA 5DQ5A 1PSOE 3OQ7A 3O9CA 3OUDB 3RU1A 3PMYA 4HE9A 5P4WA 4AUCA 1LF3A 5P1WA 2ANLA 4Y3TA 3UQRA 3K4VC 3PI0A 5DQ2A 5P7XA 2G24A 4D8CA 1MSMA 4Y5LA 5OZGA 2F3KA 5OZTA 1MUIA 3L3AA 2BPVA 1PSNA 3PEPA 4YD5A 3OXVA 5P3AA 2RKFA 1YG9A 1IDBA 1W5XA 4Y4BA 1HSIA 5P1EA 4Y5GA 4Y50A 5P5QA 2BPWA 4LC7A 4NJUA 3OWNA 5P2CA 2F8GA 5P1CA 2P8HA 1DAZC 2ZYEA 4RZ1A 5AHAA 4FE6A 5OZLA 1W6IA 2FDEA 5HD0A 1A30A 4XX4A 1IZIA 1WBKA 4Y47A 3S7MA 3EC0A 4EJLA 5P14A 2VJ9A 3H0BA 2BKSA 2NNPA 2HPFA 4J55A 2BPZA 2NXLA 3SPKA 3VEUA 5P3EA 1RNEA 4NKKA 3O9LA 5P88A 1A9MA 1BDLA 3L5DA 5IVSA 3KDBA 1SH9A 1DIFA 3PB5A 5P8JA 5P7BA 1KJGA 4F74A 5FIVA 5P18A 3TKWA 3JW2A 5P5DA 1HHPA 2BQVA 2UXZA 4J0TA 2I4WA 2J9JB 3T11A 5P5EA 4Y56A 5P6RA 3BHEA 1TCXA 1CZIE 1IDAA 4GJ9A 2I4XA 2WEDA 5OYUA 5HDVA 5OZIA 1BWBA 2OHNA 1ODYA 4CMSA 2V16C 3PLLA 4PZWA 3OQKA 1LF4A 1HIIA 1HVCA 5KR8A 2VS2A 3SAAA 5P3QA 4JECA 2P3BA 4I0HA 2G1NA 5P3OA 4ZSPA 2QNPA 2F80A 4KB9A 3KT2A 3NUOA 4GJDA 4TRZA 4RRNA 2V12C 3OTYA 4OBHA 3OU4B 3OADA 3BVBA 5P10A 1G2KA 2PH8A 5OZBA 3NXEA 3KFPA 1Z1RA 2JE4A 4J1CA 3ZKIA 3O9EA 5DGUA 3INEA 4PZXA 2JXRA 2PSVA 2V00A 1MTRA 3PI5A 1FGCC 4EJ8A 3GW5A 4Y4XA 1W5YA 1FQ4A 5P8EA 4APRE 2VA6A 5KR0A 2ZJJA 3NU3A 3LIQA 4Y4UA 3EBZA 3ZOVA 4OBZB 5P33A 5P4OA 1E80E 4Y37A 5P8VA 1MIQA 5P6AA 3TOGA 3KT5A 2Q11A 1PFZA 2QD6A 1C6ZA 3VV6A 3FSMA 5P40A 5P0TA 2P3AA 1PROA 1VIJA 5P0WA 1T7JA 3ZL7A 2ZHTA 5T4SA 5P7AA 4DJPA 1SDUA 2MIPA 1FG8C 2ER6E 3O9AA 2CEJA 5P6KA 5IE1A 5P86A 3QRSA 3INHA 5OZ2A 3PCWA 1FFIC 5P2DA 4J1EA 2B7ZA 4Z22A 3L58A 2QMFA 4Y3RA 5P45A 5COPA 1UPJA 5P2XA 2HIZA 1HBVA 2ZGAA 4LL3A 4CPTA 4Y3NA 5P6ZA 5P8QA 3O9DA 1KJHA 5P3DA 5P0JA 5EZXA 2PSUA 5OZEA 3TPLA 4HA5A 3Q70A 4HDPA 3IXJA 5P2VA 4Q1WA 3R1GB 4FGXA 1T6EX 5P4XA 3VF5A 5P31A 3ZPSA 3VF3A 1W5WA 5AH6A 2NTRA 3SLZA 5P8LA 1TW7A 5ENKA 3BGBA 5AH7A 3SA7A 4GMIA 4GJ7A 2I4VA 5P0OA 3EKTA 3TOHA 1QRPE 5OZ3A 5P4CA 3SABA 5P7SA 2ER7E 3D91A 3KYRA 3RSXA 1NH0A 3S56A 1SDTA 2P3DA 4RYGA 1APVE 4HVPA 5P5FA 1DPJA 2QI4A 1KJ7A 1GKTA 3UDPA 5I3VA 5P07A 2SAMA 6UPJA 5P8OA 5B18A 3NLSA 3URIA 5P5JA 4RRSA 3NXNA 5AGZA 2I4DA 5P25A 1MPPA 1ZPAA 5P0BA 5P2EA 3S45A 5P0MA 2QI1A 3R0WA 5P1RA 4D88A 5P2SA 5P0CA 4ZEAA 2WECA 3AIDA 5P48A 5P7RA 2O4SA 4ACUA 3GI5A 4Y3AA 5P16A 5AHCA 3A2OA 1LV1A 5P1HA 5P1DA 3SFCA 2FLEA 3EMYA 1T7IA 2XYFA 5P51A 3DCKA 5P5KA 3TPJA 4Q1NA 5JFUA 4L6BA 4ER1E 4DI2A 2QI0A 1SBGA 5P5VA 1QBTA 1IVQA 3O9LB 5P5CA 3R2FA 5P5SA 1BILA 5P3VA 4J1FA 3Q5HA 2VIZA 1EC0A 4KE0A 5KQYA 5P8KA 2FDDA 4ZIPA 2IKUA 3DV1A 4COEA 2WF0A 4Y5MA 2IDWA 4I12A 5SY3A 5P4RA 1JLDA 1Z1HA 1GVXA 4DJWA 5P3FA 1ZLFA 3SA6A 4Y3SA 5OZDA 5P7HA 4NPTA 4Y3YA 4GJ8A 4DQEA 5P5XA 1YM4A 4EHCA 4FS4A 3UHLA 3K5GA 3HVPA 1BXOA 2J9JA 4QJ2A 2PWCA 3OOTA 5P05A 2P3BB 3T6IA 2ZJNA 5F00A 2AVSA 4AA8A 3NDUA 1B6JA 3N4LA 2O40A 4U7VA 5P3YA 5P1SA 5P5YA 4Y5AA 4B05A 4NJVA 1FIVA 4IVTA 2XYEA 3T7XA 3OADB 3UDYA 4DJQA 4L1AB 1C6YA 3L5EA 4QJ6A 4J0PA 4GYEA 1BBSA 3I6OA 1HSHA 3T7PA 4FIVA 3QAAA 4YD3A 1E5OE 1GNMA 2OHTA 1SGUA 4MC1A 1TSQA 3OUCA 5PEPA 1EPLE 5TOLA 3ZMGA 3OU4A 3RSVA 3IN3A 5P0HA 4Y5EA 4FAEA 5KR2A 5P39A 3NYGA 5P4AA 4QJ9A 1FQ5A 2F3FA 4DJYA 3QP0A 1IVPA 2NMZA 6FIVA 1D4LA 4DJRA 4YOAA 1APWE 4Y54A 5P6WA 3DCRA 4OBDA 1FF0C 5KOSA 3RTNA 4FM7A 3EL5A 2O4KA 5P7UA 5P61A 1XE6A 1CMSA 4L7JA 1FMUA 3VG1A 5P0EA 3SA8A 1SP5A 5OZ1A 2VIYA 5P4GA 2ZHRA 1SGZA 4Y5NA 1MTBA 4OBZA 1EC1A 1QS8A 4FM6A 5P0DA 3S43B 2FMBA 4FSLA 4B70A 2UY0A 4FRKA 1U8GA 1HIVA 1OHRA 1TQFA 1ZTZA 2ZJMA 5JG1A 5P3BA 2IKOA 1BVEA 1FMXA 5P5OA 3OXXA 2PC0A 2QI7A 4I0IA 3QN8A 4H3IA 3CKRA 3F9QA 5P0PA 3D1YA 5P2QA 2PH6A 3GGUA 1EBKC 1LYBA 5P15A 5P4SA 4RVXA 5P7GA 5P3CA 3VLBA 3PSUA 5P5AA 5P01A 4ZSMA 3LZUA 4DQBA 4K4RA 5DR4A 4EJDA 2RSPA 1HVHA 5P4NA 3PMUA 2OAHA 4LP9A 1PSAA 5P81A 1A94A 4Y4TA 1BIMA 2AZBA 2V13A 2QI5A 4JPEA 3WB4A 3BVAA 4TRWA 5P3MA 5P2HA 4YCTA 3KMXA 4DJUA 3KF0A 3S85A 3ZKMA 3IN4A 2V0ZC 3GI0A 4RVJA 5APRE 4RLDA 3QROA 2Q54A 5P28A 2F81A 1HXBA 3PVKA 3S8IA 3APPA 4Y3DA 1K2CA 2PQZA 3KFSA 1UH8A 4B78A 4CPUA 2WF4A 2ZE1A 3K5FA 3ER5E 5EZZA 1N49A 4GJAA 3IXOA 3QRMA 5P2UA 2B8VA 5P1TA 1UH9A 4DVFA 2H6SA 2XFKA 5P68A 3CYXA 5KOQA 2JJJA 5ER2E 1RV7A 4DPIA 2IENA 4GZFA 4DPFA 2AOHA 5P7EA 5OYYA 1ZJ7A 4I1CA 2VKMA 5P0NA 1EPOE 5DQ1A 1ZPKA 5JFPA 5P7JA 3LIXA 5P42A 2AZ8A 4AA9A 2P3CA 4DH6A 1SMEA 4DUSA 1D4HA 3I25A 2RENA 3INDA 3IVHA 4K4PA 4Y3GA 1ENTE 4OBGA 2HAHA 3L5CA 2HPEA 3UCBA 5HCOA 2B42A 4QLHA 3FNSA 1QDMA 3ZPTA 4I0DA 5IVQA 3LZSA 2OHLA 3NR6A 3Q3TA 4HDBA 5P84A 4EXHA 5OYTA 3D20A 5BRYA 2V10C 1MESA 1HVJA 3FKTA 1RL8A 5P2WA 2H6TA 5P6SA 3EL0A 3VCMA 3OK9A 4Y4JA 5P5HA 5P6HA 5P3TA 5OZ8A 2PYMA 3DM6A 5HVPA 5P5RA 5P73A 5CLMA 4A4QA 3PBZA 2AOJA 1K1TA 4ZE6A 4FSEA 4FCOA 5P58A 5P8RA 1LF2A 5OZZA 3H5BA 3QIHA 2O4PA 6APRE 4Y5KA 4Y3EA 4Y5BA 5BS4A 5P5GA 2OHUA 4YCKA 1KJFA 1LS5A 2IRZA 5P6FA 2JJIA 3O9GA 1EEDP 4YCYA 2IQGA 3RTMA 5P19A 2R3TA 4EQJA 3VYDA 5P2AA 3KA2A 2PK6A 4FAFA 7HVPA 5P6GA 5P3ZA 1IZEA 1E81E 1M43A 2WHHA 4R8YA 4U7QA 4E43A 4I0GA 5OZCA 5P4FA 4QGIA 4Y9WA 2BKTA 1ZAPA 4M8YA 3U7SA 4JOOA 3GGVA 2I0DA 2WL0A 4L1AA 4Y3ZA 5P8AA 5HE5A 5P8GA 5P20A 1AAQA 4GIDA 1W51A 2ZJKA 5P3JA 1APTE 5P79A 1IBQA 4PHVA 4EYRA 4D83A 2AVOA 5P7VA 4R91A 5P1ZA 2Z4OA 3WZ7A 2ZHUA 5P7LA 1T7KA 2CEMA 1RQ9A 3HVGA 4EP3A 5P70A 2QMDA 3TPPA 2R5QA 5P0YA 4TRYA 2FNSA 3PLDA 5P6EA 1XL5A 4YD7A 2HS1A 1XS7D 5P56A 3ZKGA 1HPSA 3KDDA 1EBZA 5P4EA 5P4MA 2G1RA 1MRWA 3BGCA 5OYRA 2AZCA 4H1EA 3CMSA 4CPWA 1LEEA 4BELA 5P6TA 3NU6A 1K6PA 4QJ7A 1TCWA 3EM3A 3LIVA 3S43A 4B1CA 2I0AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M0B A;  1ZSF A;  3OU1 A;  3VF7 A;  4I10 A;  1HRN A;  3G6Z A;  1FQ6 A;  3FX5 A;  5P8N A;  4HZT A;  5P47 A;  5P6P A;  1Z8C A;  5P74 A;  3O9B A;  2R9B A;  5P46 A;  4R92 A;  1LYW B;  2Q64 A;  5P62 A;  4DJX A;  1K2B A;  2ER9 E;  1ODW A;  4BFB A;  2FIV A;  5P4Y A;  1J71 A;  3L59 A;  3BC4 A;  4Y51 A;  5OZQ A;  5SY2 A;  3EKX A;  5P0S A;  3KMY A;  1LYA B;  3OUD A;  1AID A;  4PYV A;  3ZLQ A;  3ZKQ A;  3HZC A;  1SDV A;  3LIT A;  2FNT A;  4NJT A;  3URJ A;  2ZJH A;  2HB4 A;  5P2T A;  1AZ5 A;  5P78 A;  3BXS A;  4Y41 A;  4OBF A;  3LPK A;  5P2G A;  3LHG A;  1W50 A;  5P32 A;  5P6J A;  2VA7 A;  2BJU A;  2QNN A;  3R4B A;  4B0Q A;  5KAO A;  1MET A;  2VIE A;  5P03 A;  1HWR A;  3DV5 A;  4EJK A;  2NR6 A;  5P5B A;  5KQF A;  4J5J A;  3EKQ A;  2VNM A;  5P5L A;  4I0J A;  3G70 A;  4I8Z A;  3MXE A;  5DR0 A;  2WEB A;  4Y57 A;  4B00 A;  5P13 A;  4J0Z A;  4GJ6 A;  1FB7 A;  3CID A;  5OZV A;  3UQX A;  3VYE A;  4Q5M A;  5P0Z A;  2QI6 A;  4PPH A;  4Q1X A;  5P3N A;  5P8C A;  4Z4X A;  3S54 A;  2AOI A;  5KQX A;  1UH7 A;  8HVP A;  2VA5 A;  2RMP A;  4K4Q A;  4MC6 A;  3ZKN A;  3IAW A;  5P7I A;  3UDK A;  4A6B A;  4ZSR A;  5P3W A;  1APU E;  5P5U A;  3QBF A;  4FLG A;  3VFB A;  2AQU A;  3EL4 A;  1BV9 A;  5P1N A;  5HDU A;  4Y3X A;  1B6P A;  4Y3W A;  1A8K A;  2AVM A;  5DR3 A;  4Y4E A;  4LAP A;  2QMG A;  1OD1 A;  3QVI A;  5P72 A;  4YD6 A;  2B8L A;  3KFR A;  3L5B A;  5DR7 A;  3NU5 A;  3OQF A;  5OZO A;  1BXQ A;  4J54 A;  3O9I A;  3SA9 A;  4ACX A;  5SZ9 A;  4ZPG A;  4Y35 A;  5P6M A;  1F34 A;  5P8D A;  3HW1 A;  5P54 A;  1D4K A;  1MRX A;  5P1A A;  3AUP A;  3Q4B A;  3LZY A;  5P35 A;  4H3G A;  1SIP A;  4EPJ A;  2NNK A;  3FNT A;  4Y5P A;  1B5F A;  4NPU A;  5P77 A;  5OYW A;  1T3R A;  5P00 A;  2Q5K A;  2ZJL A;  1FQ7 A;  5P08 A;  5C9F A;  5DR1 A;  1G6L A;  5P04 A;  4LBT A;  4B72 A;  5P7Z A;  1BWA A;  4OBJ A;  1PPL E;  3ZKX A;  4DQG A;  1FQ8 A;  2G21 A;  3NU4 A;  5OZP A;  1HEF E;  4L7H A;  4CKU A;  1WKR A;  2EWY A;  5P4L A;  5OZX A;  5P3K A;  5OZY A;  5P5M A;  1K6T A;  4X7I A;  2AZ9 A;  5P5I A;  3EXO A;  3T3C A;  5P1L A;  1W5V A;  2OHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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