5IVRA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-[[2-[(3s)-3-[(4-aminophenyl)methylamino]-4-hydroxy-butyl]phenyl]carbamoyl]-2,2-diphenyl-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivrA00
4L1AA 3CKTA 4WY1A 3OAGA 5P0GA 3R0YA 2ZJMA 2IEOA 3HAUA 3O9IA 2CEMA 2P3BA 4EWOA 3S2OA 1SMEA 3LZUA 2ZHSA 2O4LA 5P2VA 5OZVA 1LF2A 4Y50A 1YTGA 5HDZA 3MSLA 2PWCA 3KA2A 5P6VA 3UDNA 3CYWA 3LPKA 1IIQA 5IE1A 5P0QA 4HVPA 2PYMA 4PHVA 2ZJLA 1AXAA 2IGYA 1MT9A 3QN8A 5P6RA 5OZ8A 5P8MA 3TH9A 1FG6C 6APRE 2P4JA 2WJOA 2F81A 3EM6A 4KB9A 5P5YA 6UPJA 5P71A 5P19A 2WF4A 4BFDA 5P3QA 3FV3A 2FDPA 5P0HA 1ZJ7A 5P1NA 4Q1XA 3L5CA 2P3CA 2QZLA 3VG1A 3R1GB 5SZ9A 1EBYA 5P1JA 2WL0A 5DPZA 4EP3A 5OYYA 3MSJA 2FMBA 5P3EA 3UHLA 4Y4WA 2APRA 3M9FA 4Y3FA 4Y36A 2O4NA 1PSOE 3KN0A 3MWSA 1FB7A 2IS0A 3FIVA 1UH8A 1SMRA 1UPJA 1BXQA 3OU3A 5P6AA 5P56A 5P2YA 2ZJNA 4K4QA 3B7VA 5P22A 5DGUA 2NTRA 5P40A 3NU5A 1LYBA 3QRSA 4FLGA 3VV8A 5P5EA 5P87A 5COKA 1AVFA 2A1EA 2IENA 5P75A 3SABA 4APEA 5IVRA 5HTZA 1HVIA 4OD9A 1BDLA 3EL0A 6FIVA 5P7DA 3WZ8A 4BELA 5P6OA 1E81E 5P1HA 3T7XA 4AA9A 4A4QA 3TPLA 4Y4TA 4XXSA 5P3RA 1PSAA 3BHEA 5P5DA 2QAKA 2XYFA 3KM4A 2JJJA 1BXOA 3OOTA 1ME6A 5P3LA 2G1YA 5P39A 3KMXA 3PRSA 2B7FA 4CPTA 1G2KA 4B77A 1HVRA 5HE5A 1AJVA 4Y5BA 5P78A 4X7IA 3QS1A 2B7ZA 5P3KA 3EC0A 3EKPA 5OZQA 5UPJA 3EM4A 2QCIA 3K5GA 4Y39A 3Q70A 5P0AA 5P7KA 4B1DA 5DR8A 1W5YA 2NNKA 3A2OA 4PEPA 4BEKA 5P8LA 5FIVA 4ER4E 3EKQA 2EWYA 2Q55A 1RPIA 3QPJA 3GI0A 2G27A 5P6XA 3EL5A 5DR7A 5P4ZA 5P00A 3WSJA 2NXMA 5P5JA 4PZWA 2ER6E 2G26A 2P3DA 3LIXA 4Y3NA 3H0BA 5P1FA 5P69A 1HVSA 4GMIA 4JOOA 4EP2A 2HB3A 2IGXA 4Y35A 5OYVA 3ZKQA 5P0PA 1U8GA 2NPHA 4YDFA 5HE4A 2QI6A 3SA4A 2XYEA 3APPA 2VA7A 5OZDA 5P47A 5JFUA 5P6IA 4I0HA 1HXWA 1EPRE 4Q1YA 5P3FA 2ER9E 3NU4A 5P5WA 4J55A 3VSWA 5P04A 1ODXA 3L5BA 3HBOA 2OHPA 3S53A 3U6AA 4Y3YA 4FM8A 5P2GA 2FGUA 3URLA 5P6JA 3KYRA 3INFA 4D8CA 2OAHA 2Q64A 2QI4A 4Y3WA 4FRSA 5P49A 1FFFC 5P4QA 3QRVA 2VJ6A 2I4XA 3VF7A 5P2EA 3RTNA 5OZ2A 3PBZA 5P84A 1LV1A 5P1VA 4J1FA 1WKRA 5P6SA 3DUYA 2ZJJA 1GNMA 2AOEA 3O9LB 4ZPFA 1T6EX 4Y4DA 2ER7E 3KDBA 5P8NA 5P8DA 3NWXA 3BUGA 5DQ4A 4DI2A 4HA5A 4Y54A 4RROA 4Z22A 3ER5E 1SDVA 1TCWA 2BKTA 5P09A 2HAHA 5P0MA 5P3CA 5P5HA 4I0ZA 4Y5LA 2B60A 5P7UA 1GKTA 5P4FA 1EBWA 3EMYA 4Y47A 1Z1HA 5P1OA 1TQFA 5P2SA 1A9MA 2QZWA 4Y5AA 4DJXA 5P3TA 1PFZA 5P0KA 4HDPA 3IAWA 1FQXA 3ZMGA 5P0NA 4DQFA 3AUPA 2VIJA 2VNNA 3ZLQA 3WZ6A 2J9JB 4K8SA 3GGXA 2BQVA 1B5FB 4CPXA 1M43A 4FM7A 3K5CA 4I0IA 3OUDA 1B6LA 3UDHA 2I4DA 3PEPA 4NJVA 1K6VA 1QBTA 5P35A 2AOGA 3K4VA 4IVTA 5I3VA 3NUOA 4DH6A 5DQCA 2FXEA 4OC6A 4ER2E 4Y48A 7UPJA 4OBZA 4EYRA 4TVHA 1W5XA 1MIQA 3ZKIA 3LITA 9HVPA 5IVQA 3TKGA 4I0EA 3O9HA 1BAIA 1PPME 2QI1A 2AOJA 4QJ6A 5P48A 4OBFA 5HDVA 4RCDA 5HCTA 4Y3GA 3RTMA 2FLEA 5KQZA 4I0FA 5OZOA 1APTE 5P8UA 4M8YA 3Q6YA 4Y3JA 1W51A 2I4QA 4H3FA 5JG1A 1B5FA 5P20A 4MC9A 5P66A 1DPJA 1SGUA 3LNKA 4Y58A 4DJPA 3GI6A 5OZKA 5P0UA 3UTLA 3O9CA 5I70A 2P3AA 3S56A 5P5BA 5P8OA 5SY2A 1NSOA 4CMSA 3BVAA 3SA7A 5P7CA 3F9QA 1YTIA 5P3GA 5OYZA 3TPJA 5P3BA 3U7SA 2BBBA 5P32A 1CZIE 1MESA 3MXEA 3OU4A 5P5TA 5KR2A 2HC0A 4MC6A 5P4YA 4MC2A 5P5FA 4Y3LA 4FCOA 1A30A 5P4PA 3OXXA 3VV7A 5P8VA 2BKSA 2PMAA 4DQCA 1ZAPA 2HB4A 4QJ9A 3QVCA 4Y3DA 3LPJA 4Y57A 3CIBA 5P0BA 1GVWA 4Y5GA 3NU9A 4XX4A 5P36A 2HM1A 1VIJA 1MPPA 2AZ8A 5P2KA 3IVIA 4Y3EA 3WZ7A 5P0EA 3Q4BA 1Z1RA 1EC3A 3BGCA 1XDHA 4Y3QA 4AMTA 3K5FA 4WY6A 3BVBA 1QRPE 5OYRA 4GJ6A 1BVEA 2XFJA 3OQKA 3LPIA 3O9GA 3L5DA 2PC0A 1EPPE 5P50A 3R0WA 4I0JA 4QGIA 4YCKA 5P2OA 5P5IA 2AOFA 3SKGA 2AVVA 5OZCA 5P4CA 4HZTA 4CPWA 5P5GA 5P8HA 5P8PA 4NKKA 5P3WA 5P1TA 3NUJA 5P0ZA 3HVPA 3NWQA 5P2DA 3UDQA 4GJBA 5P05A 1EC2A 1B6PA 5SY3A 1FQ6A 5P7MA 2G1SA 1K2CA 1BDQA 5OZXA 5P1MA 4DQHA 3S43B 3LIZA 5P4KA 2OHRA 1E80E 1K6CA 3QROA 5P4UA 3QVIA 4L1AB 4Y3HA 4RCFA 4YBIA 1HVCA 1HVHA 3OAGB 4L7JA 2R38A 3HZCA 3N3IA 4L6BA 2FS4A 2P3BB 2VIZA 5AH7A 4Q5MA 3L3AA 4WTUA 1FQ4A 5P80A 4H3IA 1LF4A 5P4RA 3SO9A 3OADB 1LYWA 4TRWA 1CMSA 1D4SA 3C9XA 3S8IA 1VIKA 3NLSA 3BUHA 5P0IA 4B72A 5OZIA 2UY0A 1EC0A 1G0VA 3GI5A 4MC1A 1KJGA 2QD6A 5P58A 4Z2ZA 5P4LA 4YOAA 5OYTA 5P72A 5P3YA 4J1EA 2AZ9A 3UQRA 3FNTA 1MSNA 2ZHVA 5P27A 4FAEA 3PM4A 3G6ZA 4QJ7A 5P2LA 4NJUA 5OZTA 2BPWA 4U7VA 3TLHA 4XX3A 1C70A 2R5QA 1AJXA 2NMZA 2PK5A 5P26A 1YTHA 4B00A 2V0ZC 3OADA 5P85A 1T6GA 5P12A 5HCOA 1AZ5A 1HPOA 4I10A 4GIDA 5DR4A 4J1CA 5P67A 5P01A 4J54A 2QU3A 4GB2A 2Z4OA 5P13A 4Y5EA 3O9FA 2QMPA 1SGZA 1LYBB 2B8VA 3DK1A 4ZSQA 5P1QA 4R8YA 1IZHA 1HRNA 5P0YA 5P06A 4GJ7A 1EAGA 2ER0E 3QIHA 2V13A 1E82E 4OD9B 4ZSPA 2ASIA 1C6YA 4ZIPA 3D3TA 1EPNE 3CMSA 1HVJA 3TPRA 3OUBA 3OHFA 4YOBA 3TPPA 5J25A 4ACUA 4B1CA 4R92A 4Y6MA 2QHCA 3FNSA 2QI3A 1EBKC 3INEA 4R95A 5P5NA 5OZ1A 2WF0A 5OZAA 2WEAA 2AVOA 3O9DA 5P3HA 5OZ5A 5P30A 2P8HA 3DCKA 4NPTA 3U71A 4EJ8A 5P2MA 2IQGA 3O99A 5OYQA 5P8GA 1HPSA 4QJ8A 1A8GA 5P63A 3BXRA 4OBHA 5AHCA 4DFGA 3UPJA 5KOSA 1MT7A 2RKFA 2QMFA 2QZXA 1QDMA 5APRE 5P7GA 3BC4A 2OHQA 3QP0A 3QBFA 2Q11A 5P1YA 1HIHA 3D1XA 5P0XA 4Y4ZA 4PYVA 4JPEA 4I0GA 4YD7A 5T4SA 2I0AA 2MIPA 2QK5A 5BRYA 2PYNA 5HU0A 1ZPAA 2HPFA 3ST5A 5P02A 2BPVA 3FX5A 5F00A 3FSMA 5P7PA 4RVXA 5OZ6A 5P7WA 3O9EA 3KMYA 4J0YA 1ODYA 3UQPA 5OYSA 1BIMA 5P7BA 3T11A 2P83A 3S85A 1W6HA 1ZPKA 5P0VA 1E5OE 3OHHA 4ZEAA 5P31A 3SACA 5P2AA 1SDTA 4RCEA 5ISJA 5P5AA 3L59A 5P6ZA 4L7HA 1KJ4A 3BRAA 5P8TA 5P6UA 3IXOA 3RSXA 1B6MA 1IVQA 3UDMA 4ZSRA 3KF0A 5HU1A 1XN3A 3I6OA 5P46A 3UDKA 1W5VA 2VJ7A 1GVTA 5P82A 5IS4A 5P0WA 3T6IA 4DJUA 1RQ9A 3SQFA 2AVSA 4KE0A 3OK9A 3UDRA 1LYAB 2OHKA 3VFBA 4J17A 1QS8A 3T3CA 4M8XA 3PLLA 1ZLFA 1W6IA 2QNNA 4U7QA 4D83A 3CKRA 5P38A 3KDDA 2G94A 2HS2A 3KT2A 2AQUA 2QU2A 4GJAA 5E5KA 4RYGA 5P73A 1APVE 5P55A 2PK6A 4A6CA 1D4YA 5HVPA 1BVGA 2NXLA 5OZNA 5P5KA 3AIDA 1C6ZA 3I8WA 3KFPA 4F75A 3OUDB 4DVFA 1SIPA 5P86A 2IDWA 2WF2A 4FRJA 5P3NA 3HD8A 5P3PA 1KJHA 4Y56A 4Y4XA 2IRZA 1PSNA 5P17A 3ZKMA 3LHGA 4OC6B 1LYAA 5P0OA 1G6LA 5P4AA 4OBZB 3TL9A 3UFLA 3OQ7A 4OBJA 4AUCA 2ZDZA 4LHHA 2FNTA 5OZGA 3IN3A 4JP9A 3S7LA 3O9AA 5P07A 3TOHA 2JXRA 4CKUA 4RRNA 2AZBA 2O40A 5P8IA 3TTPA 1AM5A 1HVLA 4GJ8A 1C6XA 2VJ9A 5P7VA 5P2RA 4NJSA 3OU1A 3G70A 2R5PA 5P4HA 2ZJKA 3SAAA 4GJCA 3CICA 4ACXA 3EL1A 5P1CA 4Y4JA 3T7PA 2UPJA 4B70A 3PMYA 3SA8A 5I3WA 1J71A 5COOA 1GVXA 4EJLA 3DV1A 2B42A 1F34A 4RRSA 3UF3A 4PPHA 3G72A 3K4VC 4DQGA 4Y3ZA 1BBSA 3LINA 3OU4B 4I8WA 5P5VA 3OXCA 4PZXA 2NNPA 2ZHRA 3PI0A 4UPJA 3RVIA 2QHZA 1HTEA 5P7OA 2AOCA 4X2LA 5P5UA 5P11A 1SIVA 3VLAA 5P5XA 1LS5A 4Y45A 2FNSA 4GZFA 1K6PA 2RSPA 5IVSA 3EBZA 3PLDA 4KUPA 4DJQA 2CEJA 2WEDA 1GNOA 5OZFA 4GJ5A 2ZYEA 5P83A 3MXDA 1HSIA 2FGVA 2VKMA 3VF3A 5P4XA 5JFPA 2R3TA 3NDTA 5P6TA 3WB5A 1OEXA 1OHRA 5P5MA 1LZQA 5I3XA 4YD6A 5HD0A 1KZKA 1HBVA 5P41A 2V11C 5P4IA 1XL2A 3ZKXA 4J1KA 4I0DA 5BS4A 1BDRA 5KQXA 4AA8A 3PWMA 1UH7A 1EPME 2JYSA 4Y4AA 3RSVA 5P6MA 4JPCA 1A94A 4J0TA 2G22A 5P1ZA 2IL2A 5P89A 1MEUA 1FEJC 5P2WA 1HPXA 5P08A 4HDBA 3JVWA 5P2UA 5P7ZA 2WKZA 5OYUA 1W5WA 1XN2A 5P5OA 1XS7D 4YBFA 3URIA 3PCWA 3JVYA 3OOZA 4Y3MA 2NXDA 1XE5A 2QD8A 5P57A 4TRZA 5P4SA 4B0QA 5P0LA 1G35A 5P3DA 4RLDA 5P52A 4F73A 3Q3TA 1QBUA 5ISKA 4FL8A 5P37A 2V12C 5PEPA 3H5BA 4CPRA 1Q9PA 3LZVA 3ZKNA 3OXWA 2FXDA 5P7HA 3PBDA 5P4MA 1D4JA 3GGAA 5P6NA 4NPUA 4ZSMA 4LXKA 1FKNA 1EPLE 3OTSA 1ZSFA 3I2LA 1PPLE 1FQ5A 1LYWB 2F3EA 2QHYA 2SAMA 3PI5A 5P3VA 4COEA 3PB5A 5KAOA 2OHUA 2QI5A 2NMYA 1HIVA 1HVKA 5P2IA 4DJVA 4CPUA 1D4LA 5P6YA 1MTRA 3NDWA 1ENTE 4AZYA 4K9HA 3KFNA 5P25A 1BILA 2QMGA 3ZL7A 2OHLA 4Y51A 2ZJIA 5P61A 5P7IA 5P7EA 4B78A 1FF0C 3EXOA 4LAPA 5P4WA 4D89A 4OBGA 5P5SA 1YTJA 2BPYA 1W50A 3HVGA 2ZJHA 3SA9A 3ZPSA 5P2FA 1D4HA 2WHHA 3PMUA 5P53A 5P6DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A A;  3CKT A;  4WY1 A;  3OAG A;  5P0G A;  3R0Y A;  2ZJM A;  2IEO A;  3HAU A;  3O9I A;  2CEM A;  2P3B A;  4EWO A;  3S2O A;  1SME A;  3LZU A;  2ZHS A;  2O4L A;  5P2V A;  5OZV A;  1LF2 A;  4Y50 A;  1YTG A;  5HDZ A;  3MSL A;  2PWC A;  3KA2 A;  5P6V A;  3UDN A;  3CYW A;  3LPK A;  1IIQ A;  5IE1 A;  5P0Q A;  4HVP A;  2PYM A;  4PHV A;  2ZJL A;  1AXA A;  2IGY A;  1MT9 A;  3QN8 A;  5P6R A;  5OZ8 A;  5P8M A;  3TH9 A;  1FG6 C;  6APR E;  2P4J A;  2WJO A;  2F81 A;  3EM6 A;  4KB9 A;  5P5Y A;  6UPJ A;  5P71 A;  5P19 A;  2WF4 A;  4BFD A;  5P3Q A;  3FV3 A;  2FDP A;  5P0H A;  1ZJ7 A;  5P1N A;  4Q1X A;  3L5C A;  2P3C A;  2QZL A;  3VG1 A;  3R1G B;  5SZ9 A;  1EBY A;  5P1J A;  2WL0 A;  5DPZ A;  4EP3 A;  5OYY A;  3MSJ A;  2FMB A;  5P3E A;  3UHL A;  4Y4W A;  2APR A;  3M9F A;  4Y3F A;  4Y36 A;  2O4N A;  1PSO E;  3KN0 A;  3MWS A;  1FB7 A;  2IS0 A;  3FIV A;  1UH8 A;  1SMR A;  1UPJ A;  1BXQ A;  3OU3 A;  5P6A A;  5P56 A;  5P2Y A;  2ZJN A;  4K4Q A;  3B7V A;  5P22 A;  5DGU A;  2NTR A;  5P40 A;  3NU5 A;  1LYB A;  3QRS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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