5IVSA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-benzhydryl-2-[2-[2-[(2r,5s)-5-(benzylcarbamoyloxymethyl)morpholin-2-yl]ethyl]anilino]-2-oxo-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivsA00
5HU0A 1LF3A 4YCTA 3AIDA 3ZOVA 3F9QA 5AHBA 3OQ7A 1PSNA 2QMDA 3PJ6A 3L5EA 2AZCA 2OF0A 4J1CA 5P1IA 4Y3GA 4I10A 3SAAA 5P42A 5P58A 3VUCA 5P6OA 3SABA 5C9FA 3R0WA 5DGUA 1EPME 5P2FA 4FRIA 1FQ8A 5P89A 5OZ3A 5DGWA 3TOHA 2P3DA 4AZYA 5HTZA 2HC0A 3INHA 5P66A 2IRZA 4TVGA 4KUPA 4L1AA 2QNNA 5P17A 1J71A 3VSWA 2HAHA 4GZFA 5P6BA 5OYXA 2BPWA 4RCDA 5P2VA 2AOEA 5P0RA 4WY1A 3HDKA 3KM4A 3UQRA 2WHHA 1NSOA 4Y4ZA 3GI6A 1MSNA 4Y3LA 5P09A 3SKFA 4HDBA 1FKNA 2VNMA 5UPJA 3QVIA 2PSGA 4IVSA 5P6LA 2BPZA 2IL2A 2IKUA 3BUFA 5P27A 5OYUA 4Y57A 1F7AA 4CPTA 3EKWA 1UPJA 5P12A 3CKRA 3GI4A 2FDPA 1FB7A 4Y3RA 2XFJA 1HSIA 4B1CA 3SQFA 3L5BA 1MRXA 1K6TA 5P18A 3O9GA 3K5GA 4Y5GA 1SGZA 5COPA 2NXMA 1HXBA 4Y6MA 5I70A 4Y5NA 5P41A 2V13A 3QBFA 2QCIA 1XS7D 2Q63A 4I1CA 4BELA 2FIVA 5P6YA 2NXDA 5SXNA 2PQZA 4LBTA 2RKGA 2FS4A 2QU3A 3R0YA 2P4JA 5P7OA 5SY3A 3LPKA 2BQVA 1UH9A 5P4DA 2P3BA 5P1AA 5P2JA 3BXRA 4Z22A 4LC7A 3OUDA 4Y4UA 1FMXA 5P0VA 5DQ1A 3VV6A 4GJAA 3EKTA 3TKWA 3LINA 5P8NA 3S45A 1E82E 5P6EA 3L5FA 4FRKA 2PWRA 1YX9A 4B05A 3Q4BA 5P5BA 5IVRA 4Y5AA 5KQXA 3PM4A 4EP2A 3S8IA 3ZKIA 4DQGA 5P4VA 3QRSA 3OXCA 5P24A 2WJOA 2HPFA 4FAFA 4D88A 4D8CA 1D4HA 2VIYA 5E5KA 2NTRA 4K8SA 3OADB 5P1MA 1AVFA 1D4JA 3K5CA 2AZ8A 3UFLA 3CYWA 5P0UA 1TQFA 5HCTA 1FLHA 5F00A 5P2NA 2ZE1A 5P6FA 3G70A 4PZWA 2H6SA 5P13A 3NYGA 2ZHRA 2CEJA 3KDBA 3DV1A 4Y3MA 2WKZA 3PBZA 3QP0A 5P8BA 1EC1A 1HVJA 3KDCA 4Z2ZA 3IAWA 5P0LA 3NU9A 4GJCA 3Q6YA 2PK5A 2SAMA 1EBWA 3QRVA 1K1TA 1HVRA 5P2SA 4EHCA 2OHQA 1WBMA 1MEUA 3NXNA 4Y4WA 3CIDA 5APRE 3DJKA 5P0FA 2NNPA 3UDHA 4CKUA 4ZSQA 5P87A 2MIPA 2BPVA 3FSMA 4DI2A 5P0NA 1LYWB 1EPPE 4TVHA 4J0VA 1HHPA 3K1WA 5P35A 3GI0A 5HD0A 3UDRA 4EQJA 4CP7A 3UHLA 4B72A 4EPJA 3SA9A 3MSJA 5IS4A 1C6ZA 5P5GA 2WF3A 2R3TA 4GB2A 3ZKQA 2B8LA 5P1TA 5P1QA 5SY2A 4Y35A 4QLHA 4OBGA 3OTYA 5P5LA 3KA2A 4B00A 2QD7A 3IVIA 5P73A 1BVEA 2I1AA 4YD6A 5E5JA 2XYEA 5P02A 5P4GA 5P4MA 3SPKA 2OHNA 5P5CA 5OYQA 1B5FB 5P1CA 5ENKA 5P2XA 5P3HA 2QZLA 1SDVA 4RROA 4BFDA 2OHSA 5P67A 5BS4A 3OUBA 2I4UA 5P6VA 2G1SA 5OYZA 4F75A 1HVIA 1W6HA 1OEWA 2FNSA 3QBHA 4ZPEA 4J1EA 5P78A 3OK9A 4NJSA 5P4EA 3D3TA 3VYEA 3INDA 3OUAA 2G20A 2Q64A 3FNTA 3K4VA 1YTGA 2G21A 1BXQA 3NUJA 4ZSPA 1XE6A 5P3TA 5P7BA 1PSOE 3S56A 5P1EA 2WEZA 4FGXA 5P45A 4L6BA 2ZGAA 1GNNA 1LZQA 2O4NA 5P59A 4A6CA 1YM2A 4JPCA 5F01A 3ZL7A 4DJYA 4I0GA 1LS5A 2A4FA 5P1UA 3S43A 4FL8A 3SA3A 4GJ6A 5P8DA 3NU4A 5HDVA 5P4BA 3R1GB 1FQ7A 3BGBA 4Y5KA 4H3IA 4Y56A 5HVPA 4Y39A 3TOGA 1SGUA 3SA5A 3NU6A 5P01A 2Q55A 4DQCA 5CONA 2CENA 3HVPA 1EPQE 2ZYEA 3DV5A 3APRE 4HVPA 4B1DA 2AZ9A 4YOAA 1ODXA 3HZCA 3EXOA 1YTJA 1GVTA 3EMYA 5P4WA 4Q1XA 5P2AA 5P7CA 2WEAA 3RVIA 5P2MA 3JW2A 3LHGA 5B18A 1K1UA 5P8PA 5AH7A 2F3KA 5P3PA 1AIDA 1HIIA 4QJ8A 2G22A 5PEPA 4OBKA 3URJA 2RKFA 4J5JA 5TOLA 4EJ8A 1DIFA 1W6IA 4K4PA 4Y4XA 3SFCA 4K4QA 4COEA 5P6UA 5P0TA 1K2CA 3O9BA 1W51A 2QAKA 1MTBA 4A6BA 2G69A 3KT2A 1IZEA 5P0AA 2G27A 4QJ9A 5P29A 1VIKA 1F34A 1BWAA 4EYRA 5P6ZA 4ER2E 1HVLA 1OEXA 1G6LA 2J9JA 2QK5A 5OZLA 3U71A 3D20A 3FIVA 2OHTA 3UFNA 4XX3A 5P4HA 2EWYA 5P0DA 3Q5HA 5P8IA 3T3CA 1HEGE 4ZIPA 2IKOA 3O9IA 3IXKA 3PCZA 3KFSA 5P32A 1EPNE 4Y3PA 5P2OA 2P3CA 5P6GA 3LPIA 5P4OA 1EBZA 1KJHA 2PH8A 5P8CA 5P75A 4I0DA 2QI1A 1KJGA 4L1AB 5OZMA 4F76A 4TRWA 3LNKA 5P0GA 2F3EA 1LYAA 4NJVA 3PHVA 2ER7E 2PMAA 5OYWA 2QI7A 2NR6A 2QZWA 3DK1A 4DH6A 3HBOA 5P1WA 2NNKA 4R91A 5OZTA 5P1HA 5P70A 4U7VA 1C70A 3I2LA 5KQFA 5HDXA 1TCXA 1ZPAA 2I0DA 1RV7A 1MERA 1YTHA 3I25A 4Y37A 3CKPA 1UH7A 4J0YA 2RENA 1QBUA 3DCRA 3T6IA 4Y36A 4RGHA 3S7LA 5P5SA 4RYCA 5P84A 3KYRA 3TH9A 5OZIA 3Q70A 2Z54A 2ZJHA 4FSEA 1EC3A 1A94A 5P6JA 4AUCA 5P55A 1DMPA 5I3VA 5P8QA 5CLMA 3ZLQA 3VSXA 1META 3T11A 2ZDZA 4J0ZA 4OBZA 1FG8C 3WSJA 3UDYA 1LV1A 3H0BA 1PPKE 4Y3FA 4R8YA 2AOJA 3KDDA 4OD9A 5P4NA 5OZ7A 4RCEA 5P07A 5OZHA 1Z1RA 5OZUA 2Q15A 2QU2A 4YCKA 3R2FA 4DPIA 2P3BB 3ZKGA 3VF5A 4DJPA 3NR6A 3OAGA 4GJ9A 5P7SA 2AODA 3OUDB 1D4SA 2PC0A 4HLAA 4GJDA 5AHAA 5P2RA 4HZTA 5P2CA 5P7JA 5P1LA 2V10C 4Y3WA 3KF0A 3INEA 4RVJA 1ODYA 3JVYA 2F3FA 3NDXA 3O9AA 1XN2A 5P8GA 4LXKA 4OBFA 3OGQA 5P3JA 5BWYA 5P4ZA 3TL9A 2QI6A 1APVE 3BUHA 5P11A 5P8MA 3PBDA 1AAQA 5P2ZA 3INFA 1SMRA 1HXWA 4ACUA 2FGVA 2AVMA 3ER3E 4FRSA 5P0KA 2G1RA 5P03A 4I11A 4DPFA 1FQ6A 3KT5A 5DQ2A 4DQEA 4H1EA 3TOFA 1IZIA 2ZHSA 2IGXA 3UDJA 3CKTA 5P0IA 1FMBA 1GVUA 5P7AA 4MC2A 1IVQA 1RQ9A 3TLHA 1ZSFA 4LXAA 5P3GA 1HVHA 2I4XA 4FCOA 3PB5A 5OZKA 5P8KA 4ZSMA 4Y54A 3JVWA 1LEEA 3WZ7A 2PYNA 1SBGA 3SKGA 4TRYA 3VF7A 3OU4A 4YE3A 1JLDA 5P6WA 2FDDA 4GIDA 3NDTA 5OZPA 5P69A 2R5QA 3S2OA 4Z50A 1HOSA 5P44A 2HS2A 4RRSA 4DJOA 3EC0A 3OQDA 3H5BA 4J54A 1IDBA 2RSPA 3ER5E 1ZLFA 5P52A 4M8YA 1HRNA 3EL9A 4LXMA 5P8SA 2P83A 2P8HA 5OZBA 3KN0A 2IQGA 1MUIA 1EPLE 4Y51A 1VIJA 2HB3A 2ZJIA 1TCWA 4Y45A 5P2DA 2ZHVA 2HM1A 5P0MA 1ME6A 1HVSA 1HPVA 5P5XA 4YD7A 1APWE 3SO9A 4H3FA 3ST5A 3I6OA 4JPEA 3OU1A 2I0AA 2Q5KA 5P0XA 2FXEA 5P1OA 3EL0A 5P16A 1G2KA 5P3ZA 4EXGA 3ZKNA 2ER0E 5P4PA 3IGBA 1IDAA 1NPVA 3SLZA 6APRE 3L38A 1FQXA 4Y5PA 4BEKA 3SA8A 3GGXA 3PGIA 4RRNA 3HVGA 3CMSA 3FNSA 4FM6A 3PSGA 1HWRA 4MC1A 5OZAA 1Z8CA 2WF1A 2IENA 3ECGA 3EBZA 2B7FA 4I0EA 5P7NA 4B1EA 5KQZA 4NJTA 4U7QA 2HPEA 4PZXA 3LIXA 4Y44A 4I0JA 1QBTA 1FFFC 3UQWA 2OHUA 3AUPA 2XYFA 3BUGA 5P64A 3RSVA 4DJVA 4YHQA 5P3FA 2QI4A 1E81E 5P2BA 5P5PA 5DR8A 3RTNA 4Y9WA 1PFZA 1DAZC 1MSMA 1PPME 5P7MA 5P6TA 5P2HA 3O9EA 2FGUA 1AXAA 1IZDA 5T4SA 3EKXA 4DVFA 3L5CA 1Q9PA 4Q1WA 5KR2A 3VLBA 2NXLA 2ER9E 2ZJMA 4JP9A 5P5ZA 3EM4A 5P7YA 4K9HA 2PSUA 4YBIA 2HB4A 5P04A 2B42A 1CMSA 1SIVA 1WBKA 2ZJLA 3S43B 2QMGA 5OZ5A 1HTFA 4F73A 2F80A 5I3WA 5OZ2A 3VG1A 1KJ4A 2HB2A 4Y5LA 3PMUA 5OZ9A 5HE5A 5OZVA 2QI5A 5P6IA 4HEGA 1UH8A 3MXEA 1W5XA 1TW7A 3VLAA 3GGUA 3K5FA 2P3AA 4EXHA 1T7KA 3NU3A 4Y5MA 5OZ8A 4E43A 5P6RA 2VIJA 1AZ5A 3CICA 1D4LA 2R5PA 2G1YA 1BDQA 1K6VA 5P25A 3PMYA 3SACA 4LP9A 4DQHA 2IDWA 5P2TA 1EC0A 1A9MA 3LZYA 5P83A 1B6LA 5P54A 5P85A 3VYDA 4D85A 1BV7A 5P5VA 1FMUA 5P4JA 5BRYA 4YOBA 4GJ8A 5P2IA 2G1NA 5P5AA 1SDTA 5P43A 4J1KA 5P7FA 1ZP8A 4Y3YA 3NSHA 4Y5EA 5P47A 5P5MA 1YM4A 5P3IA 1B6PA 5P5KA 1XL5A 4RVXA 4JECA 2NMYA 3O9HA 5P2YA 5P5DA 4ZE6A 4JOOA 3NU5A 4Y3AA 5P4TA 4Y3HA 4PYVA 1SMEA 5P4SA 3LZVA 1GVVA 3BVAA 3OWNA 5P4YA 3RTMA 3APPA 2J9JB 5P3YA 5P2QA 2WF4A 5P1BA 3OXXA 3UF3A 4N00A 3TNEA 1MRWA 3L59A 5COOA 4FRJA 4Y50A 1ZPKA 5P3WA 3D1XA 4FLGA 3VF3A 3QVCA 1XL2A 5OZXA 5P5JA 3L5DA 5P6SA 5P0CA 3S85A 1YG9A 3ZPTA 5P5EA 2G1OA 4F74A 4Y3TA 1T6EX 4R93A 5OZ4A 4NPTA 3EKPA 4RCFA 2XFIA 2OAHA 5P7QA 3LPJA 3S53A 3KMXA 1EAGA 2AOIA 3PWMA 1QBSA 1XE5A 2RMPA 5DR4A 5P1FA 3QS1A 5P7DA 3UDMA 4YA8A 5P0BA 1HVCA 6UPJA 4Y4GA 1XDHA 3LITA 2QD6A 1APUE 3RU1A 4CPQA 3NXEA 3HW1A 2R9BA 4KE1A 5HDZA 2VKMA 5P0OA 5P61A 3R4BA 3O9LB 5P14A 1NPWA 5P6PA 5P48A 5OZZA 4I0ZA 4Y4JA 3VV7A 5P8LA 1MT8A 4GMIA 5P5UA 1SIPA 5DR3A 5P3LA 3O99A 4Y53A 2QMFA 3EKVA 3QRMA 2PSVA 5IVQA 4QGIA 5P3SA 5P7XA 1BBSA 3PWRA 4OBZB 5P4IA 4Z4XA 4LL3A 1LYBA 5P0QA 5P4RA 2I4QA 5P86A 5P8VA 2O4KA 3N4LA 1G35A 1XN3A 2V12C 4OD9B 3RTHA 2AOFA 2VJ9A 3URLA 2AZBA 2NMZA 5OZNA 1W5YA 5P57A 5P56A 4BFBA 2B7ZA 2QP8A 3LZUA 1BAIA 3BVBA 5P5QA 5OYRA 1EBYA 3OAGB 2VS2A 1NPAA 4Y4EA 1DP5A 2G24A 1TZSA 3FX5A 3OTSA 5P80A 4FAEA 5IVTA 5C9DA 2OHKA 1B6MA 5P30A 4ER4E 1SDUA 4DUSA 1GNOA 2WL0A 1C6XA 5P3EA 5P8OA 3PCWA 3NLSA 4DFGA 2OHMA 3PSYA 5P0HA 3OHHA 5P2KA 3EM3A 2VA7A 4XXSA 1T7IA 3ZKSA 3EM6A 2FXDA 5ENMA 1FEJC 1FIVA 2O40A 1HTEA 5P7WA 3KFPA 5P1GA 5P6CA 3UDPA 2Q11A 1RNEA 2I4WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HU0 A;  1LF3 A;  4YCT A;  3AID A;  3ZOV A;  3F9Q A;  5AHB A;  3OQ7 A;  1PSN A;  2QMD A;  3PJ6 A;  3L5E A;  2AZC A;  2OF0 A;  4J1C A;  5P1I A;  4Y3G A;  4I10 A;  3SAA A;  5P42 A;  5P58 A;  3VUC A;  5P6O A;  3SAB A;  5C9F A;  3R0W A;  5DGU A;  1EPM E;  5P2F A;  4FRI A;  1FQ8 A;  5P89 A;  5OZ3 A;  5DGW A;  3TOH A;  2P3D A;  4AZY A;  5HTZ A;  2HC0 A;  3INH A;  5P66 A;  2IRZ A;  4TVG A;  4KUP A;  4L1A A;  2QNN A;  5P17 A;  1J71 A;  3VSW A;  2HAH A;  4GZF A;  5P6B A;  5OYX A;  2BPW A;  4RCD A;  5P2V A;  2AOE A;  5P0R A;  4WY1 A;  3HDK A;  3KM4 A;  3UQR A;  2WHH A;  1NSO A;  4Y4Z A;  3GI6 A;  1MSN A;  4Y3L A;  5P09 A;  3SKF A;  4HDB A;  1FKN A;  2VNM A;  5UPJ A;  3QVI A;  2PSG A;  4IVS A;  5P6L A;  2BPZ A;  2IL2 A;  2IKU A;  3BUF A;  5P27 A;  5OYU A;  4Y57 A;  1F7A A;  4CPT A;  3EKW A;  1UPJ A;  5P12 A;  3CKR A;  3GI4 A;  2FDP A;  1FB7 A;  4Y3R A;  2XFJ A;  1HSI A;  4B1C A;  3SQF A;  3L5B A;  1MRX A;  1K6T A;  5P18 A;  3O9G A;  3K5G A;  4Y5G A;  1SGZ A;  5COP A;  2NXM A;  1HXB A;  4Y6M A;  5I70 A; 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 2QAK A;  1MTB A;  4A6B A;  2G69 A;  3KT2 A;  1IZE A;  5P0A A;  2G27 A;  4QJ9 A;  5P29 A;  1VIK A;  1F34 A;  1BWA A;  4EYR A;  5P6Z A;  4ER2 E;  1HVL A;  1OEX A;  1G6L A;  2J9J A;  2QK5 A;  5OZL A;  3U71 A;  3D20 A;  3FIV A;  2OHT A;  3UFN A;  4XX3 A;  5P4H A;  2EWY A;  5P0D A;  3Q5H A;  5P8I A;  3T3C A;  1HEG E;  4ZIP A;  2IKO A;  3O9I A;  3IXK A;  3PCZ A;  3KFS A;  5P32 A;  1EPN E;  4Y3P A;  5P2O A;  2P3C A;  5P6G A;  3LPI A;  5P4O A;  1EBZ A;  1KJH A;  2PH8 A;  5P8C A;  5P75 A;  4I0D A;  2QI1 A;  1KJG A;  4L1A B;  5OZM A;  4F76 A;  4TRW A;  3LNK A;  5P0G A;  2F3E A;  1LYA A;  4NJV A;  3PHV A;  2ER7 E;  2PMA A;  5OYW A;  2QI7 A;  2NR6 A;  2QZW A;  3DK1 A;  4DH6 A;  3HBO A;  5P1W A;  2NNK A;  4R91 A;  5OZT A;  5P1H A;  5P70 A;  4U7V A;  1C70 A;  3I2L A;  5KQF A;  5HDX A;  1TCX A;  1ZPA A;  2I0D A;  1RV7 A;  1MER A;  1YTH A;  3I25 A;  4Y37 A;  3CKP A;  1UH7 A;  4J0Y A;  2REN A;  1QBU A;  3DCR A;  3T6I A;  4Y36 A;  4RGH A;  3S7L A;  5P5S A;  4RYC A;  5P84 A;  3KYR A;  3TH9 A;  5OZI A;  3Q70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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