5IVTA

Crystal structure of hiv protease complexed with [(1s)-1-[(s)-(4-chlorophenyl)-(3,5-difluorophenyl)methyl]-2-[[5-fluoro-4-[2-[(2r,5s)-5-(2,2,2-trifluoroethylcarbamoyloxymethyl)morpholin-4-ium-2-yl]ethyl]pyridin-1-ium-3-yl]amino]-2-oxo-ethyl]ammonium
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivtA00
2IENA 2VNMA 3DCKA 3UDRA 2NMZA 4CPXA 3OGQA 3INDA 3EL9A 5P44A 3OU4B 2AODA 4PHVA 4WY1A 4OBZA 5P60A 5KR0A 1D4KA 1ME6A 4HZTA 3OQFA 4EWOA 5P71A 3PJ6A 4I0ZA 3UHLA 3Q4BA 5P5JA 5P3DA 4YDFA 4FSLA 5P0XA 3TPJA 4FRKA 3SAAA 3OOZA 1RQ9A 3PSGA 5P06A 2FNSA 4J5JA 4J1HA 1DMPA 1EPLE 1FF0C 3PBZA 2JJIA 4F76A 4YOAA 3VF7A 2WKZA 5P7ZA 5AH6A 3RVIA 1HVRA 5P5RA 2P3BA 2WJOA 2G21A 3TTPA 5OZLA 5P15A 4DJWA 5P01A 1SGZA 5P2OA 2I4WA 5P0OA 1HVKA 2FIVA 5P1QA 5BWYA 1DIFA 3ZKXA 1FGCC 5P37A 4CPWA 3CYWA 5P3QA 3L5FA 3O99A 4F75A 2PYMA 5DPZA 3OU1A 1JLDA 2P8HA 5HVPA 2G69A 4GJDA 5F01A 2VIZA 3ZKQA 5P4TA 5P41A 3Q6YA 5P11A 5P24A 1ZTZA 4APRE 5AH7A 4DJVA 5P8BA 3VFAA 5P64A 5OZQA 3O9IA 5P5WA 4EP3A 1KJFA 5TOLA 5P63A 5HTZA 3ZKMA 3UDYA 4HEGA 3WZ8A 3IXOA 4XX3A 5AGZA 2OHNA 1TQFA 4Y3ZA 1M4HA 5P3TA 4YBIA 5ISKA 3K4VA 5P4KA 1RNEA 5OZCA 1HXWA 3KMYA 4RVJA 2G1OA 2XYFA 3IGBA 2QI7A 3DV5A 2H6SA 1FB7A 2IQGA 2WECA 1XE6A 3UQXA 2RKGA 3IXKA 1LF2A 2PH8A 3ER3E 4DJQA 5P8LA 4DQHA 2F80A 3VCMA 2VS2A 4DJUA 2I4UA 4TVHA 1T7KA 3G6ZA 2QD6A 5P3AA 3OTYA 5P3CA 2F3EA 1SBGA 3UDMA 1GNMA 1FFFC 3N4LA 3PB5A 2FLEA 5P5AA 3UQWA 4YD5A 1BDLA 3L59A 5DQCA 4Y4JA 4RVXA 4L1AA 5P6AA 3C9XA 3H0BA 1BAIA 5P4HA 3T6IA 5P07A 2AVVA 3TLHA 5P05A 4JOOA 1MT9A 3NU3A 2IDWA 1HVHA 4BELA 5SY2A 2ZGAA 1ER8E 3A2OA 4F74A 5P7UA 1MIQA 5I3YA 4Y3WA 5DQ4A 5OZUA 5P6MA 5P04A 4YCKA 1OD1A 3GGAA 5P8IA 5P88A 3KDBA 1YTHA 2V10C 3LIVA 4ZSRA 3UDJA 1EC1A 3APPA 3QS1A 5P6FA 1EC3A 3S43B 1MT8A 2IGYA 1HRNA 4QJ6A 4Z4XA 5P2EA 1W5XA 4Y5KA 3S53A 4OBDA 3BUHA 5P4IA 5P8SA 1MEUA 4Y48A 4Z50A 2ER6E 2Q5KA 1GVVA 2OHSA 2G94A 3T7XA 1Q9PA 5AHAA 4Q1NA 4Y4EA 2R3WA 5FIVA 2I4QA 5P2TA 1BWAA 2FDEA 5P8NA 2V11C 5P5NA 5P00A 5P8UA 5P1MA 3U71A 1HIVA 2CEJA 4NJTA 5IVSA 5P1BA 2B8LA 4QJ8A 2B60A 3EL0A 3LHGA 5OZ5A 5HCOA 1MRXA 1E5OE 3GI0A 5P82A 4AMTA 3OTSA 5P1JA 5OZ8A 5P5LA 4EJ8A 5P8HA 3OXVA 1ENTE 3PWMA 3KYRA 4EXGA 3VV7A 3FNTA 2R43A 1C6XA 1XDHA 3SM2A 5P1RA 3KFPA 4Y3MA 2XYEA 4CPSA 4OBGA 3CMSA 1C6YA 4Q1YA 4Y44A 5SZ9A 4LAPA 3OU4A 3PVKA 3EKYA 5P5BA 5P3MA 5P6ZA 2P3AA 3S7LA 5P3JA 1KJGA 5P8EA 3MSLA 4Y3DA 4ZEAA 1AXAA 4Y4XA 5P51A 3UDNA 1EEDP 1SDTA 3TOGA 4YHQA 4CPUA 2QNQA 2ZJKA 3SM1A 5KOSA 4E43A 5P78A 5OZXA 1BVGA 1MT7A 4TRWA 5P8KA 4BFBA 1F34A 5EZXA 3URIA 4LXMA 2B7ZA 4Y41A 4FL8A 5P8CA 2A4FA 5F00A 5P5MA 2PMAA 2AVMA 4H1EA 2IS0A 2HC0A 2Q55A 3PMYA 2IGXA 3S56A 3HAWA 2UPJA 4GJAA 3PBDA 4M8YA 5HU1A 5P4JA 5P0ZA 3D1YA 4R8YA 2JYSA 4Y4WA 3HD8A 5P46A 1SP5A 1KJHA 3IAWA 3K5DA 5P3SA 2VIYA 3URLA 4ER1E 2FGVA 3HVPA 5P6TA 3NLSA 5P83A 3OADA 4Y3AA 1VIJA 4YOBA 5P7CA 2QMDA 1K6TA 1FMUA 5OZPA 3NU9A 4DJYA 5P7PA 5P43A 4R92A 5E5KA 4HVPA 1YX9A 4EHCA 1MERA 4Y3RA 4LBTA 2AOJA 2H6TA 5P0FA 1IDBA 4H3GA 1IZEA 5I70A 5P17A 5P8MA 5P6CA 3O9GA 3HDKA 1HPSA 4Y38A 4I8ZA 4XKXA 3FIVA 5KR8A 3ST5A 4XX4A 3GI4A 3IVHA 4Y4AA 5P19A 4L7HA 3BXSA 3SKGA 2ZJHA 3SA9A 3MXDA 3VYFA 3G70A 3QN8A 4OBHA 2G1YA 5OZWA 3NXEA 5OZOA 4DQEA 4LXAA 3BVBA 5OYWA 1YTGA 2AVOA 2O4LA 2ANLA 4NPUA 5P49A 3S45A 1PPKE 2QI1A 5P0IA 1BDRA 3R4BA 3PRSA 5OYUA 5P1PA 1META 3S7MA 3VLBA 1TCWA 3ZKNA 2WF4A 3O9EA 2ZHUA 3EKQA 4YD6A 5IVTA 2OF0A 5P1SA 1FMXA 1QBSA 5P0CA 2PSGA 5HDZA 5P6YA 4J0ZA 1EC2A 1WBKA 3KMXA 3PMUA 3T7PA 2G27A 4AZYA 6APRE 4DVFA 2B8VA 1CPIA 5P14A 1LYWB 4DPFA 1M43A 7HVPA 1QRPE 5P1UA 3T7QA 5P2ZA 4LL3A 1A8GA 1SDUA 5P1IA 2XFJA 2MIPA 4COEA 2AVQA 1HIHA 5P4WA 4ER4E 1ZSFA 5P2NA 4RYCA 5P7KA 5P3OA 2J9JB 1W51A 3L5CA 5P3XA 2HS2A 4CPTA 2Q15A 2Q3KA 2VJ7A 5P0RA 4Y4TA 1XE5A 2G1RA 2O40A 1T7JA 2IRZA 3VSWA 5P4EA 3S43A 3U6AA 1HVLA 4DFGA 5P7WA 3OAGB 4RYGA 5P48A 3GGUA 1ODYA 3L3AA 4HE9A 5P1CA 2Q63A 4I11A 1HIIA 5KQYA 5KOQA 3I7EA 3S54A 2QNNA 4CPQA 4JP9A 4OD9B 3H5BA 5P6KA 1N49A 1YTJA 3I25A 5P3HA 2QZLA 5P6GA 5SY3A 2QZKA 4L7GA 1AZ5A 5P22A 5P27A 1TCXA 1BBSA 4K4QA 5OYZA 3OY4A 5P6QA 4Y3HA 4ZPFA 3L38A 2APRA 4FRSA 3Q3TA 3DUYA 2P3DA 3SA5A 2PQZA 4AA8A 2F8GA 1B6PA 5ISJA 1EPQE 3BVAA 3O9FA 5DR0A 1BILA 3I8WA 4HA5A 3UPJA 4Z22A 4ZSPA 1W5WA 2BPVA 3CKPA 4OC6B 1IIQA 3L58A 5OZTA 1E80E 1MSNA 4B70A 1NPWA 4PEPA 2AZ8A 4CP7A 2AOHA 1FG6C 5P6IA 5P3ZA 5P59A 2O4SA 3OUDB 4ER2E 3IXJA 1XL5A 2VNNA 5P4UA 4J0VA 3RTMA 4PPHA 3PLDA 5IVRA 3NDUA 5P2DA 2NNPA 2FMBA 3VUCA 5P6SA 3K5CA 3QRVA 3LZUA 5AHBA 3RSXA 4EJDA 3PM4A 3HBOA 5P0WA 5P3GA 4Y43A 2FNTA 2UXZA 5P0HA 2ER7E 1LYAA 4Q5MA 1MVPA 5P4GA 4FLGA 3FNSA 3B7VA 3OQKA 5P39A 1FQ7A 5P1FA 4YD4A 4XXSA 2QI4A 1UH9A 2R5QA 2B7FA 3PSYA 4J1EA 4Y3LA 3F9QA 2HPEA 3QRSA 1APWE 3BUGA 5P79A 4MC6A 5P0BA 5P4SA 5OZKA 4I12A 5OYTA 5P5OA 4TRYA 3R1GB 5P2VA 1NSOA 2G1NA 2NNKA 5P3EA 4M8XA 2HB2A 1ZLFA 1SDVA 1EPPE 5P81A 1TSQA 2VA5A 5P3BA 5P7AA 5SXNA 5P3KA 5P3FA 1E81E 2WEBA 2ER0E 2OHQA 4PZXA 1PSAA 4JECA 3NWQA 2G1SA 2NXDA 4D8CA 6UPJA 4K9HA 5JFPA 5KQZA 1PROA 5P2AA 1HTGA 5P02A 5P1EA 3OQ7A 4DI2A 4GYEA 4QJ2A 3VYEA 1HPOA 2IL2A 3SPKA 3TH9A 2ZJNA 1HOSA 3QVCA 5P5YA 3IN3A 2BPXA 1ZP8A 5P1KA 2V16C 1AIDA 3EM4A 4B72A 2QMPA 5P4AA 1EPNE 4A6BA 4HDPA 3NUJA 3SA3A 9HVPA 1FKNA 2P83A 4Y3QA 3SA7A 3O9LB 5P2UA 5P2CA 3EL1A 3UDKA 5HD0A 1EAGA 4ZE6A 1FMBA 4RGHA 1IDAA 2I4XA 1YTIA 5P8AA 4IVSA 3SACA 3S85A 5P68A 3PEPA 1NPAA 4AUCA 5P12A 1T7IA 2HPFA 5P4FA 3LPJA 5HDXA 1LYWA 1ZBGA 3PWRA 1SH9A 1G6LA 4Y3YA 2PSUA 3OQAA 2AIDA 3D1XA 3D1ZA 1SMRA 4DJRA 1ODXA 1KZKA 2IKOA 1TZSA 1XN3A 2AOFA 1D4LA 2VJ9A 2J9JA 3BGCA 5P6VA 4RROA 3IN4A 4S1GA 3K1WA 1EBYA 4QLHA 3RTNA 2QI0A 5P0EA 4R95A 2ZHSA 5DGWA 2BJUA 5P7LA 5P31A 5AH8A 5P5CA 5DQ1A 1F7AA 5OZJA 1PFZA 3DV1A 3KT2A 4IVTA 5ENMA 4I8WA 3MSJA 4BFDA 3K4VC 4I0EA 1T6EX 4OBFA 1PPME 3GI5A 5P0PA 4EQ0A 2V12C 4PZWA 3VF3A 2Z54A 5DR1A 4J1FA 5P6OA 3VV6A 4B00A 4OD9A 1GVXA 4I10A 4U8WA 5P4QA 1W5YA 1W6HA 5P7VA 3KFRA 3ZKIA 2R3TA 3QVIA 1FQ8A 3INEA 2WEDA 5P65A 4AA9A 2FGUA 2AVSA 5P5UA 1EPME 5P1NA 2RENA 5P67A 3K5GA 1ZJ7A 1T6GA 4B1EA 3RTHA 5P6EA 3UFLA 1HEGE 3MXEA 5P4VA 5OZZA 5P6JA 5OZDA 2NMYA 5P25A 4APEA 4Y5EA 5P16A 2QD7A 3INFA 1FIVA 4GJ6A 1J71A 3UFNA 2NR6A 3SKFA 5P3LA 4OC6A 1HPVA 3OK9A 5P8RA 1OEWA 1HTEA 2FXDA 5P58A 4ACXA 6FIVA 1TW7A 5P4BA 4FM7A 3BRAA 5P1AA 5P2WA 4PYVA 5P7NA 4DQGA 3OUDA 4FE6A 5ENKA 5P7IA 4Y36A 3OQDA 2VJ6A 2AZBA 2O4PA 5P6NA 4OBKA 4I0HA 3Q5HA 1K6PA 4X2LA 3QI1A 2F3FA 2CEMA 1EBWA 5P6BA 4YE3A 3OXXA 3EMYA 2AOGA 3LPIA 3NU5A 2WEAA 2WF3A 4RCFA 1APVE 1B6LA 4FSEA 4I0FA 5P3PA 4OBZB 1MPPA 4Y57A 3FV3A 3D3TA 4FM6A 3ZMGA 3OUAA 4NJVA 4KB9A 5P8FA 3WB5A 2HM1A 4D88A 3HLOA 2EWYA 1RL8A 1XN2A 4B0QA 5HE5A 3VSXA 4EP2A 3SO9A 4B77A 4TRZA 3VFBA 3MSKA 3BXRA 2PC0A 5P32A 5P4MA 4YA8A 5OZHA 1FQ6A 1HTFA 5P2BA 3INHA 5OZNA 5P2GA 3EKTA 5HDVA 3KDCA 4K8SA 4Y5PA 1UH7A 5P2KA 5P1LA 5P30A 5HCTA 4J1KA 3LZSA 3FKTA 5P0KA 3QP0A 5OZYA 5P20A 1T3RA 1EPOE 3SQFA 5P1VA 4Y6MA 5OZSA 7UPJA 5P7XA 2BPWA 1MTRA 5P53A 2I4DA 4Y3XA 3PHVA 3PCWA 5P26A 5P1WA 2AZ9A 2HS1A 1IBQA 1VIKA 4HDBA 3I6OA 4Y5LA 3UDHA 5P3YA 2I4VA 2O4KA 4RVIA 1U8GA 2A1EA 3QBFA 1EBKC 2JJJA 3ZOVA 4LXKA 4ZPEA 1HVJA 1LF3A 3BGBA 5P0UA 3VV8A 2XFIA 4R5NA 5OZ0A 3QPJA 1C6ZA 2V0ZC 4WTUA 4ZPGA 5P8OA 3L5BA 4DH6A 2OHRA 5P50A 3OU3A 4DQCA 3R0YA 5P42A 5B18A 4DJXA 5P13A 5P1XA 1AM5A 2G22A 3QRMA 5P80A 2OHKA 4GIDA 5P0QA 5P1ZA 4RRNA 3CKRA 4U7QA 5P0AA 5P08A 2QI3A 5P7DA 1A8KA 2QI6A 5P7GA 5P0GA 2ZHVA 5P4RA 3UDQA 3LITA 4Q1XA 3WB4A 2OHLA 3D91A 2Q11A 5P7OA 5P55A 4J0PA 3TNEA 2PK5A 2V13A 3TPRA 4DQFA 5P1YA 1ZPAA 4Y3EA 3TL9A 3L5DA 2ER9E 4YCTA 1PSNA 1DAZC 4L7JA 5P0DA 5P4PA 4BEKA 2J9KA 4Y4UA 5P2RA 2V00A 2WHHA 3M9FA 2QCIA 1HWRA 2RMPA 2QU3A 5KR2A 1GVUA 3ZPSA 2B42A 4J1CA 2WL0A 3DOXA 4NJUA 5P7FA 5P0MA 2FDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IEN A;  2VNM A;  3DCK A;  3UDR A;  2NMZ A;  4CPX A;  3OGQ A;  3IND A;  3EL9 A;  5P44 A;  3OU4 B;  2AOD A;  4PHV A;  4WY1 A;  4OBZ A;  5P60 A;  5KR0 A;  1D4K A;  1ME6 A;  4HZT A;  3OQF A;  4EWO A;  5P71 A;  3PJ6 A;  4I0Z A;  3UHL A;  3Q4B A;  5P5J A;  5P3D A;  4YDF A;  4FSL A;  5P0X A;  3TPJ A;  4FRK A;  3SAA A;  3OOZ A;  1RQ9 A;  3PSG A;  5P06 A;  2FNS A;  4J5J A;  4J1H A;  1DMP A;  1EPL E;  1FF0 C;  3PBZ A;  2JJI A;  4F76 A;  4YOA A;  3VF7 A;  2WKZ A;  5P7Z A;  5AH6 A;  3RVI A;  1HVR A;  5P5R A;  2P3B A;  2WJO A;  2G21 A;  3TTP A;  5OZL A;  5P15 A;  4DJW A;  5P01 A;  1SGZ A;  5P2O A;  2I4W A;  5P0O A;  1HVK A;  2FIV A;  5P1Q A;  5BWY A;  1DIF A;  3ZKX A;  1FGC C;  5P37 A;  4CPW A;  3CYW A;  5P3Q A;  3L5F A;  3O99 A;  4F75 A;  2PYM A;  5DPZ A;  3OU1 A;  1JLD A;  2P8H A;  5HVP A;  2G69 A;  4GJD A;  5F01 A;  2VIZ A;  3ZKQ A;  5P4T A;  5P41 A;  3Q6Y A;  5P11 A;  5P24 A;  1ZTZ A;  4APR E;  5AH7 A;  4DJV A;  5P8B A;  3VFA A;  5P64 A;  5OZQ A;  3O9I A;  5P5W A;  4EP3 A;  1KJF A;  5TOL A;  5P63 A;  5HTZ A;  3ZKM A;  3UDY A;  4HEG A;  3WZ8 A;  3IXO A;  4XX3 A;  5AGZ A;  2OHN A;  1TQF A;  4Y3Z A;  1M4H A;  5P3T A;  4YBI A;  5ISK A;  3K4V A;  5P4K A;  1RNE A;  5OZC A;  1HXW A;  3KMY A;  4RVJ A;  2G1O A;  2XYF A;  3IGB A;  2QI7 A;  3DV5 A;  2H6S A;  1FB7 A;  2IQG A;  2WEC A;  1XE6 A;  3UQX A;  2RKG A;  3IXK A;  1LF2 A;  2PH8 A;  3ER3 E;  4DJQ A;  5P8L A;  4DQH A;  2F80 A;  3VCM A;  2VS2 A;  4DJU A;  2I4U A;  4TVH A;  1T7K A;  3G6Z A;  2QD6 A;  5P3A A;  3OTY A;  5P3C A;  2F3E A;  1SBG A;  3UDM A;  1GNM A;  1FFF C;  3N4L A;  3PB5 A;  2FLE A;  5P5A A;  3UQW A;  4YD5 A;  1BDL A;  3L59 A;  5DQC A;  4Y4J A;  4RVX A;  4L1A A;  5P6A A;  3C9X A;  3H0B A;  1BAI A;  5P4H A;  3T6I A;  5P07 A;  2AVV A;  3TLH A;  5P05 A;  4JOO A;  1MT9 A;  3NU3 A;  2IDW A;  1HVH A;  4BEL A;  5SY2 A;  2ZGA A;  1ER8 E;  3A2O A;  4F74 A;  5P7U A;  1MIQ A;  5I3Y A;  4Y3W A;  5DQ4 A;  5OZU A;  5P6M A;  5P04 A;  4YCK A;  1OD1 A;  3GGA A;  5P8I A;  5P88 A;  3KDB A;  1YTH A;  2V10 C;  3LIV A;  4ZSR A;  3UDJ A;  1EC1 A;  3APP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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