5IVTA

Crystal structure of hiv protease complexed with [(1s)-1-[(s)-(4-chlorophenyl)-(3,5-difluorophenyl)methyl]-2-[[5-fluoro-4-[2-[(2r,5s)-5-(2,2,2-trifluoroethylcarbamoyloxymethyl)morpholin-4-ium-2-yl]ethyl]pyridin-1-ium-3-yl]amino]-2-oxo-ethyl]ammonium
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivtA00
3BUHA 2I4UA 4Y3SA 2O40A 3EM4A 1W6IA 4J1KA 1DP5A 4B70A 3EL0A 2WF2A 3FNUA 5P2AA 2F3KA 1FMXA 3QVCA 4ZSRA 2PH8A 4ER1E 3WZ7A 1IVPA 5DGUA 5P3WA 4YDFA 3UDPA 4FCOA 3S85A 3OADA 5P03A 1K6CA 2JE4A 5I3XA 4Y38A 1ZSRA 3CIDA 1HOSA 5P7EA 4YA8A 5P71A 1W50A 1RPIA 1EBZA 2ZHRA 5P3AA 1E5OE 2HS1A 3Q3TA 5P1JA 3EM3A 2RSPA 2B8LA 1DIFA 3PCZA 3D3TA 4Q1WA 2AOCA 5OZAA 3EKXA 5HVPA 5KOQA 5KR8A 1APUE 2QD7A 4Y5BA 2HB3A 4Y44A 4DQEA 3PBZA 1ZSFA 5P3BA 1SDVA 5P2DA 3UF3A 3QN8A 2HB4A 4CPUA 3H5BA 2F80A 5P38A 2XYFA 1B5FB 2SAMA 4F75A 4EQ0A 5I3YA 2VA7A 1D4IA 2OHPA 1MRXA 2WF4A 4Z2ZA 5P2LA 1HVIA 3TKGA 3LITA 3SKGA 3VSWA 3KM4A 3ECGA 3KA2A 3FX5A 5AHBA 3DUYA 4LC7A 2BPZA 5P2OA 3LPIA 4Q1YA 4L1AB 3TLHA 2H6SA 1EPRE 2P3CA 2HPFA 6APRE 4B1DA 4RCFA 3CKRA 1ME6A 3LNKA 5P42A 2NR6A 3QIHA 5P78A 1U8GA 4NJSA 4I0JA 1HSIA 4Y3EA 4ZEAA 5P57A 3QPJA 1HSGA 2QK5A 2BPWA 2OHTA 3SAAA 2QU3A 4Y4JA 2A4FA 5P5XA 4FIVA 4GYEA 1SGZA 2G27A 5C9BA 1J71A 3CYWA 5HD0A 5KR1A 6FIVA 1C6ZA 2PH6A 2O4NA 5P1BA 3NU5A 4GIDA 4YOBA 4R91A 2QMDA 5P51A 1BXOA 1MPPA 2P3DA 5P8CA 2BB9A 5P0NA 3UDHA 3QRSA 5E5KA 4Y3MA 2R43A 5P4DA 1K2BA 2QAKA 1VIJA 2WF0A 3GI0A 5P6NA 3UQWA 1W5YA 5P7BA 5P6XA 1B6MA 5P5VA 4F74A 3IXKA 5AH9A 4I11A 1FEJC 4I0ZA 3PWWA 1TSUA 4KE1A 1SIPA 3S7LA 4KE0A 1LYBA 3SO9A 5OYWA 3TPLA 5P7KA 5P2XA 4L6BA 5P8MA 5P32A 1G6LA 5P6AA 3UDKA 4B1EA 2PK5A 1AIDA 1T6GA 5P39A 5P4LA 4J0YA 5P48A 5AH7A 2BPVA 2FXEA 1TW7A 5OZGA 5P1GA 1FFIC 2OHRA 4MC9A 5P0IA 3UFNA 4D8CA 2V10C 1KJ7A 1G0VA 1MIQA 5P09A 4OBZA 3BVAA 5P27A 4Z22A 1BDQA 5P46A 3Q4BA 2PQZA 3RTMA 2NXMA 5P2BA 4OC6B 3D1XA 4PPHA 3NU9A 5I3VA 4Y47A 4QJ7A 1APVE 5P01A 4EJLA 3S7MA 3R0WA 5P7MA 3PBDA 1UH9A 1MVPA 5KAOA 5P2EA 2QI0A 2MIPA 4OBHA 2I0DA 2JYSA 5SZ9A 1QS8A 1SGUA 4YD5A 2ZJMA 4TRWA 3KFRA 4R5NA 3KYRA 3S8IA 5OZJA 3VLAA 2PMAA 2I4QA 4Y4GA 1BWBA 3KFNA 4MC1A 3DM6A 3APPA 5FIVA 2APRA 2HC0A 1BVGA 3OTYA 5P5SA 4KUPA 5P6EA 3KN0A 3F9QA 4K9HA 4R93A 3OQ7A 2B7ZA 1MERA 4I0DA 3SABA 3O9BA 5P1UA 4I1CA 5OZZA 1EC3A 2QMGA 3OXVA 4DQHA 2XFKA 4F73A 3PMYA 3PB5A 4OBDA 1A8KA 1HTEA 1LYBB 3FNTA 1EBKC 4RVIA 5DPZA 5KQXA 1XN2A 3QRVA 4B0QA 5P6GA 1WKRA 5P82A 3IA9A 5P7AA 1N49A 2QZKA 2WEAA 3GW5A 5P3QA 5KOSA 5AHCA 1B6KA 4RLDA 1A9MA 2FXDA 4PZXA 4Y54A 3ZPSA 2FGVA 5COKA 4QJ8A 2XFJA 2PK6A 5P1YA 5P6ZA 4OBZB 2VA6A 1RL8A 5PEPA 5HE5A 3UQRA 1K1TA 5P7WA 1K1UA 3O9DA 1A94A 4HA5A 4BFBA 3LHGA 4D89A 5SY3A 1FG6C 4FS4A 2BBBA 4JPEA 5P0SA 5EZXA 3I25A 2ZHVA 4IVTA 4Y9WA 1FMUA 1SIVA 4J0TA 1BBSA 2XFIA 6UPJA 5P10A 3URLA 1GVUA 2Q64A 4XX3A 2FLEA 4DV9A 1FQ5A 3TPPA 4DPIA 5P8UA 5P3FA 5P6TA 4YE3A 4GJ6A 3T6IA 4DJXA 5P0QA 5KQFA 4A4QA 1EPOE 1META 5EZZA 1SDTA 2VS2A 3NUOA 1RNEA 1HVHA 5OZNA 4YBIA 4D88A 5P5TA 2QZWA 2OHQA 4Y58A 3TH9A 3R1GB 5P19A 3PMUA 3L5BA 3SM1A 3PGIA 5P86A 3VG1A 3A2OA 5P7UA 5P6VA 4LBTA 5ISKA 4CPXA 3PEPA 3SA7A 2JJJA 4FAFA 3L5FA 3WSJA 3MSKA 5P6QA 5P6BA 2QHCA 5P6YA 2UY0A 3EBZA 4J0ZA 4ZSPA 5OZQA 5P59A 5BWYA 3UCBA 3WZ6A 5P5MA 5P3OA 3RVIA 5P6JA 5P1XA 5P37A 1K6VA 5C9DA 5P4AA 3RU1A 5P4IA 3OOZA 3CICA 1XL5A 1GVWA 2OHMA 4LP9A 1K2CA 2I4VA 4QGIA 2F81A 1T7JA 1HVLA 3NDWA 5P73A 4Y3LA 2AVQA 3O9AA 3GI4A 5P3YA 3UQPA 1YT9A 4H3JA 3O9IA 4Y3XA 2ER0E 5P16A 2WKZA 3BUGA 5P55A 3EL5A 3QI1A 4L7GA 1SMRA 5IVSA 2BKSA 5P5KA 2ZJHA 2QD8A 2AOJA 2IENA 4DJRA 1HIHA 2WF3A 5P3GA 5P4KA 1SBGA 1NSOA 1YX9A 3UPJA 3T7XA 5P44A 3OQKA 5P1PA 3O9CA 4GJ7A 1W51A 4I0FA 2V11C 4QLHA 5P4WA 4B00A 4DJOA 2FNSA 2G69A 2I4WA 1PROA 3FV3A 5P85A 2R5QA 4Y4XA 5P1KA 3VV6A 3KFSA 5P3NA 3VV8A 4HZTA 3BGCA 3O9LA 2QD6A 5P49A 3S54A 1LEEA 5P41A 3NSHA 2HIZA 5P4CA 4PYVA 5KQZA 3D20A 1B5FA 1A30A 4CP7A 2ZJJA 3QROA 4DUSA 1BVEA 5P8KA 1DPJA 1HPSA 1HVJA 4EP2A 5P5WA 3UDNA 3UFLA 2O4KA 1BDLA 4K4QA 4RCDA 1AJXA 3ER3E 4Y3RA 2QNPA 5P72A 4L1AA 5KR2A 2A1EA 3LIYA 1ODYA 5P2HA 5AHAA 1W6HA 4D83A 1K6PA 3ZKNA 4Y4TA 1M4HA 1GVTA 3EL1A 5HDZA 3OHHA 4WY6A 3JW2A 2ASIA 1IZIA 4J1HA 2QU2A 5P2UA 5P4VA 2PYNA 1GNNA 5HDVA 5P7DA 4A6BA 3FNSA 3OUAA 4Y3ZA 4B72A 2FMBA 4HVPA 3T11A 1FQ4A 4RYCA 3DCRA 1BV7A 1PPKE 5P4QA 4HLAA 1MT9A 2AOGA 5P7PA 3LZYA 5P00A 4OD9B 4EWOA 4Y4ZA 5P0MA 5OZVA 5P4GA 1ZAPA 3BXSA 4ZPFA 3K5DA 2BKTA 3Q6YA 5IVQA 3N3IA 4Q1NA 1IZEA 4Y35A 4DJQA 1XDHA 5P0PA 4Y37A 5P0CA 5P7TA 5P2FA 3AUPA 4F76A 3SLZA 4Y4AA 4S1GA 1OEXA 1ER8E 3SA9A 1Z8CA 4OBGA 3VFAA 1PSOE 4J1CA 2PYMA 4ZSQA 4HE9A 4FLGA 2Q15A 4AA8A 5P3ZA 5P8HA 4IVSA 2P83A 4Q5MA 3GGVA 5P31A 3O9LB 5OZTA 3VSXA 4J5JA 3IN4A 3KF0A 3R2FA 4YOAA 2BJUA 3BUFA 2CENA 5P33A 3ZL7A 1WBKA 5CLMA 4EPJA 3FKTA 5HTZA 1AAQA 5P3HA 4N00A 2FS4A 4FGXA 4FM8A 2HB2A 5P2CA 5P5IA 7HVPA 2AVSA 5P2GA 5P8EA 5HCTA 5DR1A 3OY4A 5P6FA 2Q3KA 2QI1A 4LXAA 2P4JA 3KDBA 5P7JA 3ZKGA 2AIDA 5P4XA 1KJGA 2AZ8A 3TNEA 5P3CA 5I3WA 5P8IA 5AH6A 3EC0A 1MSNA 3KFPA 4OC6A 5P1AA 5P65A 4YCYA 1W5VA 3IAWA 3S53A 2G94A 5OZ3A 2R5PA 3UDMA 3ZOVA 4NJVA 4Y4BA 2AVVA 4GJ9A 1HIIA 1TZSA 2VJ7A 4FE6A 3PWMA 4NJUA 5DR3A 5P20A 4Y3YA 5P4FA 5P5HA 2NTRA 5P5JA 4Y5CA 5P1QA 4GJ5A 5P80A 3KT2A 1LZQA 1LYAA 5P0BA 3TPJA 2FDEA 5OZ6A 5P87A 5P2SA 4K4RA 3T3CA 1PSAA 3PWRA 3UQUA 1MESA 4YD6A 5C9FA 2ER7E 3SA5A 5P07A 5OZ4A 1EC1A 5P35A 5P6MA 5P8FA 5P1HA 2O4SA 2OHSA 2ZE1A 5P8GA 3OU4A 5P45A 5ENKA 5P5OA 5P7RA 5P1WA 3MXDA 1ZTZA 5P1DA 2G24A 4DJPA 1M0BA 4GJCA 4FRSA 5P64A 5HE7A 2OAHA 2I1AA 5P1IA 3K4VC 4EXHA 3LPKA 1HPXA 3UDYA 4DFGA 3I8WA 4RVJA 5OZ1A 4NPUA 5P6SA 3PRSA 4GZFA 4MC6A 1FQ8A 1EPPE 1HPOA 1AZ5A 5P3SA 1FQ6A 3NUJA 5P4YA 1OD1A 2ZHUA 5P1NA 1APWE 3EM6A 5P08A 2JJIA 5P60A 4YCTA 4TRZA 4J1EA 4Y36A 5P8DA 5P1MA 3O9EA 5P4UA 4Y39A 3EL4A 3LZUA 1G2KA 1XS7D 3OUCA 3ER5E 2IDWA 1ODWA 1RQ9A 1BAIA 5P5CA 1GVVA 5P6IA 3HAUA 5P2WA 2P3AA 1AXAA 3EL9A 4QJ9A 3ZKMA 4K4PA 2AOHA 3TL9A 1ZPAA 2OHUA 2ZJIA 3QBFA 2QZXA 3VLBA 5P7CA 2B7FA 5P2KA 3NWXA 2G21A 5P2MA 1FQXA 5SXNA 1LYAB 3ZKSA 5AGZA 3L5CA 3D1ZA 2ZDZA 2ZGAA 5DQ1A 5DR7A 5P58A 5P7FA 5HDXA 3OUDA 2P3BB 3D1YA 3SQFA 2VNMA 4X7IA 5HCOA 2ZJKA 1EBYA 2O4LA 4HDBA 5IVRA 4CPWA 1MT7A 3DJKA 3OU4B 1HVSA 1OEWA 3DCKA 5P8NA 2PC0A 1A8GA 4FRIA 3DK1A 4E43A 2IRZA 1C6XA 3LIZA 5P4BA 4YCKA 5P2YA 4LHHA 4Y3JA 2QNQA 4U8WA 2I0AA 5P66A 4Y6MA 5P7SA 3HVPA 2R3TA 3RSXA 2V12C 3LIVA 1HTFA 2AQUA 2Q63A 5OZOA 4OBFA 4ZE6A 4PZWA 3VFBA 5P7NA 5P6PA 4A6CA 3K1WA 2QI7A 1DAZC 2Q5KA 5P6WA 2OHKA 3PLDA 3O9FA 5P7LA 3LPJA 5P7QA 4XXSA 5OZCA 1TCWA 3EKYA 4Y3WA 5HU1A 1FFFC 5HE4A 1EBWA 5P84A 3FIVA 1SMEA 5IVTA 1ZBGA 3L38A 5P3VA 5B18A 3U6AA 5P18A 5IS4A 5P3IA 4APRE 4BEKA 1FLHA 3QAAA 5P7ZA 3KDDA 1QBSA 1EPQE 4MC2A 1T7IA 4HEGA 1M43A 4CPQA 1B6LA 5AH8A 5DQ4A 7UPJA 5JODA 3CYXA 5P6KA 2G1OA 1BIMA 4H3FA 3PSGA 2UPJA 3ZPTA 1XE5A 1B6JA 2WECA 5P5LA 5P5BA 1FKNA 5P7VA 3VF7A 2PWCA 3OUDB 4Y5PA 5P4EA 4EJKA 5P14A 5OZXA 4D85A 3NR6A 5P6DA 5P23A 5P5NA 1EC2A 5P63A 2BQVA 1HSHA 2G22A 4CPSA 5OZ0A 1VIKA 4DQFA 1NPAA 4I0HA 3SKFA 5P6RA 1NPVA 4EHCA 4ER2E 2Q11A 3BVBA 5P74A 1YM2A 1GNMA 4Y5KA 4NJTA 5OYSA 2Z4OA 4GJDA 5DR4A 1D4YA 3NYGA 2QI4A 1AVFA 3NDXA 4YD4A 2V00A 2OF0A 5OZRA 3GGUA 2O4PA 1B6PA 3UDRA 2CEMA 5P8QA 1BDRA 2V13A 4Y3QA 3IGBA 1LF2A 1FMBA 3URIA 1E80E 5P2NA 5P8BA 4RVXA 1YTJA 2QZLA 1EC0A 5P3UA 1C70A 3HVGA 5OZ7A 5BS4A 5I70A 4NKKA 4Y57A 1IIQA 5IE1A 2IGYA 2IKOA 5P2VA 2HM1A 3TOGA 3NU4A 1EPME 5OYVA 5P1VA 9HVPA 3NDTA 3HLOA 3GGXA 5P83A 4JECA 4YD7A 1PPME 1T3RA 2R38A 1T6EX 2QNNA 5P0ZA 4EQJA 3UHLA 5P3MA 5P2IA 5P6LA 5F00A 2J9JB 4I0IA 3RSVA 4J17A 5P6HA 1QBUA 1D4JA 3OTSA 5P5FA 2VIYA 5OZ2A 3SA8A 1WBMA 5P3TA 4OD9A 5OZWA 4J1IA 3HDKA 3EKTA 3KMYA 3UTLA 4RRSA 5P4JA 4Y3AA 2VJ6A 5P8VA 3ST5A 3PLLA 5DQ2A 3VEUA 1QRPE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BUH A;  2I4U A;  4Y3S A;  2O40 A;  3EM4 A;  1W6I A;  4J1K A;  1DP5 A;  4B70 A;  3EL0 A;  2WF2 A;  3FNU A;  5P2A A;  2F3K A;  1FMX A;  3QVC A;  4ZSR A;  2PH8 A;  4ER1 E;  3WZ7 A;  1IVP A;  5DGU A;  5P3W A;  4YDF A;  3UDP A;  4FCO A;  3S85 A;  3OAD A;  5P03 A;  1K6C A;  2JE4 A;  5I3X A;  4Y38 A;  1ZSR A;  3CID A;  1HOS A;  5P7E A;  4YA8 A;  5P71 A;  1W50 A;  1RPI A;  1EBZ A;  2ZHR A;  5P3A A;  1E5O E;  2HS1 A;  3Q3T A;  5P1J A;  3EM3 A;  2RSP A;  2B8L A;  1DIF A;  3PCZ A;  3D3T A;  4Q1W A;  2AOC A;  5OZA A;  3EKX A;  5HVP A;  5KOQ A;  5KR8 A;  1APU E;  2QD7 A;  4Y5B A;  2HB3 A;  4Y44 A;  4DQE A;  3PBZ A;  1ZSF A;  5P3B A;  1SDV A;  5P2D A;  3UF3 A;  3QN8 A;  2HB4 A;  4CPU A;  3H5B A;  2F80 A;  5P38 A;  2XYF A;  1B5F B;  2SAM A;  4F75 A;  4EQ0 A;  5I3Y A;  2VA7 A;  1D4I A;  2OHP A;  1MRX A;  2WF4 A;  4Z2Z A;  5P2L A;  1HVI A;  3TKG A;  3LIT A;  3SKG A;  3VSW A;  3KM4 A;  3ECG A;  3KA2 A;  3FX5 A;  5AHB A;  3DUY A;  4LC7 A;  2BPZ A;  5P2O A;  3LPI A;  4Q1Y A;  4L1A B;  3TLH A;  2H6S A;  1EPR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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