5IVTA

Crystal structure of hiv protease complexed with [(1s)-1-[(s)-(4-chlorophenyl)-(3,5-difluorophenyl)methyl]-2-[[5-fluoro-4-[2-[(2r,5s)-5-(2,2,2-trifluoroethylcarbamoyloxymethyl)morpholin-4-ium-2-yl]ethyl]pyridin-1-ium-3-yl]amino]-2-oxo-ethyl]ammonium
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivtA00
1KJGA 4DPFA 2G1YA 5P5MA 4DPIA 3GI0A 1OHRA 4J5JA 5OZ9A 4YD3A 2ZYEA 5P3BA 4QJ8A 2VKMA 2A4FA 3EM3A 1FQ7A 2QU3A 1A94A 5P18A 2PK6A 3KFSA 4FLGA 3RTHA 1LYBB 3EKVA 3SKFA 3WB5A 2P3AA 2QD6A 3EBZA 3MXEA 4OC6A 5P1YA 5OYQA 2WF0A 2UXZA 3LIXA 4I0ZA 4OBJA 4YCKA 3EM4A 2OHKA 3F9QA 1IZDA 5P03A 5P1MA 4ZLSA 2SAMA 5P1OA 5P2EA 5P68A 4Y5PA 5DR0A 2I4QA 2O4NA 4ER2E 1HSHA 1SMEA 2FLEA 1DIFA 3VG1A 3C9XA 2F80A 4Y48A 2Q15A 3T6IA 2VIJA 3UTLA 1B5FA 5P7GA 3HDKA 1MTRA 4DJYA 4X7IA 1E80E 3DK1A 3G70A 3U6AA 2MIPA 2BBBA 2PSUA 1G2KA 5P89A 1GVTA 2R5QA 3WSJA 4PPHA 3T7XA 5P0OA 2VJ9A 3L5FA 5P0JA 4Y3XA 5HVPA 4CPXA 1T7JA 3GI4A 4APEA 1APTE 4Y6MA 4J0YA 1W51A 5P7IA 1QDMA 2VIEA 5P2LA 3O9LA 2ZE1A 2G24A 3S54A 4AZYA 1BDQA 2IDWA 2RKFA 1OEWA 4PZXA 1K6PA 1TQFA 2AVOA 2OHLA 5P6GA 3NLSA 4ZPFA 3VF7A 4B1DA 4B70A 1BWAA 2B8VA 5OYRA 5P0VA 3EM6A 5P0HA 5P4DA 2ZJLA 3OAGA 4XX3A 5P45A 3SKGA 5P2XA 5P3EA 1SH9A 5P2MA 2JXRA 3DV5A 5JG1A 5JODA 3SA9A 5P57A 3K5CA 4LC7A 4GZFA 1D4JA 5P58A 3A2OA 4RYCA 4AA9A 3QI1A 1QBTA 3JVWA 5P8VA 4QJ9A 2QCIA 2QNQA 3QVIA 1K2BA 5P3PA 4HEGA 5P4OA 3L38A 2I4UA 3EKWA 3RTMA 1C6YA 1A8KA 1PSAA 3O9CA 1BXOA 5P5RA 1LF2A 1EPME 3PM4A 5OZIA 2PYMA 3UFNA 2OHMA 5OZ3A 2NMYA 2QD8A 3IGBA 6APRE 5I70A 7HVPA 2IGYA 5P1DA 5P64A 5CONA 3UDPA 3APPA 2HB2A 5P5BA 2HB3A 3RSXA 5P8MA 1OEXA 5P5ZA 3URIA 1GKTA 3VLBA 5OZNA 5P1ZA 5OZ0A 4RRSA 5P4EA 1KJ7A 5P5SA 4EHCA 3EKTA 5P6UA 2ZHVA 1G6LA 4U7QA 5P1VA 2V0ZC 1ODYA 5P7AA 3UQXA 3OQAA 1EC3A 2IGXA 3LPIA 3K4VC 2WHHA 3MSKA 5P8LA 3UDYA 5OZMA 3PBDA 5P2CA 1TW7A 3I6OA 3HVGA 1HPSA 1HXBA 3SFCA 2Q5KA 3INHA 3Q5HA 5P4MA 1ENTE 1Q9PA 2JE4A 2I4VA 4H3GA 4BELA 4Y43A 5DQ1A 4ZIPA 4Y4EA 3K4VA 4EP2A 4Y3NA 2OHNA 5P8FA 2WECA 1LF4A 4YDFA 3LIZA 3OADA 4EJLA 3INEA 2FGUA 1FMUA 3KM4A 1DP5A 2AZBA 3OUDA 2G69A 1EC2A 2OAHA 2Q54A 1W6IA 4ZPGA 1MRXA 4GJ9A 1BIMA 5P5VA 3KMYA 4FM6A 2VA5A 2G94A 5P7WA 4I1CA 3ZOVA 4JPCA 1QBRA 4YCYA 4R91A 3TPJA 2ER0E 1IZIA 3GGUA 3PHVA 3KFRA 5P6EA 5P08A 4Y3SA 1HVRA 2AVVA 1XE6A 4EQJA 5DQCA 5P5HA 3L5EA 5P8DA 4I12A 4YOAA 3S45A 4B77A 1MRWA 5P71A 4OC6B 1C70A 3VYFA 4XX4A 3LZSA 4RCDA 2NMZA 4Y3GA 1HVCA 4Q1YA 1BV7A 5KOSA 4Y3MA 3WZ6A 1F34A 4COEA 3IXOA 1EPRE 5P78A 4Z2ZA 3R0WA 2HM1A 5HCOA 2HC0A 3PWRA 1SDVA 3VEUA 1K1TA 5P7RA 4GJAA 5P2ZA 5P1AA 4R93A 5P5PA 5OZ2A 4Y3ZA 3VYDA 1LZQA 5P1NA 1ZPAA 4JPEA 4M8YA 3AUPA 5P1BA 3TOGA 2BPVA 4F75A 1B6LA 1W6HA 1B5FB 1DMPA 1QRPE 2OHUA 4R95A 1APUE 7UPJA 2B8LA 3UQRA 4QJ6A 5P8TA 5P8UA 1Z8CA 5COOA 3LZVA 4JOOA 1FQ4A 4DI2A 5ER2E 3WZ7A 3QPJA 3G72A 3O9LB 4OBDA 5P02A 4DQFA 5HU1A 1HPXA 5P7OA 2BQVA 1MSNA 2CEMA 5SY3A 5P7MA 5I3WA 3O9HA 3UQWA 3HAUA 3UCBA 4MC6A 2XFKA 3LIYA 1ZJ7A 3SPKA 5P6TA 2OF0A 3OAGB 4OBHA 5OZYA 1TSUA 3SA7A 5P66A 3UDKA 5P4ZA 4I0HA 3TTPA 1CMSA 5P7PA 5P1EA 5J25A 2Q11A 3KT2A 3OHFA 2NXDA 3EKXA 4J0PA 3FIVA 3ZKSA 4Y47A 5P8GA 5P3TA 5TOLA 2NXLA 3ZKMA 1HTFA 1PSNA 2B42A 3SQFA 2ZJMA 5P7JA 1MERA 2B7ZA 4QGIA 3QBHA 5P2WA 2BKTA 4Y3QA 3GGVA 3QAAA 1LV1A 2NNPA 3CYXA 2PK5A 2R43A 3PSUA 2RENA 1GNNA 2AOCA 5P0TA 2R3WA 4RCEA 3IXJA 2AVMA 4DVFA 5P41A 5P07A 5JFPA 5P5CA 3DV1A 5P3UA 3ZL7A 2ZHUA 3QRVA 2AVQA 3EL1A 5P20A 3SM1A 5DGWA 5OZ6A 5P3QA 2HIZA 4PZWA 2PMAA 5P3RA 1BBSA 3KT5A 4YA8A 2QZXA 2WEZA 3NUJA 2G21A 2PWRA 3BC4A 5P3CA 2QHZA 4X2LA 4Y41A 4RVIA 3KDDA 3HD8A 1SBGA 4FIVA 5P7QA 1ZSRA 5P0UA 1E5OE 4Y9WA 5BS4A 4FSEA 5P0KA 5P2SA 4I8WA 1ODWA 1NSOA 5KQXA 3NU9A 1PFZA 5IS4A 4H3IA 1IIQA 5HE5A 5P3MA 3DOXA 4ZSPA 1K2CA 5P84A 5P6MA 1EBYA 3M9FA 1BVGA 4J1EA 2Z4OA 1BDLA 5OZQA 1B6MA 3UQPA 1HIVA 4XXSA 5P3YA 3I25A 1HVKA 5HDXA 5P3LA 3PRSA 3IA9A 2O40A 1W5VA 3OADB 5P44A 3T7QA 2JJIA 1FQXA 5P5TA 5P11A 2FS4A 5P8OA 1ZTZA 5P6XA 3EKQA 3QRSA 5OZCA 3OUDB 2WF4A 3BGCA 4LL3A 2QI5A 5KR0A 3BXRA 1EC1A 2PH6A 5E5KA 4FRKA 5P67A 3BGBA 5P0BA 4EWOA 3IN4A 2IRZA 2PSVA 2VS2A 1BDRA 4F73A 4Y4WA 3OTYA 2FDEA 5P8SA 4GIDA 2FDDA 3KN0A 5P24A 5P04A 4DJXA 5P1WA 5P5KA 1MEUA 3CKTA 2VIZA 2XFIA 2V12C 2QAKA 1HRNA 3T11A 5OYWA 4CPWA 5HD0A 4Y4DA 3FNTA 1T6EX 3INDA 3OUCA 5P3HA 3QP0A 2ZJIA 5P8KA 3MXDA 5AH7A 5P2BA 3EKPA 5P80A 4CPTA 5OZEA 5ENKA 4Y38A 2OHTA 5HE4A 5DR8A 5OZ8A 1EAGA 3BUFA 3Q6YA 5F00A 1HVJA 2ER7E 3UDMA 5P5XA 4PEPA 5P7BA 2APRA 2O4KA 1RV7A 1GVXA 2WEDA 2G1NA 1Z1HA 5P4UA 1LYAA 3SA5A 3BUHA 5P2JA 3TOHA 4H3JA 4GJ6A 3NR6A 4Y5MA 3ER3E 5P55A 4LAPA 4D8CA 5C9FA 3PI5A 1PPKE 4FRIA 5P47A 2Q3KA 5P3FA 5P6DA 3BVAA 1FKNA 3PLDA 5OZXA 3S56A 5DQ4A 3UF3A 4Y3YA 5P4XA 5P5LA 1BXQA 5E5JA 3UDQA 4FAEA 4Y3LA 4Y3DA 5P5AA 3NDXA 3SA8A 5P3NA 5P7ZA 4HA5A 3VFAA 1APWE 5P25A 5P56A 3PJ6A 5P27A 5AH8A 5HCTA 3R0YA 3CICA 4XKXA 1K1UA 2G1OA 1OD1A 5SZ9A 4HDFA 3NU4A 2Q64A 5P2TA 4DJRA 1A9MA 5P0SA 2IEOA 3BUGA 5P0RA 5P4YA 5OZJA 1AJXA 3EL4A 4Y4BA 2WF2A 2B7FA 3LIVA 5OZ7A 5P01A 1DAZC 1T7IA 1FMXA 4Y5EA 1META 4Z50A 3PWMA 3D1ZA 1HEFE 4EXHA 4Y50A 3EL9A 3O9BA 4LXKA 5P3JA 5P7FA 5P2RA 4MC9A 5OZ4A 1EPPE 4HLAA 1C6ZA 5COKA 1AVFA 2ZHSA 1D4YA 1ZPKA 1SDUA 6UPJA 4PHVA 3QVCA 1N49A 5P15A 5P8QA 5OZZA 4B1CA 4D88A 1PSOE 1UH8A 1TSQA 5P7CA 4NPTA 3D1XA 3EXOA 2QI6A 5ENMA 4I0FA 3OU3A 6FIVA 3EMYA 3NU5A 5P19A 5P73A 3S85A 1MIQA 4FCOA 5OZVA 2HS2A 3UDJA 1IVPA 4YD6A 1WKRA 2QZKA 3QN8A 4YHQA 3PGIA 5P39A 1WBMA 3UQUA 2RSPA 1XE5A 5OYUA 5P4KA 5OZKA 2WF1A 1MT9A 5P1TA 2QHCA 1NH0A 2I0DA 1BWBA 5P09A 5P0ZA 1FGCC 3T7PA 2AOIA 5AH6A 5P51A 3H0BA 3LINA 4GJ5A 1PPME 5DQ5A 1HSGA 5P6NA 2IKOA 2HAHA 4LHHA 5AHCA 3LITA 3OY4A 4WY6A 2F81A 4Z22A 3OQFA 2NNKA 2AOGA 2ZJHA 3VUCA 5P6QA 1TZSA 4ZEAA 3OQDA 5P0NA 4DQHA 5P86A 1GNOA 3NXEA 5P0YA 5OZWA 4GJ7A 5P7VA 4TVHA 2ER6E 5DR3A 5CLMA 4MC2A 2V10C 1T3RA 3NYGA 4YD7A 2QI1A 5P87A 3OUBA 2WEAA 5HDVA 1M43A 4J1HA 3VV8A 4KE1A 1ODXA 3N4LA 4Q5MA 5OYVA 4DQEA 4I11A 3HZCA 5T4SA 3UDRA 4J55A 2ZHTA 3OHHA 5P2DA 4QJAA 1A30A 1UPJA 3PB5A 4YBFA 5IVSA 5OZDA 5P4IA 4I8ZA 1HXWA 1RNEA 1APVE 3QBFA 3TPRA 2F3FA 3CKPA 1Z1RA 2Q55A 2B60A 5P2VA 4Y3FA 3RSVA 2QZLA 5UPJA 5OZAA 5P49A 4E43A 1K6CA 3EC0A 4RLDA 5P6KA 4DJUA 4OBZA 1MT8A 5P59A 5HDZA 3ZPTA 5P3OA 1LYAB 5P4VA 3B7VA 2I4DA 3GGAA 2O4LA 4Y5NA 5IVTA 4DQGA 1FF0C 1SGUA 3OU1A 1EBZA 4L6BA 2CENA 4Y5AA 4Y39A 3ZKGA 5P2GA 2VNMA 2WF3A 4DJOA 2QMPA 2FXEA 2I0AA 3LNKA 4BEKA 5P00A 3NU6A 5OZRA 5OZUA 4CPUA 4CPRA 5P23A 4D83A 2HPEA 4Y51A 1HOSA 4B72A 4GJ8A 3PI0A 2BJUA 4NJUA 3K5GA 3K1WA 4EPJA 3ECGA 4AUCA 3R2FA 3OUAA 3FKTA 2AIDA 3FV3A 3NXNA 2V16C 1G0VA 3TKGA 5P0AA 5P34A 1SP5A 2OHPA 2ANLA 1D4HA 2AQUA 2FNTA 5OZHA 5P22A 1LYWA 1EC0A 3TH9A 4DJQA 2F3EA 4N00A 2FDPA 3ST5A 3TNEA 1SIVA 5P2HA 3IXKA 4L7HA 3UPJA 3LHGA 5DPZA 4J17A 3CYWA 2XFJA 5OYXA 4HE9A 5OZTA 3JVYA 5HTZA 5P3KA 3TPLA 3WZ8A 1FQ8A 4R92A 3D3TA 3OXWA 4AMTA 5P76A 5KQYA 3S8IA 4Y4XA 2R9BA 4K8SA 4R8YA 2UY0A 3PMYA 3KMXA 2ASIA 4FE6A 4OBFA 5P7SA 3SA6A 3ZMGA 4FRSA 2G20A 4GJCA 5P43A 2XYEA 3TPPA 2R38A 3HBOA 1XS7D 4Y4UA 1EPLE 1HEGE 1QBUA 5P33A 5P60A 1TCWA 3NDUA 1IBQA 1PPLE 5P2NA 1A8GA 5P81A 5DR1A 2PC0A 4Y5GA 4LXAA 4KB9A 3BHEA 4JP9A 4EJDA 2CEJA 5P7DA 5P7NA 4FGXA 4TVGA 2AVSA 4F74A 3U71A 4NJSA 4U7VA 3CIBA 5P6VA 5P8CA 1HPOA 5OZOA 4I0IA 4DFGA 3NU3A 2J9KA 4I0JA 1WBKA 5P0WA 5P6ZA 2OHRA 3OU4A 4Y4JA 3NDTA 4JECA 4D89A 1KZKA 5EZZA 4DH6A 1E81E 1M4HA 3O9IA 4PYVA 2AOEA 1MUIA 5P4AA 3HVPA 1HIIA 4EQ0A 3OQKA 4Y3EA 4S1GA 3S43A 5P5GA 3PBZA 5P6AA 4HDBA 5P69A 5KR2A 5P74A 2BPXA 2P3CA 3LIQA 5P7LA 2OHQA 2AZ9A 2VNNA 4QJ2A 3JW2A 1EPNE 5P4BA 5P79A 5BWYA 2G26A 1MESA 2G1SA 5P52A 5P37A 2H6TA 5P2KA 2XYFA 1AAQA 1FFIC 1HVIA 4I10A 3PEPA 1VIKA 3LPJA 3R4BA 5P4FA 3Q4BA 4Y45A 1IDBA 4Y54A 2FIVA 5P3GA 4Y37A 3GI5A 5P62A 4GJDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KJG A;  4DPF A;  2G1Y A;  5P5M A;  4DPI A;  3GI0 A;  1OHR A;  4J5J A;  5OZ9 A;  4YD3 A;  2ZYE A;  5P3B A;  4QJ8 A;  2VKM A;  2A4F A;  3EM3 A;  1FQ7 A;  2QU3 A;  1A94 A;  5P18 A;  2PK6 A;  3KFS A;  4FLG A;  3RTH A;  1LYB B;  3EKV A;  3SKF A;  3WB5 A;  2P3A A;  2QD6 A;  3EBZ A;  3MXE A;  4OC6 A;  5P1Y A;  5OYQ A;  2WF0 A;  2UXZ A;  3LIX A;  4I0Z A;  4OBJ A;  4YCK A;  3EM4 A;  2OHK A;  3F9Q A;  1IZD A;  5P03 A;  5P1M A;  4ZLS A;  2SAM A;  5P1O A;  5P2E A;  5P68 A;  4Y5P A;  5DR0 A;  2I4Q A;  2O4N A;  4ER2 E;  1HSH A;  1SME A;  2FLE A;  1DIF A;  3VG1 A;  3C9X A;  2F80 A;  4Y48 A;  2Q15 A;  3T6I A;  2VIJ A;  3UTL A;  1B5F A;  5P7G A;  3HDK A;  1MTR A;  4DJY A;  4X7I A;  1E80 E;  3DK1 A;  3G70 A;  3U6A A;  2MIP A;  2BBB A;  2PSU A;  1G2K A;  5P89 A;  1GVT A;  2R5Q A;  3WSJ A;  4PPH A;  3T7X A;  5P0O A;  2VJ9 A;  3L5F A;  5P0J A;  4Y3X A;  5HVP A;  4CPX A;  1T7J A;  3GI4 A;  4APE A;  1APT E;  4Y6M A;  4J0Y A;  1W51 A;  5P7I A;  1QDM A;  2VIE A;  5P2L A;  3O9L A;  2ZE1 A;  2G24 A;  3S54 A;  4AZY A; 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 2ZJM A;  5P7J A;  1MER A;  2B7Z A;  4QGI A;  3QBH A;  5P2W A;  2BKT A;  4Y3Q A;  3GGV A;  3QAA A;  1LV1 A;  2NNP A;  3CYX A;  2PK5 A;  2R43 A;  3PSU A;  2REN A;  1GNN A;  2AOC A;  5P0T A;  2R3W A;  4RCE A;  3IXJ A;  2AVM A;  4DVF A;  5P41 A;  5P07 A;  5JFP A;  5P5C A;  3DV1 A;  5P3U A;  3ZL7 A;  2ZHU A;  3QRV A;  2AVQ A;  3EL1 A;  5P20 A;  3SM1 A;  5DGW A;  5OZ6 A;  5P3Q A;  2HIZ A;  4PZW A;  2PMA A;  5P3R A;  1BBS A;  3KT5 A;  4YA8 A;  2QZX A;  2WEZ A;  3NUJ A;  2G21 A;  2PWR A;  3BC4 A;  5P3C A;  2QHZ A;  4X2L A;  4Y41 A;  4RVI A;  3KDD A;  3HD8 A;  1SBG A;  4FIV A;  5P7Q A;  1ZSR A;  5P0U A;  1E5O E;  4Y9W A;  5BS4 A;  4FSE A;  5P0K A;  5P2S A;  4I8W A;  1ODW A;  1NSO A;  5KQX A;  3NU9 A;  1PFZ A;  5IS4 A;  4H3I A;  1IIQ A;  5HE5 A;  5P3M A;  3DOX A;  4ZSP A;  1K2C A;  5P84 A;  5P6M A;  1EBY A;  3M9F A;  1BVG A;  4J1E A;  2Z4O A;  1BDL A;  5OZQ A;  1B6M A;  3UQP A;  1HIV A;  4XXS A;  5P3Y A;  3I25 A;  1HVK A;  5HDX A;  5P3L A;  3PRS A;  3IA9 A;  2O40 A;  1W5V A;  3OAD B;  5P44 A;  3T7Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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