5J25A

Endothiapepsin in complex with fragment 158
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A01
5P4VA 3CYXA 5P3OA 1ZPKA 1YG9A 3VYEA 4CPUA 2F3FA 2WL0A 2BPXA 5HU0A 3HVPA 5IVTA 4Y3MA 1MERA 3S2OA 5KQYA 4I0DA 4EHCA 1LV1A 2P3BA 4A4QA 5P3NA 5P25A 5P6XA 3UDQA 1BVGA 3PSGA 3SKFA 1HSIA 3L3AA 4YCYA 4JPCA 1MEUA 1QBRA 3GI5A 2Q63A 3NDWA 5P0NA 3KDDA 3T7QA 5OYVA 5P5PA 3S8IA 3SA7A 5COOA 4AZYA 3INFA 4I12A 2RKGA 4IVTA 2H6TA 5P8CA 3BUHA 1UH8A 2WF0A 5P5JA 5SY3A 1MUIA 5P8GA 5SY2A 3Q70A 3Q5HA 4YD5A 3UHLA 4GIDA 4JP9A 4HVPA 4D85A 1RL8A 2BKSA 4HE9A 5OZBA 1PROA 4YCTA 5P5AA 5JODA 2R43A 1Z8CA 3EBZA 3QROA 4LC7A 4Y4EA 5P7HA 3NSHA 5P87A 3HDKA 1MIQA 5OYZA 3GI0A 2ANLA 4YOBA 3KYRA 4PPHA 4B00A 5P5SA 1M0BA 3K5GA 5P2CA 5AH7A 5P64A 5P42A 5P8PA 3SQFA 5P3RA 5P3XA 3OHHA 2V00A 3K4VC 1RPIA 2WF2A 4WY1A 5P7GA 1E80E 2OHTA 5P7NA 2FDEA 4GJCA 3I7EA 3L5FA 4ER2E 5P6MA 1AZ5A 2ZJJA 5KR0A 4XX3A 5P2SA 3LPIA 1HBVA 1W5YA 5P1NA 2G1NA 2IS0A 4J1HA 4AMTA 5P39A 4DI2A 4DVFA 4GJ7A 2F81A 5P79A 2AODA 3MSLA 2ZDZA 5P56A 4Y3GA 3PLLA 1CMSA 3R0WA 5P1FA 3S56A 3VV7A 3RSVA 4CPXA 1KJGA 4ZSQA 4DFGA 3D91A 3OUDB 3NU5A 4COEA 3PSUA 5P2OA 5P06A 3R2FA 5KR1A 5P0RA 1MT9A 4H3JA 4Y3FA 1PPLE 1HIIA 3Q6YA 4NJTA 5P09A 5P4OA 4ZPGA 5P78A 4OBJA 2PYMA 1FFIC 1WBKA 1FQ5A 2EWYA 3EKTA 1MTRA 4H3IA 2HB2A 2UXZA 4LP9A 4Y4JA 2QI1A 1K2BA 1DAZC 5P32A 4APEA 1MPPA 3KN0A 1PFZA 4TVHA 1SDTA 4ACUA 4QJ2A 5P8VA 3HBOA 3UQRA 5P3WA 5ENKA 2QNQA 2BKTA 2QZLA 3VCMA 1TCWA 3VEUA 4ER4E 4Q1XA 1UH9A 2OHQA 3CIDA 5APRE 1QRPE 1W51A 2P83A 2XYFA 4D8CA 2QP8A 5OZNA 1HIHA 1EPRE 5P59A 4HDFA 1BV9A 5P68A 5IE1A 4Y50A 4U7QA 2G24A 5P7XA 2VJ7A 5P4DA 3TTPA 2QZKA 4X2LA 3BRAA 5P4GA 2WF4A 3KT2A 3UTLA 1PSNA 3PGIA 1HVSA 4H1EA 1IBQA 5P7LA 3OXVA 5P6JA 4EP2A 5P4RA 3I25A 3UQXA 1MRWA 4DJYA 2AIDA 1EBYA 3IXJA 3K1WA 3UDMA 4MC9A 3S85A 5P4TA 5OZLA 3O9HA 4FGXA 5T4SA 4HLAA 3TNEA 3VUCA 1YTHA 1W5VA 2AOEA 4RVJA 3ZPTA 4PEPA 1HTEA 5P36A 2AOGA 2Q64A 3BGBA 3URJA 5P6LA 1A30A 2PMAA 1LZQA 1OEWA 4L1AB 4DQGA 3NU9A 5DGUA 5BRYA 3SA6A 5P7QA 1MT7A 1BXOA 4Y4ZA 5I70A 5OZHA 4Y3SA 1HSHA 2ZJHA 3UDHA 3S43B 4RCEA 2QNNA 1IDBA 1HHPA 5AHCA 3NLSA 4QJ6A 3TPPA 1IZDA 5AH9A 5P70A 4L7HA 4Y57A 2O4KA 5HDZA 5P5XA 4HEGA 4CPWA 4PZWA 2IQGA 2CENA 2ER7E 5KQXA 5P6NA 5OZOA 2IRZA 4A6CA 1AXAA 4MC6A 5P00A 3T7PA 2QI0A 2QI6A 5P0ZA 3DV5A 2IGXA 3HLOA 4L7JA 5DR3A 2BPWA 1EC0A 4Y3WA 1EPLE 4NJSA 5P7SA 3U71A 5P0LA 2FIVA 2P3BB 2QHZA 5OZEA 1Q9PA 2SAMA 3PB5A 5P0XA 5P8FA 3OQDA 3Q3TA 2XFIA 3EKVA 2WF3A 4Y41A 5OYXA 1CPIA 1FG6C 3VSWA 4H3GA 4YD4A 4NJUA 5P5TA 3VYDA 2ZHUA 3PMUA 5P51A 3AUPA 3PI5A 4I11A 2AVMA 3QRVA 5P1XA 1EBWA 5P14A 3VFBA 5P53A 5P8OA 5P8RA 4K4PA 5P76A 4DH6A 3DV1A 2QU3A 3G6ZA 5P7PA 3PHVA 3EKQA 2ZGAA 3L59A 1K6CA 1DPJA 3GGAA 1W6IA 5P1UA 5JFPA 4R92A 4D88A 2FDDA 1F34A 5EZZA 3BGCA 5P0SA 4Y9WA 2F80A 5P1VA 5P3UA 4CPQA 4XKXA 3TLHA 2G22A 2AZBA 3ZPSA 4RYCA 5P8BA 3R1GB 5P2VA 4GJDA 1NPVA 3NU3A 2HPFA 3WZ7A 3TPRA 1EC1A 3Q4BA 5P2GA 2Q55A 4CPTA 2NPHA 1EBKC 3O9GA 3ST5A 2NNPA 1HXWA 1EPME 2O40A 4Y6MA 4YD6A 5P6OA 2JE4A 4Y5EA 4LHHA 2VJ9A 5KQFA 3T3CA 1QS8A 1AVFA 4ACXA 4AA9A 4HZTA 3DOXA 3PRSA 4Y4DA 5P0HA 1B6LA 3KDCA 5OZDA 4Y3EA 4J0YA 4NJVA 2VNNA 4GJBA 1D4IA 3ER5E 2AOJA 4FSLA 4I8WA 1BV7A 5P81A 1DP5A 4GJ6A 4DQEA 2ZJKA 4RVIA 1QBTA 5P6RA 3VV8A 5P4UA 3KT5A 2Q54A 5P1BA 1BWBA 3LZSA 5P3CA 2MIPA 5OZ0A 4LBTA 2Z4OA 4Z50A 4J17A 2BPZA 4RCFA 1LF2A 5OZMA 2IEOA 1E5OE 5P23A 4K4RA 3SO9A 4K4QA 2R38A 1XL2A 5P43A 1NH0A 5P47A 3IVIA 5P24A 5P50A 3SFCA 4Q5MA 3CKRA 5OZYA 3ZLQA 4EP3A 4YDFA 4Y38A 1FIVA 2NR6A 3NYGA 5P5LA 1BVEA 3PI0A 2VA7A 5C9BA 3O9FA 1UH7A 3VYFA 2NMYA 3NUOA 1D4SA 3EKXA 3QP0A 5P2NA 3OHFA 1FMUA 3IA9A 4EJKA 3BXSA 5P04A 2R3TA 2ZJIA 2NTRA 3R4BA 2NXLA 3EL9A 1C6ZA 1FQ8A 4OBFA 4B70A 4PYVA 3LZYA 1GVWA 5TOLA 5DQ5A 5P3PA 5OZPA 5P7OA 4QJ9A 2FS4A 3HVGA 4Y3PA 4I0IA 4I1CA 6FIVA 2PK6A 5P0BA 4HDPA 4Y36A 4Y56A 2I0DA 5P29A 4ER1E 5P6WA 3DJKA 5P2IA 5P27A 4Y47A 2O4NA 4K8SA 5P5BA 3F9QA 5F01A 1A8GA 4QLHA 3DUYA 2G26A 1META 5OYYA 1Z1RA 3ZPUA 2QMFA 5P38A 2R9BA 3URLA 3RTHA 5P1EA 5P3HA 2O4LA 1HPOA 2WECA 3MSJA 1GKTA 2I4WA 1APTE 4Z2ZA 4OD9B 5P2RA 1D4JA 3SA9A 2APRA 5P5WA 5BWYA 3IXKA 3IN4A 5P4ZA 4I0EA 4S1GA 4B77A 4DJRA 1LYWB 4Y5PA 3ZOVA 1G0VA 5P1PA 5P31A 5P2MA 5P02A 3QS1A 1BDQA 5P5ZA 2R8NA 4Y48A 2I4VA 3TOFA 2B42A 5C9DA 4Q1YA 2A1EA 2PSVA 2VS2A 1IVPA 2RSPA 5P7FA 4FRJA 5P7DA 3OXCA 5OZTA 3UQUA 3TOHA 2ZJNA 3GI6A 3CYWA 3IGBA 1MESA 5OYSA 3DK1A 5DGWA 5P2WA 3OGPA 3N4LA 4Y37A 1SP5A 5AHAA 5P6HA 5HDVA 2VJ6A 5I3VA 2XFJA 5P4LA 3D1YA 2BQVA 2PH8A 3DM6A 2HB4A 2Q15A 2QI7A 4HDBA 5P3KA 1AJVA 2ZHTA 1HVCA 2HPEA 4GB2A 4YCKA 3EXOA 3U6AA 3VV6A 2ZHRA 2I1AA 1K6PA 4K9HA 4MC2A 2BPVA 2IDWA 3SA8A 5KAOA 3ER3E 3INHA 4DJWA 4R93A 4F73A 3PWWA 5P4MA 3L5BA 3NXNA 5C9FA 5P22A 3FSMA 3CMSA 3INDA 4Y3DA 3DCKA 3ZKGA 5P2KA 4Y3QA 3H5BA 3B80A 4GZFA 4ZSRA 1YX9A 5HCTA 3ZL7A 4Y3HA 5P40A 5P3LA 4OC6A 5P5FA 5P4JA 1FG8C 5P62A 5COPA 1ER8E 2VKMA 2ZJMA 5P44A 1XL5A 4FM7A 3QBHA 4GMIA 3UQPA 1A8KA 3GI4A 3UFNA 4PZXA 1OD1A 2I4QA 1E81E 1WBMA 2I0AA 2JJJA 1VIKA 4J0PA 1RQ9A 2VIYA 1YT9A 3D1XA 4J5JA 4CPRA 4LL3A 5DR7A 4UPJA 5P82A 3OQAA 5P5EA 3APPA 3QN8A 3M9FA 5P71A 4EJDA 3OQKA 5I3WA 3EL1A 5P8IA 5P86A 3WB4A 3KFRA 4RZ1A 3UQWA 1MTBA 5P5GA 2NMZA 4Y3XA 4MC1A 4M8XA 1XS7D 1HPXA 2QK5A 3LIZA 4FM8A 3T11A 3K5CA 3ZKMA 5P1HA 1ZSRA 4RLDA 5JFUA 5P2DA 1HVJA 2OHPA 4Z22A 3UDYA 5JG1A 5P7UA 2CEMA 4J1EA 3SM2A 2UPJA 1HVKA 3VF3A 5P45A 3ZKIA 4RYGA 2OHMA 4EYRA 1B5FA 4Y54A 5P7BA 2FMBA 3KMYA 3QAAA 3UF3A 1D4LA 1HVRA 2OHNA 2V12C 5P0DA 3HW1A 4FRSA 2B60A 4EQ0A 4B1CA 4YE3A 4FAEA 3SM1A 1W5XA 2FGUA 5P1WA 1KZKA 5P8UA 5P2QA 3PCZA 2P3CA 3MSKA 4HA5A 3PEPA 5P7MA 1W50A 2A4FA 4I0FA 4TVGA 2PK5A 5P2TA 5P5MA 5P7EA 5IVQA 2G27A 3LIXA 1B6JA 5OYWA 2ASIA 5HU1A 2NXMA 1EPNE 1RNEA 5AHBA 3JW2A 2HB3A 1HXBA 1YTIA 1HTGA 5P8JA 4D83A 2BB9A 2QD6A 5P89A 5P84A 2AZ8A 4J0TA 2OF0A 3EC0A 3O99A 3UDPA 5P8DA 5P8KA 5P3SA 2G1SA 4OD9A 2QI3A 5EZXA 3L5EA 4DJQA 5DPZA 1HVHA 3NU6A 1W5WA 3ZKSA 5P63A 2G94A 4B1EA 1OHRA 1LYWA 4YOAA 5I3XA 4LXAA 3ZKXA 5P2HA 1J71A 3O9BA 2PQZA 2WEZA 2R5QA 5P6ZA 5DR0A 3OOTA 3OU3A 5P57A 3HAWA 2Z54A 3IXOA 4J1IA 2IL2A 4EXGA 4YA8A 3INEA 3OADA 5P4XA 1TSUA 1FKNA 4YDGA 5P6CA 5P0YA 2F8GA 4QGIA 2ZHSA 3KFNA 1PSOE 4NPUA 3OY4A 3BC4A 4J54A 2FGVA 1A9MA 3G72A 5P4SA 5OYQA 3SACA 4B72A 5P3EA 2AOFA 5SZ9A 2I4XA 5P60A 2V11C 5B18A 3APRE 5P34A 5P2XA 4TRWA 5P6VA 2ZHVA 4I0GA 1D4KA 4CKUA 4J1KA 5P52A 5OZWA 4YBIA 5P8NA 4RGHA 5P48A 4YBFA 1T6EX 3S54A 5P4FA 1MT8A 2B7FA 4Y4WA 2UY0A 3MWSA 3FNTA 5OZFA 3GGUA 5P80A 3VF7A 3OU4A 1HVIA 7UPJA 4GJ9A 1EAGA 5P0CA 3OUBA 5P10A 3LZUA 5P5CA 3NUJA 4B1DA 3VF5A 1IIQA 5P1AA 5P6TA 4R91A 3PWMA 1SDUA 2J9JA 3CKTA 5P2BA 2R5PA 5P35A 3ZMGA 5CONA 2G21A 2ER6E 3IN3A 4U8WA 1HTFA 4LXKA 4NPTA 5P75A 5OZ7A 4R8YA 5P2UA 1FMXA 4R5NA 3OQFA 3TKGA 2ZJLA 4AA8A 2G69A 3H0BA 4QJ7A 3NXEA 5FIVA 2QMDA 5P4PA 1GNOA 1APVE 3FIVA 5P7ZA 5P7YA 1T7KA 2AVOA 2WEBA 5P17A 2NNKA 1SGUA 7HVPA 1K2CA 2VIEA 4RRSA 1IVQA 3KFSA 3OUAA 4OC6B 4EPJA 4XX4A 5P3JA 1FF0C 5P3AA 1LYBA 4EJ8A 5P5OA 5P69A 1WKRA 5OZJA 8HVPA 1D4YA 1ZSFA 3S45A 4DJUA 1TCXA 5P5DA 3OXWA 1GVVA 1T7IA 3NR6A 4Y5BA 1MSNA 4Y35A 3LNKA 5P77A 5P08A 1G35A 3LHGA 3OAGB 3UDRA 3VFAA 3ZKNA 2ER0E 2ZE1A 3QRMA 2BJUA 1XDHA 4I8ZA 3NU4A 4OBDA 2G1RA 1SMRA 5P58A 5P7WA 4Y3RA 1NPAA 5P49A 1HPVA 1LS5A 5DR4A 3LIVA 1HOSA 4Y3NA 5OZ3A 2OHSA 3O9DA 5HTZA 2QHCA 4FCOA 2AQUA 2FXEA 3L5DA 5P61A 5OZGA 5P0QA 4ZSPA 2RENA 3OK9A 4KB9A 5P03A 5P4AA 2PSUA 3FKTA 3AIDA 5HE5A 3VLAA 5P30A 5P1DA 3OWNA 2G20A 1AM5A 1RV7A 5P66A 4FS4A 5I3YA 4JPEA 5P15A 2OHRA 3OQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4V A;  3CYX A;  5P3O A;  1ZPK A;  1YG9 A;  3VYE A;  4CPU A;  2F3F A;  2WL0 A;  2BPX A;  5HU0 A;  3HVP A;  5IVT A;  4Y3M A;  1MER A;  3S2O A;  5KQY A;  4I0D A;  4EHC A;  1LV1 A;  2P3B A;  4A4Q A;  5P3N A;  5P25 A;  5P6X A;  3UDQ A;  1BVG A;  3PSG A;  3SKF A;  1HSI A;  3L3A A;  4YCY A;  4JPC A;  1MEU A;  1QBR A;  3GI5 A;  2Q63 A;  3NDW A;  5P0N A;  3KDD A;  3T7Q A;  5OYV A;  5P5P A;  3S8I A;  3SA7 A;  5COO A;  4AZY A;  3INF A;  4I12 A;  2RKG A;  4IVT A;  2H6T A;  5P8C A;  3BUH A;  1UH8 A;  2WF0 A;  5P5J A;  5SY3 A;  1MUI A;  5P8G A;  5SY2 A;  3Q70 A;  3Q5H A;  4YD5 A;  3UHL A;  4GID A;  4JP9 A;  4HVP A;  4D85 A;  1RL8 A;  2BKS A;  4HE9 A;  5OZB A;  1PRO A;  4YCT A;  5P5A A;  5JOD A;  2R43 A;  1Z8C A;  3EBZ A;  3QRO A;  4LC7 A;  4Y4E A;  5P7H A;  3NSH A;  5P87 A;  3HDK A;  1MIQ A;  5OYZ A;  3GI0 A;  2ANL A;  4YOB A;  3KYR A;  4PPH A;  4B00 A;  5P5S A;  1M0B A;  3K5G A;  5P2C A;  5AH7 A;  5P64 A;  5P42 A;  5P8P A;  3SQF A;  5P3R A;  5P3X A;  3OHH A;  2V00 A;  3K4V C;  1RPI A;  2WF2 A;  4WY1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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