5J25A

Endothiapepsin in complex with fragment 158
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A01
4LBTA 5P0IA 4A4QA 5OYYA 5P0YA 1C6XA 5P3FA 5P6WA 4DH6A 5P3TA 3TKGA 2OHNA 2BPVA 2Q15A 5P4BA 1BWBA 4Y3FA 4EWOA 1EBWA 1GVXA 2IDWA 3QIHA 1B6JA 5P2VA 3QS1A 5P8QA 1SGUA 2ZYEA 4ZPFA 5P8CA 2OHMA 3GI0A 5AH8A 4FL8A 4HLAA 3VV6A 1Q9PA 1EBKC 3LPKA 4MC6A 4J1HA 5P8JA 1AIDA 3UTLA 5P7LA 4FGXA 3UQRA 4RROA 5HCTA 2CEMA 2WEBA 5OZ3A 5P7QA 4JOOA 5P8MA 1MUIA 3HLOA 3KN0A 5SZ9A 3Q3TA 5P8AA 2NMYA 4YBIA 1XE6A 3OADA 4CMSA 2HB2A 5ENKA 1PFZA 2A1EA 4Y44A 2QHCA 1HSGA 2Q11A 2WKZA 3HD8A 1IIQA 5KQFA 2ZHSA 4EP3A 5OYXA 3DK1A 5P28A 5KR2A 3NDTA 2QAKA 4Q1WA 5P58A 3Q4BA 3S7LA 1GVTA 3CMSA 3EM3A 3K5GA 1LF3A 1YM2A 4Y3PA 3H5BA 2O4LA 5OZ8A 4H3FA 3T3CA 5JODA 3DV5A 3KF0A 2FXDA 4B0QA 1FQ7A 5P2LA 5OZSA 4IVTA 4OBDA 1EPME 2G1SA 5P1HA 1W50A 5DGUA 2VJ7A 1A9MA 5P0GA 3UQXA 4YCTA 3VYEA 1ZAPA 3URJA 5P43A 5DQ4A 2QI1A 2BPYA 2SAMA 5P8EA 3GGXA 3WZ6A 1MESA 1DW6C 1BIMA 3SM1A 1PSNA 2G24A 3L38A 5P5MA 3OQKA 4YA8A 4J1KA 4FAFA 1HTGA 4B1DA 3OU1B 3SA8A 4EJ8A 1BV7A 5OYUA 4OBZA 2AOJA 2I4QA 3OUAA 1FF0C 2ZGAA 4YOAA 1LYBB 5P77A 3NR6A 3EM6A 5P69A 2WEAA 2PSUA 5DR7A 3PB5A 3FSMA 3IXOA 4TVHA 1HSHA 4QJ7A 2B42A 5P2OA 3WB5A 1MRXA 3OUDB 3CKTA 5HDZA 5P7NA 4R91A 1QBTA 5P00A 5P2BA 5P7XA 3BUHA 5P6LA 4BFBA 2NXLA 5P2IA 2PSVA 4Y3DA 1YTJA 4B1EA 3OAGB 2O4SA 3HZCA 5F00A 1DIFA 2JE4A 1HWRA 5JFPA 5P4HA 4CPXA 2UY0A 1T6EX 4I0JA 5HE5A 3VSXA 1A8KA 1D4HA 4L6BA 2QU2A 2VIEA 2FGUA 2FDEA 5P3LA 2QD8A 2AODA 5P80A 2XFIA 3TOFA 5P34A 4DJWA 3LINA 3EL9A 4DJVA 5P20A 5P6UA 4Y6MA 1K2CA 2QZXA 3ECGA 3O9EA 3BGCA 2G1YA 3UDKA 5P71A 4J0PA 1HPVA 1Z1RA 5P5CA 3JVWA 2QZKA 5OZOA 1UH8A 1IZEA 3PWMA 1GVUA 4EXHA 5P23A 1HVJA 3S43B 1BVGA 5P5DA 3UDHA 4Y4UA 4YDFA 1BXQA 5OZDA 4DQBA 5P0UA 5OZKA 3PJ6A 2AVVA 4RVXA 4Y43A 5P79A 3LPJA 2JXRA 4Y5MA 1APUE 5P4RA 4DJUA 5P1VA 5P4LA 5DR8A 5P4IA 4MC9A 4I0HA 4I12A 5P5HA 3GI5A 3K5FA 4ZLSA 5P1NA 5P4DA 1XL2A 3QI1A 2QZLA 5P3BA 4RZ1A 4QJAA 2I4XA 4DJXA 4GB2A 3N3IA 5OZ2A 5P4SA 2P3BB 4GJBA 1ZPAA 3B7VA 5P54A 1EPOE 2Q3KA 2WEDA 4COEA 5OZAA 2QMGA 5P0EA 1J71A 3OXXA 5KQYA 2I4WA 5P65A 5P0JA 4K4RA 1XDHA 3D1YA 4EPJA 5DQ2A 1QBUA 1K1TA 1PPLE 4CPWA 4L7GA 2I4DA 1LV1A 5P55A 3VG1A 3ZPTA 4D85A 2AVMA 1MT9A 1BAIA 1K2BA 4GJDA 3IVIA 1AXAA 3PGIA 2I1AA 2ZJIA 1KJHA 1K1UA 3I8WA 4B77A 1RL8A 3PM4A 5P6NA 3SFCA 4GJ9A 4RCEA 5DPZA 1T7IA 5OZ7A 5P7PA 5P7HA 5P2AA 5P88A 5P4PA 3O9LB 5P1YA 4RCFA 3BRAA 3BVBA 1FQ8A 5AH9A 1W5YA 2RKGA 2G1RA 4XKXA 2HS2A 4AA9A 1W6IA 5P46A 3VSWA 3KFPA 1DP5A 5P8OA 2WF2A 3LZSA 2VS2A 3ZL7A 2ZJJA 5P6HA 5P1GA 1BILA 5P37A 4Y5KA 4ZPEA 5P13A 3R2FA 5P7EA 5P8FA 2QK5A 3LIYA 4OC6A 1SDTA 5P0VA 2FGVA 3ZKGA 5IVQA 2QU3A 2QP8A 5HE4A 5P66A 5P0SA 3WSJA 1FB7A 1C6YA 3QVIA 5OZFA 3TH9A 1GNOA 4PYVA 3VEUA 4DUSA 3OHHA 5P7JA 2IKOA 4Y3SA 5P72A 5P8VA 3HDKA 4Y5PA 2P3CA 4EJKA 4H3GA 3RVIA 5ISKA 4YOBA 1AJXA 2Z4OA 3K4VA 3LIZA 5OZBA 2NR6A 2RMPA 3U7SA 2OHQA 2XFJA 4TRWA 2O4NA 4GJ7A 5P84A 3U6AA 5KOQA 3KDDA 1MIQA 4JP9A 1HEFE 5P3UA 1SGZA 5P6FA 5P6DA 5ISJA 5P8NA 3VCMA 1VIJA 5OYVA 1HVCA 3DCRA 3OU4A 3SA4A 2HB4A 2HPEA 4GJAA 4J1FA 3KT2A 5HTZA 1T7KA 4Y4BA 2ANLA 5P86A 5P4WA 5P3MA 3A2OA 2ZJLA 4BELA 3S7MA 4B78A 5P1MA 1ODWA 2OHUA 4YE3A 2QZWA 3KYRA 3UDJA 1LF2A 5KAOA 5KR1A 2B8VA 3D20A 1HXWA 1EPLE 5P6VA 1XN2A 5JFUA 1KZKA 5HDXA 3RSVA 3VLBA 2BKTA 1IZIA 4RVIA 4I0DA 2IENA 5P5JA 1D4KA 4DQEA 4Y3TA 5P0KA 4QLHA 3IAWA 5P51A 3JW2A 4DFGA 1KJFA 5OZ4A 5OZYA 3PHVA 2AZCA 5P5BA 3B80A 3OGQA 4R92A 1UH9A 2ZJMA 3PLDA 2WHHA 4F76A 3FX5A 3CIDA 1PPME 4RVJA 4OBZB 2NTRA 3UPJA 4YD5A 5IS4A 2J9JA 2G1NA 5P1SA 1OHRA 1D4LA 1E82E 1ENTE 2PWRA 1D4SA 5P24A 5P83A 1ZBGA 4LXKA 4YD4A 5P1AA 4YD7A 5P0PA 5P7DA 1LZQA 1HPOA 3D1ZA 4FM7A 2PH6A 5P1RA 5P11A 3S45A 2A4FA 5P5FA 5P8KA 2WEZA 3L5FA 2QMDA 4EP2A 3OQFA 5P70A 1IZHA 5P8LA 3G6ZA 3KFSA 4JECA 5P5OA 1GNNA 2H6SA 4Y39A 5P2NA 3BUGA 5P7OA 2ER0E 4I0GA 4HVPA 7UPJA 4MC1A 3EKYA 3RTMA 5DQ5A 2ER6E 1HEGE 1PROA 5P8GA 4Y4AA 3OOZA 1CZIE 4I8ZA 5DR4A 4DQCA 5P0QA 5P4MA 5P2HA 4CPTA 5P36A 5P6ZA 1LYAB 1SMEA 3BXRA 6FIVA 2PK6A 3O99A 5P6QA 1F34A 1APTE 3MWSA 3N4LA 1RPIA 2VA7A 5P6CA 4ZIPA 1W5WA 3QN8A 4F74A 5P3HA 5P8DA 5AGZA 3PVKA 3SA9A 1MTBA 2JJIA 2V0ZC 5P39A 3VFBA 4LL3A 4XX4A 3PBZA 5DQ1A 3OUBA 5P10A 1XN3A 1E81E 3PLLA 3KT5A 3UDNA 1W6HA 1TW7A 5P7IA 4PZWA 3INEA 4QGIA 4CKUA 5P52A 2P3DA 2Q63A 3T7PA 5P4YA 3SKFA 3BVAA 2VJ6A 5P67A 1HSIA 5P3EA 3PSUA 4FM6A 2BKSA 4Y35A 3UDRA 4Y3YA 2VNMA 4J5JA 1FMUA 1SDUA 5OZTA 4K4QA 5P33A 3EKTA 4ER2E 3LHGA 4FE6A 5P5ZA 4K9HA 3GGUA 5OZ0A 3KFNA 1FQ6A 1AAQA 2ZJNA 5P49A 5HU0A 3QP0A 4J55A 5P3GA 5P89A 3UDMA 2NMZA 5C9FA 1MT8A 5BWYA 1QRPE 1HTRB 2BJUA 5P32A 4A6BA 4I0IA 1BVEA 2PH8A 4KUPA 1KJ4A 3NDWA 3IN4A 5P0ZA 3JVYA 4I8WA 5P7UA 2WF4A 2F3KA 5P5GA 5P6EA 4I10A 4L7HA 4HZTA 3OXCA 4Y4DA 1HHPA 2QI3A 5OZEA 1WBKA 5P74A 3VFAA 4D8CA 4I1CA 6UPJA 1DAZC 1GKTA 2NNKA 1NPWA 3SKGA 2FLEA 4ER1E 2AOEA 4DJOA 5P4VA 5C9BA 1A30A 3KM4A 5IVTA 5P38A 4Y4ZA 4ZSRA 3QBHA 4E43A 1FQ5A 1EC0A 3ZKQA 5P1TA 5DGWA 3RTHA 4RYCA 4OC6B 3HW1A 1MT7A 2QNQA 1BXOA 1ZSFA 1OEXA 2I4UA 3T7QA 3S8IA 4GJ5A 5EZXA 2WJOA 1N49A 4NKKA 1FG8C 3EXOA 4DPFA 5OZXA 2FMBA 3BUFA 4OBKA 1FKNA 3FNSA 5P12A 6APRE 5P8RA 4RRSA 1ODXA 3QBFA 4RYGA 3NXEA 5P2GA 2R5PA 2IRZA 3QRVA 3SA7A 2ZJKA 5JG1A 5OZNA 3NU6A 2AZ8A 2OHSA 3PSYA 5P0WA 2QI4A 5HU1A 3APRE 4PHVA 1K6VA 4Q1NA 2HIZA 1EPPE 2QHYA 4GZFA 2AVOA 2PK5A 2WF0A 2QNPA 2OHLA 1B11A 1IDBA 4FAEA 3UDYA 1FEJC 2F80A 1EBZA 4DVFA 4YBFA 1B6KA 3R0YA 5P8PA 5OZPA 1MERA 1K6TA 3ZKIA 2I0AA 3OXVA 4XX3A 5P6RA 4Y5EA 4PPHA 5COPA 3EKQA 4D83A 5OYZA 1QDMA 3TPPA 1EPNE 1BBSA 2F81A 1SH9A 3KA2A 4AMTA 5OZJA 1HOSA 2ASIA 1B5FB 3NWQA 1FLHA 3UHLA 5P2XA 2QI7A 4EQ0A 3GGAA 3NU9A 5P7CA 3SAAA 5OZVA 2HM1A 2OHKA 3K5DA 5P7BA 5P3PA 5P8BA 5P0HA 3Q5HA 4Y5CA 5P1DA 4J1EA 5P82A 4Y9WA 4UPJA 4FSEA 4HDBA 1HPSA 1FIVA 3ZKNA 4YCKA 5P1FA 4Z2ZA 1K6CA 3PEPA 4Y41A 2ZHUA 3OQ7A 2Z54A 2AOHA 1XS7D 1BDLA 4APRE 5P7RA 5P6JA 3I25A 2B60A 1T6GA 4M8YA 4GMIA 4YHQA 2J9JB 2BQVA 2QD7A 2VA5A 3SABA 4MC2A 5P8SA 4ACXA 1EBYA 4Y3JA 2PSGA 4FSLA 4EYRA 2BPZA 3ZPUA 2Q54A 3EBZA 4PZXA 1FG6C 5P3CA 3L3AA 3PBDA 2AZ9A 1BWAA 5P0LA 5P31A 3T7XA 1XL5A 3AUPA 5P68A 3NDUA 2CEJA 5P2KA 1EC1A 5SY3A 1VIKA 1WKRA 4U7QA 3VYFA 5AHCA 5P3ZA 4R8YA 1TSUA 5P18A 4Y48A 2WL0A 5AH7A 5KR8A 3NSHA 4R93A 5P73A 3INFA 5SXNA 3HVPA 1M43A 5OYQA 5P3XA 3S56A 1ZJ7A 3EL4A 3S54A 4J0ZA 3TNEA 3PWWA 3LZVA 3VF3A 3QRSA 1APVE 1F7AA 5I3YA 2V00A 3DCKA 3PMUA 4DI2A 5P0BA 5P7WA 2R38A 2QMPA 4LXMA 4KE0A 5P2WA 3IXJA 5P63A 1EPRE 3NYGA 1IDAA 5P5QA 2V13A 5P7FA 4ZE6A 5C9DA 2IEOA 9HVPA 4ZSMA 5P2JA 5HE7A 2O4PA 4NJUA 1EC3A 5HD0A 3OUDA 4Z4XA 3C9XA 5P6KA 2P83A 3G72A 3OADB 3TL9A 2BPWA 2RKFA 2VIZA 5P50A 4Y3NA 5P02A 5P7KA 2NNPA 2O4KA 2HAHA 4GJCA 2FNSA 3I2LA 3FNUA 1GNMA 5P2CA 5OZCA 5P1QA 1G0VA 4EXGA 3URIA 3VF7A 5P7YA 1HVRA 4ER4E 5P26A 3NU4A 3NUJA 3UFLA 2JYSA 1GVWA 5P08A 3R4BA 4H3JA 5P5WA 2QNNA 1DPJA 2PC0A 4DJPA 5P3OA 4GJ6A 5ER1E 5P53A 4TRZA 4Y54A 2JJJA 5P3QA 3URLA 1D4YA 3WB4A 4LP9A 4H1EA 4DJQA 2EWYA 1B6PA 4J0TA 3O9AA 5OZIA 1FFFC 4Y3RA 5I3VA 1RNEA 5OZHA 3SACA 3K5CA 5P4QA 3M9FA 4FCOA 4Y37A 1FFIC 5P1BA 5P4NA 5CLMA 2V16C 2Q64A 5APRE 3S43A 4B1CA 4J17A 5P6IA 2WF1A 4L1AA 5P1ZA 3O9DA 1DMPA 2QCIA 1A8GA 5I3WA 5P2ZA 4ZSPA 5OZWA 4D88A 4Y4XA 2QI6A 5P78A 4R95A 4QJ8A 3DUYA 5P3YA 4FLGA 5P27A 3U71A 5P4GA 3K4VC 5P4OA 5P0TA 1W5XA 4IVSA 4ZPGA 5P1EA 4CP7A 2CENA 1PSOE 5P1OA 5P7MA 3QPJA 8HVPA 4HDFA 4A6CA 5OYRA 5P47A 5P87A 2IQGA 3L5DA 4QJ6A 4FM8A 5P75A 4I0ZA 3NU3A 1BDRA 3UCBA 3OXWA 2WECA 1FMXA 1TCXA 4Y4JA 2PWCA 3INDA 3CICA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LBT A;  5P0I A;  4A4Q A;  5OYY A;  5P0Y A;  1C6X A;  5P3F A;  5P6W A;  4DH6 A;  5P3T A;  3TKG A;  2OHN A;  2BPV A;  2Q15 A;  5P4B A;  1BWB A;  4Y3F A;  4EWO A;  1EBW A;  1GVX A;  2IDW A;  3QIH A;  1B6J A;  5P2V A;  3QS1 A;  5P8Q A;  1SGU A;  2ZYE A;  4ZPF A;  5P8C A;  2OHM A;  3GI0 A;  5AH8 A;  4FL8 A;  4HLA A;  3VV6 A;  1Q9P A;  1EBK C;  3LPK A;  4MC6 A;  4J1H A;  5P8J A;  1AID A;  3UTL A;  5P7L A;  4FGX A;  3UQR A;  4RRO A;  5HCT A;  2CEM A;  2WEB A;  5OZ3 A;  5P7Q A;  4JOO A;  5P8M A;  1MUI A;  3HLO A;  3KN0 A;  5SZ9 A;  3Q3T A;  5P8A A;  2NMY A;  4YBI A;  1XE6 A;  3OAD A;  4CMS A;  2HB2 A;  5ENK A;  1PFZ A;  2A1E A;  4Y44 A;  2QHC A;  1HSG A;  2Q11 A;  2WKZ A;  3HD8 A;  1IIQ A;  5KQF A;  2ZHS A;  4EP3 A;  5OYX A;  3DK1 A;  5P28 A;  5KR2 A;  3NDT A;  2QAK A;  4Q1W A;  5P58 A;  3Q4B A;  3S7L A;  1GVT A;  3CMS A;  3EM3 A;  3K5G A;  1LF3 A;  1YM2 A;  4Y3P A;  3H5B A;  2O4L A;  5OZ8 A;  4H3F A;  3T3C A;  5JOD A;  3DV5 A;  3KF0 A;  2FXD A;  4B0Q A;  1FQ7 A;  5P2L A;  5OZS A;  4IVT A;  4OBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HII A;  4Y50 A;  4I0F A;  2AID A;  5P3J A;  5P06 A;  5UPJ A;  1YX9 A;  1M0B A;  3IA9 A;  5P5X A;  3T11 A;  4RCD A;  5OZM A;  2R9B A;  4Y4W A;  5P60 A;  1AVF A;  4LC7 A;  3HAU A;  4APE A;  2AOF A;  4FRS A;  1YG9 A;  5B18 A;  4Y36 A;  5P4Z A;  2G94 A;  5P3S A;  2R5Q A;  3IGB A;  4K8S A;  5P1J A;  4RLD A;  2FNT A;  1YM4 A;  1CMS A;  1HVL A;  4U8W A;  5AHB A;  2HB3 A;  4FRJ A;  2XYF A;  5P0M A;  5P0D A;  5IVR A;  1APW E;  3OQA A;  2FIV A;  5P6B A;  2QI0 A;  5PEP A;  4AZY A;  3R1G B;  2H6T A;  5P0X A;  2UPJ A;  4GYE A;  3LZU A;  5P0C A;  5P2D A;  3ZKM A;  2QD6 A;  5P4A A;  3S53 A;  1B5F A;  2R3T A;  5P4X A;  2ER9 E;  3NU5 A;  1EC2 A;  1MSM A;  3HBO A;  1HIV A;  5P6G A;  1TZS A;  5KR0 A;  2AOC A;  4Y5N A;  4HEG A;  2NXD A;  1ZPK A;  4Y3W A;  5P09 A;  1NPA A;  3DOX A;  3BGB A;  5P07 A;  5P5U A;  4HA5 A;  4YD6 A;  5P6S A;  2QI5 A;  3O9F A;  5CON A;  5OZU A;  5P4K A;  2VKM A;  3LNK A;  2OHP A;  1OEW A;  3SA3 A;  3EKX A;  5OZR A;  2P3B A;  4S1G A;  2ZHV A;  1LF4 A;  2HS1 A;  3O9B A;  1IVQ A;  3TPR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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