5J25A

Endothiapepsin in complex with fragment 158
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A01
4I0EA 2QZXA 2G1NA 3O9AA 2P8HA 5P67A 2FS4A 2QHZA 3KDCA 2I4WA 3L5DA 1XL5A 5P31A 2NXLA 1HTFA 1K2BA 1SMEA 5P0OA 4DJWA 4LL3A 3PSYA 4KE0A 1MTRA 3ZKGA 5IVQA 1SGZA 3AUPA 2OHUA 3EC0A 5P1FA 1D4IA 1WBKA 4GJ7A 3BXSA 5P3HA 4LXKA 1EC0A 4EQ0A 4Y47A 4Y3SA 1GVWA 3KMYA 3Q70A 5P32A 2VS2A 1YTGA 5OZMA 1E5OE 4A4QA 4Y53A 5P8CA 1TZSA 5P2MA 2OHKA 2BB9A 5DPZA 5HVPA 1CMSA 4H1EA 2ZHSA 4J0VA 5P1RA 2AOGA 4H3IA 3Q6YA 1D4JA 4Y3NA 4CPQA 5T4SA 2WJOA 1GNNA 2OHNA 4MC6A 5P82A 5P6CA 3EL0A 4RZ1A 2NMYA 2WKZA 5AHCA 3VF3A 5P14A 2XYFA 1YM4A 3PSUA 5P1CA 3EKTA 3NDXA 5P0NA 3UFNA 1TW7A 4Y56A 5P4PA 3OAGB 1KJ4A 1W6IA 3VF5A 4Y4BA 2VIZA 5P3ZA 1NH0A 5P48A 4HVPA 3KDDA 4NPUA 5P07A 1PROA 5APRE 1GVTA 5OZLA 4HDBA 4DQBA 1W5WA 5HE5A 1HVJA 3OXXA 3FNUA 1EPOE 4M8YA 5P3FA 5BRYA 5P3EA 4AMTA 3NYGA 4CPRA 5P7KA 1T3RA 3DV5A 3LZVA 3OUCA 5P05A 4L7HA 3PLLA 1K6VA 3WB4A 5P2JA 1ER8E 3RSXA 4Y5KA 1K6TA 1A94A 3UDNA 1FQ7A 1M43A 4B1DA 1G0VA 3D1YA 4ZEAA 1HIIA 4D89A 4J1HA 5OYWA 3EL5A 3R1GB 1MTBA 5FIVA 3UHLA 1SH9A 2O4NA 5OZKA 3NU5A 2BKSA 5P4QA 2FDDA 3O9FA 5C9FA 4OBGA 5J25A 2R9BA 5P4KA 4B72A 1W5VA 2AQUA 2WF3A 1NSOA 3KFNA 4ACUA 4LC7A 3CYWA 4Y3RA 4EP2A 1DW6C 4JPCA 5OZCA 3S45A 5P5RA 4B77A 4GJDA 3RU1A 2UXZA 5ER1E 4X2LA 4R91A 4Y4UA 2AZ9A 5P65A 1D4SA 5PEPA 1LYWA 2PQZA 1GNMA 1KJFA 5P66A 3EKQA 2BPYA 5P68A 2HS1A 3LINA 1LS5A 1FG8C 5P5GA 3RTHA 3T11A 5P33A 5P7LA 1ODYA 4Y36A 5P4WA 5P1BA 1DAZC 4J1EA 5HD0A 5P8FA 4Y6MA 1XE6A 1CZIE 2BPXA 3NDTA 5P53A 2ZJNA 2RKFA 3U6AA 3UPJA 3TOHA 3ZPSA 5OYQA 2QU3A 1GVUA 3QRVA 1IDBA 5P40A 2Q15A 5P85A 1IIQA 4YA8A 1YX9A 5HCTA 5P6VA 3WZ7A 2QD6A 2HM1A 1MERA 2CEMA 2I4QA 5P3NA 2OHQA 3EMYA 1C6YA 4PPHA 5KQFA 5P8DA 2VIYA 1TCWA 5OYSA 3HZCA 5P7NA 3DM6A 5P4JA 5P6AA 5OZSA 1DP5A 1ZPAA 5P2DA 1FQXA 5OYRA 3TPLA 3LPJA 2I1AA 5OYUA 4B00A 3KFRA 3OUDA 4Y4TA 3VLAA 5DGUA 3SA3A 2QNNA 2BPZA 1T7KA 2ZDZA 2WEZA 3CKTA 5P12A 2P3DA 5P2HA 5P4EA 2NTRA 3LIVA 4DJVA 2G1SA 5P3BA 4Q5MA 2ZGAA 2QU2A 3ZPTA 4DJRA 5P5YA 5P46A 3UDJA 3SQFA 2PH6A 3PWRA 1E80E 4Y5PA 4Y5LA 4Y4WA 1LYAA 5P6QA 1TCXA 6UPJA 3KDBA 1Q9PA 4B70A 5P8RA 3R0WA 1E81E 3NU3A 5P6KA 1FQ5A 5P8EA 4OC6B 2Q64A 5P0LA 5BS4A 5OZEA 1XDHA 4YE3A 3NLSA 1EPME 4EQJA 2P3BB 1E82E 4QJ8A 3UTLA 4BFBA 5P8BA 4K4PA 4Y3QA 5DR4A 1FQ8A 3JW2A 5P64A 5P8HA 2ER0E 1LYWB 2QZWA 3APRE 3NUJA 4J5JA 5P6SA 5P0VA 4ZPEA 1K1TA 5KAOA 5P7EA 4OBFA 5P49A 3K5CA 4RROA 3KT5A 2AZ8A 5OZGA 1QBSA 1FEJC 4XXSA 1W6HA 5DR8A 3SACA 1G6LA 3INFA 3D91A 5P6ZA 3TH9A 4OBDA 4E43A 2ZHTA 5P0XA 9HVPA 5P2WA 2QNPA 5P58A 3OTYA 5P5ZA 5P35A 3PMUA 5HDUA 2PYMA 2PMAA 3N4LA 4R93A 1HTRB 4Y3WA 1AJVA 4FSLA 3SA7A 4HZTA 5KR8A 4H3FA 5P36A 4Z4XA 2QI0A 3G72A 1SGUA 2FLEA 3CICA 2G26A 2QI6A 5OYXA 2VA5A 1HSIA 4ER2E 4F76A 2XFJA 2VA6A 3EKXA 5P56A 4L7JA 5P30A 3LITA 5KQZA 1EAGA 5KR2A 5P0DA 5P77A 3S56A 4D83A 3EKPA 3OQDA 1Z1HA 4J0PA 5KQYA 5DR7A 5P4MA 3TKWA 1BWAA 3NSHA 2O40A 3FNTA 1B6MA 4XX3A 2QAKA 4F75A 2AVMA 2NNPA 1AVFA 5P5BA 1HPXA 2VJ7A 5P1YA 4LXMA 4GJ6A 4OBZA 3T6IA 1M0BA 1VIKA 3UDKA 2IDWA 3VFBA 3L58A 1BWBA 5P3GA 4LAPA 5P15A 4RGHA 3O9EA 3UFLA 1HXWA 5P6MA 4NJUA 1B11A 1RV7A 2PC0A 4GJBA 1T7JA 5P87A 3BVAA 3INHA 5P8TA 5P88A 3EM4A 2QCIA 4K4RA 4DQCA 5P4CA 4BEKA 1YTJA 1EC1A 2PSUA 5KOQA 5P55A 3O9HA 4RLDA 5P0SA 4F74A 2WEAA 1HVCA 2XYEA 1B5FB 3MSKA 2F3EA 1ZSRA 4EYRA 2NNKA 5P6RA 2ZJMA 3KT2A 2B7ZA 4YBFA 3PGIA 3I2LA 4I0IA 2CEJA 2QMFA 3SPKA 1T7IA 5P5AA 3OU1A 1ZLFA 3OXCA 5P1JA 1SDUA 3PCZA 5OZBA 3DOXA 3UCBA 5I3XA 2AZBA 4U7VA 4KE1A 1IDAA 4Y45A 4Y4AA 2G1RA 3INEA 2XFKA 3N3IA 3SABA 1T6GA 4R92A 2VA7A 1AIDA 4TRWA 4Y3GA 4JP9A 1PFZA 4X7IA 3PM4A 3GI0A 5P5IA 5AHAA 3KMXA 5P2KA 4APRE 1UPJA 1SIPA 4BFDA 1ZPKA 5P0AA 1IBQA 5P4DA 4XX4A 4DJPA 5P3TA 2FNSA 3OGPA 2QMDA 5P5OA 2Z4OA 2VNMA 2F8GA 5OZ7A 5P4IA 2VIEA 1A8GA 5P4HA 1HPSA 2FMBA 2G94A 3D1ZA 3FKTA 5P5HA 4DVFA 5P0HA 5AH8A 4H3JA 4D85A 2AOEA 4I0GA 3OK9A 3GGUA 1N49A 2G69A 4Z22A 2QI4A 5P7BA 2UY0A 3B80A 4FSEA 1BBSA 2IKUA 2QMPA 3OHHA 4FS4A 1KJHA 2QI7A 2FDPA 3TNEA 5B18A 2I4XA 1FMBA 3LHGA 1AXAA 3U71A 2JJIA 3UQRA 5AH6A 5P4ZA 3ST5A 5C9DA 1MSNA 3K4VA 4RYGA 4Y58A 3ZKXA 5DR1A 4J1FA 3QVIA 5JODA 1HTGA 4YDGA 1FFIC 1BDQA 5P13A 5P3YA 2OHSA 3O9LB 1UH7A 4Y38A 2BJUA 4DQHA 5P0QA 3ZL7A 1HPVA 4Y3PA 3T7QA 5P70A 5EZXA 2PSGA 5P0JA 5P1GA 4Y3JA 3OADA 4FM7A 2I4DA 1Z8CA 3SFCA 5P6EA 5P7UA 3UDQA 3IVHA 1BILA 1QDMA 3HW1A 1HXBA 1HEGE 1MVPA 1LF4A 3O9BA 2G20A 4CP7A 5P5VA 2QHCA 4EXGA 5OZJA 3RTNA 1BVGA 3G70A 4DPIA 4Y57A 5P11A 3OU1B 3L5EA 4RRSA 1TSUA 2ZJJA 2ZJLA 2NXMA 2VNNA 4ZE6A 2WECA 4GJ8A 2V16C 4U7QA 5P8LA 5P7VA 1PSNA 4Y3YA 4AA8A 3SA4A 5P0ZA 5JG1A 5OYZA 5P3LA 5DGWA 5P80A 4J1CA 3PLDA 3K1WA 1MT8A 4Y4JA 4J1IA 2O4LA 5P4FA 5UPJA 1GVXA 1EC2A 5P3VA 5P1HA 3MSLA 2F3FA 5P29A 3PWMA 4DV9A 3VG1A 5P19A 2AZCA 4YD6A 3OUAA 5P7HA 5AH7A 2QI1A 2XFIA 4GIDA 5ISJA 2NMZA 5P4UA 2ZJIA 1APVE 5P73A 1D4KA 2H6TA 3NWQA 4K8SA 3NXNA 5IVSA 3URJA 2NXDA 4GJ5A 1IZEA 2PWRA 3LZSA 1HSHA 5P84A 3JVWA 5KR1A 5P42A 4YOBA 2RENA 3OU3A 5P27A 4R8YA 4DJXA 1UH9A 5P54A 1A9MA 4AA9A 5DQCA 4HA5A 2Q3KA 2QNQA 5OZHA 3GGXA 3LIYA 5P3CA 1HOSA 3HVPA 3CIDA 3EL1A 5P8VA 5P3OA 4Y48A 3SAAA 2V11C 5P7MA 2G1OA 1BV9A 3L5BA 5P7SA 3ZKNA 4EXHA 4RCEA 3NXEA 2H6SA 2QI3A 1GVVA 3G6ZA 1HVLA 4RCFA 1EPLE 3KM4A 3S8IA 4AUCA 3BUFA 4COEA 3KA2A 5P5SA 1IVQA 5P8SA 2WEDA 1IZIA 1G35A 5P5UA 5P5JA 1GKTA 3IVIA 1MRWA 3LNKA 5P76A 5P2YA 4YCYA 1MPPA 4ZLSA 5SZ9A 3TL9A 4J0TA 3ZKQA 4BELA 4B0QA 3URLA 4Y5CA 1U8GA 4GJCA 5P61A 1PPME 2I4UA 5P6OA 3IXJA 3MXDA 5P5PA 3SA6A 4D88A 1HEFE 2P4JA 4DUSA 4R5NA 2IRZA 3GW5A 4Y5AA 3UDPA 5JFUA 4Y4EA 5P3WA 1BAIA 2B8VA 5P5TA 5HE4A 2HC0A 2WF0A 4Y35A 3O9GA 4L1AA 4FRJA 4Y3AA 4I1CA 1NPVA 2BPVA 3S85A 4Y9WA 3ZOVA 2WEBA 5P8PA 3K4VC 3PCWA 1VIJA 3OXVA 4CPUA 1Z1RA 1BXOA 5I3WA 1C6ZA 2ER7E 5P59A 2QHYA 1FMXA 2O4KA 4J0ZA 2RMPA 1EBYA 2V00A 3R0YA 4Y3MA 1M4HA 4DJUA 3QRMA 2AVQA 1XN3A 4YD7A 5P5XA 2ER6E 1EEDP 3BC4A 3Q4BA 5P1EA 5P6WA 3ZKSA 4FAEA 4TRZA 5P17A 2FGUA 3EM6A 4ZSQA 4NJTA 3VLBA 3OHFA 5P8IA 5OYTA 5P3IA 2F80A 4DFGA 1A8KA 1AM5A 5P2FA 3T3CA 4EJLA 4K9HA 1CPIA 1YM2A 4FM8A 3PI5A 3ER3E 1D4LA 3VYEA 1HBVA 5P38A 2OHRA 1IZDA 2HPEA 2FGVA 1NPWA 4I0ZA 1K6CA 5P81A 5IVRA 2ZHVA 4FL8A 5P5DA 5P16A 3ER5E 5P3MA 5COPA 2ZHRA 2ER9E 1EPQE 1PPLE 2I0DA 5P2CA 4PZXA 5P6DA 3SM2A 1RNEA 3KFPA 1IVPA 4Q1XA 4Y3FA 5P5EA 2AVOA 4CPTA 3S54A 4I0JA 5P3PA 3BXRA 5P6IA 1HVKA 5P37A 2R8NA 4YCKA 1B6JA 3S43A 4OD9A 4Y51A 1LF2A 2AOHA 1FB7A 3BUGA 2FXEA 5P7QA 5ISKA 1D4YA 4J0YA 1ODWA 5AH9A 5ENKA 5KQXA 5P2LA 5P6JA 4YBIA 5OZ0A 1XL2A 3S7MA 5P7XA 3VV7A 2PWCA 3OUDB 5P6FA 4I0FA 3SM1A 5OZDA 1EBZA 4FE6A 4AZYA 3HVGA 5P6GA 5P3SA 3PMYA 3CMSA 3NU9A 3QRSA 5P28A 5HDVA 3SKGA 1APTE 2HAHA 5P6YA 2V0ZC 1DIFA 1NPAA 2WF2A 2AVSA 3PRSA 5P1UA 4Y5MA 5P1NA 5P6PA 1FKNA 5P5LA 5P4NA 5P1TA 1PSAA 4L7GA 1HRNA 5P2GA 5P1IA 4QJ7A 4S1GA 4TVHA 3BVBA 1YG9A 2IKOA 5OZ4A 3PVKA 5COKA 1LYAB 5P00A 2ZYEA 4K4QA 5ER2E 4B1CA 2J9KA 5P4LA 3ZKIA 5OZXA 1HVIA 7UPJA 2B42A 3WZ8A 2AOFA 5P3XA 2PK6A 3QAAA 3DV1A 4LBTA 3BGCA 5HU1A 1SDVA 4I0HA 2P3CA 5HU0A 3FNSA 5OZYA 4YD4A 1EBKC 4FCOA 2RKGA 3GI4A 3NUOA 2BBBA 4OBKA 2VKMA 3PSGA 2IQGA 2WF4A 5P3QA 2OF0A 3EKYA 3HDKA 1MRXA 2QZLA 3NU6A 4Y3DA 4R95A 4ZIPA 4Y3EA 3PHVA 4GMIA 4FRIA 5P6NA 4DI2A 5P52A 3HD8A 5DQ1A 4XKXA 5P2XA 4CMSA 3PJ6A 2I0AA 2J9JA 5P83A 5OZFA 1MSMA 3ZLQA 2JYSA 5I3VA 3EM3A 2VIJA 3OAGA 3U7SA 4RVJA 1TSQA 1HVHA 4FRSA 3TPRA 5P8JA 5P50A 5P7OA 2BPWA 1EC3A 4QJ2A 3I25A 3S43B 3HAUA 1YTIA 3OXWA 1C6XA 5P3DA 1SMRA 3T7XA 2IL2A 1EPNE 5CONA 4N00A 1FIVA 2ASIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0E A;  2QZX A;  2G1N A;  3O9A A;  2P8H A;  5P67 A;  2FS4 A;  2QHZ A;  3KDC A;  2I4W A;  3L5D A;  1XL5 A;  5P31 A;  2NXL A;  1HTF A;  1K2B A;  1SME A;  5P0O A;  4DJW A;  4LL3 A;  3PSY A;  4KE0 A;  1MTR A;  3ZKG A;  5IVQ A;  1SGZ A;  3AUP A;  2OHU A;  3EC0 A;  5P1F A;  1D4I A;  1WBK A;  4GJ7 A;  3BXS A;  5P3H A;  4LXK A;  1EC0 A;  4EQ0 A;  4Y47 A;  4Y3S A;  1GVW A;  3KMY A;  3Q70 A;  5P32 A;  2VS2 A;  1YTG A;  5OZM A;  1E5O E;  4A4Q A;  4Y53 A;  5P8C A;  1TZS A;  5P2M A;  2OHK A;  2BB9 A;  5DPZ A;  5HVP A;  1CMS A;  4H1E A;  2ZHS A;  4J0V A;  5P1R A;  2AOG A;  4H3I A;  3Q6Y A;  1D4J A;  4Y3N A;  4CPQ A;  5T4S A;  2WJO A;  1GNN A;  2OHN A;  4MC6 A;  5P82 A;  5P6C A;  3EL0 A;  4RZ1 A;  2NMY A;  2WKZ A;  5AHC A;  3VF3 A;  5P14 A;  2XYF A;  1YM4 A;  3PSU A;  5P1C A;  3EKT A;  3NDX A;  5P0N A;  3UFN A;  1TW7 A;  4Y56 A;  5P4P A;  3OAG B;  1KJ4 A;  1W6I A;  3VF5 A;  4Y4B A;  2VIZ A;  5P3Z A;  1NH0 A;  5P48 A;  4HVP A;  3KDD A;  4NPU A;  5P07 A;  1PRO A;  5APR E;  1GVT A;  5OZL A;  4HDB A;  4DQB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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