5JFPA

Hiv-1 wild type protease with grl-097-13a (a adamantane p1-ligand with bis-thf in p2 and isobutylamine in p1')
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing Lipophilic Adamantyl Group as the P1-Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors: Design, Synthesis, Protein X-ray Structural Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jfpA00
2ZDZA 3PSUA 1K2CA 5P1AA 2O4LA 3UDKA 1LF2A 1Q9PA 2VJ6A 2ZHSA 4DJWA 5OYQA 2V0ZC 3SA7A 2OHKA 4KUPA 1MIQA 3R0YA 5P59A 3K5FA 5OZKA 1T7KA 2SAMA 5P87A 3GGUA 4KE0A 3DCKA 4E43A 5P0WA 4YD5A 4Y3TA 5P72A 4YBFA 5P6OA 5P1EA 5CLMA 5P0AA 3ZOVA 5P27A 2P3AA 3VYFA 2G1NA 4J0ZA 2ER6E 1DP5A 4RRSA 4HEGA 4EYRA 5C9DA 4WY1A 4EPJA 4FAFA 4QJAA 5E5JA 5CONA 2MIPA 4CPSA 3SA4A 4B00A 5P1LA 1APTE 2PK5A 1HVLA 1G2KA 5P3YA 5P2JA 4FM6A 1WBMA 3WB5A 4HA5A 4NJVA 8HVPA 3CKPA 5P7DA 5P5GA 4JPEA 2J9JA 5P3QA 4Y4BA 2VA7A 2HS1A 5P36A 3O9HA 4Y4EA 1BWAA 3FKTA 4JECA 1YG9A 3WZ6A 1AZ5A 3KM4A 1TW7A 1E81E 1FMXA 3MSKA 4LXAA 2J9KA 1BV9A 5P4QA 1A8KA 5P13A 5P0TA 5P3LA 1LYAB 2Q54A 1KJ4A 4Y41A 3QIHA 4ZSQA 5P0RA 5P35A 1HRNA 3QN8A 1HTGA 5P69A 4CPWA 4ZSRA 4QJ8A 4DQFA 5OZMA 2H6TA 3VLAA 4CPRA 5DR1A 2VIJA 4GZFA 3NU9A 5P7KA 3SPKA 1EBWA 5P52A 5P7HA 3NUJA 5KQXA 1LS5A 1JLDA 2I4XA 4RVJA 1YTJA 5PEPA 3LNKA 5P7PA 4GIDA 4J1IA 1GVTA 3SA8A 4YHQA 2G1RA 5OYSA 4EJDA 3KYRA 5P7IA 1HVSA 5P3CA 1EC1A 4J1KA 5P2TA 2Q5KA 1D4KA 5KOQA 5P0UA 3LZYA 4B1EA 4IVTA 4I8ZA 5P09A 1BXQA 1MSNA 3KDCA 2P3BB 2IKUA 4YBIA 5P8OA 3QVCA 3K5DA 5P2ZA 3KN0A 5P1YA 1PFZA 2B60A 2IRZA 1HSIA 4Y48A 4Y45A 2V12C 4L6BA 2HS2A 5P3AA 3R1GB 1FFIC 5P5KA 1HWRA 1DW6C 3ZPSA 4YOAA 5FIVA 2WF3A 2QMFA 5P56A 3PHVA 4EP3A 4I11A 3ZPUA 5P1MA 2VS2A 5P2XA 2PSGA 4RLDA 3BGBA 2OHPA 2QP8A 2IS0A 2BPXA 5P4DA 5DQ4A 3KF0A 2QHYA 4Y4TA 1HTFA 2ZJMA 2FNTA 2I4VA 2G26A 2NXDA 5P2SA 3BUGA 4Q1WA 3U7SA 3OUDA 1EC3A 5P7WA 1AXAA 4GJ8A 3MSJA 4DJQA 4OC6B 2WHHA 4LXKA 5IVRA 1IZDA 3Q4BA 5P2UA 3QI1A 3UQWA 3PBZA 4RZ1A 4RROA 1DIFA 1GKTA 3UHLA 5P08A 5P2OA 4XXSA 5IVSA 4Q1NA 2R43A 5DQ5A 2ER0E 4RCFA 1J71A 5P5PA 4U8WA 2ZYEA 4RYGA 2JYSA 4WY6A 5P3DA 2NR6A 5KAOA 2B8LA 4Y4GA 4YDGA 5P6GA 4D85A 4FAEA 1GNMA 4ER4E 5P7BA 2NNPA 3INHA 1BVEA 1MT7A 5P1BA 5KR8A 5P79A 2QZWA 3K5CA 2HAHA 2IEOA 5P0FA 5HU1A 3T7PA 4L7HA 4M8XA 4I12A 5P1CA 3NYGA 5P0NA 1AAQA 5P2KA 4I0EA 4L7GA 3HD8A 4Y4XA 3RTNA 1D4SA 3MWSA 5P60A 2WEAA 3TLHA 3BVAA 5P5ZA 4RVXA 3UQRA 1BWBA 4Y38A 5P2BA 2ZGAA 3UQUA 3PBDA 4FCOA 2QU3A 2G94A 5P53A 5P7OA 3IGBA 5P0SA 5HTZA 3EL4A 5C9FA 3CMSA 1F7AA 5P6YA 4GJCA 2JJJA 5P7EA 3EKXA 4EWOA 3OQAA 5P63A 2XFJA 4RCEA 5P39A 3TTPA 2G1YA 1EPOE 1AIDA 4I0HA 3URJA 1IZEA 5P2IA 1C70A 5P7ZA 1KJHA 4Z2ZA 4KB9A 3OXCA 3GI6A 1B6MA 3RTMA 5P1PA 3VYEA 4L1AA 3EKQA 3PLLA 5P3ZA 2ZE1A 1FG8C 2XYEA 3SKGA 2FIVA 5P0KA 4QLHA 4Y3DA 2VIEA 4Y35A 5P2FA 3MXDA 4B1CA 3SQFA 4Y36A 3MXEA 1UH8A 2I1AA 5OYYA 5HVPA 1FQ7A 4I1CA 3JW2A 3RU1A 4OBKA 2B7FA 2ANLA 5P3NA 5P1FA 3T7XA 5OZQA 3KFPA 5P64A 3PJ6A 4ACUA 1EPRE 5P0HA 2QNPA 4R5NA 4X2LA 5OZVA 5P2CA 2G22A 5P42A 4OD9B 3K5GA 3DK1A 3EM3A 5COPA 1YM2A 3UCBA 5DQCA 2UPJA 2AOGA 5P5TA 5OYWA 5P0DA 5KOSA 5P0PA 2BKTA 4QJ6A 3T3CA 1SDVA 1RNEA 4QJ9A 4DPIA 5AHCA 5P1KA 2HB2A 2FDPA 2O4PA 2HPEA 2QI5A 3PWRA 3S43B 5OZ0A 2NXLA 4OBHA 5HE5A 3ZKMA 5P8DA 1HEGE 1SDTA 5P3OA 4I0IA 4CP7A 5P5AA 3LZUA 5OZ7A 2AOJA 5P1RA 3PVKA 5HCTA 1FEJC 5P31A 4YD3A 2ZHVA 3N3IA 5P80A 1HVJA 1SIVA 4FM8A 2IL2A 3K4VC 3M9FA 3KFNA 5P38A 2WF0A 2AVOA 3ER3E 4DVFA 5P1VA 1W5WA 5JG1A 5P5WA 3UDPA 5P11A 4I0FA 3TPLA 3EKVA 5IS4A 1FQ6A 2P3CA 4DV9A 5P14A 3OHFA 4PZWA 5P85A 3KDDA 5P5XA 3T6IA 5P89A 1EC2A 2RMPA 1EPPE 1SBGA 1IDAA 1W5YA 4Y3JA 5AH9A 3UDNA 5P6MA 3NLSA 2QHZA 5P3RA 3GI5A 4Y3NA 4Y54A 3D91A 1B5FB 4Y5CA 5ER2E 2EWYA 2ZJKA 5OZDA 1HBVA 5P7QA 3EXOA 5P2MA 4GJDA 3KFSA 5OZ5A 3NDUA 2VKMA 4OBFA 3SA6A 5P1SA 3KT2A 5P7LA 2WKZA 2WEZA 3PWWA 3VV7A 5OYUA 1LYBB 4HDFA 1DMPA 2F80A 4FS4A 1HPXA 2ER7E 3CKRA 2PWCA 1HIIA 4AA9A 5P4VA 5HCOA 3JVWA 2P3BA 3VSXA 4DQHA 3ZKIA 3OAGB 5EZXA 3B7VA 3UDJA 3LIYA 3HBOA 4JP9A 3A2OA 5P1TA 5P7XA 1HVRA 5P0XA 1T6EX 1FF0C 3D1XA 3FNSA 4NPTA 1K6CA 3GW5A 4TVHA 1LF3A 1G35A 5F00A 4J5JA 3UQPA 4Y4ZA 3SAAA 4YCTA 3OQFA 1ER8E 1HVCA 3OGPA 1FQ4A 1W5XA 5P5HA 5P76A 3L5CA 3I25A 3NXNA 5P40A 4QGIA 4EP2A 4FRIA 1T3RA 5BRYA 3TOFA 3PWMA 5P5MA 3VEUA 2AVQA 1C6YA 1E82E 1HXWA 4GJ6A 1EBKC 4K4RA 3NU3A 4Y3YA 2AOEA 2BPVA 5P1ZA 4Y5BA 1PROA 5P51A 4JOOA 2XYFA 4F74A 1K2BA 1XN2A 5OZ1A 4EJLA 1HPVA 2QNNA 5P5JA 2Q11A 2P83A 4RYCA 5P58A 4OC6A 6UPJA 5P4AA 3FSMA 3EL5A 2NNKA 3QRSA 4RVIA 5OYZA 5I3XA 5P46A 5P83A 5P2HA 2RENA 5P8FA 1MERA 2PC0A 4LBTA 4R93A 5KR0A 2FLEA 2FGUA 5P78A 1ODXA 4YD6A 2AZ9A 5P6WA 4PZXA 3NU5A 3K1WA 1HHPA 3S56A 5HDVA 4B70A 4EHCA 4M8YA 3PSGA 5P04A 4Y5LA 2QMGA 3N4LA 1HSGA 4BFDA 5OZ8A 5P3BA 4D83A 3NU6A 5JFUA 3O9CA 5P2EA 3O9FA 3OU4A 5P0JA 5P6PA 5P5EA 1FQ8A 4YE3A 1EPNE 1QBUA 4ZSMA 3DV1A 5P0GA 4CKUA 5P4CA 2ZHRA 1FB7A 3L5DA 3AUPA 1QBTA 4FRJA 1TCXA 2IENA 2XFIA 5P18A 5P4LA 5I3YA 5ISKA 5P1GA 1K6TA 3U71A 5P33A 3SA5A 4NJSA 3L5BA 5P4BA 3OXWA 3EM6A 2Q55A 5OZCA 5P28A 5P65A 2PYMA 4Y51A 5P73A 3NR6A 1G0VA 3NDTA 3INDA 4Y3ZA 2BBBA 1U8GA 3ZPTA 5P2NA 4Z22A 5P6BA 1K6VA 2AOIA 5P4MA 3KT5A 5P22A 5P3SA 1IVQA 5P2RA 4Y3MA 5KQZA 2V13A 3Q3TA 3OUCA 5P2WA 4CPTA 3VG1A 2HIZA 3BUHA 1HVKA 2I4UA 5P6JA 2R9BA 5P43A 2VA6A 4I0ZA 1TZSA 3L5EA 4J0TA 2VJ9A 3RTHA 3LINA 1CPIA 1MUIA 4Y3QA 5P57A 1QBRA 3QROA 5OZFA 1KJGA 6APRE 3UFNA 3UF3A 4JPCA 1M4HA 3S85A 4AMTA 5C9BA 5OZGA 2NPHA 2VJ7A 5HE7A 2G1SA 3R2FA 4WTUA 1ZTZA 2BKSA 4Y56A 1NPVA 4J1CA 4J0PA 5P1DA 3DV5A 4TVGA 5OZHA 1GVXA 5OZZA 1M0BA 5OZ3A 1OHRA 3K4VA 5P8EA 3L38A 2FNSA 3HZCA 3UTLA 5ER1E 5P4NA 3UFLA 5DQ2A 5OZIA 1BBSA 1TSUA 5P4HA 1QDMA 2HB4A 1SGUA 5P0BA 1A30A 4RCDA 5HU0A 4OD9A 3UQXA 4R91A 4RRNA 1FLHA 2CEJA 2JJIA 4Y47A 5P8LA 5P6VA 2WEDA 3SM1A 1D4LA 1MESA 4J54A 5P16A 3I6OA 4GMIA 5P4EA 3DOXA 4Y53A 5P6DA 3QBFA 3F9QA 1A94A 2QHCA 3S43A 5P30A 5P6LA 2V00A 5HDXA 1SH9A 5P4TA 1YTIA 1BV7A 1FKNA 1GNNA 4Z4XA 3OY4A 2OHTA 5P82A 5SY2A 4EJKA 5P29A 3VFAA 4NPUA 2BJUA 1GVUA 3L58A 4DJVA 5KQYA 2B42A 1UPJA 1EBYA 3LHGA 1LF4A 2OHNA 2Q3KA 2AOFA 4YD7A 4GJ5A 5HDZA 3OUAA 2AVSA 5P17A 5P4XA 3APRE 5P8JA 5P07A 3TNEA 5P4WA 5P8PA 3BGCA 3O9GA 3IXKA 3TPJA 5P2DA 1LZQA 4OBDA 4ZE6A 5OYTA 4AA8A 2QK5A 2NMZA 3H0BA 4Y5MA 5P1UA 1B5FA 1NPAA 5P8SA 3ST5A 2WF2A 3IA9A 3EBZA 2AQUA 2QI6A 4Y6MA 5P2VA 4EQJA 4Y4JA 4IVSA 4Y4DA 1PSOE 4Q1XA 5P74A 1KZKA 1XL5A 5P8RA 1C6XA 3S7LA 2P8HA 5P8GA 1LYBA 3QRMA 1HVIA 3PM4A 3VFBA 3EKYA 4J0VA 4H3GA 5P81A 5OZNA 4YA8A 3OAGA 5P23A 3EC0A 5TOLA 4H3IA 1EPLE 1IZIA 5IVTA 5P5OA 5OYVA 1B6JA 3DM6A 3LITA 5P4YA 2R5PA 3VF3A 2WF4A 4YD4A 1MTBA 1RV7A 1IDBA 4HE9A 4Q5MA 3IVIA 4DQBA 2AODA 5P5RA 4FSLA 4NKKA 4F75A 4J55A 1PPKE 2I4QA 5AH6A 1BDLA 4F73A 2QU2A 2P3DA 4K8SA 1MT8A 3BVBA 3URLA 4U7VA 2VNMA 3QRVA 5P5FA 5OZ4A 2QZKA 2JXRA 5P3WA 3OGQA 2Q15A 3T11A 5P0MA 3S8IA 1EEDP 2FDEA 3OXXA 4LP9A 4Y39A 3EL9A 1FQ5A 1CZIE 1ZSRA 4ZPEA 1DPJA 1RQ9A 5AGZA 2AVVA 5P03A 1N49A 3L3AA 3TPRA 3S45A 2FMBA 3R0WA 4QJ2A 4Y3PA 5P1HA 1HVHA 2ZJIA 3EKTA 1DAZC 5IVQA 5P24A 1W6IA 3O9AA 1K6PA 1ODWA 2IKOA 1FG6C 1IZHA 3UDMA 3KMXA 4FRKA 5P25A 3EM4A 3VLBA 4MC1A 2QAKA 4H1EA 3PEPA 3OADB 1AJXA 4DPFA 5OZ6A 1PSNA 4TRZA 1MRWA 5P5LA 3SACA 4FLGA 4N00A 3LIXA 3QPJA 3TKWA 1MSMA 5OZWA 4Y3SA 5OZLA 3UDQA 5P02A 4L7JA 5P49A 2QD8A 3I7EA 2OHLA 1OEXA 4UPJA 2FXEA 1RL8A 5P0OA 5P00A 5P86A 3S54A 3UDHA 1MT9A 3D1ZA 3VUCA 1W51A 2ZJHA 2F3KA 3PI0A 2AOHA 5P3JA 3RSXA 3OU1B 5P55A 3PB5A 5P0YA 3SFCA 2F8GA 5AHAA 1BDRA 5P19A 4GYEA 3C9XA 3S7MA 3RSVA 2QI0A 3KFRA 4GJBA 5P84A 1T7IA 3TPPA 2QD6A 1LV1A 1LYAA 1HPOA 2RSPA 4COEA 3CIBA 5P34A 2VNNA 3BRAA 3O9DA 5P3TA 3QVIA 5P0EA 2I4WA 4D89A 4Y4WA 4OBGA 1UH9A 5P66A 2ZJJA 5P6QA 2V11C 4B72A 3S53A 3OWNA 3LZSA 1T7JA 3ZL7A 3CKTA 3NUOA 5P0CA 1AVFA 3G72A 1E5OE 1Z1RA 4A4QA 1FIVA 4Y3XA 4HLAA 2B8VA 5P1QA 4Y50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZDZ A;  3PSU A;  1K2C A;  5P1A A;  2O4L A;  3UDK A;  1LF2 A;  1Q9P A;  2VJ6 A;  2ZHS A;  4DJW A;  5OYQ A;  2V0Z C;  3SA7 A;  2OHK A;  4KUP A;  1MIQ A;  3R0Y A;  5P59 A;  3K5F A;  5OZK A;  1T7K A;  2SAM A;  5P87 A;  3GGU A;  4KE0 A;  3DCK A;  4E43 A;  5P0W A;  4YD5 A;  4Y3T A;  5P72 A;  4YBF A;  5P6O A;  5P1E A;  5CLM A;  5P0A A;  3ZOV A;  5P27 A;  2P3A A;  3VYF A;  2G1N A;  4J0Z A;  2ER6 E;  1DP5 A;  4RRS A;  4HEG A;  4EYR A;  5C9D A;  4WY1 A;  4EPJ A;  4FAF A;  4QJA A;  5E5J A;  5CON A;  2MIP A;  4CPS A;  3SA4 A;  4B00 A;  5P1L A;  1APT E;  2PK5 A;  1HVL A;  1G2K A;  5P3Y A;  5P2J A;  4FM6 A;  1WBM A;  3WB5 A;  4HA5 A;  4NJV A;  8HVP A;  3CKP A;  5P7D A;  5P5G A;  4JPE A;  2J9J A;  5P3Q A;  4Y4B A;  2VA7 A;  2HS1 A;  5P36 A;  3O9H A;  4Y4E A;  1BWA A;  3FKT A;  4JEC A;  1YG9 A;  3WZ6 A;  1AZ5 A;  3KM4 A;  1TW7 A;  1E81 E;  1FMX A;  3MSK A;  4LXA A;  2J9K A;  1BV9 A;  5P4Q A;  1A8K A;  5P13 A;  5P0T A;  5P3L A;  1LYA B;  2Q54 A;  1KJ4 A;  4Y41 A;  3QIH A;  4ZSQ A;  5P0R A;  5P35 A;  1HRN A;  3QN8 A;  1HTG A;  5P69 A;  4CPW A;  4ZSR A;  4QJ8 A;  4DQF A;  5OZM A;  2H6T A;  3VLA A;  4CPR A;  5DR1 A;  2VIJ A;  4GZF A;  3NU9 A;  5P7K A;  3SPK A;  1EBW A;  5P52 A;  5P7H A;  3NUJ A;  5KQX A;  1LS5 A;  1JLD A;  2I4X A;  4RVJ A;  1YTJ A;  5PEP A;  3LNK A;  5P7P A;  4GID A;  4J1I A;  1GVT A;  3SA8 A;  4YHQ A;  2G1R A;  5OYS A;  4EJD A;  3KYR A;  5P7I A;  1HVS A;  5P3C A;  1EC1 A;  4J1K A;  5P2T A;  2Q5K A;  1D4K A;  5KOQ A;  5P0U A;  3LZY A;  4B1E A;  4IVT A;  4I8Z A;  5P09 A;  1BXQ A;  1MSN A;  3KDC A;  2P3B B;  2IKU A;  4YBI A;  5P8O A;  3QVC A;  3K5D A;  5P2Z A;  3KN0 A;  5P1Y A;  1PFZ A;  2B60 A;  2IRZ A;  1HSI A;  4Y48 A;  4Y45 A;  2V12 C;  4L6B A;  2HS2 A;  5P3A A;  3R1G B;  1FFI C;  5P5K A;  1HWR A;  1DW6 C;  3ZPS A;  4YOA A;  5FIV A;  2WF3 A;  2QMF A;  5P56 A;  3PHV A;  4EP3 A;  4I11 A;  3ZPU A;  5P1M A;  2VS2 A;  5P2X A;  2PSG A;  4RLD A;  3BGB A;  2OHP A;  2QP8 A;  2IS0 A;  2BPX A;  5P4D A;  5DQ4 A;  3KF0 A;  2QHY A;  4Y4T A;  1HTF A;  2ZJM A;  2FNT A;  2I4V A;  2G26 A;  2NXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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