5JFUA

Hiv-1 wild type protease with grl-007-14a (a adamantane p1-ligand with bis-thf in p2 and benzylamine in p1')
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing Lipophilic Adamantyl Group as the P1-Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors: Design, Synthesis, Protein X-ray Structural Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jfuA00
2G1SA 5P63A 1BDLA 2F3EA 3PSGA 5P0GA 3KYRA 4DV9A 1LYBB 5P2YA 1C6XA 3DOXA 5SXNA 1IBQA 1Q9PA 2AZCA 5P1KA 4Y5LA 3FKTA 5P2RA 5P5TA 1LYAB 4CPTA 5P0ZA 2I4DA 1EBYA 1SDVA 5P8EA 1HXWA 3NU5A 2V13A 1EPRE 1G35A 4Y45A 3CIDA 4J0YA 2PH8A 4OD9B 2WF2A 5P5SA 1IZHA 2UPJA 5I3VA 1FG8C 5P73A 1T7IA 4I11A 2QAKA 3DV1A 5IS4A 4DJQA 4HEGA 3T7QA 4B1CA 3NU9A 3WZ7A 2QCIA 1TW7A 1BDQA 5P2ZA 5P2CA 4EJ8A 3LPJA 2QU2A 1MT7A 1SMRA 3NUJA 3BUFA 3OQ7A 1PSAA 5P3KA 2UY0A 2B8LA 2PSGA 3L5CA 5P26A 3IN3A 3KDCA 3EL0A 3Q70A 3R0YA 2QI4A 4DVFA 2FS4A 1FGCC 1HEFE 3LIYA 3SABA 5P30A 4XX3A 5P3IA 2VA6A 4F73A 4RVIA 2G1YA 4COEA 5IVQA 2I4WA 5P7SA 3ZLQA 1YM4A 2I1AA 4Y5EA 1QDMA 1XDHA 3UPJA 5COKA 4GJAA 5P79A 2XYFA 2RSPA 5UPJA 4CKUA 3AIDA 3NUOA 2WEBA 3OU4B 2AOEA 4HE9A 1PPME 5P5XA 5P31A 4Y3JA 3ER3E 5P2BA 4CPQA 1YTGA 1A30A 3PCZA 4ZPGA 1ZLFA 1D4HA 3DM6A 5P0BA 2Q15A 5OZ2A 2FIVA 1A9MA 3O9EA 5OYRA 2ZHTA 3S7MA 5SZ9A 5P1FA 3EC0A 3BUGA 4FSLA 5P08A 5P7FA 1OEWA 4I0FA 3GGVA 5OZEA 5P7CA 5P0QA 2QHCA 4LXMA 6APRE 4RLDA 5P1OA 2PWRA 1HVLA 3UDNA 1F7AA 4X7IA 3D1YA 1FLHA 3O9CA 4ACXA 2VJ6A 3S43B 5P5EA 4Y4EA 5P06A 4Y3QA 2QD6A 3D91A 5KOQA 2J9JA 5P0UA 5OZFA 4DFGA 3UF3A 1GNMA 4Y9WA 5P3ZA 5C9FA 4GJCA 4K4PA 3L5BA 3I6OA 1EC1A 3UQWA 5P1MA 1UH7A 3EL9A 5OZZA 3SA4A 1YT9A 3O9LB 3UFNA 3NU4A 5P49A 1FFFC 4Y6MA 4LBTA 2NPHA 5P5LA 1HBVA 5P37A 1MT8A 2PC0A 2ER7E 3O9FA 5P3JA 1FFIC 1GKTA 3FV3A 3IN4A 1BVEA 5P56A 2NXDA 3TPLA 3SLZA 5P1AA 2OHMA 5P4GA 3T7PA 5P1ZA 3HAUA 5P2EA 3G6ZA 5OZLA 3QRVA 4Y5MA 5P51A 4B70A 4J5JA 2QI0A 1LYWB 3SA9A 3CMSA 1M4HA 2J9KA 1B11A 2F8GA 5P7BA 5P6FA 5P01A 4Y3AA 3UDJA 4Y3PA 5P18A 2AVSA 3OADA 5HE7A 2QNPA 3OY4A 4TVHA 4QGIA 2I0AA 5P5RA 5P4PA 3INDA 2AOHA 1HOSA 3DK1A 5P2GA 1XN3A 5DR7A 2QZWA 5P1JA 4K9HA 3VUCA 2F3KA 4QJ2A 5HE4A 1BV7A 4DQGA 3PBZA 1TZSA 1EPME 5DGUA 5ER2E 4BELA 3VG1A 5P88A 5P5HA 1HWRA 1AM5A 2XFKA 4I0HA 3PI5A 5P67A 4FAEA 3INFA 3MXDA 1ZSRA 5P5KA 5CONA 5E5JA 4DJXA 3PM4A 5P4FA 4PHVA 3LZYA 3RU1A 3PCWA 2G26A 3BVAA 4RCDA 3VYDA 1OEXA 5P8OA 3OUCA 3NR6A 5P1SA 1G6LA 4Y39A 4ER4E 2HAHA 5P38A 5ISJA 5T4SA 3FNUA 2R3TA 3NDTA 3GGAA 4DI2A 4Y58A 3KA2A 1TSQA 2BPZA 1EPPE 1BVGA 1RL8A 5P68A 2V12C 2IKUA 1HVKA 5P4NA 2G1RA 2VIYA 3ECGA 1ODXA 4L7GA 4F76A 3LZUA 1Z1HA 1BBSA 4Y5GA 3LIZA 2AODA 3D1XA 2QMFA 2AZBA 3INHA 5P5IA 1XN2A 2O4PA 5P8FA 3OXWA 5P0CA 4RVXA 4WY6A 3DV5A 5P4ZA 1UPJA 4MC1A 5P8HA 2QI1A 4ZEAA 3O9BA 2P4JA 3Q4BA 4Q1XA 1HSIA 5P6CA 5P5MA 2NXLA 2PSUA 2V10C 5P5VA 2XFJA 3BUHA 1FMXA 3T7XA 3T11A 2R9BA 1HPSA 5P1EA 2XFIA 4GZFA 2PYMA 1AZ5A 2ASIA 2QI5A 3QRSA 4AA9A 2VA5A 3VF3A 5P0TA 4FM6A 1EBKC 4B1EA 4JPEA 4DPFA 5P7VA 2NNKA 2IQGA 2QU3A 2BBBA 4QJ6A 5P50A 1YM2A 4EHCA 3NYGA 5P35A 1J71A 4QJ8A 4WY1A 5P2KA 3GGXA 5P57A 4Y3DA 2OHKA 1NPAA 5P6DA 2V11C 3R4BA 5OZXA 3URJA 1NSOA 4Q1NA 4OBJA 1ZPAA 1EAGA 2P3DA 2HM1A 3VCMA 2I0DA 2I4XA 2J9JB 5P72A 3ZKQA 4I0IA 2IS0A 2P3CA 4J1CA 5P84A 5DR4A 5P1IA 2ZGAA 5P2QA 3SA5A 5P3AA 3L5EA 5P4QA 4Q1YA 5P8RA 3UDHA 1MEUA 5P1GA 3IVIA 1FMBA 3TLHA 5P3CA 4ACUA 5P4DA 4LHHA 5P66A 3OXXA 3PLDA 3SA8A 5P1DA 5P8PA 3UHLA 4Y3TA 4ZSPA 3RVIA 1SH9A 1PPKE 3I2LA 2PWCA 4F75A 1PFZA 1HTRB 5COOA 5P1BA 3TOHA 2AOGA 2JJIA 5P4EA 3Q5HA 3BVBA 5P2HA 4Y4JA 4HZTA 4J1HA 4FRIA 4I0ZA 1FG6C 3OADB 5P33A 5OZYA 2H6TA 3S2OA 5OZSA 5P25A 4ZE6A 5OZOA 2B7ZA 4L7JA 1K6TA 5P46A 4DUSA 3SM1A 3F9QA 5HTZA 1FEJC 3BRAA 5P14A 2ER9E 1B6LA 2EWYA 3K5DA 4R95A 4Y3HA 5P6KA 5P3MA 4EJKA 4Z2ZA 2QD8A 3O9DA 1EC0A 3LHGA 5OYYA 1ODYA 5P0LA 2P3BA 3OGPA 3LZVA 5P5UA 3S56A 4TRZA 5P0KA 4HLAA 4E43A 2I4QA 1W5XA 5P6PA 3WB5A 1MT9A 5OZGA 5P6BA 2G94A 5P10A 5P3XA 3QPJA 3EL5A 5P12A 2IDWA 3G70A 3VF5A 5P02A 5OZDA 5HD0A 4AA8A 1W6HA 4DJUA 5J25A 3VLBA 2I4VA 3TOGA 1HIHA 5P5OA 4TVGA 3UQXA 5F00A 5OZCA 5P19A 1ZBGA 3SO9A 2G69A 5HDZA 3GGUA 5OZ6A 5P3HA 1Z1RA 2BPYA 3PEPA 1WKRA 3HVPA 4U7QA 5P6HA 2QZXA 4GJ7A 5KAOA 2P3AA 3OU1A 3NWQA 3JVWA 4Y47A 2V16C 4GJDA 3S8IA 3OUDB 1APUE 1SIPA 3HVGA 5P60A 5P13A 4ZPFA 1K1UA 2IEOA 2R5PA 3NDUA 2G1NA 1VIJA 5DQ1A 1YG9A 3PHVA 4K8SA 5KR1A 1Z8CA 5OZ3A 1FKNA 5P7OA 3LIVA 5P5AA 3MSLA 3ER5E 3OUAA 5P7KA 5P89A 4Y3RA 5EZXA 2IGYA 3IXOA 1ENTE 4JPCA 5P0OA 3HW1A 2BQVA 5OZAA 3B7VA 4R8YA 2B60A 1KJ4A 3SA6A 3HDKA 5P52A 2QHYA 1HIIA 4B0QA 2OHSA 5P2LA 5P8IA 5P6WA 3SACA 1D4IA 5P6YA 1YTJA 1RV7A 4Q5MA 5P4OA 5IVRA 4TRYA 1MSMA 2O40A 3DUYA 3DCKA 4L1AA 2QK5A 3PI0A 2QMPA 5JG1A 2CEMA 3KFSA 5OZ8A 4Y44A 1TCXA 4A4QA 1GVUA 4GMIA 4YBIA 3UFLA 5P4HA 2PMAA 3UDRA 3NU3A 4AUCA 1HPVA 3JVYA 1CZIE 3TPJA 5APRE 2FXDA 2WJOA 1EC2A 5P8QA 1FQ7A 5P6XA 4DQEA 3FNTA 3FNSA 1FB7A 2PYNA 4LC7A 1XL5A 2QMDA 4B05A 5P6AA 2QNNA 5OZKA 4Y5CA 3EL1A 3MSJA 2AQUA 1K2CA 2ZJMA 4EXGA 4Y5KA 1AAQA 1SP5A 5HDVA 3L3AA 5P1XA 4D8CA 3OQFA 2ZJIA 2ER0E 5P1NA 2A4FA 5HVPA 5P0AA 5ENKA 2CENA 4HDBA 5P8LA 4OBKA 3T3CA 3ST5A 3PMUA 2FXEA 1XE6A 5OZ9A 1B5FB 2R3WA 3RTHA 5P7HA 4LXAA 5P6NA 5P87A 5EZZA 1BXOA 3K5FA 4EPJA 5DGWA 5I3YA 3TOFA 3EKQA 4GIDA 4QJ7A 5AH8A 5OZTA 2RENA 5P1LA 4YCYA 4LAPA 5P0XA 5OZ4A 3R0WA 5P7DA 3ZKXA 3K4VC 3L5FA 4Y35A 1RNEA 1T7KA 5P1WA 1NH0A 5P80A 1MIQA 2BB9A 3HD8A 3ZKGA 4OC6A 1BV9A 1ME6A 5P16A 1W6IA 3S85A 5P4UA 3CKRA 5P15A 3PMYA 4EQ0A 1PSNA 1YX9A 2QP8A 2P3BB 1HTEA 1B6PA 3QBHA 5P5WA 2FGVA 2VA7A 1LF3A 5OZJA 3QRMA 5P53A 1MTBA 3BXRA 2JE4A 1NPWA 4GJ8A 1MUIA 2RMPA 5C9BA 2B42A 1APTE 4RCFA 5OZBA 3QVCA 5P7LA 3LPIA 1K6CA 3APRE 4RRSA 4OBHA 1K1TA 3PWWA 4Y50A 4DQCA 3EKPA 3ZMGA 1BIMA 1SMEA 3I25A 1HTGA 3VSWA 3U7SA 4PYVA 5DQCA 1TCWA 3PB5A 4WTUA 5P0DA 3OUBA 5P8DA 5P7UA 1VIKA 4Y5BA 3ZKNA 5P1HA 5P0YA 5P1PA 3MXEA 3Q6YA 1MESA 3CKTA 3GI5A 5DR3A 4L7HA 5P3YA 2O4NA 3EMYA 1CMSA 3QP0A 1BXQA 5P0VA 3NSHA 5ENMA 2HB4A 4J0VA 4PZXA 2O4SA 2HS2A 1EPLE 5P04A 5P3LA 4I0EA 1OHRA 5P2AA 3K5CA 3SQFA 1HVRA 3UDMA 4PEPA 5OYZA 1QBTA 5P85A 3CICA 1AXAA 5JFUA 4M8YA 3BHEA 5P4KA 2APRA 5P7ZA 3KMYA 4D85A 3OAGA 1BILA 2WEDA 1KJGA 2Q11A 4ZSQA 3LITA 4I0JA 5P0SA 1K6VA 5P0JA 1GVWA 3L58A 1M43A 3WSJA 4JOOA 4BEKA 5DPZA 5P3QA 2AZ9A 2OHQA 2V00A 5P6ZA 5JODA 5HU0A 5P1CA 5P5DA 5P6RA 4PZWA 1LS5A 5P39A 2Z4OA 2G22A 4D89A 3KFRA 5P1TA 1ODWA 5P83A 3SAAA 3EM3A 4EQJA 2AVMA 1D4LA 3Q3TA 1W50A 1MSNA 4AZYA 5KR0A 2FDEA 9HVPA 1G0VA 3OQDA 2BPXA 5OYUA 2ZJLA 2AVVA 1IZIA 3ZKIA 3WB4A 5OZPA 3QS1A 1AIDA 3IXKA 5P3BA 3U6AA 2QZLA 4KB9A 4RYGA 1QBRA 5AGZA 1B6KA 3EKWA 3RTMA 3K5GA 3L38A 1KJHA 1ZP8A 2NTRA 3UDYA 1QBSA 5P5YA 4CMSA 5P4SA 5P8SA 5P23A 1BDRA 2QI3A 2RKFA 4Y4GA 3GI4A 5OZHA 2O4KA 1AJVA 3LIXA 2PSVA 4Y5AA 5P6LA 1BAIA 4LXKA 2IGXA 4FCOA 1LYBA 3A2OA 4QJAA 5DQ5A 3I7EA 4BFDA 1DIFA 3EBZA 4HDPA 3VYEA 5PEPA 4B1DA 5OZ1A 5P3RA 4J1IA 5P2VA 3PSYA 3JW2A 1N49A 4ZSMA 1LYAA 4EP3A 3UQPA 1HTFA 2QD7A 5P1VA 2F81A 2HC0A 2B7FA 5P2FA 3KDBA 1E81E 4EP2A 5AHCA 5P6JA 4YE3A 2ZHRA 1HXBA 4OD9A 1HEGE 2V0ZC 1PSOE 4Y4WA 1IDAA 5KQFA 5P1YA 5P3SA 3GI6A 5P75A 1HHPA 1XE5A 2HB2A 3LZSA 4DJOA 1B6JA 3UDPA 5P7YA 3OTYA 4L6BA 1IVPA 5HDXA 1GVTA 4OC6B 4QLHA 2XYEA 5P5FA 5P7XA 3FX5A 4JECA 5P5BA 4GJ6A 3KF0A 1D4YA 3PGIA 3LINA 4BFBA 3O9GA 1FQ4A 4B78A 5P3EA 4FRSA 3BGBA 4MC2A 4JP9A 4KE1A 2PK6A 3L59A 4Y37A 5HCOA 5P78A 4Y48A 1APVE 5P29A 5P61A 4FM8A 5P2UA 2JYSA 5P7JA 4APRE 2PK5A 1MERA 3TPPA 5P8KA 6FIVA 3FIVA 5COPA 3OU4A 5OYTA 2OHLA 4Y3LA 5AH6A 2AIDA 2RKGA 4EJDA 4K4QA 1APWE 1SDUA 5P6QA 4YD6A 5P7PA 2F3FA 1HVHA 5DQ2A 1E5OE 4FRJA 5P5CA 2NXMA 5P7EA 3OHHA 4Z4XA 4Y3NA 4CPWA 2G24A 2ZJKA 2F80A 2QI6A 5P6SA 1C70A 3OXCA 5P5NA 4MC9A 2FLEA 5KOSA 1MRWA 2AOFA 5OYWA 4J17A 4Y53A 5P3GA 5P6EA 2HB3A 2JJJA 3NWXA 5P17A 5IE1A 4YD5A 5P7TA 1DW6C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1S A;  5P63 A;  1BDL A;  2F3E A;  3PSG A;  5P0G A;  3KYR A;  4DV9 A;  1LYB B;  5P2Y A;  1C6X A;  3DOX A;  5SXN A;  1IBQ A;  1Q9P A;  2AZC A;  5P1K A;  4Y5L A;  3FKT A;  5P2R A;  5P5T A;  1LYA B;  4CPT A;  5P0Z A;  2I4D A;  1EBY A;  1SDV A;  5P8E A;  1HXW A;  3NU5 A;  2V13 A;  1EPR E;  1G35 A;  4Y45 A;  3CID A;  4J0Y A;  2PH8 A;  4OD9 B;  2WF2 A;  5P5S A;  1IZH A;  2UPJ A;  5I3V A;  1FG8 C;  5P73 A;  1T7I A;  4I11 A;  2QAK A;  3DV1 A;  5IS4 A;  4DJQ A;  4HEG A;  3T7Q A;  4B1C A;  3NU9 A;  3WZ7 A;  2QCI A;  1TW7 A;  1BDQ A;  5P2Z A;  5P2C A;  4EJ8 A;  3LPJ A;  2QU2 A;  1MT7 A;  1SMR A;  3NUJ A;  3BUF A;  3OQ7 A;  1PSA A;  5P3K A;  2UY0 A;  2B8L A;  2PSG A;  3L5C A;  5P26 A;  3IN3 A;  3KDC A;  3EL0 A;  3Q70 A;  3R0Y A;  2QI4 A;  4DVF A;  2FS4 A;  1FGC C;  1HEF E;  3LIY A;  3SAB A;  5P30 A;  4XX3 A;  5P3I A;  2VA6 A;  4F73 A;  4RVI A;  2G1Y A;  4COE A;  5IVQ A;  2I4W A;  5P7S A;  3ZLQ A;  1YM4 A;  2I1A A;  4Y5E A;  1QDM A;  1XDH A;  3UPJ A;  5COK A;  4GJA A;  5P79 A;  2XYF A;  2RSP A;  5UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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