5JODA

Structure of proplasmepsin iv from plasmodium falciparum
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KHTTIGFKIDRPHDKVLSSVLKNKLSTYVKESFKFFKSGYAQKGYLGSENDSIELDDVANLMFYGEGQIGTNKQPFMFIFDTGSANLWVPSVNCDSIGCSTKHLYDASASKSYEKDGTKVEISYGSGTVRGYFSKDVISLGDLSLPYKFIEVTDADDLEPIYSGSEFDGILGLGWKDLSIGSIDPVVVELKKQNKIDNALFTFYLPVHDKHVGYLTIGGIESDFYEGPLTYEKLNHDLYWQIDLDIHFGKYVMQKANAVVDSGTSTITAPTSFLNKFFRDMNVIKVPFLPLYVTTCDNDDLPTLEFHSRNNKYTLEPEFYMDPLSDIDPALCMLYILPVDIDDNTFILGDPFMRKYFTVFDYEKESVGFAVAKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Proplasmepsin IV
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 92
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jodA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jodA01
5OZCA 4NPUA 3OXVA 3T11A 4ZSRA 4A6BA 2PH6A 3S56A 5P4YA 4Y3EA 3K5DA 3QS1A 5TOLA 4I0JA 5P89A 5P1SA 1OHRA 4Y9WA 5P0ZA 2FS4A 5P44A 1HPXA 4DJVA 4YA8A 3SLZA 2QI5A 5AHBA 2P3BB 3OQDA 1PSNA 2PWRA 4DJWA 3A2OA 1W6IA 2R3WA 1XS7D 5P5XA 5UPJA 5HDZA 5P2HA 3NDWA 3RSVA 5P07A 3HVPA 5P0VA 2V16C 3O9EA 3EL9A 4GJ9A 4FM6A 2IDWA 5P0DA 5BS4A 4EQ0A 3BUGA 3MSKA 5P0QA 3HLOA 1PSAA 7UPJA 4DJXA 1A30A 1CZIE 1G0VA 1HIHA 1SMEA 5P28A 2BKTA 2IEOA 5P2WA 1BXQA 3UQWA 4IVTA 4L7JA 3LZYA 2ZJNA 2P83A 2QMFA 4GJAA 5P3QA 3I8WA 3IN4A 2WL0A 4Y48A 2VIYA 1K2BA 1HVHA 3PSGA 4ZSMA 4YD4A 4LC7A 3PMYA 5P6PA 3NU9A 1DPJA 5P36A 2A1EA 4YCKA 2EWYA 1EPQE 1TQFA 5P46A 1FFFC 4LXAA 4Y3FA 4J1IA 1AJVA 1BVGA 3S54A 4Y3XA 2RKGA 1HRNA 3PLLA 3HVGA 3GGAA 3UDJA 5P1EA 3SO9A 3JVYA 4J0VA 1ZPAA 4AA8A 4J0YA 1EPOE 3BVAA 1FQXA 5P47A 3NDTA 1FQ5A 2Q64A 1B6KA 3IAWA 4I0GA 3SA7A 3VFAA 3KFSA 2ZGAA 1F34A 2IS0A 3OXWA 2Q54A 1FG8C 2NR6A 4ZEAA 1HWRA 2QNNA 5P5EA 1F7AA 1FFIC 3O9LB 2QP8A 3NUJA 4Y41A 2CEJA 4OD9B 1ODXA 1HVCA 2FNTA 5P3LA 3URLA 5P09A 3ZPTA 1KJHA 4MC9A 4MC6A 3BGCA 2FMBA 4Y5NA 5OZDA 3CMSA 4FRSA 2Q55A 3L38A 1W5WA 4COEA 2XFKA 5OZ4A 5P5YA 3RTNA 2BPVA 5OZLA 2OHRA 5T4SA 4I8ZA 1ZSRA 3OHFA 1HVKA 3OY4A 5P58A 3PBDA 5P20A 4MC1A 4FRKA 5OZNA 1YM4A 1XL5A 5P2EA 1VIKA 1BXOA 5P48A 1K1TA 2XYEA 3SACA 5P8FA 2QZXA 1GNMA 4UPJA 4QJ6A 4R8YA 5P8BA 5P3CA 4PHVA 3SA5A 1TZSA 4D88A 1EPPE 3QP0A 3TNEA 5P0NA 3TH9A 3SKFA 3RTMA 2IGYA 3GW5A 3O9BA 2QD7A 3VYEA 1CPIA 3SKGA 4K8SA 5P8LA 2QI7A 3IXOA 4ER2E 1D4KA 2CENA 5OZXA 1BIMA 3T6IA 1D4LA 5P6YA 5P22A 3UDMA 5P5ZA 2ZHVA 3APRE 3ZKMA 5OYWA 5DR4A 3TPRA 2IGXA 4HLAA 2PSVA 1K6VA 3RSXA 5IVTA 1ZAPA 5P8AA 1AZ5A 3APPA 2P3DA 2OF0A 2UY0A 5P1VA 5P7JA 1D4JA 2G1OA 4TRWA 1EC0A 3G72A 5P1RA 3UF3A 5SY3A 5P6JA 3EM6A 3TKGA 3QROA 5OZBA 3DV5A 5P4NA 1HVSA 1U8GA 1G2KA 1EC2A 3HDKA 5P34A 4GIDA 2UXZA 4QJ8A 4LL3A 3L58A 3SM1A 3I6OA 3UHLA 1IDAA 3QAAA 4CPTA 3ZOVA 1MPPA 5P16A 2QK5A 1GVVA 1KJ4A 3UDNA 4Q1NA 3PJ6A 3T7QA 4J17A 1HIIA 5COPA 5OZMA 3OXXA 1B5FB 4I11A 4Y3JA 2QNPA 4CKUA 1W5XA 2B8LA 1YT9A 1EPRE 5P7IA 4TVGA 5P7RA 4GJ6A 5P6XA 1MVPA 4DFGA 4XXSA 1SGZA 4OBGA 5CONA 4Y4DA 5KQFA 4RVIA 5P4ZA 1HVIA 4WY1A 5P7YA 5OZKA 5P1TA 3FNTA 4Y54A 3PMUA 5P2OA 3BUHA 1QRPE 3CYXA 5F01A 4I0DA 1HHPA 3NU3A 3R4BA 3CIBA 1W5VA 2BPXA 1FLHA 1HPVA 3O99A 5P2KA 5P6QA 4Y3AA 5HD0A 3SA9A 3INHA 5P76A 1M4HA 3SABA 5P2ZA 4DQEA 3D1XA 4YOBA 4ZE6A 3KFRA 1FMBA 4F76A 1YTHA 5P06A 3GI4A 3TPLA 4M8YA 1SGUA 2FIVA 1LYWB 2ZJJA 2F8GA 1RPIA 5P15A 5HDVA 3EL4A 5P8VA 5P2VA 5P3IA 2ER7E 3BUFA 1BAIA 3UPJA 5P27A 5P8EA 5EZXA 3B7VA 5P1YA 5P5FA 2FNSA 2R38A 5P6BA 2AZBA 2AZCA 5P41A 1E5OE 2VJ9A 3L5BA 5P7HA 2FDPA 2FLEA 2RKFA 3DV1A 2AZ9A 4JPEA 5P6IA 4YHQA 1DW6C 4DJOA 4WTUA 2MIPA 2QMGA 2APRA 3RVIA 4Y4TA 3H5BA 5P84A 2FXDA 1FQ6A 1KJGA 5P7NA 5P8JA 5HE7A 5P50A 5P4PA 4KUPA 5P3SA 1T7KA 4J5JA 4Y44A 5P0YA 3ZLQA 3NSHA 3UFNA 5P7AA 4Y38A 1FEJC 5P5CA 1RNEA 4RLDA 1MT9A 3LIYA 3QPJA 5P1QA 5P8TA 3ZKGA 5KOQA 3MSLA 2WEAA 3IXKA 5I3WA 2O4SA 2OHMA 2HIZA 3OOZA 5CLMA 5P33A 1E81E 2OHKA 5P4OA 1ER8E 4B72A 2UPJA 4Y45A 3ZKSA 1APUE 1QBSA 4L1AA 5P5MA 2ZJHA 1IVPA 5P8MA 1GNNA 2XFJA 3HBOA 5P79A 4DPFA 5P3XA 1HEFE 5P8HA 1T6EX 1MRXA 2VA7A 4QJ2A 5P0JA 4DH6A 4HDPA 3IVIA 1XE6A 3BXRA 5P04A 1HVJA 3DUYA 4F74A 2AOIA 2B7ZA 4F73A 3URJA 4JOOA 4YDFA 5P82A 3ZKXA 4OC6B 2NNPA 4R91A 4ZPGA 1IZIA 2BPZA 5P1GA 3EKPA 1MUIA 5P1HA 5P6RA 4WY6A 4EQJA 1ZLFA 2I4QA 2BPYA 4CPQA 5P0KA 4Y37A 1T7JA 4APEA 5P0GA 3KT5A 3OHHA 5P4JA 4FM8A 4EXGA 1TSQA 5E5JA 3GI0A 5P0SA 1MEUA 3EKQA 3WZ6A 5DQCA 5P2XA 3R0YA 2AZ8A 3EM3A 4FL8A 3UQPA 4Y3QA 5P3FA 2J9JA 5P6DA 4R95A 5P6NA 5HTZA 1IIQA 5OYYA 2ANLA 5P3HA 3S53A 1ODWA 3U6AA 3NU5A 4Y57A 5P1MA 4H3GA 2QZWA 4BELA 3OXCA 1APVE 5P3VA 2QMPA 5P4IA 5JG1A 4EPJA 3CIDA 3LZVA 1B6JA 3K5CA 4XX4A 4QJAA 5J25A 1ENTE 2ZJKA 3O9GA 3PGIA 2AIDA 5OZUA 3ST5A 1MTBA 4HVPA 5P11A 3OQFA 5P6KA 2OHTA 1DIFA 4DQCA 5P0TA 5P35A 5P6MA 3DCKA 2FDDA 1LYAA 1K1UA 4TRYA 2XFIA 5OZIA 4FCOA 1SP5A 5OYQA 4GYEA 3U7SA 1PSOE 4EXHA 1K6CA 3VG1A 3NU4A 5P64A 1RQ9A 4EJKA 4HEGA 5P81A 2B60A 4XKXA 5P2FA 5IE1A 4RCEA 5DGWA 4I8WA 3WZ7A 2PK5A 3L5DA 5P75A 3EKVA 2NNKA 3FKTA 3SQFA 1LF2A 4CPRA 2PYMA 5P25A 1QBRA 2Z54A 5P7MA 3VLBA 4Y53A 4PEPA 4B00A 8HVPA 1APWE 7HVPA 1SH9A 4LP9A 5JODA 3KT2A 4ZPEA 5P5HA 4BFDA 1NPVA 4ACXA 5P3WA 5P80A 4B70A 1NH0A 1HTGA 5P4HA 4I0FA 4RRSA 3O9IA 3PI5A 5P0CA 5KR2A 4RYGA 5OZZA 2PMAA 5OYRA 2AVOA 5P4BA 4D89A 3FIVA 2ZYEA 3LIZA 4Y5CA 2G1SA 5P0RA 4YD7A 1EBZA 3PLDA 1EBKC 4YBFA 2HPEA 2NPHA 5P7TA 3VCMA 1W5YA 1AAQA 5P2YA 4E43A 2ER9E 5OZOA 1QBTA 1IZDA 5P1OA 1ZTZA 1LEEA 1FMXA 5P3KA 2PQZA 4JPCA 3BGBA 3T7XA 1SDUA 3LNKA 4GJDA 3NUOA 3I25A 2Q5KA 3L59A 1W6HA 3OADB 5P3PA 5P7GA 1LF3A 4Q5MA 4FE6A 1K6PA 3HZCA 3FSMA 3PM4A 3SAAA 3LINA 3SA8A 2G1NA 3KYRA 5HCOA 5P1KA 4LXKA 2WKZA 3OU1B 5OZVA 4B78A 3HAWA 4LHHA 3NWXA 1YTIA 1FB7A 3OU4A 5ER1E 3EKWA 5P13A 2IRZA 1G35A 5OYTA 3ER3E 1AXAA 3MXDA 2ZHUA 3N3IA 3S43B 5P7BA 3CKPA 5BRYA 2QI0A 5HVPA 1K6TA 4HDFA 5P8DA 4RYCA 1UH9A 2VJ7A 1E82E 3KDBA 3QRSA 1SIPA 5P4GA 4MC2A 3PEPA 5HDUA 5AHCA 5P4AA 4TVHA 5P56A 4HE9A 1HTRB 3KMYA 1HVRA 5P0BA 5P60A 5DQ2A 4OBZB 2JJIA 4LBTA 3NR6A 1ZBGA 3VFBA 4DJQA 5OZHA 3BVBA 4DJRA 3LPIA 3B80A 5P7KA 5P8OA 4Y3MA 2R3TA 2BPWA 3LPJA 5P0HA 1EC1A 5P2JA 3OUCA 5OZ9A 2BQVA 5P3BA 4Y56A 5ENKA 1M0BA 5P7DA 4OBDA 2FXEA 4XX3A 5P5IA 2AOCA 4GB2A 3PSUA 3BC4A 1KJ7A 2R43A 1MRWA 5OZQA 2VS2A 3TTPA 2OHUA 2XYFA 3ZPUA 3VUCA 1HSGA 1MTRA 3OUDA 5OZ2A 2O4KA 3MXEA 2VA5A 5HU1A 5P1DA 5P83A 1W50A 2HB3A 2Q15A 3GGXA 3QRMA 4FS4A 5I70A 5P67A 2ASIA 3NLSA 3TLHA 1BWAA 3EKYA 1B6PA 2J9JB 5P69A 2BB9A 2QHCA 5P6HA 3TOGA 4B05A 5P2AA 3S7MA 5P4FA 5P2IA 2AOHA 5P88A 5AGZA 3FNSA 4ZSQA 4QLHA 2PK6A 1XL2A 5P1XA 3F9QA 2QD8A 1C6ZA 3M9FA 3QBHA 1HEGE 3U71A 4ZSPA 1EBWA 1G6LA 5P8PA 3EC0A 4Z4XA 1XE5A 1IVQA 2HS2A 2I4VA 2AVQA 2G69A 4I1CA 3GGUA 5P5KA 2V00A 5P4KA 4RCFA 4Y3LA 2R5PA 5C9BA 5P5QA 5P4QA 5P52A 2HB2A 3GI6A 3KN0A 2AVVA 5OZSA 4J1CA 2P3BA 3CKRA 3L5FA 4Y51A 5P5AA 5P7FA 3O9FA 5P7QA 2ZJIA 3EXOA 4Y4JA 3RU1A 3TOHA 4LAPA 1XN2A 1ZP8A 4Q1XA 5P0PA 1MIQA 1MT8A 3QRVA 1B6LA 2AVMA 1SDVA 5DR3A 5P2LA 1FGCC 2F3KA 2HPFA 5C9FA 5AH8A 5P7WA 3PHVA 3S7LA 1B11A 5KQYA 4OBHA 2OHLA 4Y3RA 1C6XA 4RZ1A 2WF1A 3UTLA 1FIVA 2HM1A 4L7HA 3VEUA 4I0IA 3OGPA 2G26A 1FQ7A 2P4JA 2P3AA 4YDGA 3O9DA 5HE5A 5P1ZA 5P4CA 5P6WA 5P8SA 4ZIPA 4FRJA 4Y50A 3DCRA 5DQ4A 1MERA 2OHNA 3TPPA 4DQBA 4L7GA 5OZYA 5OZ6A 3TL9A 2RENA 4CP7A 5P87A 5F00A 4J0ZA 3EL0A 5P2GA 5OZJA 5P1JA 5P5OA 3NXEA 4DVFA 4LXMA 5P73A 5B18A 2FGVA 3NDXA 2VJ6A 5P85A 5DR1A 5P6GA 5P59A 5SY2A 4NJUA 1BWBA 4KB9A 5P5RA 2VIEA 3QVCA 4Y4AA 5DQ5A 1MSNA 4AA9A 5P8QA 4QGIA 2QD6A 1XDHA 5P5DA 4D85A 2G27A 5P2TA 1WKRA 2PSGA 5P03A 6APRE 2WF4A 5P70A 2I0DA 2QI6A 3TKWA 5P1UA 4DQHA 2NMZA 4YD3A 5P14A 5P5BA 2HS1A 3O9AA 4EP3A 4Y4EA 5DPZA 2J9KA 4Y3GA 3K4VA 3KA2A 3OTYA 4Y3YA 3IN3A 4FRIA 1IZHA 3I2LA 3LIQA 3O9LA 4Y3SA 4Y4WA 3TOFA 2IKUA 1NPWA 1D4SA 4S1GA 3EL1A 5P6AA 1AM5A 4YBIA 4FGXA 5P38A 5P8NA 3R0WA 4H3FA 1B6MA 3LZUA 5P40A 2HC0A 2V11C 1EAGA 4EJLA 5OZ8A 2I4XA 5P77A 5P37A 3LITA 5P5GA 5P1BA 5P4SA 1A94A 2ZHTA 5HDXA 3UQUA 3EKTA 5COOA 5P54A 5P29A 4YCTA 5OZPA 3KM4A 3R2FA 4QJ7A 3LIVA 2ZDZA 2G1RA 1IBQA 3DM6A 5P1IA 4K4QA 1VIJA 4APRE 3OK9A 2B42A 3EBZA 1OD1A 3LZSA 2AOEA 4DV9A 2QHYA 4Y5LA 2WJOA 1LF4A 5OZRA 4KE1A 4QJ9A 5I3YA 4Y39A 2WF0A 5P6TA 5OZ0A 1Z8CA 2VIZA 3H0BA 5ER2E 4J1EA 4RRNA 5E5KA 5IVSA 5P01A 4FSEA 4B1EA 5P3AA 4NJVA 5P4MA 5P32A 2B8VA 5HU0A 1C70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZC A;  4NPU A;  3OXV A;  3T11 A;  4ZSR A;  4A6B A;  2PH6 A;  3S56 A;  5P4Y A;  4Y3E A;  3K5D A;  3QS1 A;  5TOL A;  4I0J A;  5P89 A;  5P1S A;  1OHR A;  4Y9W A;  5P0Z A;  2FS4 A;  5P44 A;  1HPX A;  4DJV A;  4YA8 A;  3SLZ A;  2QI5 A;  5AHB A;  2P3B B;  3OQD A;  1PSN A;  2PWR A;  4DJW A;  3A2O A;  1W6I A;  2R3W A;  1XS7 D;  5P5X A;  5UPJ A;  5HDZ A;  5P2H A;  3NDW A;  3RSV A;  5P07 A;  3HVP A;  5P0V A;  2V16 C;  3O9E A;  3EL9 A;  4GJ9 A;  4FM6 A;  2IDW A;  5P0D A;  5BS4 A;  4EQ0 A;  3BUG A;  3MSK A;  5P0Q A;  3HLO A;  1PSA A;  7UPJ A;  4DJX A;  1A30 A;  1CZI E;  1G0V A;  1HIH A;  1SME A;  5P28 A;  2BKT A;  2IEO A;  5P2W A;  1BXQ A;  3UQW A;  4IVT A;  4L7J A;  3LZY A;  2ZJN A;  2P83 A;  2QMF A;  4GJA A;  5P3Q A;  3I8W A;  3IN4 A;  2WL0 A;  4Y48 A;  2VIY A;  1K2B A;  1HVH A;  3PSG A;  4ZSM A;  4YD4 A;  4LC7 A;  3PMY A;  5P6P A;  3NU9 A;  1DPJ A;  5P36 A;  2A1E A;  4YCK A;  2EWY A;  1EPQ E;  1TQF A;  5P46 A;  1FFF C;  4LXA A;  4Y3F A;  4J1I A;  1AJV A;  1BVG A;  3S54 A;  4Y3X A;  2RKG A;  1HRN A;  3PLL A;  3HVG A;  3GGA A;  3UDJ A;  5P1E A;  3SO9 A;  3JVY A;  4J0V A;  1ZPA A;  4AA8 A;  4J0Y A;  1EPO E;  3BVA A;  1FQX A;  5P47 A;  3NDT A;  1FQ5 A;  2Q64 A;  1B6K A;  3IAW A;  4I0G A;  3SA7 A;  3VFA A;  3KFS A;  2ZGA A;  1F34 A;  2IS0 A;  3OXW A;  2Q54 A;  1FG8 C;  2NR6 A;  4ZEA A;  1HWR A;  2QNN A;  5P5E A;  1F7A A;  1FFI C;  3O9L B;  2QP8 A;  3NUJ A;  4Y41 A;  2CEJ A;  4OD9 B;  1ODX A;  1HVC A;  2FNT A;  5P3L A;  3URL A;  5P09 A;  3ZPT A;  1KJH A;  4MC9 A;  4MC6 A;  3BGC A;  2FMB A;  4Y5N A;  5OZD A;  3CMS A;  4FRS A;  2Q55 A;  3L38 A;  1W5W A;  4COE A;  2XFK A;  5OZ4 A;  5P5Y A;  3RTN A;  2BPV A;  5OZL A;  2OHR A;  5T4S A;  4I8Z A;  1ZSR A;  3OHF A;  1HVK A;  3OY4 A;  5P58 A;  3PBD A;  5P20 A;  4MC1 A;  4FRK A;  5OZN A;  1YM4 A;  1XL5 A;  5P2E A;  1VIK A;  1BXO A;  5P48 A;  1K1T A;  2XYE A;  3SAC A;  5P8F A;  2QZX A;  1GNM A;  4UPJ A;  4QJ6 A;  4R8Y A;  5P8B A;  5P3C A;  4PHV A;  3SA5 A;  1TZS A;  4D88 A;  1EPP E;  3QP0 A;  3TNE A;  5P0N A;  3TH9 A;  3SKF A;  3RTM A;  2IGY A;  3GW5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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