5KAOA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-10413
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Modified P1 Moiety Enhances In Vitro Antiviral Activity against Various Multidrug-Resistant HIV-1 Variants and In Vitro Central Nervous System Penetration Properties of a Novel Nonpeptidic Protease Inhibitor, GRL-10413.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kaoA00
5P4GA 3I7EA 1IZIA 1HBVA 4J0ZA 4IVTA 1C70A 2HB4A 5KR8A 1OEWA 5P1GA 4UPJA 1C6XA 2H6SA 3UDRA 3NUOA 6UPJA 4H1EA 1T3RA 3QN8A 4Y43A 1MPPA 5P64A 2IGYA 4HZTA 2QZWA 1HVLA 5OZOA 5P43A 5P1BA 3AIDA 3QAAA 5OZQA 2O40A 5DR8A 3SO9A 2VIEA 2AZ8A 2J9KA 1G35A 3D20A 5P25A 3GGXA 1HRNA 2ZGAA 2G1SA 2CEMA 1Z8CA 5AHBA 3HVGA 3K5CA 2Q5KA 1FMBA 1XN2A 2WJOA 5SXNA 2R38A 1WBKA 2EWYA 4HDPA 4Y41A 2I4DA 4JPEA 4GIDA 3G6ZA 4OC6B 4GZFA 2Q54A 1HTFA 4EP2A 2AZ9A 1SGZA 5P53A 3SA8A 2F80A 2AOJA 4J0PA 4OD9B 4Y4WA 3S43B 3EL0A 5P8OA 4HE9A 1QBUA 5P6RA 3S7MA 5BS4A 5P3YA 3D1ZA 2IKOA 1D4JA 2NNPA 2WEAA 1MT9A 3QRVA 3R0YA 4YOBA 1LV1A 1GKTA 1MRWA 5P0ZA 5P6LA 3UQPA 4TRWA 5P42A 5EZZA 3RSXA 4KE1A 1K6PA 5P3EA 4FM7A 2WF3A 2I0DA 4AA8A 3LIVA 2BPWA 2AOHA 5DGUA 1GVXA 4Y5NA 2I4VA 3ZKMA 2G1YA 3EMYA 3TOFA 1UH9A 5OZAA 1EPLE 1HPVA 5P08A 1UPJA 2G94A 1EPME 1IVQA 2IENA 5P5VA 2CEJA 2Z54A 1K1UA 5P1HA 3ZLQA 5P8KA 1EBZA 2QHYA 5P33A 3KMYA 5P5JA 5P6PA 5P0LA 1HPOA 4GJ8A 5P3CA 2ZHSA 3OXXA 5P4ZA 5SZ9A 1AJXA 5HU0A 2O4SA 3K5DA 2Q64A 5P2LA 4A6BA 4ACUA 1APUE 4IVSA 5P6KA 1HPXA 5P0GA 5P8BA 4BEKA 4I12A 3BHEA 2BKSA 4J55A 2NR6A 2Q11A 3NU9A 4Y58A 1E82E 4J5JA 4L1AA 4YA8A 5P39A 5P78A 2WF4A 1IZEA 3VF3A 5P7EA 5P0PA 2AIDA 3WSJA 4ZPEA 5P6JA 2QMGA 5OZWA 3NU6A 3SFCA 1OEXA 4Y4JA 5P5PA 3LZYA 1FQ7A 4Y4ZA 4E43A 3EKPA 4Y3HA 4Y39A 4NJVA 3U7SA 3WZ6A 4ZIPA 2RENA 5P3DA 5SY3A 4Y56A 3EKVA 5P4QA 5P4DA 5P6SA 3SAAA 2WKZA 3KYRA 4YBFA 4L7HA 3M9FA 3PMUA 5P31A 5P5HA 5P0RA 2FDPA 4KB9A 2B8LA 5OYXA 3LZVA 5P12A 3OUCA 4I8ZA 4L6BA 5P8VA 4QJ8A 1YTJA 1NSOA 4B77A 5E5KA 5DQCA 1W6IA 5P4UA 3Q4BA 2BJUA 4GJ5A 3ST5A 2WEBA 1MTRA 3HLOA 1NPAA 5P29A 4NJTA 3DUYA 3OGPA 3CYWA 4ER1E 4HVPA 2FNTA 2O4LA 5P2JA 3APRE 5P79A 2QNQA 3ZKGA 3CYXA 5P14A 4Y5CA 1D4YA 1T6GA 1M0BA 4GJDA 5P18A 4EQJA 1GVUA 3NSHA 3L5BA 4Y45A 1FQXA 5P0QA 1A94A 4U7VA 4EQ0A 5OYQA 5P1CA 5P41A 3ER5E 2BKTA 5P0VA 1G2KA 1BXOA 3S2OA 4Y3YA 1LYBB 5P6OA 4YCKA 3TPRA 3NWXA 3OQAA 1RNEA 4EJDA 3VV6A 2JJJA 3CKTA 3OADA 5HE5A 3QRSA 1A8KA 2FDDA 3O9GA 4L1AB 3EL4A 4FM6A 5OZKA 1A9MA 3KN0A 4PYVA 4Y5PA 5P3ZA 3ZKXA 3BUFA 5P3FA 2B42A 2R5PA 4D83A 5P8QA 3UQXA 2NXLA 5P6BA 3L38A 1K1TA 3HD8A 2QMFA 3O99A 4MC6A 5P1UA 3UHLA 5P4MA 4DUSA 3KFNA 5P0AA 5HCTA 2ER7E 3FNTA 3VV8A 3NXNA 5P3XA 1HHPA 5P8NA 4YOAA 5P72A 5P6YA 5P56A 3QI1A 3EKQA 3PCWA 5P5RA 4ZLSA 3TL9A 5OZ2A 4I0ZA 1HXWA 1XL5A 1EC0A 1Z1HA 2P4JA 1D4SA 2FXDA 3HVPA 4Y4AA 5P4EA 2QI5A 2BBBA 4RRSA 2BB9A 4YE3A 4YD7A 4Y9WA 3AUPA 4K4PA 2P3BA 5P1OA 5I3WA 4BELA 3L5DA 4B72A 1BDQA 5P22A 5P3SA 4PZWA 4BFBA 2ZHTA 5P17A 2P3AA 2WF1A 5P2EA 5P65A 4ZPFA 1FQ8A 3PI5A 3RSVA 3JW2A 1TSUA 1Q9PA 4MC2A 4DV9A 3L59A 1TW7A 5P16A 2QAKA 1EC3A 5P8DA 5COOA 2PYNA 3OADB 1W5WA 4YD6A 3INHA 4Y4UA 4Y36A 4ZSQA 1BVEA 4DFGA 3UDYA 2PWCA 2Q3KA 3QBFA 2VNMA 4RZ1A 2A4FA 3HW1A 2QI7A 4FSEA 4QJAA 1ENTE 3OTYA 5P3AA 5OZYA 1HOSA 3TPJA 5P8GA 5P0OA 4GMIA 5P1IA 3Q70A 2WECA 5P61A 5HDVA 3HBOA 2QZXA 2FS4A 3N4LA 4Y5KA 3ZPTA 2AOIA 4ZSMA 1KZKA 3MXDA 5P2UA 2I4WA 3GW5A 3EKWA 5CONA 5P8RA 4I0GA 5P57A 4Y38A 1ER8E 3VG1A 5P1VA 4GYEA 4Y5LA 3SLZA 5P69A 2AZBA 3ZOVA 3UFLA 2P3CA 5HE7A 3INEA 3PGIA 1ZTZA 1LF2A 2IQGA 2JJIA 1EPRE 3DCRA 3OHFA 4OBKA 5P0HA 4Y37A 3VFBA 4Y5MA 2QP8A 2G1OA 5P3KA 5OZDA 2NMYA 4YCYA 1HVHA 5P5WA 5P5IA 1AXAA 2Q15A 1SGUA 3DV1A 2AVMA 3MXEA 2FXEA 5KAOA 3PEPA 3UCBA 5HDUA 1A30A 1IIQA 5P6GA 3UDJA 5P76A 5P81A 3MSKA 1EAGA 1ZLFA 4OBHA 5P35A 5KR2A 3T6IA 5OZGA 3VLBA 2FDEA 5P1FA 4I0IA 5P4RA 3I8WA 5P7NA 5IS4A 5AH6A 1RV7A 2OHMA 3TKGA 2OHKA 4TVGA 4FLGA 1PPME 1BDRA 4GB2A 3UDHA 5TOLA 4DH6A 1K6TA 5P1TA 3NU3A 5P8CA 5P10A 1BVGA 5P0WA 5P2SA 5P03A 1ZPKA 1HEFE 1ME6A 5P7VA 5ISKA 5P1EA 4I0HA 5P70A 1BV7A 1YT9A 3UQWA 1XE5A 2WL0A 5P5BA 3PSUA 3KFSA 1AM5A 5P2MA 2PK6A 5HD0A 3VYDA 2QZKA 1DW6C 5P15A 4NKKA 3PJ6A 4J0YA 5P04A 5DQ1A 1F34A 4Y57A 4RYCA 2QD7A 3GI5A 1HPSA 3FKTA 2VJ9A 4Y3JA 5P1LA 2ZJJA 4Y51A 3TOHA 3WZ7A 4RCFA 3UF3A 5P1MA 1XDHA 5P2XA 3O9EA 1FEJC 4FS4A 5P3LA 2PSUA 5OYWA 3O9FA 5P4WA 1LYWA 5P0CA 5P0BA 3UPJA 2VNNA 2PC0A 4GJBA 1W5VA 1YG9A 5P59A 5P5NA 4DJRA 3WZ8A 1G0VA 3PRSA 5P67A 4Y4EA 1FIVA 5P5UA 5OZMA 3PMYA 3OTSA 2V00A 4Y3XA 3GI4A 4AUCA 2QHZA 3Q3TA 5KOQA 4PHVA 3TLHA 3IAWA 5P09A 5P2HA 3BC4A 3NDWA 2PH6A 2HB2A 2PQZA 1QDMA 5P1ZA 2OHQA 4B1DA 4WTUA 5P0FA 5P8PA 3MSJA 5P28A 4U7QA 5P8EA 5KQXA 5OYSA 5P7YA 5DQ5A 5P4IA 2QMPA 5OZFA 5P4KA 5P5KA 2XYFA 1ZSRA 4RVIA 5BRYA 5P3RA 4MC1A 4OBFA 3A2OA 5P3NA 5P40A 4L7GA 1MSMA 2G24A 5OZ6A 5BWYA 4Y5AA 3KDBA 1DPJA 5IVQA 1BIMA 1HVKA 4OBDA 3S85A 5P7ZA 3TH9A 4EYRA 5P3JA 1FMXA 3OUDB 4AZYA 2WEDA 3B7VA 1PSOE 4H3JA 4B05A 4I0EA 4F74A 3WB4A 4Y35A 4I0FA 1UH7A 3U71A 5P8SA 4TRYA 2QU2A 1FMUA 1SDVA 4Y3WA 3D1XA 2QNPA 5P6QA 3TTPA 4Y3GA 5P7WA 1LYWB 4RYGA 4YCTA 3CKPA 5P0DA 4I0JA 4DJQA 3BRAA 4JP9A 2QI4A 1B6LA 4COEA 3EM6A 5P4JA 4J0VA 2B8VA 4LC7A 5OZCA 2ZJKA 4DJOA 5P2YA 5OZ4A 4B1EA 4Y3TA 1HVJA 2B7ZA 1CMSA 5DQ4A 3DOXA 2A1EA 3NUJA 4Z22A 5P86A 2R5QA 3GGVA 4EXGA 5P2NA 3OOTA 2QMDA 5IE1A 2I4UA 3UDPA 1HXBA 4DVFA 1DP5A 3H5BA 3O9BA 1BWAA 5P1AA 5P49A 4N00A 4ER4E 5P55A 3UDQA 4Y3EA 4DQBA 1KJHA 5P7MA 5P6ZA 4FCOA 2IGXA 3S56A 3U6AA 3MWSA 4H3FA 4KE0A 4Y5EA 5P66A 3ECGA 4FRJA 5OZ0A 4FL8A 2ANLA 3PWRA 2XFKA 2BPZA 2R9BA 4H3IA 1PPKE 1TCWA 5P0MA 5OZ1A 3EM4A 1K6CA 3CIBA 5P4FA 5P36A 3ZMGA 5P54A 2JYSA 3QS1A 1BV9A 2AQUA 2NXDA 3EBZA 1KJ7A 2V10C 1BXQA 4PZXA 2H6TA 3NDUA 4ER2E 4HDFA 5P19A 2F3EA 3BXRA 1SDTA 2JXRA 1HVSA 2AVSA 3URIA 1MT8A 5HU1A 3HAUA 5P05A 1XN3A 3QROA 3VF7A 2HB3A 3FNUA 3D91A 4HLAA 3KDCA 4Y3QA 1QBTA 3CICA 3SA3A 5P6IA 4FM8A 3R1GB 3OXVA 1LF4A 5OZ3A 3ZPSA 2HS1A 3VV7A 4EJLA 3SA5A 5P32A 5OZTA 1FB7A 5P34A 4EPJA 3S54A 5P6XA 1NH0A 4OBGA 5P5XA 3LHGA 5P5LA 1D4HA 5C9FA 1SMEA 2QCIA 2UXZA 5OZVA 5J25A 5P00A 4CPQA 3OU4A 4Y54A 5I3YA 3KFRA 5P8HA 3TPPA 5P0KA 2ZJNA 3FV3A 1IBQA 1D4LA 2ZYEA 5P5QA 4CPUA 1XL2A 5P4XA 1HTRB 5ER2E 2PH8A 3PI0A 5P24A 2G1NA 5B18A 3QBHA 4Z2ZA 4LP9A 2ER0E 1XE6A 3PBDA 3NLSA 4D89A 3OQDA 4MC9A 1HIHA 2AVOA 2QI3A 5P8JA 4QJ6A 1ZPAA 3JVWA 4RRNA 4Z4XA 5P6UA 2AVVA 1MSNA 4FE6A 1TCXA 4KUPA 4LXKA 5ENKA 4DJPA 3PM4A 5OZRA 1MTBA 4J54A 3CMSA 1QRPE 5P7TA 5P4YA 4DJUA 3LPIA 1QBSA 5DR7A 3UQRA 3PVKA 4Y3FA 5P63A 5P4OA 5KOSA 3OHHA 2HM1A 1ZJ7A 3B80A 2HPEA 4GJ7A 3H0BA 1SP5A 2OF0A 2ZJLA 3ZKSA 3NXEA 4Y50A 4XX3A 1N49A 5P1DA 5OZLA 5IVSA 5P26A 3S45A 4DQHA 5DQ2A 4Y4DA 5P82A 5KR1A 1JLDA 4Y3LA 1T6EX 5P5MA 5P50A 5P4PA 3EM3A 1FFFC 5P0SA 5P0JA 3K5FA 5P30A 5P5EA 4Q1WA 2IL2A 5P0XA 1RL8A 1YTHA 3EL5A 1IDAA 2I4QA 3PLLA 3UFNA 2G69A 4CPSA 5KQZA 3VF5A 4DQCA 2R8NA 1HTGA 3OUAA 3RTNA 1FF0C 1META 2PSGA 1FFIC 3OU4B 4JPCA 2F3KA 3VLAA 2NTRA 3OGQA 4APRE 3OXCA 4NJUA 3R2FA 2WF0A 2ZHRA 4Q5MA 5OZHA 3FSMA 4RCDA 4LXAA 5P4NA 2I1AA 4DPFA 5P2GA 4RVJA 5P51A 5P89A 1ODXA 3OQ7A 1EBYA 3UDMA 2QNNA 1SIPA 1W51A 4Y3PA 5P20A 5P7OA 5C9DA 3K1WA 3MSLA 3LPJA 3DK1A 1FGCC 3UQUA 5P2OA 1W5YA 2ZJHA 3IN3A 5I70A 1HEGE 3D1YA 2RMPA 5P2FA 5DR3A 5F00A 1K6VA 1KJ4A 5P2AA 4Y48A 4Y5BA 1PROA 3QVCA 3G72A 5P4TA 4CP7A 3DV5A 2ZJIA 1K2BA 4XXSA 2G21A 4Y3MA 1M43A 5P3PA 5P83A 1EPOE 2OHUA 2ZE1A 2UY0A 5P7HA 3VEUA 3C9XA 5JFUA 5P6DA 2OHLA 5P6MA 3INFA 4PEPA 5P7SA 5P6HA 4L7JA 2P3BB 1GVTA 1NPVA 4EP3A 1RPIA 3BGCA 1PSNA 3TOGA 1MUIA 5COPA 4YD3A 2AOCA 3SA6A 5P2IA 5P27A 1HWRA 3GI6A 5P2TA 4TRZA 2AOEA 4A4QA 2O4PA 5P85A 1APVE 4J0TA 5P7KA 2IDWA 1AVFA 5P8IA 1B6JA 2QI0A 4K8SA 1AZ5A 1E5OE 1OHRA 1AJVA 5P84A 3UDKA 5P5ZA 4Y3DA 3N3IA 5P3GA 4Z50A 4CPWA 3IVHA 1HTEA 4D88A 5FIVA 4B0QA 7UPJA 3O9DA 3KA2A 1SH9A 1G6LA 3NWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4G A;  3I7E A;  1IZI A;  1HBV A;  4J0Z A;  4IVT A;  1C70 A;  2HB4 A;  5KR8 A;  1OEW A;  5P1G A;  4UPJ A;  1C6X A;  2H6S A;  3UDR A;  3NUO A;  6UPJ A;  4H1E A;  1T3R A;  3QN8 A;  4Y43 A;  1MPP A;  5P64 A;  2IGY A;  4HZT A;  2QZW A;  1HVL A;  5OZO A;  5P43 A;  5P1B A;  3AID A;  3QAA A;  5OZQ A;  2O40 A;  5DR8 A;  3SO9 A;  2VIE A;  2AZ8 A;  2J9K A;  1G35 A;  3D20 A;  5P25 A;  3GGX A;  1HRN A;  2ZGA A;  2G1S A;  2CEM A;  1Z8C A;  5AHB A;  3HVG A;  3K5C A;  2Q5K A;  1FMB A;  1XN2 A;  2WJO A;  5SXN A;  2R38 A;  1WBK A;  2EWY A;  4HDP A;  4Y41 A;  2I4D A;  4JPE A;  4GID A;  3G6Z A;  4OC6 B;  4GZF A;  2Q54 A;  1HTF A;  4EP2 A;  2AZ9 A;  1SGZ A;  5P53 A;  3SA8 A;  2F80 A;  2AOJ A;  4J0P A;  4OD9 B;  4Y4W A;  3S43 B;  3EL0 A;  5P8O A;  4HE9 A;  1QBU A;  5P6R A;  3S7M A;  5BS4 A;  5P3Y A;  3D1Z A;  2IKO A;  1D4J A;  2NNP A;  2WEA A;  1MT9 A;  3QRV A;  3R0Y A;  4YOB A;  1LV1 A;  1GKT A;  1MRW A;  5P0Z A;  5P6L A;  3UQP A;  4TRW A;  5P42 A;  5EZZ A;  3RSX A;  4KE1 A;  1K6P A;  5P3E A;  4FM7 A;  2WF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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