5KQFA

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-4-methyl-6-pyrimidin-5-yl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 12) bound to bace1
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
358
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 358
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqfA02
8HVPA 1C70A 4J54A 1FQ4A 1QDMA 3CYWA 5P0XA 2B8VA 5P4ZA 5P0YA 4FSLA 1HVRA 4U7QA 4CPRA 5P38A 5OZAA 4EXGA 6UPJA 5P1ZA 3U7SA 4Y5PA 5P8PA 5P6NA 4IVTA 2IDWA 1M4HA 3WZ7A 1AM5A 4XXSA 1GVUA 5P01A 1ZLFA 4Q1NA 4FAEA 3ZKGA 3DV1A 4GJ7A 2VIZA 5P77A 1MT9A 5KAOA 5P2QA 5P3ZA 2NMZA 4ZIPA 5P8QA 5P76A 3INEA 3D20A 3RSXA 4YDFA 4Y9WA 4YOBA 5P0QA 5P0CA 2ASIA 5P2FA 2ZHTA 5P85A 1IVPA 5KQYA 3O9EA 2O4SA 2V00A 5P4IA 1K6PA 4ZSMA 1YM2A 1T6EX 3LPJA 4K8SA 5BWYA 2CEJA 4DPFA 5P6GA 4Y3XA 5P4JA 3KFRA 1A30A 2ER9E 1FQ5A 1E82E 4LXAA 5P08A 4Y3GA 5KQXA 2F8GA 1CMSA 3T6IA 5P69A 1QBSA 1W51A 5DQ2A 5P1QA 5P1FA 5ER1E 4Q1YA 3EL5A 5P5RA 5OYWA 5P0DA 1HVLA 5P2TA 3OQFA 4DJRA 1U8GA 3MXDA 5P2HA 4JOOA 5P27A 4EHCA 3OHHA 3U6AA 1EC2A 5AH9A 3PI0A 4APEA 2XYFA 3UF3A 3PCZA 1HPVA 1ENTE 3I7EA 1FLHA 2AOCA 1T6GA 2WF3A 4GIDA 5P3YA 5P7SA 5P8LA 5P5IA 2G21A 3OU1A 2IQGA 2O4KA 3QVIA 4Y3RA 5OZ5A 5P6SA 2I0AA 5P1GA 4H3FA 4YA8A 5P71A 5OZKA 5OZ8A 5P2SA 4D85A 5OZ2A 3BVBA 5P5AA 3OTSA 4ZPFA 5HE4A 5P1JA 5OZEA 3D91A 4ACUA 5DR8A 3KDBA 1ME6A 4HDFA 5P4NA 2I4DA 1QBUA 3UQUA 4B72A 3OWNA 3PB5A 5P8HA 2PMAA 1HTRB 4A4QA 3K1WA 5P5YA 4L6BA 5P09A 2VJ6A 2QZKA 4Y4JA 3EXOA 2AVSA 5P47A 5P2RA 5P7FA 4GJ8A 5P0BA 3EKTA 3PEPA 4Y3MA 4OD9A 3C9XA 4J0TA 2FDEA 1EPLE 5P7KA 2QHZA 2J9KA 3QAAA 4BEKA 3MWSA 5P8NA 5P0FA 3KYRA 5P2KA 5ISKA 4DQFA 1WKRA 5OZYA 4F76A 4B77A 2ZJJA 5P0EA 2ZJMA 4R92A 1ZTZA 4K9HA 4LC7A 5P3VA 1B6MA 3IN4A 3O9IA 3SKFA 5DR0A 2QU2A 5P31A 5P49A 2O4LA 3O9AA 3SA5A 2UY0A 5P43A 1VIJA 5P8FA 2ZDZA 2ZHRA 4Y47A 3KMXA 3INDA 1B6LA 3OQ7A 2WECA 5P1PA 5DR1A 5P87A 3TKWA 1RV7A 3UDMA 2OHQA 1K1UA 5P26A 5P5QA 4MC2A 3GGVA 1TQFA 1EPPE 1LYBB 2QMGA 4I8WA 3GGXA 4ER4E 1BILA 4DQHA 2PYMA 4Y3WA 5P8JA 3BXRA 5P2JA 1BXOA 4EJKA 5IVQA 1RNEA 4Y38A 3VLAA 2BBBA 4ZEAA 5KQFA 5P3IA 3BUHA 5P5TA 3NR6A 3O99A 5P4QA 3SLZA 1W5XA 5JFPA 3URLA 5P6DA 4PEPA 3IVHA 5DR7A 2FIVA 4B00A 2AOHA 5P25A 3OXCA 1TW7A 5P6MA 5AHCA 3S56A 2PK5A 4D88A 4CP7A 3L5BA 5P1RA 5JODA 2WEBA 5P73A 1DP5A 4Y56A 3OUDA 3UDHA 1BIMA 5DR3A 4ER2E 2I4VA 3DOXA 2BPWA 4GJ9A 2I0DA 3CMSA 3OADB 4FIVA 2XFJA 3OU4B 4B05A 3DK1A 3KF0A 4D89A 1HOSA 4Y4BA 2G1RA 4Y37A 5P62A 3ZPTA 4ZPEA 1RQ9A 5HVPA 3QS1A 3PSGA 3PWMA 1EBZA 3NDXA 2IGYA 5P4UA 4Y3SA 4ZPGA 4WY6A 5P46A 4CMSA 1LF2A 3K5FA 1FEJC 3KDDA 2R3WA 5OZNA 2JE4A 2NPHA 2G22A 3LIVA 4Y6MA 3BGBA 4Y54A 4LXMA 3KT2A 3L5FA 4EQJA 2FDDA 4Y5EA 4GJ6A 3EKYA 5P3NA 2OHKA 3NWXA 4QJ9A 3R2FA 5P00A 4I8ZA 5P3RA 2AZ8A 1D4JA 3PWWA 4J55A 4OD9B 1K1TA 3VSXA 5P51A 3VFBA 4YCYA 2J9JA 4ZSRA 2QHYA 3CKTA 5P41A 4FRIA 1B5FA 5OZXA 5SZ9A 5P0WA 2WF0A 5P44A 1E80E 1LYWA 5P5EA 2HPFA 4FRKA 1CPIA 4GYEA 5P6YA 5OZPA 4OBJA 3EL9A 3LPKA 4I0HA 5HDUA 3EL4A 3UDQA 3ZKNA 1K6CA 4DJXA 1XDHA 4OC6B 3TL9A 4Y53A 5P3UA 2Z54A 4NJSA 5ENMA 1E5OE 5P1MA 2WEZA 1DAZC 4TVHA 1D4KA 3QN8A 1PSAA 3OHFA 5UPJA 1N49A 5I3WA 3PCWA 5ENKA 3QP0A 3SA4A 5P0AA 5P70A 5P12A 3VLBA 4Y48A 5P5HA 3O9BA 3L38A 5P0IA 3D1ZA 2VNMA 1EBWA 1E81E 3VF5A 2P83A 5P4VA 3LZSA 4QJ7A 5HD0A 5OYTA 5HE5A 2ER0E 1FKNA 1QBTA 3PI5A 2IEOA 5TOLA 3ZKMA 5EZZA 5P5UA 5P2MA 5DR4A 2QZLA 5OZ0A 5P8GA 5P2DA 3R0WA 5AH6A 1SIVA 1LV1A 5P1NA 3UPJA 1MIQA 1EAGA 2CEMA 3OGQA 3KFSA 2VA6A 1BDQA 5P1DA 1ZAPA 1EPOE 4J0ZA 5P0LA 2VIEA 2AVQA 5P4KA 1HIHA 1UH8A 5APRE 3EMYA 4J1CA 5P8BA 5J25A 5P3OA 3QI1A 4KUPA 4HA5A 3G70A 3Q3TA 4Y5BA 2RMPA 4CPUA 4LHHA 5P5LA 5COKA 5P8KA 1G35A 1HSHA 4DJUA 2ZJKA 1PSOE 2HIZA 5P20A 2RKFA 2NNKA 5P86A 5P2IA 3MXEA 2PWCA 4Y43A 1M0BA 1LS5A 2QK5A 4ZSQA 5P6AA 4FAFA 2VJ7A 1KJ7A 4D83A 1UPJA 1T3RA 2F3EA 4FGXA 5OZBA 3UQRA 1C6XA 4OBHA 2I4WA 5HU1A 5P5XA 5P7NA 3EKVA 3U71A 4AUCA 1YTJA 3RTHA 1XE6A 3BVAA 3SA6A 5P5BA 4DFGA 1FQXA 4Y39A 1HVHA 4J1HA 2J9JB 5P54A 5P80A 2QU3A 3ZMGA 3ZKXA 5P39A 3O9CA 4DJQA 3HBOA 3JVWA 2PK6A 5P0RA 5P8VA 5P1LA 1LYWB 2Q11A 2PYNA 5P18A 5P8SA 5P0MA 1ER8E 3LZVA 4PHVA 4HE9A 5P68A 1IIQA 4S1GA 4HLAA 5P1XA 1BVEA 4MC1A 5OZZA 3PJ6A 2APRA 2B7FA 3KN0A 2BQVA 3K5GA 5P3HA 5P4FA 1HEFE 3PHVA 5OZRA 2JYSA 4Q5MA 1PFZA 4CKUA 2MIPA 5P05A 5E5JA 1D4SA 3BUGA 3FSMA 5P61A 1GVXA 3PMYA 2QI6A 4FRSA 3H5BA 3TPPA 3VG1A 5P3JA 5P5OA 1SMEA 4RVIA 5OZ3A 3AIDA 3SFCA 5P30A 4NJVA 3TKGA 4Y5NA 4B1EA 1UH7A 3B7VA 3RSVA 4Y3ZA 1AAQA 2QNNA 5P2XA 5P7ZA 3IGBA 4YCKA 1ZSRA 1ODYA 3Q4BA 4AA9A 5P16A 1EC3A 4EPJA 3LZUA 2NXLA 4DUSA 5OZ7A 4Y3DA 1AJVA 4H1EA 1K2BA 5PEPA 2AOEA 3NUJA 5P1HA 3ZKSA 1MEUA 4D8CA 1HVJA 1ZJ7A 5P5ZA 1BWAA 4RCFA 5P0ZA 2G26A 4I12A 2HS1A 5P0SA 3EKPA 2FGVA 1BV9A 2PSUA 2BPVA 2O4PA 3MSLA 1FF0C 3KFPA 2G69A 4L1AA 1MT7A 5P6CA 3UCBA 5P8MA 5IS4A 1FGCC 2ZGAA 5OZIA 1FG8C 5DQ1A 3EM3A 2HM1A 3S7LA 5P66A 3HDKA 2XFKA 4YD7A 2R5QA 3S85A 1IBQA 3GI5A 3RTMA 3NU5A 3L5CA 5F00A 5P23A 4CPQA 1LYAA 6FIVA 5P48A 1SDTA 3Q5HA 3BXSA 1D4LA 2PQZA 3EKWA 4HZTA 3IA9A 5P5WA 1PPLE 5P1VA 3CKRA 5P75A 4OBGA 3RTNA 5AHBA 5P7AA 4Z50A 1AJXA 1T7IA 2R3TA 2QD6A 3O9FA 4DJVA 1HXWA 5P19A 3Q6YA 5OZ6A 1EC1A 2XYEA 3UDPA 1ZPKA 4YHQA 3SPKA 4YBFA 1MUIA 1XE5A 2P8HA 2V13A 2IENA 2R8NA 4H3IA 5P02A 3VV7A 5CLMA 3TOGA 4TRZA 2G94A 5P7YA 5P6FA 2P4JA 5P6WA 5P7JA 5KR8A 3MSJA 5P3GA 2BPXA 2G1NA 1EPRE 1HPXA 3NDWA 3OAGA 5P5PA 3UDJA 1ZBGA 2Q15A 2AOGA 4J1IA 3S54A 5P45A 2NTRA 2AZ9A 5AGZA 3D1YA 3LIZA 1FQ6A 2B60A 4Y4ZA 5KR1A 5P1YA 3TLHA 2G1YA 5P6HA 3UHLA 3UDNA 3KFNA 5OZHA 5P7GA 2FLEA 5P6EA 3APPA 4YCTA 5P55A 1FG6C 2FDPA 2PC0A 2QI1A 2OHLA 4B70A 5P6VA 1KJHA 5OZ4A 5P89A 4J0VA 1UH9A 1C6YA 5OZDA 4K4PA 4RZ1A 4Y3NA 2Q63A 4LP9A 5P32A 4GJCA 3APRE 3NDTA 4B1DA 3R1GB 3IXOA 4R95A 4X2LA 2QMPA 4M8XA 2OHRA 3FNSA 1IDBA 4RRSA 3UDYA 5OZJA 4M8YA 1BVGA 4I0IA 4IVSA 5P1SA 1FQ7A 1W5YA 2O40A 4Y4XA 5P7RA 4KE1A 4Y35A 4RGHA 2AVMA 2VIYA 3QROA 2ZJLA 3BUFA 2ER6E 2R38A 2NXMA 5IVRA 4I10A 2QMDA 3TNEA 4Y5LA 2I4UA 4AMTA 2WJOA 5AHAA 2AVVA 2IKOA 5KR2A 1HHPA 5OZFA 1BAIA 3K5CA 1G6LA 3VUCA 5P57A 2WF1A 3CICA 4FL8A 5P0PA 5JG1A 3URJA 5P4SA 1YTIA 5P34A 3BC4A 4YDGA 3B80A 5P6UA 3T7QA 5P65A 3T11A 1G2KA 4NPTA 3FV3A 3GGUA 2OHTA 1HBVA 1FFIC 2IRZA 5ER2E 1SH9A 4HEGA 3WSJA 4FE6A 1SMRA 2ZJNA 4KE0A 5P5KA 3OU1B 3PWRA 1PPME 2VKMA 1JLDA 5KOQA 4DQEA 3AUPA 1T7KA 2G1SA 3SAAA 5P10A 5P78A 3S45A 4XX4A 2OF0A 4KB9A 1MTRA 5P3EA 4H3GA 5COPA 5P33A 2FMBA 5P17A 5P5GA 4QLHA 2QI5A 1VIKA 3EL1A 5P24A 5P3KA 4J0PA 3FNUA 3DCKA 5P13A 5P8AA 3HAWA 2A4FA 3OXWA 1GNOA 3KT5A 3NWQA 4Y50A 3HW1A 2AOJA 2WKZA 3DCRA 2NXDA 5P7PA 3KDCA 2H6SA 2JJIA 1D4YA 5DPZA 5P22A 1BXQA 3VFAA 2QI3A 4PZWA 5OYQA 3UFLA 4RYGA 4Y51A 4H3JA 2HB4A 3OTYA 1NSOA 5P63A 3NDUA 3GI0A 5OZSA 4EP3A 3PBZA 5SXNA 5P3TA 4EQ0A 2P3DA 1W50A 4F75A 4NKKA 4CPWA 4FM7A 5P2LA 3SA3A 3EC0A 1EPME 4Z2ZA 1MTBA 2JJJA 5HCOA 1K6VA 5COOA 3LPIA 5HDVA 4OBZA 1GKTA 4Y3EA 4MC9A 1WBKA 5P3WA 1NPWA 3IXJA 1MSMA 5P1OA 4FM6A 4FCOA 2O4NA 1HTEA 4WTUA 4A6BA 4DPIA 3TPRA 3LHGA 3I6OA 4DVFA 3SABA 2R5PA 2WEAA 2VNNA 5IE1A 4Y5AA 1F7AA 2FXEA 3O9LA 1EPQE 5P7LA 4AA8A 5P2EA 4E43A 5P1CA 1IVQA 3LITA 4CPTA 4LXKA 3WB5A 3UDKA 1MSNA 3IN3A 3ZKIA 4I1CA 2BKSA 7UPJA 1HEGE 1MRWA 3OQDA 1W5VA 3ZKQA 2ANLA 2Z4OA 5P64A 2F80A 2AQUA 4F73A 1Q9PA 2PH6A 2QMFA 4J0YA 1SGZA 2UPJA 6APRE 5ISJA 5P4XA 4DV9A 3OUDB 3DJKA 5OZ1A 5P88A 1XL5A 1EBKC 3UQWA 5P50A 5OZ9A 5P7UA 3QPJA 4LL3A 3DUYA 3L5DA 1A8KA 1YM4A 4Y3FA 3OOZA 4RCDA 2BPZA 3INHA 1PPKE 3PSYA 4PPHA 4K4QA 5P1BA 1XN3A 2EWYA 2WEDA 4Z22A 1NH0A 3N4LA 4JP9A 4I11A 4DJOA 5P1AA 1IZDA 4YE3A 5OYXA 2BPYA 2UXZA 5P4AA 3O9DA 3OK9A 3HD8A 4Y3AA 5SY2A 2F3FA 5P1WA 2VS2A 3Q70A 5DGUA 1YTHA 2Q64A 5P2OA 5HU0A 4U8WA 4OBDA 1NPAA 5P3AA 3UQXA 1A8GA 4LAPA 1LF4A 5OZGA 5P5CA 5P53A 2VA5A 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 8HVP A;  1C70 A;  4J54 A;  1FQ4 A;  1QDM A;  3CYW A;  5P0X A;  2B8V A;  5P4Z A;  5P0Y A;  4FSL A;  1HVR A;  4U7Q A;  4CPR A;  5P38 A;  5OZA A;  4EXG A;  6UPJ A;  5P1Z A;  3U7S A;  4Y5P A;  5P8P A;  5P6N A;  4IVT A;  2IDW A;  1M4H A;  3WZ7 A;  1AM5 A;  4XXS A;  1GVU A;  5P01 A;  1ZLF A;  4Q1N A;  4FAE A;  3ZKG A;  3DV1 A;  4GJ7 A;  2VIZ A;  5P77 A;  1MT9 A;  5KAO A;  5P2Q A;  5P3Z A;  2NMZ A;  4ZIP A;  5P8Q A;  5P76 A;  3INE A;  3D20 A;  3RSX A;  4YDF A;  4Y9W A;  4YOB A;  5P0Q A;  5P0C A;  2ASI A;  5P2F A;  2ZHT A;  5P85 A;  1IVP A;  5KQY A;  3O9E A;  2O4S A;  2V00 A;  5P4I A;  1K6P A;  4ZSM A;  1YM2 A;  1T6E X;  3LPJ A;  4K8S A;  5BWY A;  2CEJ A;  4DPF A;  5P6G A;  4Y3X A;  5P4J A;  3KFR A;  1A30 A;  2ER9 E;  1FQ5 A;  1E82 E;  4LXA A;  5P08 A;  4Y3G A;  5KQX A;  2F8G A;  1CMS A;  3T6I A;  5P69 A;  1QBS A;  1W51 A;  5DQ2 A;  5P1Q A;  5P1F A;  5ER1 E;  4Q1Y A;  3EL5 A;  5P5R A;  5OYW A;  5P0D A;  1HVL A;  5P2T A;  3OQF A;  4DJR A;  1U8G A;  3MXD A;  5P2H A;  4JOO A;  5P27 A;  4EHC A;  3OHH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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