5KQXA

Protease e35d-sqv
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease E35D-SQV
molecule tags Hydrolase/hudrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqxA00
5P4KA 4Q1XA 5P41A 4Y3TA 3SAAA 3KDDA 1FMXA 1IZEA 5P2NA 4EJDA 2RSPA 5E5JA 4Y5CA 5P62A 2IEOA 3L5EA 1JLDA 2QI3A 1CMSA 4Y4DA 2NXLA 1ENTE 5P46A 5P1OA 2IL2A 4I11A 5P72A 1T3RA 3EKQA 3O99A 2R3TA 3ST5A 1NH0A 4CPWA 2OF0A 4FIVA 2BKSA 5P0WA 3SA6A 5P69A 1Q9PA 5P2UA 5P5HA 5P22A 1GNOA 5P4TA 3SKGA 1TZSA 3L5CA 3K4VA 1RQ9A 5P7ZA 3S43B 4GIDA 1W50A 2WEDA 5OZQA 2OHLA 2APRA 4DPIA 2FMBA 2VA6A 3SA5A 5P0MA 5KOQA 1W51A 5AHAA 5P1JA 5P47A 5SY2A 2ZJKA 1DPJA 5P6QA 4NJVA 1W5YA 3HD8A 5P0CA 3QVCA 3OU4A 3EXOA 3QN8A 3NUJA 2WF0A 2B60A 5P66A 3NR6A 4NJSA 4OBZA 5P2SA 2CEJA 3RU1A 5P70A 3NSHA 2AOJA 5P1TA 2AOHA 5P6PA 6APRE 4ZSQA 2P3AA 5DR3A 2QNNA 4MC2A 2B8LA 3UDJA 2PQZA 1YT9A 1LF2A 5P63A 4LP9A 4ZLSA 5OZJA 4AMTA 5COKA 5P12A 5P56A 2QD8A 5E5KA 5ER1E 3VV8A 3QS1A 2ZDZA 5P8MA 4B1EA 3IN4A 2VKMA 4Z22A 5P3RA 3L5DA 2PH6A 2G69A 4FCOA 1BIMA 1UH8A 1RPIA 3UDMA 4GJ7A 3APPA 1HIVA 5P4LA 5DR7A 4Y5KA 1EBZA 2OHQA 1A94A 1APVE 1PPLE 1E82E 1B5FA 3R2FA 5P44A 5KOSA 2G1YA 2XFJA 2F3KA 2ZJIA 2QNQA 6FIVA 1HWRA 5DR0A 1LF4A 5P32A 4DUSA 5KQZA 2QK5A 3EM4A 1FG8C 4QJ9A 2QZLA 4J1HA 5P6SA 2RMPA 3ZKSA 3UF3A 5OZLA 1D4YA 1DAZC 1QBTA 5P2RA 1HPXA 2HB2A 3ER5E 3IVHA 3NDXA 3OHFA 2OHSA 4CPRA 5OZTA 1KJFA 2I1AA 2CEMA 1SP5A 1AAQA 4GZFA 5ER2E 2AVVA 1MSMA 3DV5A 5PEPA 2G1SA 4Y3ZA 3I8WA 4FM8A 5P6UA 3UQWA 4A6CA 3EKVA 2NMYA 4QLHA 1LYBA 1EPQE 3OWNA 3GI0A 5AHCA 3VYFA 1AVFA 2SAMA 4EQJA 5P0LA 3QBFA 2OHKA 2P3CA 5P08A 4Y5BA 2G24A 1QBRA 5DQ5A 5P8VA 4Y41A 3ECGA 3OXXA 4FAEA 3A2OA 1Z1RA 1BWBA 4ACUA 3OXWA 5JG1A 4HVPA 3PHVA 2P3BA 5P7MA 5P84A 3G72A 3OUDA 5P7PA 5P1GA 3TPLA 5OZBA 5P7OA 5P2IA 3O9EA 3CKPA 1EPPE 3IXOA 4GB2A 5P85A 5P1MA 4D88A 4M8YA 5P27A 5P4HA 5IVRA 5P0XA 4JPCA 5P5NA 4CPXA 2VIEA 3TOGA 4J54A 3G6ZA 2G1RA 3PBDA 5C9BA 5HCTA 4OC6A 2QHZA 4Y4AA 3UFLA 3VV6A 3O9LB 1Z8CA 3QI1A 3KT2A 1B6JA 1HHPA 1MVPA 2I4DA 4A4QA 4EWOA 4GJ6A 2V00A 1HVIA 3OGPA 3ZKMA 5P1DA 1IDBA 1SDTA 2Q54A 2ER7E 2Z54A 4DQFA 2ZHTA 5P0KA 2H6SA 3B7VA 3ZKXA 4JOOA 2B42A 2HAHA 5P24A 5JFPA 5P65A 5P5IA 3INHA 5SY3A 4LXMA 5P7IA 2FIVA 5P2BA 5P4WA 4DJXA 2BPZA 2MIPA 2HPFA 5P5TA 2F80A 2ZJHA 1SGUA 5P8RA 5P60A 3U6AA 4HDPA 5JFUA 3VG1A 1FLHA 4Y3SA 1OD1A 5P37A 1T7KA 5P79A 1HVJA 4J55A 4B1CA 4Y3XA 3I2LA 3CIDA 3QRMA 4WTUA 1F7AA 5DQ1A 3OQFA 5P3UA 2OHNA 4KB9A 2JXRA 1A9MA 5F00A 2HS1A 1HTGA 3OADB 5EZZA 2Q64A 2PYNA 5P7XA 4Y4BA 5P30A 5P8IA 1BXQA 5P3BA 4GYEA 5P3LA 3O9IA 2IGXA 3UQUA 2AVOA 5P71A 1G2KA 4Y3MA 4CMSA 5P3ZA 5HU0A 3IA9A 5P0VA 3L3AA 1CZIE 4JECA 5OZYA 5P20A 2IS0A 5P28A 4K8SA 1HVHA 2G20A 5P18A 3H5BA 5P0AA 2AOCA 2NNKA 1QS8A 2B7FA 1IVQA 1TQFA 4FRSA 3OU1B 5P6FA 5OZ2A 2F3FA 5ISJA 4DJYA 3R1GB 2WJOA 5P0RA 3FNUA 2ZHSA 3ER3E 1VIJA 2QMFA 2WF3A 5P4CA 1HSIA 1D4JA 3FSMA 1XL5A 4YOBA 4DPFA 2IDWA 3OQKA 4Y39A 2QI6A 5P4IA 1SIVA 5P3YA 1GVXA 1QBUA 3LIQA 4I0EA 2R38A 5OZWA 5P6BA 5P1YA 3N4LA 3I25A 3HAWA 3MSJA 2V12C 5KR8A 3VEUA 3T6IA 4H3IA 2FGUA 5COOA 5COPA 1SH9A 4ER4E 5I3WA 4APRE 5P5OA 1ZPAA 5OYQA 4DQCA 1GVTA 4AZYA 3VSXA 3PMUA 4I0JA 3S56A 5BWYA 4CPTA 5P73A 5P7UA 2VA5A 1IZIA 4J0PA 3EKXA 1MSNA 2AOEA 4I0IA 4EJLA 1FMUA 1GKTA 4YD4A 3VFBA 2PWCA 1KJ7A 4Y47A 4ZEAA 4RRNA 4BFBA 2VJ6A 2FDPA 5DR1A 4Y51A 4Y5LA 3HZCA 4F73A 3K4VC 1MPPA 4WY6A 4ER2E 3EM6A 1E81E 3GGXA 5P7DA 4NKKA 2WEBA 5DQCA 5P4MA 5P7FA 3LPIA 3DJKA 2I4VA 4MC9A 5DGUA 1GVUA 4N00A 3OAGB 5DPZA 5P0PA 5P8UA 3INFA 5P7JA 1AXAA 2VNNA 1D4IA 5OZ8A 5P4DA 3NUOA 2ANLA 1VIKA 1DW6C 1EPOE 3DOXA 1MERA 4Y5MA 3S2OA 2ZYEA 2QI1A 3O9GA 1C6XA 5KQYA 3TL9A 4YHQA 4K4QA 4HDBA 2I4WA 3VF7A 3VFAA 1GNNA 4OD9B 1YX9A 5P11A 5P6IA 3UTLA 4Y3HA 5P2OA 5P7WA 5OZDA 2A1EA 3LPJA 3O9FA 2G1OA 4E43A 3CKRA 1MUIA 1GVWA 5P5QA 3WB4A 4XX3A 5P4JA 5P61A 4LC7A 1LYWB 3T11A 4ZE6A 3LIYA 2FS4A 3GGAA 4OBHA 5P6MA 1FIVA 3Q3TA 4B1DA 3PBZA 5P5RA 1IVPA 1PPKE 2ZHRA 2O4KA 2NMZA 3TTPA 3TNEA 3Q6YA 3PI0A 3LNKA 4YCKA 3GI5A 5OZ5A 4XX4A 1YM2A 2I4UA 1FKNA 1EBWA 1Z1HA 3FV3A 4Y6MA 2UY0A 2QZXA 4HLAA 2F81A 1ODYA 5P6LA 4BFDA 3MWSA 4BEKA 3VUCA 4DI2A 2UPJA 3AUPA 4Y50A 1FMBA 5P6DA 1YG9A 4DQEA 5P13A 4NPTA 1BWAA 5BRYA 5P3PA 1DIFA 5P7BA 1NSOA 3EKTA 5P17A 5OZXA 3BUFA 1XE6A 1C70A 1EC2A 4J5JA 5P25A 4Z2ZA 5P7RA 3EL1A 1HTFA 2BBBA 5P3AA 1PROA 1M43A 3CICA 5P19A 5P42A 4CP7A 5P3CA 3O9DA 4FE6A 5P3GA 4DJOA 2F8GA 2ER9E 1K2CA 2HB3A 4R5NA 4Y54A 3FNSA 4B72A 3GI4A 4Y53A 5P57A 4ZSMA 2OAHA 5EZXA 4GJAA 1HSHA 2WKZA 4UPJA 3DCRA 5P2EA 3TKWA 3C9XA 1EPME 5P14A 3R0WA 5P4RA 5P6GA 4YBFA 4J0YA 4I0FA 4OBDA 2QMPA 3OK9A 5P8TA 4LHHA 3CYXA 4H1EA 4FL8A 1C6YA 3TLHA 2AZCA 3OAGA 4B78A 2JE4A 4Y3QA 5P8LA 4AUCA 5P7YA 4Z4XA 3GI6A 1A30A 5P3DA 1KJHA 5P82A 2OHRA 4Y4XA 2Q55A 4HE9A 4B77A 1BILA 2G22A 1HEGE 5AH7A 5IVSA 3BGCA 5P64A 3NU6A 5CLMA 3SLZA 1K6PA 3ZLQA 5P1UA 3NXEA 2VJ7A 1FQ5A 3EL0A 3KYRA 4DJRA 3PSUA 4J0ZA 2G21A 5P6TA 5KQFA 3S85A 2J9JB 5P49A 1LYAA 3EM3A 5P2GA 1OEWA 4D8CA 1E5OE 1HXWA 1W6HA 2I0DA 3QVIA 5HE5A 1B6LA 2HIZA 5OZRA 1EBKC 4COEA 4YCYA 1GNMA 2ASIA 4Q1NA 5P6WA 4PEPA 4OBJA 4Y5AA 1YTIA 1BVEA 5ENMA 2O4LA 3OQDA 2WHHA 3QIHA 5P3WA 4FRKA 1HPVA 2B8VA 5FIVA 5P8KA 4BELA 4H3GA 1FQ4A 4RLDA 1TW7A 3QRVA 3SO9A 3LPKA 1D4HA 5P7HA 4Y57A 3HAUA 3BRAA 3G70A 2BJUA 3OY4A 3IXKA 2XYFA 4EQ0A 5CONA 2RKGA 4PZWA 1EPNE 2RKFA 2AIDA 3UQRA 5P89A 1HTEA 3WB5A 1HVKA 5ENKA 4ACXA 5P4BA 3D1ZA 5P52A 1MEUA 4EXHA 3PCWA 4FS4A 3LIXA 4B05A 2FLEA 5P1LA 2RENA 4DJWA 3S43A 5P6JA 5P67A 5OZVA 5P4UA 3PWRA 3HDKA 5P8DA 3TH9A 2ZHUA 2ER0E 5P4EA 4YE3A 5P2HA 2CENA 4NJTA 4YDGA 5P4OA 1D4LA 3HVPA 4IVSA 3EKPA 5OYXA 3Q4BA 3K5CA 2PMAA 4RVJA 5P5DA 4L1AB 4L7HA 5P15A 1F34A 2QI7A 5HE7A 5P0OA 5KR1A 4I8ZA 5P3KA 5OZOA 5HDZA 2IGYA 2OHPA 5P2MA 2PSGA 3S54A 2Q5KA 5OZGA 4TRZA 4Y38A 1HVCA 5P3TA 1M4HA 5T4SA 5P4QA 3F9QA 3L38A 2H6TA 2PK6A 5P78A 1HEFE 1MT7A 1QRPE 4HZTA 4X7IA 5P5AA 4Y4GA 3IAWA 3MSLA 1W6IA 4HDFA 4L6BA 4H3JA 3FIVA 1FFFC 3NU5A 5P8AA 3SA4A 2XFKA 3AIDA 2WF1A 3OTYA 2QNPA 3OUAA 5P4PA 3TOHA 3KMYA 3APRE 3CKTA 5P4VA 3FX5A 5P1XA 1NPAA 3LIVA 4Y5EA 3KDCA 1QDMA 4LXAA 5P7EA 5P6AA 4GJ9A 1FQ8A 3MSKA 2P3DA 2Z4OA 1WBMA 1ZAPA 5P0SA 1MRWA 3U7SA 4I0HA 5SXNA 1EC3A 1ZSFA 3OTSA 5P06A 4QJ7A 4EHCA 3NU9A 5P0YA 5P76A 3K1WA 5P5LA 3VYEA 4RCFA 1ER8E 5P2CA 3L5BA 3SM2A 4J1CA 4D83A 3PWMA 5OYVA 4CPUA 5P75A 5P5ZA 1TSQA 4ZIPA 1E80E 5P55A 1B6MA 1FB7A 6UPJA 5P1WA 2ZJMA 5P3HA 2HPEA 2O4SA 3QRSA 1KZKA 1YTGA 1NPVA 3URJA 5P8PA 1ODWA 2PC0A 4I0DA 1WKRA 3SQFA 1ME6A 3D20A 4YD5A 3SPKA 5I3YA 5P1RA 2Q11A 1HVSA 4L7JA 3QPJA 3IXJA 4J1EA 3WZ7A 1BAIA 4Y5NA 2JYSA 1A8GA 3RTMA 5P5KA 3RTNA 3OQ7A 1FQ7A 5P4GA 5UPJA 5OYTA 4GJ8A 5P80A 3SA8A 4DVFA 4LAPA 3SFCA 4HEGA 1RNEA 5P1CA 3LZUA 5P2VA 3L5FA 2NXMA 5P48A 4Y36A 2AVQA 2PK5A 4RZ1A 4DH6A 2JJIA 2WECA 1BDQA 1SIPA 5OZHA 5P2JA 1EC1A 5P6VA 1K6TA 5P8BA 2AOGA 3BGBA 4TVGA 5P6KA 4K4RA 5P6XA 2R5QA 1HPSA 4Y45A 5P3SA 7UPJA 4DQHA 5P5EA 5P0BA 3UDPA 5P34A 3PGIA 5P54A 5P26A 3D1YA 5P2ZA 4PHVA 3PMYA 1KJ4A 4YBIA 3O9LA 3ZPTA 3RTHA 2UXZA 5OZZA 1XN3A 3EKWA 4QJ6A 5P16A 4I8WA 5OZEA 5P1AA 1SDUA 5P8SA 5P5UA 3PSYA 4PZXA 5P04A 1LS5A 3HVGA 2FGVA 4Y3GA 3I6OA 5IS4A 2B7ZA 1EEDP 1HRNA 2FDEA 4IVTA 5P1FA 5P8GA 3PRSA 4GJBA 4A6BA 5P3MA 5P74A 4FAFA 5P5WA 1ZTZA 2NXDA 4U7QA 3UDKA 1DMPA 3DM6A 2A4FA 3PEPA 2R8NA 1T6GA 5AH9A 5OZIA 4EP2A 2EWYA 2VNMA 5OZ7A 4D85A 2IENA 5P0FA 4QGIA 4EYRA 4J17A 1ZJ7A 3WZ6A 2VJ9A 5OZFA 5P0DA 3KT5A 3R0YA 5OYYA 4AA8A 1FG6C 2ZJJA 4OBFA 1J71A 5P0ZA 4RVIA 3SABA 3EKYA 3OADA 2I0AA 5OYRA 2PH8A 3OU4B 4GMIA 5C9FA 4PYVA 1U8GA 1PSOE 4Y35A 2J9KA 5AH6A 4EJKA 4OBZB 2O4NA 5P00A 3BUGA 5P4AA 5P1BA 5P45A 4F75A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4K A;  4Q1X A;  5P41 A;  4Y3T A;  3SAA A;  3KDD A;  1FMX A;  1IZE A;  5P2N A;  4EJD A;  2RSP A;  5E5J A;  4Y5C A;  5P62 A;  2IEO A;  3L5E A;  1JLD A;  2QI3 A;  1CMS A;  4Y4D A;  2NXL A;  1ENT E;  5P46 A;  5P1O A;  2IL2 A;  4I11 A;  5P72 A;  1T3R A;  3EKQ A;  3O99 A;  2R3T A;  3ST5 A;  1NH0 A;  4CPW A;  2OF0 A;  4FIV A;  2BKS A;  5P0W A;  3SA6 A;  5P69 A;  1Q9P A;  5P2U A;  5P5H A;  5P22 A;  1GNO A;  5P4T A;  3SKG A;  1TZS A;  3L5C A;  3K4V A;  1RQ9 A;  5P7Z A;  3S43 B;  4GID A;  1W50 A;  2WED A;  5OZQ A;  2OHL A;  2APR A;  4DPI A;  2FMB A;  2VA6 A;  3SA5 A;  5P0M A;  5KOQ A;  1W51 A;  5AHA A;  5P1J A;  5P47 A;  5SY2 A;  2ZJK A;  1DPJ A;  5P6Q A;  4NJV A;  1W5Y A;  3HD8 A;  5P0C A;  3QVC A;  3OU4 A;  3EXO A;  3QN8 A;  3NUJ A;  2WF0 A;  2B60 A;  5P66 A;  3NR6 A;  4NJS A;  4OBZ A;  5P2S A;  2CEJ A;  3RU1 A;  5P70 A;  3NSH A;  2AOJ A;  5P1T A;  2AOH A;  5P6P A;  6APR E;  4ZSQ A;  2P3A A;  5DR3 A;  2QNN A;  4MC2 A;  2B8L A;  3UDJ A;  2PQZ A;  1YT9 A;  1LF2 A;  5P63 A;  4LP9 A;  4ZLS A;  5OZJ A;  4AMT A;  5COK A;  5P12 A;  5P56 A;  2QD8 A;  5E5K A;  5ER1 E;  3VV8 A;  3QS1 A;  2ZDZ A;  5P8M A;  4B1E A;  3IN4 A;  2VKM A;  4Z22 A;  5P3R A;  3L5D A;  2PH6 A;  2G69 A;  4FCO A;  1BIM A;  1UH8 A;  1RPI A;  3UDM A;  4GJ7 A;  3APP A;  1HIV A;  5P4L A;  5DR7 A;  4Y5K A;  1EBZ A;  2OHQ A;  1A94 A;  1APV E;  1PPL E;  1E82 E;  1B5F A;  3R2F A;  5P44 A;  5KOS A;  2G1Y A;  2XFJ A;  2F3K A;  2ZJI A;  2QNQ A;  6FIV A;  1HWR A;  5DR0 A;  1LF4 A;  5P32 A;  4DUS A;  5KQZ A;  2QK5 A;  3EM4 A;  1FG8 C;  4QJ9 A;  2QZL A;  4J1H A;  5P6S A;  2RMP A;  3ZKS A;  3UF3 A;  5OZL A;  1D4Y A;  1DAZ C;  1QBT A;  5P2R A;  1HPX A;  2HB2 A;  3ER5 E;  3IVH A;  3NDX A;  3OHF A;  2OHS A;  4CPR A;  5OZT A;  1KJF A;  2I1A A;  2CEM A;  1SP5 A;  1AAQ A;  4GZF A;  5ER2 E;  2AVV A;  1MSM A;  3DV5 A;  5PEP A;  2G1S A;  4Y3Z A;  3I8W A;  4FM8 A;  5P6U A;  3UQW A;  4A6C A;  3EKV A;  2NMY A;  4QLH A;  1LYB A;  1EPQ E;  3OWN A;  3GI0 A;  5AHC A;  3VYF A;  1AVF A;  2SAM A;  4EQJ A;  5P0L A;  3QBF A;  2OHK A;  2P3C A;  5P08 A;  4Y5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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