5KQZA

Protease e35d-cap2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqzA00
3N3IA 1MPPA 5P75A 1C6YA 2V10C 5P1VA 4B70A 5IVQA 1APWE 3KT2A 5EZZA 5P00A 1QBUA 3OTSA 5P3KA 5P26A 1IZHA 2QCIA 2VIEA 3EKYA 5P07A 2QNPA 3K4VA 4EXGA 4Y4TA 1DMPA 1G35A 2ZJLA 5P5CA 1BV9A 1BIMA 4OBKA 3OUDB 5OZBA 5P7LA 1BXOA 1MEUA 1MVPA 2P4JA 5ISKA 2H6SA 4Y57A 5P02A 3VV6A 4H3FA 2CEMA 5P5YA 5I3WA 2G26A 2OHKA 5P1HA 5P7KA 5OZ2A 6UPJA 3WB4A 4RCDA 4EP2A 1FMUA 3RTHA 4PZWA 4CPRA 5P87A 1FMBA 3OU4B 4QJAA 2XYFA 3O9BA 2ZYEA 4U8WA 1D4JA 1HRNA 1SDUA 2BKTA 4I0IA 5P5GA 1QDMA 4Y39A 1HTEA 1EPME 5DQ4A 5P4UA 3EKTA 2G24A 5P46A 4EPJA 3U6AA 4RZ1A 5P6SA 5DR3A 8HVPA 2FLEA 3OHFA 1XN3A 3BXRA 3OXVA 2O4SA 1FFIC 3NU3A 5DQ5A 3GI5A 5P52A 3KA2A 1TSQA 2QI5A 3QP0A 4RRNA 1A9MA 1EPOE 1NSOA 5P5DA 5P2XA 1UH8A 3G70A 3ZKQA 2IDWA 3LZSA 5P8QA 4D8CA 1A94A 1HSGA 4Y44A 4Z22A 3PBZA 1LYAB 4H1EA 2OHPA 1W6IA 1D4YA 5P8KA 5P86A 3OWNA 2XFKA 2BPZA 3BC4A 1HEFE 5P0QA 2VA5A 5P4QA 2PSVA 4FAFA 2VA6A 5AH9A 3MXEA 2WEDA 1NPVA 3S2OA 1BVGA 4Y3GA 4D83A 4FRIA 5P3MA 1UH7A 4CKUA 5P0BA 5DQCA 5P7CA 5P6IA 1VIKA 3IVIA 1E82E 5P85A 1PSAA 1EC2A 2PK5A 2R38A 5OYUA 1HVKA 5HE4A 2QNNA 4OBFA 1XS7D 3VYFA 4Y5MA 5P5ZA 5P18A 5P78A 4NKKA 3UDJA 4DPFA 5P6EA 1LYWA 5P6BA 3PWRA 2JJJA 2OHTA 5P04A 4DQFA 5P2KA 5P0OA 3LIXA 4QJ9A 1D4SA 5P30A 2O4NA 5P1WA 3SQFA 3SLZA 4RYCA 3WZ8A 1SMEA 4Y3FA 1LF3A 3D3TA 5P32A 5P37A 3I8WA 5KR0A 2I4VA 5P3FA 5P36A 2QI0A 4Y3SA 1D4KA 3QRMA 4Y47A 2G94A 3OUAA 5P7EA 4Y3PA 1F7AA 2V00A 4Y37A 5P76A 4ZSMA 1ME6A 4CPQA 1E5OE 5P3XA 3OQAA 3LPIA 3EL4A 3PMYA 1FB7A 5OZAA 1C6ZA 2FGUA 5OZ1A 4AA8A 5I3XA 5P7OA 3NXNA 3GGVA 4U7QA 2ZJJA 3KDBA 4CPXA 5DR1A 2WL0A 2ER7E 2R3WA 2Q64A 3U7SA 5P8AA 4TVGA 3ER3E 5P25A 4FRSA 4J1IA 5OZ6A 1QBRA 3NYGA 3PSGA 3APRE 4DFGA 3UQXA 2WEBA 4B1CA 1PPME 3R1GB 4I1CA 3B7VA 5P7YA 5P3ZA 3TL9A 4MC9A 1HVIA 3SA5A 5P5NA 3PBDA 1LZQA 1E81E 5ER1E 3I25A 5P1JA 5P6WA 5SZ9A 5P8UA 5P8FA 1D4LA 3OQFA 2AZBA 4L1AA 3ECGA 4HA5A 5P89A 1ZSFA 6APRE 4RCFA 4GJCA 3NXEA 4RYGA 5T4SA 1IBQA 3WZ7A 4NPTA 1RL8A 3HVPA 1GNOA 5E5KA 1UH9A 4D88A 3JVWA 3O9AA 4B77A 2QMFA 3L38A 5P7FA 4OD9A 4Y58A 3OOTA 5P41A 3SM2A 3F9QA 4E43A 5KQFA 3DCKA 1YM4A 5P3GA 2I4QA 2NXLA 2AVVA 3KDCA 4I0FA 3VLAA 5P70A 1AJVA 2BBBA 5P57A 4FE6A 5P69A 5P5QA 4RCEA 3I7EA 2VJ9A 4Y3JA 5P7RA 5P29A 1K6CA 4B0QA 3IXOA 2XYEA 1TCXA 5P5TA 1AIDA 3NU6A 5P5EA 2AVSA 1K6PA 1CZIE 1GVVA 3D1YA 3CMSA 4EJKA 4YOAA 3HZCA 3OTYA 1ODWA 5P2LA 5P6DA 5JFPA 4Y5EA 5P5XA 4GMIA 4FRKA 4DPIA 5P34A 3UDYA 3TH9A 1ZAPA 1MT8A 1FF0C 4QJ8A 3NSHA 4AZYA 2WECA 3ZMGA 3OHHA 4DUSA 3GGUA 5P7BA 2AIDA 5P1AA 3VEUA 2NR6A 3WB5A 2O40A 3GW5A 4L7GA 5P6RA 3HW1A 4Y4XA 1LS5A 2VJ6A 5P3JA 2Q55A 5P4OA 5P1YA 5P4EA 5P4GA 4Y36A 5P2MA 5AHBA 4ACXA 5IVTA 2NPHA 4FAEA 1QRPE 1LF2A 4Y5CA 5P14A 4DJYA 1T7IA 5P42A 1MRXA 3UQRA 1W5WA 2RSPA 1W5YA 3FV3A 3ST5A 5P7XA 5P7WA 5P8BA 2G20A 5P15A 1PSNA 5C9BA 5P8MA 3BVAA 4PYVA 4I0GA 4OBZB 4Y5PA 1SDTA 5P58A 1FQ7A 2ZJNA 4TRWA 3K4VC 5OZ3A 4YBFA 1HVCA 4YD5A 5KR2A 5P3YA 5P8IA 2WHHA 5HU0A 5OYXA 1TCWA 5P77A 5OZ5A 2V0ZC 1BDQA 3INFA 3TOGA 4HEGA 1B6JA 3D1ZA 3VFAA 4Y3LA 2JXRA 1GVWA 1PROA 3EC0A 5P59A 2BKSA 1AZ5A 1PSOE 2FS4A 1T6EX 1ZSRA 4L6BA 4WY6A 5P4AA 5DPZA 5APRE 4OBGA 1LYBA 4Y50A 5P5SA 4Y3RA 4H3JA 5OYSA 5EZXA 1M0BA 2FNTA 2ZGAA 5HDZA 5KR8A 6FIVA 4Y5AA 2AOFA 4DJPA 2Q5KA 5P8EA 1T3RA 1IDAA 5P40A 5OZ0A 3BXSA 3I2LA 3PI0A 2FXDA 1VIJA 3UDRA 3OGQA 5KOSA 1HVRA 3TNEA 4GJDA 3OQ7A 4J0ZA 1SP5A 1XL2A 3DOXA 5P3IA 1HXBA 3EKVA 3IAWA 5P84A 1HTGA 3GI6A 3NDXA 5I3VA 5P3NA 2OHRA 3ZKXA 5P3WA 1OEWA 1XDHA 1YTJA 2V11C 3VYEA 5P54A 5P55A 3APPA 3IN3A 4Y53A 4Y4WA 3PCWA 5P0KA 5P5BA 3PM4A 4I0DA 4Y48A 5P6VA 5P4WA 1HIHA 3QRVA 5P2VA 5P4HA 5P65A 1AJXA 1G6LA 4LBTA 3S54A 2G1NA 2HC0A 5P0FA 3LIVA 1MT9A 4Q1NA 5AGZA 2JYSA 5P6NA 1ZPKA 1K6VA 3O99A 1FQ5A 5OYWA 3EKQA 2I1AA 4B00A 4OBDA 1HVJA 3VSXA 4J0PA 5P0ZA 5KQYA 2P8HA 3K5CA 1IIQA 2Q11A 5P3EA 5P7MA 3SA3A 5P0DA 5AH6A 5COPA 4EQJA 2G22A 5P8VA 1GVTA 1KZKA 2HAHA 2F3EA 1GNMA 4KE1A 1HVLA 5OYRA 3UDKA 3OADA 3JW2A 4CPSA 3FNUA 2R9BA 4L7JA 3GGXA 1NPAA 4ZLSA 2A4FA 1EPNE 4QLHA 5P4JA 5P1ZA 4ZPGA 5P0YA 1FEJC 5P0XA 4I8ZA 5P1SA 2ASIA 2QK5A 2QHYA 1SIVA 5COKA 1FKNA 4B05A 2G1RA 1BVEA 2G69A 3UDQA 5P3SA 3SFCA 2F81A 1ENTE 1AVFA 3L5BA 3N4LA 4Q1XA 2F80A 5P09A 4B1EA 5P7UA 1LV1A 4DQHA 5ISJA 3SAAA 4NJUA 5OZJA 5P2DA 3ZPUA 3ZPTA 3O9LA 4RVIA 4R5NA 2VS2A 5P0GA 5P1OA 4Y3AA 3URLA 4DQGA 3QI1A 2P3DA 1FFFC 3O9CA 2HS1A 5F01A 3Q6YA 2ZHVA 5JODA 4Y54A 5P5RA 3SA4A 4Y3DA 2AQUA 1EAGA 5OZSA 3L5FA 5P12A 5OZWA 5P73A 3S53A 2UPJA 5P19A 1ZJ7A 4K4RA 1DP5A 2B7ZA 5C9DA 1HVHA 2UXZA 2MIPA 5OZPA 3DM6A 5P24A 3OUDA 2IQGA 3O9DA 5P0UA 4Y45A 4DJRA 3Q4BA 1M4HA 2IENA 4PZXA 3FX5A 5PEPA 2AOGA 3TPRA 5JG1A 3GI4A 3QVCA 5OZKA 1W51A 3OU1B 4TRZA 2WKZA 3SABA 2PC0A 4H3GA 5P7JA 1K1TA 3BGCA 3T3CA 4CPUA 1PPKE 1ZPAA 3EKXA 3FIVA 4QJ6A 1ZTZA 2VIYA 5P60A 3VF5A 5DR8A 1EPLE 3NUOA 3BGBA 3OU4A 5COOA 1NPWA 5DGUA 5HE5A 5P0EA 5P1IA 2IL2A 5CLMA 3KT5A 1B6LA 1F34A 1HEGE 5P3CA 5P1MA 1FQ4A 2P3AA 3IN4A 3CIDA 3TKGA 1MIQA 4FSEA 4EYRA 4MC6A 2RENA 1T6GA 2WEZA 2G21A 5P6ZA 3EL9A 3OQKA 4Y4DA 5P3TA 1HBVA 2G1SA 2NNKA 2IKUA 5P4RA 4HE9A 3IGBA 5SY3A 5P0JA 3K5DA 4F74A 3IA9A 3KN0A 5P4DA 1HXWA 1Z8CA 3KFSA 5P31A 3DCRA 3LIQA 4Y43A 3RU1A 4Y4GA 5P53A 1LYAA 4I0JA 2FGVA 3L58A 2QMGA 3KMYA 4Y4UA 1IZDA 3HVGA 1MTRA 3HD8A 3PWMA 1KJ7A 2JE4A 4LC7A 3VCMA 4FM7A 4ER4E 1GVUA 5DGWA 2Z54A 3PI5A 4Y51A 3HDKA 4KB9A 4NPUA 5P2UA 3OGPA 5P3PA 5P6OA 2AODA 3D91A 2SAMA 5P7ZA 5I3YA 4S1GA 5SXNA 5P5FA 1Q9PA 4DJXA 2QD7A 5P6MA 5P80A 2PK6A 4Y3EA 5OZXA 5P1FA 2J9KA 5OZ8A 5P8CA 4XX4A 1ODXA 1SGZA 2VNNA 4LXAA 1RPIA 5P23A 5SY2A 1YTHA 1QBTA 1HPXA 5P88A 3NU9A 4Q5MA 3S7MA 4UPJA 2BB9A 3BUFA 1C70A 5P35A 4Y35A 1AAQA 1G2KA 5P5OA 4GJ5A 5OZ7A 2QZWA 4DH6A 1HIVA 3TTPA 2AZ8A 5HDUA 3VLBA 2ZE1A 5UPJA 5P5MA 4LHHA 2PWCA 3Q70A 1HOSA 2APRA 4GIDA 5P43A 4F73A 3ZKNA 4GJ6A 4FS4A 5P7AA 5P4NA 2ZHRA 1W5XA 4JPCA 2QI1A 2WEAA 3PGIA 3U71A 3OK9A 3OU3A 4Y4AA 5KQZA 1TSUA 4QJ7A 4NJSA 3R0YA 3QRSA 2BPYA 5P2BA 3UFLA 3ZKSA 3ZPSA 2XFJA 5P7DA 2J9JB 5P2AA 2JJIA 5P4LA 3BUGA 4RGHA 4QGIA 3UFNA 4D85A 1J71A 4JP9A 4AMTA 3R2FA 3RSXA 2OAHA 3CKRA 3HAUA 4YDFA 7HVPA 3VV8A 4YA8A 5OZHA 3TLHA 4MC1A 5HVPA 1DAZC 3SACA 1IZEA 2QI6A 5J25A 3VUCA 1EPQE 5P62A 1B6PA 3OUBA 3OAGB 4GYEA 5IE1A 2QZXA 1YM2A 4QJ2A 3AUPA 4CPWA 4YD7A 2FMBA 2HPEA 5P44A 3S56A 4EHCA 1MSMA 3UDHA 4APRE 1RNEA 2ANLA 2FIVA 3NWXA 3VYDA 5P79A 2AOJA 2AOHA 2I4DA 3CYWA 5P4VA 3AIDA 3SA8A 4J55A 4ZSRA 5P6JA 4X2LA 4FCOA 3NU4A 5OZMA 1APVE 4Z4XA 3KM4A 3K1WA 1W6HA 3O9EA 4Y9WA 5P3QA 4DJOA 5P0VA 3KYRA 2NNPA 4Y3XA 1HSHA 2ZJIA 5I70A 3C9XA 3SO9A 5P2NA 3UTLA 2XFIA 4R92A 3QPJA 4J1KA 3MXDA 5P3VA 3DV5A 3MSKA 3TPJA 2B8LA 5AHCA 5P0SA 1CMSA 5P0CA 4HDFA 1G0VA 1TQFA 2HB4A 2I0DA 4GB2A 5P16A 2AVOA 5P51A 3O9HA 5P1QA 3DJKA 2FXEA 4XXSA 4DV9A 3LHGA 5P1EA 4H3IA 3EMYA 5P0WA 2NXDA 1XN2A 4Y3HA 5P1XA 3K5FA 4BFBA 4M8YA 3KFPA 1FG6C 3T6IA 1TZSA 4OBJA 4R93A 5OZFA 1PFZA 1U8GA 4AA9A 1XE5A 3D20A 3ZKMA 3OOZA 3RSVA 3INEA 4OC6B 4J17A 2CEJA 3CKPA 4U7VA 1RQ9A 3KF0A 3PMUA 5P7VA 5P4YA 5P1UA 5P8NA 3FSMA 3FNTA 3LZYA 4RLDA 2I0AA 3PWWA 2OF0A 3S43B 5P48A 4ZSQA 3LNKA 1EBZA 5P63A 2PMAA 5P3DA 4RRSA 5P8DA 2FDEA 5P2CA 3T7PA 5KAOA 1BDRA 2P3BB 5BWYA 2HM1A 2Q54A 1OHRA 3R0WA 4J0VA 5HTZA 5P5LA 2FNSA 2PSGA 4EWOA 4Y4BA 5P2SA 5P7IA 2QP8A 4I0HA 5P6UA 4F75A 2IRZA 1ZBGA 2AOIA 3OXWA 1B6KA 4GZFA 1EPPE 4LXKA 1YT9A 3UQPA 5P01A 3BUHA 3O9FA 2OHSA 3NDUA 2P3CA 5P4BA 5P6GA 5P8JA 5P4SA 5HD0A 1EC1A 3EM3A 5P5JA 4RVXA 3EL0A 5P7TA 2R43A 2B60A 2OHUA 3PSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N3I A;  1MPP A;  5P75 A;  1C6Y A;  2V10 C;  5P1V A;  4B70 A;  5IVQ A;  1APW E;  3KT2 A;  5EZZ A;  5P00 A;  1QBU A;  3OTS A;  5P3K A;  5P26 A;  1IZH A;  2QCI A;  2VIE A;  3EKY A;  5P07 A;  2QNP A;  3K4V A;  4EXG A;  4Y4T A;  1DMP A;  1G35 A;  2ZJL A;  5P5C A;  1BV9 A;  1BIM A;  4OBK A;  3OUD B;  5OZB A;  5P7L A;  1BXO A;  1MEU A;  1MVP A;  2P4J A;  5ISK A;  2H6S A;  4Y57 A;  5P02 A;  3VV6 A;  4H3F A;  2CEM A;  5P5Y A;  5I3W A;  2G26 A;  2OHK A;  5P1H A;  5P7K A;  5OZ2 A;  6UPJ A;  3WB4 A;  4RCD A;  4EP2 A;  1FMU A;  3RTH A;  4PZW A;  4CPR A;  5P87 A;  1FMB A;  3OU4 B;  4QJA A;  2XYF A;  3O9B A;  2ZYE A;  4U8W A;  1D4J A;  1HRN A;  1SDU A;  2BKT A;  4I0I A;  5P5G A;  1QDM A;  4Y39 A;  1HTE A;  1EPM E;  5DQ4 A;  5P4U A;  3EKT A;  2G24 A;  5P46 A;  4EPJ A;  3U6A A;  4RZ1 A;  5P6S A;  5DR3 A;  8HVP A;  2FLE A;  3OHF A;  1XN3 A;  3BXR A;  3OXV A;  2O4S A;  1FFI C;  3NU3 A;  5DQ5 A;  3GI5 A;  5P52 A;  3KA2 A;  1TSQ A;  2QI5 A;  3QP0 A;  4RRN A;  1A9M A;  1EPO E;  1NSO A;  5P5D A;  5P2X A;  1UH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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