5KQZA

Protease e35d-cap2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqzA00
5P27A 4TRZA 4B00A 3OHFA 3KF0A 3OUCA 4NKKA 4Y9WA 5OZ8A 4NPTA 5P03A 5P2LA 3Q4BA 5P1NA 2G21A 3NWQA 5P54A 4RCFA 3ZLQA 1KJ4A 5P85A 4EQJA 4OBFA 4JPCA 2G24A 5P8JA 5P13A 2ZJNA 5P5DA 3K5GA 5P6XA 4YOBA 5P70A 2NPHA 4X2LA 3EKQA 4Y4EA 2I4DA 5P5YA 3PBZA 3EKWA 3BVBA 4EJKA 4ZE6A 2AODA 1MVPA 1APUE 3S56A 5P5MA 4D83A 2G1YA 5P46A 1SIPA 4PYVA 5P6LA 2OHKA 1RQ9A 3FNUA 3U6AA 3BUGA 3T11A 2VA5A 2IL2A 2AOJA 2XFKA 3ZKQA 3IA9A 1TW7A 3UTLA 5P6BA 3TPPA 1EAGA 5ER2E 1N49A 4DH6A 3OUBA 4X7IA 2OHMA 1EBYA 5P3CA 4I8ZA 5P09A 2ANLA 5P20A 3ER3E 5P3UA 2RENA 5AHAA 1XL5A 3OU1B 5P6IA 1M0BA 5P72A 2G1OA 1LYAB 4Y3QA 5HDZA 2PSGA 1BXOA 5P73A 5P48A 2AOCA 4EPJA 1BXQA 2QZWA 2OHNA 5I3XA 3SQFA 3PSYA 4HEGA 1M43A 3B80A 3DOXA 4Q1YA 5P2BA 5P6KA 5P05A 4J0ZA 3RVIA 3O9EA 5P5UA 3IXOA 4Y5BA 1K6CA 3O9IA 2QU2A 2PH8A 3DV5A 4NJSA 4I0JA 5P8SA 1D4HA 3BXRA 3O9DA 2VJ7A 1XN3A 4B1DA 1BIMA 5COPA 4WY6A 1YTHA 3L5CA 3WZ7A 4LHHA 5P0FA 4NJUA 2Q11A 4ZSPA 5P5HA 1HHPA 3PLDA 5P4HA 2G20A 3LPIA 2PSVA 4I11A 1LYBB 4L6BA 2AOGA 3VF5A 3BXSA 3SAAA 4PZWA 5OZBA 2VIEA 1W51A 3UDPA 2PH6A 4Y4DA 5P6GA 3SA5A 1FKNA 2QZXA 2ZHUA 4BELA 3HVPA 5P5ZA 1HTGA 2BJUA 5P17A 5P8BA 5P50A 5P6MA 1QBSA 1ODWA 3D1ZA 4R95A 2OHRA 2R3TA 2J9JA 5OZDA 1YX9A 2QNPA 4UPJA 5P3BA 3JW2A 5COKA 4RYGA 3TL9A 5P7OA 1HXWA 3QAAA 1BWAA 4DJUA 5P8FA 3URIA 4OBJA 2P83A 1FQ5A 3T7QA 4I8WA 5P5NA 5P7HA 5P40A 5P8IA 1FB7A 5P3NA 1W5YA 3PWWA 4Y5EA 2ZHSA 5P2UA 1WBMA 3ZKMA 2B8VA 5P63A 1G6LA 2NR6A 5P0PA 4A4QA 3TPRA 1BV7A 2QP8A 2SAMA 4AUCA 5P5EA 5P2TA 5P0HA 5P8VA 3ZOVA 3C9XA 5P12A 1E80E 3CKPA 1YTJA 5P2CA 4GJBA 4A6BA 1FIVA 4ZPEA 2F81A 2B7ZA 4RROA 5P8PA 3TOGA 1T6EX 4DQHA 5EZXA 4B70A 3KDBA 3K4VA 5C9FA 4H3GA 2VS2A 3VCMA 5P8QA 4Y3FA 3VV7A 2AVMA 1ODXA 3RTHA 5P24A 5P4GA 2ZYEA 4Z2ZA 5P06A 3UDMA 1A30A 2XFJA 3QN8A 4PZXA 4TVGA 2AVSA 2FIVA 5P28A 4Y4XA 5P6HA 1EBKC 2WF3A 4NJTA 3NLSA 4J1KA 3EXOA 2F3KA 1ME6A 3UHLA 1EEDP 4OD9B 4R92A 3KMYA 2B7FA 2FNTA 5P60A 1LF2A 2UPJA 1HIIA 2APRA 3WB4A 3URJA 4L1AA 2JJIA 4YE3A 4J0YA 3O9BA 4LC7A 5P7GA 4EHCA 3EL4A 3UF3A 1HVKA 5KR8A 2PYNA 4RCEA 2AOEA 5DR4A 5OZNA 5OZUA 1SGZA 3LIQA 4R8YA 3VLBA 3EC0A 5P1TA 5P3FA 3K5FA 4B1EA 4DJYA 3PMUA 3AUPA 3CMSA 1BVGA 3ZKNA 2I0AA 4LBTA 3S2OA 1IVPA 3NWXA 3Q3TA 5P4NA 5DQ2A 5KQFA 5P6WA 5JG1A 3I25A 5DQCA 2IGXA 1G0VA 3CYXA 3WZ8A 1BWBA 2BPYA 2AOIA 4EXHA 5P5IA 5P04A 2HB4A 1LF4A 3EL1A 5P02A 4FRIA 5JODA 5C9BA 3G70A 5KOQA 4FM7A 5SXNA 2FXEA 3JVWA 5P00A 2WF1A 3L59A 4BFDA 5FIVA 5P2AA 3IVIA 4Y3LA 3NDTA 2VA6A 3MXDA 1PROA 3O9CA 1RV7A 1ER8E 1D4SA 4Y5AA 5P4AA 3DM6A 3PSGA 5P33A 2O4KA 4F74A 2FGVA 1EBWA 4GJDA 4J0TA 3HZCA 2P3BB 2QAKA 2I4WA 1PPME 3QRMA 5P2EA 1HVJA 4F75A 1IZDA 4DJXA 4OBZA 5P6AA 4K4RA 5OZPA 4K9HA 4B0QA 5P4TA 5P52A 3PWMA 2HB2A 5ER1E 3GI4A 2FDPA 1BAIA 3FIVA 3ZMGA 2B42A 3LZVA 4B77A 4B05A 5P4ZA 2I4QA 4I12A 4KE1A 2OF0A 5P7LA 3PSUA 2F3FA 3BUHA 2G1RA 5P7WA 4RZ1A 5P4LA 3K4VC 3ZPTA 2A1EA 4Q5MA 4CPUA 1NPWA 5OZQA 5P4BA 3PBDA 3VFAA 3LIYA 4Y4ZA 1MT9A 4HDPA 2Q64A 5P2FA 5P3IA 5HE5A 3EMYA 3OY4A 1IZIA 3BVAA 1TZSA 5P0KA 5OZ0A 2ZJLA 3IXKA 3HAUA 4Y4GA 1FQ6A 1A9MA 3O9FA 4Y53A 2I4UA 2NNPA 5OYZA 1D4JA 2P3AA 1YM4A 3LIXA 1DP5A 4L7GA 1DPJA 3OXWA 2HS2A 4YBFA 5P6QA 1BBSA 2QZKA 4Y41A 3TKGA 2VNMA 5P5OA 5P5WA 2BPZA 1FG8C 2CEJA 1BDRA 1EPQE 1FFIC 1FQ4A 4TRWA 3RSVA 3UDYA 1BILA 3NDWA 5P6TA 5P6EA 4LXAA 5P6OA 1AJVA 4DJVA 1ZAPA 4GJ5A 5AHBA 2FDDA 3QP0A 5P5GA 1CPIA 5P2SA 3LNKA 4QJ6A 3VYEA 4HA5A 3GGUA 5OZIA 5HU1A 1PSOE 1OEWA 2UY0A 5OZ4A 2QI1A 1PSNA 4QJ8A 3ZL7A 5P7EA 1Z1RA 5OZJA 5P1CA 1HWRA 2OHLA 3VSXA 1B11A 4Y57A 1B6MA 4Y3SA 1APWE 3SA4A 1SDTA 2G69A 1BDQA 3CKTA 5P5SA 5AH8A 1HSGA 5P7CA 1E5OE 1HPVA 5P5FA 5P8UA 5P3EA 2QMFA 5P3HA 5P6JA 5P3PA 3OU3A 4DI2A 1HTRB 5P3JA 3OTSA 4BFBA 4QLHA 5OZZA 5P22A 5OZTA 4QGIA 3NU3A 1XS7D 4D89A 5P59A 1C70A 4Y48A 5P0XA 3DK1A 5KQXA 3S53A 1MRWA 5P5TA 3OU4B 3OU1A 4DJQA 1SGUA 4DJWA 3RTMA 5P2DA 1LYAA 1XDHA 3ST5A 2QNNA 5P1FA 5P89A 5P3SA 1K6PA 1EPME 2FDEA 2HB3A 4TRYA 3NUJA 1PPKE 4EJDA 2WJOA 3PI5A 1D4LA 3NXEA 5HVPA 3PCWA 1LF3A 3EM6A 3IN4A 2BPVA 3OXCA 3O9LB 5P2NA 2QD6A 5P4FA 1ZPKA 3L58A 5I3WA 4D8CA 1ZSRA 5P3MA 5P7TA 1RNEA 2P4JA 3FNTA 3UQXA 3VEUA 5P6NA 5HDUA 5P4DA 5APRE 2PWRA 4Y5NA 4Y38A 3G6ZA 5DR0A 3OUAA 1LS5A 5P4CA 5OZ5A 2FS4A 5P75A 4QJAA 2WF2A 5F00A 5DR8A 5OZYA 5P5BA 1LYBA 5P6FA 2QI5A 5SY3A 5P64A 4FRKA 4J5JA 1QS8A 3OOTA 5P7PA 3NU6A 5P0LA 5P3YA 5OYRA 2BPXA 2V00A 3UQUA 5P4KA 5P57A 5P56A 4YD5A 5P0JA 5P4RA 5DPZA 4Y3MA 4AMTA 5P1SA 5P0WA 1UH9A 2F80A 4BEKA 1SH9A 1T7JA 4FS4A 4J1FA 5P8RA 4FIVA 5P0QA 1HEGE 4FSLA 4RRNA 4Y4TA 1NH0A 1RL8A 5P6ZA 4J0VA 1EPLE 4DUSA 1MESA 2V0ZC 5P3DA 3UDRA 5P1HA 4I0ZA 5OZGA 5P18A 4J55A 1MPPA 3D91A 1T7IA 4DVFA 1Z1HA 4GZFA 2R5PA 1GNOA 4OBHA 5P7DA 5KQYA 3G72A 5DQ1A 4HZTA 2ZJIA 3OHHA 5P1ZA 2ER7E 4KE0A 4Y3YA 1MIQA 1HTFA 1E81E 3IVHA 4Y3GA 2PSUA 2FLEA 3Q5HA 2MIPA 4IVSA 3KA2A 2PC0A 2B60A 4Y3DA 1MRXA 1C6XA 4M8YA 3UCBA 4YDFA 3OTYA 3VYDA 1W50A 5OYYA 2WEBA 1LYWA 3M9FA 5OYVA 3LZYA 2ZGAA 3QS1A 3F9QA 3QRSA 4ER4E 5I3VA 3KDDA 3KFRA 5P68A 1FFFC 3ECGA 4J1HA 3ZKXA 4Y47A 3OQKA 5P8CA 5AGZA 5DR7A 3CYWA 4Y4UA 4Y54A 5JFUA 1F7AA 3UDKA 4Y4JA 5P0IA 4U7VA 3HBOA 5P38A 3WB5A 2AVQA 5P42A 3GGXA 3D1XA 5P2IA 4MC1A 3OQFA 3OOZA 5OZ9A 4M8XA 3OADB 3OQDA 5OZ1A 2H6TA 5HD0A 1XN2A 5P1YA 3L5DA 3SLZA 5C9DA 2G27A 5P74A 2RKFA 3PM4A 5KAOA 5B18A 4FE6A 3KM4A 8HVPA 1QDMA 4HDFA 5CLMA 5T4SA 3KFSA 5P29A 4Y3PA 1UH8A 5OZLA 4RYCA 2RKGA 5P4WA 5P6SA 1VIJA 3EBZA 4OD9A 5OZHA 3MSLA 2VNNA 5P3WA 2OHQA 2QMGA 2Q55A 3KT2A 4Y35A 1HPSA 3O9AA 5P5VA 2QNQA 1META 3LPKA 4APRE 4OC6B 5P19A 3BHEA 4EYRA 4Z50A 3NSHA 4U7QA 2PK6A 4AA8A 1G35A 4B72A 4Y5KA 1AM5A 1LYWB 5P3KA 4Y37A 5P2ZA 5P76A 1HVLA 2NNKA 1W5WA 4I0EA 3CICA 5P2VA 3GGVA 4HVPA 3NDXA 5IVSA 4Y4BA 1GVTA 1MTBA 1ZPAA 3EM3A 3MWSA 2NMZA 4FM8A 4ZSMA 4LXMA 5P14A 1GVUA 2V16C 4Y3JA 4CPTA 2BKSA 4ZEAA 3BRAA 5P3XA 1M4HA 1SDVA 1ENTE 5P0CA 5P3ZA 4RGHA 3NU4A 3L3AA 5P88A 4PPHA 2AVVA 4DQGA 4YD3A 4Y3XA 5SZ9A 2HM1A 1HOSA 3NXNA 2AZ8A 4YCTA 3BUFA 1EC2A 4FRJA 1MTRA 3N4LA 5P5CA 7UPJA 3TLHA 5P8HA 2ER9E 1KJFA 2H6SA 3BGCA 2OHTA 1T6GA 5P3GA 4GJAA 1IDBA 2P3BA 5P7JA 2IENA 5E5JA 2ER0E 4I1CA 5OZKA 2WEAA 1EPOE 5OZAA 2ZJHA 5P87A 4RVXA 4MC2A 2O4PA 5I3YA 3HD8A 5P61A 2NXDA 5P5RA 3K1WA 2QMDA 4GB2A 1FEJC 1EPNE 2A4FA 2QCIA 1Z8CA 2HPFA 2HIZA 4B78A 4CPSA 4Y4WA 4FAFA 3LITA 4DQCA 5COOA 1HRNA 1XE6A 4Y4AA 4I0IA 3ZKGA 3Q70A 5F01A 2ZHVA 5P0NA 3T7XA 5HTZA 3PGIA 2BQVA 4GMIA 5P0EA 4K8SA 2P3CA 4JOOA 1G2KA 5HDXA 3HW1A 4I0HA 4GIDA 1LV1A 3SO9A 5P8MA 4EQ0A 3NYGA 1FG6C 3L5EA 3URLA 2O4LA 5P8KA 4FGXA 4XX3A 5IVRA 5P3OA 2JXRA 3I8WA 2QI6A 5JFPA 5P0DA 1B6PA 1HXBA 1TCXA 2HS1A 2I1AA 2ZHRA 1QBUA 5HCOA 2I4VA 4Y3EA 1T7KA 5P7SA 5DR3A 5P2KA 5PEPA 5KR1A 4Y6MA 4FAEA 1K1TA 1F34A 2AIDA 4J54A 5P1AA 5P4IA 1DMPA 3KDCA 5P2JA 1GKTA 1HSHA 2ZE1A 1FMBA 1W5XA 2R9BA 3LINA 3T6IA 5IVTA 1HVRA 5ISKA 2WEDA 3NDUA 4FCOA 3S85A 5P7VA 1MEUA 5OZWA 3INDA 5P41A 3GW5A 1WKRA 1B5FB 5P3RA 3QROA 5OZ2A 2Q5KA 5P7KA 3TOHA 1LZQA 2VIZA 3NUOA 2PMAA 3GI6A 1IBQA 1AIDA 1HEFE 5HE4A 4Y3RA 1PPLE 1HPOA 2IS0A 4CPWA 5EZZA 2R3WA 4YCYA 2PK5A 5P86A 4MC6A 5P4EA 1B6LA 5P5QA 4QJ7A 2IQGA 1EPRE 2IKUA 4PHVA 3GGAA 4GYEA 1IZEA 1HIHA 4LAPA 3VUCA 3VYFA 5P3VA 3RSXA 5OZVA 3NU5A 4ZPGA 5P1GA 2QU3A 4K4QA 4Z4XA 2FXDA 2RSPA 2CEMA 1TCWA 3VV6A 4YA8A 5OYWA 5P25A 1E82E 4CP7A 4D85A 3OU4A 4YD4A 4Y3WA 4WY1A 1HIVA 1TQFA 2R8NA 1A8KA 3EKVA 4H1EA 5P4SA 5P6VA 3VLAA 4Y58A 4Y36A 3CIDA 3QRVA 4JPEA 3K5CA 7HVPA 3OAGB 4Y5LA 5IVQA 3UDHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P27 A;  4TRZ A;  4B00 A;  3OHF A;  3KF0 A;  3OUC A;  4NKK A;  4Y9W A;  5OZ8 A;  4NPT A;  5P03 A;  5P2L A;  3Q4B A;  5P1N A;  2G21 A;  3NWQ A;  5P54 A;  4RCF A;  3ZLQ A;  1KJ4 A;  5P85 A;  4EQJ A;  4OBF A;  4JPC A;  2G24 A;  5P8J A;  5P13 A;  2ZJN A;  5P5D A;  3K5G A;  5P6X A;  4YOB A;  5P70 A;  2NPH A;  4X2L A;  3EKQ A;  4Y4E A;  2I4D A;  5P5Y A;  3PBZ A;  3EKW A;  3BVB A;  4EJK A;  4ZE6 A;  2AOD A;  1MVP A;  1APU E;  3S56 A;  5P5M A;  4D83 A;  2G1Y A;  5P46 A;  1SIP A;  4PYV A;  5P6L A;  2OHK A;  1RQ9 A;  3FNU A;  3U6A A;  3BUG A;  3T11 A;  2VA5 A;  2IL2 A;  2AOJ A;  2XFK A;  3ZKQ A;  3IA9 A;  1TW7 A;  3UTL A;  5P6B A;  3TPP A;  1EAG A;  5ER2 E;  1N49 A;  4DH6 A;  3OUB A;  4X7I A;  2OHM A;  1EBY A;  5P3C A;  4I8Z A;  5P09 A;  2ANL A;  5P20 A;  3ER3 E;  5P3U A;  2REN A;  5AHA A;  1XL5 A;  3OU1 B;  5P6I A;  1M0B A;  5P72 A;  2G1O A;  1LYA B;  4Y3Q A;  5HDZ A;  2PSG A;  1BXO A;  5P73 A;  5P48 A;  2AOC A;  4EPJ A;  1BXQ A;  2QZW A;  2OHN A;  5I3X A;  3SQF A;  3PSY A;  4HEG A;  1M43 A;  3B80 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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