5KR0A

Protease e35d-apv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease E35D-APV
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr0A00
4ZPGA 4E43A 4FSEA 3FV3A 4IVTA 3WZ6A 4Y3JA 3S7LA 5OZBA 1W5XA 5P2MA 5P5IA 2ZE1A 3D3TA 5P67A 5P3NA 2NNPA 3VV8A 4BELA 3OOTA 3HVGA 5P00A 1AAQA 2O4KA 1FQ5A 2ER7E 4I8ZA 2QD7A 5P7UA 1HEFE 5P8OA 2ZJMA 5P5SA 1HVRA 3O9EA 3UDJA 5P1LA 5P13A 3O9DA 1PSOE 5P0AA 4Y43A 3UDPA 4Y41A 5DR0A 3KMYA 4EJKA 1EC1A 3GGXA 5P50A 5P7YA 4LXKA 2A4FA 1UH9A 3FSMA 4OBHA 1BDRA 2R8NA 1Q9PA 1QBSA 5KR0A 1ZJ7A 5OZPA 4I10A 5OZOA 4Y5EA 2AOFA 2IENA 4DJYA 2FIVA 3K5DA 1GVTA 2QHYA 4Y4UA 4EP2A 9HVPA 2WF4A 1DW6C 3QN8A 3FNUA 5P1KA 5P5CA 4TRYA 3TH9A 5AHAA 4HVPA 1HPOA 5P3JA 5P5LA 5P5VA 1B5FA 5P4GA 4QJ9A 2R3TA 4FSLA 5BRYA 1A8KA 5P30A 4ER2E 4LC7A 1T6EX 5P78A 4DQGA 1SDVA 3URIA 2VNMA 4YD5A 2WEAA 1MESA 1MRWA 3BGBA 5ER2E 5P23A 2I0AA 4K8SA 4GJ8A 2B42A 3NDXA 2RSPA 2HB4A 1LYWA 2VJ9A 3K5GA 4JPEA 4NJSA 2PYNA 3O9FA 3UQWA 5P8DA 5P5MA 3UF3A 4Y47A 5P7JA 1MT9A 4LBTA 4YOAA 5COOA 4Z4XA 3PSGA 2F3KA 2BQVA 2VNNA 5P2QA 4FE6A 1OD1A 5DQ5A 4JP9A 5OZ9A 5P2SA 3HVPA 2JJJA 2XFKA 2OHRA 3VV7A 2IKUA 4F73A 4YDFA 4Y36A 1KZKA 2HB2A 5P6VA 3WB5A 3LPJA 5HE7A 3T7QA 2FNSA 3S54A 3Q4BA 3L5CA 2AOGA 5P76A 2AVVA 2OHTA 2AZ9A 4DPIA 3KT5A 2Q54A 5P62A 2JE4A 1HRNA 1B6JA 3GGUA 5P6XA 2PSVA 2QD8A 4KB9A 2HIZA 2CEMA 5OZJA 5P4UA 1C6ZA 4WY6A 2HS1A 3RSVA 4B77A 3QRVA 1GKTA 4HEGA 1XE6A 5P1JA 1BVGA 3LIQA 3NDUA 5P60A 4EYRA 5P2GA 4A4QA 5P2ZA 3D1ZA 3T3CA 3VF7A 1UH7A 1ZPKA 2UXZA 3KFPA 4L7HA 3HD8A 4HDBA 3HAUA 3APRE 5P1WA 4PPHA 5P5KA 5P63A 3TTPA 2JJIA 5P1DA 1BIMA 5C9BA 4Y4GA 3KFRA 3OQAA 1GNOA 5OZKA 5OZ2A 1PPLE 3KA2A 4Y3PA 3MSLA 1QRPE 1EC2A 3IN4A 5P0FA 4GZFA 3OXWA 1GVUA 4MC1A 4Y51A 2P3BA 5P03A 2B60A 1HVJA 2OAHA 3S43A 4YD4A 5P11A 1HSHA 2O4NA 1T7KA 3PI5A 3LPIA 4Y5LA 3TOGA 4CP7A 2BJUA 1META 3SM2A 1HVIA 3R0WA 4KE0A 5OYTA 1MUIA 2PMAA 1RQ9A 1W6IA 3EXOA 5P3GA 2NXLA 5P36A 3LIXA 4ZPEA 2WF1A 4J1EA 1K2BA 5P8TA 3VYFA 3S7MA 3TLHA 4A6CA 2ZJKA 1BILA 6UPJA 5P47A 3R0YA 3LZYA 5IVQA 3SA7A 2G27A 3OOZA 2P4JA 2PK5A 1APVE 1FEJC 2G21A 4J1CA 4ACUA 4Z2ZA 3UFLA 2HM1A 4Y38A 2ANLA 2ZGAA 3NU3A 3SAAA 2G24A 2WL0A 3PBZA 2IGYA 2PC0A 3B7VA 1YTGA 2V11C 4FAFA 4I0ZA 2R43A 5P5OA 3T6IA 3L38A 1K6CA 5P2HA 3O9BA 3N3IA 4RRSA 4HE9A 1HXWA 5OYZA 2PK6A 1APWE 4Q5MA 3TL9A 3SQFA 5P1UA 3ZPSA 3TPPA 4Y3NA 4EHCA 3VLAA 4BEKA 3U7SA 4COEA 2I4WA 2CEJA 1HVHA 2HB3A 5JG1A 5OZRA 4ZEAA 5COPA 4D85A 1APUE 4MC2A 5DGWA 3EKXA 1EEDP 2PSGA 4R92A 4DH6A 2VKMA 2APRA 5P8IA 2Z54A 3TKWA 3ER3E 2NPHA 5P8EA 4LAPA 3HW1A 5P0UA 1HVCA 4Y5KA 5P25A 5P4LA 5P38A 5P72A 5OZ6A 5P5QA 5IVRA 4PHVA 5HE4A 4J0ZA 4Q1NA 3RU1A 5P80A 5IS4A 3PWRA 4Y3LA 3UDMA 4Y50A 3QAAA 4JECA 3L3AA 5P4FA 5P75A 2HAHA 5P2XA 4D89A 3EL9A 5P4XA 1EBWA 5OYRA 4RCDA 1FMXA 4RRNA 3KDDA 4HZTA 5P2EA 2NMYA 5P87A 1E81E 4B1EA 1HPSA 2WEZA 1FB7A 2VIEA 2AVOA 3MXDA 1B5FB 5P26A 1DAZC 4B78A 3KMXA 3Q3TA 4Y56A 2HC0A 2VA6A 4LL3A 3FIVA 5E5KA 4Y5NA 5P35A 5P7OA 4NJUA 5P8NA 3OUDA 1LS5A 1D4YA 1NPVA 4DQCA 3INDA 1LYWB 4R8YA 1XN2A 4R91A 5OZSA 3UDKA 4Y3SA 5P3VA 4WTUA 3I2LA 5P3FA 1A8GA 2B7FA 4OBFA 4Y3ZA 3SA9A 3I8WA 2P3CA 4J1HA 2XYEA 2ZJHA 3KFSA 4DFGA 5P7HA 2OHNA 5P4BA 2QHCA 1EPLE 1YTIA 4QGIA 5P4WA 5P6LA 2ZHTA 3I7EA 3OK9A 5P3TA 4YBIA 2VIZA 4J54A 4RLDA 5P27A 5P1AA 2FDEA 4Y45A 2QMFA 2JXRA 3IGBA 5P79A 2HPFA 5P6QA 1PPME 4XXSA 2ZJNA 5P20A 2ZHRA 1D4SA 3D1XA 2FGVA 4ZIPA 4UPJA 5P55A 1AIDA 4Y3XA 5P6WA 1HVLA 5ENMA 2FGUA 3INHA 1MT8A 1GVXA 5HDXA 3OUCA 3PI0A 5HD0A 1K6TA 3D20A 5P3LA 1IIQA 3NLSA 5P61A 1TQFA 5DPZA 2NTRA 1NPAA 3BRAA 2O4SA 2FXDA 5CLMA 3PB5A 4KUPA 4U8WA 3SKFA 2PH6A 2QI1A 1EBZA 4J0TA 1FQ4A 2AOIA 4AZYA 2R5PA 2G22A 5EZXA 2QD6A 5P64A 2V10C 3KN0A 1HOSA 4HDFA 4Y5AA 3CIDA 1KJHA 4R95A 3UQPA 5DR8A 4Y3DA 2P3BB 3C9XA 3SO9A 5P6UA 3S43B 1MEUA 3DCKA 5P66A 3L59A 5E5JA 3APPA 3PLDA 3PCWA 1AZ5A 2RMPA 4TVHA 1DMPA 4Y5PA 4GJCA 4F74A 1SMEA 2VS2A 4EXHA 3DOXA 5P3OA 1IZDA 3INFA 3OTSA 3OQ7A 2I0DA 2OHUA 2PWRA 4L6BA 4B72A 5P7FA 3URLA 3ZLQA 2VA7A 3MWSA 5P6GA 3GI4A 5P09A 2F8GA 4GJ7A 4ZPFA 2Q5KA 4Q1WA 1C70A 2R3WA 1MRXA 5P7NA 2NXDA 3MSKA 5P0VA 5P3BA 1W5YA 1XE5A 3DK1A 3KF0A 3T7XA 5P0YA 5P4MA 5P5ZA 5P07A 1W5WA 2Q63A 5OZFA 4OD9A 3VSWA 5P73A 2A1EA 4DJXA 2BKSA 3ZKNA 1HTEA 4RVJA 2R38A 5SY3A 3LIYA 4OC6A 3BHEA 3FNTA 5P2BA 1APTE 5P32A 1HPVA 5P2JA 1TZSA 4B00A 3K4VC 1CZIE 5HDVA 2ZJLA 5P4NA 1IZIA 4Y4JA 2AOHA 4DJRA 2BPYA 5P06A 3TPLA 5C9FA 5P5AA 3LHGA 3T7PA 5P1FA 2ZDZA 1A9MA 3BXSA 1IDAA 3UFNA 3NDWA 2QP8A 3PWWA 4HDPA 2O4PA 3SA3A 4Y9WA 5HE5A 5P1TA 5DQ1A 4ZLSA 5P40A 5P3YA 4Y4EA 4LP9A 2QNPA 3L5BA 3VSXA 4DQEA 2OF0A 5DQCA 4DUSA 5OZVA 3OU4A 2PQZA 4GMIA 1RPIA 2IQGA 3EMYA 1G2KA 4ZSPA 3CKPA 5OYQA 5P6KA 1SMRA 2V16C 4J0PA 1XS7D 4XX4A 1EPME 4OBJA 5P85A 4GJ9A 1G6LA 1E82E 5EZZA 1TSQA 4J1FA 1IZHA 2VIJA 4L1AA 5P4SA 3RSXA 2AVQA 1KJFA 3UDRA 4Y54A 1ZBGA 1SH9A 2I1AA 5P5GA 2VJ6A 4DQBA 2QI4A 5P5UA 2FDDA 5AH7A 3IXKA 1ER8E 1MSMA 4Y39A 5OZ8A 4DQFA 2BKTA 5P51A 3GI6A 3RTHA 2O4LA 5OZZA 2NMZA 2G1YA 4EQJA 1FF0C 4CKUA 5P22A 4QJ6A 3INEA 4CPQA 5B18A 5P3RA 1HTGA 4Z50A 2IS0A 1LEEA 5P0NA 3NU5A 5OZTA 3OUDB 3KYRA 3ST5A 1FMBA 2I4UA 3VF5A 1T6GA 4Y5CA 5P5XA 3KFNA 4Y3RA 2H6TA 5P59A 4XX3A 5OZQA 4JOOA 5P8GA 2BPVA 3NXEA 3IXJA 5SXNA 3NSHA 3CYWA 5P70A 4FIVA 4X2LA 5F00A 5P08A 3UQXA 1FGCC 5OZ3A 3HLOA 3ZKQA 4Y3YA 5P0IA 4YA8A 3UTLA 4BFBA 4AMTA 3NU9A 4FLGA 5ER1E 3K5FA 1GVVA 5P3PA 4EJLA 1ZAPA 3LZUA 2NNKA 1UPJA 3TOHA 2PYMA 2Z4OA 5P1GA 4OBKA 3D91A 3S2OA 2FMBA 3O99A 3D1YA 3L58A 5P0RA 2CENA 2FNTA 4Y58A 4CPTA 3I6OA 5P2AA 5AHBA 3VLBA 4K4PA 1M43A 4NPTA 3GGVA 5AH8A 2RKFA 5HTZA 4ZSRA 5TOLA 5P4IA 5P43A 4J0YA 3HZCA 5P56A 5P7ZA 5P3ZA 7UPJA 4ZE6A 4I0GA 5P3HA 6FIVA 2QAKA 4Y5BA 4I12A 4GJDA 4WY1A 1BXQA 5P4RA 5P2WA 4NKKA 1YT9A 3MXEA 3OUBA 2P3DA 5OZMA 3IVIA 2G1OA 5P29A 3EKYA 5OZNA 3G6ZA 2UY0A 2BPXA 4Y6MA 4EJDA 1FLHA 1MT7A 3OXXA 3QS1A 5P49A 3QVIA 4CPRA 5KQFA 5P6OA 4S1GA 5KR1A 1PFZA 3ZPTA 4YD7A 1J71A 3WB4A 4DV9A 3VV6A 5OZ7A 4B1DA 5P1HA 5P04A 1LYBA 4DJUA 1FQXA 3EKPA 5P1IA 3GW5A 2ZJJA 3CMSA 4Y37A 4DI2A 5P7RA 1FFIC 5P7KA 3QRSA 4ZSMA 5P8HA 3ZMGA 3O9IA 5P2DA 4GJ5A 1DP5A 1MTRA 3PJ6A 5P7MA 5OZUA 1HIIA 4DJQA 5P2KA 1ZSFA 4H1EA 2WKZA 5P3DA 2BB9A 4OD9B 1HIVA 5P4YA 1HTRB 1YTHA 5OZ0A 2P8HA 1HSGA 1FQ6A 5DR3A 4Y3WA 2QZXA 5P7PA 2J9JA 5P10A 2QZWA 3BVBA 1M0BA 4OC6B 3QBFA 5P3IA 1AJVA 2F80A 3QI1A 2QU3A 3PHVA 5HU1A 3VYDA 1LV1A 3UQUA 4RVXA 3UDHA 3OAGA 2BBBA 5I70A 3L5DA 2ZHSA 1UH8A 1OHRA 5P0KA 5P7QA 1WKRA 4Y35A 1SBGA 3RTNA 4I0HA 2I4QA 2I4VA 1SDUA 3B80A 1DPJA 3Q5HA 3R1GB 1Z1HA 4RCEA 4YOBA 5P83A 4EJ8A 1K2CA 4U7VA 2G1RA 3NWXA 1XDHA 2B8LA 5P0DA 2AZ8A 4KE1A 3O9HA 5J25A 4Y5MA 2IEOA 4FRIA 1HWRA 5P7IA 5P7TA 1BVEA 3OWNA 5P0CA 5P8VA 2B8VA 4U7QA 1C6YA 3PLLA 5P31A 5P2LA 2FS4A 4AA8A 5I3XA 3OU4B 5P41A 3EC0A 4K4RA 5P2NA 1MIQA 4K9HA 4J1KA 2WF0A 1HXBA 2PH8A 5AH9A 5P2UA 1Z1RA 5P82A 3OHFA 3EL4A 1CPIA 5P5DA 4H3GA 5P69A 5KQZA 4QJ2A 3DCRA 2Q64A 5HCTA 2SAMA 3LIZA 2OHSA 1NH0A 4Y53A 5P5BA 5HDUA 4L1AB 3RVIA 2ER0E 1AXAA 3O9GA 1ODYA 1XL5A 3SA8A 1LF4A 3NXNA 5P6AA 1NSOA 4PZWA 3R2FA 1SIVA 1VIJA 5P0XA 5DR1A 2AZCA 5P46A 1ODWA 1T7IA 5P0QA 3KDBA 5P5HA 1U8GA 4LXMA 1FIVA 2ZHVA 1C6XA 5DGUA 3VFBA 2QMDA 3L5EA 5P6NA 3WZ7A 4PZXA 1FQ7A 4H3FA 5KR2A 4R93A 4CPSA 5KOSA 1ENTE 3LPKA 4DQHA 5P5WA 1EPNE 1NPWA 4Y4AA 3SFCA 5OZCA 5DR4A 2QI3A 4Y3QA 3NR6A 4HA5A 5P4PA 5P6FA 4BFDA 1MTBA 3QROA 2UPJA 3Q6YA 1EC0A 3NUOA 3TKGA 2Q15A 2VA5A 5OYUA 3I25A 3A2OA 5P5TA 3ZKMA 3SPKA 3CKTA 3OHHA 4M8YA 5HVPA 3GI0A 1KJ7A 5P6DA 1YTJA 4I0DA 5P8KA 5JFPA 3OQFA 5FIVA 2B7ZA 4B05A 5I3YA 5P4QA 4Y57A 3PMYA 2NR6A 4QJAA 5P33A 1PSNA 3IAWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZPG A;  4E43 A;  4FSE A;  3FV3 A;  4IVT A;  3WZ6 A;  4Y3J A;  3S7L A;  5OZB A;  1W5X A;  5P2M A;  5P5I A;  2ZE1 A;  3D3T A;  5P67 A;  5P3N A;  2NNP A;  3VV8 A;  4BEL A;  3OOT A;  3HVG A;  5P00 A;  1AAQ A;  2O4K A;  1FQ5 A;  2ER7 E;  4I8Z A;  2QD7 A;  5P7U A;  1HEF E;  5P8O A;  2ZJM A;  5P5S A;  1HVR A;  3O9E A;  3UDJ A;  5P1L A;  5P13 A;  3O9D A;  1PSO E;  5P0A A;  4Y43 A;  3UDP A;  4Y41 A;  5DR0 A;  3KMY A;  4EJK A;  1EC1 A;  3GGX A;  5P50 A;  5P7Y A;  4LXK A;  2A4F A;  1UH9 A;  3FSM A;  4OBH A;  1BDR A;  2R8N A;  1Q9P A;  1QBS A;  5KR0 A;  1ZJ7 A;  5OZP A;  4I10 A;  5OZO A;  4Y5E A;  2AOF A;  2IEN A;  4DJY A;  2FIV A;  3K5D A;  1GVT A;  2QHY A;  4Y4U A;  4EP2 A;  9HVP A;  2WF4 A;  1DW6 C;  3QN8 A;  3FNU A;  5P1K A;  5P5C A;  4TRY A;  3TH9 A;  5AHA A;  4HVP A;  1HPO A;  5P3J A;  5P5L A;  5P5V A;  1B5F A;  5P4G A;  4QJ9 A;  2R3T A;  4FSL A;  5BRY A;  1A8K A;  5P30 A;  4ER2 E;  4LC7 A;  1T6E X;  5P78 A;  4DQG A;  1SDV A;  3URI A;  2VNM A;  4YD5 A;  2WEA A;  1MES A;  1MRW A;  3BGB A;  5ER2 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HDZ A;  3GGA A;  3ECG A;  3DM6 A;  5P71 A;  5KAO A;  5P1N A;  4Y44 A;  5P68 A;  1OEW A;  3JVW A;  2I4D A;  5P6I A;  1QBT A;  4B0Q A;  1G35 A;  1KJ4 A;  3O9A A;  1B11 A;  2F3F A;  2V13 A;  5T4S A;  5CON A;  1A30 A;  2MIP A;  5BWY A;  5OZ1 A;  4I0I A;  2V00 A;  2IGX A;  3OQD A;  5P0P A;  5P4D A;  4Y3M A;  3BC4 A;  3TOF A;  5ISJ A;  4NJV A;  1IVP A;  1PRO A;  1B6M A;  2G94 A;  5OYS A;  2R5Q A;  5P1B A;  1BDL A;  5P0J A;  3PM4 A;  3PGI A;  4YCK A;  4ER1 E;  5P1C A;  3OXC A;  2G1N A;  5P5F A;  3GI5 A;  5OYX A;  5P0S A;  5P8S A;  4ZSQ A;  5KQY A;  1BAI A;  5P8Q A;  3SKG A;  5IVS A;  1TW7 A;  2FLE A;  4Y5G A;  1OEX A;  4J17 A;  2ASI A;  1HPX A;  5P7X A;  1W5V A;  5OZI A;  3ZKG A;  4F76 A;  2OHK A;  4Q1Y A;  3FNS A;  5P4V A;  3QRM A;  4JPC A;  4H3J A;  4I0E A;  3S45 A;  5OZ5 A;  4ER4 E;  3LIV A;  4RRO A;  4MC6 A;  3RTM A;  5P1Y A;  3UPJ A;  5P39 A;  5P7B A;  5P2I A;  5P84 A;  2G1S A;  4Y3A A;  5COK A;  3VFA A;  3S85 A;  5C9D A;  1F7A A;  1K6P A;  5P2T A;  5P5E A;  1N49 A;  4M8X A;  2QI7 A;  1WBK A;  3NYG A;  2V0Z C;  2G26 A;  5P6Y A;  5APR E;  2QHZ A;  1QBR A;  5P6B A;  1RL8 A;  1B6K A;  5P2Y A;  4CPX A;  5P7A A;  4Y48 A;  1ME6 A;  5P2O A;  4Q1X A;  5JFU A;  1W50 A;  4Y4D A;  3BUF A;  3NDT A;  4I0F A;  4GJA A;  2QU2 A;  3CYX A;  5P4H A;  5UPJ A;  4QJ8 A;  3VEU A;  1YM4 A;  2BPZ A;  1PSA A;  4RYG A;  4YDG A;  2WED A;  3H0B A;  5P18 A;  1IVQ A;  4Y3H A;  5P7L A;  4Y4W A;  1HVK A;  3KT2 A;  1BBS A;  3UDQ A;  1MSN A;  5P8B A;  3VUC A;  3BVA A;  3EKQ A;  3LZV A;  3SAC A;  1T3R A;  3K4V A;  1MER A;  5ISK A;  2AVS A;  3DUY A;  2PSU A;  3PSU A;  3EKV A;  4Y3G A;  1TSU A;  4PYV A;  5OZG A;  4FAE A;  2WF3 A;  3OU3 A;  4J0V A;  2QZK A;  4LXA A;  3UHL A;  5P6M A;  2ER9 E;  4A6B A;  2WF2 A;  1EPO E;  4B1C A;  1ZTZ A;  5P0M A;  1ZP8 A;  2AOE A;  3QPJ A;  2IDW A;  3CIC A;  3HAW A;  5P12 A;  1A94 A;  3TPJ A;  5P37 A;  4Y3F A;  2AZB A;  2QNN A;  5P3M A;  1XN3 A;  3LZS A;  5P1E A;  3UDY A;  5P0E A;  3PVK A;  3SA4 A;  3ZKS A;  5P86 A;  3PEP A;  3F9Q A;  5AH6 A;  5P48 A;  5BS4 A;  1TCW A;  3OUA A;  5P0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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