5KR1A

Protease pr5-drv
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKVGGQLKEALLNTGADDTVIEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease PR5-DRV
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr1A00
3NXEA 2QD7A 5P19A 1HVLA 3DCRA 5P4GA 4HA5A 3HZCA 1D4KA 2P4JA 4PPHA 5DGWA 5P5OA 3EM4A 5P4TA 3PCWA 3OHFA 4Y4ZA 5P7AA 1G35A 4K4QA 5P7PA 2IDWA 2AOCA 5P05A 2OHRA 3VLBA 3OU4A 5P6ZA 5I3XA 5OZRA 5OZOA 1GKTA 1APWE 4Y54A 3K5CA 4J1KA 5P8GA 1HIIA 3L5EA 5P68A 2QHCA 2I4WA 2Q15A 1EAGA 3ZKSA 1APUE 1AXAA 2QI6A 3I2LA 4A4QA 4K9HA 5IE1A 1FMBA 2G22A 4RZ1A 4OBHA 1AJVA 5P3BA 2QU2A 2JXRA 4Y4WA 3OQFA 2O4SA 1G2KA 2FS4A 2VIJA 3O9CA 5P1GA 4NJUA 2ANLA 3SA6A 1HVCA 4GJBA 5P5UA 2OHQA 4TVHA 5KR0A 3RSVA 5P71A 1IZDA 1T7JA 2P3BB 5P75A 3VF5A 4Y3SA 2VIYA 4Q1NA 3PEPA 1FIVA 2QU3A 1QS8A 3S43A 3WZ7A 2BB9A 1BV7A 5P0WA 5E5JA 5P5ZA 3OXWA 4H3IA 1RNEA 3I8WA 2QI7A 4HVPA 2ZHVA 1BXQA 2AOHA 3L58A 3T7PA 4Y3LA 3NLSA 5DQ5A 4B72A 5ENKA 1EPOE 4R91A 3KDDA 3RSXA 4QJ9A 5P1YA 2J9KA 3PJ6A 3IVIA 3BUHA 4OBGA 5P74A 3SFCA 4RCEA 1ZSFA 3GGXA 2PYMA 5P1MA 4R92A 1ODYA 1Z8CA 3UDRA 4OBFA 4YE3A 3UQUA 3FKTA 5P47A 4EJDA 1BAIA 1W51A 1YG9A 4DJQA 2QZKA 4QGIA 4DQBA 4YD7A 5P48A 1YTGA 5OYUA 5P04A 4Y4UA 4FAEA 5DQ2A 5P5KA 2FNSA 4Y3PA 5UPJA 5P01A 3TTPA 3DV5A 1XE5A 2OAHA 4WY6A 5DQ4A 1A9MA 5P8UA 3HW1A 1XN3A 4FLGA 5P6JA 1XN2A 2ZYEA 5HCTA 5P7TA 5HTZA 3TNEA 5P0AA 5P4CA 3S7MA 1FKNA 3Q5HA 2ZHTA 1KZKA 2AOGA 5P3XA 4GJ8A 3PSUA 5P85A 2QMPA 2A1EA 4BFDA 4DJOA 1D4SA 5P3WA 4GJ7A 3OXCA 1ENTE 2ZHUA 4R93A 5P0FA 5P1FA 4Y4TA 5P23A 2ZHRA 2G1YA 3UQPA 3IXJA 3VF3A 5P7LA 5P6SA 5P5TA 4J5JA 1K6PA 5OZIA 1QRPE 4OD9A 1BILA 2Q63A 4Y4BA 1C70A 2QD8A 3EKVA 2OHTA 5AHAA 2FIVA 5OYYA 5P4IA 4K4PA 1C6ZA 2JE4A 2I0DA 5P12A 5I70A 3NWXA 3L5FA 3ECGA 5P2TA 5P3KA 5P8FA 5P59A 3LPIA 4UPJA 5F00A 2IKOA 3VSWA 3FX5A 1DPJA 5P67A 2QP8A 4I8ZA 5P88A 5P5SA 4BELA 5P57A 3UQWA 3PSYA 3ZPSA 4RCFA 4CPUA 3GI0A 3KYRA 1FQ7A 3DUYA 4U7QA 5DPZA 3EL4A 1YTIA 1BWAA 5COOA 3PBDA 4I12A 3DCKA 4I0ZA 4S1GA 2G24A 4NJSA 2AOFA 2FXDA 5P44A 5P86A 2P3CA 1ODWA 4FSLA 5P1QA 3PBZA 3APPA 4J0YA 5OZNA 3DJKA 1MERA 4DI2A 2XFJA 3EKQA 2AVQA 4FSEA 3O9IA 2QZXA 1QBSA 1SDTA 5P7RA 3BUFA 1MSMA 4EQJA 2JJJA 3HVPA 5P2BA 4OC6B 5P0LA 2G21A 5P4MA 5P7EA 3HAUA 5P5XA 4JOOA 5P0MA 3H0BA 3Q3TA 1NH0A 4FM6A 3HD8A 5P83A 2B7ZA 5P1BA 4HDBA 5P0NA 5P60A 5P8DA 5P3UA 1B6PA 2O40A 3QROA 1HVSA 3IN3A 4L7JA 2HPEA 2WF3A 3KFRA 5BWYA 5AH8A 3URLA 1WBMA 1ODXA 4TRYA 4DJPA 3N3IA 4CP7A 5P1XA 2F3KA 5FIVA 2QHYA 1D4IA 4Y38A 4FCOA 5P80A 5P31A 4B00A 2WEZA 5P6BA 4K4RA 4YOAA 2ZE1A 4U8WA 1GVUA 1ZTZA 3MXDA 2FNTA 3RTNA 1C6YA 2PSVA 4F73A 2B8LA 5P2AA 5P2ZA 1MPPA 1K1TA 4JP9A 5P6MA 3EKTA 3UDPA 3OGQA 4RRNA 3URIA 3PM4A 3ZMGA 5KOQA 1QDMA 4Y50A 5P8NA 1PROA 2WHHA 4CPWA 3EM3A 5P0HA 5P76A 4JPEA 3QVCA 2IEOA 4Y3QA 3D20A 3NU3A 3NDTA 4J1FA 4LXMA 1GVTA 5P27A 3R0YA 2HAHA 3EKWA 5P41A 5P8LA 5OZCA 2WL0A 3L5BA 4Y57A 1BIMA 5OZHA 3OUDA 3IVHA 1AAQA 1EPRE 5P2GA 5P37A 4TVGA 4ZSQA 4MC6A 4F76A 3EL5A 2V11C 1LV1A 1IZIA 5P4EA 5P6HA 5P5DA 4DPFA 5I3WA 1JLDA 4I10A 5P0XA 3OWNA 3S85A 5P6TA 1F34A 5DR8A 1J71A 5P2HA 3VF7A 3O9HA 4Y3GA 1EPQE 4WTUA 3VCMA 4ZIPA 5DR0A 2J9JA 4J17A 4Y3FA 5OYXA 4D83A 5P2EA 2QNQA 5P1AA 3O9DA 5IVQA 3UHLA 2NMYA 3SPKA 4B1CA 3D1XA 1ZSRA 3AUPA 3CICA 4Y45A 2B7FA 5P2LA 1MT9A 4I11A 1SDVA 3OUBA 4YCTA 5P5YA 3PI5A 1OHRA 1EBZA 3OUAA 4OBJA 1WBKA 5P4JA 3OAGA 3WB4A 4A6CA 5EZXA 5P65A 2QI4A 2IS0A 5P8VA 4Z22A 5P4YA 3LITA 5P15A 2VIEA 3OXXA 5P7YA 5OYVA 5ENMA 4HE9A 4DJYA 2BKSA 2VA5A 3DOXA 5OZYA 4JECA 2ZJLA 1B11A 1IZEA 1ZPKA 4ACXA 5P1JA 5P1UA 5P40A 2WEBA 2HM1A 5P3RA 5P7KA 4XKXA 4EXHA 1LF3A 5P79A 3TOFA 5I3YA 1KJGA 1HSHA 1LYBA 4AMTA 4AA9A 3ZOVA 5HDVA 4I0HA 1MESA 3JVYA 1TCWA 3K5DA 5P1SA 2OHLA 4GJCA 4Y4JA 1D4YA 2PH8A 5P5FA 2FDEA 1HVJA 3BVBA 2QK5A 3K1WA 2H6SA 3C9XA 1MT8A 2UY0A 2P83A 2QZLA 3KFPA 3U7SA 3MSKA 2IGYA 4I0FA 3EKPA 3LZYA 5P7UA 4KUPA 2FMBA 4ZLSA 5P3FA 5P0EA 1MT7A 1PPLE 4RLDA 3DV1A 1LYAB 4CPTA 5P66A 5P6YA 5SZ9A 1PSNA 5P1CA 5P82A 3T3CA 3INDA 7UPJA 3PMYA 3TKGA 4CPQA 5P4KA 2I4UA 1RL8A 4DFGA 4KB9A 4EXGA 4Z50A 3UDHA 4MC1A 5HU0A 1D4JA 5P2MA 1BVGA 5KQYA 3D91A 4KE1A 1UH7A 2OHUA 1NPVA 5P03A 5OZVA 4GB2A 4OBZA 4Y5AA 5P5LA 4GJ9A 5OZ5A 1VIJA 3OGPA 5CLMA 4ZEAA 2FLEA 3LIYA 1HVKA 3NDWA 3LPKA 4HDFA 4YA8A 1PSOE 2HB2A 3OU3A 2ASIA 5P06A 3SA4A 4YDFA 4Z2ZA 2AOIA 4I1CA 1IZHA 3JVWA 4XX3A 3GW5A 3OQAA 4BFBA 2WECA 5P2VA 2NXMA 1MIQA 2FGUA 5IVSA 5P11A 4AZYA 1HIVA 4Y41A 2XFIA 3ZKGA 3F9QA 1PPKE 4YHQA 1W5VA 1EBWA 5P6XA 5P6LA 1YM2A 4X2LA 4Y3YA 4HDPA 3PWWA 5P4FA 3O9LA 5P45A 5P6RA 1HXBA 5P38A 4RRSA 3UQRA 3NU4A 2O4NA 2OHNA 1BV9A 3OADA 5OZ4A 3ZKNA 2ZJMA 5E5KA 3S7LA 1ZP8A 3IN4A 3VYFA 4YCKA 3O9BA 1EC2A 3O9GA 3TOGA 4J0PA 2QI0A 1HEFE 4M8YA 4Y35A 4B78A 3T6IA 1SMRA 3GI5A 3LPJA 2B60A 5P3EA 2Q54A 5P46A 5P10A 2R43A 5SY2A 1QBRA 5P6KA 4QJ2A 3KN0A 4X7IA 5OZ7A 4Y3HA 4J1EA 4ZPEA 4Y51A 4Y3MA 1YT9A 1FFIC 2BPVA 1DW6C 4MC2A 5OZXA 3MSLA 1BBSA 4Y4EA 3CIDA 5P1HA 3QP0A 3OXVA 4Y3RA 5P2QA 1G6LA 1HPOA 5P0VA 2HS2A 5P6AA 2BPXA 3QRVA 1K2CA 2P8HA 5P7CA 3S53A 3K4VA 4Y5EA 5P1VA 2O4PA 2WF4A 3B80A 5P1EA 5P2XA 4EJKA 2AZCA 5KR8A 3QRSA 4L6BA 5SY3A 1RQ9A 1A30A 4L1AB 4EWOA 5SXNA 5P39A 5P8AA 3S8IA 2OF0A 2G27A 1FEJC 5P1KA 3VV8A 5P89A 4M8XA 4PYVA 4HLAA 3S45A 2IRZA 3OU1B 5P1PA 1MEUA 3MXEA 5AH6A 3GGAA 5P8SA 5CONA 3NWQA 3JW2A 3DK1A 4Y5LA 1A94A 4I0DA 1FF0C 1HEGE 5P5IA 3FV3A 3GI6A 2AQUA 5OZBA 1GNNA 3QI1A 1TSUA 3GI4A 3NYGA 5OZEA 4CPRA 1FQ6A 2HIZA 3CKPA 4DJWA 5P7NA 4Y3EA 5P5VA 2O4LA 3ZPUA 1FFFC 5OZKA 4ZSPA 2V0ZC 5P4SA 5P7OA 1BDLA 5HE5A 5P7IA 2VKMA 4DH6A 5P42A 5P6DA 5P4UA 5P7DA 1XDHA 4Y3ZA 2QMDA 5OZPA 2VJ6A 3KM4A 2HB4A 3OTSA 5P0JA 5P16A 5OZGA 5AH7A 3A2OA 1META 1K6VA 3KA2A 1PPME 1MUIA 3EBZA 5OYSA 3VLAA 4XX4A 5P13A 2HS1A 1LF4A 5P3AA 5P56A 5OZ6A 3MSJA 5P53A 5BRYA 2P3DA 1UPJA 2RSPA 1W5WA 2NXLA 1K6TA 1SP5A 5DR7A 5ER1E 2F8GA 1B5FB 4Y6MA 1GNMA 3L38A 2FGVA 4Y43A 1IBQA 4YD6A 1ZLFA 1XL5A 3NUJA 1IVQA 5C9BA 5P4OA 2H6TA 5C9DA 5DR1A 1FMUA 4R95A 4EJ8A 5JG1A 3PCZA 4COEA 3ST5A 3VSXA 3MWSA 5OZDA 5P5MA 5OZSA 5P2CA 5P4BA 1FGCC 2WF0A 4RROA 1ZBGA 5DR4A 1AJXA 3NUOA 1OEWA 5P7BA 3QIHA 5P5WA 1T7KA 3UDJA 4J0VA 3CIBA 1HPXA 4CKUA 4DQGA 1ER8E 3VG1A 3OQKA 5P00A 1HVRA 2PQZA 5P49A 4PEPA 3FNSA 3KMXA 2ER7E 5P50A 5OZ3A 2G20A 3R1GB 3CYWA 2FDPA 4LHHA 1GNOA 4Z4XA 5P35A 4B1DA 5KR1A 4QJ8A 3G70A 1HRNA 4ER2E 4I0IA 3UPJA 4FM7A 5P5QA 2XYFA 2AZBA 2PWRA 4FRSA 4YD5A 4Y58A 2WF2A 4Y47A 2OHMA 4Y5BA 3L5CA 5P55A 2I4XA 4CPSA 2QI1A 3K5FA 4J55A 5DR3A 4FRJA 2Q64A 1QBUA 5P8IA 2QNPA 3QRMA 1KJ7A 5P7SA 1EEDP 5P8KA 5P52A 1T3RA 3EC0A 3TH9A 4GMIA 2Q55A 2PH6A 2ER0E 2I4VA 3ZPTA 2OHKA 4ZSMA 4RVJA 2WF1A 4AUCA 2Q3KA 3OTYA 3RVIA 2F80A 2A4FA 1A8GA 3QN8A 3BHEA 5OZ8A 1HXWA 1AM5A 3O9EA 1ZPAA 4Y3AA 1EC0A 1F7AA 3CKTA 2NNPA 4L7HA 2AOEA 1LYWB 3PHVA 5AHCA 5P25A 5P4HA 2OHPA 4MC9A 2AVSA 4D8CA 3KFSA 1B6KA 5DQ1A 1AZ5A 3K5GA 4PZXA 4L7GA 5P6OA 4R5NA 3OK9A 4LC7A 5P4XA 3KDCA 5COPA 3U6AA 5T4SA 5P4WA 4F74A 5P3CA 2NXDA 3T7XA 1EC1A 5P3SA 5KQZA 1DIFA 5I3VA 1B6JA 5P3MA 3QBHA 3D1YA 1KJHA 2JYSA 5P20A 3QVIA 3WZ6A 3OHHA 5P8JA 5OZ1A 3D3TA 5HDXA 4APEA 4DQFA 1Z1RA 5P18A 3CMSA 4K8SA 4Y4AA 4GJDA 3VFAA 2IGXA 1HTFA 4Y44A 4ZE6A 5P3QA 1SGZA 2R3TA 4YOBA 4GJ6A 1DP5A 3BGBA 5P7XA 1HIHA 5P36A 3UDKA 3T7QA 4EQ0A 3OU4B 1SIVA 3EXOA 5P5HA 5P6IA 4J1HA 2I0AA 2R3WA 2G1NA 2PSUA 2HPFA 5P0CA 2AIDA 1FG8C 2I1AA 2VNNA 4B05A 4HZTA 3U71A 4Q1YA 4Y36A 5P07A 2F81A 5OZ9A 5P8RA 2VJ9A 4RCDA 1XE6A 1LZQA 2G1SA 4J1CA 4Y5PA 6FIVA 5AGZA 1XL2A 3SO9A 2P3AA 4YDGA 1T6GA 5PEPA 3LZUA 2IKUA 1LF2A 3KT5A 4LXKA 3KFNA 3PMUA 5P8TA 4AA8A 5P14A 1ZAPA 3TPPA 5P6WA 5P72A 3HBOA 1IIQA 4QJ7A 4RGHA 2NNKA 5P4LA 5P8HA 3SQFA 2CENA 5P0BA 3PRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NXE A;  2QD7 A;  5P19 A;  1HVL A;  3DCR A;  5P4G A;  4HA5 A;  3HZC A;  1D4K A;  2P4J A;  4PPH A;  5DGW A;  5P5O A;  3EM4 A;  5P4T A;  3PCW A;  3OHF A;  4Y4Z A;  5P7A A;  1G35 A;  4K4Q A;  5P7P A;  2IDW A;  2AOC A;  5P05 A;  2OHR A;  3VLB A;  3OU4 A;  5P6Z A;  5I3X A;  5OZR A;  5OZO A;  1GKT A;  1APW E;  4Y54 A;  3K5C A;  4J1K A;  5P8G A;  1HII A;  3L5E A;  5P68 A;  2QHC A;  2I4W A;  2Q15 A;  1EAG A;  3ZKS A;  1APU E;  1AXA A;  2QI6 A;  3I2L A;  4A4Q A;  4K9H A;  5IE1 A;  1FMB A;  2G22 A;  4RZ1 A;  4OBH A;  1AJV A;  5P3B A;  2QU2 A;  2JXR A;  4Y4W A;  3OQF A;  2O4S A;  1G2K A;  2FS4 A;  2VIJ A;  3O9C A;  5P1G A;  4NJU A;  2ANL A;  3SA6 A;  1HVC A;  4GJB A;  5P5U A;  2OHQ A;  4TVH A;  5KR0 A;  3RSV A;  5P71 A;  1IZD A;  1T7J A;  2P3B B;  5P75 A;  3VF5 A;  4Y3S A;  2VIY A;  4Q1N A;  3PEP A;  1FIV A;  2QU3 A;  1QS8 A;  3S43 A;  3WZ7 A;  2BB9 A;  1BV7 A;  5P0W A;  5E5J A;  5P5Z A;  3OXW A;  4H3I A;  1RNE A;  3I8W A;  2QI7 A;  4HVP A;  2ZHV A;  1BXQ A;  2AOH A;  3L58 A;  3T7P A;  4Y3L A;  3NLS A;  5DQ5 A;  4B72 A;  5ENK A;  1EPO E;  4R91 A;  3KDD A;  3RSX A;  4QJ9 A;  5P1Y A;  2J9K A;  3PJ6 A;  3IVI A;  3BUH A;  4OBG A;  5P74 A;  3SFC A;  4RCE A;  1ZSF A;  3GGX A;  2PYM A;  5P1M A;  4R92 A;  1ODY A;  1Z8C A;  3UDR A;  4OBF A;  4YE3 A;  3UQU A;  3FKT A;  5P47 A;  4EJD A;  1BAI A;  1W51 A;  1YG9 A;  4DJQ A;  2QZK A;  4QGI A;  4DQB A;  4YD7 A;  5P48 A;  1YTG A;  5OYU A;  5P04 A;  4Y4U A;  4FAE A;  5DQ2 A;  5P5K A;  2FNS A;  4Y3P A;  5UPJ A;  5P01 A;  3TTP A;  3DV5 A;  1XE5 A;  2OAH A;  4WY6 A;  5DQ4 A;  1A9M A;  5P8U A;  3HW1 A;  1XN3 A;  4FLG A;  5P6J A;  1XN2 A;  2ZYE A;  5HCT A;  5P7T A;  5HTZ A;  3TNE A;  5P0A A;  5P4C A;  3S7M A;  1FKN A;  3Q5H A;  2ZHT A;  1KZK A;  2AOG A;  5P3X A;  4GJ8 A;  3PSU A;  5P85 A;  2QMP A;  2A1E A;  4BFD A;  4DJO A;  1D4S A;  5P3W A;  4GJ7 A;  3OXC A;  1ENT E;  2ZHU A;  4R93 A;  5P0F A;  5P1F A;  4Y4T A;  5P23 A;  2ZHR A;  2G1Y A;  3UQP A;  3IXJ A;  3VF3 A;  5P7L A;  5P6S A;  5P5T A;  4J5J A;  1K6P A;  5OZI A;  1QRP E;  4OD9 A;  1BIL A;  2Q63 A;  4Y4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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