5KR8A

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-4-methyl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 5) bound to bace1
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
359
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 359
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A02
3RVIA 4TVHA 3EM4A 5SY3A 3IN3A 3QRSA 5P3TA 2VJ7A 2NTRA 1FF0C 1LV1A 4Y41A 3VLAA 1GNNA 4B0QA 2B60A 5B18A 2G20A 2P3BB 5P16A 4L6BA 5P5NA 1GKTA 5P13A 5DQ5A 4CPXA 5HU0A 1IDAA 1PSOE 3INHA 5P14A 5DGUA 1XE5A 1XDHA 1PSNA 3ER5E 1WBKA 3H5BA 5P7NA 3R1GB 1ZPKA 3BUGA 2WEAA 5P4DA 4ZSPA 5P5PA 5P8HA 3UPJA 5ISKA 5P49A 5P0QA 3URIA 3VF5A 1TSUA 2WEDA 4Y36A 1HPSA 3GI6A 3GI5A 4Y54A 3UDNA 3BC4A 4DPIA 3U6AA 1TSQA 5P0HA 1MTRA 2WF1A 1W51A 1G2KA 5P5QA 3PVKA 3GW5A 2R38A 3QBFA 1TQFA 5P7MA 4UPJA 5KR0A 1QBUA 3URJA 5OZ5A 3LIXA 3KFPA 5OYUA 1LZQA 5KR1A 1BXQA 5P17A 5P0IA 5AH9A 3S43A 2NXLA 2J9JA 3IAWA 1LYBB 5P0NA 5OZOA 4QJ9A 4J1IA 4Y5PA 4OBJA 2IEOA 5P3AA 5OZLA 5P00A 1HVIA 2QI1A 3QI1A 5T4SA 5P0VA 1EPRE 5IVQA 3N4LA 3C9XA 5P0CA 2AODA 2G1RA 5COOA 1YTHA 4J0VA 2WF3A 2AVVA 2QAKA 4J54A 4ZSMA 2ZHRA 3S85A 3EL9A 2G69A 4LXMA 4ZSQA 3MSJA 3O9BA 4B1CA 3OXVA 1FMBA 2IGYA 2Q63A 4KE1A 4Y3RA 2QK5A 5OZKA 2ZDZA 4I0EA 5OZVA 2RMPA 5P0PA 2AQUA 3Q4BA 3QBHA 4RVXA 3SAAA 5P18A 5P7DA 1FMUA 3EKPA 4DJPA 5P8GA 3O9AA 3OOTA 5P2DA 2BPWA 5P74A 1E80E 5OZ7A 2F8GA 5P6MA 2ZJIA 3PCWA 4B05A 1QBRA 4Y47A 1SDTA 2ZHUA 4PPHA 1KJGA 1BDLA 1FB7A 4YDFA 3O9EA 5P62A 4Y4TA 3PM4A 2FMBA 5I70A 5P11A 3ZOVA 2V10C 2IKOA 5P5FA 9HVPA 4EP2A 5P36A 4XX4A 5P19A 3TPPA 2PWCA 2IGXA 5P79A 3ZKXA 3FSMA 3PSUA 2VNNA 1K1TA 4AUCA 5OZ8A 1RL8A 1RV7A 3S54A 3L59A 3SACA 5DR1A 1ODXA 1BAIA 5P66A 4J0YA 5P2GA 5OZDA 4Y3SA 2FS4A 3GGUA 4Y3PA 5P5BA 5P5EA 4OC6B 3K4VC 1SGUA 2ZJNA 4NJVA 5P1HA 2IL2A 1DPJA 3UDJA 5P43A 5P65A 3IXKA 4Y3HA 1NPAA 3VG1A 1FQ7A 1PPLE 3CIBA 2ANLA 5JFPA 2XYFA 3HZCA 2Q3KA 3FX5A 3VF7A 2O4NA 5OZUA 3BXRA 3K1WA 3QPJA 5P4OA 3PHVA 5P3WA 3ZPTA 3D3TA 5P4MA 5P60A 3LIQA 5UPJA 5P2RA 1YTIA 4S1GA 5P08A 4YBFA 5P6TA 4Y4UA 4TRYA 3CICA 4Y48A 4F73A 4L1AB 4I0ZA 5P5GA 4OBHA 1ODWA 5P56A 2QHZA 5DGWA 3KYRA 1SDVA 5ISJA 2HC0A 1FLHA 2P3BA 3MXDA 5P3LA 3MSLA 3TL9A 3HBOA 5P4LA 5HDZA 4YHQA 1OEWA 5P25A 7UPJA 5DR7A 4YD4A 1EPLE 1SGZA 2NXMA 3EL5A 1HXBA 4DJXA 4L7HA 3TTPA 4MC2A 4M8XA 4Y38A 2R3WA 3L58A 5ER1E 3TLHA 5P6UA 5P8MA 2UPJA 5E5JA 1QDMA 5P2YA 5P6AA 3VCMA 5P6VA 3WZ6A 5P3EA 5P78A 5AGZA 5OZZA 4FIVA 5KOSA 5P8FA 5P0GA 5P86A 1F34A 3DOXA 4K8SA 5P6NA 5P4VA 1YT9A 2ZJKA 4GJDA 2BKTA 3HVGA 2V11C 5P1UA 1HVRA 4H3JA 3LINA 4A4QA 3PWRA 3MWSA 5OZIA 4HZTA 1K6PA 1LYBA 2P4JA 5P31A 1MERA 3ZL7A 5P3HA 2G1YA 3KT5A 3PSGA 5P42A 5KQYA 1M43A 3URLA 4Y3LA 4J1FA 5P51A 1MESA 2RENA 4Z22A 4ZLSA 4NKKA 3L5BA 1ZSRA 1FQ6A 1EBZA 1G6LA 4D83A 3UQWA 1QBTA 2FNSA 3HD8A 5P3ZA 2OHMA 2AVQA 1IDBA 4HE9A 5P7QA 3RTHA 2VIEA 3B7VA 4D85A 5OZSA 1CPIA 3GI0A 4Q1NA 4HDFA 5P4AA 1B6LA 5KQZA 4DQEA 3CKRA 1A9MA 4EWOA 5C9BA 5P0KA 8HVPA 5P8IA 2V16C 2ZHVA 3DUYA 3TOGA 2OHQA 2PQZA 3PBZA 4I0DA 5P7AA 5KR8A 1B6PA 1JLDA 1IZDA 3AIDA 1K6CA 4Y3EA 4AA9A 5CLMA 5P7CA 4Q1WA 1FEJC 2WEZA 1K1UA 4F76A 4DH6A 3NDXA 5P8BA 2BPXA 2FDPA 4OBZB 3I7EA 1Z8CA 4Y4EA 4I8ZA 5P75A 2ER0E 1MT7A 5DR4A 4K9HA 4FAEA 2O40A 4XX3A 3H0BA 5J25A 5P02A 3OGPA 4MC6A 1YG9A 2FNTA 5HE5A 1HVKA 4FSEA 5P1WA 3JVWA 3ZPSA 3UQUA 5OYQA 5P07A 1PSAA 1J71A 3KMYA 5P3NA 1IVQA 4OBGA 4RZ1A 3NWXA 2ZE1A 4NJUA 5OZAA 1IZHA 5P1SA 1EPPE 3G72A 5P8LA 4BFDA 4OC6A 4ZPGA 4EHCA 5P03A 4LHHA 1SMEA 2CEJA 5OZGA 3UF3A 1EC0A 2HB3A 3R4BA 2AZ9A 5P39A 4FAFA 5P40A 4RCFA 5OZRA 5OZ9A 5P5HA 2AZ8A 2WEBA 5P8OA 5P3QA 5P3DA 2BQVA 1AJXA 3LZYA 4FM7A 4DJOA 3LNKA 2V00A 4Y5NA 5P2UA 5P41A 3OAGB 4Y4JA 5P4FA 3LIZA 5P1ZA 2VS2A 1APWE 3SA6A 1DW6C 2VKMA 2QZXA 5P6PA 3U7SA 5OZPA 5I3WA 5HDUA 1HEGE 4L1AA 2JYSA 3SM2A 5P7IA 4Q1XA 5P1KA 3QAAA 3TPLA 4Y5BA 2OAHA 1XN3A 3INEA 1LYWB 5P7YA 4U7VA 4RGHA 5P7BA 1EC3A 4DQBA 5P6FA 1XL5A 5AH6A 4Y37A 2O4SA 1ZP8A 1U8GA 1FQ4A 2HAHA 3OADB 1ER8E 3PWMA 1FQXA 4Y3WA 1KJHA 3DM6A 2ZJHA 4PZWA 3OOZA 3FV3A 2PK6A 4B1EA 2QI6A 5P2IA 1ZLFA 5P1EA 4CMSA 1KJ4A 2F81A 3MSKA 4IVTA 5P7WA 5P5XA 4CPQA 3D1YA 3L5CA 2Z4OA 5P8SA 3PLDA 5P8UA 5P4WA 2AOJA 3OGQA 4GYEA 1BVEA 1C6XA 3ZKNA 5HTZA 5P87A 5OZ0A 2P3AA 4Y3QA 1M4HA 3OXWA 5P3XA 5C9FA 5P6GA 5OZTA 5P2HA 4J0TA 5P0XA 3PMUA 4DUSA 1RNEA 1K6TA 3SKGA 4U7QA 2FIVA 1W5YA 1B6MA 1FFIC 2AVOA 5P1PA 3VV8A 2MIPA 4CPRA 2FGUA 3I6OA 5P1NA 2Q54A 2RKGA 4I1CA 5OZNA 3BUHA 1HTRB 5P2OA 3ER3E 1HHPA 1HSHA 4LP9A 3ZMGA 4DJUA 3OHFA 5P27A 1AZ5A 2NNKA 2AOIA 4I0HA 5SXNA 2PC0A 5P48A 1K2CA 5P47A 6FIVA 4H1EA 5P83A 5P8QA 4DQHA 4ER1E 1IVPA 4Y39A 3CMSA 5P2AA 5BRYA 3EKYA 4OBDA 4RCDA 5P8EA 1KJFA 3KN0A 3LIVA 3WZ7A 2R8NA 1PFZA 5P6KA 3IXJA 2VIJA 3OUCA 4EQJA 3PLLA 5P2WA 5P6YA 4Y4GA 4DFGA 5P6LA 4A6CA 1D4IA 1EPME 2P3CA 4ZPEA 1BWAA 3EXOA 1HVJA 5DQ1A 2JJJA 5SY2A 1ME6A 3UQPA 4I10A 5P0ZA 3CIDA 5P81A 3WZ8A 4YCKA 3O9HA 4OBZA 2Z54A 2VNMA 3EC0A 4FM6A 5P8CA 3RTNA 4LBTA 4OD9B 4DJVA 5P26A 5ENMA 2O4LA 4EJ8A 5HCTA 2AOHA 3OUDB 3NYGA 3NU3A 4Z50A 2PWRA 3TOHA 4DJRA 3QS1A 4L7JA 3UDPA 4QLHA 4TRZA 1HIHA 2A4FA 5P3FA 2I4VA 3EMYA 1HTGA 5P0WA 5P0OA 4J1CA 2Q64A 4GJAA 5P10A 4Z4XA 5P7ZA 5P2KA 5OZ1A 1EAGA 2QI0A 5P3KA 3L5EA 5P88A 5P5CA 3N3IA 1E81E 5P2FA 3NUOA 1DMPA 5P5SA 1T7IA 1N49A 4B70A 3OU1B 3I25A 1BVGA 2XYEA 3VYEA 1BXOA 4EJLA 1YM2A 2AVMA 3GGXA 2OHUA 5P0BA 5P67A 5P05A 2OHSA 3M9FA 5P7JA 1QBSA 4EXGA 3APRE 3FNTA 3PMYA 3VFBA 5P8AA 1GNMA 4M8YA 1FG6C 4MC9A 2I0DA 4Y3NA 1LYAB 3OAGA 4DQCA 3T7PA 4Z2ZA 4J1KA 1YTJA 1MT8A 3NDUA 3IA9A 2I1AA 1FGCC 5AH8A 5P4CA 2ZJMA 1K2BA 3PGIA 1T7KA 5P63A 2HM1A 3IVIA 1BV7A 2QMPA 5P3JA 4DJYA 3DCRA 3KFRA 2FGVA 5P0DA 1A94A 4JP9A 4FS4A 5P23A 5OZ2A 5OZ3A 3BVBA 1BV9A 4GJ9A 2R5PA 5P55A 1TCXA 3PSYA 4AZYA 2WHHA 3LHGA 5P45A 1LYWA 1OEXA 5OYWA 1EC2A 3T11A 1HPOA 1BWBA 1APTE 4A6BA 2APRA 5P29A 5P1IA 3OADA 3TOFA 5P53A 4LC7A 3GGVA 3PCZA 4Y3FA 2HB4A 2AZBA 5P2MA 4QJ6A 4XKXA 1APVE 3FNUA 3BUFA 3A2OA 4Y53A 5P57A 5OZFA 4QGIA 2VJ9A 4EJKA 5SZ9A 1HVHA 5P2QA 3BRAA 1MRXA 1HPVA 4RRSA 5P2NA 2V13A 2JXRA 4L7GA 2AIDA 3UQRA 3SLZA 1D4KA 5P12A 4QJ2A 4R93A 1DIFA 2G1OA 4DJQA 4EP3A 3OK9A 3BGCA 1W5XA 4QJAA 2ZJLA 4Y5GA 3UDHA 1QRPE 4J1HA 4FSLA 1GVVA 5P8PA 1A30A 2XFKA 3ZLQA 2IRZA 5P8KA 1QS8A 3PI5A 4CP7A 1META 2BPZA 5JODA 5P20A 5P6OA 2ER9E 4Y4ZA 2R9BA 1SP5A 3K5DA 3LZVA 5P2LA 3S56A 4LXAA 1LF4A 5COPA 4Y4BA 5P6BA 1UH7A 2WJOA 2XFIA 5P84A 1TZSA 4CPSA 5P0MA 4ACXA 1ZPAA 5P4BA 4R91A 3DK1A 4U8WA 5JFUA 4Y3JA 3IN4A 2WL0A 2Q55A 1ZAPA 5P7PA 4R92A 5APRE 1HPXA 2QZKA 5P69A 1HSIA 4KB9A 5P64A 5HE4A 5KQFA 2FDDA 5P4QA 4Y44A 1OD1A 1OHRA 3S7LA 7HVPA 2P83A 1BDQA 4Y4AA 1IIQA 5P3MA 4FE6A 3VV7A 3EKQA 4FRKA 4AMTA 4B77A 2B7FA 3OY4A 2VA7A 3QIHA 5P04A 1G0VA 1HRNA 4I0IA 3ZKIA 3EKXA 2NMYA 4YDGA 3TNEA 1EBYA 3PI0A 5OYRA 4OD9A 3OTYA 2NR6A 5P3GA 1VIKA 1D4YA 3OUDA 3OU4B 3FNSA 1MT9A 5IVRA 4Y50A 3UDQA 3EBZA 3TH9A 4D89A 2OHKA 4NJTA 2SAMA 4GJ6A 4HLAA 2BKSA 4APRE 1XN2A 5P2EA 2XFJA 4Y5AA 5P0FA 5P1FA 2BB9A 3VUCA 5KR2A 5P59A 4GB2A 3NU4A 4K4RA 4YCTA 3FKTA 1T3RA 5P0SA 2ZHSA 2IKUA 3WB4A 5P6EA 4Y5LA 5IVTA 4YE3A 3OU1A 1XL2A 1EPQE 4Q5MA 3PJ6A 5P6WA 1FG8C 3NXNA 4J55A 1MPPA 4GJCA 4I0FA 4KE0A 3RSVA 3FIVA 4Y56A 3T7XA 2P3DA 4FLGA 4R5NA 3UDYA 3VEUA 4J5JA 4FL8A 5P4ZA 2FXEA 2PSVA 5P0LA 5P1RA 1K6VA 1LYAA 5P4KA 1SIPA 5P5VA 1FQ8A 1YTGA 2NNPA 1AIDA 3INFA 1HVLA 1HWRA 1PPKE 2BPVA 4Y4WA 5P80A 1WBMA 3SA9A 2ZHTA 5P6IA 5P30A 3WSJA 3UDMA 4E43A 2QU3A 2VA5A 5P1VA 3L38A 5P2CA 4FRSA 3WB5A 4Y3AA 3QRVA 1NPVA 3VYFA 2IENA 4YA8A 1FFFC 5AHCA 3B80A 5P1MA 4YOAA 5P2SA 4OBKA 4D88A 4I0GA 5HVPA 4GIDA 4HDPA 3QVIA 2PH6A 3NUJA 3L3AA 1MIQA 4YBIA 3SABA 1F7AA 1MRWA 2QHYA 4YD5A 5P35A 5P8JA 2AOFA 3S53A 4RCEA 5E5KA 5HDVA 2AOCA 2FLEA 1HVSA 4BFBA 3PB5A 3SO9A 3I2LA 2PH8A 4Y35A 4DJWA 4LXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RVI A;  4TVH A;  3EM4 A;  5SY3 A;  3IN3 A;  3QRS A;  5P3T A;  2VJ7 A;  2NTR A;  1FF0 C;  1LV1 A;  4Y41 A;  3VLA A;  1GNN A;  4B0Q A;  2B60 A;  5B18 A;  2G20 A;  2P3B B;  5P16 A;  4L6B A;  5P5N A;  1GKT A;  5P13 A;  5DQ5 A;  4CPX A;  5HU0 A;  1IDA A;  1PSO E;  3INH A;  5P14 A;  5DGU A;  1XE5 A;  1XDH A;  1PSN A;  3ER5 E;  1WBK A;  3H5B A;  5P7N A;  3R1G B;  1ZPK A;  3BUG A;  2WEA A;  5P4D A;  4ZSP A;  5P5P A;  5P8H A;  3UPJ A;  5ISK A;  5P49 A;  5P0Q A;  3URI A;  3VF5 A;  1TSU A;  2WED A;  4Y36 A;  1HPS A;  3GI6 A;  3GI5 A;  4Y54 A;  3UDN A;  3BC4 A;  4DPI A;  3U6A A;  1TSQ A;  5P0H A;  1MTR A;  2WF1 A;  1W51 A;  1G2K A;  5P5Q A;  3PVK A;  3GW5 A;  2R38 A;  3QBF A;  1TQF A;  5P7M A;  4UPJ A;  5KR0 A;  1QBU A;  3URJ A;  5OZ5 A;  3LIX A;  3KFP A;  5OYU A;  1LZQ A;  5KR1 A;  1BXQ A;  5P17 A;  5P0I A;  5AH9 A;  3S43 A;  2NXL A;  2J9J A;  3IAW A;  1LYB B;  5P0N A;  5OZO A;  4QJ9 A;  4J1I A;  4Y5P A;  4OBJ A;  2IEO A;  5P3A A;  5OZL A;  5P00 A;  1HVI A;  2QI1 A;  3QI1 A;  5T4S A;  5P0V A;  1EPR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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