5KR8A

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-4-methyl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 5) bound to bace1
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
359
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 359
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A02
1KJ4A 2AOJA 4IVSA 3B80A 1B11A 5HD0A 5OZEA 2OHQA 4Y3YA 2XFJA 4Y4XA 4XX3A 3RSVA 3HVPA 1EBYA 2VKMA 3IA9A 4RZ1A 2NMYA 3BVBA 3QRSA 1HIHA 4TRZA 4Q1WA 4I11A 4Y5GA 7HVPA 4Y56A 2ER7E 2BJUA 2OHRA 5P6AA 4JPEA 3QN8A 1OHRA 3FSMA 5HCOA 2PSGA 3UDJA 5HU0A 1HWRA 3O99A 1HOSA 4QJ7A 1T3RA 4UPJA 2JJIA 4YCTA 3JVYA 3QI1A 2XFIA 4H3IA 4J1EA 3OU1B 2FS4A 1HBVA 2V12C 5AH6A 3PSUA 1W5WA 2WEDA 4PEPA 4YD7A 5BS4A 4QJ9A 3EL5A 1ZPKA 4I1CA 2QI4A 4MC1A 1IZEA 3BHEA 5P5YA 3VLAA 1BAIA 4EJ8A 1B6LA 2O4SA 2HPFA 1QBRA 5P5SA 4OBZA 4CPQA 5OZ0A 4B00A 5P5LA 5P01A 4HA5A 3UCBA 4HDFA 2QP8A 5P2ZA 5P5PA 4FM7A 4TVGA 1EPNE 1LEEA 3KA2A 5P8IA 2VJ6A 5P65A 4CP7A 5P0IA 4DPIA 5P22A 5P1GA 4Y57A 5P2SA 4ZSPA 1XL2A 4CPTA 3S56A 3FX5A 1D4YA 5P0HA 3EKXA 5IVQA 4DQGA 4R95A 5P05A 2H6SA 5P4VA 5P3YA 4JPCA 3SA7A 2FDPA 3SKGA 1ME6A 3ZKNA 3A2OA 5P32A 2OHPA 5P6RA 2OF0A 3T6IA 5P6VA 4CPUA 4K8SA 3LPKA 3BXSA 5P3PA 5P2DA 4Y58A 2G26A 5P4RA 2OAHA 3SM2A 3T7PA 3ZKMA 4FAEA 5P2OA 1Z1HA 2IL2A 5P7ZA 1W50A 2J9JB 5P4BA 5P1BA 3OGPA 3QS1A 5JG1A 5P33A 3NYGA 4NJVA 1K6PA 2Q64A 4Y3GA 1M0BA 1FQ7A 3VEUA 4Z22A 1YT9A 3SACA 5P49A 1BXOA 5P55A 2ANLA 5P6KA 2HC0A 1PPKE 4Y38A 5P45A 1EC3A 1Z8CA 3CICA 1SDTA 3OU1A 5P2JA 5DR3A 3LIXA 2BB9A 4YDGA 7UPJA 3S7MA 3OOZA 3L5CA 3OU3A 1YTJA 2FXDA 3DM6A 8HVPA 4Y50A 1IIQA 1SDVA 2I0AA 3BVAA 5P51A 3UQPA 5P0XA 5P85A 3L58A 2JJJA 4L1AA 3OXVA 1D4SA 2PSVA 3EBZA 2VA6A 2HAHA 4A6CA 3ECGA 5P2QA 3OQFA 3CKTA 1GNNA 3OU4B 1T6EX 2AOEA 5E5JA 1C6YA 2SAMA 5P6SA 3NDWA 2WHHA 5P0YA 3D1YA 2IRZA 3LINA 2B42A 1EC2A 4Y3SA 1D4IA 5P4DA 1D4KA 1YM2A 4JECA 5P4PA 5OZIA 3CKPA 2IEOA 4U8WA 1YTHA 5P4SA 5KR8A 2B8LA 2ER9E 4GJ7A 2QI3A 1EPPE 2VIYA 4OD9A 3FV3A 2PYMA 5OZ6A 4K9HA 5P8DA 3OUDB 2O4PA 3SFCA 2JYSA 2IGYA 4R93A 4Y3JA 2Q15A 3MXDA 5P20A 5P7EA 3PEPA 3AIDA 5P2MA 5P02A 1EAGA 2G1OA 2O4KA 3GI0A 5P72A 3UQRA 5OYYA 3LPJA 4NPTA 2VS2A 2I4WA 5OZAA 2FNSA 3DV5A 3SA9A 3BGCA 5APRE 3PLDA 5P52A 5SZ9A 1GNMA 2OHMA 3OXWA 5P5XA 3NU3A 3INEA 4EXHA 1TQFA 4Y5AA 1W51A 5P80A 5P4MA 1BBSA 3GI6A 3BUFA 4TRYA 3KDDA 5P16A 5P7MA 3UDRA 3FKTA 3PRSA 3G70A 5P6GA 4Y4UA 3HVGA 5DR7A 5P7RA 3TPRA 1C6XA 1FQ8A 2QU3A 4Y5BA 3INFA 1FF0C 2QK5A 5P17A 5P3JA 3O9HA 1IDAA 3L5EA 5P2AA 1KJHA 1HRNA 1SDUA 3ZPUA 2HS2A 2QAKA 4Y3NA 5OZGA 5P71A 1VIKA 4D88A 5P63A 4ZE6A 1DP5A 3G6ZA 3OADA 5P6HA 5P6JA 3MWSA 2PYNA 3GGAA 1HXWA 3AUPA 2R5QA 5P83A 3EMYA 3L38A 4NPUA 3NR6A 3APPA 4ACUA 4EXGA 5P82A 3MSJA 5C9BA 3K5FA 2QZXA 3EM3A 5P3XA 2PC0A 5OZ2A 4Y5LA 5P38A 3VV8A 5I70A 4YCYA 3GGUA 2I4XA 5OZXA 5P3WA 3O9BA 2P3BB 3CYXA 4ZIPA 5P69A 5P2TA 5DQCA 3LZYA 4CPWA 4BFBA 2AIDA 5P2YA 1LYWB 4LXMA 5KR0A 1WKRA 5P0ZA 5P6TA 3OUAA 4Y35A 3VF5A 2IKUA 2A1EA 5P1OA 3SO9A 3ZL7A 5P75A 3ZKQA 3DV1A 4I0HA 5F00A 5P50A 2AVOA 1U8GA 3NU9A 3KN0A 2Q55A 2I4DA 3IVIA 5OZRA 4Y53A 5AH7A 2AZCA 5P0GA 1LYBB 5DQ4A 5OZKA 5IVSA 4FS4A 3EKYA 3HAUA 2IDWA 3OTSA 1C70A 1SP5A 2OHUA 5P5BA 4ZEAA 4ACXA 3VV6A 5P3NA 4DJPA 5P1JA 4YHQA 5P8PA 3INHA 1NPAA 1DIFA 5P3KA 3RVIA 1EPLE 1VIJA 1HVLA 5P10A 5KAOA 2BPVA 2RENA 4YA8A 3MXEA 5OZBA 2H6TA 1D4JA 3PVKA 5P5WA 1LZQA 4RRSA 3O9GA 1QS8A 1YG9A 1K2CA 1KJ7A 5HE4A 3T3CA 3UDMA 1IZHA 5OZUA 5HDZA 5JFPA 5EZXA 4Y5CA 5P4QA 2P83A 3SKFA 3T11A 4ER2E 3FIVA 2ZJKA 5P2XA 2QNPA 4HVPA 5ENMA 4Y4GA 2P3DA 4BELA 5P29A 4YE3A 2ZJNA 3CIDA 4DVFA 3VFAA 4EJKA 1KJGA 5JFUA 3GI5A 3EKQA 1XS7D 5P06A 1HVSA 4B1DA 5OYVA 1AM5A 2QZKA 5P44A 1AAQA 4GZFA 4B1CA 4Q1YA 5P1ZA 2P3BA 4KUPA 3NWXA 5P5HA 2AZ8A 5P6LA 5P6UA 5OYUA 5JODA 4LHHA 1LYWA 5P61A 3QBHA 4A6BA 4B78A 2IGXA 1GVVA 1BDLA 5P7GA 1QBTA 2G24A 4FL8A 1BDQA 2CEJA 5P0PA 3GGXA 2AZBA 3L5BA 2NTRA 1OEXA 4FIVA 5OZ1A 5P18A 2PWRA 1B5FA 2ASIA 2QHZA 1E81E 5P77A 1LYAA 1LYBA 5OZ3A 5P4EA 1CZIE 3TOHA 3OHFA 5OZ9A 3ST5A 4J1IA 1EBZA 5I3VA 5P12A 1BVEA 5P7CA 3TNEA 4A4QA 4LXAA 5P0CA 3PJ6A 5P7QA 5P81A 4J1KA 1SIVA 3I7EA 5P14A 3LIQA 3BC4A 5P5NA 4L7JA 4PHVA 4JP9A 5OZNA 4ZSMA 3EM6A 2AZ9A 3O9EA 1MT7A 4FSEA 4GMIA 4RYCA 4B0QA 3PB5A 2P4JA 3HLOA 3K5GA 5P4YA 1A8KA 5OYTA 1UPJA 3O9LA 4Y3TA 4Y3HA 5P6WA 3JW2A 3K1WA 2NPHA 5P2CA 2ZGAA 4R91A 5P1AA 5P8HA 5OZDA 4D8CA 2ZHSA 5P0UA 3TOFA 4DV9A 1MUIA 3OAGB 3IGBA 5I3YA 5P5CA 4R8YA 5P3ZA 5P0KA 2PK6A 4Q1XA 5P8JA 3UDHA 3QRVA 4FM6A 4Y39A 4YBFA 5P41A 1ZTZA 1HIIA 3IVHA 1IVQA 1PSNA 3D20A 5BWYA 4DFGA 3NDXA 3ZPSA 2PWCA 3NUJA 5P00A 4XX4A 2BBBA 5P8CA 2F80A 1B6KA 4FRIA 3BXRA 2WEBA 3QPJA 4GJ8A 1FKNA 5HDUA 4Y36A 4Q5MA 4Y51A 1UH8A 4M8YA 1SBGA 1E80E 3S45A 2I1AA 1XN3A 3URIA 4LAPA 5P1WA 1LF3A 2AVQA 1JLDA 2B7FA 5DQ2A 2ZE1A 1SMRA 3IN3A 2QZLA 1FMBA 4MC9A 5P11A 1XL5A 2CENA 5P13A 4BFDA 5HTZA 1GVTA 3U71A 5T4SA 3HBOA 2F3KA 3DCKA 5P7FA 5P0FA 5OYXA 4BEKA 3LZUA 2AVVA 5P0OA 4HEGA 5B18A 1TCXA 2QU2A 1PPLE 4J1HA 5P5TA 5OZYA 1LF2A 2VIZA 4HZTA 3ZKSA 4QJ8A 3OQDA 1HSIA 2B7ZA 3GGVA 5P0JA 5P28A 2UPJA 3MSLA 5P5FA 1HSGA 2MIPA 3EM4A 1F7AA 3C9XA 3UPJA 4X2LA 3LITA 5P0BA 1HVKA 4ZPEA 2ER0E 4H3JA 1TSQA 3NU6A 5P8NA 5P7JA 5DGUA 5P6QA 5HCTA 2FGVA 4YBIA 3OTYA 1LF4A 2IKOA 4DI2A 3VCMA 1XE6A 2AOCA 5P62A 1XN2A 1BV9A 5P42A 3HDKA 3NDUA 5AHCA 5P5KA 2JXRA 1HPVA 1IDBA 3VSXA 5P2LA 1BILA 4OC6B 3IXOA 2I4QA 5P4LA 3L59A 4J0ZA 2NXDA 3PHVA 3PGIA 4Y44A 1W5VA 1K6TA 5P8SA 5P8BA 4DUSA 4Y41A 2R43A 4LBTA 1MSNA 5ER1E 2QI7A 3BUGA 1DW6C 4NJSA 4ZPFA 5P1VA 1HXBA 5DR8A 1B6PA 5P5QA 5P3TA 2ER6E 2HB3A 2NNPA 5P0SA 3SM1A 3CMSA 1AXAA 1FG8C 3QP0A 3U7SA 2FNTA 3KFNA 2V10C 3ER3E 2EWYA 5AH9A 3SPKA 2AVMA 4Y4TA 5P7YA 1W5XA 5P40A 5P6NA 5P3AA 2G27A 1ZSFA 4DJUA 3TKWA 1MEUA 3L5DA 1FQ6A 1HTEA 1W6IA 1J71A 4F76A 1FEJC 1QDMA 1IZDA 4D83A 2WF0A 2OHLA 3DUYA 1SGZA 5P3SA 4Y3RA 2QI1A 2WEAA 2PSUA 1K2BA 1OD1A 4Y5NA 5P2RA 3SABA 4Z2ZA 1FQ5A 5P46A 5DR1A 1SH9A 5P8RA 1WBKA 5P53A 2ZHRA 4FSLA 4LL3A 3UTLA 4Y4DA 3PMUA 3RTNA 1MTBA 4RYGA 1FQXA 1GKTA 2J9JA 3BUHA 3OXCA 3LIYA 5P4FA 1RV7A 5P3DA 5CONA 4J1FA 2VNNA 5P7IA 5P2UA 3UQUA 3UDYA 2V11C 5P66A 1W6HA 1APWE 1TZSA 4GJ5A 2AOIA 5HU1A 2QNQA 3RSXA 1EBWA 2IQGA 5P6PA 2G22A 5P7AA 4LP9A 5P19A 4B77A 5OZPA 3MSKA 2G1RA 2J9KA 4QJ2A 3TPJA 3SAAA 5P6BA 4J5JA 2ZJHA 5P4CA 3ZLQA 4OBDA 5P3BA 4HLAA 3SA5A 2OHNA 3EKVA 1C6ZA 3PBZA 3PCZA 2V13A 3HW1A 1LV1A 4RRNA 3NLSA 1ZP8A 3VF3A 3OU4A 1QRPE 5P7XA 5P8OA 2A4FA 5P2IA 1YTIA 3OWNA 5DQ1A 2FDDA 1AVFA 1IZIA 2NXMA 5P8VA 4PPHA 2WECA 5P0VA 5P0QA 4H3GA 1FLHA 1HTGA 5COPA 1LS5A 3OQ7A 1DAZC 1EPRE 2AOFA 2BKSA 3WSJA 4DJXA 1HTFA 4Y3MA 2BPZA 4EP3A 4I0GA 3UF3A 2ZJMA 3O9CA 4J55A 5OZJA 3S7LA 4FLGA 2G1NA 1T6GA 4PYVA 4Y3FA 5P27A 5E5KA 3OUCA 3TH9A 3OUDA 5P4WA 3VUCA 5P23A 2VA7A 3ZKGA 5P6MA 5P8LA 1TCWA 5P1QA 3WB4A 1BXQA 1EBKC 4YD6A 4B72A 3L5FA 2R3WA 5P3OA 1ODYA 4AMTA 3SLZA 3GI4A 3VYFA 3H0BA 4OBKA 5P1HA 1BVGA 3Q5HA 5P6XA 5P1MA 5P8AA 2QMFA 5P57A 4COEA 2IS0A 5P39A 5P2VA 5I3WA 1Z1RA 4YOAA 4CPXA 2ZHVA 2UY0A 3GW5A 5P1PA 3UQXA 3UFLA 1ZAPA 5DPZA 5C9FA 4LC7A 2OHSA 3D91A 5P8GA 5P8FA 5P8TA 3KYRA 3UQWA 1G0VA 5P7OA 1AJXA 4L6BA 5OZFA 4F73A 1EPOE 3KMXA 3NU4A 5P4XA 1WBMA 3TKGA 5P86A 4DJVA 3QVIA 3VF7A 2ZDZA 1PSOE 2G20A 2PMAA 4K4PA 1MPPA 4KB9A 2P8HA 1KZKA 5P6FA 3EL9A 5P3CA 4AA8A 5SY3A 3NWQA 3R0WA 5P2WA 1T7IA 3S8IA 4L7GA 2OHTA 5P6YA 3NXNA 2FIVA 3D1XA 4EHCA 4Y48A 4GYEA 5OZ8A 5P6CA 4APRE 1PROA 3R1GB 3R2FA 5P5DA 2PH6A 3Q3TA 6UPJA 4DJOA 3R4BA 1HVRA 4X7IA 4Y3AA 4ER4E 5OYSA 5P60A 2Q11A 3M9FA 4GB2A 5P7SA 5P0AA 3URJA 5OZZA 1A30A 2ZHTA 2PQZA 5P64A 5UPJA 3TPLA 4DQBA 1GVWA 2HIZA 3NDTA 2NR6A 5F01A 4EPJA 1HVHA 4U7QA 2AQUA 5P8KA 3VYEA 3WB5A 2JE4A 3RTMA 4RCDA 4FE6A 5P3UA 3QRMA 4XKXA 4WY1A 2OHKA 6FIVA 3EL0A 1ENTE 5P24A 2F81A 4Y3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KJ4 A;  2AOJ A;  4IVS A;  3B80 A;  1B11 A;  5HD0 A;  5OZE A;  2OHQ A;  4Y3Y A;  2XFJ A;  4Y4X A;  4XX3 A;  3RSV A;  3HVP A;  1EBY A;  2VKM A;  3IA9 A;  4RZ1 A;  2NMY A;  3BVB A;  3QRS A;  1HIH A;  4TRZ A;  4Q1W A;  4I11 A;  4Y5G A;  7HVP A;  4Y56 A;  2ER7 E;  2BJU A;  2OHR A;  5P6A A;  4JPE A;  3QN8 A;  1OHR A;  3FSM A;  5HCO A;  2PSG A;  3UDJ A;  5HU0 A;  1HWR A;  3O99 A;  1HOS A;  4QJ7 A;  1T3R A;  4UPJ A;  2JJI A;  4YCT A;  3JVY A;  3QI1 A;  2XFI A;  4H3I A;  4J1E A;  3OU1 B;  2FS4 A;  1HBV A;  2V12 C;  5AH6 A;  3PSU A;  1W5W A;  2WED A;  4PEP A;  4YD7 A;  5BS4 A;  4QJ9 A;  3EL5 A;  1ZPK A;  4I1C A;  2QI4 A;  4MC1 A;  1IZE A;  3BHE A;  5P5Y A;  3VLA A;  1BAI A;  4EJ8 A;  1B6L A;  2O4S A;  2HPF A;  1QBR A;  5P5S A;  4OBZ A;  4CPQ A;  5OZ0 A;  4B00 A;  5P5L A;  5P01 A;  4HA5 A;  3UCB A;  4HDF A;  2QP8 A;  5P2Z A;  5P5P A;  4FM7 A;  4TVG A;  1EPN E;  1LEE A;  3KA2 A;  5P8I A;  2VJ6 A;  5P65 A;  4CP7 A;  5P0I A;  4DPI A;  5P22 A;  5P1G A;  4Y57 A;  5P2S A;  4ZSP A;  1XL2 A;  4CPT A;  3S56 A;  3FX5 A;  1D4Y A;  5P0H A;  3EKX A;  5IVQ A;  4DQG A;  4R95 A;  5P05 A;  2H6S A;  5P4V A;  5P3Y A;  4JPC A;  3SA7 A;  2FDP A;  3SKG A;  1ME6 A;  3ZKN A;  3A2O A;  5P32 A;  2OHP A;  5P6R A;  2OF0 A;  3T6I A;  5P6V A;  4CPU A;  4K8S A;  3LPK A;  3BXS A;  5P3P A;  5P2D A;  4Y58 A;  2G26 A;  5P4R A;  2OAH A;  3SM2 A;  3T7P A;  3ZKM A;  4FAE A;  5P2O A;  1Z1H A;  2IL2 A;  5P7Z A;  1W50 A;  2J9J B;  5P4B A;  5P1B A;  3OGP A;  3QS1 A;  5JG1 A;  5P33 A;  3NYG A;  4NJV A;  1K6P A;  2Q64 A;  4Y3G A;  1M0B A;  1FQ7 A;  3VEU A;  4Z22 A;  1YT9 A;  3SAC A;  5P49 A;  1BXO A;  5P55 A;  2ANL A;  5P6K A;  2HC0 A;  1PPK E;  4Y38 A;  5P45 A;  1EC3 A;  1Z8C A;  3CIC A;  1SDT A;  3OU1 A;  5P2J A;  5DR3 A;  3LIX A;  2BB9 A;  4YDG A;  7UPJ A;  3S7M A;  3OOZ A;  3L5C A;  3OU3 A;  1YTJ A;  2FXD A;  3DM6 A;  8HVP A;  4Y50 A;  1IIQ A;  1SDV A;  2I0A A;  3BVA A;  5P51 A;  3UQP A;  5P0X A;  5P85 A;  3L58 A;  2JJJ A;  4L1A A;  3OXV A;  1D4S A;  2PSV A;  3EBZ A;  2VA6 A;  2HAH A;  4A6C A;  3ECG A;  5P2Q A;  3OQF A;  3CKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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