5OYQA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 1
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyqA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyqA01
2V10C 5P8GA 5P04A 3TTPA 4GJBA 5I3WA 5P3XA 6FIVA 5P5VA 3CICA 5P32A 4Y5AA 1D4LA 5P00A 4EP2A 3UQRA 2PH8A 2I4QA 2PSVA 5P7OA 3O9LB 5P5GA 3C9XA 4Q1NA 1BIMA 3OGQA 2G69A 5P4NA 3VUCA 1YM2A 1IBQA 5P28A 2QCIA 5P8FA 4DJUA 4QJ7A 3DUYA 5OZ1A 5P8OA 2PH6A 1GNOA 5P06A 3KFRA 1ODWA 2CEJA 8HVPA 5P18A 1MT8A 5OZEA 3IXKA 3DM6A 4CPQA 2ZJLA 3DCKA 5P5OA 3UDRA 2QI5A 5P56A 3G70A 4I10A 5P68A 5P7UA 1KJ4A 3ZKXA 2P8HA 3B80A 1MRXA 2FMBA 4Y5LA 1EPPE 2RKGA 4ZE6A 3UQUA 5P7YA 4Y3MA 4EQ0A 4HZTA 5P2SA 4Z50A 5IVQA 5ISKA 1GNNA 5P0JA 4Y3WA 2BB9A 3BHEA 2P3BB 4Z4XA 3GGXA 2Q5KA 5P0MA 5OZAA 4GZFA 5JFUA 3DJKA 5P4XA 5P5CA 5OZNA 2FIVA 4ZSRA 1RL8A 2FNSA 1C6XA 4YHQA 5OYVA 4Y3LA 4A6CA 1E81E 2P3DA 5OZ7A 1HXBA 3NYGA 3QAAA 4R92A 5HE7A 5P50A 4EJLA 1ENTE 3LIVA 1FG6C 5P2RA 3U71A 3OOTA 5P62A 3FNTA 4OD9B 1BXOA 1XDHA 1OEWA 1MSNA 4DVFA 4LAPA 2OHRA 4N00A 3L38A 3ZPSA 5P3HA 1FQ5A 2QI3A 4DQBA 5OZIA 3SKGA 2HB2A 3PMYA 3OUBA 4CPUA 3L5DA 3O9AA 5P2XA 1TSQA 3VYEA 2V13A 4Y3EA 4Y5KA 2WF1A 3TLHA 1G0VA 3IVHA 1ZTZA 1EEDP 1OHRA 1LEEA 3GW5A 1ER8E 5P3MA 3K5GA 1HSIA 2NR6A 5P42A 3VLBA 3EL0A 5DR3A 3OGPA 1NPVA 5P6RA 3LZVA 5P67A 3TOFA 1HTRB 4FM7A 3LZSA 5COKA 4ACXA 4IVTA 3NWXA 1UH7A 1HIVA 1PSOE 5KR1A 5P74A 5P7DA 5P86A 5UPJA 5P1AA 2OHTA 4HDFA 3RTNA 5P3ZA 4Y3DA 4B70A 5P5DA 3EKPA 2R3WA 1ZJ7A 2NXMA 1HRNA 2RMPA 4I11A 4MC2A 2RENA 5P70A 5P0RA 3D20A 2V16C 3UQXA 2OF0A 4J17A 2B42A 3NDXA 5P1RA 2ZHTA 2H6SA 4L7JA 4K4RA 4Y4ZA 5P8HA 4CPWA 4EXHA 1Z8CA 3NR6A 5P41A 1AXAA 5SY3A 3O9CA 4EYRA 5P0NA 5HVPA 2ZHSA 2ZYEA 5AHCA 5P7NA 3UTLA 4Y4BA 5OYYA 1LYAA 5P4JA 1F34A 4QJ2A 1LS5A 2G1OA 1IVPA 2AOGA 1FFIC 5I3XA 2HC0A 5P6IA 1EBKC 4FRIA 2J9KA 3GI4A 5P5BA 5P0CA 5P81A 4FS4A 4Y6MA 4K8SA 3LPKA 3PWWA 1YTHA 1GNMA 1FIVA 4U8WA 5P2BA 5P5MA 1UH9A 5P8JA 2V11C 2Q15A 5P6GA 2BKTA 5OZKA 3O9FA 1HEFE 4M8YA 2I4DA 4J1KA 5P7PA 1ZPKA 4QJAA 3TKGA 2R9BA 4RCEA 4Z22A 5P4IA 5TOLA 5OZUA 5KOSA 5APRE 2QI6A 4MC6A 3TH9A 5P3SA 3PLLA 1EPRE 5P49A 2B7FA 4CP7A 2VIJA 1GVXA 1KJHA 5P2NA 1W5XA 1IZHA 2OHSA 5P1KA 3UDJA 2ANLA 3SO9A 1WBMA 1HWRA 4Y56A 5OZOA 1W5VA 5P3AA 3AIDA 5P5TA 4PZWA 1BDQA 5P89A 3QS1A 1TZSA 3OU4A 4YE3A 4DJQA 3NUJA 3O9HA 5OZZA 3R2FA 4HDBA 3QBFA 2Q55A 5P7ZA 1K6PA 2ZE1A 5P4WA 3ECGA 5P0LA 4Q1WA 4DPIA 5P03A 2R38A 5P1SA 5P11A 5P8AA 3RTMA 1T7IA 4MC1A 2ER6E 5P1UA 3KFSA 1A94A 4YD4A 5P4UA 1IDBA 4BEKA 1LYAB 1PPME 5P7VA 5OZDA 3TNEA 3I6OA 1MEUA 3MXDA 4Y48A 5P10A 5DQ5A 1APUE 1XN2A 4Y4UA 2XFJA 7HVPA 4H3IA 2HPEA 3ZOVA 3U6AA 4B05A 2BPZA 4Y53A 4FLGA 4AA9A 5JFPA 4QJ8A 1KJ7A 3CKRA 5OZQA 4QJ9A 3VV7A 2VNMA 3QRSA 5P6KA 1QDMA 3RTHA 2ER9E 3K5FA 4Y57A 3D1ZA 4D8CA 4I0EA 4I0GA 5P6AA 5P83A 4HEGA 1AZ5A 3H5BA 4I0IA 2QNNA 3SACA 4U7VA 4Y4WA 3PBDA 5P0VA 3KFNA 2B60A 1D4YA 3RVIA 3WSJA 2VIEA 3UHLA 5P8EA 1FKNA 2OHQA 4WY1A 5P79A 3NWQA 3NU5A 1T6GA 5P7KA 1GKTA 4Y5NA 5P8MA 4B77A 2AIDA 2PWCA 4Y5GA 4J0TA 3K4VC 1QRPE 5HDUA 5P0UA 4B0QA 1K6VA 1C6YA 2IGXA 1APWE 1MRWA 2FNTA 5P2MA 3PHVA 2HAHA 2ER0E 3BUFA 5P7GA 3OU4B 5OZSA 1EAGA 3UDHA 2AOHA 4YOAA 5P7LA 2WF4A 1UH8A 2O4LA 5P4KA 4F73A 1M4HA 5P61A 3LINA 5P2CA 4Y3HA 3BRAA 3L58A 2QNQA 3EC0A 3L3AA 2QD6A 1Q9PA 3ZMGA 3SAAA 5HU1A 3O99A 4RCFA 2BPYA 1XE6A 2F80A 2Q64A 3CIDA 5P6UA 4I0ZA 5P0XA 3OQ7A 4OBGA 2NPHA 3OTYA 4EHCA 4NJUA 4DUSA 1UPJA 4YBIA 3INDA 4FRKA 5P1DA 1HPXA 1PFZA 3QVIA 5AHBA 1E5OE 3PEPA 1G35A 1FMUA 5P8IA 1AJXA 5P19A 4Y3TA 3KM4A 5P1HA 3D1YA 5P4EA 3O9EA 2OHNA 4RROA 3OAGA 5P58A 1KJGA 4RVIA 5P5ZA 4LXAA 4OBZA 5OZBA 4CPTA 5P57A 2F3FA 3VF5A 2QI0A 2AOFA 1KJFA 4GJ5A 3INEA 3SPKA 3OUAA 5P60A 3URJA 5SXNA 4ZLSA 4YOBA 2F81A 4R8YA 3FIVA 5KQXA 1XS7D 3LPJA 5P8LA 1MUIA 5P5FA 2IRZA 3M9FA 1HTGA 2UXZA 4DQFA 1LYBA 4DV9A 4PZXA 4K4PA 3CMSA 1MPPA 6UPJA 5P44A 5IE1A 2I1AA 4APEA 3JW2A 4ZIPA 1M43A 5CONA 3APRE 4DI2A 5P4QA 3URIA 4GIDA 5P39A 5P4RA 5P17A 4NJSA 2BBBA 1NSOA 4OC6A 1G2KA 1PSNA 2P83A 3EMYA 4A4QA 1DAZC 1CMSA 4Y3FA 3KT5A 1C70A 1HVKA 5P1EA 5P25A 5P33A 4CPRA 5P1YA 5P7AA 5I3YA 1TCXA 3OQAA 2WEZA 2G21A 2O4NA 2OHLA 4RVJA 4DJYA 4Y39A 3SA8A 3L59A 5P5EA 1EBYA 4Y3GA 4FAEA 3KDCA 4L1AB 4ZSQA 1TCWA 4Y5PA 5P2AA 4KB9A 3F9QA 5P35A 1BBSA 3NDTA 4WTUA 3HD8A 5OYZA 2BPWA 2JXRA 3NUOA 4J0ZA 2WECA 2J9JA 4R91A 2V00A 5P8KA 5P5NA 5P09A 3T7QA 5OZVA 3SA7A 1EPNE 1T6EX 5P5SA 2I0DA 2FGVA 4CKUA 2IS0A 1QBUA 3OUCA 4RYGA 5P72A 4LP9A 2A4FA 2HB4A 5P12A 3L5BA 1XN3A 1APVE 4OBFA 2PSUA 3QRMA 1A8GA 5DGUA 4OBZB 3EL5A 1MT7A 2XFIA 3VYFA 5P6CA 3KN0A 4NJTA 4Q5MA 3OQFA 3LIQA 4L7GA 4KE1A 1A9MA 4GYEA 4FM6A 3VYDA 4A6BA 2G26A 3UDYA 1HVSA 3RSXA 1YTGA 2NMYA 3R4BA 5P2EA 5P46A 5SZ9A 4LC7A 2RKFA 5P5LA 1EC1A 5P36A 5P8BA 1CPIA 1IDAA 4YD7A 2QAKA 2AOCA 5P1PA 3K1WA 1EPME 5E5JA 3QVCA 5P77A 3TOGA 4B00A 3Q4BA 5P3FA 4Y3PA 3NDUA 4DQHA 1DP5A 4FL8A 5P4ZA 3JVWA 5P8UA 2G1NA 1QBTA 3BUGA 4ER2E 4MC9A 5OZ4A 3VFBA 5OZ5A 1HVIA 5P4TA 5P75A 2I4WA 2G24A 4J1IA 1SMEA 1KZKA 5P5RA 1B6KA 1A8KA 4Y50A 4OC6B 1IZIA 4LL3A 2AVSA 4Y38A 2OHKA 1F7AA 3O9BA 5P63A 2PC0A 4HE9A 2FXEA 4JP9A 1BWBA 3UDKA 5COPA 1OD1A 1K6TA 1ODXA 3D1XA 1XL5A 2HPFA 2QNPA 1B6JA 1A30A 3I25A 3MSJA 1LV1A 3VFAA 4PYVA 3B7VA 4Y3QA 1AAQA 3VCMA 1HOSA 1QBSA 3LZYA 5DQ4A 2J9JB 4I8WA 5P3OA 5P01A 4H3JA 3LITA 1LYWA 2VJ6A 3MWSA 2HS1A 2QMPA 1AIDA 3OU1A 2RSPA 4FRJA 4OBHA 3OXWA 5OYTA 2MIPA 5P6FA 2ZJHA 4TVGA 2ASIA 5P6NA 3UF3A 2R5QA 3N3IA 5P2YA 5P5YA 5P8NA 4DJOA 1HPOA 1LF2A 2QHYA 4Y47A 4JPEA 3BVAA 2NXLA 5P3QA 5P4VA 4Y4GA 3S43A 3SQFA 3ST5A 1HSHA 2AOIA 4I0JA 4YD5A 3O9IA 3UDQA 4Y51A 4B1CA 2NXDA 5P59A 5P1BA 2F3KA 3ZKQA 3IN3A 1FQ7A 1ZSRA 5P07A 3OTSA 5P15A 4YA8A 3CYXA 5J25A 2AODA 5P4GA 4Y54A 5P8RA 5HTZA 5OYQA 2OAHA 2BPVA 4ZPGA 2IKOA 5P0HA 5P4PA 1MVPA 3VF7A 3GI5A 4DJVA 3R0YA 5OZGA 2FDEA 4Y58A 5P6WA 5P73A 3T3CA 2XFKA 1HTEA 2QI7A 4Y43A 2XYEA 5P2IA 1RNEA 2QZXA 5P8QA 5P6XA 4HA5A 2NNPA 2R43A 2B7ZA 1FEJC 5P3TA 4Y44A 1MTBA 3K5CA 2WF0A 4YCTA 1MT9A 1EBZA 5C9BA 3NU6A 4J1CA 1M0BA 4EQJA 2O4PA 2G94A 5OZWA 4GJ6A 5JG1A 3T7PA 4RLDA 4DJWA 3L5EA 3OY4A 2VKMA 3WZ8A 3WB5A 2H6TA 2VJ7A 5P78A 1EC2A 5SY2A 1GVVA 5P7TA 3SM2A 5EZZA 5P8DA 1ZBGA 3ER3E 5DGWA 5OZYA 1K1TA 4L7HA 4Z2ZA 5P5AA 1HSGA 4J5JA 5P0PA 5P3NA 5P84A 3DV1A 3VEUA 1AJVA 4R95A 5BS4A 1LYWB 1D4IA 1PPKE 1SH9A 1IZDA 5P0WA 3CIBA 5P43A 3O9DA 3L5CA 5OYUA 1EBWA 5P3LA 2PMAA 5HE4A 5P20A 1HVRA 3QP0A 4FRSA 5P16A 3SLZA 4FIVA 3ZKMA 2Q54A 2HS2A 1HVHA 4GJ7A 5P40A 5P51A 5P6EA 4LHHA 2WKZA 1EPQE 2G1SA 2P3AA 1HTFA 4FSLA 4J1HA 3S43B 5P34A 2ER7E 3SKFA 5P37A 4F75A 4K9HA 5P45A 1FF0C 5P2WA 2VA6A 3EM3A 1K2CA 1YTJA 5P4SA 2HIZA 2PWRA 2JJIA 1N49A 1FMBA 4L6BA 5P3VA 3S85A 3I8WA 5OZLA 3RSVA 4I0FA 2HB3A 5P6BA 4ZPFA 5P53A 1W5YA 1APTE 5P1XA 5ISJA 4JOOA 4Y3RA 1LF4A 3S45A 3PM4A 4RRNA 4Y3NA 4BFDA 5P2OA 3SM1A 1YG9A 1B11A 5P31A 5P6VA 4B78A 5P13A 5P5UA 4TRZA 2R3TA 1Z1RA 5P6YA 1W6HA 3ZL7A 4GJ9A 1MESA 3BC4A 5P5QA 3PSUA 2B8VA 3OXXA 3UFNA 4EPJA 2QZWA 4OBKA 3IAWA 3PCWA 3PGIA 5IS4A 4M8XA 4GMIA 1W51A 2IL2A 5DR8A 4J0YA 5JODA 1SDUA 1GVTA 5P1FA 2OHMA 5P5PA 3PCZA 5P5HA 3QPJA 4AMTA 1MSMA 4J1FA 3SA9A 5HDZA 4EXGA 4FAFA 5P0EA 5HU0A 5P7SA 5KR0A 4Y36A 3GI0A 5OZ8A 2QU2A 1U8GA 1RPIA 2B8LA 5P0ZA 3PLDA 5I3VA 5DQCA 3UPJA 4F76A 4AA8A 3IN4A 4E43A 2WEBA 5C9DA 1ZSFA 2IQGA 4FCOA 4Y41A 4R5NA 5P7IA 5P0SA 2QHZA 3LIYA 1E80E 3DCRA 4I0HA 4EJKA 4CPXA 4RVXA 4Y3ZA 5OZFA 4ER1E 2EWYA 5P4MA 3IA9A 2IKUA 1PROA 1EC0A 4Y5EA 5P1CA 4Y4TA 1B5FA 3EBZA 1D4SA 4JPCA 2AVQA 2I4UA 1W50A 3QRVA 3OADA 5KOQA 3TOHA 3U7SA 4PEPA 2UPJA 3Q6YA 4LXKA 5OZHA 2PYNA 3NU3A 5P1LA 2WEDA 5P66A 5OZJA 5P87A 5P5KA 4CMSA 5BWYA 3VV6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V10 C;  5P8G A;  5P04 A;  3TTP A;  4GJB A;  5I3W A;  5P3X A;  6FIV A;  5P5V A;  3CIC A;  5P32 A;  4Y5A A;  1D4L A;  5P00 A;  4EP2 A;  3UQR A;  2PH8 A;  2I4Q A;  2PSV A;  5P7O A;  3O9L B;  5P5G A;  3C9X A;  4Q1N A;  1BIM A;  3OGQ A;  2G69 A;  5P4N A;  3VUC A;  1YM2 A;  1IBQ A;  5P28 A;  2QCI A;  5P8F A;  4DJU A;  4QJ7 A;  3DUY A;  5OZ1 A;  5P8O A;  2PH6 A;  1GNO A;  5P06 A;  3KFR A;  1ODW A;  2CEJ A;  8HVP A;  5P18 A;  1MT8 A;  5OZE A;  3IXK A;  3DM6 A;  4CPQ A;  2ZJL A;  3DCK A;  5P5O A;  3UDR A;  2QI5 A;  5P56 A;  3G70 A;  4I10 A;  5P68 A;  5P7U A;  1KJ4 A;  3ZKX A;  2P8H A;  3B80 A;  1MRX A;  2FMB A;  4Y5L A;  1EPP E;  2RKG A;  4ZE6 A;  3UQU A;  5P7Y A;  4Y3M A;  4EQ0 A;  4HZT A;  5P2S A;  4Z50 A;  5IVQ A;  5ISK A;  1GNN A;  5P0J A;  4Y3W A;  2BB9 A;  3BHE A;  2P3B B;  4Z4X A;  3GGX A;  2Q5K A;  5P0M A;  5OZA A;  4GZF A;  5JFU A;  3DJK A;  5P4X A;  5P5C A;  5OZN A;  2FIV A;  4ZSR A;  1RL8 A;  2FNS A;  1C6X A;  4YHQ A;  5OYV A;  4Y3L A;  4A6C A;  1E81 E;  2P3D A;  5OZ7 A;  1HXB A;  3NYG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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