5OYWA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 7
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oywA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oywA01
2I1AA 3NXNA 4YD7A 3WZ7A 1QBTA 4TRYA 1NPVA 1Q9PA 5P6JA 1K6VA 2J9JA 5P2DA 2WEZA 1DMPA 5I70A 2O4KA 6APRE 1G2KA 2BKTA 2OHNA 2R5QA 4ZSQA 5FIVA 5P2MA 1T7KA 3UPJA 4K8SA 5P4VA 2B60A 5DR4A 2WEAA 4ER4E 5CLMA 3OHFA 5P2HA 5P5ZA 5P69A 3FKTA 1LYAB 1ZTZA 4LHHA 5DR3A 4A6BA 4RRSA 5P2NA 3LPKA 2CEJA 3EL4A 5P4FA 4PPHA 2B7FA 2QHCA 2VJ6A 4J17A 3SA8A 4EQJA 2VJ7A 3URJA 1HSGA 2IGYA 1K1UA 3PI0A 1K1TA 3DV1A 3M9FA 5JFUA 1K2CA 3UQXA 1UH9A 3TTPA 5P67A 1PPKE 5OZ0A 4GJAA 5P6PA 3PLDA 4LXMA 2WF3A 3G6ZA 3LZUA 5P4CA 5OZTA 2P3BA 4OD9A 5I3VA 5P3HA 1FMUA 2QZXA 2NR6A 1HPVA 1BDLA 3LITA 3N4LA 5P6ZA 3TKWA 1KJFA 5P5FA 3JW2A 1K2BA 3SABA 3OU3A 4Y3PA 1APTE 3UDQA 2AVOA 1D4JA 1SBGA 2FIVA 3Q3TA 2I4VA 4I11A 1OEXA 5P2AA 5P77A 1DP5A 5P8LA 3INHA 3O9HA 1HVJA 5P8TA 5P2IA 3QAAA 3EL5A 1HVLA 5P09A 4Q5MA 3VCMA 5P6MA 3R0YA 3S7MA 1SIPA 4J54A 1IDAA 5OYZA 5P1NA 4I12A 5OYTA 2H6TA 5B18A 5AH7A 3K5DA 2PQZA 5OYVA 3Q4BA 1HIVA 5AGZA 3IN3A 5P0VA 2WKZA 2QU3A 5P88A 2OHRA 3IXJA 3OGQA 5EZZA 3RTNA 3QN8A 4I8WA 5P03A 3OXXA 5P41A 1FIVA 4KUPA 1EEDP 2NXDA 1PPME 1XDHA 3TOHA 3VG1A 4N00A 3T11A 3LIVA 5P1BA 4YBIA 2FXDA 5P6GA 3BC4A 1B6PA 5P4MA 5P8HA 1XL5A 3RU1A 5OZ6A 3DK1A 3ZKSA 2R5PA 3EM4A 3EKVA 5P0SA 2AZCA 3NDWA 8HVPA 5OZRA 4Y4DA 2BB9A 1HOSA 5P4IA 3L59A 5DGUA 4YA8A 1MSNA 1HTGA 2F81A 3ZL7A 5P5PA 2HB2A 5P8KA 1MTBA 5P7GA 1RQ9A 4FSEA 5DQCA 4Y5PA 5DR8A 5P38A 5OZJA 5P27A 7UPJA 2F8GA 2ER0E 4OC6B 3D1YA 5P55A 4HE9A 4PYVA 4NJUA 3ST5A 2QP8A 3KT5A 5P7KA 5P3QA 1DIFA 3S53A 3BGBA 1BWAA 5P8RA 5P5IA 3GI5A 3LPJA 5OYQA 4Y3ZA 2QI0A 5OZXA 4XKXA 4HZTA 1PROA 2IENA 4I0ZA 2ZHUA 1ZP8A 3O9AA 3OUAA 2QNPA 1ZPAA 5OZBA 5P0QA 3INEA 2ZJJA 1G6LA 5P3KA 3MXEA 5JG1A 4Y47A 5P0RA 2AODA 5P0DA 2G27A 2IS0A 2OHMA 1ZAPA 4NJVA 4QGIA 5P0HA 5P23A 4YDFA 5P5KA 2FLEA 5P2XA 1FMXA 2RENA 3EKQA 4YD3A 2AOEA 3HVGA 1A94A 1IZDA 4YCTA 4Y43A 3PBZA 5P6EA 4F76A 2FGVA 4B05A 3QROA 3URLA 2VJ9A 5P78A 4AMTA 4Y36A 4OBFA 5P5MA 4EJ8A 1HHPA 5DQ5A 2VNNA 4Y3LA 3LIQA 5AH6A 4Z2ZA 1KJGA 5P84A 5P1XA 1LYBB 1HEGE 2ZJNA 5OZPA 2Q11A 4I0IA 1GNMA 2IDWA 4FM8A 3ZLQA 2BKSA 1D4HA 2ZGAA 5IVSA 5P8FA 3EMYA 3HW1A 3QP0A 2V13A 4J0YA 5P2QA 5P8CA 5P0XA 3LIZA 1IVQA 1BDRA 5P2JA 1GVXA 3K5FA 3K1WA 5P1CA 1MESA 2OHPA 5P5CA 5OZKA 5IVRA 1E80E 5P6NA 2PSGA 2RKFA 3INDA 5P12A 5P8EA 4MC2A 4Y4UA 5P51A 5HCTA 4YOBA 3ER3E 4ACXA 1HVSA 3PWWA 5P8BA 3SA4A 3Q70A 3EBZA 5P4BA 5P58A 4R91A 3SA6A 5P8OA 3ER5E 3G70A 3CIDA 4Y4XA 3KT2A 3OQKA 5OYUA 5P81A 3SAAA 4Y4WA 1FEJC 5P0IA 3UTLA 1RL8A 4DJWA 2XFJA 4Y3AA 4Q1NA 4APEA 5P7QA 5P8VA 4EXHA 1YM4A 5P0PA 2EWYA 5P5BA 3PBDA 5P1EA 3SM1A 5P6AA 1HXBA 2R3WA 5DQ4A 5P07A 1QDMA 1W5VA 2I4XA 1FG8C 5P6UA 2ZJMA 1A8KA 4PEPA 1B11A 3PVKA 5P6HA 4FIVA 3NR6A 5P6KA 4U8WA 3EL9A 5AHBA 1K6CA 4Y56A 3OQAA 4EYRA 1TZSA 2OAHA 5P75A 2OHQA 3OU4A 4J1EA 4Q1YA 3SO9A 5P2EA 3URIA 4RCFA 2Q15A 3OQFA 3S43A 4YOAA 4GJ5A 4PZWA 5P1FA 1EBWA 4CPWA 2NNKA 2QD6A 4I0JA 3DJKA 2IGXA 4BELA 3JVWA 1BVGA 4K4RA 4OBKA 5P7MA 4M8XA 4I0FA 2B7ZA 2NTRA 4Y5AA 4RVJA 4K4PA 5P5EA 1FMBA 2WJOA 5E5KA 4QJ6A 3T3CA 2P4JA 5DQ2A 5P1TA 5P6YA 2NMYA 3ZPTA 3DV5A 3WZ8A 2QI6A 3LIYA 1PSNA 3OXWA 4Y45A 4RRNA 3L3AA 2VIEA 3SKFA 4QJ8A 5P6RA 5P6FA 3R0WA 1YX9A 7HVPA 4YDGA 3QVIA 2NPHA 4FL8A 1EBKC 2G20A 2B42A 4JP9A 1EPOE 1IVPA 3DUYA 1EPLE 2HS1A 5P2RA 1B6LA 5CONA 3WB4A 1KJ7A 3ZKIA 3F9QA 2WL0A 3TPRA 5P7EA 3D20A 5P5WA 3O9EA 2IKUA 1UPJA 3I6OA 1META 1FFIC 5P4PA 3BUFA 1FQ7A 4J1HA 3ZKQA 2PK6A 2AVVA 3PHVA 3NU5A 2OF0A 5DR1A 3UQRA 2RKGA 4PHVA 5P16A 2ZE1A 5P2ZA 2RSPA 1W5YA 2R3TA 4Y5BA 3QIHA 2WECA 3BVAA 3NSHA 3SKGA 2QNNA 4ZEAA 2OHLA 5ENMA 4DJXA 4OBJA 2VKMA 5UPJA 1NPAA 3UQUA 2JJJA 1A9MA 2VS2A 4DPIA 1LZQA 3BRAA 5P3LA 1HVHA 4OD9B 3LPIA 3OAGA 5P44A 4J1KA 2WEDA 2AOCA 4R8YA 5EZXA 5P8GA 4MC6A 4J5JA 1SP5A 5P5GA 5P20A 1EPPE 5P7JA 1LV1A 1T6EX 3DM6A 5P5LA 4J0VA 1HSIA 3ZMGA 5P3MA 4K9HA 5DPZA 3NUJA 5KAOA 3SFCA 5P3TA 3VLAA 2Q64A 3EKWA 1XL2A 4GJ6A 2RMPA 3R2FA 1GVVA 5P3CA 5P8MA 4CMSA 1NSOA 3D1XA 4S1GA 5OZQA 4AZYA 2XYFA 3SACA 3O9CA 3T7PA 5P3OA 3SA7A 5BRYA 4TRZA 5HVPA 5P54A 4LP9A 3K4VA 4CPXA 4GJ8A 5P2OA 4Y3SA 1MPPA 4HDPA 5DR0A 4LXAA 4WTUA 5P0ZA 5P5TA 3APPA 5P71A 2G1NA 5SY2A 1HTRB 5P1AA 5P3NA 3PLLA 2P83A 4Y4GA 4NJSA 5OZ1A 4GJ9A 3EL0A 5P34A 4GIDA 4Y4TA 2AOJA 3PMYA 5ISJA 1ZSRA 5P0MA 3BHEA 5P0CA 3UDKA 2QI4A 4Y39A 5P5XA 1APUE 3LNKA 4ZPEA 1T6GA 2JXRA 5OZEA 3S7LA 2PWRA 3PWRA 5P7SA 4LBTA 4COEA 3OY4A 3O9LB 1AXAA 4I0DA 4H3FA 5KQYA 3GW5A 1G0VA 3KM4A 4GZFA 5P7RA 4X7IA 3NDTA 1FF0C 4K4QA 2XFIA 4ZSRA 4HDFA 1TW7A 5P7WA 1B6MA 1BWBA 1QS8A 5OZLA 2VA5A 2ZJHA 5P7DA 4J0ZA 1ZLFA 5P0EA 3JVYA 3CMSA 3NXEA 5JFPA 5P7TA 3CICA 5P8AA 1SMRA 3KN0A 5OZMA 2R38A 4XXSA 3PSYA 1HEFE 2AOFA 2BBBA 1AAQA 3OADA 5P7AA 3ZKNA 1UH7A 5P1VA 1BILA 3HAWA 4Y3GA 5HE4A 2R8NA 1EAGA 4HEGA 5P2CA 5P3GA 1D4YA 5P46A 3FNUA 4Y37A 4DVFA 1HVIA 3NU4A 5P72A 5P8JA 4ZPGA 4I8ZA 4GJBA 1OD1A 1Z8CA 3MWSA 3CIBA 5BS4A 2NXMA 2QMGA 5P40A 4CPQA 1EC1A 3FX5A 4CPTA 1LF4A 2I4QA 5P5AA 1KZKA 1BVEA 5P1WA 3TLHA 4LL3A 4Y53A 5P5YA 4Y51A 2G1SA 3KFSA 2P3CA 5P28A 3GI0A 1M4HA 5OZFA 3O99A 5DGWA 3EKPA 4DQHA 1KJ4A 3BXRA 2HM1A 4BFBA 5P0TA 5P4SA 5P52A 3OTSA 5JODA 3BUHA 1ODWA 5P61A 3SA5A 1D4IA 5P14A 4D89A 3NWXA 5P85A 2ER7E 5AH9A 2ER6E 2QMPA 5P1KA 5P4LA 2AQUA 5AH8A 4Z50A 3KDCA 1XN2A 2PH8A 5OZOA 1APVE 4DJVA 1D4LA 4CPRA 3OUDB 1FQ8A 2XFKA 3PCWA 1VIKA 1M0BA 1QBRA 5HDXA 1EBYA 5OZUA 2V0ZC 5P5UA 3PCZA 1PSAA 2O40A 4ZSPA 5P3AA 4ZE6A 4L1AB 2QZWA 5P32A 2PWCA 3I25A 5P2YA 1HRNA 4WY1A 4J1FA 2G26A 4FLGA 5APRE 3VF5A 2ER9E 1EPRE 3H0BA 3VFAA 5P5NA 5P1JA 3NWQA 4ZPFA 1FFFC 1MERA 4Y41A 4CP7A 5P59A 2QMFA 4FM6A 4Y50A 3TPLA 4F75A 3OU1B 5P45A 1SMEA 4H3JA 1LS5A 5P31A 3O9IA 5P64A 5P6XA 4Y57A 2BJUA 3UDPA 1BXOA 3OUBA 5P4KA 1LYWB 2HS2A 5KR8A 1WBKA 4TVGA 3SLZA 2HIZA 4Y3YA 4RCEA 5P4QA 4QJ2A 4AA9A 3EKTA 1TSUA 1HTFA 4GJCA 1IDBA 1E81E 2ZHRA 4H3GA 5P2UA 2R43A 1HSHA 4CPSA 4RZ1A 3GGAA 2F3FA 1D4KA 1EPQE 3U6AA 3UCBA 4FSLA 4LC7A 3IXOA 1HPOA 1TCWA 3VV6A 1EC2A 5OZDA 2B8LA 5P87A 1FGCC 1GNOA 2QU2A 4RGHA 3OK9A 2QMDA 5E5JA 1E82E 2SAMA 3TPJA 3LINA 5P15A 1YTGA 5P4AA 5P8QA 3TOFA 2CEMA 5AHCA 3TNEA 3RTMA 4J0TA 1QBSA 2ZDZA 1BBSA 3PB5A 4Y5KA 4DFGA 1VIJA 2AVSA 4J1CA 4FCOA 4I1CA 4XX4A 4JPCA 1B6KA 5P0YA 4J55A 2AVQA 3RSXA 4Y4JA 2AZ9A 1U8GA 4CPUA 5P13A 2G1RA 2VA6A 5P7FA 4J0PA 5SXNA 1PSOE 5P7YA 1B5FB 1W50A 2VA7A 4GJ7A 1TSQA 3EM3A 4B70A 4OC6A 1IBQA 4EJDA 5OZZA 1SGZA 5P33A 3CKRA 2HB4A 2F3EA 5P5OA 5HE7A 3NDUA 3D91A 2ASIA 3WB5A 1J71A 4FGXA 3KFRA 4Q1XA 5P82A 3S85A 2QD8A 5P3SA 3VUCA 3GGVA 2WF2A 1TCXA 1B6JA 3BVBA 1ZBGA 5HDZA 5P2TA 3IA9A 1NH0A 4OBZB 4HA5A 4Y5GA 4LXKA 3VF3A 3OAGB 5COKA 3QRSA 5OZCA 3HZCA 5OZ9A 3EXOA 2XYEA 1FQ5A 5HCOA 5P2SA 6FIVA 1FG6C 3ZPSA 5OZ5A 4D83A 3SA9A 5HDUA 2MIPA 3FV3A 4OBDA 4DUSA 3VLBA 2A4FA 2BPWA 3VF7A 4B0QA 4Y3FA 4Q1WA 4RVIA 2IKOA 5P1SA 1DW6C 3NUOA 5P26A 5T4SA 1LYBA 4HDBA 2VNMA 2AOHA 2BPZA 1BV7A 4Y3JA 4B77A 3UQWA 3IGBA 3KFPA 4YD4A 5DQ1A 3U71A 1FLHA 5P79A 1HBVA 2J9JB 5P7LA 1IZHA 1KJHA 3HBOA 2BPXA 5AHAA 1ZSFA 2IQGA 4RLDA 3KMYA 3KF0A 5P5JA 4YCYA 4EJLA 5COOA 5OZAA 2QZLA 4J1IA 4BFDA 1HTEA 5P18A 2FDDA 4HLAA 5P8NA 1YTHA 3CKPA 4DPFA 1F34A 3PMUA 5P0OA 2Q3KA 4TRWA 5IVTA 4BEKA 2P3AA 3LZYA 5P57A 2WHHA 4Y4EA 1BV9A 3FSMA 4FM7A 1ZJ7A 3CYXA 3GGUA 5TOLA 5P6QA 5P4UA 2QZKA 4GYEA 1MRWA 1ZPKA 2V10C 2AZBA 4B1CA 5OYSA 4M8YA 5P2GA 1LEEA 4L7JA 4RCDA 4DJPA 1W6IA 5ENKA 3NYGA 3KYRA 3HLOA 2AOIA 5P5QA 5P11A 2F3KA 1EPNE 5P6SA 1SGUA 4EWOA 2WF0A 5P80A 4Y3MA 1UH8A 5P5SA 5KR0A 2P3BB 3PJ6A 4Y5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I1A A;  3NXN A;  4YD7 A;  3WZ7 A;  1QBT A;  4TRY A;  1NPV A;  1Q9P A;  5P6J A;  1K6V A;  2J9J A;  5P2D A;  2WEZ A;  1DMP A;  5I70 A;  2O4K A;  6APR E;  1G2K A;  2BKT A;  2OHN A;  2R5Q A;  4ZSQ A;  5FIV A;  5P2M A;  1T7K A;  3UPJ A;  4K8S A;  5P4V A;  2B60 A;  5DR4 A;  2WEA A;  4ER4 E;  5CLM A;  3OHF A;  5P2H A;  5P5Z A;  5P69 A;  3FKT A;  1LYA B;  1ZTZ A;  4LHH A;  5DR3 A;  4A6B A;  4RRS A;  5P2N A;  3LPK A;  2CEJ A;  3EL4 A;  5P4F A;  4PPH A;  2B7F A;  2QHC A;  2VJ6 A;  4J17 A;  3SA8 A;  4EQJ A;  2VJ7 A;  3URJ A;  1HSG A;  2IGY A;  1K1U A;  3PI0 A;  1K1T A;  3DV1 A;  3M9F A;  5JFU A;  1K2C A;  3UQX A;  1UH9 A;  3TTP A;  5P67 A;  1PPK E;  5OZ0 A;  4GJA A;  5P6P A;  3PLD A;  4LXM A;  2WF3 A;  3G6Z A;  3LZU A;  5P4C A;  5OZT A;  2P3B A;  4OD9 A;  5I3V A;  5P3H A;  1FMU A;  2QZX A;  2NR6 A;  1HPV A;  1BDL A;  3LIT A;  3N4L A;  5P6Z A;  3TKW A;  1KJF A;  5P5F A;  3JW2 A;  1K2B A;  3SAB A;  3OU3 A;  4Y3P A;  1APT E;  3UDQ A;  2AVO A;  1D4J A;  1SBG A;  2FIV A;  3Q3T A;  2I4V A;  4I11 A;  1OEX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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