5OYZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 10
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyzA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyzA01
2MIPA 3PBDA 4Y5AA 3OU1B 4GJ5A 3BRAA 3F9QA 1HPOA 2ANLA 5P40A 4CP7A 3AUPA 5KAOA 5DR4A 4YDFA 2AZ9A 2RENA 1YM2A 4J17A 1FQ4A 3TOFA 1W5VA 3ZPTA 4H3JA 4WY6A 3CKTA 5P1KA 2NXMA 1EAGA 5P69A 5P51A 1OEXA 5P0EA 2OF0A 2AZCA 2BB9A 2FS4A 1HVLA 3EMYA 4FRSA 5P3RA 2FLEA 2R3TA 3UDNA 2FXEA 1YTIA 2PC0A 3BXRA 5OZMA 1GNNA 5EZXA 2OHPA 5DR8A 3PSYA 5P8GA 5P2AA 1VIJA 1HBVA 2APRA 2I0AA 4J1KA 1FFIC 1ER8E 1M0BA 1LYBB 5P5WA 3OXWA 1D4JA 2ZHTA 1FMUA 1K1UA 5P8IA 4FS4A 1AXAA 3OXVA 4FLGA 5P6GA 1D4LA 1APUE 5P2XA 1QBRA 2NNPA 4HDPA 1IZHA 4OBKA 3APRE 5P7IA 3VV7A 4L7JA 1A9MA 1BILA 3OQAA 2PYMA 1TZSA 2IKUA 2WEZA 4I8ZA 3WZ8A 5P5GA 4DJUA 3VYEA 4NPTA 5P0UA 3SM1A 1W5YA 5P0OA 3HDKA 4K4RA 4NJTA 5OZOA 5P7UA 3HZCA 5P0CA 4R95A 5P0DA 1PSNA 3ZKNA 5P2EA 4Q1WA 5OYQA 3AIDA 3HW1A 2O4NA 5OZEA 1APVE 1FQ7A 1C70A 3S7MA 4B0QA 5P59A 3KYRA 4DH6A 4APRE 3LIZA 5P02A 4I0IA 2EWYA 2ZJIA 4E43A 5KR0A 1W5WA 4IVTA 4RRNA 3NU9A 3UDQA 5P1NA 3A2OA 3WSJA 2ER7E 3MSLA 3U6AA 4DUSA 5P0SA 5P4UA 5P3IA 1ZTZA 4MC6A 3TKWA 1FLHA 4F73A 5P8CA 1MRWA 5P4RA 4QGIA 5P1UA 1LZQA 4D88A 2OHSA 5P85A 1ZP8A 2P3AA 5P01A 4XKXA 2WECA 3EL9A 4B05A 4AA8A 1K6VA 3UQXA 1IDBA 2OHKA 3GW5A 3HBOA 4MC9A 3QRSA 1ZSRA 2V11C 3IA9A 4F75A 2VA6A 3OQKA 3QRMA 5I3VA 4Y45A 5P8RA 4Y4EA 5P38A 2QP8A 5P64A 5JFUA 5P5KA 4YCYA 2QI1A 4OBGA 2P3CA 3T6IA 3BVAA 3QS1A 3QBHA 3OWNA 3FNTA 5EZZA 5P11A 1C6ZA 2ZDZA 5P5YA 3S43A 5P63A 1D4SA 3KFSA 2PYNA 4GJBA 2FXDA 3ST5A 5P3CA 1AVFA 3NLSA 3GI0A 1XE6A 3JVWA 2I4VA 2FDEA 1NPAA 2FGVA 4Y38A 3TNEA 2WF3A 1RV7A 3TPRA 5P31A 1SP5A 1HWRA 1D4IA 1HTRB 5P5BA 3GGAA 4OBZB 4RCFA 4DPFA 2WEBA 4CPTA 4Y6MA 2R8NA 3VEUA 1QS8A 5P3AA 5P2KA 3EBZA 2G1OA 5DGUA 2FNTA 1G35A 3K1WA 5DQCA 1SMEA 1FF0C 4Y36A 5P75A 5IVSA 2I4UA 5P7HA 2P83A 5P3UA 4BELA 1A8KA 2JJJA 3SQFA 5AHAA 4Y4XA 4Y3SA 4Y57A 5P83A 4RVIA 3PM4A 5P3SA 3APPA 4J0ZA 4Y4ZA 3T7XA 3VFBA 3NR6A 1OEWA 3BGBA 4ZSMA 5P70A 4YD7A 3SA8A 3BHEA 2IKOA 5C9BA 5P1SA 2QI7A 2XFKA 5OZZA 3R4BA 5F01A 5COKA 2BBBA 5P3MA 3EKVA 5P0YA 2G20A 5P57A 3Q5HA 1MPPA 4QJ2A 5P2HA 5JODA 5OZVA 5OZBA 3UQRA 2AOHA 2HPFA 2OHLA 5P1AA 5P8AA 4Y3WA 1FMXA 2VKMA 2VA7A 1YT9A 5P27A 1A30A 2AVVA 1IIQA 5ENKA 1OD1A 3NUJA 1T7JA 5P5TA 5P35A 5P7CA 5P0JA 3R1GB 5P8UA 3JVYA 3RSXA 2Q5KA 5OZ5A 3UQWA 4Q1YA 5P2QA 4Z22A 1HSGA 5P4JA 3VLAA 2IGXA 2PH8A 4FRJA 1NH0A 1W50A 4PZWA 2JE4A 1LYBA 1PPLE 4HVPA 1F34A 1MERA 3U71A 4Y3HA 3R0WA 5P2BA 1HXWA 5P1EA 5I3WA 5P5IA 1HTEA 5P4AA 1GVVA 5P8HA 2Q11A 4F74A 1FFFC 5SZ9A 1FQ6A 3O9IA 4EP2A 5ER2E 5OZFA 3OXXA 4ZSQA 2AQUA 1GVXA 1HVHA 5P7KA 1QBTA 3ZKIA 5SXNA 4DJOA 5HU1A 5P04A 2V12C 1GNMA 4YOBA 5IVTA 4Y54A 3DK1A 3IXKA 5P67A 4ZE6A 5P44A 3QN8A 1HIHA 1YTGA 3KFPA 2CEJA 3FNUA 2AOIA 2RKGA 1T3RA 3INHA 4Y3XA 1EPLE 5P66A 3VFAA 5P6UA 2WF0A 1EBYA 4FAFA 2AVSA 1E82E 4Y3NA 5P5CA 2B60A 3PMUA 3ZKMA 1BIMA 1QBUA 3BVBA 2QI0A 1FMBA 4B70A 5P4YA 2QZLA 3UF3A 5P2WA 2H6TA 2WJOA 2G21A 5P10A 4XX4A 5P1ZA 5OZNA 5P3NA 4CPRA 4Z50A 4M8YA 2QI6A 4ZEAA 4DQFA 5P6IA 1HVKA 5C9FA 5HE7A 5P22A 5P12A 3IGBA 1AJVA 5P5AA 4FCOA 1UH8A 5P2FA 1ZPAA 3S7LA 3KMYA 5P0XA 1DPJA 5P2ZA 5P03A 1TW7A 3GI5A 3NXNA 4Y4UA 1T6GA 2ZHRA 4EHCA 2PSVA 4EQ0A 1EPME 2G1SA 4J1EA 2HM1A 2FMBA 1ME6A 1MT9A 4K9HA 4J55A 4RVJA 5P5SA 1TSUA 5P00A 5P4SA 4YHQA 4TVHA 5P08A 5P76A 4DQEA 2VS2A 3NWXA 2AZ8A 3L5CA 1HTGA 5P87A 3WZ7A 5P2YA 4S1GA 3UDHA 3PGIA 4Y43A 3K4VA 1HHPA 2AIDA 5I70A 3UDRA 5P19A 3EL1A 3CYXA 1BDLA 2PK6A 4OBFA 2QHCA 4TRYA 3QROA 1HSHA 5P5XA 1MVPA 1IVQA 3DCKA 4Y5BA 2O4LA 1ODXA 1FQXA 1SIVA 1ZPKA 5P77A 3L5EA 3D20A 5J25A 4Y4WA 5HD0A 5OZIA 5P88A 1YM4A 4Y4BA 5P7ZA 2PMAA 2BPWA 5P7MA 4LAPA 3PWMA 5DR7A 1M43A 3IN4A 5P1OA 4Y9WA 3PHVA 3QBFA 3O9DA 5P4CA 3I2LA 5P2TA 5P8JA 3MSJA 4YBFA 4AUCA 2AOGA 2B7ZA 2G24A 5P1QA 1BDRA 1MEUA 1BV7A 1B6PA 3LZUA 1ZAPA 3ZKSA 1M4HA 4JP9A 2F8GA 5AH9A 2VIJA 5P5JA 2J9JB 1HTFA 3CIBA 3FKTA 3OGQA 4WTUA 1YX9A 2IS0A 5P6XA 5P7DA 2ZJNA 5P3HA 3LIYA 1LS5A 2AODA 4Y3ZA 3OXCA 4ZIPA 5KOQA 4Z2ZA 4FAEA 4CKUA 4GJCA 5P1PA 5HDUA 2CEMA 5BWYA 2P3BA 3PI5A 4UPJA 4Y5KA 3NUOA 2IGYA 2HS1A 2WL0A 2WF1A 4CPUA 5BS4A 4L6BA 3PMYA 5HCOA 1DMPA 3OOTA 5OZTA 1AJXA 5SY2A 4NKKA 5P8PA 4DJPA 3O9LB 2G1RA 5P2GA 5HDXA 4JOOA 1W5XA 2QNQA 1XN2A 3MXDA 5P0GA 3DV5A 3DV1A 1B5FB 5P25A 1HPSA 3HLOA 4Y51A 4FM7A 3GI4A 2QHYA 5P8QA 2I4WA 4Y44A 5OZUA 1D4KA 3GI6A 5P54A 4DJXA 5P5ZA 5P3JA 5P3ZA 5SY3A 5OZJA 2QI3A 5DPZA 1RQ9A 3BXSA 4YCKA 3PRSA 2OHUA 5OZ6A 3PSUA 3OOZA 1K2BA 1Z1RA 5P8KA 2RSPA 5P7WA 2IL2A 4DQGA 5P8DA 3SO9A 3TPLA 2Q54A 3WB4A 5P5MA 3IXJA 5P8BA 4XXSA 4KE1A 5OZ9A 1CZIE 2B42A 1ODYA 5P5PA 1HSIA 3SM2A 4RROA 5P7QA 1NPVA 3O9FA 1MIQA 2QD7A 4A4QA 1PSOE 4RYCA 5P4KA 3QIHA 2CENA 4Y3MA 5P0BA 1TSQA 1K6TA 4Y4GA 2HC0A 2HB4A 2QMFA 1W51A 5P3EA 3NDTA 1G2KA 1K1TA 2QMPA 5P5DA 1XS7D 3PWWA 3R0YA 3RSVA 5B18A 4FM8A 1YTJA 5OYWA 3URJA 2QD6A 3BUFA 3CICA 3PLDA 5P82A 3IN3A 4Y4TA 3L5BA 4RCEA 2RMPA 5P7TA 4B78A 4EPJA 5OZRA 3QP0A 2BPXA 2R3WA 4GMIA 4Q5MA 5OZHA 5P0MA 7HVPA 3S2OA 5P30A 3EKQA 1FQ5A 1D4YA 1SMRA 4ZPGA 3L5DA 3K5CA 4Y5NA 1RL8A 1LYWB 4I1CA 4QJ8A 1WKRA 4B77A 3H5BA 5OZDA 3HAUA 3OUCA 3NU6A 4GJ7A 3ZOVA 5OZYA 4J1CA 5ER1E 5OZAA 5BRYA 4Y48A 3EKWA 5P3BA 4WY1A 2A1EA 4Y41A 1GNOA 4GYEA 1IBQA 3MWSA 2R9BA 5OYRA 4RCDA 2ER0E 4U7QA 5P68A 2QNPA 3KT2A 9HVPA 1RPIA 2B8VA 5P4TA 3DOXA 1LF2A 4AA9A 2QZKA 2HIZA 4QLHA 5P41A 2B7FA 5P55A 1BBSA 5P6WA 5OZ3A 4DJVA 4Y50A 4Y5EA 2V13A 5P50A 4GZFA 3PLLA 5OZQA 1KJGA 3LPJA 3KDBA 3LPKA 4DQBA 1KJHA 3EXOA 5P58A 1EC0A 3WB5A 3S56A 3HVPA 3RTHA 2F3KA 5P5VA 5P46A 2R38A 1SDUA 3OY4A 3I6OA 5AGZA 2I4XA 3WZ6A 4ACUA 4NJSA 7UPJA 3O9CA 5P4EA 2Q55A 5I3XA 4K8SA 5APRE 3O9BA 4I10A 1MT8A 4GB2A 3T3CA 4N00A 1HIIA 4J1HA 5P6LA 5P5EA 4DJYA 4L1AB 5OZ2A 4EQJA 4NJUA 5OZ4A 4RYGA 5P1JA 4Y3YA 2ER9E 3EL0A 5P0RA 4FGXA 3NDXA 5AH7A 5HE4A 5P3FA 2G26A 5P7EA 2BQVA 5P26A 1ZJ7A 5P2SA 5C9DA 5OYSA 3ZL7A 2O4SA 1HEGE 2R5PA 3G72A 2R5QA 5DR0A 2AVOA 4Y47A 3K5DA 1B6MA 4KUPA 5IVQA 2OHMA 3OU3A 3OAGA 4HLAA 1NSOA 1LEEA 2IQGA 4DI2A 5DQ1A 2BPYA 4FRIA 4Y53A 4L7GA 3CKRA 1EEDP 1NPWA 2V16C 4J5JA 1CPIA 5P6QA 4D83A 4GIDA 2AVQA 4PYVA 5P4BA 5HE5A 2A4FA 3FIVA 4PZXA 3S8IA 1BDQA 3ZKXA 4TRZA 2NXDA 5P6YA 4J0VA 3UHLA 1SIPA 1TQFA 1T7KA 5P47A 2ZJHA 2J9JA 2AOCA 1EPOE 3OU4B 1HVIA 2P3BB 4QJ9A 5ENMA 2VJ6A 2OHTA 3PSGA 3U7SA 2OHNA 5P5HA 4B00A 2ZJKA 2F3EA 2NMZA 5P14A 4NPUA 3KDCA 2PWRA 5P0WA 5DQ5A 5P5LA 5P6JA 4EXHA 3INFA 3RTMA 5P2UA 4CPSA 1D4HA 3UDMA 3D3TA 1MSNA 1W6IA 1GVTA 5FIVA 3QRVA 1MRXA 4RGHA 3GGVA 1W6HA 3BC4A 3O9LA 4Y35A 5P6KA 2FDDA 4D85A 4FL8A 4I0JA 3OUDB 2O4PA 3VYFA 1EBWA 3SA3A 3LIXA 1B5FA 3OUAA 5P65A 3D1XA 3UCBA 1ZSFA 2VJ9A 4Y39A 4L7HA 4K4QA 4D8CA 5OZCA 2PWCA 2NR6A 3OHHA 4U8WA 1PPKE 2HAHA 5DQ2A 1GKTA 1MTBA 5P7GA 1FGCC 4BFDA 1HOSA 3TTPA 2HPEA 5P8FA 5OZ1A 4FE6A 1QDMA 4J0TA 4FSLA 5P4MA 1KJ7A 1HVCA 2FDPA 5P36A 5HDZA 3ZKQA 4EXGA 1EBZA 2QNNA 4QJAA 5P2CA 2VIZA 1BWBA 2QU3A 3LZSA 8HVPA 3DUYA 4B1EA 1AIDA 2OHRA 4Y3JA 4I0ZA 2UPJA 3CYWA 5P6TA 1ODWA 2G94A 5OYVA 5P3WA 3ZPSA 2WF4A 2QZXA 4M8XA 3PJ6A 5IVRA 4HZTA 5OYUA 4Y4JA 4YE3A 1XL2A 2QI5A 4COEA 3EC0A 1FEJC 5P7OA 5P06A 1XN3A 1B11A 3TLHA 3UTLA 4R5NA 4ZSPA 4LC7A 5OZXA 2VA5A 3OQFA 5AH8A 3VV8A 1IZEA 2FGUA 5P20A 5P7AA 5P1MA 1QBSA 5P7VA 5IE1A 1B6JA 2ZJMA 4GJAA 2XFIA 1K6CA 4FRKA 1K2CA 4HDFA 5P0QA 5OZKA 5P15A 3PCWA 4I12A 3S53A 1BAIA 3CIDA 5P18A 3LPIA 2O40A 5P5FA 1B6LA 1SDTA 2Q63A 5P3PA 1BV9A 5P6DA 1LYWA 5P1IA 2P8HA 3UQUA 5P3LA 2AOJA 2Z54A 5JG1A 4OD9A 5P4LA 5P4GA 5P0VA 3SLZA 5P1BA 4Y5CA 5P1VA 5P6PA 2PSUA 3KMXA 4Y5PA 4Y4DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MIP A;  3PBD A;  4Y5A A;  3OU1 B;  4GJ5 A;  3BRA A;  3F9Q A;  1HPO A;  2ANL A;  5P40 A;  4CP7 A;  3AUP A;  5KAO A;  5DR4 A;  4YDF A;  2AZ9 A;  2REN A;  1YM2 A;  4J17 A;  1FQ4 A;  3TOF A;  1W5V A;  3ZPT A;  4H3J A;  4WY6 A;  3CKT A;  5P1K A;  2NXM A;  1EAG A;  5P69 A;  5P51 A;  1OEX A;  5P0E A;  2OF0 A;  2AZC A;  2BB9 A;  2FS4 A;  1HVL A;  3EMY A;  4FRS A;  5P3R A;  2FLE A;  2R3T A;  3UDN A;  2FXE A;  1YTI A;  2PC0 A;  3BXR A;  5OZM A;  1GNN A;  5EZX A;  2OHP A;  5DR8 A;  3PSY A;  5P8G A;  5P2A A;  1VIJ A;  1HBV A;  2APR A;  2I0A A;  4J1K A;  1FFI C;  1ER8 E;  1M0B A;  1LYB B;  5P5W A;  3OXW A;  1D4J A;  2ZHT A;  1FMU A;  1K1U A;  5P8I A;  4FS4 A;  1AXA A;  3OXV A;  4FLG A;  5P6G A;  1D4L A;  1APU E;  5P2X A;  1QBR A;  2NNP A;  4HDP A;  1IZH A;  4OBK A;  3APR E;  5P7I A;  3VV7 A;  4L7J A;  1A9M A;  1BIL A;  3OQA A;  2PYM A;  1TZS A;  2IKU A;  2WEZ A;  4I8Z A;  3WZ8 A;  5P5G A;  4DJU A;  3VYE A;  4NPT A;  5P0U A;  3SM1 A;  1W5Y A;  5P0O A;  3HDK A;  4K4R A;  4NJT A;  5OZO A;  5P7U A;  3HZC A;  5P0C A;  4R95 A;  5P0D A;  1PSN A;  3ZKN A;  5P2E A;  4Q1W A;  5OYQ A;  3AID A;  3HW1 A;  2O4N A;  5OZE A;  1APV E;  1FQ7 A;  1C70 A;  3S7M A;  4B0Q A;  5P59 A;  3KYR A;  4DH6 A;  4APR E;  3LIZ A;  5P02 A;  4I0I A;  2EWY A;  2ZJI A;  4E43 A;  5KR0 A;  1W5W A;  4IVT A;  4RRN A;  3NU9 A;  3UDQ A;  5P1N A;  3A2O A;  3WSJ A;  2ER7 E;  3MSL A;  3U6A A;  4DUS A;  5P0S A;  5P4U A;  5P3I A;  1ZTZ A;  4MC6 A;  3TKW A;  1FLH A;  4F73 A;  5P8C A;  1MRW A;  5P4R A;  4QGI A;  5P1U A;  1LZQ A;  4D88 A;  2OHS A;  5P85 A;  1ZP8 A;  2P3A A;  5P01 A;  4XKX A;  2WEC A;  3EL9 A;  4B05 A;  4AA8 A;  1K6V A;  3UQX A;  1IDB A;  2OHK A;  3GW5 A;  3HBO A;  4MC9 A;  3QRS A;  1ZSR A;  2V11 C;  3IA9 A;  4F75 A;  2VA6 A;  3OQK A;  3QRM A;  5I3V A;  4Y45 A;  5P8R A;  4Y4E A;  5P38 A;  2QP8 A;  5P64 A;  5JFU A;  5P5K A;  4YCY A;  2QI1 A;  4OBG A;  2P3C A;  3T6I A;  3BVA A;  3QS1 A;  3QBH A;  3OWN A;  3FNT A;  5EZZ A;  5P11 A;  1C6Z A;  2ZDZ A;  5P5Y A;  3S43 A;  5P63 A;  1D4S A;  3KFS A;  2PYN A;  4GJB A;  2FXD A;  3ST5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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